用于区别牙鲆中的性别的snp标志物的制作方法_2

文档序号:9682313阅读:来源:国知局
期间提高雌性百分比。
[0031] 如本文中使用的,术语"单核苷酸多态性(SNP) "指群体或个体内等位基因间特定 基因基因座中的碱基变异。
[0032] 发明详述
[0033] 根据本公开内容的一个方面,提供了用于测定牙鲆中的性别的DNA多核苷酸或与 其互补的多核苷酸,其选自下组:
[0034] i)多核苷酸,其选自具有SEQ ID NO: 1的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核 苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID NO: 1的第523个碱基是 C或T ;
[0035] ii)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:2的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单 核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:2的第150个碱基 是A或T ;
[0036] iii)多核苷酸,其选自具有SEQ ID Ν0:3的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单 核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID Ν0:3的第252个碱基 是A或C ;
[0037] iv)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:4的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单 核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:4的第329个碱基 是T或G ;
[0038] v)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:5的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核 苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:5的第108个碱基是 C或G;
[0039] vi)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:6的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单 核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:6的第150个碱基 是A或T ;
[0040] vii)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:7的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单 核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:7的第322个碱基 是C或G ;
[0041] viii)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:8的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含 单核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:8的第367个碱 基是C或T ;
[0042] ix)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:9的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单 核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:9的第253个碱基 是A或T ;
[0043] X)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:10的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单 核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:10的第150个碱 基是C或G ;和
[0044] xi)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:11的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单 核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:11的第249个碱 基是A或G。
[0045] 根据本公开内容的另一个方面,提供了多核苷酸,其与上述多核苷酸或其互补多 核苷酸特异性杂交。
[0046] 在上述多核苷酸中,与多核苷酸或其互补多核苷酸特异性杂交的多核苷酸可以是 作为等位基因特异性探针或等位基因特异性引物的多核苷酸。
[0047] 根据本公开内容的另一个方面,提供了用于牙鲆中的性别测定的试剂盒,其包含 根据上述多核苷酸,或能够扩增上述多核苷酸的引物对。试剂盒可以是作为含有多核苷酸 的微阵列提供的试剂盒。
[0048] 根据本公开内容的又一个方面,提供了用于牙鲆中的性别测定的方法,该方法包 括:
[0049] 从雌性和牙鲆提取基因组DNA ;
[0050] 通过使用提取的DNA作为模板用能够多核苷酸的引物对扩增包含单核苷酸多态 性(SNP)的多核苷酸;并
[0051] 鉴定多核苷酸的基因型。
[0052] 在用于测定牙鲆中的性别的方法中,可以经由先前报告为能够鉴定SNP的各种方 法实施所述鉴定多核苷酸的基因型,所述方法包括测序、使用等位基因特异性微阵列的杂 交测定法、等位基因特异性PCR、毛细管电泳、单链构象多态性(SSCP)、变性梯度凝胶电泳 (DGGE)、修改的HLPC、质谱术、限制片段长度多态性(RFLP)、或TaqMan SNP基因型分型测定 法。
[0053] 可以通过分析牙鲆基因组DNA的高通量测序以及通过经由定位(mapping)的变体 调用(variant calling)实施测序。在实施变体调用中,仅鉴定具有30或更高的最小质量 数值(minimum quality value)的变体,并且最后使用雄性基因组(其先前用于牙鲜的完 全测序)作为标准基因组调查变体。通过分析鉴定的SNP标志物,具有睾丸的雄性显示异 型(hetero type),而具有卵的雌性显示同型,如此使得能够基于仅单一碱基的差异测定性 另IJ。由于本公开内容中使用的牙鲆的产雌二倍体仅拥有雌性染色体,如此在遗传上是雌性, 并且其基因型就雌性基因型而言是同型,而且还显示了假雄性的基因型与雌性的基因型一 样具有同型。这是因为假雄性牙鲆在遗传上是雌性,尽管它在形态学上表现为雄性。根据 上文,已经发现了雄性在遗传上显示异型,而雌性在遗传上显示同型SNP基因型,如此实现 遗传性别区别。目前可用的用于牙鲆中的性别测定的方法包括肉眼观察、性腺的组织学观 察、血液中的性类固醇激素的测量、卵黄蛋白的测量、CT测量、芳香酶基因表达的测量等。然 而,这些方法仅通常可以在牙鲆具有某种大小或成熟大小时使用,并且根据检查者的测定 能力,还产生较大的误差,并且在杀死并解剖受试者牙鲆后使用性腺可应用,如此仅在牙鲆 的性别分化后可用。然而,有用地,本公开内容的测定方法可以用于在性别分化前幼年种子 的遗传性别测定。
[0054] 另外,方法可以进一步包括对于任一种下述情况,确定牙鲆种子的性别为雄性:
[0055] -种情况,其中与基于SEQ ID NO: 1的核酸序列的第523个碱基对应的碱基是C ;
[0056] -种情况,其中与基于SEQ ID N0:2的核酸序列的第150个碱基对应的碱基是T ;
[0057] -种情况,其中与基于SEQ ID N0:3的核酸序列的第252个碱基对应的碱基是A ;
[0058] 一种情况,其中与基于SEQ ID NO:4的核酸序列的第329个碱基对应的碱基是T ;
[0059] -种情况,其中与基于SEQ ID N0:5的核酸序列的第108个碱基对应的碱基是C ;
[0060] 一种情况,其中与基于SEQ ID N0:6的核酸序列的第150个碱基对应的碱基是T ;
[0061] 一种情况,其中与基于SEQ ID N0:7的核酸序列的第322个碱基对应的碱基是C ;
[0062] 一种情况,其中与基于SEQ ID N0:8的核酸序列的第367个碱基对应的碱基是C ;
[0063] 一种情况,其中与基于SEQ ID N0:9的核酸序列的第253个碱基对应的碱基是A ;
[0064] 一种情况,其中与基于SEQ ID NO: 10的核酸序列的第150个碱基对应的碱基是G ; 和
[0065] 一种情况,其中与基于SEQ ID N0:11的核酸序列的第249个碱基对应的碱基是G。
[0066] 此外,根据本公开内容的一个方面,提供了用于测定形态学雄性中的假雄性的方 法,其包括:
[0067] 通过经由对成年牙鲆的腹部压迫测定睾丸的存在和缺乏选择形态学雄性;
[0068] 从选择的形态学雄性提取基因组DNA ;
[0069] 使用能够扩增下文描述的多核苷酸的引物对和提取的基因组DNA作为模板扩增 包含单核苷酸多态性的下文描述的多核苷酸;并
[0070] 鉴定下文描述的多核苷酸的基因型;
[0071] 其中多核苷酸是用于测定牙鲆中的性别的DNA多核苷酸或与其互补的多核苷酸, 其选自下组:
[0072] i)多核苷酸,其选自具有SEQ ID NO: 1的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核 苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID NO: 1的第523个碱基是 C或T ;
[0073] ii)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:6的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单 核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:6的第150个碱基 是A或T ;
[0074] iii)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:7的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单 核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:7的第322个碱基 是C或G ;
[0075] iv)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:9的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单 核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:9的第253个碱基 是A或T ;
[0076] v)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:10的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单 核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:10的第150个碱 基是C或G ;和
[0077] vi)多核苷酸,其选自具有SEQ ID N0:11的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单 核苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQ ID N0:11的第249个碱 基是A或G。
[0078] 在用于确定假雄性的方法中,可以进一步分析下文描述的多核苷酸的基因型:
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