草莓属植物的炭疽病抵抗性相关标志物及其利用
【技术领域】
[0001] 本发明设及能够筛选对草替炭痘病显示抵抗性的草替属植物系统的炭痘病抵抗 性相关标志物及其利用方法。
【背景技术】
[0002] 通过开发DNA标志物(也称为遗传标志物、基因标志物），能够在植物的品种改良中 迅速且有效地辨别有用性状、不良性状的有无。DNA标志物的开发不仅在拟南芥、稻等模型 植物、而且在各种各样的实用植物中进展，对于品种改良发挥了巨大作用。
[0003] 非专利文献1中有在栽培草替中开发综合型高密度连锁图谱的报告。根据非专利 文献1，虽然W前有包含约300个扩增片段长度多态性（amplified fragment length po 1 ymor地i sm，AFLP)标志物的连锁图谱的报告，但由于具有8倍体和复杂的基因组，因而对 于栽培草替要求开发更高密度的连锁图谱。另外，在非专利文献1中，对于野草替 (F.vessca)和草替（F. Xananassa)开发了简单重复序列（simple sequence repeat)标志 物，构建了综合型高密度连锁图谱。具体地，使用〇2-19、Sachinoka(幸香）、Kaorino、 Akihime(章姬)和0212921的5个品种?系统制作连锁图谱，将他们综合起来制成1个综合型 高密度连锁图谱。在非专利文献1中，对于02-19开发了575个标志物、对于Sachinoka(幸香） 开发了 556个标志物，对于Kaorino开发了 294个标志物，对于Akihime (章姬)开发了 318个标 志物，W及对于0212921开发了822个标志物。但是，在非专利文献1所公开的综合型高密度 连锁图谱中，存在无座上的标志物数的连锁群，特别是在标志物数少的Kaorino、Akihime (章姬）中该倾向显著。进而，考察到非专利文献1所公开的综合型高密度连锁图谱并未覆盖 全部的连锁图谱。
[0004] 另外，非专利文献2中记载为了有效地开发草替炭痘病抵抗性品种，开发了与草替 炭痘耐病性连锁的D N A标志物。非专利文献2中通过随机扩增多态性D N A法（R a η d 0 m Amplif ied化lymo巧Me DNA法，RAPD法）、AFLP法和SSR法使用标志物制作连锁图谱，分析 耐病性连锁标志物。其结果根据非专利文献2,通过在将草替中间母本农2号杂交而得的集 团中利用，能够将育种集团减少到1/8，能够开发能W约70%的概率辨别耐病性系统的标志 物。
[0005] 此外，关于草替炭痘病，如非专利文献3所记载的那样，已知苹果炭痘病菌 (Glomerella cingulate)和辣椒炭痘病菌（Colletotrichum a州tatum)是其病原菌。
[0006] 另一方面，例如，专利文献1中公开开发了甜菜黑根病抵抗性品种筛选标志物，专 利文献2中对于玉米公开了利用与目的性状连锁的标志物的筛选技术。
[0007] 现有技术文献 [000引非专利文献
[0009] 非专利文献 1:DNA Research 20,79-92,(2013)
[0010] 非专利文献2:栃木县农业试验场研究成果集第29号，第51~52页
[0011] 非专利文献3 :Microbiol. Cult. Coll.，25( 1): 27-32，2009
[0012]专利文献
[0013] 专利文献 1:W02007/125958
[0014] 专利文献2:日本特开2010-516236号公报
【发明内容】
[0015] 发明所要解决的课题
[0016] 但是，现状是上述的在甜菜、玉米中开发出的DNA标志物技术在草替属植物中几乎 没有进行。非专利文献1虽然记载了开发了 SS財示志物、构建了综合型高密度连锁图谱，但是 对于在多倍体且复杂的基因组结构的草替属植物中筛选与目的性状连锁的DNA标志物来说 不能说是充分的。另外，非专利文献2中虽然记载开发了与草替炭痘病耐病性连锁的DNA标 志物，但作为QTL分析的结果不能说L0D(优势对数，logarithym of odds)值、贡献率高，不 能评价为优异的标志物。
[0017] 于是，本发明鉴于上述事实，目的在于对于多倍体且复杂的基因组结构的草替属 植物开发多种DNA标志物，提供通过使用运些多种DNA标志物而能够高精度地判定炭痘病抵 抗性的炭痘病抵抗性相关标志物及其利用方法。
[0018] 用于解决课题的技术方案
[0019] 本发明者们为了解决上述课题而反复进行了深入研究，结果通过准备草替属植物 中的多种标志物，通过杂交后代系统中的量的性状与标志物的连锁分析，发现了与炭痘病 抵抗性运样的量的性状连锁的标志物，从而完成了本发明。
[0020] 本发明包含W下（1)~(7)。
[0021 ] (1)草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物，包含草替属植物的染色体中的由序列 号1所示的碱基序列和序列号10所示的碱基序列所夹的连续的核酸区域。
[0022] (2)根据（1)所述的草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物，其特征在于，所述核酸 区域包含选自由序列号1~10组成的群组中的任一碱基序列或该碱基序列的一部分。
[0023] (3)根据（1)所述的草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物，其特征在于，所述核酸 区域位于草替属植物的染色体中的由序列号4所示的碱基序列和序列号8所示的碱基序列 所夹入的区域。
[0024] (4)炭痘病抵抗性提高了的草替属植物系统的制造方法，包括W下工序，
[0025] 提取工序:提取至少一方亲本是草替属植物的后代植物的染色体和/或该亲本草 替属植物的染色体，和
[0026] 测定工序:测定上述(1)~(3)的任一项所述的草替属植物炭痘病抵抗性相关标志 物在上述所得的染色体中存在还是不存在。
