罹患食管基底细胞样鳞状细胞癌的鉴别方法与流程

本发明涉及食管基底细胞样鳞状细胞癌标志物、和使用了该标志物的罹患食管基底细胞样鳞状细胞癌的鉴别方法。

背景技术

基底细胞样鳞状细胞癌(basaloidsquamouscellcarcinoma:bsc)是由wain等人(非专利文献1)首先报告的咽喉区域的肿瘤，除咽喉区域以外，还报告有在食管、肺、肛门、子宫颈部、阴茎、膀胱等产生。

食管基底细胞样鳞状细胞癌(basaloidsquamouscellcarcinomaoftheesophagus：以下，在本说明书中，常简称为“bsce”)是在食管癌中被分类为除食管鳞状细胞癌和食管腺癌以外的特殊组织学类型食管癌的较少见的癌，据说其在食管癌整体所占的比例在日本为1.0％～8.7％(非专利文献2～11)，在海外为0.4％～11.3％(非专利文献12～20)。bsce的组织学特征被指出有：伴有中心坏死的实体性癌巢、筛状假腺泡状、导管样排列、腺样微囊肿样癌巢、玻璃样物质的沉积、鳞状细胞癌部分的并存等，但因组织学类型多样化，所以一般难以鉴别诊断。特别是需要与腺样囊性癌、小细胞癌、低分化型鳞状细胞癌、腺鳞癌进行正确的鉴别。另外，术前内窥镜活检中的bsce诊断据说非常困难，准确率只不过为0～10％。目前为止，虽然有关于利用免疫染色(非专利文献3、6、10、12、14、15)、pcr(非专利文献21或22)来诊断bsce的报告，但均未显示特异性。

关于bsce的预后，尚未获得一定的见解，但据说较食管鳞状细胞癌而言增殖能力、细胞学恶性程度高，并且对于晚期癌而言还有预后不良的报告(非专利文献23)。对于预后改善，认为除手术、放射线化学疗法以外，还需要确立新的多学科综合治疗法，但由于该疾病的稀少性和术前诊断的困难性，无法选择特征性治疗法，现状是按照常规型鳞状细胞癌进行治疗。

因此，提高bsce的术前诊断精度是必不可少的，但现有的方法无法解决该问题，希望确立一种精度高的bsce诊断法。

现有技术文献

非专利文献

非专利文献1:wains.l.,etal.,1986,humpathol17:1158-66

非专利文献2:takubok.,etal.,1991,actapathologicajaponica41:59-64

非专利文献3:abek.,etal.,1996,americanjournalofsurgicalpathology20:453-461

非专利文献4:koiden.,etal.,1997,surgerytoday27:685-691

非专利文献5:kawaharak.,etal.,2001,reportofacase.surgerytoday31:655-659

非专利文献6:ohashik.,etal.,2003,pathologyresearchandpractice199:713-721

非专利文献7:yoshiokas.,etal.,2004,japanesejournalofgastroenterologicalsurgery37:290-295

非专利文献8:kobayashiy.,etal.,2009,diseasesoftheesophagus22:231-238

非专利文献9:saitos.,etal.,2009,esophagus6:177-181

非专利文献10:imamhasana.,etal.,2012,humanpathology43:2012-2023

非专利文献11:tachimoriy.,etal.,2008,esophagus12:130-157

非专利文献12:sarbiam.,etal.,1997,cancer79:1871-1878

非专利文献13:zhangx.h.,etal.,1998,worldjournalofgastroenterology4:397-403

非专利文献14:chok.j.,etal.,2000,histopathology36:331-340

非专利文献15:huangz.,etal.,2001,chinesemedicaljournal114:1084-1088

非专利文献16:lamk.y.,etal.,2001,journalofpathology195:435-442

非专利文献17:klaasej.m.,etal.,2003,annalsofsurgicaloncology10:261-267

非专利文献18:lit.j.,etal.,2004,archivesofpathologyandlaboratorymedicine128:1124-1130

非专利文献19:chens.b.,etal.,2012,journalofcancerresearchandclinicaloncology138:1165-1171

非专利文献20:zhangb.h.,etal.,2013,asianpacificjournalofcancerprevention14:1889-1894

非专利文献21:sarbiam.,etal.,1999,americanjournalofpathology155:1027-1032

非专利文献22:bellizzia.m.,etal.,2009,americanjournalofsurgicalpathology33:1608-1614

非专利文献23:arait.,etal.,2011,esophagus8:169-177

技术实现要素：

本发明开发并提供一种能够容易且准确地鉴别食管癌患者的肿瘤是bsce还是其它的食管癌的方法。

本发明人等为了解决上述课题，对从多个食管癌患者摘出的癌组织和正常组织使用全面广泛的基因表达分析技术而获取基因表达谱，找出在bsce与除其以外的食管癌及正常部位之间表达水平有较大差异的70种基因的基因群。然后，开发出通过测定受检者和健康人的样本中的这些基因的表达水平，能够容易且准确地鉴别bsce与其它食管癌的方法。本发明是基于该见解而进行的，提供以下技术。

(1)一种罹患食管基底细胞样鳞状细胞癌的辅助鉴别方法，包括下述工序：测定工序，在从受检者和健康人或健康人群采集的样本中测定5种基因的每单位量的表达水平而获得其测定值，其中，该5种基因分别含有序列号141～145表示的碱基序列；计算工序，基于上述测定工序中得到的测定值，由受检者和健康人或健康人群的测定值计算各基因的表达比，得到该表达比的合计值，或者在受检者和健康人群中由各自的上述测定工序中测定的全部基因的测定值计算平均测定值；判定工序，基于上述计算工序中得到的值，在合计值大于从roc曲线导出的规定的截断值的情况下，或者受检者的平均测定值在统计学上显著大于健康人群的平均测定值的情况下，判定该受检者罹患食管基底细胞样鳞状细胞癌的可能性高。

(2)根据(1)所述的方法，其中，含有上述序列号141～145表示的碱基序列的基因分别编码由序列号71～75表示的氨基酸序列构成的蛋白质。

(3)根据(2)所述的方法，其中，编码由上述序列号71～75表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因分别由序列号1～5表示的碱基序列构成。

(4)根据(1)～(3)中任一项所述的方法，其中，在上述测定工序中，进一步测定一种以上的分别含有序列号146～148表示的碱基序列的基因的每单位量所含的表达量。

(5)根据(4)所述的方法，其中，含有上述序列号146～148表示的碱基序列的基因分别编码由序列号76～78表示的氨基酸序列构成的蛋白质。

(6)根据(5)所述的方法，其中，编码由上述序列号76～78表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因分别由序列号6～8表示的碱基序列构成。

(7)根据(1)～(6)中任一项所述的方法，其中，在上述测定工序中，进一步测定一种以上的分别含有序列号149～153表示的碱基序列的基因的每单位量所含的表达量。

(8)根据(7)所述的方法，其中，含有上述序列号149～153表示的碱基序列的基因分别编码由序列号79～83表示的氨基酸序列构成的蛋白质。

(9)根据(8)所述的方法，其中，编码由上述序列号79～83表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因分别由序列号9～13表示的碱基序列构成。

(10)根据(1)～(9)中任一项所述的方法，其中，在上述测定工序中，进一步测定一种以上的分别含有序列号154～210表示的碱基序列的基因的每单位量所含的表达量。

(11)根据(10)所述的方法，其中，含有上述序列号154～210表示的碱基序列的基因分别编码由序列号84～140表示的氨基酸序列构成的蛋白质。

(12)根据(11)所述的方法，其中，编码由上述序列号84～140表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因分别由序列号14～70表示的碱基序列构成。

(13)根据(1)～(12)中任一项所述的方法，其中，上述基因的每单位量的表达水平以该基因的mrna或其核苷酸片段、或者该基因所编码的蛋白质或其肽片段的每单位量的绝对量或相对量的形式来测定。

(14)根据(1)～(13)中任一项所述的方法，其中，在上述判定工序中受检者的平均测定值为健康人群的平均测定值的2倍以上。

(15)一种bsce标志物，由分别含有序列号141～145表示的碱基序列的5种基因的基因群构成。

(16)根据(15)所述的bsce标志物，其中，上述5种基因分别编码由序列号71～75表示的氨基酸序列构成的蛋白质。

(17)根据(16)所述的bsce标志物，其中，编码由上述序列号71～75表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因分别由序列号1～5表示的碱基序列构成。

(18)根据(15)～(17)中任一项所述的bsce标志物，由进一步包含一种以上的分别含有序列号146～148表示的碱基序列的基因的基因群构成。

(19)根据(18)所述的bsce标志物，其中，含有上述序列号146～148表示的碱基序列的基因分别编码由序列号76～78表示的氨基酸序列构成的蛋白质。

(20)根据(19)所述的bsce标志物，其中，编码由上述序列号76～78表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因分别由序列号6～8表示的碱基序列构成。

(21)根据(15)～(20)中任一项所述的bsce标志物，由进一步包含一种以上的分别含有序列号149～153表示的碱基序列的基因的基因群构成。

(22)根据(21)所述的bsce标志物，其中，含有上述序列号149～153表示的碱基序列的基因分别编码由序列号79～83表示的氨基酸序列构成的蛋白质。

(23)根据(22)所述的bsce标志物，其中，编码由上述序列号79～83表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因分别由序列号9～13表示的碱基序列构成。

(24)根据(15)～(23)中任一项所述的bsce标志物，由进一步包含一种以上的分别含有序列号154～210表示的碱基序列的基因的基因群构成。

(25)根据(24)所述的bsce标志物，其中，含有上述序列号154～210表示的碱基序列的基因分别编码由序列号84～140表示的氨基酸序列构成的蛋白质。

(26)根据(25)所述的bsce标志物，其中，编码由上述序列号84～140表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因分别由序列号14～70表示的碱基序列构成。

(27)一种bsce检测用试剂，含有由序列号141～145表示的碱基序列构成的探针群。

(28)根据(27)所述的bsce检测用试剂，其中，进一步包含一种以上的由序列号146～148表示的碱基序列构成的探针。

(29)根据(27)或(28)所述的bsce检测用试剂，其中，进一步包含一种以上的由序列号149～153表示的碱基序列构成的探针。

(30)根据(27)～(29)中任一项所述的bsce检测用试剂，其中，进一步包含一种以上的由序列号154～210表示的碱基序列构成的探针。

(31)一种bsce检测用试剂盒，含有(27)～(30)中任一项所述的bsce检测用试剂。

本说明书包含作为本申请的优先权基础的日本专利申请号2016-024129号的公开内容。

根据本发明的使用了bsce标志物的罹患bsce的鉴别方法，能够准确地鉴别食管癌患者的肿瘤是bsce还是其它的食管癌。

附图说明

图1是表示基于本发明的70种bsce鉴别基因群(bsce标志物)的表达谱的通过聚类分析进行分类的结果的图。上部的树状图(dendrogram)是以70种bsce标志物的基因表达模式为基础基于相异性系数而制得的，中部的条形表示各检测物的癌的种类(包括正常组织)的区别。另外，下部的图为表示基因表达模式的图(以下称为“热图”)。

图2-1中的(a)表示70种bsce标志物的roc曲线。纵轴表示“灵敏度”，横轴表示“1－特异度”的值(以下，在表示roc曲线的图中也是同样的)。图2-1中的(b)是使用70种基因的bsce标志物时的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示上述70种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值(70种基因表达得分)。

图2-2中的(c)是按各检测物的70种基因表达得分小的顺序重新排列检测物时的热图(中部)和绘制70种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部两段条形中由“癌种类”表示的上部条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的下部条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)。

图2-3中的(d)是将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物的70种基因表达得分和312个检测物的活检检测物的70种基因表达得分合在一起而制成的roc曲线。图2-3中的(e)是使用上述70种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“70种基因表达得分”。

图2-4中的(f)是将312个检测物的活检检测物和57个检测物的手术检测物合在一起，按70种基因表达得分小的顺序重新排列检测物时的热图(中部)和绘制70种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部三段条形中由“癌种类”表示的第1个条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的第2个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“活检；手术”表示的第3个条形表示手术检测物与活检检测物的区别。

图2-5中的(g)是将57个检测物的手术检测物的70种基因表达得分和20个检测物的ffpe组织检测物的70种基因表达得分合在一起而制成的roc曲线。图2-5中的(h)是使用上述70种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示”灵敏度”或“特异度”，横轴表示“70种基因表达得分”。

图2-6中(i)是进一步将20个检测物的ffpe组织检测物和57个检测物的手术检测物合在一起，再次按70种基因表达得分小的顺序重新排列检测物时的热图(中部)和绘制70种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部四段条形中由“癌种类”表示的最上面的条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“福岛医大的诊断”表示的第2个条形表示由福岛县立医科大学对ffpe组织检测物进行病理诊断而得的结果的癌种类的区别，由“基底细胞样”表示的第3个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“ffpe；手术”表示的最下面的条形表示手术检测物与ffpe组织检测物的区别。

图2-7中的(j)是将手术检测物、活检检测物和ffpe组织检测物全部合在一起时的bsce标志物的70种基因表达得分的群散布图。图中，带星号的横线表示平均值(以下的图中也是同样的)。

图2-8中的(k)是按照检测物的种类划分而制成的群散布图。

图3-1中的(a)涉及表1中由no.r-1～r-5表示的5种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物的5种基因表达得分(5种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值)制成的roc曲线。图3-1中的(b)是使用上述5种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“上述5种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值(5种基因表达得分)”。

图3-2中的(c)涉及由no.r-1～r-5表示的5种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的5种基因表达得分制成的roc曲线。图3-2中的(d)是使用上述5种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“5种基因表达得分”。

图3-3中的(e)涉及由no.r-1～r-5表示的5种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的5种基因表达得分制成的roc曲线。图3-3中的(f)是使用上述5种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“5种基因表达得分”。

图3-4中的(g)是针对由no.r-1～r-5表示的5种bsce标志物的5种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物按5种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制5种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部二段条形中由“癌种类”表示的上部条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的下部条形表示bsce或者非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)。

图3-5中的(h)针对由no.r-1～r-5表示的5种bsce标志物的5种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物按5种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制5种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部三段条形中由“癌种类”表示的第1个条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的第2个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“活检；手术”表示的第3个条形表示手术检测物与活检检测物的区别。

