用于检测肝脏疾病的方法

文档序号:25541955发布日期:2021-06-18 20:38阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种包括测量受试者的循环上皮细胞(cec)中肝细胞癌(hcc)分类器基因的表达水平的方法,其中所述hcc分类器基因包括tesc、osbp2、slc6a8、sept5、f2rl3、e2f1、ezh2、cdc20、ccna2、ccnb1、plxnb3、cdc6、mybl2、apobec3b、spp1、akr1b10、top2a、aspm、slc6a9、recql4、nusap1、plvap、fmo1、pdzk1ip1、和fbxo32中的一种或多种。

2.根据权利要求1所述的方法,其中所述hcc分类器基因由tesc、osbp2、slc6a8、sept5、f2rl3、e2f1、ezh2、cdc20、ccna2、ccnb1、plxnb3、cdc6、mybl2、apobec3b、spp1、akr1b10、top2a、aspm、slc6a9、recql4、nusap1、plvap、fmo1、pdzk1ip1、和fbxo32中的一种或多种组成。

3.根据权利要求1或2所述的方法,其中所述hcc分类器基因由tesc、osbp2、slc6a8、sept5、f2rl3、e2f1、ezh2、cdc20、ccna2、ccnb1、plxnb3、cdc6、mybl2、apobec3b、spp1、akr1b10、top2a、aspm、slc6a9、recql4、nusap1、plvap、fmo1、pdzk1ip1、和fbxo32组成。

4.根据权利要求1所述的方法,其中所述hcc分类器基因进一步包括选自由以下组成的组中的一种、两种、三种或更多种另外的基因:actg2、adm2、afp、agr2、aldh3a1、alpk3、amigo3、ankrd65、anln、ap1m2、arhgap11a、arhgef39、asf1b、asphd1、aurka、axin2、baiap2l2、bex2、c15orf48、c1orf106、c1qtnf3、c6orf223、ca12、ca9、camk2n2、cap2、cbx2、ccdc170、ccdc28b、ccdc64、ccne2、ccnf、cd109、cd34、cdc25a、cdc7、cdca5、cdca8、cdh13、cdk1、cdkn2a、cdkn2c、cdt1、celf6、cenpf、cenph、cenpl、cenpu、cenpw、ckb、cnnm1、col15a1、col4a5、col7a1、col9a2、crip3、cspg4、ctnnd2、cxorf36、cyp17a1、dlk1、dmkn、dscc1、dtl、duox2、ect2、eef1a2、efna3、ephb2、eppk1、etv4、fabp4、fam111b、fam3b、fam83d、fancd2、fanci、fbxl18、fermt1、fgf19、flnc、flvcr1、foxd2-as1、foxm1、fxyd2、gabre、gal3st1、gcnt3、gins1、gjc1、gmnn、gnaz、golga2p7、gpc3、gpr64、gpsm1、hrct1、igf2bp2、igsf1、igsf3、iqgap3、itga2、itpka、kiaa0101、kif11、kifc1、kifc2、kntc1、krt23、lama3、lef1、lgr5、linc00152、lingo1、lpl、lrrc1、lypd1、mad2l1、maged4、maged4b、mapk12、mapk8ip2、mapt、mcm2、mdga1、mdk、mfap2、misp、mki67、mmp11、mns1、mpz、msc、msh5、mtmr11、muc13、muc5b、myh4、naaladl1、nav3、ncapg、ndufa4l2、neb、nkd1、nmb、notch3、notum、npm2、nqo1、nrcam、nt5dc2、nts、obscn、olfml2a、olfml2b、paqr4、peg10、pi3、plce1、plch2、plk1、plxdc1、podxl2、pole2、ppap2c、prc1、ptges、ptgfr、pthlh、ptk7、ptp4a3、pttg1、pycr1、racgap1、rbm24、rhbg、rnf157、robo1、rp4-800g7.2、rps6kl1、rrm2、s100a1、scgn、5-sep、serpina12、sez6l2、sfn、sgol2、slc22a11、slc51b、slc6a2、sncg、soat2、sp5、sparcl1、spink1、stil、stk39、sult1c2、tcf19、tdgf1、thy1、tk1、tmc5、tmem132a、tmem150b、tnfrsf19、tnfrsf25、tonsl、tpx2、trim16、trim16l、trim31、trim45、ttc39a、ubd、ube2c、ube2t、ugt2b11、ush1c、vsig10l、wdr62、wdr76、和zwint。

5.一种用于在患有慢性肝脏疾病(cld)的受试者中检测hcc的存在的方法,所述方法包括:

(a)测量所述受试者的cec中的权利要求1-4中任一项所述的hcc分类器基因的表达水平;和

(b)将所述受试者的cec中的所述hcc分类器基因的表达水平与hcc分类器基因的参比表达水平进行比较,从而确定hcc的存在。

6.根据权利要求5所述的方法,其中所述hcc分类器基因的表达水平用于计算hcc得分,并且将计算出的hcc得分与参比得分进行比较,其中基于高于所述参比得分的hcc得分的存在来确定hcc的存在。

