存 在，也可W判断为炭痘病抵抗性提局了的品种。
[0058] 特别是，认为前者的草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物是与草替属植物的炭痘 病抵抗性运种性状的原因基因（群)连锁的区域。
[0059] 其中，草替属植物是包含属于菩薇科草替属(Fragaria L.)的全部植物的含义。 良P，作为草替属植物，可列举作为一般的栽培草替的荷兰草替(Fragaria X ananassa)等杂 交种。另外，作为草替属植物，可W列举作为栽培草替的祖先种的北美草替(F.virginiana) W及智利草替(F. chiloensis)、野草替(F. vesca，白花蛇替）、能乡草替(F. iinumae)、日本 草替（F.nipponica)、西藏草替（F.nubicola)、布查草替巧.1311(311日1'；[。日）、裂專草替 (F. daltoniana)、东方草替(F.o;rien1:alis)、F. corimbosa、廳香草替(F.moschata)和择捉 草替（F.itur叫ensis)等野生种。进而，作为草替属植物，是也包含栽培草替（F. X ananassa)中的已知的品种?系统的含义。作为栽培草替中的已知的品种?系统，不特别限 定，是包含能在日本国内使用的所有品种?系统、在日本国外使用的品种?系统等的含义。 例如，作为栽培草替的日本国内育成品种，不特别限定，可W列举主。加(丰香）、哥シテ 一 =^'、純八1]一、女峰、亡°一乂1^口、リシク子一瓜、6挺故（栃乙女口、栃。峰 (栃峰）、章姬、紅巧。乂(红颜从故（栃姬）、妄6。加（幸香）、巧V、香b巧、妄刹玉。 加（佐贺清香）、7斗、力レシパリ一、レッKパ一/レ、妄〇棄挺故（萨摩乙女）、福冈S6 (杉棄挺弓）、浓姬、从。&权（日峰)和宝交早生等。另外，作为栽培草替的品种，可W列举草 替中间母本农1号和草替中间母本农2号，它们是作为为了获得规定的特性而在品种改良中 利用的育种材料的中间母本。草替中间母本农2号是由作为炭痘病抵抗性的育成系统的 83118-41与抵抗性品种Dover的杂交而育成的育种材料。此外，草替中间母本农2号的炭痘 病抵抗性与抵抗性品种宝交早生、Dover为同程度W上，另外在与患病性品种的杂交实生集 团中高度抵抗性个体的出现率高，被用于具有草替炭痘病抵抗性的新品种育成。
[0060] 作为确认草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物存在还是不存在的对象植物，可W 是上述的草替属植物、利用了上述的草替属植物的后代系统。后代系统只要母本和父本任 一方是上述的草替属植物即可，既可W是由所谓同种杂交产生的系统，也可W是种间杂交 系统。另外，后代系统也可W通过所谓回交来获得。
[0061] 特别优选W栽培草替(F.Xananassa)作为对象，确认草替属植物炭痘病抵抗性相 关标志物存在还是不存在。进而，优选在使用了栽培草替中的上述的各种品种?系统的品 种改良中，确认草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物存在还是不存在。即，此时，能够对于 制作的新品种辨别草替炭痘病抵抗性。于是，作为新品种，优选是W具有草替炭痘病抵抗性 的品种作为至少一方的亲本而得到的品种。更详细地说，能够对于W例如草替中间母本农2 号作为一方的亲本而制作的新品种，确认草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物存在还是不 存在，评价草替炭痘病抵抗性。
[0062] 本发明所设及的草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物，是通过使用了包含由栽培 草替：妄6。加(幸香)获得的1，502个标志物和由草替中间母本农2号获得的2,162个标志 物的基因连锁图谱、和草替炭痘病抵抗性数据的QTL(数量性状位点，Quantitative化ait Loci)分析而新鉴定的。此外，草替炭痘病抵抗性被认为与多种基因相关，是采取连续分布 的量的性状。即，草替炭痘病抵抗性基于采取连续分布的对草替炭痘病的罹患率来评价。 QTL分析中使用遗传分析软件QTL Ca;rtographe;r(Wang S.,C.J.Basten,and Z.-B.Zeng (2010).Windows QTL Cartographer 2.5.Department of Statistics,North Carolina Sl:ate University,Raleigh,NC)，应用复合区间作图（Composite interval ma卵ing,CIM) 法。
[0063] 具体地，通过上述的QTL分析，在上述基因连锁图谱中发现了LOD得分化OD score) 为规定的阔值(例如2.5) W上的区域。该区域为约29.OcM(厘摩尔根），是包含在草替中间母 本农2号的第23连锁群中的区域。其中，"摩尔根(ΜΓ是显示染色体上的基因间的相对距离 的单位，是W交换值为百分数的值。在草替属植物的染色体中，lcM相当于约400kb。此外，该 区域中存在L0D得分为约18.3的峰，提示在该峰位置或其附近存在提高草替属植物炭痘病 抵抗性的性状的原因基因（群）。
[0064] 该29.0cm的区域中依次包含表1所示的10种标志物。此外，在表1中标志物名是对 本发明中独自获得的标志物所赋予的名称。
[00化]表1
[0066]
[0067] 目P，本发明所设及的草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物是由草替属植物的染色 体中的序列号1所示的碱基序列和序列号10所示的碱基序列所夹的连续的核酸区域。其中， 所述29.0cm的区域所含的峰，存在于由序列号4所示的碱基序列组成的标志物（IA200064) 和由序列号8所示的碱基序列组成的标志物(IA202631)所夹入的区域。
[0068] 另外，该29.0cm的区域中包含与炭痘病抵抗性提高的性状连锁的标志物、和与炭 痘病抵抗性降低的性状连锁的标志物两者。在表1所示的10种标志物中，由序列号9所示的 碱基序列组成的标志物（IA202517R)是与炭痘病抵抗性降低的性状连锁的标志物(相反标 志物），其他全部是与炭痘病抵抗性提高的性状连锁的标志物。
