一种用于检测小鼠胆固醇代谢基因表达的实时定量pcr芯片的制作方法
【专利摘要】本发明涉及一种用于检测小鼠胆固醇代谢基因表达的实时定量PCR芯片，该实时定量PCR芯片以与胆固醇代谢密切相关的88基因作为检测位点，并选取了4个看家基因。本发明的实时定量PCR芯片能对小鼠胆固醇代谢相关基因进行针对性分析，实验周期短，数据处理简单，花费少，且不需要专门的实验机构检测，只要拥有一台定量PCR仪，本发明的实时定量PCR芯片的扩增效率高，定量结果可靠，重复性好，特异性高。
【专利说明】—种用于检测小鼠胆固醇代谢基因表达的实时定量PCR芯片
【技术领域】
[0001]本发明属于检测胆固醇基因的表达领域，特别涉及一种用于检测小鼠胆固醇代谢基因表达的实时定量PCR芯片(qPCR array)。
【背景技术】
[0002]目前，研究基因表达差异的技术主要有表达谱芯片，RNA测序以及qPCR array等。表达谱芯片是采用cDNA或寡核苷酸片段作探针，固化在芯片上；将待测样品(处理组)与对照样品的mRNA以两种不同的荧光分子进行标记，然后同时与芯片进行杂交，通过分析两种样品与探针杂交的荧光强度的比值，来检测基因表达水平的变化。RNA测序，也称转录组测序。转录组是指某个物种的特定组织或细胞在某一生理功能状态下所有转录的mRNA产物的集合，是基因组遗传信息传递和表达的重要步骤和过程。其基本原理:提取样本总RNA后，分离纯化RNA。mRNA片段化处理，反转录反应合成双链cDNA，反转录后连接测序接头。DNA成簇扩增，使其达到一定丰度，获得足够的序列；高通量测序，获得序列信息；数据分析，通过与参考基因组比对或从头组装形成全基因组范围的转录谱。高通量转录组测序可以获得大量转录本序列信息，定量基因转录表达水平。qPCR array技术结合了实时定量PCR以及基因芯片特点，每张qPCR芯片如同上百个qPCR微反应池的集成，每个微反应池都固定有基因特异性引物，当加入含有模板和荧光基团的qPCR反应体系后，在相同的反应条件下，不同的基因都能同时进行特异性扩增，每个微反应池的位置信息就代表了某个特定基因，利用荧光信号的积累实时监测每个微反应池中PCR反应的过程，最后通过标准曲线就能同时对上百个基因的mRNA水平进行准确定量分析。它是一种高度灵敏和可靠的功能基因组研究方法。
[0003]现有的关于研究胆固醇代谢基因表达的方法，大都是基于表达谱芯片，RNA测序。但是这两种方法具有以下缺点:表达谱芯片中并没有准确的定量信息，结果需要大量的实验验证；表达谱芯片是一种广谱的筛选方法，其并没有针对性研究基因，许多与研究对象无关的基因会产生大量无用或错误的信息，干扰结果分析；RNA-Seq能够检测样品中的所有RNA,而细胞中很大一部分RNA都来自核糖体和线粒体，限制了其他RNA的读取数量以及这些RNA表达水平的准确性。同时这两种方法，科研花费高，并且只能在专业实验中心完成。不具备在普通实验室完成的条件。而qPCR array技术具有实时定量PCR的精确定量以及基因芯片的高通量检测技术与功能分类的优点，能够同时准确定量分析上百个基因；实验周期短，数据处理简单；花费少，且不需要专门的实验机构检测，只要拥有一台定量PCR仪，其可以在任何一间普通的分子生物学实验室完成。所以，其是一种高度灵敏和可靠的功能基因组研究方法。
`[0004]随着功能基因组研究的逐步深入，qPCR芯片越来越受到重视，使用量逐年上升，成为了功能基因组研究的重要工具。
【发明内容】
[0005]本发明所要解决的技术问题是提供一种用于检测小鼠胆固醇代谢基因表达的实时定量PCR芯片，该芯片能对小鼠胆固醇代谢相关基因进行针对性分析，具有扩增效率高、重复性好、特异性强的优点。
[0006]本发明的一种用于检测小鼠胆固醇代谢基因表达的实时定量PCR芯片，该实时定量PCR芯片以与胆固醇代谢密切相关的88基因作为检测位点，并选取了 4个看家基因，所述的与胆固醇代谢密切相关的88基因、4个看家基因以及其对应的引物如下:
[0007]与胆固醇代谢密切相关的88基因及其对应的引物:
【权利要求】
1.一种用于检测小鼠胆固醇代谢基因表达的实时定量PCR芯片，其特征在于:该实时 定量PCR芯片以与胆固醇代谢密切相关的88基因作为检测位点，并选取了 4个看家基因， 所述的与胆固醇代谢密切相关的88基因、4个看家基因以及其对应的引物如下:
2.根据权利要求1所述的一种用于检测小鼠胆固醇代谢基因表达的实时定量PCR芯片，其特征在于:所述的与胆固醇代谢密切相关的88基因和4个看家基因，共92个基因的上游引物和下游引物分别放置在两块96孔PCR板中。
3.根据权利要求1所述的一种用于检测小鼠胆固醇代谢基因表达的实时定量PCR芯片，其特征在于:所述的实时定量PCR芯片中还设有基因组DNA污染质控和阴性对照，所述的实时定量PCR芯片中基因在96孔PCR板上的排列方式如下:
【文档编号】C12Q1/68GK103820552SQ201410067737
【公开日】2014年5月28日 申请日期:2014年2月26日 优先权日:2014年2月26日
【发明者】朱长保, 肖君华, 李凯, 周宇荀 申请人:东华大学