图3-6中的(i)是针对由no.r-1～r-5表示的5种bsce标志物的5种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物按5种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制5种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部四段条形中由“癌种类”表示的最上面的条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“福岛医大的诊断”表示的第2个条形表示由福岛县立医科大学对ffpe组织检测物进行病理诊断而得的结果的癌种类的区别，由“基底细胞样”表示的第3个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“ffpe；手术”表示的最下面的条形表示手术检测物与ffpe组织检测物的区别。

图3-7中的(j)是使用将手术检测物、活检检测物和ffpe组织检测物全部合在一起时的由no.r-1～r-5表示的5种bsce标志物的5种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象时的群散布图。

图3-8中的(k)是按照检测物的种类划分而制成的群散布图。

图4-1中的(a)涉及表1中由no.r-1～r-8表示的8种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物的8种基因表达得分(8种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值)制成的roc曲线。图4-1中的(b)是使用上述8种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“上述8种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值(8种基因表达得分)”。

图4-2中的(c)涉及由no.r-1～r-8表示的8种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的8种基因表达得分制成的roc曲线。图4-2中的(d)是使用上述8种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“8种基因表达得分”。

图4-3中的(e)涉及由no.r-1～r-8表示的8种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的8种基因表达得分制成的roc曲线。图4-3中的(f)是使用上述8种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“8种基因表达得分”。

图4-4中的(g)是针对由no.r-1～r-8表示的8种bsce标志物的8种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物按8种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制8种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部二段条形中由“癌种类”表示的上部条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的下部条形表示bsce或者非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)。

图4-5中的(h)是针对由no.r-1～r-8表示的8种bsce标志物的8种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物按8种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制8种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部三段条形中由“癌种类”表示的第1个条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的第2个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“活检；手术”表示的第3个条形表示手术检测物与活检检测物的区别。

图4-6中的(i)是针对由no.r-1～r-8表示的8种bsce标志物的8种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物按8种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制8种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部四段条形中由“癌种类”表示的最上面的条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“福岛医大的诊断”表示的第2个条形表示由福岛县立医科大学对ffpe组织检测物进行病理诊断而得的结果的癌种类的区别，由“基底细胞样”表示的第3个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“ffpe；手术”表示的最下面的条形表示手术检测物与ffpe组织检测物的区别。

图4-7中的(j)是使用将手术检测物、活检检测物和ffpe组织检测物全部合在一起时的由no.r-1～r-8表示的8种bsce标志物的8种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象时的群散布图。

图4-8中的(k)是按照检测物的种类划分而制成的群散布图。

图5-1中的(a)涉及表1中由no.r-1～r-5和no.r-9～r-13表示的10种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物的10种基因表达得分(由no.r-1～r-5和no.r-9～r-13表示的10种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值)制成的roc曲线。图5-1中的(b)是使用上述10种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“上述10种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值(10种基因表达得分)”。

图5-2中的(c)涉及由no.r-1～r-5和no.r-9～r-13表示的10种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的10种基因表达得分制成的roc曲线。图5-2中的(d)是使用上述10种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“10种基因表达得分”。

图5-3中的(e)涉及由no.r-1～r-5和no.r-9～r-13表示的10种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的10种基因表达得分制成的roc曲线。图5-3中的(f)是使用上述10种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“10种基因表达得分”。

图5-4中的(g)是针对由no.r-1～r-5和no.r-9～r-13表示的10种bsce标志物的10种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物按10种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制10种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部二段条形中由“癌种类”表示的上部条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的下部条形表示bsce或者非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)。

图5-5中的(h)是针对由no.r-1～r-5和no.r-9～r-13表示的10种bsce标志物的10种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物按10种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制10种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部三段条形中由“癌种类”表示的第1个条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的第2个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“活检；手术”表示的第3个条形表示手术检测物与活检检测物的区别。

图5-6中的(i)是针对由no.r-1～r-5和no.r-9～r-13表示的10种bsce标志物的10种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物按10种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制10种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部四段条形中由“癌种类”表示的最上面的条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“福岛医大的诊断”表示的第2个条形表示由福岛县立医科大学对ffpe组织检测物进行病理诊断而得的结果的癌种类的区别，由“基底细胞样”表示的第3个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“ffpe；手术”表示的最下面的条形表示手术检测物与ffpe组织检测物的区别。

图5-7中的(j)是使用将手术检测物、活检检测物和ffpe组织检测物全部合在一起时的由no.r-1～r-5和no.r-9～r-13表示的10种bsce标志物的10种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象时的群散布图。

图5-8中的(k)是按照检测物的种类划分而制成的群散布图。

图6-1中的(a)涉及表1中由no.r-1～r-13表示的13种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物的13种基因表达得分(13种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值)制成的roc曲线。图6-1中的(b)是使用上述13种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“上述13种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值(13种基因表达得分)”。

图6-2中的(c)涉及由no.r-1～r-13表示的13种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的13种基因表达得分制成的roc曲线。图6-2中的(d)是使用上述13种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“13种基因表达得分”。

图6-3中的(e)涉及由no.r-1～r-13表示的13种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物的13种基因表达得分和20个检测物的ffpe组织检测物的13种基因表达得分制成的roc曲线。图6-3中的(f)是使用上述13种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“13种基因表达得分”。

图6-4中的(g)是针对由no.r-1～r-13表示的13种bsce标志物的得分值，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物按13种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制13种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部二段条形中由“癌种类”表示的上部条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的下部条形表示bsce或者非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)。

图6-5中的(h)是针对由no.r-1～r-13表示的13种bsce标志物的13种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物按13种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制13种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部三段条形中由“癌种类”表示的第1个条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的第2个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“活检；手术”表示的第3个条形表示手术检测物与活检检测物的区别。

图6-6中的(i)是针对由no.r-1～r-13表示的13种bsce标志物的13种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物按13种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制13种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部四段条形中由“癌种类”表示的最上面的条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“福岛医大的诊断”表示的第2个条形表示由福岛县立医科大学对ffpe组织检测物进行病理诊断而得的结果的癌种类的区别，由“基底细胞样”表示的第3个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“ffpe；手术”表示的最下面的条形表示手术检测物与ffpe组织检测物的区别。

图6-7中的(j)是使用将手术检测物、活检检测物和ffpe组织检测物全部合在一起时的由no.r-1～r-13表示的13种bsce标志物的13种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象时的群散布图。

图6-8中的(k)是按照检测物的种类划分而制成的群散布图。

图7-1中的(a)涉及表1中由no.r-1～r-5和no.r-14～r-15表示的7种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物的7种基因表达得分(7种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值)制成的roc曲线。图7-1中的(b)是使用上述7种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“上述7种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值(7种基因表达得分)”。

图7-2中的(c)涉及由no.r-1～r-5和no.r-14～r-15表示的7种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的7种基因表达得分制成的roc曲线。图7-2中的(d)是使用上述7种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“7种基因表达得分”。

图7-3中的(e)涉及由no.r-1～r-5和no.r-14～r-15表示的7种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的7种基因表达得分制成的roc曲线。图7-3中的(f)是使用7种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“7种基因表达得分”。

图7-4中的(g)是针对由no.r-1～r-5和no.r-14～r-15表示的7种bsce标志物的7种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物按7种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制7种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部二段条形中由“癌种类”表示的上部条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的下部条形表示bsce或者非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)。

图7-5中的(h)是针对由no.r-1～r-5和no.r-14～r-15表示的7种bsce标志物的得分值，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物按7种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制7种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部三段条形中由“癌种类”表示的第1个条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的第2个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“活检；手术”表示的第3个条形表示手术检测物与活检检测物的区别。

图7-6中的(i)是针对由no.r-1～r-5和no.r-14～r-15表示的7种bsce标志物的7种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物按7种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制7种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部四段条形中由“癌种类”表示的最上面的条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“福岛医大的诊断”表示的第2个条形表示由福岛县立医科大学对ffpe组织检测物进行病理诊断而得的结果的癌种类的区别，由“基底细胞样”表示的第3个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“ffpe；手术”表示的最下面的条形表示手术检测物与ffpe组织检测物的区别。

图7-7中的(j)是使用将手术检测物、活检检测物和ffpe组织检测物全部合在一起时的由no.r-1～r-5和no.r-14～r-15表示的7种bsce标志物的7种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象时的群散布图。

图7-8中的(k)是按照检测物的种类划分而制成的群散布图。

图8-1中的(a)涉及表1中由no.r-1～r-8和no.r-14～r-15表示的10种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物的10’种基因表达得分(由no.r-1～r-8和no.r-14～r-15表示的10种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值)制成的roc曲线。图8-1中的(b)是使用上述10种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“上述10种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值(10’种基因表达得分)”。

图8-2中的(c)涉及由no.r-1～r-8和no.r-14～r-15表示的10种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的10’种基因表达得分制成的roc曲线。图8-2中的(d)是使用上述10种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“10’种基因表达得分”。

图8-3中的(e)涉及由no.r-1～r-8和no.r-14～r-15表示的10种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的10’种基因表达得分制成的roc曲线。图8-3中的(f)是使用10种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“10’种基因表达得分”。

图8-4中的(g)是针对由no.r-1～r-8和no.r-14～r-15表示的10种bsce标志物的10’种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物按10’种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部二段条形中由“癌种类”表示的上部条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的下部条形表示bsce或者非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)。

图8-5中的(h)是针对由no.r-1～r-8和no.r-14～r-15表示的10种bsce标志物的10’种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物按10’种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)(中部)和绘制10’种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部三段条形中由“癌种类”表示的第1个条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的第2个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“活检；手术”表示的第3个条形表示手术检测物与活检检测物的区别。

图8-6中的(i)是针对由no.r-1～r-8和no.r-14～r-15表示的10种bsce标志物的10’种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物按10’种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制10’种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部四段条形中由“癌种类”表示的最上面的条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“福岛医大的诊断”表示的第2个条形表示由福岛县立医科大学对ffpe组织检测物进行病理诊断而得的结果的癌种类的区别，由“基底细胞样”表示的第3个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“ffpe；手术”表示的最下面的条形表示手术检测物与ffpe组织检测物的区别。

图8-7中的(j)是使用将手术检测物、活检检测物和ffpe组织检测物全部合在一起时的由no.r-1～r-8和no.r-14～r-15表示的10种bsce标志物的10’种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象时的群散布图。

图8-8中的(k)是按照检测物的种类划分而制成的群散布图。

图9-1中的(a)涉及表1中由no.r-1～r-5和no.r-9～r-15表示的12种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物的12种基因表达得分(12种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值)制成的roc曲线。图9-1中的(b)是使用上述12种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“上述12种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值(12种基因表达得分)”。

图9-2中的(c)涉及由no.r-1～r-5和no.r-9～r-15表示的12种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的12种基因表达得分制成的roc曲线。图9-2中的(d)是使用上述12种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“12种基因表达得分”。

图9-3中的(e)涉及由no.r-1～r-5和no.r-9～r-15表示的12种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的12种基因表达得分制成的roc曲线。图9-3中的(f)是使用上述12种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“12种基因表达得分”。

图9-4中的(g)是针对由no.r-1～r-5和no.r-9～r-15表示的12种bsce标志物的12种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物按12种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部二段条形中由“癌种类”表示的上部条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的下部条形表示bsce或者非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)。

图9-5中的(h)是针对由no.r-1～r-5和no.r-9～r-15表示的12种bsce标志物的12种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物按12种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部三段条形中由“癌种类”表示的第1个条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的第2个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“活检；手术”表示的第3个条形表示手术检测物与活检检测物的区别。

图9-6中的(i)是针对由no.r-1～r-5和no.r-9～r-15表示的12种bsce标志物的12种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物按12种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制12种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部四段条形中由“癌种类”表示的最上面的条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“福岛医大的诊断”表示的第2个条形表示由福岛县立医科大学对ffpe组织检测物进行病理诊断而得的结果的癌种类的区别，由“基底细胞样”表示的第3个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“ffpe；手术”表示的最下面的条形表示手术检测物与ffpe组织检测物的区别。

图9-7中的(j)是使用将手术检测物、活检检测物和ffpe组织检测物全部合在一起时的由no.r-1～r-5和no.r-9～r-15表示的12种bsce标志物的12种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象时的群散布图。

图9-8中的(k)是按照检测物的种类划分而制成的群散布图。

图10-1中的(a)涉及表1中由no.r-1～r-15表示的15种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物的15种基因表达得分(15种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值)制成的roc曲线。图10-1中的(b)是使用上述15种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“上述15种bsce标志物的对数变换相对表达比的合计值(15种基因表达得分)”。

图10-2中的(c)涉及由no.r-1～r-15表示的15种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的15种基因表达得分制成的roc曲线。图10-2中的(d)是使用上述15种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“15种基因表达得分”。

图10-3中的(e)涉及由no.r-1～r-15表示的15种bsce标志物，是由实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的15种基因表达得分制成的roc曲线。图10-3中的(f)是使用上述15种bsce标志物时的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物的灵敏度特异度曲线。纵轴表示“灵敏度”或“特异度”，横轴表示“15种基因表达得分”。

图10-4中的(g)是针对由no.r-1～r-15表示的15种bsce标志物的15种基因表达得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物按15种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部二段条形中由“癌种类”表示的上部条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的下部条形表示bsce或者非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)。

图10-5中的(h)是针对由no.r-1～r-15表示的15种bsce标志物的得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和312个检测物的活检检测物的15种基因表达得分按小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制15种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部三段条形中由“癌种类”表示的第1个条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“基底细胞样”表示的第2个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“活检；手术”表示的第3个条形表示手术检测物与活检检测物的区别。

图10-6中的(i)是针对由no.r-1～r-15表示的15种bsce标志物的得分，将实施例1中得到的57个检测物的手术检测物和20个检测物的ffpe组织检测物按15种基因表达得分小的顺序重新排列时的热图(中部)和绘制15种基因表达得分值而得的图表(下部)。图中的纵线表示截断值。另外，上部四段条形中由“癌种类”表示的最上面的条形表示癌的种类(包括正常组织)的区别，由“福岛医大的诊断”表示的第2个条形表示由福岛县立医科大学对ffpe组织检测物进行病理诊断而得的结果的癌种类的区别，由“基底细胞样”表示的第3个条形表示bsce与非bsce的区别(带颜色的部分表示bsce)，由“ffpe；手术”表示的最下面的条形表示手术检测物与ffpe组织检测物的区别。

