从患者测序数据追溯性地提取用于临床决策支持的临床相关信息的制作方法
【专利摘要】分子标记测试的目录(34)指定利用临床适用性注释进行注释的分子标记测试。电子患者医疗记录(22)存储患者的基因测序数据(20)。临床决策支持(CDS)系统(30)被配置为跟踪所述患者的临床背景，其中，所述临床背景至少包括疾病诊断和当前患者护理阶段。目录搜索模块(32)被配置为对所述分子标记测试的目录进行搜索以识别在由所述CDS系统跟踪的所述临床背景中对所述患者具有临床适用性的分子标记测试。所述搜索是通过由一组触发规则定义的触发事件的发生而自动触发的。测试模块(44)被配置为使用存储在所述电子患者医疗记录中的所述患者的所述基因测序数据在计算机中执行由识别模块识别的分子标记测试。
【专利说明】从患者测序数据追溯性地提取用于临床决策支持的临床相关信息
【技术领域】
[0001]下文涉及医疗领域、肿瘤学领域、基因组领域和相关领域。
【背景技术】
[0002]在典型的乳腺癌工作流程中，检测可疑的乳房病灶，并且患者将经历活检流程，以便提取病灶的组织样本。样本将经历免疫组织学流程，该流程采用适当的染色来评估病灶是否是恶性的。在一些临床环境中，可以采用DNA染色法评估具有多个染色体复制体的肿瘤细胞的数量 。可以认为这些测试足以制定化学治疗方案。
[0003]在一些临床环境中，在免疫组织学之后可以跟随着雌激素受体(ER)分子标记的靶向评估。如果对于与雌激素受体阳性(ER+)乳腺癌相关的高ER水平而言患者测试出阳性，那么可以制定以雌激素受体为目标的三苯氧胺方案。如果怀疑可能需要激进处置，那么
可以执行Oncotype卩乂^测试(可从美国加利福尼亚雷德伍德市的Genomic Health公司
获得)。这一测试测量21种分子标记的水平，该21种分子标记已被临床验证能够提供乳腺癌的证据。额外地或备选地，可以制定另一种先进的乳腺癌测试，例如，测量70种分子标记
的水平的MammaPrintg。可以基于Oncotype DX?或MammaPrint^的结果制定结合
了化疗和三苯氧胺的激进处置方案。每个测试需要肿瘤的样本，样本可以通过单次活检、多次活检获得，或者可以从手术提取的肿瘤(如果可获得)获得。
[0004]Oncotype DX '和MammaPrint"测试被验证能临床用于评估乳腺癌的商业分子
标记测试。还可获得额外的分子标记测试以进行乳腺癌评估以及其他医疗状况的评估。此外，预计正不间断的临床研究将连续地扩展可用的分子标记测试的目录。
[0005]在临床环境种使用给定分子标记测试(例如，为了诊断患者的状况和/或规划患者的处置计划)的合理性能够基于多种因素，例如，疾病诊断(如果可获得)和患者护理阶段(例如，诊断、预后、治疗、好转监测等)。也可以考虑处置医师的在分子标记测试下的临床研究的意见，以及测试可能已经收到的各种证验。例如，美国的食物及药品管理局(FDA)颁发的证书或证明对于美国的医生可能是有说服力的，但是对于立足于欧洲的医生则不太具有说服力或者没有说服力。
[0006]考虑到上述内容，应当认识到不同的分子标记测试在患者的处置期间的不同时间上可能会变得相关。每次医师命令分子标记测试时，抽取适当的样本(例如，活检样本)(除非未使用的先前采集的样本仍然可用)，并通过对样本进行处理而执行测试。诸如活检流程的样本提取能够给患者带来压力、疼痛和不便，从而存在从该流程导致同病的一些相关联风险。此外，分子标记测试的有效使用有赖于医师对可用测试的目录保持最新的了解。这是很困难的，因为所述目录总是不断变化的(通常是扩充，但是偶尔测试也可能变得过时或者“不受欢迎”，继而被删除)。执业医师可能没有时间了解这一信息，尤其是在该医师不太精通基因组分析的情况下。另一方面，研究科学家更可能对可用的分子标记测试具有最新的了解，但是其通常不太涉及或者不涉及具体患者的处置。
[0007]因此，医师可能推迟或者根本不会命令试用性的分子标记测试。这可能对患者造成不利后果，例如，延迟或完全遗漏可以由及时的测试识别的潜在有效的处置。
[0008]下文预见到能够克服上述限制以及其他限制的改进的装置和方法。
【发明内容】
[0009]根据一个方面，一种装置包括:分子标记测试的目录，其指定利用临床适用性注释进了注释的分子标记测试；电子患者医疗记录，其存储患者的基因测序数据；临床决策支持(⑶S)系统，其被配置为跟踪所述患者的临床背景，其中，所述临床背景至少包括疾病诊断和当前患者护理阶段(还可以任选包括其他背景信息，例如，患者在护理周期中的位置，所监测的治疗响应，监测治疗的副作用，监测并跟进以检测局部、区域性或远距离转移等)；目录搜索模块，其被配置为对所述分子标记测试的目录进行搜索，以识别在由所述CDS系统跟踪的临床背景中对所述患者具有临床适用性的分子标记测试，其中，所述搜索是通过由一组触发规则定义的触发事件的发生而自动触发的；以及测试模块，其被配置为使用存储在所述电子患者医疗记录中的所述患者的所述基因测序数据在计算机中执行由识别模块识别的分子标记测试。所述CDS系统、所述目录搜索模块和所述测试模块是由一个或多个电子数据处理设备适当体现的。
[0010]根据另一方面，一种结合分子标记测试的目录和患者的存储的基因测序数据操作的方法，所述目录指定了使用临床适用性注释进行注释的分子标记测试。所述方法包括:使用临床决策支持(CDS)系统对患者的临床背景进行电子跟踪；在所述电子跟踪期间，自动检测通过一组触发规则定义的触发事件的发生；自动触发对所述目录的电子搜索，以识别在由所述CDS系统跟踪临床背景中对所述患者具有临床适用性的分子标记测试；并且使用存储的基因测序数据在计算机中执行所识别的分子标记测试。
[0011]根据另一方面，一种装置包括:分子标记测试的目录，其指定利用临床适用性注释进行注释的分子标记测试；以及电子数据处理设备。所述电子数据处理设备被配置为执行包括下述内容的方法:跟踪患者的临床背景；检测所述跟踪期间的临床背景的变化，该变化将触发对在所述临床背景下对所述患者具有临床适用性的分子标记测试的目录的搜索。
[0012]根据另一方面，上一段中阐述的装置还包括存储患者的全基因组序列的电子存储器，并且所述电子数据处理设备还被配置为使用存储在电子存储器中的患者的基因测序数据在计算机中执行由所述搜索定位的分子标记测试。在一些这样的实施例中，所述电子数据处理设备还被配置为将由根据触发规则触发的搜索定位的分子标记测试推荐给监督患者的医疗护理的医师，并接收医师命令以执行由所述搜索定位的分子标记测试，并且所述电子数据处理设备以医师命令为条件并在接收到医师命令之后执行由所述搜索定位的分子标记测试。
