存储装置110。易失性媒体包含动态 存储器，例如存储器106。传输媒体包含同轴电缆、铜线及光纤，包含包括总线102的导线。
[0031] 举例来说，常见形式的计算机可读媒体或计算机程序产品包含软盘、柔性盘、硬 盘、磁带或任何其它磁性媒体、CD-ROM、数字视盘（DVD)、蓝光盘、任何其它光学媒体、拇指驱 动器、存储器卡、RAM、PROM及EPROM、快闪EPROM、任何其它存储器芯片或盒式磁盘，或者计 算机可从其读取的任何其它有形媒体。
[0032] 在将一或多个指令的一或多个序列载运到处理器104以供执行时，可涉及各种形 式的计算机可读媒体。举例来说，最初可在远程计算机的磁盘上载运指令。所述远程计算 机可将指令加载到其动态存储器中并使用调制解调器经由电话线发送指令。在计算机系统 100本地的调制解调器可接收电话线上的数据并使用红外发射器将数据转换为红外信号。 耦合到总线102的红外检测器可接收在红外信号中载运的数据并将数据置于总线102上。 总线102将数据载运到存储器106,处理器104从存储器106检索并执行指令。由存储器 106接收的指令在由处理器104执行之前或之后可任选地存储于存储装置110上。
[0033] 根据各种实施例，经配置以由处理器执行以执行方法的指令存储于计算机可读媒 体上。所述计算机可读媒体可为存储数字信息的装置。举例来说，计算机可读媒体包含如 存储软件的领域中已知的紧致磁盘只读存储器（CD-ROM)。计算机可读媒体由适合于执行经 配置而被执行的指令的处理器存取。
[0034] 已出于图解说明及描述的目的而呈现对本发明教示的各种实施方案的以下描述。 其并非穷尽性的且不将本发明教示限制于所揭示的精确形式。鉴于以上教示，可能存在若 干修改形式及变化形式或可从本发明教示的实践获得所述修改形式及变化形式。另外，所 描述实施方案包含软件，但本发明教示可实施为硬件与软件的组合或以单独的硬件来实 施。可用面向对象的程序设计系统及非面向对象的程序设计系统两者来实施本发明教示。
[0035] 用于检测宿主细朐蛋白质污染物的系统及方法
[0036] 如上所述及，单克隆抗体（mAb)是用以治疗一系列人类疾病的面向目标的生物治 疗药物。mAb通常在例如中国仓鼠卵巢（CH0)或其它细胞系等生物系统中生产。由于翻译 后修饰（PTM)、序列变异体、降解产物以及污染物（例如，宿主细胞蛋白质）引起的IgG蛋白 质的异质性必须完全地经特性化以理解mAb产品的纯度、稳定性以及效力，且避免免疫原 性。质谱法（MS)是用于mAb特性化的优越方法。
[0037] 在各种实施例中，方法及系统提供数据独立性分析方法，所述数据独立性分析方 法提供优于其它MS策略的优点，这是因为数据独立性分析方法捕获来自给定样本的每个 碎片离子的综合定量质谱/质谱（MS/MS或MS 2)色谱图（其可在获取采集后被大量采集挖 掘）。
[0038] 在各种实施例中，方法及系统使用循序窗口化采集（SWATH?)技术来获得对任何 蛋白质生物治疗药物的胰蛋白酶消化中的每个肽的每个碎片离子的定量测量。
[0039] 在各种实施例中，方法及系统然后使用依据宿主细胞生物体的基因组构建的库或 使用依据宿主细胞胰蛋白酶消化的数据相依性采集分析构建的光谱库来针对宿主细胞蛋 白质的存在挖掘后续数据。通过使用定量质谱技术，兔子的反应性是假设的。SWATH?技术对 于此应用来说是优越的，这是因为在数据采集之前不需了解污染蛋白质，并且因为SWATH? 采集含有对在给定时间下的产品消化中的所有肽的所有碎片离子的完整定量记录，所述记 录也用作历史记录。
[0040] 在一个例示性实验中，通过SWATH?分析检测到污染物蛋白质对产品蛋白质的 百万分之7 (重量：重量）。
[0041] 在各种实施例中，与发现蛋白质组方法（例如，信息相依性采集（IDA))相比，方法 及系统由于具有每一碎片离子的色谱图而提供较高灵敏度、所发现污染物光谱的较高置信 度。
[0042] 在各种实施例中，方法及系统有助于解析近洗脱近等重化合物的碎片的所有权， 而常规IDA方法可仅具有一个或两个MS 2光谱且无色谱图。
[0043] 在各种实施例中，与多反应检测（MRM)定量相比，方法及系统提供至少两个优点。 首先，用户/客户不需提前准确地知道其要寻找什么，且不存在采集前方法建立。此外，方 法及系统捕获对仪器可见的每个前驱体离子的每个碎片的碎片离子色谱图，所以所得的数 据含有对可在稍后针对在以后可能是一个问题的污染物而挖掘的产品的当前状态的数字 记录。