图10-7中的(j)是使用将手术检测物、活检检测物和ffpe组织检测物全部合在一起时的由no.r-1～r-15表示的15种bsce标志物的15种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象时的群散布图。

图10-8中的(k)是按照检测物的种类划分而制成的群散布图。

具体实施方式

1.食管基底细胞样鳞状细胞癌标志物

1－1.概要

本发明的第1方式是食管基底细胞样鳞状细胞癌标志物(bsce标志物)。本发明的bsce标志物由至少5种基因的基因群构成，通过测定受检者和健康人或健康人群的样本中的其表达水平，能够准确地鉴别是否罹患bsce、或者罹患的食管癌是bsce还是除bsce以外的其它食管癌。

1－2.定义

“食管”是指从环状软骨的下端向胃移行的长度20～25cm的管状的脏器，由颈部食管、胸部食管、腹部食管这3个区域形成。

“食管癌”是指由食管的粘膜产生的恶性肿瘤，除鳞状细胞癌(食管鳞状细胞癌)、腺癌(食管腺癌)这样的主要食管癌以外，还已知有食管基底细胞样鳞状细胞癌(bsce)这样的特殊组织学类型食管癌。

“食管鳞状细胞癌”是指由作为食管本来的粘膜的鳞状上皮产生的食管癌。形成实体性癌巢，显示向复层鳞状上皮的分化。显示角化或层状分化倾向，大多时候认为是细胞间桥。食管鳞状细胞癌在颈部食管或胸部食管的产生频率高，占日本食管癌中的约90％。

“食管腺癌”是指在腺细胞中产生的食管癌，大多在腹部食管的胃附近产生。腺细胞在食管内壁形成进行粘液分泌的食管腺。在欧美各国，以巴雷特氏(barrett)食管为背景产生的巴雷特氏食管腺癌的产生频率高，占食管癌的一半以上。

“食管基底细胞样鳞状细胞癌(bsce)”如上所述是被分类为特殊组织学类型食管癌的较稀少的食管癌。该癌细胞具有与在食管产生的基底细胞类似的特征，其特征在于：小型的细胞增殖为实体性癌巢或者条索状，形成有时不规则的腺样、微囊肿样结构。并且，认为在癌巢内外有玻璃样(基底膜样)物质的沉积。另外，部分癌还伴有导管样分化。在上皮内大多具有食管鳞状细胞癌，即便在浸润部有时也伴有食管鳞状细胞癌。

本说明书中“食管基底细胞样鳞状细胞癌标志物(bsce标志物)”是指能够鉴别是否罹患bsce、或者能够鉴别bsce与其它的主要食管癌、即食管鳞状细胞癌和食管腺癌的生物标志物。

本说明书中“鉴别”是指辨别具有食管癌罹患史的受检者是否正在罹患bsce或者是否曾经患过bsce、或者食管癌患者罹患的是bsce还是除bsce以外的其它主要食管癌。

1－3.构成

本方式的bsce标志物由bsce鉴别基因群构成。本说明书中“bsce鉴别基因群”由分别含有序列号141～145表示的碱基序列的至少5种基因(col9a2基因、fgf3基因、nptx2基因、col9a3基因和col9a1基因)构成。即，该5种基因成为本方式的bsce标志物的必需bsce鉴别基因群。上述5种基因优选为在表1中分别对应no.r-1～r-5且编码由序列号71～75表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因。具体而言，可举出分别由序列号1～5表示的碱基序列构成的基因。应予说明，本说明书中将构成bsce标志物的各个基因表述为“bsce鉴别基因”。

[表1]

表中，“基因名称”表示bsce鉴别基因名称，“符号”表示bsce鉴别基因的简称，“id”表示bsce鉴别基因的登录号。另外，序列号中，a表示bsce鉴别基因的全长碱基序列，b表示该基因编码的蛋白质的全长氨基酸序列，c表示探针中使用的碱基序列。

本方式的bsce标志物在含有上述必需bsce鉴别基因群的基础上，还可以含有选择bsce鉴别基因。本说明书中“选择bsce鉴别基因”是指属于表1中记载的bsce鉴别基因群但除必需bsce鉴别基因以外的基因。选择bsce鉴别基因有多个时，本说明书中，经常表述为“选择bsce鉴别基因群”。

本方式的bsce标志物在含有上述必需bsce鉴别基因群的基础上，还可以包含分别含有序列号146～148表示的碱基序列的3种基因(ppp1r1b基因、ttyh1基因和abtb2基因)的一种以上作为选择bsce鉴别基因。含有上述序列号146～148表示的碱基序列的基因优选为在表1中分别对应no.r-6～r-8且编码由序列号76～78表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因。例如，可举出分别由序列号6～8表示的碱基序列构成的基因。

本方式的bsce标志物在含有上述必需bsce鉴别基因群的基础上，还可以包含分别含有序列号149～153表示的碱基序列的5种基因(ttll4基因、ptpn5种基因、etv6基因、il17rd基因和ccdc8种基因)的一种以上作为选择bsce鉴别基因。含有上述序列号149～153表示的碱基序列的基因优选为在表1中分别对应no.r-9～r-13且编码由序列号79～83表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因。例如，可举出分别由序列号9～13表示的碱基序列构成的基因。另外，此时可以进一步包含一种以上的作为选择bsce鉴别基因的、上述分别含有序列号146～148表示的碱基序列的基因，优选进一步包含一种以上的编码由序列号76～78表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因，更优选进一步包含一种以上的由序列号6～8表示的碱基序列构成的基因。

本方式的bsce标志物在含有上述必需bsce鉴别基因群的基础上，还可以包含一种以上的分别含有序列号154～210表示的碱基序列的基因作为选择bsce鉴别基因。含有上述序列号154～210表示的碱基序列的基因优选为在表1中分别对应no.r-14～r-70且编码由序列号84～140表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因。例如，可举出分别由序列号14～70表示的碱基序列构成的基因。另外，此时可以进一步包含一种以上的作为选择bsce鉴别基因的、上述分别含有序列号146～153表示的碱基序列的基因，优选进一步包含一种以上的编码由序列号76～83表示的氨基酸序列构成的蛋白质的基因，更优选进一步包含一种以上的由序列号6～13表示的碱基序列构成的基因。

因此，本方式的bsce标志物由5种～70种bsce鉴别基因的基因群构成。通常，对于本方式的bsce标志物而言，构成的基因种类越多，罹患bsce的鉴别方法的鉴别精度越高。

本说明书中bsce标志物原则上为由dna(cdna)表示的碱基序列构成的基因，但在该基因表达时作为转录产物产生的由rna序列构成的mrna、作为基因的翻译产物产生的由氨基酸序列构成的蛋白质、以及它们的部分片段因反映作为标志物的基因的表达，也可间接地成为bsce标志物。

另外，构成bsce标志物的bsce鉴别基因还包括：与上述基因的碱基序列具有70％以上、75％以上、80％以上、85％以上、90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、或者99％以上的碱基同源性的核苷酸；在上述基因的碱基序列中缺失、替换或附加一个或多个核苷酸而成的核苷酸；以及在严格的条件下跟由与上述基因的部分碱基序列互补的碱基序列构成的核苷酸片段进行杂交的核酸且保持酶活性的核苷酸。作为这样的核苷酸的具体例，可举出含有编码同一氨基酸序列的简并密码子的核苷酸、各基因的各种变异体(variant)或点突变基因等变异基因、以及黑猩猩等其它物种的直系同源基因。应予说明，本说明书中“碱基同源性”是指将二个碱基序列进行排列(对齐)、并根据需要导入空位(gap)使两个碱基序列的碱基一致度最高时的、要比较的核苷酸的碱基序列中的相同碱基数相对于表1中记载的基因的总碱基数的比例(％)。“多个核苷酸”是指2～30个、2～14个、2～10个、2～8个、2～6个、2～5个、2～4个、或者2～3个的核苷酸。另外，“严格条件”是指不形成非特异性杂交的条件。通常，盐浓度越低且温度越高，则条件越严格。低严格的条件例如为在杂交后的清洗中，以1×ssc、0.1％sds、37℃程度进行清洗的条件，更严格的条件是以0.5×ssc、0.1％sds、42℃～50℃程度进行清洗。更加严格的高严格条件为在杂交后的清洗中，例如在50℃～70℃、55℃～68℃或者65℃～68℃下，以0.1×ssc和0.1％sds进行清洗的条件。一般优选高严格的条件。上述ssc、sds和温度的组合只不过是例示。除上述ssc、sds和温度以外，本领域技术人员也可以适当地组合探针浓度、探针碱基长度、杂交时间等其它的条件来确定杂交的严格程度。

2.罹患食管基底细胞样鳞状细胞癌的鉴别方法

2－1.概要

本发明的第2方式是辅助鉴别受检者罹患食管基底细胞样鳞状细胞癌(bsce)的方法。本发明的罹患bsce的鉴别方法是获得从受检者和健康人或健康人群采集的样本所含有的第1方式中记载的bsce标志物的表达谱，基于该表达谱来鉴别该受检者的食管癌是食管基底细胞样鳞状细胞癌或者除其以外的食管癌的辅助方法。“bsce标志物的表达谱”是指与构成bsce标志物的各bsce鉴别基因的表达水平有关的信息。本说明书中，尤其指由与多个bsce鉴别基因的表达水平有关的信息构建的基因表达模式。一般而言，获取的基因表达谱越多，越能够进行精度高的鉴别。

2－2.方法

本发明的罹患bsce的鉴别方法包括测定工序、计算工序和判定工序作为必需的工序。以下，对各工序进行具体说明。

2－2－1.测定工序

“测定工序”是指在从受检者和健康人或健康人群采集的样本中测定第1方式的bsce标志物的每单位量的表达水平而得到其测定值的工序。

本说明书中“受检者”是指提供样本供于检查的人个体。受检者可以是具有食管癌罹患史的某个个体或者疑似罹患食管癌的某个个体中的任一者。此处提及的“具有食管癌罹患史的某个个体”包括现在患有食管癌的患者和过去曾经患有食管癌的食管癌既往史患者。由于bsce在病理组织学上难以与食管鳞状细胞癌区别，所以在病理组织学上被诊断为疑似食管鳞状细胞癌的患者或者食管鳞状细胞癌既往史者适合作为受检者。

本说明书中“健康人”是指处于健康状态的人。但是，本说明书中，健康人细胞也包含在广义的健康人中。因此，不仅仅在个体层面，而且例如像从食管癌的患者采集的组织中的正常部分那样，只要在细胞层面为健康状态，则也称为健康人。

本说明书中，“健康状态”在本说明书中至少是指没有罹患食管癌的健全的状态。也就是说，本说明书的健康人是指没有罹患食管癌的人个体(包括人细胞)，优选为没有任何疾病和异常的健康的人个体(包括人细胞)。本方式中采用的健康人在性别、年龄、身高、体重等身体条件以及人数方面没有特别限制，但优选与受检体同性，并且年龄、身高和体重等身体条件相同或者接近。应予说明，本说明书中将由多个健康人构成的集合称为“健康人群”。

本说明书中“样本”是指从上述受检者或者健康人或健康人群采集的供于本方式罹患bsce的鉴别方法的物质，例如包括组织、细胞、体液或者腹腔清洗液。此处提及的“组织”和“细胞”可以来自受检者或健康人的任一个部位，但优选为通过活检采集的或者通过手术切除的检测物，更具体而言为食管组织或者食管细胞。特别优选通过活检采集的食管癌细胞或者疑似罹患食管癌的某食管组织或者食管细胞。应予说明，这些组织或细胞可以在用福尔马林固定后包埋于石蜡(ffpe：formalin-fixedparaffinembedded)。另外，此处提及的“体液”是指从受检者或者健康人采集的液态的生物样本。例如，可举出血液(包括血清、血浆和间质液)、髄液(脑脊髓液)、尿、淋巴液、消化液、腹水、胸腔积液、神经根周围的液体、各组织或细胞的提取液等。优选为血液。

关于样本的采集，如果为组织或细胞，则可以通过活检或者手术中的外科摘出而获得。另外，如果为体液，则可以基于本领域的公知方法进行。例如，如果为血液、淋巴液，则可以基于公知的采血方法进行。本方式的罹患bsce的鉴别方法中需要的样本量没有特别限定。如果为组织或细胞，则希望至少为10μg，优选至少为0.1mg，可以为活检材料。另外，如果为血液或者淋巴液这样的体液，则至少为0.1ml，优选至少为1ml，更优选至少为10ml的容量。样本以能够测定第1方式的bsce标志物的方式，根据需要进行制备、处理。例如，如果样本为组织或细胞，则可举出均化处理、细胞溶解处理、利用离心和过滤的杂质去除、蛋白酶抑制剂的添加等。这些处理的详细情况在green&sambrook、molecularcloning、2012、fourthed.、coldspringharborlaboratorypress中有详细记载，可以参考。

本说明书中“单位量”是任意规定的样本量。例如，容量(以μl、ml表示)、重量(以μg、mg、g表示)均可。单位量没有特别限定，但在一系列的罹患bsce的鉴别方法中所测定的单位量为恒定。因此，本工序中供于测定的来自受检者和健康人的样本的单位量常常相同。单位量在每次重新进行罹患bsce的鉴别方法时也可以变更，但如果使各罹患bsce的鉴别方法的单位量恒定，如果其它的条件相同，则健康人或健康人群的测定值可再次利用以前测定的测定值，不必根据罹患bsce的鉴别方法每次测定，因此是便利的。

本说明书中“基因的表达水平”是指bsce鉴别基因的表达量(转录产物量)、表达强度或者表达频率。此处提及的基因的表达水平并不局限于bsce鉴别基因的野生型基因的表达水平，也可包括点突变基因等变异基因的表达水平。另外，在显示bsce鉴别基因表达的转录产物中，也可包括像剪接变异体(splicevariant)这样的异型转录产物(变异体)及它们的片段。这是由于即便是基于变异基因、转录产物或其片段的信息，也能够构建本发明中的基因的表达谱。基因的表达水平可以通过测定构成bsce标志物的bsce鉴别基因群的转录产物即mrna量、或者其翻译产物即蛋白质量或活性等而获得测定值。

