专利名称：：B型流感嗜血杆菌的制作方法
技术领域：
：本发明属于流感嗜血杆菌(^#^/7^#虜//^^w加e)免疫学和疫苗学领域。
背景技术：
：流感嗜血杆菌是一种小的、不能运动的革兰氏阴性球杆菌。它是造成广谱人类感染的呼吸道病原体，其中包括上呼吸道的无症状集群(colonization)(即迁移)；从集群的粘膜表面延伸的感染，造成中耳炎(中耳发炎)、支气管炎、结膜炎、窦炎、尿道感染和肺炎；以及侵入性感染，如菌血症、脓毒性关节炎、会厌炎、肺炎、脓胸、心包炎、蜂窝织炎、骨髓炎和脑膜炎。流感嗜血杆菌(Hf"/^e^"e)是第一种被公布全部基因组序列的细菌[l]。流感嗜血杆菌菌株是有荚膜(可分型)或没有荚膜的(不可分型)，荚膜菌株有六种主要的血清型(a-f)。95%的流感嗜血杆菌造成的侵入性疾病是由B型流感嗜血杆菌('Hib')菌株造成的。ffib疾病最严重的表现为脑膜炎，但20世纪80年代基于偶联Hib荚膜糖的疫苗出现极大的降低该病的发病率。偶联疫苗的制造涉及糖类和载体的制备和随后的偶联，就制造而言，简单的蛋白质抗原将更加方便。血清型d菌株KW20的基因组序列[1，2]已被用于理解基础流感嗜血杆菌生物学，但还无法用于抵抗致病性流感嗜血杆菌菌株，这是因为血清型d菌株通常不是病原体。本发明的一个目的是提供用于开发预防和/或治疗由b型流感嗜血杆菌菌株造成的感染的疫苗的多肽。具体地说，本发明的一个目的是提供用于改进预防和/或治疗由Hib造成的细菌性脑膜炎的疫苗的多肽。所述多肽还可用于诊断目的以及作为抗生素的靶点。发明概述32多嚴本发明提供了包含实施例中所述流感嗜血杆菌氨基酸序列的多肽。这些氨基酸序列是SEQIDNO2-3706中的偶数序列。因此有1853个氨基酸序列，并被称为HIB朋朋，其中朋朋为0001-1853之间的数字。本发明还提供了包含与实施例中所述的流感嗜血杆菌氨基酸序列具有序列相同性的氨基酸序列的多肽。根据具体的序列，序列相同性程度优选大于50%(例如60%、70%、75°/。、800/。、85%、90o/o、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高)。这些多肽包括同源物、直向同源物、等位基因变体和功能突变体。一般地，两种多肽序列之间相同性为50%或更高被认为是功能等效的标志。优选用MPSRCH程序(OxfordMolecular)中运行的Sm他-Waterman同源性检索算法来确定多肽间的相同性，其釆用带有参数欽"^:及巧为、=^和欽/7延辦^力^=/的仿射缺口检索来进行。与实施例的Hib序列相比，这些多肽可包含一个或多个(如1、2、3、4、5、6、7、8、9、IO等)保守的氨基酸取代，即用具有相关侧链的另一种氨基酸取代原有氨基酸。遗传编码氨基酸通常分成4种家族(l)酸性，即天冬氨酸、谷氨酸；(2)碱性，即赖氨酸、精氨酸、组氨酸；(3)非极性，即丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸；和(4)不带电荷的极性氨基酸，即甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸。有时将苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸一起称为芳族氨基酸。通常，在这些家族中的单个氨基酸取代不会对生物活性产生重要影响。而且，相对于实施例中的Hib序列，所述多肽可以有一个或多个(如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等)单个氨基酸的缺失。而且，相对于实施例中的Hib序列，所述多肽还可包含一个或多个(如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等)插入(如l、2、3、4或5个氨基酸)。优选的本发明的多肽如下所述，包含那些脂质化的、位于外膜中的、位于内膜中的、或位于周质中的多肽。尤其优选的多肽是同时属于这些范畴中l种以上的多肽，如位于外膜中的脂质化多肽，如HIB0374、HIB0382、HIB0426、HIB0733、HIB0734、HIB1564和HIB1654。两种优选的脂蛋白是HIB1027和HIB1255。翻译后加工信号肽后脂蛋白的N端半胱氨酸共价连接于脂质。本发明还提供包含实施例中公开的流感嗜血杆菌氨基酸序列的片段的多肽。所述片段包含该序列中至少w个连续氨基酸，针对特定序列，《为7或更大(如8、10、12、3314、16、18、20、22、24、26、28、30、35、40、45、50、60、70、80、卯、100或更大)。所述片段可包含该序列的至少一个T细胞表位，或优选地，B细胞表位。T细胞表位和B细胞表位可凭经验鉴定(如采用PEPSCAN[3，4]或类似方法)或预测(如采用Jameson-Wolf抗原性指数[5]、矩阵基方法[6]、TEPITOPE[7]、神经网络[8]、OptiMer&EpiMer[9，10]、ADEPT[ll]、Tsites[12]、亲水性[13]、抗原性指数[14]或参考文献15公开的方法等)。其它优选片段为(a)本发明的Hib多肽的N端信号肽、(b)不具有N端信号肽的Hib多肽、(c)不具有其N端氨基酸残基的Hib多肽。本发明的多肽可以许多方式制备，如化学合成(全部或部分)、用蛋白酶消化较长多肽、RNA翻译、从细胞培养物(如重组表达的细胞培养物)或生物体本身(如经过细菌培养或直接来自患者的生物体)进行纯化等。制备长度<40个氨基酸的多肽的优选方法包括体外化学合成[16，17]。尤其优选固相的肽合成，如基于tBoc或Fmoc[18]化学的方法。也可部分或全部采用酶合成[19]。作为对化学合成的替代方法，还可采用生物合成，例如可以通过翻译来制备多肽。这可在体外或体内进行。生物学方法通常限于制备L氨基酸多肽，然而操纵翻译机制(如氨酰基tRNA分子)可用于引入D氨基酸(或其它非天然氨基酸，如碘化酪氨酸或甲基苯丙氨酸、叠氮高丙氨酸等)[31]。然而，含有D氨基酸时，优选采用化学合成方法。可在C末端和/或N末端对本发明的多肽进行共价修饰。本发明的多肽可采取各种形式(如天然、融合、糖基化、非糖基化、脂质化、非脂质化、磷酸化、非磷酸化、十四垸基化、非十四烷基化、单体、多聚体、颗粒、变性等)。优选提供纯化或基本纯化形式，即基本上不含其它多肽(如不含天然产生的多肽)，尤其是不含其它嗜血杆菌或宿主细胞多肽的本发明的多肽，一般至少约50%纯(重量)，通常至少约90%纯，即其它表达多肽占该组合物的约50%以下，更优选约10%以下(如5%或更少)。本发明的多肽优选为流感嗜血杆菌多肽。本发明的多肽优选具有表I中所述相关序列的功能。本发明的多肽可连接于固相载体。本发明的多肽可包含可检测标记(如放射性或荧光标记或生物素标记)。术语"多肽"指任何长度的氨基酸聚合物。所述聚合物可以是直链或支链，它可包含修饰氨基酸，并且可被非氨基酸所中断。所述术语还涵盖经天然修饰或介入(intervention)修饰的氨基酸聚合物；例如，二硫键形成、糖基化、脂质化、乙酰化、磷酸化或任何其它操控或修饰，如与标记组分偶联。该定义还包括(例如)含有一个或多个氨基酸类似物(包括(如)非天然氨基酸等)以及其它本领域公知修饰的多肽。多肽可以单链或结合链的形式存在。本发明的多肽可以是天然或人工糖基化的多肽(即所述多肽的糖基化模式与在相应的天然产生多肽中发现的糖基化模式不同)。本发明提供的多肽包含序列-X-Y-或-Y-X-，其中-X-为上述定义的氨基酸序列，-Y-并非上述定义的序列，即本发明提供融合蛋白。当多肽编码序列的N末端密码子并非ATG时，所述密码子将会按照该密码子的标准氨基酸进行翻译而不是翻译成Met，这种情况发生在该密码子翻译成起始密码子时。本发明提供一种制备本发明多肽的方法，所述方法包括在诱导多肽表达的条件下培养本发明的宿主细胞的步骤。本发明提供一种制备本发明多肽的方法，其中所述多肽部分或完全用化学方法合成。本发明提供了一种含有两种或多种本发明多肽的组合物。本发明还提供一种以通式NH2-A-[-X-L-]"-B-COOH表示的杂交多肽，其中X为上述定义的本发明的多肽，L为任选的接头氨基酸序列，A为任选的N末端氨基酸序列，B为任选的C末端氨基酸序列，"为大于l的整数。w值在2和x之间，x值一般为3、4、5、6、7、8、9或10。优选地，w为2、3或4;更优选地为2或3;最优选地，"=2。在每种"的例子中，-X-可以相同或不同。在[-X-L-]的每种"的例子中，接头氨基酸序列-L-可有或无。例如，当"=2时，该杂交体可以是NH2隱X-L广X2-L2-COOH、NH2-X广X2-COOH、NHrX广L!-X2-COOH、NH2-X,-X2-L2-COOH等。接头氨基酸序列-L-一般为短序列(如20个或更少氨基酸，即19、18、17、16、15、14、B、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1个)。例子包括有助于克隆的短肽序列、聚甘氨酸接头(即Gly。，其中"=2、3、4、5、6、7、8、9、10或更大)、和组氨酸标签(即His"，其中"=3、4、5、6、7、8、9、10或更大)。其它合适的接头氨基酸序列对本领域技术人员而言是显而易见的。-A-和-B-为任选序列，一般为短序列(如40个或更少氨基酸，即39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1个)。例子包括指导多肽运输的前导序列，或有助于克隆或纯化的短肽序列(如组氨酸标签，即His"，其中"=3、354、5、6、7、8、9、IO或更大)。其它合适的N末端和C末端氨基酸序列对本领域技术人员而言是显而易见的。可采用各种试验来评估本发明的多肽的体内免疫原性。例如，多肽可重组表达并通过免疫印迹法用来筛选患者血清。多肽和患者血清之间发生阳性反应说明患者以前对所研究蛋白产生了免疫应答，即该蛋白为免疫原。这种方法还可用来鉴定优势免疫蛋白。谅谬本发明提供了与本发明多肽结合的抗体。它们可以是多克隆或单克隆抗体，并可由任何合适方法制备(如通过重组表达)。为了增加其与人免疫系统的相容性，所述抗体可以是嵌合抗体或人源化抗体[如，参考文献21和22]，或可采用完全人抗。所述抗体可以包含可检测标记(如用于诊断试验)。本发明抗体可以连接于固相载体。本发明抗体优选为中和抗体。单克隆抗体对鉴定和纯化与之结合的单个多肽尤其有用。本发明的单克隆抗体也可以用作免疫测定、放射性免疫试验(RIA)或酶联免疫吸附试验(ELISA)等的试剂。在这些应用中，可用可分析检测试剂如放射性同位素、荧光分子或酶标记抗体标记抗体。以上述方法制备的单克隆抗体还可用于本发明的多肽的分子鉴定或表征(表位作图)。