具有增加比例的e1b蛋白质的156r剪接同工型的溶瘤腺病毒的制作方法_3

文档序号:8547615阅读:来源:国知局
以及内部聚丙氨 酸片段的长度中存在不同。因此,完全预料到的是本文在血清型Ad2和Ad5中证明的结果 将反映在其它腺病毒变体。
[0039] 已经进行了许多互补实验以显示E1B-156R的增加是已经观察到的溶瘤指数(01) 增加的原因(至少部分),使得Ad5-156R的过表达通常使腺病毒的01产生有效的增加。在 本文的图11A、B和C以及图12中,显示5型腺病毒E1B-156R为亚科C组中01的有效增强 剂。此外,显示来自Ad2wt的E1B-156R等效物对Ad5wt的01具有积极效果,这意指出现的 效果不应限制为一种特定的腺病毒血清型。
[0040] 于此,人Ad5的E1B-156R同工型具有根据SEQIDN0:2的多核苷酸序列以及根 据SEQIDN0:3的多肽序列。于此,496R同工型具有根据SEQIDN0:4的多核苷酸序列以 及根据SEQIDN0:5的多肽序列。于此,E1B-93R同工型具有根据SEQIDN0:6的多核苷 酸序列以及根据SEQIDN0:7的多肽序列。于此,E1B-84R同工型具有根据SEQIDN0:8 的多核苷酸序列以及根据SEQIDN0:9的多肽序列。技术人员读者应理解序列中一定程 度的变异在天然存在的病毒变体中存在;因此,本发明包括与在有关提及的参考序列中列 出的特异性序列不同,但与那些序列具有80%、85%、90%、95%、98%、99%或更多同源性 或同一性的同工型序列,如通过常见的序列比对程序,例如,BLAST(http://blast.ncbi. nlm.nih.gov/Blast.cgi)计算,所述序列比对程序可为核苷酸BLAST(blastn)或蛋白质 BLAST(blastp)。如果序列中的一者与其它序列具有足够高程度的同一性或相似性,则两个 序列被认为是"同源的",如本文使用的术语。"同一性"指示在比对的序列的任何特定位置 处,序列之间的核苷酸为同一的。"相似性"指示在比对的多肽序列的任何特定位置处,序列 之间的氨基酸残基为相似的类型。可容易地计算同一 ,性和相似性的程度(Computational MolecularBiology,Lesk,A.M编辑,OxfordUniversityPress,NewYork, 1988; Biocomputing.InformaticsandGenomeProjects,Smith,D.W编辑,AcademicPress,New York, 1993;ComputerAnalysisofSequenceData,Part1,Griffin,A.M和Griffin,H.G 编辑,HumanaPress,NewJersey, 1994;SequenceAnalysisinMolecularBiology,von Heinje,G. ,AcademicPress, 1987 ;以及SequenceAnalysisPrimer,Gribskov,M.和 Devereux,J编辑,MStocktonPress,NewYork, 1991) 〇
[0041] 因此,本发明的实施方案包括不同的重组腺病毒,其中E1B-156R同工型具有与 SEQIDN0:2具有至少80%的序列同一性的多核苷酸序列以及与SEQIDN0:3具有至少 80%的序列同一性的多肽序列;其中E1B-496R同工型具有与SEQIDN0:4具有至少80% 的序列同一性的多核苷酸序列以及与SEQIDN0:5具有至少80%的序列同一性的多肽序 列;其中E1B-93R同工型具有与SEQIDN0:6具有至少80%的序列同一性的多核苷酸序列 以及与SEQIDN0:7具有至少80%的序列同一性的多肽序列;以及其中E1B-84R同工型具 有与SEQIDN0:8具有至少80 %的序列同一性的多核苷酸序列以及与SEQIDN0:9具有至 少80%的序列同一性的多肽序列。不同的E1B-156R同工型序列的代表性实例在本文给出 (图13)。包括的与Ad5ElB-156R等效的序列为与图13中提供的那些序列具有80%、85%、 90%、95%、98%、99%或更多同一性的那些(如hf针对Ad5描沭)。通讨工稈学的同工塑 水平的调节。
[0042] 根据本发明,对由E1B基因表达的E1B基因产物的剪接同工型的水平和/或类型 进行了修饰,结果为病毒变为溶瘤的。可以通过任何方法调节E1B同工型的水平和/或类 型,例如使用设计成在选定位置特异性地切割E1B同工型mRNA的核酶,从而防止mRNA翻译 成功能性多肽。替代方法对本领域技术人员而言将为显而易见的并且包括多拷贝的E1B基 因序列或编码E1B-156R的形式的插入;调节E1B基因表达或编码E1B-156R的形式的活化, 例如通过调节启动子或增强子序列;调控序列的插入等。