本说明书中“测定值”是指通过基因表达水平的测定方法得到的值。测定值可以为将样本中的mrna量、蛋白质量用ng(纳克)、μg(微克)等容量表示的绝对值，另外也可以为相对于对照值的以吸光度、标记分子的荧光强度等表示的相对值。此外，为蛋白质的活性的情况下，可以为相对活性。

以下，对各bsce鉴别基因的转录产物或翻译产物的测定方法进行具体说明。

(1)转录产物的测定

bsce鉴别基因的转录产物的测定可以为mrna量的测定，另外也可以为由mrna逆转录而得到的cdna量的测定。一般在基因的转录产物的测定中采用下述方法：引物或探针使用含有上述基因的碱基序列的全部或一部分的核苷酸，以绝对值或相对值的形式测定基因的表达水平。

本方式的引物或探针通常由dna、rna等天然核酸构成。特别优选稳定性高、合成容易且低廉的dna。另外，根据需要也可以将天然核酸与化学修饰核酸、伪核酸(擬似核酸)进行组合。作为化学修饰核酸、伪核酸，例如，可举出pna(peptidenucleicacid)、lna(lockednucleicacid；注册商标)、膦酸甲酯型dna、硫代磷酸酯型dna、2’-o-甲基型rna等。另外，引物和探针可以使用荧光物质和/或淬灭物质、或者放射性同位素(例如³²p、³³p、³⁵s)等标记物、或者生物素或(链霉)抗生物素蛋白、或者磁珠等修饰物质进行标记或修饰。标记物没有限定，可以使用市售的物质。例如，若为荧光物质，可以使用fitc、texas、cy3、cy5、cy7、cyanine3、cyanine5、cyanine7、fam、hex、vic、荧光胺及其衍生物、和罗丹明及其衍生物等。若为淬灭物质，可以使用amra、dabcyl、bhq-1、bhq-2、或者bhq-3等。引物和探针中的标记物的标记位置可以根据其修饰物质的特性、使用目的而适当地设定。一般而言，大多在5’或3’末端部进行修饰。另外，一个引物和探针分子可以被一个以上的标记物标记。这些物质对核苷酸的标记可以用公知的方法进行。

用作引物或探针的核苷酸可以为由构成上述bsce标志物的各基因的正义链或反义链构成的核苷酸中的任一种。

引物或探针的碱基长度没有特别限定。探针的情况下，如果用于后述的杂交法，则至少为10个碱基长度～bsce鉴别基因全长，优选为15个碱基长度～bsce鉴别基因全长，更优选为30个碱基长度～bsce鉴别基因全长，进一步优选为50个碱基长度～bsce鉴别基因全长，如果用于微阵列，则为10～200个碱基长度，优选为20～150个碱基长度，更优选为30～100个碱基长度。一般，探针越长，杂交效率越高，灵敏度越高。另一方面，探针越短，灵敏度越低，特异性反而上升。作为探针的具体例，可举出由表1的c中序列号141～210表示的碱基序列构成的80个碱基的核苷酸。另一方面，引物的情况下，正向引物和反向引物各自可为10～50bp，优选为15～30bp。

上述的引物或探针的制备对于本领域技术人员而言是公知的，例如，可以按照上述的green&sambrook,molecularcloning(2012)中记载的方法进行制备。另外，也可以向核酸合成委托制造商提供序列信息进行委托制造。

bsce鉴别基因的转录产物的测定只要为公知的核酸定量方法即可，没有特别限定。例如，可举出杂交法或者核酸扩增法。

“杂交法”是指使用具有与待检测的靶核酸的碱基序列的全部或一部分互补的碱基序列的核酸片段作为探针，利用该核酸与该探针间的碱基配对，检测、定量靶核酸或其片段的方法。本方式中靶核酸包括构成bsce标志物的各bsce鉴别基因的mrna或cdna、或者其片段。一般而言，杂交法为了排除非特异性杂交的目标外的核酸，优选在严格的条件下进行。更优选上述的低盐浓度且高温下的高严格的条件。杂交法中，已知有检测手段不同的几种方法，例如，优选northern印迹法(northern杂交法)、微阵列法、表面等离子共振法或者石英晶体微天平法。

“northern印迹法”是分析基因表达的最常用的方法，是指通过利用琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶等的电泳将由样本制备的全部rna或mrna在变性条件下进行分离，转印(印渍)到过滤材上后，使用具有对靶rna为特异性的碱基序列的探针，检测靶核酸的方法。也可以用像荧光色素、放射性同位素这样的适当的标记物标记探针，并使用例如化学发光摄影分析装置(例如，lightcaptureii，atto公司)、闪烁计数器，成像分析仪(例如，fujifilm公司：bas系列)等测定装置对靶核酸进行定量。northern印迹法在本领域是公知著名的技术，例如，可以参照上述的green,m.r.andsambrook,j.(2012)。

“微阵列法”是将与靶核酸的碱基序列的全部或一部分互补的核酸片段作为探针，并以小斑点状高密度地配置在基板上，使含有靶核酸的样本与固相化的微阵列或微芯片反应，利用荧光等对与基盘斑点杂交的核酸进行检测、定量的方法。靶核酸可以为像mrna这样的rna、或者像cdna这样的dna中的任一种。检测、定量可以通过利用微孔板阅读器、扫描仪检测、测定靶核酸等基于杂交的荧光等来实现。可以根据测定的荧光强度，确定mrna量或cdna量或者它们相对于对照mrna(参照mrna)的存在比。微阵列法在本领域中也是公知的技术。例如，可以参照dna微阵列法(dna微阵列和最新pcr法(2000年)村松正明、那波宏之监修、秀润社)等。

“表面等离子共振(spr：surfaceplasmonresonance)法”是利用表面等离子共振现象以极高灵敏度检测、定量金属薄膜表面上的吸附物的方法，该表面等离子共振现象是指使向金属薄膜照射的激光的入射角度发生变化时，在特定的入射角度(共振角)反射光强度明显衰减的现象。本发明中，例如，可以将具有与靶核酸的碱基序列互补的序列的探针固定在金属薄膜表面，并对其它的金属薄膜表面部分进行封闭处理后，使从受检体或者健康体或健康体组采集的样本在金属薄膜表面流通而形成靶核酸与探针的碱基配对，根据样品流通前后的测定值的差异来检测、定量靶核酸。利用表面等离子共振法的检测、定量例如可以利用biacore公司市售的spr传感器进行。本技术在本领域中是公知的。例如，可以参照永田和弘及半田宏的生物体物质相互作用的实时分析实验法,spiegel-verlagtokyo,东京,2000。

“石英晶体微天平(qcm:quartscrystalmicrobalance)法”是利用物质吸附于安装在石英晶体的电极表面时石英晶体的共振频率会根据物质的质量而减少的现象，由共振频率的变化量定量地捕捉极微量的吸附物的质量测定法。基于本方法的检测、定量与spr法同样地也可以利用市售的qcm传感器，例如，通过探针与从受检体或者健康体或健康体组采集的样本中的靶核酸的碱基配对来检测、定量靶核酸，该探针固定在电极表面并具有与靶核酸的碱基序列互补的序列。本技术在本领域是公知的，例如，可以参照christopherj.etal.,2005,self-assembledmonolayersofaformofnanotechnology,chemicalreview,105:1103-1169，森泉丰荣、中本高道、(1997)传感器工学、昭晃堂。

“核酸扩增法”是使用正向/反向引物，利用核酸聚合酶使靶核酸的特定区域扩增的方法。例如，可举出pcr法(包括rt-pcr法)、nasba法、ican法、lamp(注册商标)法(包括rt-lamp法)。优选为pcr法。利用核酸扩增法测定基因的转录产物的方法可使用像实时rt-pcr法这样的定量核酸扩增法。对于实时rt-pcr法，还已知有使用sybr(注册商标)green等的嵌入剂法、taqman(注册商标)探针法、数字pcr法和循环探针法，任一方法均可。这些方法均是公知的方法，在本技术领域中的适当的方案(protocol)中有记载，可以参照这些方案。

对于用实时rt-pcr法定量基因的转录产物的方法，以下举出一个例子进行简单的说明。实时rt-pcr法是将由样本中的mrna通过逆转录反应制备的cdna作为模板，在pcr的扩增产物被特异性地荧光标记的反应体系中，使用具备检测来自扩增产物的荧光强度的功能的温度循环装置进行pcr的核酸定量方法。实时监测反应中的靶核酸的扩增产物量，用计算机对其结果进行回归分析。作为标记扩增产物的方法，有使用经过荧光标记的探针的方法(例如，taqman(注册商标)pcr法)，和使用与双链dna特异性结合的试剂的嵌入剂方法。taqman(注册商标)pcr法使用5’末端部被淬灭物质修饰、且3’末端部被荧光色素修饰的探针。通常5’末端部的淬灭物质抑制了3’末端部的荧光色素，但进行pcr时，由于taq聚合酶所具备的5’→3’核酸外切酶活性将该探针分解，由此解除了淬灭物质的抑制，所以发出荧光。其荧光量反映扩增产物的量。由于扩增产物达到检测限时的循环数(ct)和初期模板量存在逆相关的关系，所以在实时测定法中通过测定ct来定量初始模板量。使用数段的已知量的模板测定ct，制成校正曲线，则能够算出未知样本的初期模板量的绝对值。rt-pcr中使用的逆转录酶例如可以使用m-mlvrtase、exscriptrtase(takara公司)、superscriptiirt(thermofisherscientific公司)等。

实时pcr的反应条件一般以公知的pcr法为基础，随着扩增的核酸片段的碱基长度和模板用核酸的量、以及使用的引物的碱基长度和tm值、使用的核酸聚合酶的最适反应温度和最适ph等而变动，因此可以根据这些条件适当地设定。作为一个例子，通常，可以在94～95℃进行5秒～5分钟的变性反应、在50～70℃进行10秒～1分钟的退火反应、在68～72℃进行30秒～3分钟的延伸反应，将其作为1个循环，重复15～40个循环左右进行延伸反应。使用上述制造商市售的试剂盒时，原则上可以按照试剂盒中附带的说明书进行。

实时pcr中使用的核酸聚合酶为dna聚合酶，特别是耐热性dna聚合酶。这样的核酸聚合酶有各种各样的市售品，也可以利用这些市售品。例如，可举出上述appliedbiosystemstaqmanmicrornaassayskit(thermofisherscientific公司)附带的taqdna聚合酶。特别是在这样的市售的试剂盒中，附带有使附带的dna聚合酶的活性达到最佳的缓冲液等，因此有用。

(2)翻译产物的测定

bsce鉴别基因的翻译产物的测定可以是bsce鉴别基因编码的蛋白质(肽)量的测定，也可以为该蛋白质具有的活性的测定。

(2－1)蛋白质量的测定

一般蛋白质量的测定可采用使用接头的方法，该接头识别、结合该蛋白质的氨基酸序列，尤其是特异性高的特征氨基酸序列。作为这样的接头，例如，可举出抗体或该抗体片段或者核酸适配体。

(抗体)

本工序中使用的抗体或其片段通过识别bsce鉴别基因编码的蛋白质(bscr标志物蛋白质)的一部分作为表位，并利用抗原抗体反应与其特异性结合，由此能够检测bsce标志物蛋白质。此处提及的“一部分”是指由5～15个、优选为5～10个、更优选为6～10个连续的氨基酸构成的区域。

本工序中使用的抗体可以为多克隆抗体、单克隆抗体或者重组抗体中的任一种。为了能够进行更加特异性的检测，优选为单克隆抗体或者重组抗体。抗体的球蛋白类型没有特别限定，可以为igg、igm、iga、ige、igd、igy中的任一种，但优选为igg和igm。另外，产生本方式的抗体的生物没有特别限定。可以来源于包含哺乳动物和鸟在内的所有动物。例如，可举出小鼠、大鼠、豚鼠、兔子、山羊、驴、绵羊、骆驼、马、鸡、或者人等。

本说明书中上述“重组抗体”是指例如嵌合抗体、人源化抗体和合成抗体。

“嵌合抗体”是指用其它抗体的轻链和重链的c区域替换某个抗体中的轻链和重链的恒定区(c区域：constantregion)而成的抗体。例如，在小鼠抗人单克隆抗体中，将其轻链和重链的c区域替换为适当的人抗体的c区域而成的抗体属于嵌合抗体。也就是说，此时，包含cdr的可变区(v区域：variableregion)是来自小鼠抗体的，c区域是来自人抗体的。

“人源化抗体”也称为重建(reshaped)人抗体，是将针对靶抗原的来自人以外的哺乳动物的抗体中的cdr与人抗体的cdr进行替换而成的嵌入型抗体(モザイク抗体)。例如，制备将编码小鼠抗人fbxo32抗体的各cdr区域(cdr1～cdr3)的dna序列替换为适当的编码来自人抗体的对应的各cdr的dna序列而得的重组抗体基因，并使其表达而得到的抗体属于人源化抗体。

“合成抗体”是指使用化学方法或者重组dna法合成的抗体。例如，介由具有适当的长度和序列的连接肽等，将特定抗体的一个以上的vl和一个以上的vh进行人工连接而成的单体多肽分子、或者其多聚体多肽属于合成抗体。作为这样的多肽的具体例，可举出单链fv(scfv：singlechainfragmentofvariableregion)(参照piercecatalogandhandbook,1994-1995,piercechemicalco.,rockford,il)、双特异性抗体(diabody)、三特异性抗体(triabody)或者四特异性抗体(tetrabody)等。在免疫球蛋白分子中，vl和vh通常位于各自的多肽链(轻链和重链)上。单链fv是具有将这2个多肽链上的v区域介由足够长的柔软性连接肽进行连接而包含于1条多肽链的结构的合成抗体片段。在单链fv内两个v区域可以相互自集合而形成一个功能性抗原结合部位。单链fv可以通过将编码它的重组dna使用公知技术导入到噬菌体基因组中，并使其表达而获得。双特异性抗体是具有以单链fv的二聚体结构为基础的结构的分子(holligeretal.,1993、proc.natl.acad.sci.usa90:6444-6448)。三特异性抗体和四特异性抗体与双特异性抗体同样地具有以单链fv结构为基础的三聚体和四聚体结构。可以分别为三价和四价的抗体片段，也可以为多特异性抗体。