[0013]一个优点在于将分子标记测试的时间性考虑和表现(在处置医师认为适当时)整合为针对患者的总体处置工作流程的部分。
[0014]另一个优点在于减少了运行多个分子标记测试所需的患者组织或血液样本的数量，因而降低了成本和患者负担。
[0015]另一个优点在于促进了对新开发或者新验证或者新鉴定的分子标记测试的加快采纳。
[0016]另一个优点在于提供了可更新的并且可自动搜索的分子标记测试的目录，该目录在患者的临床背景发生变化时被自动搜索以得到相关的分子标记测试。
[0017]另一个优点在于提供了可更新的并且可自动积极搜索的分子标志测试的目录，其中，由与事件相关的触发规则自动触发新的搜索，所述事件例如是患者状态的变化、临床决策支持系统指导的变化或者目录内容的变化。使所述目录与临床决策支持(CDS)系统集成，但是所述目录的更新与所述CDS系统无关。
[0018]另一个优点在于提供了可更新的并且可自动搜索的分子标志测试的目录，该目录与临床决策支持(CDS)系统集成，但是其能够由对CDS系统不具有详细了解的监管人进行更新。
[0019]另一个优点在于提供了响应于医师命令所推荐的临床适用分子标记测试而实时地在计算机中执行的分子标记测试。
[0020]在阅读下文中的详细描述后，更多额外的优点和益处对于本领域技术人员而言将变得显而易见。
【专利附图】
【附图说明】
[0021]本发明可以采取各种部件和部件布置，以及各种过程操作和过程操作的布置的形式。附图仅出于说明优选实施例的目的，而不得被解释为对本发明的限制。
[0022]图1以图解方式示出了文中公开的用于背景相关的医疗标记测试识别和管理的医疗系统。
[0023]图2以图解方式示出了对图1的分子标记测试的目录进行主动的背景相关的搜索，以执行背景相关的医疗标记测试识别。
[0024]图3以图解方式示出了图1以图解方式示出的分子标记测试的数据库中的条目。
[0025]图4以图解方式示出了图1的系统适当地执行的背景相关的医疗标记测试识别。
[0026]图5以图解方式示出了图1的系统执行根据图3的操作而识别的医疗标记测试。
【具体实施方式】
[0027]参考图1，患者6在样本提取实验室8中经历组织样本提取。采样实验室8从受试者6提取一个或多个组织样本。例如，可以从病灶提取组织样本，任选地连同从病灶以外的位置(并且优选地从预计癌症没有转移到的位置)提取的正常组织样本一起。作为图解的图1示出了说明性的所提取的组织样本10。作为一些说明性的例子，样本10可以包括使用活检针或其他介入式器械提取的活检样本、手术组织样本、唾液、通过拔出而提取的毛发毛囊、使用皮下针抽取的血液等。应注意，在说明性的图1中，通过说明性的小瓶表示样本10 ;然而，应当理解，样本10 —般可以采取任何适于已经采样的组织类型的形式，而且可以被任何针对该组织类型的适当容器或支座所包含或支撑。例如，样本10可以是流体样本、表皮样本(例如，通过口腔棉拭获得的，并且被设置到无菌载玻片或其他适当表面上)等。此外，尽管将说明性的组织样本10表示为单个样本，但是应当理解，可以采集多个样本，以提供用于一系列测试的材料，和/或可以从不同的区域采集样本(例如，来自病灶的可疑组织样本和健康组织样本)。[0028]由测序仪装置14对组织样本10进行处理，以生成序列片段，通过序列对准/拼接模块16(通常由说明性的计算机18或其他电子数据处理设备体现)对所述序列片段进行对准和拼接，以生成患者6的基因测序数据20，该数据被存储在患者6的电子患者医疗记录22中。在一些实施例中，所存储的基因测序数据是全基因组DNA和/或RNA序列(WGS)，但是也可以预见到基因组的较小部分。所存储的基因测序数据还任选包括转录组(transcriptome)、甲基化组(methylome)、染色质免疫沉淀测序(ChlPseq)、RNA免疫沉淀测序(RIPseq)、外显子组(exome)测序数据、甲基化作用测序数据或其他通过测序测得的信息。基因测序装置14基本上能够采用任何能够生成全基因组序列(WGS)的测序仪。一些适当的测序装置可以从美国加利福尼亚，圣地亚哥的Illumina、美国马萨诸塞，剑桥的Knome以及美国康涅狄格,吉尔福德的1n Torrent公司获得。
[0029]在说明性实施例中采集WGS20。如文中使用的，应当将“全基因组”或WGS(本领域又称为“完全”、“完整”或“整个”基因组序列)或者类似的措辞理解为包含受试者的大多数的，但未必是全部的基因组。在本领域，使用术语“全基因组序列”或WGS指受试者的近乎全部的基因组，例如，在某些用途中至少是全部的95%。文中使用的术语“全基因组序列”或WGS不涵盖用于基因特异性技术的“序列”，例如，单核甘酸多态(SNP)分型，对于该技术而言，通常覆盖所述基因组的不到0.1 %。WGS20可以包括经对准的DNA序列和/或经对准的RNA序列，并且可以额外包括任何未经对准的DNA或RNA片段，例如，通常是在对准和拼接处理之后“剩下”的片段。一般而言，WGS20是数据文件，例如，具有序列对准/映射(SAM)格式或等效二进制数(例如，BAM)格式。在这些格式当中，通常通过对应的字母(例如，FASTA格式)表示碱基，其中，分别通过字母“A”、“C”、“G”、“T”和“U”表示碱基腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶(对于DNA而言)和尿嘧啶(对于RNA而言)。任选地，可以使诸如phred质量量度的碱基质量量度与每一种碱基相关联，例如，按照FASTQ格式。WGS20还可以任选包括各种注释，例如，描绘诸如编码序列、突变或变体等的基因特征。上文仅是说明性的范例，应当理解可以按照任何适当地表示采集到的基因序列信息的格式存储WGS20。
[0030]此外，尽管说明性的图1示出了单个组织样本10的单个WGS20，但是更一般而言，可以针对不同的组织样本重复所述过程，例如，所述组织样本可以是从病灶提取的疑似组织样本以及从被认为是健康组织的地方提取的正常组织样本。在这种情况下，对每一组织样本测序、对准并拼接，从而使WGS20可以包括(例如)可疑病灶组织的全基因组序列和正常组织的全基因组序列。在这种情况下，每一全基因组序列被适当地组织并被标示为例如“病灶” WGS和“正常” WGS。