[0043] 于此,我们以根据本发明的不同的腺病毒的特定的实例提供了在实现效果的E1B 基因的剪接区域中包括一个或多个突变的腺病毒。因为剪接体对剪接位点识别受到mRNA二级结构的影响为已知的,所以影响其mRNA的二级结构的E1B基因的突变也可以调节E1B 同工型的水平和类型。例如,突变可以通过改变E1B基因的多核苷酸的多肽序列而除去剪 接位点;或可以通过改变E1B基因的多核苷酸序列并保留原始的多肽序列而除去剪接位 点。
[0044] 在一个实施方案中,当E1B基因在一个或多个剪接识别区突变时,可以实现该效 果,所述剪接识别区包括:a)剪接供体位点1(SD1) ;E1B-93R剪接受体(SA1) ;c)E1B-156R剪接受体(SA2) ;d)ElB-84R剪接受体(SA3);和/或e)剪接供体位点2(SD2)。
[0045] 在Ad5的实例情况中,这些剪接位点在以下位置并具有以下序列:SD1在Ad5基因 组的位置 2251-2255 处(Ad5 基因组登录号AC_000008.1(SEQIDN0:41)的位置 2256-2260 处以及E1B基因(SEQIDNO:l)的位置543-547处)具有序列GTGGC。E1B-93R剪接受 体(SA1)在Ad5基因组的位置3218-3222处(Ad5基因组登录号AC_000008. 1(SEQID N0:41)的位置3213-3217处以及E1B基因(SEQIDNO: 1)的位置1500-1504处)具有序 列AACAG。E1B-156R剪接受体(SA2)在Ad5基因组的位置3276-3280处(Ad5基因组登录 号AC_000008.1(SEQIDN0:41)的位置 3271-3275 处以及E1B基因(SEQIDN0:1)的位置 1558-1562处)具有序列ITGAG。E1B-84R剪接受体(SA3)在Ad5基因组的位置3595-3599 处(Ad5基因组登录号AC_000008. 1(SEQIDN0:41)的位置3590-3594处以及E1B基因(SEQ IDNO: 1)的位置1877-1881处)具有序列TGCAG。剪接供体位点2 (SD2)在Ad5基因组的 位置 3506-3510 处(Ad5 基因组登录号AC_000008.1(SEQIDN0:41)的位置 3511-3515 处 以及E1B基因(SEQIDNO: 1)的位置1798-1802处)具有序列GTACT。在其它人血清型中 的等效位置的等效位点对灌输有本发明教导的本领域技术人员而言将为显而易见的。
[0046] 因此,本发明的一个方面为重组腺病毒,其中E1B基因剪接识别区在Ad5基因组 的一个或多个下述位置处为突变的:a)腺病毒Ad5基因组(登录号AC_000008. 1)(SEQID NO: 41)的核苷酸3216 (E1B基因(SEQIDNO: 1)的位置1503) ;b)腺病毒Ad5基因组(登录 号AC_000008. 1)(SEQIDN0:41)的核苷酸 3218(E1B基因(SEQIDN0:1)的位置 1505);和 /或c)腺病毒Ad5基因组(登录号AC_000008. 1)(SEQIDN0:41)的核苷酸3221 (E1B基因 (SEQIDNO: 1)的位置1508)。E1B基因可以含有一个或多个下述突变:a)腺病毒Ad5基因 组的A3216G(E1B基因(SEQIDN0:1)的位置1503处);b)腺病毒Ad5基因组的G3218A(E1B 基因(SEQIDN0:1)的位置1505);和/或c)在腺病毒Ad5基因组的G3221A(E1B基因(SEQ IDN0:1)的位置1508)。于此,所有点突变的位置根据Ad5基因组登录号AC_000008. 1(SEQ IDN0:41)进行编号。
[0047] 下表鉴定了Ad5基因组中E1B基因的剪接识别区的序列和位置。"Ad 5基因组位 置"和"E1B基因位置"对应于紧挨着剪接供体位点(SD1和SD2)上游的并且紧挨着剪接受 体位点(SA1、SA2和SA3)下游的五个残基。
[0048]
【主权项】
1. 重组腺病毒,其中E1B-156R同工型的比例相对于野生型水平有所增加,其中所述腺 病毒在癌细胞中具有溶瘤作用。
2. 根据权利要求1所述的重组腺病毒,其携带突变使得所述E1B-156R同工型的比例相 对于野生型水平有所增加。
3. 根据权利要求1或权利要求2所述的重组腺病
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