性抗体 C3 的 Fab (C3-Fab (2D6C3))或 C8 的 Fab(C8-Fab(2D6C8))处理以后，MUCl阳性DU145前列腺癌细胞的照片以及细胞计数的图 形，其表明，仅癌症特异性抗体的Fab抑制癌细胞的生长。
[0038] 图16是在用癌症特异性抗体C2的Fab(C2-Fab(MIN-C2))、E6的 Fab (E6-Fab (MIN-E6))或干细胞特异性抗体 C3 的 Fab (C3-Fab (2D6C3))或 C8 的 Fab(C8-Fab(2D6C8))处理以后，MUCl阴性PC3前列腺癌细胞（其是MUCl阴性的）的细胞 计数的图形，其表明，没有Fab对MUCl阴性癌细胞具有任何影响。
[0039] 图17是实验结果的图示，其中裸鼠被异种移植有人T47D乳腺肿瘤，然后用赋形剂 (对照）或80mg/kg E6(MIN-E6)Fab加以治疗，每周两次。在移植后的第14天开始治疗，然 后暂停15天，然后恢复。图17表明，借助于雌激素颗粒，人乳腺癌肿瘤（T47D)被植入雌性 Nu/Nu小鼠；抗MUCl*Fab抑制肿瘤生长。
[0040] 图18显示，抗MUCl*Fab缩小肿瘤并减少MUCl*生长因子受体的表达。图18示出 来自这项研宄的两只小鼠的照片。
[0041] 图19示出异种移植有人前列腺肿瘤系DU145的NOD/SCID小鼠的肿瘤容积的图 形，其中一半小鼠用每48小时160mg/kg的E6 Fab加以治疗，以及另一半则用单独的赋形 剂加以治疗。图19说明，抗MUCl*Fab抑制植入雄性NOD/SCID小鼠的DU145肿瘤的生长。 miR-145,除V8之外，低miR =高肿瘤容积，除Fab 5之外，高miR-145 =低肿瘤容积。
[0042] 图20示出来自切除自所研宄小鼠的肿瘤的微RNA 145水平的Western印迹和图 形，其表明，通常，用E6 Fab加以治疗的肿瘤变为比对照组具有更少的MUCl*生长因子受 体，以及更多的微RNA145,其发信号给细胞以进行分化。图20表明，用抗MUCl*Fab加以治疗 的动物表达较少的MUCl*生长因子受体（在治疗后）并变得更加分化的（miR-145增加）。
[0043] 图21示出异种移植有人前列腺肿瘤系DU145的NOD/SCID小鼠的肿瘤容积的图， 其中，当它们的肿瘤超过400mm 3以上时开始治疗一半小鼠，以及当它们的肿瘤为175mm 3至 300mm3时，开始治疗另一半。用E6Fab来治疗一半较大肿瘤以及仅用赋形剂来治疗另一半。 类似地，将第二组分为：用E6 Fab来治疗，每48小时160mg/kg，以及仅用赋形剂来治疗另 一半。结果表明，在两组中Fab均降低肿瘤生长速率，然而开始于较小肿瘤的组要好得多。 图21示出归一化肿瘤生长：在NOD/SCID雄性小鼠中，DU145人前列腺癌。在27天生长以 后组1和组2肿瘤是非常大的：在开始治疗时为350-550mm 3。在开始治疗时组3和组4肿 瘤是175-300_3。尽管尺寸差异，两个赋形剂组快速合并为相同的生长速率和尺寸；较小肿 瘤比非常大肿瘤反应更好（如预期的）；160mg/kg，每48小时。
[0044]图22示出接收模拟治疗的携带人前列腺肿瘤的小鼠的照片。
[0045] 图23示出接收癌症特异性E6 (MIN-E6)Fab的携带人前列腺肿瘤的小鼠的照片。
[0046] 图24示出抗MUCl*IgG单克隆抗体轻链可变区序列。
[0047] 图25示出抗MUCl*IgG单克隆抗体重链可变区序列。
[0048] 图26示出MIN-C2 (单链片段可变区）设计（重链可变区-接头-轻链可变区） 的氨基酸序列。在细菌中表达scFv构建物并利用C端多组氨酸（HHHHHH)标记加以纯化。
[0049] 图27示出MIN-E6scFv (单链片段可变区）设计（重链可变区（MIN-E6VH7)-接 头-轻链可变区）的氨基酸序列。在细菌中表达scFv构建物并利用C端多组氨酸（HHHHHH) 标记加以纯化。
[0050] 图 28 示出 2D6C3 κ 链可变区的氨基酸序列。CDRl :RSSQTIVHSNGNTYLE(SEQ ID N0:70) ;CDR2:KVSNRFS(SEQ ID N0:71);以及 CDR3:FQGSHVPFT(SEQ ID N0:72)。
[0051] 图29示出2D6C3重链可变区的氨基酸序列。CDRl :GYAMS(SEQ ID N0:73) ;CDR2 : TISSGGTYIYYPDSVKG(SEQ ID N0:74);以及 CDR3:LGGDNYYEY(SEQ ID N0:75)。
