未经处理的核酸样本的直接量化的制作方法_2

文档序号:9871397阅读:来源:国知局
弱碱的一个作用可以是充当将组合物pH维持 为约6到10,优选地约pH 8.0到9.5,例如pH 8.6的缓冲剂。因此,合适的弱碱可以与其它组 分结合提供pH 6到10,优选地约pH 8.0到9.5。弱碱包括有机和无机碱。无机弱碱的实例包 括例如碱金属碳酸盐、碳酸氢盐、磷酸盐或硼酸盐(例如,碳酸钠、碳酸锂或碳酸钾)。有机弱 碱包括例如三羟甲基氨基甲烷(Tris)、乙醇胺、三乙醇胺和甘氨酸以及有机酸的碱盐(例 如,柠檬酸三钠)。弱碱可以是游离碱或盐,例如碳酸盐。
[0034] 在一些实施例中,在将滤纸存放到容器中之前,将螯合剂吸收到所述滤纸中。"螯 合剂"是指能够与多价离子络合的任何化合物,所述多价离子包括第II族和第III族多价金 属离子和过渡金属离子(例如,Cu、Fe、Zn、Mn等)。乙二胺四乙酸(ethylene diamine tetraacetic acid;EDTA)是螯合剂的一个实例。如梓檬酸根或乙二酸根的螯合剂也可以施 用于滤纸上。
[0035] 在一些实施例中,在将滤纸存放到容器中之前,将洗涤剂吸收到所述滤纸中。"洗 涤剂"包括离子洗涤剂,优选地阴离子洗涤剂。优选的阴离子洗涤剂可以具有烃部分(如脂 肪族或芳香族部分)和一个或多个阴离子基团。尤其优选的阴离子洗涤剂包括十二烷基硫 酸钠 (sodium dodecyl sulphate;SDS)和月桂基肌氨酸钠 (sodium lauryl sarcosinate; SLS)〇
[0036] 在一些实施例中,在将滤纸存放到容器中之前,将弱碱、螯合剂以及洗涤剂吸收到 所述滤纸中。在一些实施例中,滤纸是FTA?。
[0037] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中所述 荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,其中所述固体载体是非纤维素纤维。
[0038] "非纤维素纤维"是指特征在于羟基附接到聚合物主链上的聚合材料,例如用羟基 修饰的玻璃纤维和合成纤维。其它纤维材料包括合成纤维,如人造丝(rayon),也可以与天 然纤维素纤维或其它含羟基纤维组合采用聚乙烯和聚丙烯。可以使用前述纤维中任一种的 混合物。
[0039] "容器"指示其中可以进行本文所公开的方法的任何容器或固定器。
[0040] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行多重rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中 所述荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测。
[0041 ] "多重PCR"是指在容器中同时扩增超过一个目标多核苷酸。在一些实施例中,同时 扩增至少2个目标。在一些实施例中,同时扩增至少3个目标。在其它实施例中,同时扩增至 少4个目标。在其它实施例中,同时扩增至少5个目标。在其它实施例中,同时扩增至少6个目 标。在一些实施例中,同时扩增7个或更多个目标。
[0042] "目标"是指待扩增的核酸序列。在扩增反应期间产生的目标序列的复本被称为扩 增产物、扩增引物或扩增子。目标核酸可以由染色体(具有或不具有基因间序列的完整基 因)的片段、具有或不具有基因间序列的基因片段或部分构成。目标核酸可以包括野生型序 列、突变、缺失或复制、串联重复区、相关基因、相关基因区或其任何上游或下游区。目标核 酸可以表示特定基因的替代性序列或等位基因。目标核酸可以来源于基因组DNA、cDNA或 RNA。目标核酸可以是来自真核细胞而非原核细胞或病毒的DNA或RNA,或由其复制或扩增的 核酸。目标核酸可以是来自原核细胞而非真核细胞或病毒的DNA或RNA,或由其复制或扩增 的核酸。目标核酸可以是来自病毒的DNA或RNA,其中所述病毒不是巨细胞病毒。
[0043] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中所述 荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述PCR的目标模板 是核酸,其中所述目标核酸不是巨细胞病毒核酸。
[0044] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中所述 荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述PCR的目标模板 是真核核酸。
[0045] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中所述 荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述PCR的目标模板 是原核核酸。
[0046] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中所述 荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述rtPCR的目标模 板是病毒核酸,其中所述病毒核酸不是巨细胞病毒。
[0047] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行多重rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中 所述荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述rtPCR的至 少一个目标模板是真核核酸。
[0048] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行多重rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中 所述荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述rtPCR的至 少一个目标模板是原核核酸。
[0049] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行多重rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中 所述荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述rtPCR的至 少一个目标模板是病毒核酸。
[0050] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行多重rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中 所述荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述rtPCR的至 少一个目标模板是真核核酸而非原核或病毒核酸。
[0051] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行多重rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中 所述荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述rtPCR的至 少一个目标模板是原核核酸而非真核或病毒核酸。
[0052]在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行多重rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中 所述荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述rtPCR的至 少一个目标模板是病毒核酸而非原核或真核核酸。
[0053] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中所述 荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述rtPCR的目标模 板是核酸,其中所述目标核酸是合成核酸。
[0054] "合成核酸"是其核苷酸序列未参考真核生物、原核生物或病毒的核酸序列来进行 设计的核酸。由寡核苷酸合成机以随机序列顺序合成的核酸序列将是合成核酸的一个实 例。包括于Quanti ΠI cr? Duo DNA量化试剂盒中的内部PCR对照(IPC)是合成核酸。
[0055] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行多重rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中 所述荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述rtPCR的至 少一个目标模板是真核核酸和合成核酸。
[0056] 在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行多重rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中 所述荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述rtPCR的至 少一个目标模板是原核核酸和合成核酸。
[0057]在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行多重rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中 所述荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述rtPCR的至 少一个目标模板是病毒核酸和合成核酸。
[0058]在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:将固体载体存放到容器中, 在所述容器内进行多重rtPCR,以及在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中 所述荧光水准通过电荷耦合装置来加以检测,并且其中在所述容器中用于所述rtPCR的至 少一个目标模板是合成核酸而非原核或病毒核酸。
[0059]在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:在收集用于刑事侦查的证据 中使固体载体与表面接触,将所述固体载体存放到容器中,在所述容器内进行rtPCR,以及 在rtPCR进行时检测从所述容器发射的荧光水准,其中所述荧光水准通过电荷耦合装置来 加以检测。
[0060]在一些实施例中,公开一种以下方法,所述方法涵盖:在收集用于刑事侦查的证据 中使纸张与表面接触,将所述纸张存放到容器中,在所述容器内进行rtPCR,以及在rtPCR进 行时
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