[0031]患者6的电子患者医疗记录22还任选存储WGS20以外的其他患者相关信息，例如，患者病例24、医疗图像26等。通常将电子患者医疗记录22存储到由医院、诊所或者其他负责监督患者6的医疗处置的医疗机构或组织所维持的安全医疗数据库中。医疗数据库通常存在于计算机或者其他电子数据处理设备上，例如，说明性的服务器28上。应当认识至丨J，各种数据20、24、26基本上可以实际存在于任何位置(例如，服务器28可能实际上没在医院，但是可以经由因特网或其他数字数据网络被访问)，并且可以通过各种方式被逻辑组织(例如，医疗图像26可以实际存储在影像归档和通信系统，即PACS中，其中，医疗记录22存储对图像的链接)。
[0032]一般可以在任何时间完成对WGS20的采集和存储。如果测序成本充分低，那么预见到作为针对准许入院的患者的标准流程或者进入特定院外患者处置程序的标准流程，来执行WGS采集。或者，可以在较晚的时间点上，例如，在医师首次命令分子标记测试的时间点上执行WGS20。在实验室8中的组织样本10的采集、测序仪14的样本处理以及对准/拼接部件16、18的对准/拼接处理之间可能存在各种延迟。
[0033]WGS20包括海量的数据，其中，在患者通过护理周期的进展中的不同时间上，患者基因组数据的不同部分是相关的。最近已经将甚至是先前被认为没有意义的基因组的部分辨识为在疾病背景下，尤其是癌症背景下是相关的。例如，在与癌症病因、发展和对治疗6的响应可能性相关的关键细胞期中，已经牵涉到了先前被认为无意义的微RNA、HSATII重复以及其他非编码RNA。在患者6的处置期间的各个点上，执行某一类的具体分子标记测试可能变得有用。在该点上，在要执行的具体分子标记测试中利用的WGS20的特定基因(或其他部分)从WGS20适当地被提取，并在测试中被使用。如此，就是说在计算机中，即由对从WGS20提取的数据进行操作的计算机或其他电子数据处理设备执行具体分子标记测试。应当理解，在计算机中执行的测试是对实际组织样本(例如，图1中的样本10)执行的，因而不仅仅是模拟。但是，并未对所述组织样本进行特定处理以测量基因或者在测试中使用的其他基因信息，而只是对所述组织样本进行处理以提取WGS20。之后，从WGS20中提取在测试中使用的特定基因的测量结果。
[0034]这一方案潜在地打开了各种各样的分子标记测量，因为基本上能够在任何时间仅使用单个组织样本(或者每一类型的组织样本，例如，一个病灶样本和一个正常组织样本)执行任何分子标记测试。然而，经由在计算机中执行的分子标记测试来利用WGS20中含有的海量数据是困难的，因为如已经指出的，WGS20中含有的数据当中只有很少的数据(如果有的话)能够检验患者的状况。
[0035]一种方案可以是使用WGS20执行所有可用的分子标记测试，将这些结果存储到患者记录中，并向处置医师提供结果的复制。然而，这种方案存在很多困难。首先，其需要大的且有可能无法接受的电子数据处理量。其次，适当权限的医疗保密规章可能禁止执行未经患者和/或患者的医师明确授权的医疗测试。第三，提供整个分子标记测试的目录的结果将有可能使医师负担过重。
[0036]另一项方案可以是依靠医师来评估要执行哪些分子标记测试，以及何时命令这些分子标记测试。然而，如已经指出的，医师可能不具有对可用测试的最新了解。而且，随着情况的变化，在医师做出评估时没有指示的测试可能变得相关。
[0037]继续参考图1，文中公开了一种改进的协同电子临床决策支持(CDS)系统30操作的方案。出于这一目的，背景相关的目录搜索模块32与⑶S系统30操作性地通信。例如，搜索模块32可以是在CDS系统30的控制下操作的插件，或者搜索模块32可以是与CDS系统30通信的完全独立的程序。搜索模块32使分子标记测试目录34中含有的分子标记测试的临床适用性注释与CDS系统提供的患者6的临床背景进行比较，以便识别任何指示的分子标记测试。说明性的⑶S系统30采用针对患者6的临床指导。处置医师从包含针对各种医疗状况的临床指导的数据库36中适当地选择所述指导，所述选择基于医师对患者状况的初始诊断。
[0038]在典型的实施例,所述指导是包括节点、边缘或路径的决策树。通过节点表示患者的当前状态，从该节点引出的边缘或路径表示可能的动作或者患者状态的变化。通常，将所述指导设计为模仿或者遵循预期的处置工作流程，所述工作流程起始于初始诊断，并且经历诊断阶段(其中，确定疾病的性质)、预后阶段(其中，评估可能的医疗成果)、治疗阶段(其中，实施处置以消除或缓解疾病)和监测阶段(其中，对已经消除或者减轻的疾病进行监测，以提供对复发的早期检测)。可以对这些患者护理阶段中的每个进一步划分；例如，处置阶段可以包括化疗方案阶段等等。CDS系统30提供了一种方便的用于评估患者的过去和当前临床背景的机制，其任选具有流程图或者其他图解格式。CDS系统30还具有主动运行方面，其中，其在考虑患者特异性信息的情况下主动指导处置医师通过所述指导。例如，CDS系统30可以被配置为对从当前节点引出的可能路径进行分析，并向处置医师提供建议或其他指导。在一些实施例中，⑶S系统30可以在提供这样的建议或指导时采用由医学专家委员会规划的一组集体决策。在一些实施例中，CDS系统30可以访问含有过去的医疗病例(优选是匿名的)以及病例结果的过去病例数据库，并且CDS系统30以呈现来自过去病例数据库的类似病例以及其结果的形式提供指导。