本发明抗体优选特异于嗜血杆菌属细菌，即相对于非嗜血杆菌属细菌它们优选地与嗜血杆菌属细菌结合。更优选地，所述抗体对Hib具有特异性，即相对于非b型流感嗜血杆菌菌株它们优选地与Hib细菌结合。本发明抗体优选地以纯化或基本纯化形式提供。一般地，抗体存在于基本上不含其它多肽的组合物中，如组合物中其它多肽少于90%(重量)，通常少于60%，更通常少于50%。本发明抗体可以是任何同种型(如IgA、IgG、IgM，即a、y或p重链)，然而通常为IgG。在IgG同种型中，抗体可以是IgGl、IgG2、IgG3、IgG4亚类。本发明抗体可具有K或A轻链。本发明抗体可具有各种形式，包括完整抗体，抗体片段如F(ab，)2和F(ab)片段、Fv片段(非共价异二聚体)、单链抗体(如单链Fv分子(scFv))、小抗体、寡抗体(oligobody)等。术语"抗体"不暗指任何特定来源，并包括由非常规方法(如噬菌体展示)所获得36的抗体。本发明提供一种检测本发明多肽的方法，包括如下步骤(a)在适于形成抗体-抗原复合物的条件下将生物样品与本发明抗体接触；和(b)检测所述复合物。本发明提供一种检测本发明抗体的方法，包括如下步骤(a)在适于形成抗体-抗原复合物的条件下将生物样品(如血液或血清样品)与本发明的多肽接触；和(b)检测所述复合物。凝膺本发明提供了含有实施例中所述流感嗜血杆菌核苷酸序列的核酸。这些核酸序列是SEQIDNO1-3706中的奇数序列。本发明还提供了含有与实施例中所述的流感嗜血杆菌核苷酸序列具有序列相同性的核苷酸序列的核酸。序列之间的相同性优选用上述Smith-Waterman同源检索算法确定。本发明还提供可与实施例中所述的流感嗜血杆菌核酸杂交的核酸。杂交反应可以在不同"严格"条件下进行。本领域众所周知并公开了提高杂交严格性的条件[如参考文献23第7.52页]。相关条件的例子包括(以严格性递增的顺序)培育温度25。C、37°C、50°C、55。C和68°C;缓冲液浓度IOXSSC、6XSSC、1XSSC、O.IXSSC(其中SSC为0J5MNaCl和15mM柠檬酸盐的缓冲液)及采用其它缓冲体系的等效物；甲酰胺浓度0%、25%、50%和75%;培育时间从5分钟到24小时；1次、2次或更多次洗涤步骤；l分钟、2分钟或15分钟的洗涤培育时间；洗涤溶液6XSSC、1XSSC、O.IXSSC或去离子水。杂交技术及其优化为本领域公知[如见参考文献23-26等〗。一些实施方式中，本发明核酸在低严格条件下与靶点杂交；在其它实施方式中它在中等严格条件下杂交；优选实施方式中，它在高度严格条件下杂交。低严格杂交条件的示例性参数组为5(TC和IOXSSC。中等严格杂交条件的示例性参数组为55°C和1XSSC。高度严格杂交条件的示例性参数组为68。C和0.1XSSC。还提供了包含这些序列片段的核酸。它们应该包含流感嗜血杆菌序列中的至少n个连续核苷酸，根据特定序列，n为IO或更多(如12、14、15、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200或更多)。本发明提供通式5'-X-Y-Z-3'的核酸，其中-X-为由x个核苷酸组成的核苷酸序列；-Z-为Z个核苷酸组成的核苷酸序列；-Y-为由以下片段组成的核苷酸序列(a)选自SEQIDNO:1-5079中奇数编码的序列的片段；或(b)(a)的互补物；所述核酸5'-X-Y-Z-3，不是(i)SEQIDNO:1-3705中奇数编码的序列的片段，也不是(ii)(i)的互补物。-乂-和/或-2-部分可包含启动子序列(或其互补物)。本发明还提供了编码本发明多肽和多肽片段的核酸。本发明包括的核酸含有与序列表中所列序列互补的序列(如作为反义链或探针，或用作引物)以及实际所示定位的序列。本发明核酸可用于杂交反应(如Northern或Southern印迹、或用于核酸微阵列或'基因芯片')、扩增反应(如PCR、SDA、SSSR、LCR、TMA、NASBA等)和其它核酸技术。本发明核酸可具有各种形式(如单链、双链、载体、引物、探针、标记等)。本发明核酸可以是环状或支链，然而通常为直链。除非另有限定或要求，采用核酸的本发明任何实施方式均可采用双链形式和组成该双链形式的两条互补的单链形式。引物和探针通常为单链，反义核酸通常也是单链。优选以纯化或基本纯化的形式，即基本上不含其它核酸(如不含天然产生的核酸)、尤其不含其它嗜血杆菌属或宿主细胞核酸的形式提供本发明核酸，通常为至少约50%纯(重量)，通常至少约90%纯。本发明核酸优选地为流感嗜血杆菌核酸。本发明核酸可以多种方式制备，如完全或部分采用化学合成(如DNA的亚磷酰胺合成)，用核酸酶(如限制性酶)消化较长核酸，连接基因组或cDNA文库中的较短核酸或核苷酸(如采用连接酶或聚合酶)等。本发明核酸可以连接于固相载体(如珠子、平板、滤纸、膜、玻片、微阵列载体、树脂等)。可用(如)放射性标记或荧光标记、或生物素标记标记本发明核酸。当该核酸用于检测技术，如该核酸是引物或探针时，标记特别有用。术语"核酸"通常包括任何长度的核苷酸的聚合形式，其包含脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸和/或其类似物。它包括DNA、RNA、DNA/RNA杂交体。它还包括DNA或RNA类似物，如含有修饰主链(如肽核酸(PNA)或硫代磷酸酯)或修饰碱基的类似物。因此本发明包括mRNA、tRNA、rRNA、核酶、DNA、cDNA、重组核酸、支链核酸、质粒、载体、探针、引物等。当本发明的核酸采用RNA形式时，它可能或可能不带有5'帽。本发明核酸包含Hib序列，然而它们还可以包含非Hib序列(如上述通式385'-X-Y-Z-3，的核酸)。这对探针而言尤其适用，从而可使探针包含与Hib靶核酸互补的第一序列和不与靶核酸互补的第二序列。引物中的任何此类非互补序列优选位于互补序列的5，。典型的非互补序列包含限制性位点或启动子序列。本发明的核酸可用许多方法制备，如化学合成(至少一部分)，用核酸酶(如限制性酶)消化较长核酸，连接基因组或cDNA文库中的较短核酸(如釆用连接酶或聚合酶)等。本发明核酸可以是载体的一部分，即设计用于转导/转染一种或多种细胞类型的核酸构建物的一部分。载体可以是，例如，设计用来分离、增殖和复制插入核苷酸的"克隆载体"，设计用来在宿主细胞中表达核苷酸序列的"表达载体"，设计用来生产重组病毒或病毒样颗粒的"病毒载体"，或包括超过一种类型的载体的属性的"穿梭载体"。优选的载体为质粒。"宿主细胞"包括单个细胞或细胞培养物，其可以作为或已经作为外源核酸的受体。宿主细胞包括单个宿主细胞的后代，并且由于天然、偶然或有意的突变和/或改变，所述后代不一定与原始亲代细胞完全相同(形态方面或总DNA互补物(complement)方面)。宿主细胞包括用本发明核酸在体内或体外转染或感染的细胞。当核酸为DNA时，应理解，RNA序列中的"U"会被DNA中的"T"取代。相似地，当核酸为RNA时，应理解，DNA序列中的"T"会被RNA中的"U"取代。当术语"互补物"或"互补"用于核酸时，指Watson-Crick碱基配对。因此C的互补物为G，G的互补物为C，A的互补物为T(或U)，T(或U)的互补物为A。还可能使用如I(嘌呤肌苷)这样的碱基，与嘧啶(C或T)互补。所述术语还暗示了方向，即5，-ACAGT-3，的互补物为5，-ACTGT-3，而不是5，-TGTCA-3，。本发明核酸可用于，例如制备多肽；作为在生物样品中检测核酸的杂交探针；产生核酸的额外拷贝；产生核酶或反义寡核苷酸；作为单链DNA引物或探针；或作为形成三链的寡核苷酸。本发明提供一种制备本发明核酸的方法，其中所述核酸部分或全部釆用化学方法合成。本发明提供包含本发明核苷酸序列的载体(如，克隆或表达载体)和转染有所述载体的宿主细胞。本发明还提供包含用于扩增嗜血杆菌属细菌(例如流感嗜血杆菌)核酸序列内所含模板序列的引物(如PCR引物)的试剂盒，所述试剂盒包含第一引物和第二引物，其39中所述第一引物与所述模板序列基本互补，所述第二引物与所述模板序列的互补物基本互补，其中基本互补的所述引物部分确定了待扩增模板序列的末端。所述第一引物和/或第二引物可包括可检测标记(如荧光标记)。本发明还提供一种试剂盒，其包括第一和第二单链寡核苷酸，其可以扩增单链或双链核酸(或其混合物)内所含的嗜血杆菌属模板核酸序列，其中(a)所述第一寡核苷酸包含与所述模板核酸序列基本互补的引物序列；(b)所述第二寡核苷酸包含与所述模板核酸序列的互补物基本互补的引物序列；(c)所述第一寡核苷酸和/或所述第二寡核苷酸包含不与所述模板核酸互补的序列；和(d)所述引物序列确定了待扩增模板序列的末端。所述特征(c)的非互补序列优选位于所述引物序列的上游(即其5'方向)。(c)序列中一种或两种可包含限制性位点[如参考文献27]或启动子序列[如28]。第一寡核苷酸和/或第二寡核苷酸可包括可检测标记(如荧光标记)。所述模板序列可以是基因组序列，例如SEQIDNO:3707的任何部分。本发明提供了检测本发明核酸的方法，所述方法包括以下步骤(a)在杂交条件下将生物样品与本发明核酸探针接触以形成双链体；和(b)检测所述双链体。本发明提供检测生物样品(如血液)中的流感嗜血杆菌的方法，该方法包括在杂交条件下将生物样品与本发明核酸接触的步骤。所述方法可以包括核酸扩增(如，PCR、SDA、SSSR、LCR、TMA、NASBA等)或杂交(如微阵列、印迹、在溶液中与探针杂交等)。已经报道过用PCR检测临床样品中的流感嗜血杆菌[如，见参考文献29和30]。在参考文献31中总体描述了基于核酸的临床试验。本发明提供一种制备靶序列片段的方法，其中通过延伸核酸引物制备所述片段。所述靶序列和/或引物为本发明的核酸。所述引物延伸反应可涉及核酸扩增(如，PCR、SDA、SSSR、LCR、TMA、NASBA等)。本发明的核酸扩增可以是定量和/或实时扩增。就本发明的某些实施方式而言，核酸长度优选为至少7个核苷酸(如8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、55、60、65、70、75、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、225、250、275、300个核苷酸或更长)。就本发明的某些实施方式而言，核酸长度优选为至多500个核苷酸(如450、400、350、300、250、200、150、140、130、120、110、100、90、80、75、70、65、60、55、50、45、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15个核苷酸或更短)。