[0052] 图 30 示出 2D6C8 κ 链可变区的氨基酸序列。CDRl :RASKSVSTSGYSYMH(SEQ ID N0:76) ;CDR2:LVSNLES(SEQ ID N0:77);以及 CDR3:QHIRELTRSE(SEQ ID N0:78)。
[0053] 图31示出2D6C8重链可变区的氨基酸序列。CDRl :GYAMS(SEQ ID N0:79) ;CDR2 : TISSGGTYIYYPDSVKG(SEQ ID N0:80);以及 CDR3:LGGDNYYEY(SEQ ID N0:81)。
[0054] 图 32 示出 3C2B1 κ 链可变区的氨基酸序列。CDRl :RASKSISTSDYNYIH(SEQ ID NO:82) ;CDR2:LASNLES(SEQ ID NO:83);以及 CDR3:QHSRELPLTF(SEQ ID N0:84)。
[0055] 图33示出3C2B1重链可变区的氨基酸序列。CDRl :TYTMS(SEQ ID NO:85) ;CDR2 : TISTGGDKTYYSDSVKG(SEQ ID NO:86);以及 CDR3:GTTAMYYYAM(SEQ ID NO:87)。
【具体实施方式】
[0056] 本发明披露了抗体和抗体变体，其调节涉及MUCl*的途径，其中一组抗体优先结 合于MUCl* (当它存在于干细胞上时）但并不识别在癌细胞上的MUC1*，以及另一组抗体优 先结合于MUCl*(当它存在于癌细胞上时）但并不识别在干细胞上的MUC1*。本发明进一步 披露了用于确定属于这些类别的其它抗体的方法。本发明进一步披露了第一组抗体（以下 称为"干细胞抗体"）用于体外和体内刺激干细胞生长的方法。本发明还披露了第二组抗体 (以下称为"癌细胞抗体"）用于体外和体内抑制癌细胞生长的方法。
[0057] 在本申请中，以及在本申请对其要求优先权的所有申请中，在优先权申请以及在 本申请中披露的抗体的名称是一致的。例如，癌症特异性抗体MIN-C2 (在本文中以及在本 申请对其要求优先权的申请中还被称为"C2 "）或MIN-E6 (在本文中以及在本申请对其要 求优先权的申请中还被称为"E6"）是结构上和序列上（sequence-wise)相同的抗体，如 在本申请中以及在本申请对其要求优先权的申请中所提及的。同样，干细胞特异性抗体 2D6C3 (在本文中以及本申请对其要求优先权的申请中还被称为"C3"）或2D6C8 (在本文中 以及在本申请对其要求优先权的申请中还被称为"C8"）是结构上和序列上相同的抗体，如 在本申请中以及在本申请对其要求优先权的申请中所提及的。
[0058] 在一种优选的实施方式中，将选自干细胞抗体组的二价抗体给予患者，用于刺激 患者的干细胞或祖细胞的生长。在一种优选的实施方式中，祖细胞是造血干细胞。在另一 种实施方式中，选自干细胞抗体组的二价抗体体内用于刺激患者的干细胞或祖细胞（其已 使用另一种试剂，如CSF动员）的生长。在另一种实施方式中。选自干细胞抗体组的二价 抗体体外用于刺激人的动员的干细胞的生长，其中上述人的动员的干细胞已提取自宿主用 于后来移植：自体地或作为供体细胞移植至另外的同种异体移植物。在又一种实施方式中， 选自干细胞抗体组的二价抗体用来刺激体内干细胞的生长。在另一种实施方式中，选自干 细胞抗体组的二价抗体用于在一组细胞中诱导多能性或诱导较少分化状态。在另一种实施 方式中，选自干细胞抗体组的抗体用来鉴定、选择、分离或捕获，包括在生长表面上捕获，干 细胞或祖细胞。在一种优选的实施方式中，上文提到的干细胞和/或祖细胞是人起源。干 细胞抗体可以用来加速在暴露于辐射、毒素或化疗以后血细胞的恢复，其是在骨髓移植以 后使用，在干细胞移植以前或以后使用，其可以被移植到周围血液，和/或用来治疗这样的 患者，其可以得益于造血干细胞或血细胞或它们的祖细胞的增加的生产。
[0059] 在一种实施方式中，选自癌细胞抗体组的抗体用来治疗癌症患者。在一种优选的 实施方式中，选自癌细胞抗体组的抗体预防MUCl蛋白的MUCl*部分的二聚化，其是大多数 通过 PSMGFR 序列 N 端 GTINVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGA - C 端（SEQ ID NO: 1)来举例说明。在一种更优选的实施方式中，选自癌细胞抗体组、用来治疗癌症患者的 抗体是单价的，包括Fab、单链构建物以及其它抗体，包括工程抗体样剂，其结合于PSMGFR 序列的一部分并预防它的配体诱导的二聚化。