7.根据权利要求6所述的方法,其中使用随机森林分析来计算所述hcc得分。

8.根据权利要求5所述的方法,其中使用多元逻辑回归建模方法将所述hcc分类器基因的表达水平与所述hcc分类器基因的参比表达水平进行比较。

9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法,其中通过以下步骤来测量循环上皮细胞(cec)中的所述hcc分类器基因的表达水平:

(a)从所述受试者获得包括血液的样品;

(b)通过基于尺寸的排除从所述样品中除去红细胞、血小板和血浆;

(c)通过磁泳法从所述样品中除去白细胞(wbc);和

(d)使用rna测序、qrt-pct、rna原位杂交、蛋白质微阵列、或质谱法和蛋白质谱来测量所述cec中一组基因的表达。

10.根据权利要求5-9中任一项所述的方法,其中检测到的hcc是早期hcc。

11.根据权利要求5-9中任一项所述的方法,其中检测到的hcc是晚期hcc。

12.根据权利要求5-11中任一项所述的方法,其进一步包括:

(a)通过超声成像、动态ct、mri成像、穿刺活检和/或活检来确认或已经确认患者中hcc的存在;和

(b)如果确认所述患者中hcc的存在,则通过hcc组织的手术切除、hcc组织的射频消融、hcc组织的栓塞、hcc组织的栓塞、化疗和/或冷冻疗法对所述受试者治疗hcc或使所述受试者治疗hcc。

13.一种监测患有cld的受试者的hcc的发展的方法,所述方法包括:

(a)在初始时间点进行权利要求6或7所述的方法,并且如果hcc得分低于参比得分,则

(b)在一个或多个后续时间点进行权利要求6或7所述的方法。

14.根据权利要求13所述的方法,其中在一个或多个后续时间点进行步骤(b),直到确定hcc的存在。

15.根据权利要求13或14所述的方法,其中所述初始时间点和每个后续时间点相隔约三个月、六个月或一年。

16.一种在患有cld的受试者中区分早期肝纤维化和晚期肝纤维化的存在的方法,所述方法包括:

(a)检测所述受试者的血液样品中的cec的浓度;

(b)将所述受试者的血液样品中的cec的浓度与参比值进行比较;

(c)如果所述受试者的血液样品中的cec浓度低于所述参比值,则诊断所述受试者患有早期纤维化;和

(d)如果所述受试者的血液样品中的cec浓度高于所述参比值,则诊断所述受试者患有晚期纤维化。

17.根据权利要求16所述的方法,其中所述受试者患有乙型肝炎。

18.根据权利要求16或17所述的方法,其中通过免疫荧光来测量cec的浓度。

19.根据权利要求16-18中任一项所述的方法,其中通过检测磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3(gpc3)和/或细胞角蛋白(ck)来测量cec的浓度。

20.一种监测患有cld的受试者的进展期纤维化的发展的方法,所述方法包括:

(a)进行权利要求16-19中任一项所述的方法;并且如果所述受试者的血液样品中的cec的浓度低于参比值,则

(b)在一个或多个后续时间点进行权利要求16-19中任一项所述的方法。

21.根据权利要求20所述的方法,其中在一个或多个后续时间点进行步骤(b),直到所述受试者被诊断为患有晚期纤维化。

22.根据权利要求16-20中任一项所述的方法,其中初始时间点和每个后续时间点相隔约三个月、六个月或一年。

23.一种监测正在治疗以预防纤维化或hcc的进展的患有cld的受试者的方法,所述方法包括:

(a)进行权利要求16-19中任一项所述的方法;并且如果所述受试者的血液样品中的cec的浓度低于所述参比值,则在一个或多个后续时间点进行权利要求16-19中任一项所述的方法;和

(b)在初始时间点进行权利要求6或7所述的方法,并且如果表达水平的hcc得分低于所述参比得分,则在一个或多个后续时间点进行权利要求6或7所述的方法。

24.根据权利要求23所述的方法,其中在一个或多个后续时间点进行步骤(a),直到所述受试者被诊断为患有晚期纤维化,和/或其中在一个或多个后续时间点进行步骤(b),直到确定hcc的存在。

25.根据权利要求24所述的方法,其中用于进行权利要求23所述的步骤(a)或步骤(b)的第一初始时间点和每个后续时间点相隔约三个月、六个月或一年,并且第二初始时间点和每个后续时间点相隔约三个月、六个月或一年。

26.根据权利要求1-25中任一项所述的方法,其中使用微流控装置来纯化或富集血液中的cec。

27.根据权利要求26所述的方法,其中所述微流控装置为ichip装置。


技术总结
本发明涉及基于循环上皮细胞的血液浓度及其基因表达来诊断、确定或监测肝脏疾病和病况的方法。

技术研发人员:M·阿尔耶;D·T·丁;I·巴恩;K·莫塞索
受保护的技术使用者:总医院公司;哈佛大学
技术研发日:2019.09.11
技术公布日:2021.06.18
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