本发明的引物和探针，以及其它用于杂交的核酸的长度优选为10-30个核苷酸(如10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸)。秀激资会激本发明提供的组合物含有..(a)本发明的多肽、抗体和/或核酸；和(b)药学上可接受的载体。这些组合物可能适合用作免疫原性组合物，例如，或者用作诊断试剂，或者用作疫苗。本发明的疫苗可以是预防性疫苗(即用于预防感染)或治疗性疫苗(即用于治疗感染)，但一般是预防性疫苗。"药学上可接受的载体"包括自身不诱导产生对接受该组合物的个体有害的抗体的任何载体。合适的载体一般为大的、代谢缓慢的大分子如蛋白质、多糖、聚乳酸、聚乙醇酸、多聚氨基酸、氨基酸共聚物、蔗糖、海藻糖、乳糖和脂质聚集体(如油滴或脂质体)。此类载体对本领域技术人员为公知技术。所述疫苗还可包含稀释剂，如水、盐水、甘油等。此外，可存在助剂，如湿润剂或乳化剂、pH缓冲物质等。无菌无热原的磷酸盐缓冲生理盐水是典型的载体。对药学上可接受赋形剂的详细讨论参见参考文献142。本发明的组合物可包含抗微生物剂、尤其是以多剂量形式包装时。本发明的组合物可包含去污剂，如吐温(聚山梨醇酯)，例如吐温80。去污剂的含量通常很低，如<0.01%。本发明的组合物可包含钠盐(如氯化钠)以提供张度(tonicity)。NaCl浓度一'般为10土2mg/ml。本发明的组合物通常包含缓冲液。一般为磷酸盐缓冲液。本发明的组合物，尤其是当其将被冻干或当它们包含由冻干材料重建获得的物质时，可包含(如)约15-30mg/ml(如25mg/ml)的糖醇(如甘露醇)或二糖(如蔗糖或海藻糖)。在冻干前可将用于冻干的组合物的pH调整为约6.1。本发明的多肽可与其它免疫调节剂一起给药。具体说，组合物通常包含疫苗佐剂。可用于本发明组合物的佐剂包括，但不限于丄#矿激廣游邀^笏41适合用作本发明佐剂的含矿物质的组合物包括无机盐(如铝盐和钙盐)。本发明包括无机盐，如氢氧化物(例如羟基氧化物)、磷酸盐(例如羟磷酸盐、正磷酸盐)、硫酸盐等[例如参见参考文献32的第8和9章]或不同无机化合物的混合物，该化合物采用任何合适的形式(例如凝胶、晶体、无定形等)，优选吸附于盐。含矿物质的组合物制成金属盐颗粒[33]。特别优选磷酸铝，尤其使当组合物含有流感嗜血杆菌糖类抗原时，典型的佐剂为无定形羟基磷酸铝，其PCVA1摩尔比为0.84-0.92，包括约0.6mgA产/ml。可以采用低剂量磷酸铝进行吸附，如每剂量每个偶联物采用50-100|^gAl3+。当组合物中含有一种以上偶联物时，不需要吸附所有的偶联物。5.潘储适合用作本发明佐剂的油乳剂组合物包括鲨烯-水乳剂，如MF59(采用微流化机将5%鲨烯、0.5%吐温80和0.5%Span85制成亚微米颗粒)[参考文献32的第10章；还参见参考文献34]。也可使用完全弗氏佐剂(CFA)和不完全弗氏佐剂(IFA)。C蕃#劍,考义#"第"享7皂苷制剂也可用作本发明的佐剂。皂苷为甾醇糖苷和三萜糖苷的异种组，其发现于广泛的植物种类的树皮、叶、茎、根甚至花中。分离自皂树(g^7/o/a^;owan'o,Molina)树皮的皂苷作为佐剂已广泛研究。在商业上，皂苷还可获自丽花菝葜(Sm"ax(墨西哥菝葜)、满天星(G少;wo;/z/〃a;^"&1//0&)(婚纱花)和月巴皂草(&^0""〃'"q^c/朋afc)(皂根)。皂苷佐剂制剂包括纯化制剂如QS21和脂质制剂如ISCOM。QS21以StimulonTM销售。皂苷组合物采用HPLC和RP-HPLC纯化。已鉴定出采用这些技术特别纯化的部分，包括QS7、QS17、QS18、QS21、QH-A、QH-B禾卩QH-C。优选地，皂苷为QS21。制备QS21的一种方法示于参考文献35。皂苷制剂还可包含甾醇，如胆固醇[36]。皂苷和胆固醇的组合可用于形成免疫刺激复合物(ISCOM)的独特颗粒[参考文献32第23章]。ISCOM通常也包含磷脂，如磷脂酰乙醇胺或磷脂酰胆碱。任何已知皂苷均可用于ISCOM。优选地，ISCOM包含一种或多种QuilA、QHA和QHC。ISCOM在参考文献36-38中进一步描述。任选地，ISCOM不含另外的去污剂[39]。有关皂苷基佐剂的进展的综述可见参考文献40和41。D.疯毒/,或疯毒#繊42病毒体和病毒样颗粒(VLP)也可用作本发明的佐剂。这些结构通常包含一种或多种来自病毒的蛋白，所述病毒任选结合磷脂或用磷脂配制。它们通常为不致病、不复制且通常不含有任何天然病毒基因组。所述病毒蛋白可由重组方法制备或从完整病毒中分离。这些适用于病毒体或VLP的病毒蛋白包括由如下病毒衍生的蛋白流感病毒(如HA或NA)、乙肝病毒(如核心蛋白或衣壳蛋白)、戊肝病毒、麻疹病毒、辛德比斯病毒(Sindbis)、轮状病毒、口蹄疫病毒、反转录病毒、诺沃克病毒(Norwalk)、人乳头状瘤病毒、HIV、RNA噬菌体、QP噬菌体(如外被蛋白)、GA噬菌体、fr噬菌体、AP205噬菌体、和Ty(如反转录转座子Ty蛋白pl)。VLP在参考文献42-47中进一步讨论。病毒体在参考文献48中进一步讨论。缠或微主嫌铺适用于本发明的佐剂包括细菌或微生物衍生物，如肠细菌脂多糖(LPS)的非毒性衍生物、脂质A衍生物、免疫刺激性寡核苷酸和ADP核糖基化毒素及其脱毒衍生物。LPS的非毒性衍生物包括单磷酰脂质A(MPL)和3-0-脱酰化MPL(3dMPL)。3dMPL为带有4、5或6条酰化链的3脱-O-酰化单磷酰脂质A的混合物。优选的"小颗粒"形式的3脱-O-酰化单磷酰脂质A在参考文献49中公开。此类3dMPL"小颗粒"足够小，能通过0.22pm膜进行无菌过滤[49]。其它非毒性LPS衍生物包括单磷酰脂质A模拟物，如氨烷基氨基葡糖苷磷酸衍生物，如RC-529[50，51]。脂质A衍生物包括大肠杆菌来源的脂质A的衍生物，如OM-174。OM-174在参考文献52和53中进行了描述。适合用作本发明佐剂的免疫刺激性寡核苷酸包括含有CpG基序(含有通过磷酸键与鸟嘌呤连接的未甲基化胞嘧啶的二核苷酸序列)的核苷酸序列。含有回文或聚(dG)序列的双链RNA和寡核苷酸也显现出免疫刺激性。CpG可包括核苷酸修饰/类似物，如硫代磷酸修饰并可为双链或单链。参考文献54、55和56公开了可能的类似物取代，如用2'-脱氧-7-脱氮鸟苷代替鸟苷。CpG寡核苷酸的佐剂效果在参考文献57-62中进一步讨论。CpG序列可指向TLR9，如基序GTCGTT或TTCGTT[63]。CpG序列可特异性诱导Thl免疫应答，如CpG-AODN，或可更特异性地诱导B细胞应答，如CpG-BODN。CpG-A和CpG-BODN在参考文献64-66中讨论。优选的CpG为CpG-AODN。优选地，构建CpG寡核苷酸使5'端能进行受体识别。可选地，两种CpG寡核苷酸以其3'端相连以形成"免疫聚体(immunomers)"。参见例如，参考文献63和67-69。细菌ADP-核糖基化毒素及其脱毒衍生物可用作本发明的佐剂。优选地，蛋白获自大肠杆菌(大肠杆菌热不稳定肠毒素"LT")、霍乱("CT")或百日咳("PT")。采用脱毒ADP-核糖基化毒素作为粘膜佐剂在参考文献70中描述，作为肠道外佐剂在参考文献71中描述。毒素或类毒素优选为包含A和B亚基的全毒素形式。优选地，A亚基包含脱毒突变；B亚基优选不突变。优选地，佐剂为脱毒LT突变体，如LT-K63、LT-R72和LT-G192。采用ADP-核糖基化毒素及其脱毒衍生物，尤其是LT-K63和LT-R72作为佐剂可参见参考文献72-79。氨基酸取代的参比数字优选根据参考文献80(特别纳入本文作参考)中所列的ADP-核糖基化毒素的A和B亚基的比对得到。f乂克度源貧^/适合用作本发明佐剂的人免疫调节剂包括细胞因子如白介素(如IL-1、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-12[81]等)[82]、干扰素(如干扰素Y)、巨噬细胞集落刺激因子和肿瘤坏死因子。G铺教諸辦諸生物粘合剂和粘膜粘合剂也可用作本发明的佐剂。合适的生物粘合剂包括酯化透明质酸微球体[83]或粘膜粘合剂如聚(丙烯酸)、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、多糖和羧甲基纤维素的交联衍生物。壳聚糖及其衍生物也可用作本发明的佐剂[84]。微粒也可用作本发明的佐剂。优选为可生物降解及无毒性物质(如聚(a羟酸)、聚轻基丁酸、聚原酸酯、聚酐、聚己酸内酯等)材料形成的颗粒(即直径在约100nm-约150(am的颗粒，更优选直径在约200nm-约30fim，最优选直径在约500nm-约10|im)，优选具有丙交酯乙交酯共聚物，任选处理以具有带负电表面(如用SDS处理)或带正电表面(例如用阳离子去污剂如CTAB处理)。/.潔處沐^参考文廯^第",〃萄适合用作佐剂的脂质体制剂的例子如参考文献85-87中所述。适用于本发明的佐剂包括聚氧乙烯醚和聚氧乙烯酯[88]。此类制剂进一步包括结合有辛苯昔醇的聚氧乙烯山梨聚糖酯表面活性剂[89]和结合有至少一种其它非离子表面活性剂如辛苯昔醇的聚氧乙烯烷基醚或酯表面活性剂[90]。优选的聚氧乙烯醚选自聚氧乙烯-9-月桂基醚(l證eth9)、聚氧乙烯-9-硬脂酰醚、聚氧乙烯-8-硬脂酰醚、聚氧乙烯-4-月桂基醚、聚氧乙烯-35-月桂基醚和聚氧乙烯-23-月桂基醚。44《.纖f尸c尸尸；PCPP制剂描述于例如参考文献91和92中。丄.應壁微适合用作本发明佐剂的胞壁酰肽的例子包括N-乙酰-胞壁酰-L-苏氨酰-D-异谷氨酰胺(thr-MDP)、N-乙酰-去甲胞壁酰-L-丙氨酰-D-异谷氨酰胺(去甲MDP)和N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酰-D-异谷氨酰胺酰-L-丙氨酸-2-(l'-2'-二棕榈酰-sn-甘油-3-羟基磷酰氧基)-乙胺(MTP-PE)。M^^#/#^f(7m^/azo，z>w/o"e」众#激适合用作本发明佐剂的咪唑并喹啉化合物的例子包括咪喹莫特(Imiquamod)及其同系物(例如"瑞喹莫德3M")，见参考文献93和94所述。本发明也包括联用一种或多种以上鉴定的佐剂的各方面。例如，以下佐剂组合物可用于本发明(l)皂苷和水包油乳剂[95];(2)皂苷(例如(^21)+无毒的LPS衍生物(例如3dMPL)[96];(3)皂苷(例如QS21)+无毒的LPS衍生物(例如3dMPL)+胆固醇；(4)皂苷(例如QS21)+3dMPL+IL-12(任选+固醇)[97];(5)联用3dMPL与例如QS21禾卩/或水包油乳剂[98];(6)含有10%角鲨烯、0.4%吐温80TM、5%普朗尼克嵌段聚合物L121和thr-MDP的SAF，微流化为亚微米乳剂或搅拌产生较大粒度的乳剂；(7)RibiTM佐剂系统(RAS)，(RibiImmunochem)，其中含有2%角鲨烯、0.2%吐温80和一种或多种由单磷酰基脂质A(mon叩hosphorylipidA)(MPL)、海藻糖二分枝菌酸酯(TDM)和细胞壁骨架(CWS)，优选MPL+CWS(DetoxTM)组成的细菌细胞壁组分；和(8)—种或多种无机盐(例如铝盐)+LPS的无毒衍生物(例如3dMPL)。