[0044] 在各种实施例中，方法及系统提供对客户产品的质量的较高置信度。
[0045] 在各种实施例中，方法及系统实现对不稳定抗体试剂的较低依赖性以确保可注射 生物治疗产品的安全性。
[0046] 在各种实施例中，方法及系统允许跟踪产品在数量上随时间的改变的更大能力， 以及对生产、纯化及产品配制中的问题的更快速反应。
[0047] 宿主细胞污染物检测系统
[0048] 图2是展示根据各种实施例的用于使用循序窗口化采集串联质谱法检测蛋白质 生物治疗产品中的宿主细胞污染物的系统200的示意图。系统200包含串联质谱仪210、处 理器220,以及分离装置230。
[0049] 串联质谱仪210可包含一或多个物理质量滤波器及一或多个物理质量分析器。串 联质谱仪的质量分析器可包含但不限于飞行时间（T0F)、四极、离子阱、线性离子阱、轨道阱 或傅里叶变换质量分析器。
[0050] 串联质谱仪210通过以下步骤对蛋白质生物治疗产品样本执行循序窗口化采集： 使前驱体质量窗口跨质量范围循序步进，使每一步进式前驱体质量窗口的经传输前驱体离 子破碎，以及分析从破碎的经传输前驱体离子产生的产物离子。
[0051] 在数据采集之前无任何有关污染蛋白质的信息的情况下执行循序窗口化采集，且 其中循序窗口化采集针对质量范围产生多个产物离子谱。
[0052] 处理器220可为但不限于计算机、微处理器，或能够从串联质谱仪210发送及接收 控制信号及数据并处理数据的任何装置。处理器220与串联质谱仪210通信，从串联质谱 仪接收多个产物离子谱的一或多个所测量产物离子谱，将一或多个所测量产物离子谱与宿 主细胞蛋白质库进行比较，并且通过报告来自库的匹配一或多个所测量产物离子谱的宿主 细胞蛋白质来检测一或多个宿主细胞污染物。
[0053] 在各种实施例中，处理器220执行对从破碎的经传输前驱体离子产生的每一产物 离子的定量且量化所检测的一或多个宿主细胞污染物。
[0054] 在各种实施例中，宿主细胞蛋白质库是依据宿主细胞生物体的基因组而构建的。
[0055] 在各种实施例中，宿主细胞蛋白质库包括光谱数据且是依据宿主细胞胰蛋白酶消 化的数据相依性采集分析而构建的。
[0056] 在各种实施例中，蛋白质生物治疗产品样本包括单克隆抗体（mAb)或一或多个多 克隆抗体。
[0057] 在各种实施例中，执行宿主细胞污染物检测而无需酶联免疫吸附测定法（ELISA) 测定。
[0058] 串联质谱仪210也可包含分离装置230。分离装置230可执行包含但不限于以下 各项的分离技术：液相色谱法、气相色谱法、毛细管电泳法或离子迀移法。串联质谱仪210 可分别包含在空间或时间上的分离质谱分析阶段或步骤。举例来说，分离装置230从混合 物分离样本。在各种实施例中，分离装置230包括液相色谱法装置，且在液相色谱法（LC) 循环时间内采集每一步进式前驱体质量窗口的产物离子谱。
[0059] 宿主细胞污染物检测方法
[0060]图3是展示根据各种实施例的用于使用循序窗口化采集串联质谱法检测蛋白质 生物治疗产品中的宿主细胞污染物的方法300的例示性流程图。
[0061] 在方法300的步骤310中，使用串联质谱仪对蛋白质生物治疗产品样本执行循序 窗口化米集。通过以下步骤执彳丁循序窗口化米集：使如驱体质量窗口跨质量范围循序步进， 使每一步进式前驱体质量窗口的经传输前驱体离子破碎，以及分析从破碎的经传输前驱体 离子产生的产物离子。在数据采集之前无任何有关污染蛋白质的信息的情况下执行循序窗 口化采集。循序窗口化采集针对质量范围产生多个产物离子谱。
[0062] 在步骤320中，使用处理器从串联质谱仪接收多个产物离子谱的一或多个所测量 产物离子谱。
[0063] 在步骤330中，使用处理器将一或多个所测量产物离子谱与宿主细胞蛋白质库进 行比较。
[0064] 在步骤340中，使用处理器通过报告来自库的匹配一或多个所测量产物离子谱的 宿主细胞蛋白质来检测一或多个宿主细胞污染物。
[0065] 宿主细胞污染物检测计算机程序产品
[0066] 在各种实施例中，计算机程序产品包含有形计算机可读存储媒体，所述有形计算 机可读存储媒体的内容包含具有指令的程序，所述指令在处理器上执行以便执行用于使用 循序窗口化采集串联质谱法检测蛋白质生物治疗产品中的宿主细胞污染物的方法。此方法 由包含一或多个相异软件模块的系统执行。
[0067]图4是根据各种实施例的包含执行用于使用循序窗口化采集串联质谱法检测蛋 白质生物治疗产品中的宿主细胞污染物的方法的一或多个相异软件模块的系统400的示 意图。系统400包含测量