[0039]继续参考图1并进一步参考图2，与患者6相关联的、由⑶S系统30经历的指导提供患者6的临床背景，所述临床背景是搜索分子测试目录34的输入信息。在说明性的图2中，每个患者的临床背景是患者数据库22中的一组字段，所述一组字段记录所完成的流程(例如，左乳房活检，其能够作为ICD-10-PCS代码被捕获)和利用输入的相关临床变量进行的针对患者的当前诊断(例如，从活检样本获得的患者的ER、PR和HER2状态，其也能够作为I⑶-10代码被捕获)。背景相关的目录搜索模块32将这些患者数据库字段中的数据与针对生物标记数据库34中的每个生物标记提供的适宜性标准进行匹配。生物标记数据库能够含有单一或多元标记(鲜明特征)标记，所述标记包括多个基因/基因位点以及用于解读该标记的状态的决策规则。从该意义上来讲，标记不仅是一条数据(例如，基因名称或者具有针对突变位置的具体基因组坐标的基因名称)，而是一系列的基因组位置，以及应用于基因/基因位点的方法以及表示临床疑问的答案的推断值。例如，在基于阈值评估ESRl基因的表达的水平时，其可以是ER测试。另一个范例是70个基因的组，以及能够提供最终的预后评估的伴随的分类算法，所述评估被表示为关于患者是否需要激进化疗的在O和I之间的概率值。搜索模块32采用的患者/生物标记测试匹配算法能够是使用谓语逻辑的基于规则的决策树，或者可以是诸如模糊逻辑或贝叶斯推断的概率决策制定方法。搜索模块32的输出是所建议的有可能对临床决策制定有用的患者生物标记对。经由医师命令请求/接收模块40将这些匹配提供给临床医师以进行进一步考虑。每当CDS系统30使患者按照临床指导推进时，还有利地对这种临床背景进行更新。临床背景中的每一资料变化(例如，变为患者诊断状态或者流程完成状态)都将触发对相关分子标记测试的新的搜索。可以使用各种方案触发新的搜索。例如，可以通过CDS系统30 “推动”(即触发)新的搜索，也就是说无论何时当CDS系统30相应于指导或流程完成更新了患者状态，CDS系统30就调用目录搜索模块32以执行搜索。或者，可以通过目录搜索模块32 “拉动”新的搜索，也就是说目录搜索模块32检测分子目录中的资料变化，并触发新的搜索34。
[0040]在一些实施例中，在目录搜索模块32识别出患者6的当前临床背景所指示的分子标记测试时，其将立即命令所述测试，该测试将使用患者6的WGS20在计算机中被执行。然而，这样的方案可能在一些权限方面存在问题，所述权限要求患者和/或患者医师的具体授权。因此，在图1的说明性范例中，激活医师命令请求/接收模块40，从而将所指示的分子标记测试通知处置医师，并请求医师考虑命令这一测试。医师命令请求/接收模块40还任选提供自动化机制，处置医师能够通过该自动化机制命令测试。在接收到处置医师正式授权的测试命令后，医师命令请求/接收模块40将医师命令传达至在计算机中执行的分子标记测试模块44的医师命令验证子模块42。在验证了医师命令后，在计算机中执行的分子标记测试模块44从WGS20检索用于执行分子标记测试所需的基因数据，使用该基因数据执行测试，并生成适当的输出(例如，面向处置医师的文本报告以及电子患者医疗记录22中的记录)。
[0041]⑶S系统30和处理模块32、40、44是由计算机46或其他电子数据处理设备适当体现的，例如，所述电子数据处理设备为台式计算机、笔记本电脑、网络服务器(例如，任选是与体现包括电子患者医疗记录22的数据库的服务器28相同的服务器)等等。尽管说明性的图1示出了由单个计算机46体现所有处理部件30、32、40、44，但或者预见到采用不同的计算机体现这些处理部件。例如，在一些实施例中，可以由一个计算机体现⑶S系统30，并由不同的计算机体现分子标记测试部件32、40、44。
[0042]此外，可以将通过文中公开的模块32、40、44执行的处理的各种实施例实际体现为存储了指令的非暂态存储介质(未示出)，所述指令可由电子数据处理设备46执行，以执行所公开的处理。例如，这样的非暂态存储介质可以包括硬盘或其他磁存储介质、或者光盘或其他光存储介质、或者闪速存储器、随机存取存储器(RAM)、只读存储器(ROM)、或者其他电子存储介质等。
[0043]所公开的系统向处置医师推介分子标记测试的有效性依赖于就当前的医疗研究而言全面而且最新的分子标记测试目录34。出于这一目的，测试目录34由适当训练的医疗专业人员、或经训练的医疗专业人员的委员会或其他组织使用目录编辑模块50监管。一个或多个监管人通常是高级医师、研究科学家或有资格评估医疗病例研究的质量，检查诸如FDA或其他控制管理机构的管理决定，并且或者审定将给定的分子标记测试包含到目录34中的合理性的其他医务人员。应当理解，一个或多个监管人可能具有其他职称或其他职务；例如，在一些所设想的环境当中，所有在医院具有特权的高级医师可以被授权更新目录34，并因而可以是目录34的监管人。可以由与体现⑶S30和其他处理部件32、40、44的相同的计算机46或其他电子处理设备体现目录编辑模块50。或者，如图1所示，能够由与分子标记测试目录34通信的不同计算机52或者其他不同的电子数据处理设备体现目录编辑模块50。例如，计算机52可以是仅用于监管目录34 (或者仅用于监管目录34和⑶S指导数据库36)的专用工作站。作为另一个设想的范例，如果有多个监管人，那么可以将计算机52体现为指定给监管人的台式机或其他“工作”计算机的集合。目录编辑模块50使得监管人能够在目录34中添加、删除或编辑分子标记测试。
[0044]在图1的系统中，未将分子标记测试识别部件32、34构建到由⑶S系统30处理的临床指导中，而是将其实施为可基于CDS系统30指示的临床背景搜索的目录34。此外，目录34是可使用目录编辑模块50更新的。因此，文中公开的分子标记测试识别是灵活的，并未强烈地束缚于⑶S临床指导，而且易于更新，从而跟得上最新医疗研究的潮流。目录监管人不需要理解如何编辑CDS系统30的临床指导，这可能是一项需要对CDS系统架构有深入的了解的复杂任务。此外，在目录监管人更新目录34中的分子标记测试条目时，这一更新对CDS数据库36的所有临床指导都是有效的；相反，如果将分子标记测试识别集成到CDS系统30处理的临床指导中，那么更新单个分子标记测试将需要更新调用该分子标记测试的每一临床指导。
[0045]参考图3，进一步参考上文，优选以既简化基于临床背景的自动搜索又易于监管的方式来目录34。图3以图解方式地示出了分子标记测试目录34，其包括单个分子标记测试的条目的各个字段。这些条目包括:基因组数据类型定义；参考文献注释；疾病背景注释；适宜性标准注释；一个或多个分子标记测试定义(图3中的说明性条目包含了两个测试定义)；以及结果/建议矩阵。下文又对这些字段给出了描述。
[0046]基因组标记定义识别所分析的基因组标记。一些可以(单独地或者通过各种组合)形成分子标记测试的基础的适当基因组标记包括:突变；复制数目变化；基因表达量度；DNA甲基化作用量度；等等。可以通过不同的方式测量基因组标记。例如，考虑针对特定蛋白质的基因编码，其中，该基因的特定突变将导致该蛋白质的过量生成。在这种情况下，原则上能够通过测量所述基因在DNA中的值，或者测量对应的转录信使RNA的值，或者直接测量所述蛋白质的表达水平而测量这一基因组标记。后一测量在WGS20中不可用，但是前两种测量通常分别可在WGS20的DNA成分和RNA成分中使用。基因组标记定义识别基因组标记,但是不指定测量(例如,就这一,清况而言的DNA、RNA或蛋白质表达)。