参考文献32的第7章公开了用作免疫刺激剂的其它物质。特别优选使用氢氧化铝或磷酸铝佐剂，且抗原通常被吸附到这些盐上。磷酸转是另一种优选的佐剂。本发明的组合物的pH优选在6-8之间，优选地为大约7。采用缓冲液维持pH的稳定。当组合物包含氢氧化铝盐时，优选采用组氨酸缓冲液[99]。组合物可以是无菌和/或无热原的。本发明的组合物可与人体等渗。所述组合物可装在小瓶中，或者它们可装在预填充的注射器中。所述注射器可以带有或不带有针头。注射器包括单剂量的组合物，而小瓶可包括单剂量或多剂量。可注射组合物通常为液体溶液或悬液。或者，其可以固态形态存在(如冻干)，在注射45前用液态载体溶解或悬浮。本发明的组合物可以单剂或以多剂形式包装。就多剂形式而言，小瓶优于预填充注射器。可以常规方法得到有效剂量体积，但注射用组合物的人剂量一般为0.5ml。当本发明的组合物需要在临用前临时制备(如一组分以冻干形式存放)并以药盒形式存放时，所述药盒可包括两个小瓶，或者可包括一个预填充的注射器和一个小瓶，注射之前用注射器中的内容物将小瓶中的内容物再活化。用作疫苗的免疫原性组合物包括免疫学有效量的抗原、和其它任何所需组分。'免疫学有效量'指将所述量(以单剂量给药或作为连续剂量的一部分给药)给予个体能有效治疗或预防。所述量取决于待治疗个体的健康和身体状况、年龄、待治疗个体的分类组(如非人灵长类、灵长类等)、个体免疫系统合成抗体的能力、所需保护程度、疫苗的剂型、治疗医生对医学状况的评估和其它相关因素。预计所述量将落入可通过常规试验确定的相对宽的范围内，每个剂量中每种脑膜炎球菌糖类抗原的含量一般为每抗原1吗-10mg。秀激鄉本发明还提供一种治疗患者的方法，包括给予患者治疗有效量的本发明组合物。患者可能自身处于患该病的风险中或可能为孕妇('母体免疫')。本发明提供用作药剂(如作为免疫原性组合物或作为疫苗)或用作诊断试剂的本发明的核酸、多肽或抗体。它还提供使用本发明的核酸、多肽或抗体来制造(i)治疗或预防由流感嗜血杆菌引起的疾病和/或感染的药剂；(ii)检测是否存在流感嗜血杆菌或针对流感嗜血杆菌的抗体的诊断试剂；和/或(iii)能产生针对流感嗜血杆菌的抗体的试剂。所述流感嗜血杆菌可以是任何血清型或菌株，但优选为b型流感嗜血杆菌。所述疾病可以是，例如，中耳炎、支气管炎、结膜炎、窦炎、尿道感染、肺炎、菌血症、脓毒性关节炎、会厌炎、肺炎、脓胸、心包炎、蜂窝组织炎、骨髓炎或脑膜炎。本发明特别适用于预防由Hib造成的细菌性脑膜炎。患者优选为人。当疫苗用于预防性用途时，人优选儿童(如幼童或婴儿)；当疫苗用于治疗性用途时，人优选成年人。准备用于儿童的疫苗也可给予成年人，如用于评价安全性、剂量、免疫原性等。一种检验治疗性治疗效果的方法包括在给予本发明组合物之后监控感染情况。一种检验预防治疗效果的方法包括在给药后监控针对给予的多肽的免疫应答情况。本发明的组合物的免疫原性可通过如下方法确定将它们给予测试对象(如12-16个月大的儿童或动物模型(如南美栗鼠模型)，然后确定包括ELISA效价(GMT)在内的IgG的标准参数。通常在给予该组合物大约4周后测定这些免疫应答情况，并与给予组合物之前测定的值进行比较。当给予一个以上剂量的组合物时，可进行一次以上的给药后测定。给予多肽抗原为—4巾优选的诱导免疫力的治疗方式。给予本发明的抗体为另一种优选的治疗方式。这种被动免疫方式尤其适用于新生婴儿或怀孕妇女。这一方法一般釆用单克隆抗体，如人源化抗体或完整的人抗体。本发明的组合物通常直接给予患者。直接递送可通过如下方式实现胃肠道外注射(如皮下、腹膜内、静脉内、肌肉内或组织间隙)、直肠施用、口服(如片剂、喷雾剂)、阴道施用、外用、透皮施用、鼻内施用、舌下施用、眼部施用、耳部施用、肺部施用或其它粘膜施用。优选肌肉内施用到大腿或上臂。注射可通过针头(如皮下注射针头)实现，然而还可使用无针注射。典型的肌肉内剂量为0.5ml。本发明可用于引起全身性和/或粘膜性免疫。剂量治疗可以是单剂量方案或多剂量方案。多剂量可用于初次免疫方案和/或用于加强免疫方案。加强剂量方案可接在初次剂量方案之后。初次剂量之间的合适间隔(如4-16周)、以及初次和加强免疫之间的合适间隔可用常规方法确定。细菌感染影响身体的各个部分，因此组合物可以制备成各种形式。例如，组合物可以制备为液体溶液或悬液形式的注射剂。还可制备适于在注射前溶解或悬浮于液体载体中的固体形式(如冻干或喷雾冷冻干燥的组合物)。该组合物可制备成局部给药剂型，如软膏剂、乳膏剂或粉末剂。该组合物可制备成口服给药剂型，如片剂或胶囊、喷雾剂或糖浆(任选地进行调味)。所述组合物可制备成肺部给药剂型，如使用细粉或喷雾的吸入器。所述组合物可制备成栓剂或阴道栓剂。所述组合物可制备成鼻、耳或眼给药剂型，如喷雾剂、滴剂、凝胶或粉末[如参考文献100和101]。錄微斧赫將拔纖分本发明还提供一种包含本发明的多肽和一种或多种下述其它抗原的组合物-脑膜炎奈瑟球菌(TV.mem'"g"We力血清组A、C、W135禾口/或Y(优选所有四种)的糖类抗原，如在参考文献102中公开的血清组C的寡糖[还参见参考文献103]或参考文献104中的寡糖。47-肺炎链球菌(5^e/tococa^p70^ow'fle)的糖类抗原[如105，106，107]。-甲肝病毒抗原，如灭活病毒[如108，109]。-乙肝病毒抗原，如表面抗原和/或核心抗原[如109，110]。-白喉抗原，如白喉类毒素[如参考文献111第3章]，例如01线97突变体[例如112]。-破伤风抗原，如破伤风类毒素[如参考文献111第4章]。-百日咳博德特菌(^^她//"/^加^)的抗原，如百日咳博德特菌的百日咳全毒素(PT)和丝状血凝素(FHA)，任选地还与百日咳杆菌黏附素(pertactin)和/或凝集原2和3混合[如参考文献113和114]。-流感嗜血杆菌8(//從附0/^7^/""^加6^)的糖类抗原[如103]。-骨髓灰质炎抗原[如115，116]如IPV。-麻疹、腮腺炎和/或风疹抗原[如参考文献lll第9、10和11章]。-流感抗原[如参考文献111第19章]，如血凝素和/或神经氨酸酶表面蛋白。-卡他莫拉菌(似^^6^0^"〃/^//力的抗原[如117]。-无乳链球菌GS^印tococc^og"/a"/ae)(B型链球菌)的蛋白质抗原[如118，119]。-无乳链球菌OSr印tococc^aga/a"/ae)(B型链球菌)的糖抗原。隱酿脓链球菌(5^印tococc^;"ge"^)(A型链球菌)的抗原[如119，120，121]。-金黄色葡萄球菌0Sto;/^/ococc^a^e"5)的抗原[如122]。本组合物可包含一种或多种这些其它抗原。在需要时可对毒性蛋白抗原进行脱毒(如通过化学和/或遗传方法对百日咳毒素进行脱毒[114〗)。该组合物中含有白喉抗原时，优选还包含破伤风抗原和百日咳抗原。类似地，在包含破伤风抗原的情况下，优选还包含白喉抗原和百日咳抗原。类似地，在包含百日咳抗原的情况下，优选还包含白喉抗原和破伤风抗原。因此优选DTP组合物。糖类抗原优选为偶联物形式。偶联物的载体蛋白包括细菌毒素(例如白喉类毒素或破伤风类毒素)、脑膜炎奈瑟球菌外膜蛋白[123]、合成肽[124，125]、热休克蛋白[126，127]、百日咳蛋白[128，129]、来自流感嗜血杆菌的蛋白D[130，131]、细胞因子[132]、淋巴因子[132]、流感嗜血杆菌蛋白、激素[132]、生长因子[132]、来自艰难梭菌(C.^^d/e)的毒素A或毒素B[133]、摄铁蛋白[134]、含有各种病原体衍生抗原的多个人CD4+T细胞表位的人工蛋白[135]例如N19蛋白[136]、肺炎球菌表面蛋白PspA[137]、肺炎球菌溶血素[138]等。优选的载体蛋白为CRM197蛋白[139]。该组合物中各抗原的浓度一般为至少lpg/ml。总体而言，任何给定抗原的浓度都足以引起针对该抗原的免疫应答。作为将蛋白质抗原用于本发明的免疫原性组合物的替代方式，也可采用编码该抗原的核酸(优选DNA，如质粒形式)。抗原优选吸附于铝盐。,遂旅本发明提供了测定测试化合物是否结合本发明多肽的方法。如果测试化合物结合本发明的多肽且这种结合抑制流感嗜血杆菌的生命周期，则该测试化合物可被用作抗生素或用作设计抗生素的先导化合物。该方法将通常包括以下步骤使测试化合物接触本发明的多肽，并测定该测试化合物是否结合所述多肽。优选的用于这些方法的本发明多肽是酶(例如tRNA合成酶)、膜转运蛋白和核糖体多肽。合适的测试化合物包括多肽、多肽、碳水化合物、脂质、核酸(例如DNA、RNA及其修饰形式)以及小的有机化合物(例如MW在200和2000Da之间的化合物)。测试化合物可单独提供，但通常将作为文库(例如组合文库)的一部分。检测结合相互作用的方法包括NMR、滤膜结合试验、凝胶阻滞试验、置换试验、表面胞质基因共振试验、反向双杂交试验等。可使结合本发明多肽的化合物接触Hib细菌然后监测生长抑制情况以检测其抗生素活性。本发明还提供了用这些方法鉴定的化合物。优选地，该方法包括以下步骤(a)使本发明的多肽接触一种或多种候选化合物以形成混合物；(b)培育该混合物以使多肽和一种或多种候选化合物相互作用；和(c)评价候选化合物是否结合该多肽或调节其活性。一旦在体外鉴定出一种候选化合物为结合本发明多肽的化合物，然后可能需要进行进一步的试验以证实该化合物在体内抑制细菌生长和/或存活的功能。因此，该方法还包括使化合物接触Hib细菌并评价其功效的步骤。用于该筛选方法的多肽可游离在溶液中、附着于固相载体、定位于细胞表面或定位于细胞内。优选通过直接或间接与候选化合物结合的标记来监测候选化合物与多肽的结合。该标记可以是荧光团、放射性同位素或其它可检测标记。鍵49本发明提供了计算机可读介质(如软盘、硬盘、CD-ROM、DVD等)和/或含有序列表中一个或多个序列的计算机存储器和/或计算机数据库。所述术语"包含"涵盖"包括"及"由…组成"，如"包含"X的组合物可仅由X组成或可包括其它物质，如X+Y。涉及数值x的术语"约"指(例如>±10%。所述术语"基本上"并不排除"完全地"，如"基本上不含"Y的组合物可以是完全不含Y。在需要时，术语"基本上"可从本发明的定义中省略。序列表中氨基酸序列中的N末端残基表示为由相应核苷酸序列中的第一个密码子编码的氨基酸。当第一个密码子不是ATG时，应理解的是，当该密码子是起始密码子时它将被翻译成甲硫氨酸，而当该序列位于融合伴侣C末端时它将被翻译成所示的非-Met氨基酸。本发明尤其公开并包含了用N末端甲硫氨酸残基(例如甲酰基-甲硫氨酸残基)代替任何所指出的非-Met残基的序列表中的各氨基酸序列。