[0027] (5)根据(4)所述的草替属植物系统的制造方法，其特征在于，在所述测定工序中， 使用特异性地扩增所述草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物的引物，通过核酸扩增反应， 来测定该草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物存在还是不存在。
[0028] (6)根据(4)所述的草替属植物系统的制造方法，其特征在于，在所述测定工序中， 使用具备与所述草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物对应的探针的DM忍片。
[0029] (7)根据(4)所述的草替属植物系统的制造方法，其特征在于，所述后代植物是种 子或幼苗，由该种子或幼苗提取染色体。
[0030] 本说明书包含作为本申请的优先权基础的日本专利申请2013-186688号、2014-165405号的说明书和/或附图所记载的内容。
[0031] 发明的效果
[0032] 根据本发明，能够提供在草替属植物中的量的性状中与炭痘病抵抗性连锁的新的 草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物。通过利用本发明所设及的草替属植物炭痘病抵抗性 相关标志物，能够检验草替属植物的杂交系统中的炭痘病抵抗性。由此，能够W非常低的成 本识别具有炭痘病抵抗性提高了的特性的草替属植物系统。
【附图说明】
[0033] 图1是显示获得草替属植物染色体的标志物时使用的DNA微阵列的制造流程的模 式图。
[0034] 图2是显示使用了 DNA微阵列的信号检测的工序的模式图。
[0035] 图3是显示对于实施例中使用的草替属植物品种?系统群在2012年10月19日调查 的炭痘病抵抗性数据的特性图。
[0036] 图4是显示关于炭痘病抵抗性的QTL分析的结果(草替中间母本农2号中的第23连 锁群)的特性图。
[0037] 图5是显示各系统中的IA204069的信号值的特性图。
[0038] 图6是显示各系统中的IA204291的信号值的特性图。
[0039] 图7是显示各系统中的IA202531的信号值的特性图。
[0040] 图8是显示各系统中的IA200064的信号值的特性图。
[0041] 图9是显示各系统中的IA205184的信号值的特性图。
[0042] 图10是显示各系统中的IA202854的信号值的特性图。
[0043] 图11是显示各系统中的IA200826的信号值的特性图。
[0044] 图12是显示各系统中的IA202631的信号值的特性图。
[0045] 图13是显示各系统中的IA202517R的信号值的特性图。
[0046] 图14是显示各系统中的IA201502的信号值的特性图。
[0047] 图15是显示将标志物IA200826进行PCR扩增而得的结果的电泳照片。
[004引图16是显示将标志物IA202631进行PCR扩增而得的结果的电泳照片。
[0049] 图17是将图3所示的炭痘病抵抗性数据与标志物IA200826的基因型数据进行比较 显示的特性图。
[0050] 图18是显示在草替品种妄6。加(幸香）、草替中间母本农2号和杂交后代2系统(A 和B)中将标志物IA202631和标志物IA200826进行PCR扩增而得的结果的电泳照片。
[0051] 图19是显示在草替品种妄6。加(幸香）、草替中间母本农2号和杂交后代2系统(A 和B)中将包含标志物IA202631和标志物IA200826的区域进行PCR扩增而得的结果的电泳照 片。
[0化2] 图20是显示将标志物IA202531进行PCR扩增而得的结果的电泳照片。
[0053] 图21是显示将标志物IA200064进行PCR扩增、再进行限制性酶处理而得的结果的 电泳照片。
【具体实施方式】
[0054] W下，对于本发明所设及的草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物及其利用方法、 特别是使用了草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物的草替属植物系统的制造方法进行说 明。
[0055] <草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物>
[0056] 本发明所设及的草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物是存在于草替属植物的染 色体上的特定区域，具有能够辨别草替属植物炭痘病抵抗性运种性状的功能。即，通过在使 用已知的草替属植物而得的后代系统中，确认草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物存在还 是不存在，能够判断是否是具有炭痘病抵抗性提高运种性状的系统。此外，在本发明中，草 替炭痘病如Microbiol.Cult.Coll.，25(1) :27-32,2009所记载的那样，是指由于感染苹果 炭痘病菌（Glomere 11a cingulate)和/或辣椒炭痘病菌（Colletohichum acu1:a1:um)而形 成病斑的疾病。特别是在本发明中草替炭痘病可W是由感染苹果炭痘病菌（Glomerella cingulate)而引起的疾病。
[0057] 另外，草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物是包含与炭痘病抵抗性提高的性状连 锁的标志物、和与炭痘病抵抗性降低的性状连锁的标志物两者的含义。例如，在特定的草替 属植物中，如果前者的标志物存在，就能够判断为炭痘病抵抗性提高了的品种。进而，在特 定的草替属植物中，如果前者的标志物存在、且后者的标志物不存在，就能够更高精度地判 断为炭痘病抵抗性提高了的品种。此外，在特定的草替属植物中，仅凭后者的标志物不