[0047]参考文献注释包括对与分子标记测试相关的发表研究的引用，还可以任选包括对其他相关“文献”的引用，例如，对与所述测试相关的政府管理出版物(如果可获得)的引用。医师命令请求/接收模块40任选在执行分子标记测试的提议中向医师提供对这些文献的引述(任选作为超级链接)。通过这种方式，医师能够使相关文献方便可用，从而在决策是否命令分子标记测试时参阅，而且还可以在对测试结果进行评估时便利地参考该文献(假设医师确实命令了该测试)。
[0048]疾病背景注释识别分子标记测试所证验的疾病。在一些实施例中，通过列举出应用所述分子标记测试的每种疾病的国际疾病分类(ICD)代码而指定疾病背景。如果CDS系统30在疾病识别中使用ICD代码，那么相应于临床背景的疾病方面执行对目录34的搜索将需要凭借ICD代码进行搜索，其速度快，而且避免了可能的歧义，例如，在所讨论的疾病具有多个名称的情况下。然而，额外地或备选地，疾病背景可以根据名称列举疾病。
[0049]适宜性标准注释指定与分子标记测试的临床适用性相关的任何额外的临床背景。一些可能的适宜性标准可以包括(例如):当前患者护理阶段、患者年龄、患者性别、患者种族或者地域血统等等。在⑶S系统30采用与患者护理工作流程一致或者描绘患者护理工作流程的临床指导的实施例中，通过临床指导阶段表示当前患者护理阶段的适宜性标准注释。更一般而言，对于CDS系统30和目录34两者而言使用相同的患者护理阶段命名法能够实现相应于当前患者护理阶段的快速且无歧义搜索。适宜性标准也能够是具有高度的疾病特异性的。例如，Oncotype DX"测试的适宜性标准包括患者结节(node)阴性，ER阳性，以及适于接受三苯氧胺处置。
[0050]一个或多个分子标记测试定义依据实际测量结果(即，输入分子标记数据字段)和应用于这些测量结果的分析算法而定义实际分子测试。如前所述，有时能够测量不同的量来评估同一基因组标记，例如，在前一范例中，能够测量DNA中的基因值，或者测量转录RNA中的基因值，或者测量转译蛋白质的表达水平。这些中的每者需要不同的分子标记测试定义。还应理解，给定分子标记测试可以利用多种基因测量，例如，Oncotype DX"测试测
量21种不同的分子标记。测试定义的分析算法部分指定了这些标记的组合和组合的输出。
[0051]总而言之，每一测试定义定义了完整的分子标记测试，所述完整的分子标记测试包括标记中的各体基因位点的基因组坐标、它们的实际值以及它们的值与所查询的临床结
果之间的数学关系。同样，作为范例，Oncotype DX?测试需要总共21种基因的测量结果。这一标记定义适当地列举这些基因种的每者，提供其基因组坐标以及用于查询WGS20中的这些基因的值的任何其他信息。在这种情况下，通过数学方程适当地体现所述分析算法，所述数学方程采取所述21种基因的测得的基因表达值并计算对应的“复发评分”。
[0052]尽管在图3的说明性条目中示出了两个不同的分子标记测试定义，但应理解可以少到只为给定分子标记测试提供单个分子标记测试定义。另一方面，在具有两个或更多不同的定义的分子标记测试中(就像在图3所示的具有两个不同的测试定义的说明性条目中那样)，任选根据优选情况对不同的定义进行排序。在一种适当的方案中，第一个列举出的定义是最优选的，如果最优选的测试不可用(例如，由于WGS20未包含填充第一测试定义的所有必要的输入分子标记数据字段的数据)，那么下一个列举出的定义是第一备选测试等。给定的分子标记测试定义可以任选包括其他信息。例如，在说明性的图3中，列举出任何颁发给所述测试定义的证书(例如，FDA批准的)。可以任选在测试定义的优先化设置中使用这一信息(即，FDA批准的测试有可能是最优选的，如果不能执行FDA批准的测试那么后面将跟随备选测试)。对多个测试定义进行排序，并且由此采用多个测试定义当中的自动选择是有利的，因为其不需要处置医师决定应当使用哪一测试定义。这样的决策对于不了解分子标记测试的处置医师而言可能很困难。然而，或者预见到具有多个未排序的测试定义，并且使医师命令请求/接收模块40要求由处置医师识别采用哪一测试定义，以作为医师对所要执行的分子标记测试的命令的部分。
[0053]结果/建议矩阵指定分子标记测试的临床结论或结果。所述矩阵的不同元对应于不同的可能测试结果和对应的建议。在一些情况下，这一字段不采用具有离散结果元的矩阵，而是可以指定对测试结果具有连续相关性的计算结果。这一字段描述将受到所述分子标记影响的临床决定。所述结果和/或建议可以依赖于临床背景。例如，相同的测试结果可能与矩阵中指定的针对不同临床指导阶段的不同建议发生联系。
[0054]图3所示的分子标记测试条目只是说明性的范例，并且应当理解，额外的或者不同的信息可以被包含在目录34的不同实施例中，或者额外的或者不同的信息可以以不同的布置和/或形式在目录34的不同实施例中。更一般而言，每一条目应当至少包括:(I)分子标记测试定义；以及(2)用于与患者6的临床背景进行比较的临床适用性注释。所述临床适用性注释至少包括(一项或多项)疾病诊断以及所述分子标记测试具有临床适用性的(一个或多个)当前患者护理阶段。
[0055]参考图4，其通过说明性流程图描述了由图1的系统适当地执行的背景相关的医疗标记测试识别。在操作60中，检测触发新的目录搜索的事件。例如，所述事件可以是所检测到的由CDS系统30跟踪的临床背景的变化。如前所述，在一些实施例中，可以由CDS系统30执行这样的检测，而在其他实施例中，可以经由CDS系统30的监测由目录搜索模块32执行所述检测。更一般而言，可以有各种可能的方式激发系统当中的“触发器”，从而执行患者与分子标记测试的匹配。例如，可以在更新指导时或者在更新患者记录时触发目录搜索。触发患者记录的更新可以由医师完成，或者可以自动发生。例如，在患者的年龄每年发生变化时，患者可能变得适合指导的一个或多个标准。考虑到就预防和筛查而言的指导，分子标记仅适合年龄超过45岁的人，因而所述系统应当在患者的46岁生日触发对该患者的可能的新的测试。另一种触发所述系统执行患者与可能的生物标记测试的匹配的方式是改变或更新分子标记目录34。随着针对所述标记的新的迹象的出现，可能会有在从背景上来讲适用于患者的一个或多个标准现。这样的更新可以由对使用目录编辑模块50执行的目录更新的即时检测来触发，或者可以是延迟的更新。例如，更新所述目录可以设置更新标签，可以对所述标签进行定期检查，例如，每天检查，以检测对所述目录的编辑，并触发所述系统执行患者与可能的生物标记测试的匹配。