如上所述，本发明的核酸和多肽可包含序列(a)与序列表中所示的序列相同(即100%相同)；(b)与序列表中所示的序列具有序列相同性；(c)与(a)或(b)的序列相比具有1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个单个核苷酸或氨基酸改变(缺失、插入、取代)，这些改变可位于分开的位置上或者可以是连续的；禾口(d)当釆用成对比对算法与序列表中的特定序列进行比对时，x个单体(氨基酸或核苷酸)的移动窗口从起点(N末端或5')移至终点(C末端或3')，因此当对p个单体进行比对时(此时p〉x)就有p-x+l个这样的窗口，各窗口具有至少x*y个相同的比对单体，其中x选自20、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、150、200;y选自0.50、0.60、0.70、0.75、0.80、0.85、0.90、0.91、0.92、0.93、0.94、0.95、0.96、0.97、0.98、0.99;且如果xy不是整数则向上取整至最接近的整数。优选的成对比对算法为Needleman-Wunsch整体比对算法[140]，采用默认参数(例如，缺口开放罚分=10.0，缺口延伸罚分=0.5，采用EBLOSUM62评分矩阵)。用EMBOSS软件包中的Needle工具可以方便地实施该算法[141]。本发明的核酸和多肽还可能在序列(a)-(d)的N端/5，和/或C端/3，处连有其它序歹iJ。除非另有说明，本发明的实施将采用本领域技术人员能够实施的常规的化学方法、生物化学方法、分子生物学方法、免疫学方法和药理学方法。此类技术已在参考文献中得到充分阐述。见，如，参考文献142-149等。附图简述无附图。实施本发明的方式已经对Hib分离物(HK707菌株)进行了基因组测序。基因组序列示于SEQIDNO:3707。鉴定出该基因组中总共有1853个编码序列，这些编码序列及其翻译产物都在序列表中给出。对这些多肽序列的注释在表I中给出。从测序材料中选出特别感兴趣的多肽编码序列供进一步研究，尤其关注的是供开发疫苗的免疫原性蛋白。應激在1853个编码序列中，以下32个被鉴定为脂蛋白HIB0150;HIB0158;HIB0164;HIB0233;HIB0374;HIB0382;HIB0426;HIB0469;HIB0723;HIB0733;HIB0734;HIB0740;HIB0750;HIB0761;HIB0838;HIB0971;HIB0984;HIB1015;HIB1027;HIB1038;HIB1160;HIB1253;HIB1255;HIB1349;HIB1384;HIB1407;HIB1557;HIB1564;HIB1654;HIB1655;HIB1679和HIB1722。脂蛋白暴露于表面，因此它们代表了例如可用于诊断和免疫目的的可接触的免疫原性耙点。此外，已经在博氏疏螺旋体(B.burgdorferi)[150]中发现，OspA蛋白在脂质化形式时具有免疫原性，但在非脂质化形式时无免疫原性，作者总结认为，翻译后的脂质附着是决定OspA免疫原性的关键决定因素。H1B1027和HIB1255显示与脑膜炎奈瑟球菌(A^'^er/awem'"g治'tfo)的蛋白'287'和'741'类似，这两种蛋白都使用于疫苗的候选蛋白。HIB1027和HIB1255的排列对比如下(T-COFFEE版本2.08):51hib1027mklnlskfsltilttvmiascgsgggdntqlvsppkpaeqskpaeqskpaHIB1255MKITFTRSLLAT扁VG濕CGSGGGNG----------------------h工bi027dqsksveqsilgmper:lp，g:lafsiktedegn工ot工k卿e:lia，e1hib1255—m丽nttsqvtg-------ktgamytvsltndnk工gtv窗p--l丽sd工hib1027as工nvdgknipidfklepsqgwtkegaf工ee區aphiccgkyt-----dhib1255nsii肌d-------------------sastqrineamnk工seefksktgldh工b1027vrfgaiashsfgqddilfyngnpsnsvpesgevtykges工madkgnsvfghibi255wtga-mvsngekfh工工yngnptetmpvqgsihykgsav:lggwsadap:lhibi027gyrkgtsefkvnfgdkklsgs:lnvdspkydvesgeskfnkvkvd;enad;esh工b1255siekgtsqfdvnfadstltgtlnv—pnfsl-----------vsisasvsh工b1027g服fygsmcsssfvseavsegkfygdgakelggmvkak—dmwvgaygakahib1255gnsfsgratspdapdgavvegketgkdivlgiisgmijkt—ntftdnfggagH:EB1027Q-----------h工b1255ifsa工detk環脂蛋白通常具有N端半胱氨酸残基，脂质共价附着于该残基。为通过细菌表达制备脂蛋白，通常需要合适的N端信号肽来指导二酰基甘油基转移酶进行脂化，然后用脂蛋白特异性(II型)SPA斷Spase)切割。因此，本发明的脂蛋白将通常具有N端半胱氨酸，但新生蛋白质的翻译后修饰产物通常具有N端甲硫氨酸。这种脂蛋白可与脂双层结合并可用去污剂溶解。对HIB1027序列进行加工和脂化将得到以下成熟序列(SEQIDNO:3708):GNKFYGSMCSSSFVSEAVSEGKFYGDGAKEIjGGMVKAKDNSWVGAYGAKAQ对HIB1255序列进行加工和脂化将得到以下成熟序列(SEQIDNO:3709):与流感嗜血杆菌Rd和不可分型的流感嗜血杆菌的基因组相比，HIB1255是位于同源序列/z〃7P2和/h7"3之间的插入片段的一部分。该2.3kb的插入片段含有三个编码序列，且其GC含量为32.4%。它们与脑膜炎奈瑟球菌(Wmem'wg治Vfo)疫苗抗原的类似性以及在非致病菌株中不存在说明，HIB1027和HIB1255是有用的Hib免疫原。離浙舰由于流感嗜血杆菌是一种革兰氏阴性菌，因此其细胞壁包括外膜。在1853个编码序列中，以下17个序列被鉴定为位于该外膜中HIB0124;HIB0374;HIB0382;HIB0394;HIB0426;HIB0733;HIB0734;HIB0965;HIB0966;HIB〗224;HIB1561;HIB1564;HIB1566;HIB1654;HIB1665;HIB1679;和HIB1835。外膜蛋白(OMP)是暴露于表面的，因此它们代表了例如可用于诊断和免疫目的的可接触的免疫原性耙点。OMP通常是侵袭素、粘附素等，如果其被阻断将能预防细菌感染。由于流感嗜血杆菌是一种革兰氏阴性菌，因此它还具有内膜。在1853个编码序列环中，以下一对序列被鉴定为位于内膜中HIB1055;HIB1086。内膜蛋白是有用的免疫学耙点，例如可用于诊断和免疫目的。由于流感嗜血杆菌是一种革兰氏阴性菌，因此在其细胞胞质膜和其外膜之间具有周质。在1853个编码序列中，以下16个序列被鉴定为位于周质中HIB0089;HIB0288;HIB0338;HIB0341;HIB0525;HIB0999;HIB1088;HIB1141;HIB1172;HIB1185;HIB1238;HIB1334;HIB1576;HIB1583;HIB1709;和HIB1761。周质蛋白是有用的免疫学耙点，例如可用于诊断和免疫目的。应该理解，本发明仅通过实施例的方式进行描述，可以在本发明的范围和精神内进行改变。表I一注释HIB注释0001甘油醛-3-磷酸脱氢酶，C-末端结构域0002FadD(LACS)[6.2丄3]0003蛋白质0004预测的金属依赖性水解酶0005甲酸脱氢酶家族辅助蛋白FdhD(fdhD)00061.2丄2[1.2丄2]0007甲酸脱氢酶，a亚基[1.2丄2]0008甲酸脱氢酶，卩亚基(FdxH)[1.2丄2]0009甲酸脱氢酶，Y亚基[1.2丄2]0010甲酸脱氢酶辅助蛋白FdhE(fdhE)0011核糖体-蛋白-丙氨酸乙酰基转移酶(riml)[2.3丄128]0012DNA聚合酶III，V亚基(holD)[2.7.7.7]0013核糖体RNA小亚基甲基转移酶C(rRNA(鸟嘌呤-N(2)-)-甲基转移酶)(16SrRNAm2G1207甲基转移酶)(AE005668)[2.1.1.52]0014GTP-结合蛋白Era(era)0015核糖核酸酶Hl(mc)[3丄26.3]0016信号肽酶I(SPaseI)[前导肽酶1](1邻B)[3.4.21.89]0017GTP-结合蛋白LepA(lepA)0018蛋白(pfl)[2.3丄54]0019尿嘧啶-DNA糖基化酶(ung)[3.2.2.-]0020tRNA-i(6)A37硫转移酶MiaB(miaB)00212-酮戊二酸/苹果酸转运蛋白(SODiTl)00222.7.7.61(citG)[2.7.7.61]0023柠檬酸裂合酶，a亚基(citF)[2.8.3.10]0024柠檬酸裂合酶，(3亚基(citE)[4丄3.6]0028柠檬酸裂合酶酰基载体蛋白(citD)0026柠檬酸裂合酶连接酶(citC)[6.2丄22]0027硫辛酸合成酶(lipA)0028硫辛酸-蛋白连接酶B(lipB)0029UPF0250蛋白0030青霉素结合蛋白5前体(D-丙氨酰-D-丙氨酸羧肽酶片段A)(DD肽酶)(DD羧肽酶)(PBP陽5)(dacA)[3.4.16.4]0031RlpA样蛋白前体(rlpA)0032杆菌形状决定蛋白RodA(rodA)0033青霉素-结合蛋白2(PBP-2)(pbp2)0034保守性假拟蛋白TIGR002460035iojap-相关蛋白0036假拟膜蛋白0037ABC转运蛋白，ATP-结合蛋白0038杆菌形状决定蛋白(mreB)0039杆菌形状决定蛋白MreC(mreC)0040杆菌形状决定蛋白MreD(mreD)0041保守性假拟蛋白TIGR016190042外切脱氧核糖核酸酶ni(xth)[3丄11.2]0043假尿苷合酶Rlu家族蛋白，TIGR01621540044保守性假拟蛋白TIGR016200045完整的膜蛋白0046保守性假拟蛋白YtfJ-家族，TIGR016260047PhnA蛋白同源物(phnA)0048IS103orf(orffi)0049推定的谷氨酸-半胱氨酸连接酶/推定的氨基酸连接酶0050膜蛋白，TerC家族0051切除核酸酶ABC，C亚基(uvrC)00523-脱氧-D-甘露糖-辛酮糖酸胞苷酰转移酶(kdsB)[2.7.7.38]0053四酰基二糖4'-激酶(lpxK)[2.7丄130]0054脂质A输出ATP结合性通透酶蛋白MsbA(msbA)0055DNA内化相关感受态蛋白ComEC/Rec2DNA0056DnaK抑制蛋白同源物(dksA)0057PcnB(pcnB)[2.7.7.19]00582-氨基-4-羟基-6-羟甲基二氢蝶啶焦磷酸激酶(folK)[2.7.6.3]0059保守性假拟蛋白TIGR001500060N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸酰胺酶[3.5丄28]0061DNA错配修复蛋白mutL(mutL)0062tRNA5(2)-异戊烯基焦磷酸转移酶(miaA)[2.5丄8]0063谷氨酸-氨-连接酶腺苷酰基转移酶(谷氨酰胺-合成酶腺苷酰基转移酶)(ATASE)(glnE)[2.7.7.42]0064DNA修复蛋白RecN(recN)0065预测的激酶[2.7.123]0066热休克蛋白B25.3同源物(grpE)0067核苷酸转移酶结构域蛋白0068核苷酸转移酶底物结合蛋白，HI0074家族亚家族0069厌氧性核糖核苷-三磷酸还原酶(nrdD)[l.17.4.2]0070酰基-CoA硫酯酶H(tesB)[3丄2.