[0069] 可W使用表1所示的29.OcM的区域所含的连续的核酸区域作为草替属植物炭痘病 抵抗性相关作为标志物。其中，核酸区域是指包含与存在于草替属植物的染色体的其他区 域的同一性为95% W下，优选90% W下，更优选80% W下，最优选70% W下的碱基序列的区 域。只要成为草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物的核酸区域与其他区域的同一性为上述 范围，就能够按照通用的方法特异性地检测该核酸区域。其中，同一性的值例如可W使用 BLAST利用默认参数计算出。
[0070] 另外，成为草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物的核酸区域的碱基长可W为至少 如咸基长W上、优选15碱基长W上、更优选20碱基长W上、最优选30碱基长。只要成为草替属 植物炭痘病抵抗性相关标志物的核酸区域的碱基长为上述范围，就能够按照通用的方法特 异性地检测该核酸区域。
[0071] 特别作为草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物，优选从所述29.0cm的区域所含的 10种标志物中的由序列号4所示的碱基序列和序列号8所示的碱基序列所夹入的区域中选 择。运是因为上述峰存在于由序列号4所示的碱基序列和序列号8所示的碱基序列所夹入的 区域。
[0072] 另外，作为草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物，还可W是包含从上述表1所示的 10种标志物中选择的1种标志物的核酸区域。例如，作为草替属植物炭痘病抵抗性相关标志 物，优选使用包含离峰的位置最近的由序列号8所示的碱基序列组成的标志物（IA202631) 的核酸区域。此时，包含标志物的核酸区域的碱基序列，能够通过使用了基于该标志物的碱 基序列设计的引物的反向PCR等的邻近序列获得法来确定。
[0073] 进而，可W从草替属植物的染色体中的由序列号1所示的碱基序列和序列号10所 示的碱基序列所夹的核酸区域中，W多个区域作为草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物。
[0074] 进而另外，作为草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物，可W使用上述10种标志物 本身。即，可选自由序列号1~10的碱基序列组成的10个区域中的1个或多个区域作为 草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物。例如，作为草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物，优 选使用离峰的位置最近的由序列号8所示的碱基序列组成的标志物（IA202631)。或者，也可 W使用例如由序列号7的碱基序列组成的标志物（IA200826)和由序列号8的碱基序列组成 的标志物(IA202631)所夹入的区域作为草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物。
[0075] <草替属植物中的标志物的鉴定>
[0076] 在本发明中，如上所述，从由妄6。加(幸香)获得的1，502个标志物和由草替中间 母本农2号获得的2，162个标志物中确定了草替属植物炭痘病抵抗性相关标志物。运里对于 运些1，502个和2,162个标志物进行说明。在鉴定该标志物时，可W使用应用了日本特开 2011-120558号公报、国际公开公报2011/074510所公开的方法的DNA微阵列。
[0077] 具体地，在该DNA微阵列中使用的探针的设计方法如图1所示，首先，从妄6。加 (幸香)或者草替中间母本农2号中提取基因组DNA(工序la)。接下来，将提取的基因组DNA用 1种或多种限制性酶消化任序lb)。此外，在图1所示的例子中，依次使用限制性酶A和限制 性酶B的巧巾限制性酶消化基因组DNA。其中，作为限制性酶，不特别限定，例如，可W使用 ?3亡1、6(3〇1?1、化11(1111、831抓、化311、化6111等。特别是作为限制性酶，可^考虑识别序列的 出现频率等进行适宜选择，使得在完全消化基因组DNA时形成20~10000碱基长的基因组 DNA片段。另外，在使用多种限制性酶的情况下，优选使用全部限制性酶后的基因组DNA片段 为200~6000碱基长。进而，在使用多种限制性酶的情况下，对供处理的限制性酶的顺序不 特别限定，另外，在处理条件(溶液组成、溫度等)相同的情况下，也可W将多种限制性酶在 同一反应体系中使用。即，在图1所示的例子中，依次使用限制性酶A和限制性酶B消化基因 组DNA，但可W将限制性酶A和限制性酶B在相同反应体系中同时使用来消化基因组DNA，也 可W依次使用限制性酶B和限制性酶A来消化基因组DNA。进而，使用的限制性酶的数量可W 为巧巾W上。
[007引接下来，对限制性酶处理后的基因组DNA片段结合连接物任序Ic)。其中，连接物 只要是能够结合在通过上述的限制性酶处理而得的基因组DNA片段的两端就不特别限定。 作为连接物，例如，可W使用具有与通过限制性酶处理而在基因组DNA的两末端形成的突出 末端(粘末端)互补的单链、并具有后述其详的扩增处理时使用的引物能够杂交的引物结合 序列的连接物。另外，作为连接物，也可W使用具有与上述突出末端(粘末端)互补的单链、 且具有用于在克隆时插入载体的限制性酶识别部位的连接物。
[0079] 另外，在使用多种限制性酶消化基因组DNA的情况下，可W准备与各限制性酶对应 的多种连接物而使用。即，可W使用具有与用多种限制性酶消化基因组DNA时生成的多种突 出末端分别互补的单链的多种连接物。此时，与多种限制性酶对应的多种连接物既可W具 有使得相同的引物能够杂交的相同的引物结合序列，也可W具有使得各自不同的引物能够 杂交的不同的引物结合序列。
[0080] 进而，在使用多种限制性酶消化基因组DNA的情况下，作为连接物，可W准备与从 使用的多种限制性酶中