[0056]由搜索模块32响应于一组被描述为规则(例如，通过谓语逻辑、或模糊逻辑或概率框架表达)的“触发器”的触发事件适当地执行生物标记测试目录34的自动搜索。例如，假设我们对患者的乳腺肿瘤测序，并基于患者的临床特征(年龄、ER/PR/HER2状态)和生物标记测试(例如OncoTypeDx),则为患者分配除三苯氧胺之外的给定辅药化疗。能够在稍后时间点激活的触发器之一是“患者停止对处置方案产生响应”的规则。一旦患者的疾病在辅药治疗期间发展，就激活触发器，并且所述系统将搜索能够适用于已经停止响应辅药治疗的患者的生物标记。如果患者的新的状态使得患者适于数据库中的生物标记，那么医师命令请求/接收模块40将就这种可能性对医师发出警报。
[0057]在能够处于卵巢癌诊断环境中的另一示说明性范例中，就血液中的CA125水平对患者进行定期监测。触发器能够是:当患者的CA125水平跨越诊断阈值时，因而现在将使得患者适于使用目录34中存储的新的分子标记，使用电子患者医疗记录22中存储的存储基因测序数据进行的测试。同时，假设具有针对卡钼敏感性的新的基于血液的标记，那么现在能够在不需要额外的活检的情况下使用最初以数字格式存储的基因测序数据对这一患者进行评估。在这一范例中，患者状态的变化触发对目录34中可得的分子标记测试的评估，但是未必一定要对患者再次活检，而是现有的数字存储的基因测序数据能够为活检的替代物，并且能够在计算机中完成分子标记评估。
[0058]其他变化，例如，临床指导当中的变化(例如，新的指导可能具有不同的患者年龄标准来衡量辅药化疗的适宜性)将触发对数据库中的所有患者的重新评估，以检查是否有任何额外的患者适合于这样的生物标记:该生物标记之后可以被评估，以测试新的患者是否将对化疗产生响应。作为另一个范例，可能是长期接受三苯氧胺治疗的乳腺癌患者适合于切换至另一种治疗，例如，来曲唑或阿那曲唑，并且这一切换能够基于针对初始活检的分子特征评估。由于全部的患者序列数据都可从初始活检获得，因而能够再次对其在计算机中进行查询，以评估患者的成功可能性。
[0059]分子标记测试的目录34的更新也能够触发新的搜索。例如，如果具有比现有的生物标记更高的敏感性和特异性的更新的生物标记最近被发现，并被添加到了目录34，那么这将触发对数据库中的所有适合患者的重新评估，以便改善临床决定。
[0060]在操作62中，目录搜索模块32基于患者6的临床背景规划搜索查询。例如，所述临床背景可以包括疾病诊断和当前患者护理阶段。这些通常可从CDS系统30获得。例如，CDS系统30通常存储用于为患者6选择适当的临床指导的疾病诊断，并且可以由患者的当前临床指导阶段适当地表示当前患者护理阶段。临床背景还任选包括通常从患者病历24获得的其他相关信息，例如，性别、年龄、当前药物治疗等等。按照适于目录34的存储格式的形式规划查询。例如，如果将目录34存储为关系数据库，那么可以通过结构化查询语言(SQL)适当地规划查询。如果按照文本格式存储目录34，那么可以将查询适当地规划为使用适当的算子的关键字搜索，所述算子例如为逻辑与(例如，“AND”)、逻辑或(例如，“OR”)、逻辑非(例如，“NOT”)等等。或者，搜索可以采用概率框架。查询的规划可以基于系统的自动“触发规则”，该规则使将使患者的临床背景与适用的分子特征匹配。所述匹配能够基于产生二元决策(是/适用或者否/不适用)的一阶逻辑或者更加复杂的贝叶斯框架，在贝叶斯框架中，将基于阈值概率值应用软决策规则(其也能够具有独立计算的意味)。
[0061]在操作66中，目录搜索模块32使用所规划的搜索查询执行对目录34的搜索，以便定位在变化的临床背景中(所述变化是在操作60中检测到的)对所述患者具有临床适用性的分子标记测试。在决策操作70中，目录搜索模块32确定是否已经对临床适用的测试定位。如果没有，那么在操作72中，目录搜索模块32终止检测操作60所触发的背景相关的分子标记测试搜索操作。
[0062]另一方面，如果决策操作70确定已经在操作66中定位了临床适用的分子标记测试，那么向医师推荐所定位的测试。在一些实施例中，执行操作74，其确定存储在电子患者医疗记录22中的WGS20是否含有足以在计算机中执行所定位的分子标记测试的所有基因信息。通常都将是这种情况，但是也可能存在例外。例如，在一些情况下，WGS20可能是不完整的，并且缺失的部分可能偶然含有所述测试所需的分子标记。在其他情况下，分子标记测试可能需要不能从WGS20中提取的数据，例如，实际测得的蛋白质表达水平。(原则上，通常能够由WGS20中含有的DNA或RNA测序数据获得等价的信息；然而，在一些情况下，在目录34中可能没有依照DNA或RNA测序数据定义所定位的分子标记测试的测试定义)。
[0063]在操作76中，医师命令请求/接收模块40将所定位的分子标记测试推荐给医师。这一推荐可以任选包括各种可能对医师决定是否命令所推荐的测试有用的信息，例如:对相关文献的链接(从目录条目获得的)；是否能够在计算机中执行所述测试的指示(如果已经经由任选的操作74对此进行了确定)；可以基于测试结果指示的可能的治疗修改的指示(例如，在医师已经通过与患者商议而决定不选择放射治疗的情况下，以及在所述测试可以提出的唯一治疗修正是启动放射治疗的情况下将是有用的)；等等。
[0064]参考图5，其通过说明性的流程图描述了图1的系统对根据图4的操作识别的医疗标记测试的执行。图5的流程图的起始点是图4的操作76，S卩，已经定位了并向医师推荐了临床适用分子标记测试。还假设在图5的流程图中患者的存储的基因测序数据20含有在所推荐的测试中使用的所有分子标记，从而所述测试能够在计算机中被执行。从这一起始点开始，在操作80中，医师命令请求/接收模块40接收命令以执行所推荐的分子标记测试。(在备选情况下，医师拒绝命令所述测试，那么运行终止。在另一种可能的备选情况下，医师根本不采取任何行动。在这种情况下，任选在向医师发送一次或多次提醒之后，所述推荐可能超时，因而运行终止。在图5中没有示出这些可能性。)在接收到医师的命令后，将命令传达给在计算机中执行的测试模块44的命令验证子模块42，并且命令验证子模块42在操作82中对所述命令进行验证。验证机制取决于医师命令的格式。例如，如果使用电子签名，那么对照医师的已知电子签名对所述电子签名进行核对。如果医师使用口令发送命令，那么对口令适当地进行核对。(尽管未示出，但是在一些实施例中，可以通过医师命令请求/接收模块40而不是测试模块44执行所述验证操作。这可以是更加方便的安排，例如，在口令核对的情况下。)如果验证失败，那么在操作84中采取补救行动，例如，通过请求医师重新输入其口令。