-]0071半胱胺酰-tRNA合成酶(cysS)[6丄1.16]0072肽酰-脯氨酰顺-反异构酶B(PPI酶B)(旋转异构酶)(pp氾)[5.2丄8]0073Mg-依赖性DNA酶[3丄2.-]00745-甲基四氢蝶酰三谷氨酸-咼半胱氨酸甲基转移酶(甲硫氨酸合酶，维生素-B12依赖性同工酶)(钴胺素-依赖性甲硫氨酸合酶)0075硫氧还蛋白(tn000762-羟酸脱氢酶同源物(IdhA)[l丄1,]0077胱硫醚Y-裂合酶同源物(metB)[2.5.1.48]0078苏氨酸合酶(thrC)[4.2.3.1]0079高丝氨酸激酶(thrB)[2.7.1.39]0080双功能天冬氨酸激酶/高丝氨酸脱氢酶(AK-HD)[包括天冬氨酸激酶；高丝氨酸脱氢酶(ECU丄3)][2J.2.4]0081保守性假拟蛋白TIGR000440082甘油酸激酶[2.7丄31]008314+/葡糖酸同向转运蛋白(symporter)(gntP)0084糖二酸利用调节物00854-羟基丁酸脱氢酶(gntP)[]丄1.61]0086假拟HTH-型转录调节物(glpR)0087甲基转移酶0088保守性假拟蛋白55<table>tableseeoriginaldocumentpage56</column></row><table>0136HflK蛋白(hflK)[3.4.-,]0137假拟4'-磷酸泛酰巯基乙胺基转移酶[2.7.8.-]0138假拟蛋白0139厌氧性C4-二羧酸转运蛋白(dcuB)0140酰基载体蛋白(ACP)-相关蛋白01413-氧酰基-[酰基-载体蛋白]还原酶(3-酮酰基-酰基载体蛋白还原酶)(fabG)[l.1丄100]0142丙二酰CoA-酰基载体蛋白转酰酶(fabD)[2.3.1.39]0143假拟蛋白01443-氧酰基-[酰基-载体-蛋白]合酶II(B-酮酰基-ACP合酶III)(KASIH)(fabH)[2.3丄41]0145假拟蛋白0146核糖体蛋白L32(rpmF)0147未表征的ACR，COG13990148憐脂酰丝氨酸脱羧酶(psd)[4丄1.65]0149谷胱甘肽-二硫化物还原酶(gor)[l.8丄7]0150假拟脂蛋白HI0162前体0151BoIA蛋白同源物(bolA)0152NADH:泛醌氧化还原酶，Na(+)-转位，A亚基(ngrA)[1.6.5,]0153NADH:泛醌氧化还原酶，Na(+)-转位，B亚基(ngrB)[1.6.5,-]0154NADH:泛醌氧化还原酶，Na(+)-转位，C亚基(ngrC)[1.6,5,]0155NADH:泛醌氧化还原酶，Na(+)-转位，D亚基(ngrD)[1.6.5.-]0156NADH:泛醌氧化还原酶，Na(+)-转位，E亚基(ngrE)[l.65.-]0157NADH:泛醌氧化还原酶，Na(+)-转位，F亚基(ngrF)[1.6.5.-]0158硫胺生物合成脂蛋白apbE前体0159ApbE家族0160tRNA(5-甲基氨基甲基-2-硫尿苷酸)-甲基转移酶(trmU)[2.1丄61]0161保守性假拟蛋白TIGR007260162核糖体大亚基假尿苷合酶D(假尿苷酸合酶)(尿嘧啶水解酶)(sfhB)[4.2丄70]0163未知0164脂蛋白，推定的0165甲酸乙酰转移酶活化酶，裂合酶l-特异性(act)[1.97丄4]0166甲酸乙酰转移酶(pflB)[2.3.1.54]0167甲酸转运蛋白1FocA(甲酸通道l)(甲酸)0168假拟蛋白0169ROK家族蛋白VC15320170钠/丙氨酸同向转运蛋白0171蛋白[3丄U]0172醇脱氢酶(adhC)[l丄U]0173转录调节物，MerR家族NMB1303(可能的)0174。261(YIGT)0175Sec-非依赖性蛋白易位酶蛋白tatB同源物0176Sec-非依赖性蛋白易位酶TatC(tatC)0177NADP-特异性谷氨酸脱氢酶(NADP-GDH)(gdhA)[1.4丄4]0178铁抑制蛋白(fur)0179黄素氧还蛋白0180水解酶，a/p折叠家族(acoC)[3丄-.-]0181SeqA蛋白0182O-琥珀酰苯甲酸-CoA连接酶(menE)[6.2.1.26]57<table>tableseeoriginaldocumentpage58</column></row><table>0229假拟蛋白0230蛋白质0231保守性假拟蛋白0232多核糖核苷酸核苷酸转移酶(多核苷酸磷酸化酶)(PNP酶)(P叩)[2.7.7.8]0233脂蛋白nlpl同源物前体0234冷激DEAD-盒蛋白A同源物(ATP-依赖性RNA解旋酶deaD同源物)(deaD)0235保守性假拟蛋白0236在细菌中保守的未表征的蛋白0237砷酸还原酶(arsC)[l.20.4.1]0238PerM(perlVO0239蛋白-输出膜蛋白secF(secF)0240蛋白-输出膜蛋白secD(secD)0241前蛋白易位酶，YajC亚基(yajC)0242未表征的蛋白家族UPF0033超家族0243未知功能结构域蛋白的结构域0244queuine(Q嘌呤)t腦A-核糖基转移酶(tgt)[2.4.2.29]0245保守性假拟蛋白0246保守性假拟蛋白0247TonB蛋白(tonB)0248生物聚合物转运exbD蛋白(exbD)0249生物聚合物转运exbB蛋白(exbB)0250细菌铁蛋白共迁移(comigratory)蛋白同源物(bcp)0251二氢二吡啶甲酸合酶(dapA)[4.2.1.52]0252蛋白0253核糖体亚基界面蛋白(yfiA)0254糖基转移酶(葡糖基)[2.4.1.44]0255非正规的嘌呤NTP焦磷酸酶，rdgB/HAMl家族(rdgB)0256KDO激酶[2.7.1.-]0257OpsX[2,,.-l0258血红素/血液结合素利用蛋白C前体(hemR)0259血红素-血液结合素利用蛋白B(hxuB)0260血红素/血液结合素-结合蛋白前体(血红素:血液结合素利用蛋白A)(hxuA)0261血红素-血液结合素利用蛋白A(hxuA)0262二氢新蝶呤醛缩酶(fo旧)[4.1.2.25]0263保守性假拟蛋白TIGR000230264传感蛋白narQ同源物(narQ)[2.7.3.-]0265UDP-N-乙酰烯醇式丙酮酰葡糖胺还原酶(murB)[U丄158]0266RNA聚合酶o-32因子(rpoH)[2.7.7.6]0267tRNA-二氢尿苷合酶C[l,.-.-]0268DnaJ-样蛋白djlA(orf81)0269乳清酸磷酸核糖基转移酶(pyrE)[2.4.2.10]0270核糖核酸酶PH(rph)[2.7.7.56]0271谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(gltX)[6丄U7]0272保守性假拟蛋白0273核糖核酸酶BN，推定的[3丄-.-]0274SEC-C基序结构域蛋白0275MOSC结构域蛋白590276假拟蛋白0277尿苷磷酸化酶Hp)[2.4.2.3]0278跨膜转运蛋白0279预测的水解酶或酰基转移酶[3.1,.-]02802-琥珀酰-6-羟基-2,4-环己二烯-1-羧酸合酶/2-酮戊二酸脱羧酶(menD)[4丄1.71]0281维生素K2(Menaquinone)-特异性异分支酸合酶(异分支酸变位酶)(menF)[5.4.4.2]0282保守性假拟蛋白0283天冬氨酸转氨酶(ASPAT)[2.6.1,]0284色氨酸-特异性转运蛋白(色氨酸通透酶)(mtr)0285L-丝氨酸氨-裂合酶(sdaA)[4.3丄17]0286丝氨酸转运蛋白(sdaC)0287铜-转位P-型ATP酶[3.6.3.4]0288周质汞离子结合蛋白(merP)0289重金属转运P-型ATP酶CAC3655(merP)0290重金属转运P-型ATP酶CAC3655(merP)0291重金属转运CPx-型ATP酶(merP)0292Cu(I)-反应性转录调节物(cueR)0293MetApo-阻抑物，MetJ0294转录终止因子Rho(rho)0295PilD(hopD)[3.4.23.43]0296蛋白转运蛋白hofC同源物(pilC)0297蛋白转运蛋白hoffi同源物(pi旧)0298前菌毛素肽酶依赖性蛋白D同源物前体(PilE)0299AmpD蛋白同源物(ampD)0300镁和钴流出蛋白corC(tlyC)0301载脂蛋白N-酰基转移酶(ALPN-酰基转移酶)(铜内稳态蛋白cutE同源物)(cutE)[2.3.1.-]0302保守性假拟蛋白TIGR000460303未表征的ACR，COG16780304保守性假拟蛋白TIGR002500305重组相关蛋白rdgC0306吡咯啉-5-羧酸还原酶(proC)[1.5丄2]0307MFS转运蛋白0308酪氨酸重组酶XerD(xerD)0309保守性假拟蛋白0310Holliday连接DNA解旋酶RuvB(mvB)0311Holliday连接DNA解旋酶RuvA(ruvA)0312交叉连接内切脱氧核糖核酸酶RuvC(ruvC)[3.1.22.4]0313保守性假拟蛋白TIGR010330314dATP焦磷酸水解酶(ntpA)[3.6丄-]0315天冬氨酰基-tRNA合成酶(aspS)[6丄1.12]0316HI0318同源物0317甲基转移酶，推定的0318乳酰谷胱甘肽裂合酶(gloA)[4.4.1.5]0319核糖核酸酶T(rnt)[3丄13,]0320预测的通透酶0321保守性假拟蛋白0322翻译延伸因子P(efp)600323赖氨酸2;3-氨基变位酶0324不透明相关蛋白oapA(oapA)0325OapB(oapB)0326DNA修复蛋白RecO(recO)032723SrRNA(尿嘧啶-5-)-甲基转移酶RumA(rumA)[2丄l.