[0060] MUCl* -般是指MUCl蛋白或选择性剪接同种型，其缺乏一些或所有的它的自聚集 域GFLGLSNIKFRPGSVVVQLTLAFREG(SEQ ID NO:2)。尤其是，MUCl*是指缺少串联重复单元的 MUCl变体。在大多数情况下，MUCl*是跨膜切割产物，其胞外域主要由PSMGFR序列的显著 部分构成。由于可以在许多位置处切割MUC1，所以切割的确切位点可以因细胞类型而变化。
[0061] 通常，属于在本文中称作"癌细胞抗体"的组的抗体结合于35个氨基酸，其是在 PSMGFR序列的C末端处：QFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGA(SEQIDNO:3，在一些图 中还被称为"ΝΔ 10"）。
[0062] 通常，属于在本文中称作"干细胞抗体"的组的抗体结合于35个氨基酸，其是在 PSMGFR序列的N末端处：GTINVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDV(SEQIDN0:4，在一些图 中还被称为"CAIO"），但还可以结合从N端延伸自SEQ ID N0:4的肽的肽，即包括SEQ ID N0:4的十（10)个氨基酸N端，其是VVQLTLAFRE(SEQ ID N0:5)。可替换地，基于它们结合 于序列 WQLTLAFREGTINVHDVETQFNQYKTEAASRYNLTISDVSVSDV(SEQ ID N0:6)的肽的能力来 选择属于干细胞抗体组的抗体。在一种优选的实施方式中，干细胞抗体并不结合于肽SEQ ID N0:3〇
[0063] 属于癌细胞抗体组的抗体结合于一种肽，其包含SEQ ID N0:3的肽的6-35个 连续氨基酸，上述肽可以进一步含有多达4个氨基酸置换（氨基酸取代，amino acid substitution)〇
[0064] 属于干细胞抗体组的抗体结合于一种肽，其含有SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、或 SEQ ID NO: 6的肽的6-35个连续氨基酸序列，上述肽可以进一步含有多达4个氨基酸置换。
[0065] 为了产生癌细胞抗体，使用的免疫原性肽或抗原性肽含有SEQ ID N0:3的 肽的6-35个连续氨基酸序列，上述肽可以进一步含有多达4个氨基酸置换。在一 种优选的实施方式中，更为C端的肽的部分用来产生癌细胞抗体。例如，含有氨基酸 ASRYNLTISDVSVSDVPFPFSAQSGA(SEQ ID N0:7)或DVSVSDVPFPFSAQSGA(SEQ ID N0:8)的肽用 来产生癌细胞抗体。为了生成本发明的癌细胞抗体，本发明还包括用于生成人源化抗体、选 择人抗体、生成抗体样蛋白的方法，其中肽并不用来免疫所使用的的动物，或使用编码它的 核酸，以选择抗体或抗体样蛋白，其识别来自SEQ ID NO:3的肽的至少6个连续氨基酸，如 SEQ ID NO: 7 或 SEQ ID NO: 8 的肽。另外，SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 7 和 SEQ ID NO: 8 的肽 可以用来选择这样的抗体，其特异性地调节癌细胞但不是干细胞的生长，其中借助于这样 的抗体，其结合于更为C端部分如SEQ ID NO: 7的肽，优选地其中SEQ ID NO: 8是特别优选 的。噬菌体展示技术可以用来选择结合于肽的抗体或抗体样蛋白，其中上述肽将其识别为 癌症特异性抗体。可替换地，利用整个PSMGFR肽来生成抗体，并且基于它们结合于肽（其 含有SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:8的肽的6-35个连续氨基酸序列）的能 力来选择癌细胞抗体，上述肽可以进一步含有多达4个氨基酸置换。
[0066] 为了产生干细胞抗体，使用的免疫原性肽或抗原性肽包含SEQ ID N0:4或SEQ ID N0:5的肽或具有来自上述两者的序列的肽的6-35个连续氨基酸序列，如在SEQ ID N0:6 中，上述肽可以进一步含有多达4个氨基酸置换。在一种优选的实施方式中，肽的更为N端 的部分用来产生干细胞抗体。例如包含氨基酸VVQLTLAFREGTINVHDVETQFNQYKTEAASRYNL (S EQ ID N0:9)的肽优选用于生成干细胞抗体。更优选的是这样的肽，其包含来自上述肽的连 续氨基酸。可替换地，利用整个PSMGFR肽来产生抗体，并基于它们结合于肽（其包含SEQ ID NO: 4或SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6的肽的6-35个连续氨基酸序列）的能力来选择干 细胞抗体，上述肽可以进一步含有多达4个氨基酸置换。