[0065]假设验证是成功的，那么由分子标记测试模块44在计算机中执行分子标记测试。在操作90，测试模块44从目录34检索分子标记测试定义。在操作92中，测试模块44访问电子患者医疗记录22中的WGS20，并利用从WGS20中提取的适当数据填充测试定义的输入分子标记数据字段。在操作94中，利用从患者病历24中获得的数据(或者视情况从另一可访问的来源获得的，或者通过请求由操作人员实时输入的缺失数据获得的)填充任何额外的输入数据字段(例如，患者年龄、患者性别等)。在操作96中，向在操作92、94中填充的数据字段中含有的数据应用测试定义的分析算法，并且任选使用结果来查询所定位的分子标记测试条目的结果/建议矩阵中存储的处置建议。在操作98中，将所述结果(以及任选的治疗建议)报告给医师。
[0066]能够改变参考图3和图4描述的过程对医师的表现形式。有利地，操作60、62、66、70、74—般对于医师而言是隐藏的，尽管在一些实施例中，预见到输出对这样效果的指示:该效果为对目录34进行了搜索但是没有定位到临床适用的测试(例如，输出电子患者病历24或者CDS系统30中存储的适当患者数据中的记号)。通常，与医师的第一次交互是在图4的操作76中测试被定位并被呈现给医师时。在一种适当的方案中，这种呈现是经由计算机的，例如，医师的台式机或笔记本电脑，或者是经由设置在患者的医院房间或者相关护士站的计算机的，等等。医师被通知了所定位的测试，为被提供有与相关文献的链接，并被询问是否命令所定位的测试。医师可以任选跟踪所述文献链接(例如，通过使用鼠标点击链接，由此将相关文献的文章显示在弹出浏览器窗口或其他窗口中)。如果医师选择命令所述测试，那么其点击“命令测试”按钮或者激活某种其他等价的用户输入(参考图5中的虚线操作100)。医师还有必要采取措施验证所述命令，例如，通过输入电子签名；或者如果医师登录了计算机，那么这一登录状态可以任选充当验证。
[0067]在计算机中执行的测试的优点是快速。在图5中，通过示出箭头102而对其给出了图解说明，该箭头指示了用于执行包括在计算机中执行的测试的操作90、92、94、96的时间间隔，所述时间间隔终止于指示接收到测试结果的操作104(对应于报告操作98)。时间间隔102取决于在操作96中应用的分析算法的复杂性、经由操作92、94填充的输入参数的数量、计算机46的处理能力和负荷等等。然而，假设响应于命令接收80、100无延迟地执行所识别的分子标记测试，并且还假设在操作98、104中将测试结果无延迟地经由计算机显示给医师，那么能够合理地预计时间间隔102为合理地简短。相应地，测试结果的接收98、104几乎是在命令操作80、100之后立即发生的(例如，在几秒中)。换言之，从医师的角度来看所述测试是实时执行的。
[0068]图5的流程图假设WGS20含有在所定位的分子标记测试中使用的所有分子标记，从而能够在计算机中执行所述测试。如果情况不是这样，那么在计算机中执行的分子标记测试模块44不适用，但是背景相关的目录搜索模块32仍然能够执行图4的流程图中所示的操作。在这种情况下，操作74将检测到在计算机中执行的测试是不可能的，并且推荐操作76将连同额外信息(即需要提取组织样本或者需要对已经提取的组织样本进行处理)一起推荐所定位的临床适用的分子标记测试，以便执行所述测试。还将适当地执行图5的操作80、82，以接收医师的命令，从而执行所述测试。然而，经验证的医师针对所述测试的命令将不会在计算机中被执行，而是被传送至医务人员或者适当的组织实体，例如，测试实验室，医务人员或者适当的组织实体之后经由组织样本处理(以及组织样本提取，如果需要的话)采集必要的分子标记数据。尽管这没有提供实时在计算机中执行的测试的优点，但是这的确能够提供文中公开的其他优点，例如，促进新的分子标准测试的加快采纳，提供可更新的并且可自动积极搜索的分子标记测试的目录(在患者的临床背景发生变化时，所述目录被自动搜索以获得相关的分子标记测试)等等。
[0069]已经参考优选实施例描述了本发明。显然，在阅读和理解了前面详细描述后，他人将做出修改和变化。本发明旨在被解释为包括所有这样的修改和变化，只要它们落在权利要求书或其等价要件的范围之内。
【权利要求】
1.一种装置，包括: 分子标记测试的目录(34)，其指定利用临床适用性注释进行注释的分子标记测试； 电子患者医疗记录(22)，其存储患者的基因测序数据(20)； 临床决策支持(CDS)系统(30)，其被配置为跟踪所述患者的临床背景，其中，所述临床背景至少包括疾病诊断和当前患者护理阶段； 目录搜索模块(32)，其被配置为对所述分子标记测试的目录进行搜索，以识别在由所述CDS系统跟踪的所述临床背景中对所述患者具有临床适用性的分子标记测试，其中，所述搜索是通过由一组触发规则定义的触发事件的发生而自动触发的；以及 测试模块(44)，其被配置为使用存储在所述电子患者医疗记录中的所述患者的所述基因测序数据在计算机中执行由识别模块识别的分子标记测试； 其中，所述CDS系统(30)、所述目录搜索模块(32)和所述测试模块(44)是由一个或多个电子数据处理设备体现的。
2.根据权利要求1所述的装置，其中，所述一组触发规则包括响应于患者状况的变化触发搜索的规则以及响应于所述分子标记的目录(34)的内容的变化触发搜索的规则。