-]0328GTP焦磷酸激酶(ATP:GTP3'-焦磷酸转移酶)(PpGpp合成酶I)((P)PpGpp合成酶)(relA)[2.7.6.5]0329二乙酰甘油激酶(DAGK)(甘油二酯激酶)(DGK)(dgkA)[2.7丄107]0330钼蛋白(Molybdopterin)生物合成mog蛋白(mog)0331氮调节蛋白P-II0332未知功能的结构域，推定的0333引发体蛋白N'復制因子Y)(priA)0334tRNA(鸟嘌呤-N(7)-)-甲基转移酶(tRNA(m7G46)-甲基转移酶)[2.1丄33]0335蛋白0336铁氧还蛋白-型蛋白NapF(tmpF)0337NapD蛋白(napD)0338周质硝酸还原酶，大亚基(napA)[l.7.99.4]0339铁氧还蛋白-型蛋白napG同源物(napG)0340铁氧还蛋白-型蛋白napH同源物(napH)0341周质硝酸还原酶，二血红素细胞色素c亚基(napB)0342细胞色素c-型蛋白napC(napC)0343腺苷酸激酶(adk)[2.7.4.3]0344未命名的蛋白质产物；0RF3(ampGl)0345UDP-葡萄糖4-差向异构酶(galE)[5丄3.2]0346未命名的蛋白质产物；ORF10347ABC转运蛋白，ATP-结合蛋白0348ABC转运蛋白通透酶蛋白(通透酶)0349硫胺生物合成相关蛋白(nmtl)0350转录激活物tenA(侧向同源物)0351YfeD(螯合的)0352YfeC(螯合的)0353YfeB(螯合的)0354YfeA(螯合的)0355假拟蛋白0356青霉素-结合蛋白7同源物前体(PBP-7)(D-丙氨酰-D-丙氨酸-内肽酶)(DD-内肽酶)[3.4.99.-]0357假拟蛋白0358自由基SAM酶，Cfr家族0359可能的菌毛生源和颤搐运动蛋白PHF同源物(Tfp)0360保守性假拟蛋白03614-羟基-3-甲基丁-2-烯-1-基二磷酸合酶(ispG)[l.17.4.3]0362组氨酰-tRNA合成酶(hisS)[6.1丄21]0363蛋白0364未知功能的蛋白质(DUF528)超家族0365铁氧还蛋白，2Fe-2S型，ISC系统(fdx)0366Fe-S蛋白装配侣伴蛋白HscA(hscA)0367保守性假拟蛋白0368辅-侣伴蛋白Hsc20(hscB)0369铁-硫簇装配蛋白IscA(iscA)61<table>tableseeoriginaldocumentpage62</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table>0464Caudo病毒(caudovirus)前头蛋白酶0465噬菌体主要衣壳蛋白，HK97家族0466PIS系统，果糖-特异性IIBC组件(EIIBC-Fru)(果糖-通透酶IIBC组件)(磷酸转移酶II，BC组件)(EC2.7.1.69)(EH-Fru)(fruA)[2.7.1.69]04671-磷酸果糖激酶(果糖1-磷酸激酶)(fruK)[2.7.1.56]0468PTS系统，果糖-特异性IIA/FPr组件(EIIA-Fru)(果糖-通透酶IIA/Pr组件)(磷酸转移酶II，A/FP组件)(磷酸转移酶FPr蛋白X假-HPr)(EIII-FmX果糖PTS二磷酰基转移蛋白)(P17127)[2.7.1.69]0469脂蛋白，推定的0470毒性-相关蛋白D(vapD)0471毒性-相关蛋白D(vapD)0472保守性假拟蛋白0473CBS结构域蛋白(AF212041)0474未知功能的蛋白质(DUF1523)超家族0475HI0454[3丄21.-]0476DNA聚合酶III，S亚基(ho旧)[2.7.7.7]0477胸苷酸激酶(tmk)[2.7.4.9]0478保守性假拟蛋白TIGR002470479保守性假拟蛋白TIGR002470480存活蛋白surA同源物前体(PPI酶)[5.2丄8]0481PyrR双功能蛋白[包括嘧啶操纵子调节蛋白，尿嘧啶磷酸核糖基转移酶(UPRT酶)](PyrR)[2,4.2.9]0482MazG蛋白同源物(mazG)0483蛋白(lapB)0484ATP-依赖性蛋白酶La(Ion)[3.4.21.53]0485氧-依赖性粪卟啉原III氧化酶，推定的0486核糖5-磷酸异构酶A(rpiA)[5.3丄6[0487D-3-磷酸甘油酸脱氢酶(PGDH)(serA)[l丄1.95]0488预测的氨基甲基转移酶0489保守性假拟蛋白TIGR002550490ATP磷酸核糖基转移酶(hisG)[2.4.2.17]0491假拟蛋白0492ATP磷酸核糖基转移酶(hisG)[2.4.2.17]0493组氨醇脱氢酶(hisD)[l丄1.23]0494组氨醇-磷酸氨基转移酶(hisC)[2.6丄9]0495组氨酸生物合成双功能蛋白hisB[包括组氨醇-磷酸酶；咪唑甘油-磷酸脱水酶(EC4.2丄19)(IGPD)丌3丄3.15]0496咪唑甘油磷酸合酶，谷氨酰胺酰氨基转移酶亚基(hisH)[2.4.2,]0497磷酸核糖基亚胺甲基-5-氨基咪唑氨甲酰核糖酸异构酶(hisA)[5.3丄16]0498咪唑甘油磷酸合酶，环化酶亚基(hisF)0499组氨酸生物合成双功能蛋白his正[包括磷酸核糖基-AMP环式水解酶(PRA-CH);磷酸核糖基-ATP焦磷酸酶(EC3.6.1.31)(PRA-PH)](PRA-CH)[3.5.4.19]0500酪氨酸-特异性转运蛋白l(酪氨酸通透酶l)(tyrP)0501ATP合酶F1，e亚基(atpC)[3.6.3.14]0502ATP合酶Fl，卩亚基(atpD)[3.6.3.14]0503ATP合酶Fl，y亚基(atpG)[3.6.3.14]0504ATP合酶Fl,oc亚基(atpA)[3.6.3.14]0505ATP合酶Fl，5亚基(aipH)[3.6.3.14]64<table>tableseeoriginaldocumentpage65</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage66</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage67</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage69</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage70</column></row><table><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652、1654、1656、1658、1660、1662、1664、1666、1668、1670、1672、1674、1676、1678、1680、1682、1684、1686、1688、1690、1692、1694、1696、1698、1700、1702、1704、1706、1708、1710、1712、1714、1716、1718、1720、1722、1724、1726、1728、1730、1732、1734、1736、1738、1740、1742、1744、1746、1748、1750、1752、1754、1756、1758、1760、1762、1764、1766、1768、1770、1772、1774、1776、1778、1780、1782、1784、1786、1788、1790、1792、1794、1796、1798、1800、1802、1804、1806、1808、1810、1812、1814、1816、1818、1820、1822、1824、1826、1828、1830、1832、1834、1836、1838、1840、1842、1844、1846、1848、1850、1852、1854、1856、1858、1860、1862、1864、1866、1868、1870、1872、1874、1876、1878、1880、1882、1884、1886、1888、1890、1892、1894、1896、1898、1900、1902、1904、1906、1908、1910、1912、1914、1916、1918、1920、1922、1924、1926、1928、1930、1932、1934、1936、1938、1940、1942、1944、1946、1948、1950、1952、1954、1956、1958、1960、1962、1964、1966、1968、1970、1972、1974、1976、1978、1980、1982、1984、1986、1988、1990、1992、1994、1996、1998、2000、2002、2004、2006、2008、2010、2012、2014、2016、2018、2020、2022、2024、2026、2028、2030、2032、2034、2036、2038、2040、2042、2044、2046、2048、2050、2052、2054、2056、2058、2060、2062、2064、2066、2068、2070、2072、2074、2076、2078、2080、2082、2084、2086、2088、2090、2092、2094、2096、2098、2100、2102、2104、2106、2108、2110、2112、2114、2116、2118、2120、2122、2124、2126、2128、2130、2132、2134、2136、2138、2140、2142、2144、2146、2148、2150、2152、2154、2156、2158、2160、2162、2164、2166、2168、2170、2172、2174、2176、2178、2180、2182、2184、2186、2188、2190、2192、2194、2196、2198、2200、2202、2204、2206、2208、2210、2212、2214、2216、2218、2220、2222、2224、2226、2228、2230、2232、2234、2236、2238、2240、2242、2244、2246、2248、2250、2252、2254、2256、2258、2260、2262、2264、2266、2268、2270、2272、2274、2276、2278、2280、2282、2284、2286、2288