用于区别牙鲆中的性别的snp标志物的制作方法_4

文档序号:9682313阅读:来源:国知局
NP标志物中,经由电泳图确认代表性3种SNP标志物(SNP#9、#10、和 #11)(图2至4)。另外,下文表1、2和3中显示了关于上文设计的引物和SNP基因型的信 息的分析结果。
[0102] 【表1】
[0103]
[0104]
[0105] 【表2】
[0106]
[0107] *以粗体标示的那些是异型,并且剩余部分是同型。
[0108] *Gyno_2N :产雌二倍体。
[0109] 【表3】
[0110]
[0112] *以粗体标示的那些是异型,并且剩余部分是同型。
[0113] 如上文描述,根据本公开内容的一个例示性的实施方案,可以通过使用经由雄性 和雌性牙鲆的基因组的比较分析开发的性别测定标志物实现牙鲆种子中的早期性别测定 的效果。当然,本公开内容的范围以该效果限定。
[0114] 虽然已经参考具体的实施例描述了用于性别区分的SNP标志物,但是它们仅仅是 例示性目的。因此,本领域技术人员会容易理解可以在不偏离所附权利要求书限定的本公 开内容的精神和范围的前提下对其进行各种修改和变化。因而,本公开内容的真正技术保 护范围应当由所附权利要求书的技术构思确定。
【主权项】
1. 一种用于确定牙鲜(oliveflounder)中的性别的DNA多核苷酸或与其互补的多核 苷酸,其选自下组: i) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:1的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO: 1的第523个碱基是C 或T; ii) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:2的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO:2的第150个碱基是A 或T; iii) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:3的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO: 3的第252个碱基是A 或C; iv) 多核苷酸,其选自具有SEQIDNO: 4的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO:4的第329个碱基是T 或G; v) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:5的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO:5的第108个碱基是C 或G; vi) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:6的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDN0:6的第150个碱基是A 或T; vii) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:7的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO:7的第322个碱基是C 或G; viii) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:8的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核 苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO:8的第367个碱基是 C或T; ix) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:9的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO:9的第253个碱基是A 或T; X)多核苷酸,其选自具有SEQIDNO: 10的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO: 10的第150个碱基是 C或G;和 xi)多核苷酸,其选自具有SEQIDNO: 11的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO: 11的第249个碱基是 A或G。2. -种多核苷酸,其与权利要求1的多核苷酸或其互补多核苷酸特异性杂交。3. 权利要求2的多核苷酸,其中与所述多核苷酸或其互补多核苷酸特异性杂交的多核 苷酸是等位基因特异性探针或等位基因特异性引物。4. 一种用于牙鲆中的性别确定的试剂盒,其包含根据权利要求1至3中任一项的多核 苷酸,或能够扩增所述多核苷酸的引物对。5. 权利要求4的试剂盒,其中所述试剂盒以包含所述多核苷酸的微阵列提供。6. -种用于牙鲆中的性别确定的方法,该方法包括: 从雌性和雄性牙鲆提取基因组DNA; 通过使用提取物DNA作为模板和能够扩增权利要求1的多核苷酸的引物对扩增包含单 核苷酸多态性(SNP)的多核苷酸;并 鉴定所述多核苷酸的基因型。7. 权利要求6的方法,其中经由测序、使用等位基因特异性微阵列的杂交测定法、等位 基因特异性PCR、毛细管电泳、单链构象多态性(SSCP)、变性梯度凝胶电泳(DGGE)、修改的 HLPC、质谱术、限制片段长度多态性(RFLP)、或TaqManSNP基因型分型测定法实施所述鉴 定多核苷酸的基因型。8. 权利要求6的方法,其进一步包括对于任一种下述情况,确定牙鲆种子的性别为雄 性: 一种情况,其中与基于SEQIDNO: 1的核酸序列的第523个碱基对应的碱基是C; 一种情况,其中与基于SEQIDNO:2的核酸序列的第150个碱基对应的碱基是T; 一种情况,其中与基于SEQIDNO: 3的核酸序列的第252个碱基对应的碱基是A; 一种情况,其中与基于SEQIDNO:4的核酸序列的第329个碱基对应的碱基是T; 一种情况,其中与基于SEQIDNO:5的核酸序列的第108个碱基对应的碱基是C; 一种情况,其中与基于SEQIDNO:6的核酸序列的第150个碱基对应的碱基是T; 一种情况,其中与基于SEQIDNO:7的核酸序列的第322个碱基对应的碱基是C; 一种情况,其中与基于SEQIDNO:8的核酸序列的第367个碱基对应的碱基是C; 一种情况,其中与基于SEQIDNO:9的核酸序列的第253个碱基对应的碱基是A; 一种情况,其中与基于SEQIDNO: 10的核酸序列的第150个碱基对应的碱基是G;和 一种情况,其中与基于SEQIDNO: 11的核酸序列的第249个碱基对应的碱基是G。9. 一种用于确定形态学雄性中的假雄性的方法,其包括: 通过经由对成年牙鲆的腹部压迫确定睾丸的存在和缺乏选择形态学雄性; 从选择的形态学雄性提取基因组DNA; 使用能够扩增所述多核苷酸的引物对和提取的基因组DNA作为模板扩增具有单核苷 酸多态性的下文描述的多核苷酸;并 鉴定所述多核苷酸的基因型; 其中所述多核苷酸是用于确定牙鲆中的性别的DNA多核苷酸或与其互补的多核苷酸, 其选自下组: i) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:1的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO: 1的第523个碱基是C 或T; ii) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:6的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDN0:6的第150个碱基是A 或T; iii) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:7的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO:7的第322个碱基是C或G; iv) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:9的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO:9的第253个碱基是A 或T; v) 多核苷酸,其选自具有SEQIDNO: 10的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO: 10的第150个碱基是 C或G;和 vi) 多核苷酸,其选自具有SEQIDNO: 11的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO: 11的第249个碱基是 A或G。10. 权利要求9的方法,其包括进一步分析下列各项的基因型: vii) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:2的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO:2的第150个碱基是A 或T; viii) 多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:3的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核 苷酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO:3的第252个碱基是 A或C; ix) 多核苷酸,其选自具有SEQIDNO: 4的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO:4的第329个碱基是T 或G; X)多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:5的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO:5的第108个碱基是C 或G;和 xi)多核苷酸,其选自具有SEQIDN0:8的核酸序列的多核苷酸,并且具有包含单核苷 酸多态性(SNP)区的10至100或更多个连续核酸,其中SEQIDNO:8的第367个碱基是C 或T。11. 权利要求9的方法,其进一步包括在所述多核苷酸的单核苷酸多态性(SNP)的基因 型是同型时确定牙鲆为假雄性。
【专利摘要】提供了容许区别牙鲆性别的单核苷酸多态性(SNP)标志物,其中SNP标志物源自雄性和雌性牙鲆的基因组的比较分析。
【IPC分类】C12N15/11, C12Q1/68
【公开号】CN105441536
【申请号】CN201510599607
【发明人】金佑珍, 安哲民, 孔喜靖, 金铉哲, 金英玉, 南宝惠, 金圣渊
【申请人】国立水产科学院
【公开日】2016年3月30日
【申请日】2015年9月18日
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