3.根据权利要求2所述的装置，其中，所述CDS系统(30)被配置为通过跟踪所述患者在包括节点的临床指导中的位置并且连接边缘或路径而跟踪所述患者的所述临床背景，所述目录(34)中的分子标记测试利用还包括临床指导阶段适用性的临床适用性注释被注释，并且所述一组触发规则 还包括响应于所述临床指导的变化触发搜索的规则。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的装置，还包括: 命令请求/接收模块(40)，其由电子处理设备(46)体现并且被配置为推荐由所述识别模块识别的分子标记测试并接收医师命令以执行所推荐的分子标记测试； 其中，所述测试模块(44)被配置为使用存储在所述电子患者医疗记录中的所述患者的所述基因测序数据在计算机中执行所推荐的分子标记测试之前验证所述医师命令。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的装置，还包括: 目录编辑模块(50)，其被配置为使监管人能够对所述目录(34)进行编辑，以添加、删除和编辑分子标记测试； 其中，所述一组触发规则还包括响应于添加、删除或编辑分子标记测试的对所述目录(34)的编辑而触发搜索的规则。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的装置，其中，所述目录搜索模块(32)被配置为自动检测由所述CDS系统(30)跟踪的所述当前患者护理阶段的变化，并且响应于检测到所述变化而自动触发对所述分子标记测试的目录(34)的搜索，以识别在由所述CDS系统跟踪的所述临床背景中对所述患者具有临床适用性的分子标记测试。
7.根据权利要求1-5中任一项所述的装置，其中，所述CDS系统(30)被配置为响应于所述CDS系统跟踪所述当前患者护理阶段的变化而自动触发所述目录搜索模块(32)以搜索所述分子标记测试的目录(34)，从而识别在由所述CDS系统跟踪的所述临床背景中对所述患者具有临床适用性的分子标记测试。
8.一种结合分子标记测试的目录(34)和存储的患者的基因测序数据(20)操作的方法，所述目录指定了利用临床适用性注释进行注释的分子标记测试，所述方法包括: 使用临床决策支持(CDS)系统(30)对所述患者的所述临床背景进行电子跟踪；在所述电子跟踪期间，自动检测通过一组触发规则定义的触发事件的发生； 响应于所述检测而自动触发对所述目录(34)的电子搜索，以识别在由所述CDS系统跟踪的所述临床背景中对所述患者具有临床适用性的分子标记测试；并且 使用所述存储的基因测序数据(20)在计算机中执行所识别的分子标记测试。
9.根据权利要求8所述的方法，其中，所述一组触发规则包括: 响应于由所述CDS系统(30)使用的临床指导的变化而触发对所述目录(34)的电子搜索的规则； 响应于患者记录数据的变化而触发对所述目录(34)的电子搜索的规则；以及响应于所述分子标记测试的目录(34)的内容的更新而触发对所述目录(34)的电子搜索的规则。
10.根据权利要求8-9中任一项所述的方法，其中，在计算机中执行所识别的分子标记测试是以接收到医师的执行所述分子标记测试的命令为条件的。
11.根据权利要求8-10中任一项所述的方法，其中，所述电子搜索采用定义了所述患者的所述临床背景的搜索参数，所述临床背景至少包括疾病诊断和当前患者护理阶段。
12.根据权利要求8-11中任一项所述的方法，还包括: 采集包括所述患者的全基因组序列(20)的基因测序数据；并且 将所述全基因组序列存储到电子患者医疗记录(22)中，所述电子患者医疗记录还存储所述患者的电子病历(24)。
13.根据权利要求8-12中任一项所述的方法，还包括: 经由用户接口设备接收目录更新，所述目录更新包括添加、修改或删除分子标记测试；并且 利用所接收的目录更新来更新所述目录(34)； 其中，所述更新不修改由所述CDS系统(30)使用的任何临床指导。
14.一种存储指令的非暂态存储介质，所述指令能由电子处理设备执行，以执行如权利要求8-13中任一项所述的方法。
15.一种装置,包括: 分子标记测试的目录(34)，其指定利用临床适用性注释进行注释的分子标记测试； 电子数据处理设备(46)，其被配置为执行包括下述内容的方法: 跟踪患者的临床背景， 检测所述跟踪期间的所述临床背景的变化，并且 响应于所述检测对所述目录(34)进行搜索，以得到在变化的临床背景中对所述患者具有临床适用性的分子标记测试。
16.根据权利要求15所述的装置，还包括: 监管人电子数据处理设备(52)，其被配置为使监管人能够对所述目录(34)进行编辑，以增加、删除和编辑分子标记测试。
17.根据权利要求16所述的装置，其中，所述电子数据处理设备(46)还被配置为: 检测对所述目录(34)的编辑；并且 响应于对编辑的所述检测对所述目录(34)进行搜索，以得到在所跟踪的临床背景中对所述患者具有临床适用性的分子标记测试。
18.根据权利要求15-17中任一项所述的装置，还包括: 电子存储设备，其存储所述患者的全基因组序列(20)； 其中，所述电子数据处理设备(46)还被配置为使用从存储在所述电子存储设备中的所述患者的所述全基因组序列中提取的基因数据在计算机中执行由所述搜索定位的分子标记测试。
19.根据权利要求15-18中任一项所述的装置，其中，所述电子数据处理设备(46)还被配置为: 将由所述搜索定位的所述分子标记测试推荐给监督所述患者的医疗护理的医师；并且 接收医师命令以执行由所述搜索定位的所述分子标记测试。
20.根据权利要求15-19中任一项所述的装置，其中，所述电子数据处理设备(46)定义了执行所述跟踪的临床决策支持(CDS)系统(30)。
21.根据权利要求20所述的装置，其中，所述电子数据处理设备(46)还被配置为: 在对患者的临床背景 的跟踪中检测由所述CDS系统(30)使用的临床指导的变化；并且 响应于对所述临床指导的变化的所述检测而对所述目录(34)进行搜索，以得到对这样的患者具有临床适用性的分子标记测试:所述患者的临床背景使用变化的临床指导被跟足示O
22.根据权利要求15-21中任一项所述的装置，其中，指定利用临床适用性注释进行注释的分子标记测试的分子标记测试的目录(34)存储针对每个分子标记测试的条目，所述条目包括: 指示一种或多种疾病的疾病背景注释，针对所述一种或多种疾病所述分子标记测试具有临床适用性；以及 至少一个分子标记测试定义和分析算法，其中，所述至少一个分子标记测试定义对输入分子标记数据字段进行定义，并且所述分析算法在所述输入分子标记数据字段上进行操作以执行所述分子标记测试。
【文档编号】G06F19/18GK103975328SQ201280059837
【公开日】2014年8月6日 申请日期:2012年11月29日 优先权日:2011年12月5日
【发明者】V·瓦拉达恩, S·卡玛拉卡兰, A·亚内夫斯基, N·班纳吉, N·迪米特罗娃 申请人:皇家飞利浦有限公司