、2290、2292、2294、2296、2298、2300、2302、2304、2306、2308、2310、2312、2314、2316、2318、2320、2322、2324、2326、2328、2330、2332、2334、2336、2338、2340、2342、2344、2346、2348、2350、2352、2354、2356、2358、2360、2362、2364、2366、2368、2370、2372、2374、2376、2378、2380、2382、2384、2386、2388、2390、2392、2394、2396、2398、2400、2402、2404、2406、2408、2410、2412、2414、2416、2418、2420、2422、2424、2426、2428、2430、2432、2434、2436、2438、2440、2442、2444、2446、2448、2450、2452、2454、2456、2458、2460、2462、2464、2466、2468、2470、2472、2474、2476、2478、2480、2482、2484、2486、2488、2490、2492、2494、2496、2498、2500、2502、2504、2506、2508、2510、2512、2514、2516、2518、2520、2522、2524、2526、2528、2530、2532、2534、2536、2538、2540、2542、2544、2546、2548、2550、2552、2554、2556、2558、2560、2562、2564、2566、2568、2570、2572、2574、2576、2578、2580、2582、2584、2586、2588、2590、2592、2594、2596、2598、2600、2602、2604、2606、2608、2610、2612、2614、2616、2618、2620、2622、2624、2626、2628、2630、2632、2634、2636、2638、2640、2642、2644、2646、2648、2650、2652、2654、2656、2658、2660、2662、2664、2666、2668、2670、2672、2674、2676、2678、2680、2682、2684、2686、2688、2690、2692、2694、2696、2698、2700、2702、2704、2706、2708、2710、2712、2714、2716、2718、2720、2722、2724、2726、2728、2730、2732、2734、2736、2738、2740、2742、2744、2746、2748、2750、2752、2754、2756、2758、2760、2762、2764、2766、2768、2770、2772、2774、2776、2778、2780、2782、2784、2786、2788、2790、2792、2794、2796、2798、2800、2802、2804、2806、2808、2810、2812、2814、2816、2818、2820、2822、2824、2826、2828、2830、2832、2834、2836、2838、2840、2842、2844、2846、2848、2850、2852、2854、2856、2858、2860、2862、2864、2866、2868、2870、2872、2874、2876、2878、2880、2882、2884、2886、2888、2890、2892、2894、2896、2898、2900、2902、2904、2906、2908、2910、2912、2914、2916、2918、2920、2922、2924、2926、2928、2930、2932、2934、2936、2938、2940、2942、2944、2946、2948、2950、2952、2954、2956、2958、2960、2962、2964、2966、2968、2970、2972、2974、2976、2978、2980、2982、2984、2986、2988、2990、2992、2994、2996、2998、3000、3002、3004、3006、3008、3010、3012、3014、3016、3018、3020、3022、3024、3026、3028、3030、3032、3034、3036、3038、3040、3042、3044、3046、3048、3050、3052、3054、3056、3058、3060、3062、3064、3066、3068、3070、3072、3074、3076、3078、3080、3082、3084、3086、3088、3090、3092、3094、3096、3098、3100、3102、3104、3106、3108、3110、3112、3114、3116、3118、3120、3122、3124、3126、3128、3130、3132、3134、3136、3138、3140、3142、3144、3146、3148、3150、3152、3154、3156、3158、3160、3162、3164、3166、3168、3170、3172、3174、3176、3178、3180、3182、3184、3186、3188、3190、3192、3194、3196、3198、3200、3202、3204、3206、3208、3210、3212、3214、3216、3218、3220、3222、3224、3226、3228、3230、3232、3234、3236、3238、3240、3242、3244、3246、3248、3250、3252、3254、3256、3258、3260、3262、3264、3266、3268、3270、3272、3274、3276、3278、3280、3282、3284、3286、3288、3290、3292、3294、3296、3298、3300、3302、3304、3306、3308、3310、3312、3314、3316、3318、3320、3322、3324、3326、3328、3330、3332、3334、3336、3338、3340、3342、3344、3346、3348、3350、3352、3354、3356、3358、3360、3362、3364、3366、3368、3370、3372、3374、3376、3378、3380、3382、3384、3386、3388、3390、3392、3394、3396、3398、3400、3402、3404、3406、3408、3410、3412、3414、3416、3418、3420、3422、3424、3426、3428、3430、3432、3434、3436、3438、3440、3442、3444、3446、3448、3450、3452、3454、3456、3458、3460、3462、3464、3466、3468、3470、3472、3474、3476、3478、3480、3482、3484、3486、3488、3490、3492、3494、3496、3498、3500、3502、3504、3506、3508、3510、3512、3514、3516、3518、3520、3522、3524、3526、3528、3530、3532、3534、3536、3538、3540、3542、3544、3546、3548、3550、3552、3554、3556、3558、3560、3562、3564、3566、3568、3570、3572、3574、3576、3578、3580、3582、3584、3586、3588、3590、3592、3594、3596、3598、3600、3602、3604、3606、3608、3610、3612、3614、3616、3618、3620、3622、3624、3626、3628、3630、3632、3634、3636、3638、3640、3642、3644、3646、3648、3650、3652、3654、3656、3658、3660、3662、3664、3666、3668、3670、3672、3674、3676、3678、3680、3682、3684、3686、3688、3690、3692、3694、3696、3698、3700、3702、3704、3706。2.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>3.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>4.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>5.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>6.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>7.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>8.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>9.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>10.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>11.编码如权利要求1-4中任一项所述多肽的核酸。12.—种组合物，其包含(a)如上述任一权利要求所述的多肽、抗体和/或核酸;和(b)药学上可接受的载体。13.如权利要求12所述的组合物，其还包含疫苗佐剂。14.如权利要求1-11中任一项所述的核酸、多肽或抗体，其被用作药物。15.—种治疗患者的方法，所述方法包括给予所述患者治疗有效量的如权利要求12所述的组合物。16.如权利要求1-11中任一项所述的核酸、多肽或抗体在制造用于治疗或预防由流感嗜血杆菌造成的疾病和/或感染的药物中的应用。17.如权利要求15所述的方法或如权利要求16所述的应用，用于预防细菌性脑膜炎。全文摘要揭示了含有衍生自b型流感嗜血杆菌、包括多种脂蛋白的各种氨基酸序列的多肽。这些多肽可用于开发预防和/或治疗细菌性脑膜炎的疫苗。它们还可用于诊断目的，以及作为抗生素的靶点。还揭示了抗这些多肽的抗体以及编码核酸。文档编号A61K48/00GK101687025SQ200680018203公开日2010年3月31日申请日期2006年3月30日优先权日2005年3月30日发明者H·特特林,R·拉普奥里,V·马西格纳尼申请人:诺华疫苗和诊断公司;J·克莱格凡特研究所有限公司