本工序中使用的抗体优选具有与bsce标志物蛋白质的解离常数为10^-8m以下、优选为10^-9m以下、更优选为10^-10m以下的高亲和性。上述解离常数可以使用本领域中公知的技术测定。例如，可以利用biacore系统(gehealthcare公司)并使用速度评估工具软件进行测定。

本工序中使用的本方式的多克隆抗体可以通过用bsce标志物蛋白质使适当的动物免疫的本领域中公知的方法而得到。另外，单克隆抗体也可以通过本领域的惯用技术即公知方法而得到。例如，用bsce标志物蛋白质或其肽片段使小鼠等免疫后，从被免疫的动物采集产生抗体的细胞。使该产生抗体的细胞与骨髓瘤(myeloma)细胞株融合，由此生成杂交瘤细胞，然后鉴定产生与用作靶抗原的bsce标志物蛋白质等结合的单克隆抗体的杂交瘤。

“抗体片段”是指上述抗体的具有抗原结合活性的肽片段，例如，可举出fab、f(ab’)2、fv等。

本工序中使用的抗体或其抗体片段可以被修饰。此处提及的“修饰”包括对抗体检测必要的标记、或者对抗原特异性结合活化必要的功能上的修饰。作为标记，例如，可举出利用上述的荧光物质、荧光蛋白质(例如pe、apc、gfp)、酶(例如辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶、葡萄糖氧化酶)、或者生物素或(链霉)抗生物素蛋白的标记。另外，作为修饰，可举出为了调整对作为靶抗原的bsce标志物蛋白质的亲和性而进行的抗体的糖基化等。具体而言，例如有在抗体的框架区(fr：frameworkregion)，向构成糖基化部位的氨基酸残基导入替换而除去糖基化部位，由此使该部位的糖基化丧失的改变等。

(核酸适配体)

“核酸适配体”是由核酸构成的适配体，是指利用介由氢键等的单链核酸分子的二级结构、以及基于三级结构形成的立体结构与靶物质稳固且特异性结合，从而具有特异性阻碍或抑制靶物质的生理活性等功能的能力的配体分子。构成核酸适配体的核苷酸通常是作为天然核酸的rna和/或dna，但可以包含能够转录或复制的非天然型核苷酸。优选为仅由rna构成的rna适配体、或者仅由dna构成的dna适配体。

本工序中使用的核酸适配体可以将bsce标志物蛋白质作为靶分子，利用本领域中公知的方法而制作。例如，可举出利用selex(systematicevolutionofligandsbyexponentialenrichment)法的试管内筛选法。selex法如下：例如，如果为分离rna适配体的情况，则重复几轮～几十轮的下述一系列的循环，即“从由具有随机序列区域和位于其两端的引物结合区域的大量rna分子构成的rna池选出与作为靶分子的bsce标志物蛋白质结合的rna分子。通过rt-pcr反应使回收的rna分子进行扩增后，将得到的cdna分子作为模板进行转录，得到被选出的rna分子的扩增产物，使其进入下一轮的rna池”，由此选出与靶分子的结合力更强的rna分子。另一方面，在selex法中，分离dna适配体的情况下，重复几轮～几十轮的下述一系列的循环，即“从由具有随机序列区域和位于其两端的引物结合区域的大量dna分子构成的dna池选出与作为靶分子的bsce标志物蛋白质结合的dna分子。通过pcr反应使选出的dna分子进行扩增，使其进入下一轮的dna池”，由此选出与靶分子结合力更强的dna分子。随机序列区域和引物结合区域的碱基序列长没有特别限定。通常随机序列区域优选为20～80个碱基，引物结合区域优选为15～40个碱基的范围。为了提高对靶分子的特异性，可以预先将与靶分子类似的分子和rna池或rna池进行混合，使用由不与靶分子结合的rna分子或dna分子构成的池。将经过以上方法最终得到的核酸分子用作本方式的核酸适配体。应予说明，selex法是公知的方法，具体的方法可以基于例如pan等(proc.natl.acad.sci.1995、u.s.a.92:11509-11513)进行。

本工序中使用的核酸适配体也可以使用荧光物质等标记物进行标记。在不阻碍与靶分子的结合能力的范围内，标记物的种类可以使用上述的标记物中的任一种。另外，与食管基底细胞样鳞状细胞癌鉴别用试剂为上述的探针的情况同样地，也可以将核酸适配体以固定在固相载体上的状态提供。固定核酸适配体的固相载体的材料没有限定。例如，可以使用与上述的基板同样的材料。

(2－2)蛋白质活性的测定

蛋白质活性的测定可采用根据该蛋白质所具有的活性而选择的测定方法。例如，如果像配体和受体、或者转录因子和dna这样的肽－蛋白质、低分子化合物－蛋白质、或者蛋白质－核酸这样地bsce标志物蛋白质与其它的物质结合而发挥功能的情况，则可以测定bsce标志物蛋白质的结合活性。作为测定结合活性的具体例，可举出利用上述的表面等离子共振法、石英晶体微天平法测定的方法。例如，bsce标志物蛋白质为转录因子时，将其靶dna序列以靶核酸的碱基序列固定在金属薄膜表面，使可含有bsce标志物蛋白质的从受检体或者健康体或健康体组采集的样本流通金属薄膜表面，检测bsce标志物蛋白质与靶dna序列的结合量，由此能够测定bsce标志物蛋白质的活性。另外，如果是bsce标志物蛋白质作为酶发挥功能的情况，则可以添加基质而测定其催化活性。

2－2－2.计算工序

“计算工序”是指基于上述测定工序中得到的测定值，计算特定的值的工序。本工序包括合计值计算工序和平均测定值计算工序这2个独立的工序，可以选择任一者或者两者。

(a)合计值计算工序

在合计值计算工序中，基于上述测定工序中得到的测定值算出构成bsce标志物的各bsce鉴别基因的表达比，得到其合计值。此处提及的“基因的表达比”是指在构成bsce标志物的一个基因中，由测定工序中得到的受检者和健康人或健康人群的测定值计算的比率。表达比是针对全部检测物以相对于共同的样品(以下称为“共同参照物”)的相对比计算。计算表达比时的共同参照物只要为共同的，则任何参照物均可。例如，可以为特定的细胞株，也可以为多个细胞株混合而成的混合物。另外，可以为健康人。此时，健康人可以为一人，但优选为由多人构成的健康人群。

关于表达比的计算，具体而言，例如，将作为bsce标志物中必需bsce鉴别基因群之一的col9a2基因的受检者的测定值设为a1，将共同参照物的测定值设为b1时，col9a2基因的表达比由a1/b1表示。同样地，将fgf3基因的受检者的测定值设为a2，将共同参照物的测定值设为b2时，fgf3基因的表达比由a2/b2表示。另外，将ntpx2基因的受检者的测定值设为a3，将共同参照物的测定值设为b3时，ntpx2基因的表达比由a3/b3表示，将col9a3基因的受检者的测定值设为a4，将共同参照物的测定值设为b4时，col9a3基因的表达比由a4/b4表示，而且将col9a1基因的受检者的测定值设为a5，将共同参照物的测定值设为b5时，col9a1基因的表达比由a5/b5表示。此时本工序中得到的表达比的合计值由a1/b1+a2/b2+a3/b3+a4/b4+a5/b5表示。计算受检者与共同参照物的表达比时，可以预先计算共同参照物所含的各检测物的平均测定值，由该平均测定值和受检者的测定值计算表达比。例如，共同参照物所含的各检测物由ba、bb、bc和bd构成时，若将col9a2基因的各个测定值由ba1、bb1、bc1和bd1表示，则col9a2基因的表达比由4a1/(ba1+bb1+bc1+bd1)表示。bsce标志物在含有必需bsce鉴别基因群基础上含有选择bsce鉴别基因时，也计算该选择bsce鉴别基因的上述表达比，并加起来。应予说明，各bsce鉴别基因的表达比也可以由b/a表示。

(b)平均测定值计算工序

在平均测定值计算工序中，基于上述测定工序中得到的测定值，针对受检者和健康人群，分别由构成bsce标志物的bsce鉴别基因群计算平均测定值。另外，此处，针对构成健康人群的各个健康人，由构成bsce标志物的bsce鉴别基因群计算平均测定值。平均测定值例如在bsce标志物由包含必需bsce鉴别基因群的7种bsce鉴别基因构成时，用各bsce鉴别基因的测定值的总和除以种类数即7而算出。在平均测定值计算工序中，原则上计算平均测定值，但根据需要，也可以计算受检者和健康人群的各自测定值的总和，即除以构成bsce标志物的bsce鉴别基因群的种类数之前的值。

2－2－3.判定工序

“判定工序”是指基于上述计算工序中得到的值，判定受检者罹患bsce的工序。本工序基于上述计算工序中的2个工序、即合计值计算工序和平均测定值计算工序中各自得到的值而采用不同的方法进行判定。

(a)基于合计值计算工序中得到的值的情况

计算工序中进行合计值计算工序的情况下，当得到的合计值大于由roc曲线导出的规定的截断值(cutoffvalue)时，判定该受检者罹患bsce的可能性高。

“roc曲线(receiveroperatoratingcharacteristiccurve，受试者工作特征曲线)”是以真阳性率(tpf:truepositionfraction)、即灵敏度为纵轴，以假阳性率(fpf:falsepositionfraction)、即(1－特异度)为横轴，以判断检查结果的哪个值为有病理形态(所見あり)的阈值即截断点(cutoffpoint)为参数使其变化而绘制成的。特异度是将阴性者准确地判断为阴性的比率。

从制成的roc曲线，采用哪个截断点作为截断值可以根据疾病的严重程度、检查的位置、其它各种条件来决定。通常，如果截断点选择假阳性率低的点，则健康人中成为阳性的人减少，但反而排除很多有病患者，结果，灵敏度下降。相反如果提高灵敏度，则健康人中的假阳性率变高。一般为了使灵敏度、特异度均高(想要接近1)，可以将截断值设定为给出在roc曲线上最接近点(0，1)的点的值。应予说明，在像活检这种侵袭大的检查之前实施该检查作为筛查的状况下，为了减少失败，可以以灵敏度变高的方式设定截断值。

(b)基于平均测定值计算工序中得到的值的情况

在计算工序中进行平均测定值计算工序的情况下，当得到的受检者的平均测定值在统计学上显著大于健康人群或除bsce以外的食管癌患者群的平均测定值时，判定该受检者罹患食管基底细胞样鳞状细胞癌的可能性高。

本说明书中，“统计学上显著”是指对受检者与健康人群或者除bsce以外的食管癌患者群的测定值的差异进行统计学处理时，两者间存在显著性差异。例如，得到的值的危险比(显著性水准)小的情况，具体而言，可举出小于5％的情况(p<0.05)、小于1％的情况(p<0.01)、或者小于0.1％的情况(p<0.001)。此处所示的“p(值)”在统计学的检验中，在假设统计量的分布中，表示假设碰巧正确的概率。因此“p”越小，表示假设越接近真实。统计学处理的检验方法可以适当地使用能够判断有无显著性差异的公知的检验方法，没有特别限定。例如，可以使用student’st检验法、协方差分析等。

本说明书中，在健康人群或者除bsce以外的食管癌患者群的平均测定值与受检者的平均测定值的比较中，在统计学上有显著性差异的情况下，判定该受检体罹患bsce。例如，受检者的平均测定值为健康人群或者除bsce以外的食管癌患者群的平均测定值的1.5倍以上、2.0倍以上、3.0倍以上、4倍以上、5倍以上、或者6倍以上时，通常可视为在统计学上有显著性差异。

2－3.效果

根据本方式的罹患bsce的鉴别方法，通过分析经活检或手术摘出的检测物，能够准确地鉴别提供该检测物的受检者是罹患bsce还是其它的食管癌。利用诊断准确率高的本方式的罹患bsce的鉴别方法，具有以下优点：能够确诊为bsce，能识别出与常规型食管鳞状细胞癌不同的症状，能够考虑复发风险、治疗法的判断而进行应对。

另外，通过推进bsce的可靠诊断和随之的病例累积，能够把握作为稀少疾病的bsce的更多症状，设计出最佳的治疗法。并且，也有助于改善通常预后不良的bsce的生命预后。

以往，bsce是基于病理学诊断而进行判断的，但判断诊断结果的医师和医院间存在差异。但是，采用本方式的罹患bsce的鉴别方法，能够提供辅助bsce诊断的客观数据。

3.食管基底细胞样鳞状细胞癌检测用试剂

3－1.概要

本发明的第3方式是食管基底细胞样鳞状细胞癌(bsce)检测用试剂。通过将本方式的bsce检测用试剂用于例如来自罹患食管癌的受检者的样本，能够鉴别该受检者的食管癌是食管基底细胞样鳞状细胞癌还是其它的食管癌。

3－1－1.构成

本方式的bsce检测用试剂由用于检测构成bsce标志物的bsce鉴别基因的转录产物、即mrna或cdna的探针或者引物组、或者用于检测bsce标志物蛋白质的抗体或核酸适配体构成。它们的具体构成记载在第2方式的测定工序中。例如，检测构成bsce标志物的5种必需bsce鉴别基因的基因群的转录产物时，bsce检测用试剂可以包含由序列号141～145表示的碱基序列构成的探针群(包含互补序列)。另外，此时，bsce检测用试剂可以进一步包含由序列号146～148表示的碱基序列构成的一个以上的探针。更优选包含由序列号149～153表示的碱基序列构成的一个以上的探针，进一步优选包含由154～210表示的碱基序列构成的一个以上的探针。

本方式的bsce检测用试剂为如上所述的探针时，也可以以将各探针固定在基板上的dna微阵列或dna微芯片的状态提供bsce鉴别用试剂。固定各探针的基板的材料没有限定，通常使用玻璃板、石英板、硅片等。关于基板的大小，例如，可举出3.5mm×5.5mm、18mm×18mm、22mm×75mm等，其可以根据探针的斑点数、该斑点的大小等而设定为各种尺寸。探针的每1个斑点通常使用0.1μg～0.5μg的核苷酸。作为核苷酸的固定化方法，可举出如下方法：利用核苷酸的荷电而静电结合于被聚赖氨酸、聚-l-赖氨酸、聚乙烯亚胺、聚烷基胺等聚阳离子进行了表面处理的固相载体的方法；使导入了氨基、醛基、sh基、生物素等官能团的核苷酸介由共价键键合于导入了氨基、醛基、环氧基等官能团的固相表面的方法。

另外，本方式的bsce检测用试剂为特异性(特定期)识别bsce标志物蛋白质的抗体或其片段时，可以将bsce鉴别用试剂以被固定在固相载体上的状态提供。作为固相载体，可以使用由聚苯乙烯、聚碳酸酯、聚乙烯基甲苯、聚丙烯、聚乙烯、聚氯乙烯、尼龙、聚甲基丙烯酸酯、胶乳、明胶、琼脂糖、纤维素、凝胶、玻璃、金属、陶瓷或者磁性物等材质形成的珠、微孔板、试管、棒或试验片等形状的不溶性载体。固定化可以通过利用物理吸附法、化学键合法或者它们的并用等公知方法使固相载体与抗体或其片段结合而进行。

3－2.效果

使用本方式的bsce检测用试剂，将其用于具有食管癌罹患史的受检者或者疑似罹患食管癌的受检者，能够客观且准确地判定具有食管癌罹患史的受检者是否正在罹患bsce或者曾经患有bsce、或者罹患的是bsce和除bsce以外的其它主要食管癌中的哪一种、以及疑似罹患食管癌的受检者是否正在罹患bsce。特别是，通过使用本方式的bsce检测用试剂还能够容易地鉴别出现有的病理诊断难以鉴别的bsce与食管鳞状细胞癌的区别。

4.食管基底细胞样鳞状细胞癌检测试剂盒

4－1.概要

本发明的第4方式是食管基底细胞样鳞状细胞癌(bsce)检测试剂盒。本发明的bsce检测试剂盒含有第3方式的bsce检测用试剂作为必需构成要素。

4－2.构成

构成本发明的bsce检测试剂盒的第3方式的bsce检测用试剂的构成没有特别限定，可以为探针、引物组、抗体、核酸适配体中的任一种。它们各自至少能够检测构成bsce标志物的5种必需bsce鉴别基因的基因群的转录产物或翻译产物，优选能够检测含有序列号146～148表示的碱基序列的3种选择bsce鉴别基因中的一个以上，更优选能够检测含有序列号149～153表示的碱基序列的5种选择bsce鉴别基因中的一个以上，进一步优选能够检测含有序列号154～210表示的碱基序列的57种选择bsce鉴别基因中的一个以上。另外，也可以组合包含探针、引物组、抗体、核酸适配体等。

本发明的bsce检测试剂盒除含有第3方式的bsce检测用试剂以外，还可以含有对bsce标志物的检测必要的其它试剂，例如缓冲液、第二抗体、用于检测和结果鉴别的说明书。

实施例

以下举出实施例对本发明进行具体的说明，但该实施例只不过是单纯的一个例示，本发明不限于实施例中记载的范围。

＜实施例1＞

(目的)

确定构成bsce标志物的bsce鉴别基因。

(方法和结果)

1.生物样本

1－1.对象

将在2008年1月到2015年7月期间在福岛县立医科大学脏器再生外科学讲座中同意本研究的食管癌患者中通过手术和内窥镜的活检能够采集生物样本的98名患者作为对象。

1－2.生物样本的采集方法

(1)关于手术检测物，在摘出癌后，立即从病变部分和距离病变部5cm以上的正常部分采集约7×7mm大小的检测物作为样本，然后装入到冷冻管中，以液氮冷冻。剩余的癌标本在用福尔马林固定后，制成石蜡包埋(ffpe：formalin-fixedparaffinembedded)切片，进行后述的病理学诊断。手术检测物数量为包括被诊断为bsce的7个样品在内的57个样品。

(2)关于活检检测物，在上部消化管内窥镜检查时使用活检钳子(olympusfb-230k)，从病变部分和正常部分采集约3×3mm大小的检测物作为样本，然后装入到冷冻管中，以液氮冷冻。另外，从尽可能接近冷冻用检测物采集部位的病变部分再次采集检测物，用福尔马林固定后，制成ffpe切片，进行后述的病理学诊断。

1－3.福尔马林固定石蜡包埋组织的获取

作为验证用的样品，从usbiomax公司购入作为“食管基底细胞样鳞状细胞癌”销售的ffpe组织20个检测物。

1－4.病理学诊断

由在上述“1-2.生物样本的采集方法”中制成的ffpe切片的组织(ffpe组织)、或者在“1-3.福尔马林固定石蜡包理组织的获取”中购入的ffpe组织制作病理切片。对病理切片进行h.e染色(苏木精-伊红染色)，由两位病理医生独立地进行组织学诊断。病理学诊断采用wain等公开的病理学基准进行，并且参照imamhasan等(imamhasana.,etal.,2012,humanpathology43:2012-2023)公开的病理学形态的6种模式。该6种模式如下述a～f所示。

(a)伴有中心坏死的充实性癌巢(solidnestwithcomedo-typenecrosis)

(b)筛状假腺泡状(cribriformpatternandpseudoaciniformation)

(c)导管样排列(ductaldifferentiation)

(d)腺样微囊肿样癌巢(smallnestswithamicrocysticand/ortrabecularpattern)

(e)玻璃样物质的沉积(hyaline-likematerialdeposition)

(f)鳞状细胞癌部分的并存(coexistenceofinvasivescccomponent)

对于各病例的诊断，还研究了上述a～f病理形态的发现比例，进行了综合诊断。应予说明，本实施例中，即使检测物的大部分为鳞状细胞癌成分但也混合了一部分食管基底细胞样鳞状细胞癌成分的检测物被认定为食管基底细胞样鳞状细胞癌。

病理图像是使用hs一体式荧光显微镜bz-9000(keyence、osaka、japan)进行拍摄而得到的。图像处理使用illustrator(adobesysteminc.、ca、usa)进行。

1－5.检测物的分类

以上述手术检测物为对象，提取出区别bsce与其它食管癌的标志物基因。具体而言如下操作。

在98名患者中，仅采集手术检测物的患者为18名，仅采集活检检测物的患者为68名，采集手术检测物和活检检测物这两者的患者为12名。经过病理组织学研究，在98名患者中被诊断为bsce的患者仅有7名。从一个人采集多个检测物(手术检测物、活检检测物)，进行基因表达分析。从采集的检测物得到充分量的rna，能够进行全面广泛的基因表达分析的检测物合计为369个检测物，其详细情况是手术为57个检测物，活检为312个检测物。手术检测物的详细情况是正常食管上皮为26个检测物，食管鳞状细胞癌为23个检测物，食管基底细胞样鳞状细胞癌(bsce)为7个检测物，食管内分泌细胞癌为1个检测物。活检检测物的详细情况是正常食管上皮为229个检测物，鳞状细胞癌为51个检测物，bsce为8个检测物，内分泌细胞癌为1个检测物，腺癌为21个检测物，上皮内瘤为2个检测物。

将进行了手术的bsce的临床病理学特征示于表2。男性(m)为5例，女性(f)为1例，平均年龄为62.6岁(55～68岁)。术前活检中被诊断为bsce的患者为3例(3/6，50％)。肿瘤直径平均为28.6mm(12mm～45mm)，肿瘤的存在部位全部为胸部中部食管。在uicc第7版的tnmstage分类中，i期为4例，ii期为1例，iii期为1例。i期的1例在术后58个月因癌死亡，iii期的1例在术后19个月因癌死亡，ii期的1例术后复发仍活着，i期的3例无复发仍活着(观察时间7～60个月)。

[表2]

2.dna微阵列的制作

使用微阵列用合成dna制作dna微阵列。以polya+rna(mrna)为对象的dna微阵列(以下称为“系统1”)是将与来自人的转录产物对应的31797种合成dna(80mers)在载玻片上阵列化而制作的。另外，以总rna为对象的dna微阵列(以下称为“系统2”)是将与来自人的转录产物对应的14400种合成dna(80mers)在载玻片上阵列化而制作的。dna微阵列的制作方法参照schenam.,etal.,1995,science,270:467-470中记载的制作方法。具体而言，使用超微量分注装置(microdiagnostic公司制)，根据该公司推荐的说明书将人基因片段文库(microdiagnostic公司制)印刷在载玻片(松波硝子工业公司制，ha镀膜载玻片)上而制作。将该dna微阵列在气相恒温器内于80℃静置1小时，进一步使用紫外交联仪(hoefer公司制，uvc500)照射120mj的紫外线。dna微阵列的后处理基于日本特许第4190899号中记载的方法进行。

3.标记cdna的制备

3－1.从冷冻组织提取总rna

使用isogen(nippongene公司制)，按照附带的说明书，从用上述“1－2.生物样本的采集方法”采集并以液氮冷冻的样本中提取总rna。

3－2.从ffpe提取总rna

使用isogenpb试剂盒(nippongene公司制)，按照附带的说明书，从上述“1－3.福尔马林固定石蜡包埋组织的获取”中购入的ffpe组织提取总rna。

3－3.polya+rna纯化

对于能够获取125μg以上的总rna的样品继续使用micropoly(a)purist试剂盒(ambion公司制)，根据附带的说明书纯化polya+rna。

3－4.标记cdna的制备

以制备的polya+rna或总rna为模板通过逆转录反应制备检测物标记cdna。具体而言，使用2.0μg的上述polya+rna或者5.0μg的上述总rna、superscriptii(注册商标)逆转录酶(thermofisherscientific公司制)和花青5-脱氧尿嘧啶核苷三磷酸(cyanine5-dutp)(perkinelmer公司制)，利用核酸标记·杂交试剂(microdiagnostic公司制)进行制备。

作为对照用polya+rna或者总rna，使用人共同参照物(microdiagnostic公司制)。人共同参照物是将由22种来自人的细胞株(a431细胞、a549细胞、aki细胞、hbl-100细胞、hela细胞、hepg2细胞、hl60细胞、imr-32细胞、jurkat细胞、k562细胞、kp4细胞、mkn7细胞、nk-92细胞、raji细胞、rd细胞、saos-2细胞、sk-n-mc细胞、sw-13细胞、t24细胞、u251细胞、u937细胞和y79细胞)分别制备的polya+rna或者总rna等量混合而成的。

以人共同参照物为模板的对照标记cdna除色素标记脱氧核苷酸使用花青3-脱氧尿嘧啶核苷三磷酸(cyanine3-dutp)(perkinelmer公司制)以外，与上述检测物标记cdna同样地制备。标记cdna的具体制备方法分别遵照各公司推荐的说明书。

将上述检测物标记cdna和对照标记cdna在同一试管内混合而制成混合标记cdna后，使用micropureez(merckmillipore公司制)和microconym30(注册商标)(merckmillipore公司制)进行纯化。具体的纯化方法遵照该公司推荐的说明书。

对纯化后的混合标记cdna使用核酸标记·杂交试剂(microdiagnostic公司制)附带的杂交缓冲液和纯水制备成15μl或者7μl，作为标记cdna溶液。

4.杂交

将上述标记cdna溶液在99℃加热5分钟使其热变性，制备标记探针。将标记探针滴加到“1.dna微阵列的制作”中制成的dna微阵列上，储存于杂交盒(microdiagnostic公司制)中。将该杂交盒放入气相恒温器(sanyoelectricbiomedical公司制)，以在42℃静置20小时的状态保温。

从杂交盒取出dna微阵列，使用核酸标记·杂交试剂(microdiagnostic公司制)附带的杂交清洗溶液，根据该公司推荐的说明书清洗dna微阵列。

5.食管基底细胞样鳞状细胞癌鉴别用标志物的选出

5－1.基因表达水平的测定

各基因的表达水平是基于上述“4.杂交”中与固定在dna微阵列上的寡聚dna结合的标记探针的荧光强度进行测定的。使用扫描仪genepix4000b(axoninstrument公司制)测定清洗后的dna微阵列上的荧光后，使用扫描仪附带的分析软件genepixpro(axoninstrument公司制)进行光学评价，将荧光强度的相对值进行数值化。具体而言，对每个斑点测定固定在dna微阵列上的寡聚dna斑点中的来自检测物标记cdna的荧光强度(花青5荧光强度)和来自对照标记cdna的荧光强度(花青3荧光强度)，计算各斑点中的花青5/花青3荧光强度比(对数变换相对表达比：log2比)，由此进行斑点间的基因表达水平的修正(scaling)。另外，由dna微阵列上的除斑点以外的位置的荧光强度计算背景值，作为噪音从各斑点的荧光强度比中扣除。

5－2.成为区别bsce与其它食管癌的标志物的基因群的提取

从包含被病理诊断为bsce的7个检测物在内的手术57个检测物中，使用dna微阵列获取基因表达谱。从其中提取dna微阵列的系统1和系统2所共同搭载的14400个基因。接下来，在被病理诊断为食管基底细胞样鳞状细胞癌的7个检测物中的2个检测物以上、荧光强度为检测限以下的基因除外。接着，提取在57个检测物中的至少1个检测物以上、满足对数变换相对表达比为1以上或者－1以下的条件的基因群。并且，针对各基因计算全部检测物的对数变换相对表达比的平均值，提取在至少1个检测物以上具有与该平均值的差为1以上或者－1以下的值的基因群(7379个基因)。基于该基因群的对数变换相对表达比的值，在二维方向进行聚类分析。

“聚类分析”是指将基因表达模式类似的基因彼此或者样品彼此进行分组的统计方法。定义数据间的相似度(例如欧氏距离等)，并利用该相似度，能够将基因表达模式类似的样品彼此分组化。层次聚类分析也可以使用分析用软件“expressionviewpro”(microdiagnostic公司)、“genemathsxt”(infocom公司)、“genespring”(agilenttechnologies公司)或者“treeview”(stanforduniversity)、microarraydataanalysistool(filgen公司)等进行。可以预先构建用于判定bsce与其它食管癌的辨别分析模型，在该辨别分析模型中输入与从受检者得到的基因表达谱相关的数据，进行是否罹患bsce的辨别。例如，在由食管癌既往史患者中辨明的bsce组和其它食管癌组这2个类构成的辨别分析模型中，加入来自罹患食管癌的新的受检者的基因的表达数据，进行聚类分析，由此能够辨别该新的受检者是属于bsce和其它食管癌中的哪一组。另外，例如，通过由辨别分析得到辨别式，使荧光强度与罹患bsce产生关联，通过向辨别式代入已经用数字进行了数值化的受检者的表达信号的模式，也能够辨别是否罹患bsce。

将结果示于图1。通过聚类分析，57个检测物被分类成由bsce的7个检测物中的6个检测物形成的类(以下称为“bsce类”)、主要由鳞状细胞癌检测物形成的类(以下称为“鳞状细胞癌类”)和主要含有正常检测物的类(以下称为“正常检测物类”)。应予说明，内分泌细胞癌仅有1个检测物，无法谈及被分成一类。

计算上述bsce类中含有的食管基底细胞样鳞状细胞癌6个检测物(以下称为“bsce检测物群”)的对数变换相对表达比的平均测定值，提取该值为1以上的基因群。接下来，在从剩余的检测物中除去不包含在bsce类内的1个bsce检测物而残留的50个检测物(以下称为“非bsce检测物群”)中，除去在至少26个检测物以上荧光强度为检测限以下的基因群。计算非bsce检测物群的对数变换相对表达比的标准偏差，提取该值小于0.5的基因群。接下来，提取bsce检测物群的对数变换相对表达比的平均值比非bsce检测物群的对数变换相对表达比的平均值大1以上的基因群。并且，在bsce检测物群与非bsce检测物群之间通过t检验进行二组比较，提取p值小于0.01的基因群。将作为其结果得到的表1所示的70种基因确定为构成本发明的bsce标志物的“bsce鉴别基因群”。

使用全部70种bsce鉴别基因的基因群作为bsce标志物，对于bsce标志物能否鉴别bsce，制成roc曲线进行验证。将其结果示于图2(a)。对于手术检测物，曲线的面积、即曲线下面积(以下称为“auc”)为1.0000。另外，使用bsce标志物(70种基因)，制成灵敏度特异度曲线进行验证。在手术检测物中，将截断值设定为灵敏度与特异度相交的点即17.2912时，如图2(b)所示，灵敏度(＝特异度)为1.0000。这些结果表明了通过使用本发明的bsce标志物，能够高精度地鉴别bsce。

接下来，计算各检测物中的bsce标志物(70种基因群)的对数变换相对表达比的合计值(以下作为“70种基因表达得分”)，将70种bsce鉴别基因按照70种基因表达得分小的顺序重新排列。将结果示于图2(c)。该结果也证明了通过使用bsce标志物并设定由图中的分界线表示的截断值，能够高精度地鉴别bsce。

＜实施例2＞

(目的)

使用活检检测物时的利用bsce标志物鉴别bsce的有效性的验证。

(方法和结果)

将检测物(57个检测物)的70种基因表达得分和活检检测物的70种基因表达得分合在一起制成roc曲线进行验证。活检检测物的70种基因表达得分如下计算：使用dna微阵列从实施例1中采集的312个活检检测物获取基因表达谱，变换成对数变换相对表达比之后，提取bsce标志物(70种基因的基因群)的数据，对全部70种bsce鉴别基因的基因群计算70种基因表达得分。其结果，如图2(d)所示，auc为0.9927。另外，使用bsce标志物(70种基因的基因群)，将手术检测物(57个检测物)和活检检测物(312个检测物)合在一起制成灵敏度特异度曲线进行验证，结果如图2(e)所示，将截断值设定为33.1368时，灵敏度为0.9333，特异度为0.9915。根据这些结果，表明了通过使用本发明的bsce标志物，能够高精度地鉴别活检检测物的bsce。

此外，将活检检测物(312个检测物)和手术检测物(57个检测物)合在一起，再次按70种基因表达得分小的顺序重新排列。其结果，如图2(f)所示，证明了若使用bsce标志物，即便在将活检检测物和手术检测物合在一起的情况下，通过设定由图中的分界线表示的截断值也能够高精度地鉴别bsce。

应予说明，在使用活检检测物的验证中，无法以100％的灵敏度和特异度进行辨别。但是，活检检测物的情况下，供于病理组织学检查的检测物和供于基因表达分析的检测物不是将相同部位的组织分割成2份，只是部位邻接但相互不同。bsce被鳞状细胞癌部分覆盖时，由于大多在同一病变内并存，所以即便是在病理组织学检查中来自被诊断为bsce的患者的检测物，也有在该活检检测物中不包含bsce的成分的情况、和相反的情况。但是，本发明的罹患bsce的鉴别方法并非无法用于活检检测物。实际上，在手术检测物的病理学诊断中肿瘤的大部分为鳞状细胞癌，在约10％左右被诊断为存在bsce的患者中，对于术前的活检检测物(3个检测物)，诊断出2个检测物为bsce，剩余的1个检测物为鳞状细胞癌。此外用该70种基因表达得分对它们附近的部位进行验证，结果判定了前者的1个检测物和后者的1个检测物为bsce。

＜实施例3＞

(目的)

使用ffpe组织时的利用bsce标志物鉴别bsce的有效性的验证。

(方法和结果)

作为bsce标志物验证用的ffpe组织检测物，使用从usbiomax公司购入的上述的ffpe组织20个检测物。检查全部ffpe组织并进行病理学诊断，结果辨明了13个检测物为食管基底细胞样鳞状细胞癌，2个检测物为鳞状细胞癌，且5个检测物为内分泌细胞癌。

使用dna微阵列从这些ffpe组织检测物获取基因表达谱，在变换成对数变换相对表达比之后，提取bsce标志物(70种基因的基因群)的数据，计算70种基因表达得分。对于使用bsce标志物(70种基因的基因群)能否鉴别ffpe组织检测物的bsce，将手术检测物(57个检测物)和ffpe组织检测物(20个检测物)合在一起制成roc曲线进行验证。其结果，如图2(g)所示，auc为0.9930。另外，使用bsce标志物(70种基因的基因群)，将手术检测物(57个检测物)和ffpe组织检测物(20个检测物)合在一起制成灵敏度特异度曲线进行验证，结果如图2(h)所示，将截断值设定为34.7723时，灵敏度为0.9000，特异度为0.9825。根据这些结果，表明了通过使用本发明的bsce标志物，能够高精度地鉴别ffpe组织检测物的bsce。

此外，将ffpe组织检测物(20个检测物)和手术检测物(57个检测物)合在一起，再次按70种基因表达得分小的顺序重新排列。其结果，如图2(i)所示，证明了若使用bsce标志物，即便在将ffpe组织检测物和手术检测物合在一起的情况下，通过设定由图中的分界线表示的截断值，也能够高精度地鉴别bsce。

＜实施例4＞

(目的)

通过使用了手术检测物、活检检测物和ffpe检测物的群散布图鉴别bsce的有效性的验证。

(方法和结果)

将手术检测物、活检检测物和ffpe组织检测物的全部合在一起，由bsce标志物(70种基因的基因群)的70种基因表达得分制成群散布图。其结果，如图2(j)所示，非bsce检测物群的平均值为8.970，bsce检测物群的平均值为70.549。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝1.43×10^-9)。

接下来，按照检测物的种类划分，与上述同样地制成群散布图。将结果示于图2(k)。在手术检测物中，非bsce检测物群的平均值为6.808，bsce检测物群的平均值为108.715。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0004)。以活检检测物为对象时，非bsce检测物群的平均值为8.878，bsce检测物群的平均值为72.764。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0012)。以ffpe组织检测物为对象时，非bsce检测物群的平均值为28.389，bsce检测物群的平均值为48.635。并且，两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0003)。

根据以上的结果，证明了通过测定bsce标志物的表达水平，能够高精度地鉴别bsce。

＜实施例5＞

(目的)

选择bsce标志物中的必需bsce鉴别基因群。

(方法和结果)

使用实施例1中确定出的70种bsce鉴别基因，考虑bsce检测物群与非bsce检测物群之间的平均值差、标准偏差、基于t检验的p值、bsce检测物群的得分值和通过聚类分析形成的类而确定优先级。其结果，明确了表1的no.r-1～r-5表示的5种bsce鉴别基因的基因群能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

使用dna微阵列获取基因表达谱，变换成对数变换相对表达比之后，提取构成上述必需bsce鉴别基因群的5种bsce鉴别基因的基因表达数据并计算合计值(以下称为“5种基因表达得分”)，使用其合计值，即5种基因表达得分值制成roc曲线。其结果，如图3(a)所示，在仅有手术检测物时auc为1.0000，另外如图3(c)所示，在有手术检测物和活检检测物时auc为0.9533，而且如图3(e)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时auc为0.9737。

接下来，制成灵敏度特异度曲线进行验证，结果如图3(b)所示，在仅有手术检测物时将截断值设为2.7064的情况下，灵敏度和特异度均为1.0000。另外，如图3(d)所示，在有手术检测物和活检检测物时将截断值设定为4.1997时，灵敏度为0.9333，特异度为0.9718。并且，如图3(f)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时将截断值设为6.3559的情况下，灵敏度为0.9500，特异度为0.9123。

接着，使用上述5种bsce鉴别基因的5种基因表达得分，针对仅有手术检测物(图3(g))、手术检测物和活检检测物(图3(h))、以及手术检测物和ffpe组织检测物(图3(i))，按该5种基因表达得分小的顺序重新排列。其结果，明确了通过设定一定的截断值，无论是哪一个检测物，均能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

此外，使用上述5种bsce鉴别基因的5种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象制成群散布图。将结果示于图3(j)。非bsce检测物群的平均值为1.052，bsce检测物群的平均值为10.496。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝1.61×10^-11)。

接着，按照检测物的种类划分，制成群散布图。将结果示于图3(k)。在手术检测物中非bsce检测物群的平均值为－0.967，bsce检测物群的平均值为13.200。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0003)。在活检检测物中非bsce检测物群的平均值为1.240，bsce检测物群的平均值为9.801。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0048)。以ffpe组织检测物为对象时，非bsce检测物群的平均值为7.320，bsce检测物群的平均值为9.468。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0265)。

根据以上的结果，表明了即便为表1中由no.r-1～r-5表示的5种bsce鉴别基因的基因群构成的bsce标志物，也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。因此，将该5种bsce鉴别基因的基因群作为必需bsce鉴别基因群。

＜实施例6＞

(目的)

进行bsce标志物中的bsce鉴别基因群的缩小。[1]

(方法和结果)

使用实施例1中确定出的70种bsce鉴别基因，考虑bsce检测物群与非bsce检测物群之间的平均值差、标准偏差、基于t检验的p值、bsce检测物群的得分值和通过聚类分析形成的类而确定优先级。其结果，明确了在上述必需bsce鉴别基因群的基础上还包含表1的no.r-6～r-8表示的3种选择bsce鉴别基因的8种bsce鉴别基因的基因群也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

基本操作基于实施例5。提取8种bsce鉴别基因的基因表达数据并计算合计值(以下作为“8种基因表达得分”)，由该合计值，即8种基因表达得分制成roc曲线，结果如图4(a)所示，在仅有手术检测物时auc为1.0000，另外如图4(c)所示，在有手术检测物和活检检测物时auc为0.9364，且如图4(e)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时auc为0.9693。

接下来，制成灵敏度特异度曲线进行验证，结果如图4(b)所示，在仅有手术检测物时将截断值设定为2.3660的情况下，灵敏度和特异度均为1.0000。另外，如图4(d)所示，在有手术检测物和活检检测物时将截断值设定为6.0307的情况下，灵敏度为0.9333，特异度为0.9746。并且，如图4(f)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时将截断值设定为9.6492的情况下，灵敏度为0.9000，特异度为0.9123。

接着，使用上述8种bsce鉴别基因的8种基因表达得分，针对仅有手术检测物(图4(g))、手术检测物和活检检测物(图4(h))以及手术检测物和ffpe组织检测物(图4(i))，按该8种基因表达得分小的顺序重新排列，结果明确了通过设定一定的截断值，无论是哪一个检测物，均能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

此外，使用上述8种bsce鉴别基因的8种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象制成群散布图，结果如图4(j)所示，非bsce检测物群的平均值为2.050，bsce检测物群的平均值为14.273。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝1.23×10^-10)。

接着，按照检测物的种类划分，制成群散布图，将结果示于图4(k)。在手术检测物中非bsce检测物群的平均值为－0.623，bsce检测物群的平均值为18.805。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0008)。在活检检测物中非bsce检测物群的平均值为2.294，bsce检测物群的平均值为12.767。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0049)。以ffpe组织检测物为对象时，非bsce检测物群的平均值为10.538，bsce检测物群的平均值为12.758。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0690)。

根据以上的结果，表明了表1中由no.r-1～r-8表示的8种bsce鉴别基因的基因群构成的bsce标志物也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

＜实施例7＞

(目的)

进行bsce标志物中的bsce鉴别基因群的缩小。[2]

(方法和结果)

使用实施例1中确定出的70种bsce鉴别基因，考虑bsce检测物群和非bsce检测物群之间的平均值差、标准偏差、基于t检验的p值、bsce检测物群的得分值和通过聚类分析形成的类而确定优先级。其结果，明确了在上述必需bsce鉴别基因群基础上还包含表1的no.r-9～r-13表示的5种选择bsce鉴别基因的10种bsce鉴别基因的基因群也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

基本操作基于实施例5。提取上述10种bsce鉴别基因的基因表达数据并计算合计值(以下作为“10种基因表达得分”)，由该合计值、即10种基因表达得分制成roc曲线，结果如图5(a)所示，在仅有手术检测物时auc为1.0000，另外如图5(c)所示，在有手术检测物和活检检测物时auc为0.9714，且如图5(e)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时auc为0.9930。

接下来，制成灵敏度特异度曲线进行验证，结果如图5(b)所示，在仅有手术检测物时将截断值设定为2.2155的情况下，灵敏度和特异度均为1.0000。另外，如图5(d)所示，在有手术检测物和活检检测物时将截断值设定为6.6384的情况下，灵敏度为0.9333，特异度为0.9915。并且，如图5(f)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时将截断值设定为6.5719的情况下，灵敏度为0.9500，特异度为0.9825。

接着，使用上述10种bsce鉴别基因的10种基因表达得分，针对仅有手术检测物(图5(g))、手术检测物和活检检测物(图5(h))以及手术检测物和ffpe组织检测物(图5(i))，按该10种基因表达得分小的顺序重新排列，结果明确了通过设定一定的截断值，无论哪一个检测物，均能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

此外，使用上述10种bsce鉴别基因的10种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象制成群散布图，结果如图5(j)所示，非bsce检测物群的平均值为0.311，bsce群的平均值为13.584。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝1.63×10^-10)。

接着，按照检测物的种类划分，制成群散布图，将结果示于图5(k)。在手术检测物中非bsce检测物群的平均值为－1.814，bsce检测物群的平均值为19.965。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝9.87×10^-5)。在活检检测物中非bsce检测物群的平均值为0.551，bsce检测物群的平均值为14.208。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝2.52×10^-3)。以ffpe组织检测物为对象时，非bsce群的平均值为5.063，bsce检测物群的平均值为9.764。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝9.27×10^-4)。

根据以上的结果，表明了表1中由no.r-1～r-5和no.r-9～r-13表示的10种bsce鉴别基因的基因群构成的bsce标志物也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

＜实施例8＞

(目的)

进行bsce标志物中的bsce鉴别基因群的缩小。[3]

(方法和结果)

明确了实施例5～7中验证的包含必需bsce鉴别基因群在内的表1的no.r-1～r-13表示的13种bsce鉴别基因的基因群也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

基本操作基于实施例5。提取上述13种bsce鉴别基因的基因表达数据并计算合计值(以下作为“13种基因表达得分”)，由该合计值、即13种基因表达得分制成roc曲线，结果如图6(a)所示，在仅有手术检测物时auc为1.0000，另外如图6(c)所示，在有手术检测物和活检检测物时auc为0.9482，且如图6(e)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时auc为0.9877。

灵敏度特异度曲线也如图6(b)所示，在仅有手术检测物时，将截断值设定为2.7974时，灵敏度和特异度均为1.0000。另外，如图6(d)所示，在有手术检测物和活检检测物时将截断值设定为8.5372的情况下，灵敏度为0.9333，特异度为0.9915。并且，如图6(f)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时将截断值设定为9.3096的情况下，灵敏度为0.9500，特异度为0.9649。

接着，使用上述13种bsce鉴别基因的13种基因表达得分，针对仅有手术检测物(图6(g))、手术检测物和活检检测物(图6(h))以及手术检测物和ffpe组织检测物(图6(i))，按该13种基因表达得分小的顺序重新排列，结果明确了通过设定一定的截断值，无论哪一个检测物，均能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

此外，使用上述13种bsce鉴别基因的13种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象制成群散布图，结果如图6(j)所示，非bsce检测物群的平均值为1.309，bsce群的平均值为17.360。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝3.94×10^-10)。

接着，按照检测物的种类划分，制成群散布图，将结果示于图6(k)。在手术检测物中非bsce检测物群的平均值为－1.471，bsce检测物群的平均值为25.570。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0003)。在活检检测物中非bsce检测物群的平均值为1.605，bsce检测物群的平均值为17.174。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0029)。以ffpe组织检测物为对象时，非bsce检测物群的平均值为8.281，bsce检测物群的平均值为13.055。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0035)。

根据以上的结果，表明了表1中由no.r-1～r-13表示的13种bsce鉴别基因的基因群构成的bsce标志物也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

＜实施例9＞

(目的)

进行bsce标志物中的bsce鉴别基因群的缩小。[4]

(方法和结果)

使用实施例1中确定出的70种bsce鉴别基因，考虑bsce检测物群与非bsce检测物群之间的平均值差、标准偏差、基于t检验的p值、bsce检测物群的得分值和通过聚类分析形成的类而确定优先级。其结果，明确了在上述必需bsce鉴别基因群的基础上还包含表1的no.r-14和r-15所示的2种选择bsce鉴别基因的7种bsce鉴别基因的基因群也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

基本操作基于实施例5。提取上述7种bsce鉴别基因的基因表达数据并计算合计值(以下作为“7种基因表达得分”)，由该合计值、即7种基因表达得分值制成roc曲线，结果如图7(a)所示，在仅有手术检测物时auc为1.0000，另外如图7(c)所示，在有手术检测物和活检检测物时auc为0.9648，且如图7(e)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时auc为0.9904。

接下来，制成灵敏度特异度曲线进行验证，结果如图7(b)所示，在仅有手术检测物时将截断值设定为1.1138的情况下，灵敏度和特异度均为1.0000。另外，如图7(d)所示，在有手术检测物和活检检测物时将截断值设定为4.2419的情况下，灵敏度为0.9333，特异度为0.9746。并且，如图7(f)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时将截断值设定为8.2572的情况下，灵敏度为0.9000，特异度为1.0000。

接着，使用上述7种bsce鉴别基因的7种基因表达得分，针对仅有手术检测物(图7(g))、手术检测物和活检检测物(图7(h))以及手术检测物和ffpe组织检测物(图7(i))，按该7种基因表达得分小的顺序重新排列，结果明确了通过设定一定的截断值，无论哪一个检测物，均能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

此外，使用上述7种bsce鉴别基因的7种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象制成群散布图，结果如图7(j)所示，非bsce检测物群的平均值为0.256，bsce检测物群的平均值为12.531。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝1.28×10^-11)。

接着，按照检测物的种类划分，制成群散布图，将结果示于图7(k)。在手术检测物中非bsce检测物群的平均值为－2.845，bsce检测物群的平均值为15.358。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0003)。在活检检测物中非bsce检测物群的平均值为0.617，bsce检测物群的平均值为12.544。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0037)。以ffpe组织检测物为对象时，非bsce群的平均值为6.748，bsce检测物群的平均值为11.001。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0010)。

根据以上的结果，表明了表1中由no.r-1～r-5和no.r-14～r-15表示的7种bsce鉴别基因的基因群构成的bsce标志物也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

＜实施例10＞

(目的)

进行bsce标志物中的bsce鉴别基因群的缩小。[5]

(方法和结果)

使用实施例1中确定出的70种bsce鉴别基因，考虑bsce检测物群与非bsce检测物群之间的平均值差、标准偏差、基于t检验的p值、bsce检测物群的得分值和通过聚类分析形成的类而确定优先级。明确了在实施例6中示出的由表1的no.1-～r-8表示的8种bsce鉴别基因的基因群基础上还包含由表1的no.r-14和r-15表示的2种选择bsce鉴别基因的10种bsce鉴别基因的基因群也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

基本操作基于实施例5。提取上述10种bsce鉴别基因的基因表达数据并计算合计值(以下作为“10’种基因表达得分”)，由该合计值、即10’种基因表达得分值制成roc曲线，结果如图8(a)所示，对于仅手术检测物，auc为1.0000，另外如图8(c)所示，在有手术检测物和活检检测物时auc为0.9437，且如图8(e)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时auc为0.9851。

接下来，制成灵敏度特异度曲线进行验证，结果如图8(b)所示，在仅有手术检测物时将截断值设定为0.7590的情况下，灵敏度和特异度均为1.0000。另外，如图8(d)所示，在有手术检测物和活检检测物时将截断值设定为6.1962的情况下，灵敏度为0.9333，特异度为0.9774。并且，如图8(f)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时将截断值设定为10.2696的情况下，灵敏度为0.9000，特异度为0.9474。

接着，使用上述10种bsce鉴别基因的10’种基因表达得分，针对仅有手术检测物(图8(g))、手术检测物和活检检测物(图8(h))以及手术检测物和ffpe组织检测物(图8(i))，按该10’种基因表达得分小的顺序重新排列，结果明确了通过设定一定的截断值，无论哪一个检测物，均能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

此外，使用上述10种bsce鉴别基因的10’种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象制成群散布图，结果如图8(j)所示，非bsce检测物群的平均值为1.254，bsce检测物群的平均值为16.308。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝6.69×10^-11)。

接着，按照检测物的种类划分，制成群散布图，将结果示于图8(k)。在手术检测物中非bsce检测物群的平均值为－2.502，bsce检测物群的平均值为20.963。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0007)。在活检检测物中非bsce检测物群的平均值为1.671，bsce检测物群的平均值为15.510。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0040)。以ffpe组织检测物为对象时，非bsce群的平均值为9.966，bsce检测物群的平均值为14.292。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0039)。

根据以上的结果，表明了表1中由no.r-1～r-8和no.r-14～r-15表示的10种bsce鉴别基因的基因群构成的bsce标志物也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

＜实施例11＞

(目的)

进行bsce标志物中的bsce鉴别基因群的缩小。[6]

(方法和结果)

使用实施例1中确定出的70种bsce鉴别基因，考虑bsce检测物群与非bsce检测物群之间的平均值差、标准偏差、基于t检验的p值、bsce检测物群的得分值和通过聚类分析形成的类而确定优先级。明确了在实施例7中示出的由表1的no.r-1～r-5和no.r-9～r-13表示的10种bsce鉴别基因的基因群基础上还包含由表1的no.r-14和r-15表示的2种选择bsce鉴别基因的12种bsce鉴别基因的基因群也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

基本操作基于实施例5。提取上述12种bsce鉴别基因的基因表达数据并计算合计值(以下作为“12种基因表达得分”)，由该合计值、即12种基因表达得分值制成roc曲线，结果如图9(a)所示，在仅有手术检测物时auc为1.0000，另外如图9(c)所示，在有手术检测物和活检检测物时auc为0.9772，且如图9(e)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时auc为0.9974。

接下来，制成灵敏度特异度曲线进行验证，结果如图9(b)所示，在仅有手术检测物时将截断值设定为1.4000时，灵敏度和特异度均为1.0000。另外，如图9(d)所示，在有手术检测物和活检检测物时将截断值设定为6.6782的情况下，灵敏度为0.9333，特异度为0.9915。并且，如图9(f)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时将截断值设定为6.7474的情况下，灵敏度为0.9500，特异度为1.0000。

接着，使用上述12种bsce鉴别基因的12种基因表达得分，针对仅有手术检测物(图9(g))、手术检测物和活检检测物(图9(h))以及手术检测物和ffpe组织检测物(图9(i))，按该12种基因表达得分小的顺序重新排列，结果明确了通过设定一定的截断值，无论哪一个检测物，均能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

此外，使用上述12种bsce鉴别基因的12种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象制成群散布图，结果如图9(j)所示，非bsce检测物群的平均值为－0.485，bsce检测物群的平均值为15.619。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝9.03×10^-11)。

接着，按照检测物的种类划分，制成群散布图，将结果示于图9(k)。在手术检测物中非bsce检测物群的平均值为－3.692，bsce检测物群的平均值为22.123。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0001)。在活检检测物中非bsce检测物群的平均值为－0.072，bsce检测物群的平均值为16.950。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0024)。以ffpe组织检测物为对象时，非bsce群的平均值为4.490，bsce检测物群的平均值为11.297。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0001)。

根据以上的结果，表明了表1中由no.r-1～r-5、no.r-9～r-13和no.r-14～r-15表示的12种bsce鉴别基因的基因群构成的bsce标志物也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

＜实施例12＞

(目的)

进行bsce标志物中的bsce鉴别基因群的缩小。[7]

(方法和结果)

使用实施例1中确定出的70种bsce鉴别基因，考虑bsce检测物群与非bsce检测物群之间的平均值差、标准偏差、基于t检验的p值、bsce检测物群的得分值和通过聚类分析形成的类而确定优先级。明确了在实施例7中示出的由表1的no.r-1～r-13表示的13种bsce鉴别基因的基因群基础上还包含由表1的no.r-14和r-15表示的2种选择bsce鉴别基因的15种bsce鉴别基因的基因群也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

基本操作基于实施例5。提取上述15种bsce鉴别基因的基因表达数据并计算合计值(以下作为“15种基因表达得分”)，由该合计值、即15种基因表达得分制成roc曲线，结果如图10(a)所示，在仅有手术检测物时auc为1.0000，另外如图10(c)所示，在有手术检测物和活检检测物时auc为0.9556，且如图10(e)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时auc为0.9939。

接下来，制成灵敏度特异度曲线进行验证，结果如图10(b)所示，在仅有手术检测物时将截断值设定为1.0559时，灵敏度和特异度均为1.0000。另外，如图10(d)所示，在有手术检测物和活检检测物时将截断值设定为8.8317的情况下，灵敏度为0.9333，特异度为0.9915。并且，如图10(f)所示，在有手术检测物和ffpe组织检测物时将截断值设定为9.2942的情况下，灵敏度为0.9500，特异度为0.9825。

接着，使用上述15种bsce鉴别基因的15种基因表达得分，针对仅有手术检测物(图10(g))、手术检测物和活检检测物(图10(h))以及手术检测物和ffpe组织检测物(图10(i))，按该15种基因表达得分小的顺序重新排列，结果明确了通过设定一定的截断值，无论哪一个检测物，均能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

此外，使用上述15种bsce鉴别基因的15种基因表达得分，以分析完毕的全部检测物为对象制成群散布图，结果如图10(j)所示，非bsce检测物群的平均值为0.513，bsce检测物群的平均值为19.396。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝2.11×10^-10)。

接着，按照检测物的种类划分，制成群散布图，将结果示于图10(k)。在手术检测物中非bsce检测物群的平均值为－3.349，bsce检测物群的平均值为27.728。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0003)。在活检检测物中非bsce检测物群的平均值为0.982，bsce检测物群的平均值为19.917。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0028)。以ffpe组织检测物为对象时，非bsce群的平均值为7.708，bsce检测物群的平均值为14.588。两者间在统计学上存在显著性差异(p＝0.0003)。

根据以上的结果，表明了表1中由no.r-1～r-13和no.r-14～r-15表示的15种bsce鉴别基因的基因群构成的bsce标志物也能够鉴别bsce检测物群和非bsce检测物群。

本说明书中引用的全部刊物、专利和专利申请以直接引用的方式被引入本说明书中。

序列表

<110>公立大学法人福岛县立医科大学

株式会社日本基因

株式会社梅迪克罗姆

<120>罹患食管基底细胞样鳞状细胞癌食管基底细胞样鳞状细胞癌的鉴别方法

<130>ph-6860-pct

<150>jp2016-024129

<151>2016-02-10

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<170>patentinversion3.5

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pro

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770775780

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