00、1，000，
000,1,500,000,2,000,000,5,000，000个或甚至更多个碱基，达到全长染色体DNA分子。对于分析基因表达的方法，从样品分离的核酸通常是RNA。
[0041]微RNA(miRNA)是长度为平均22个核苷酸的小的单链RNA分子，其参与在不同物种(包括人)中调控mRNA表达(综述于BarteI 2004中)^iRNA的第一份报告是在蠕虫秀丽隐杆线虫中发现的lin-4基因的miRNA(Lee，Feinbaum等1993)。自那以后，已在果绳、植物和哺乳动物中发现了数百种miRNA^iRNA通过结合至mRNA的3。非翻译区和催化i)mRNA的裂解，或2)抑制翻译来调控基因表达C3HiiRNA对基因表达的调控是许多生物学过程诸如细胞发育、分化、通信和细胞凋亡的中心(Reinhart,Slack等2000;Baehrecke 2003；Brennecke,Hipfner等2003;Chen，Li等2004)。最近，已经表明，miRNA在小鼠上皮胚胎发生过程中是有活性的，并且在皮肤形态发生中起着重要作用(Yi ,Of Carroll等2006)。
[0042]鉴于miRNA在基因表达中的作用，很明显的是，miRNA将影响(如果不是完全特异性的话)特定细胞类型中的mRNA的相对量，从而确定不同细胞类型中的确定特定基因的表达谱(即，特定的mRNA群体)。此外，特定miRNA在细胞中的特定分布在不同的细胞类型中也可能是独特的。因此，组织的miRNA特征谱的确定可用作用于分析实际mRNA群体在该组织中的表达谱的工具。因此，miRNA水平和/或miRNA突变的检测用于受试者的疾病检测、诊断、预后或治疗相关决定(即，指示治疗方案已开始之前或之后的反应)或特定疾病的表征的目的。
[0043]如本文中所用，术语“蛋白质”是指至少两个共价连接的氨基酸，其包括蛋白质、多肽、寡肽和肽。蛋白质可由天然存在的氨基酸和肽键或合成的拟肽结构构成。因此，如本文中所用，“氨基酸”或“肽残基”是指天然存在的和合成的氨基酸。例如，高苯丙氨酸、瓜氨酸和正亮被认为是用于本发明的目的的氨基酸。“氨基酸”还包括亚氨基酸残基，诸如脯氨酸和羟脯氨酸。侧链可以以(R)或(S)构型存在。
[0044]“探针”或“探针核酸分子”是为至少部分单链的，并且与目标序列至少部分互补的，或至少部分大体上互补的核酸分子。探针可以是RNA、DNA或RNA与DNA的组合。也在本发明的范围之内的是具有包含其中主链糖不是核糖或脱氧核糖的核酸的探针核酸分子。探针核酸也可以是肽核酸。探针可包含抗溶核活性的键联或可检测标记，并且可被可操作地连接于其它部分，例如肽。
[0045]当单链核酸分子可基于鸟嘌呤(G)与胞嘧啶(C)碱基配对以及腺嘌呤(A)与胸腺嘧啶(T)或尿苷(U)碱基配对的能力与另一个核酸分子的全部或部分碱基配对(杂交)以形成双螺旋(双链核酸分子)时，其与所述另一个单链核酸分子“互补”。例如，核苷酸序列5'-TATAC-37与核苷酸序列5' -GTATA-37互补。
[0046]如本文中所用，“杂交”是指核酸链籍以通过碱基配对与互补链联结的过程。杂交反应可具有灵敏性和选择性，以便特定的目标序列甚至可其中其以低浓度存在的样品中被鉴定。在体外的情况下，适当严格的条件可以通过例如预杂交和杂交溶液中的盐或甲酰胺的浓度，或者通过杂交温度来定义，并在本领域中是公知的。具体地，严格性可以通过降低盐的浓度，增加甲酰胺的浓度，或者提高杂交温度来增强。例如，高严格条件下的杂交可在约37 0C至420C于约50 %的甲酰胺中发生。杂交可在降低的严格条件(在约30°C至35 °C下于约35 %至25 %的甲酰胺中)下发生。具体地，杂交可在高严格条件下(在42°C下于50 %甲酰胺，5 X SSPE，0.3 % SDS，和200mg/ml的剪切和变性的鲑精DNA中)发生。杂交可在如上所述的降低的严格条件下，但在35°C的降低的温度下于35%的甲酰胺中发生。对应于特定的严格水平的温度范围可通过计算目标核酸中的嘌呤对嘧啶的比率和相应地调整温度来进一步缩小。对上述范围和条件的变化在本领域中是公知的。
[0047]如本文中所用，术语“皮肤菌群”或“微生物组”是指栖息在受试者的皮肤或皮下组织的微生物，包括细菌、病毒和真菌。
[0048]如本文中所用，术语微生物的、微生物或微生物(microorganism)是指任何微观生物体，包括原核生物或真核生物、细菌、古细菌、真菌、病毒或原生生物(单细胞的或多细胞的)。
[0049]如本文中所用，术语“改善”或“治疗”意指与癌症或黑素瘤相关的临床体征和/或症状因进行的行为而被减轻。待监测的体征或症状为特定癌症或黑素瘤的特征，并且对于熟练的临床医生来说是公知的，用于监测所述体征和状况的方法也是公知的。因此，“治疗方案”是指用于在受试者中治疗疾病或癌症的任何系统的计划或过程。
[0050]在实施方案中，还可通过利用本领域技术人员公知的许多方法裂解从皮肤样品收集的细胞和细胞材料来分离核酸分子。例如，可使用许多可用于分离多核苷酸的商业产品，包括但不限于，RNeasy?( Qiagen ,Valencia，CA)和Tri Reagent? (Mo I ecu Iar ResearchCenter，Inc，Cincinnati，OH)。随后可测试和测定分离的多核苷酸的特定核酸序列，包括编码细胞因子的多核苷酸。回收核酸样品内的靶核酸分子的方法在本领域中是公知的，并且可包括微阵列分析。
[0051 ]如本文中进一步论述的，可以以本领域中已知的许多方法分析核酸分子，所述方法可帮助测定与个体的皮肤相关的微生物组和/或代谢物组。例如，核酸分子的存在可使用特定核酸分子的探针或片段通过DNA-DNA或DNA-RNA杂交或扩增来检测。基于核酸扩增的测定包括使用基于所述核酸序列的寡核苷酸或寡聚物来检测含有特定DNA或RNA的转化体。
[0052]在另一个实施方案中，可以使用特异性结合本发明的核酸分子的表达产物的抗体来表征受试者的皮肤病变。可使用经修饰的或未经修饰的所述抗体，并且可通过用报告分子共价或非共价地连接它们来标记所述抗体。
[0053]多种标记物和缀合技术对于本领域技术人员来说是已知的，并且可被用于各种核酸和氨基酸测定。用于产生用于检测与表1-6的核酸分子相关的序列的标记的杂交或PCR探针的方法包括寡核苷酸标记、切口平移、末端标记或使用标记核苷酸的PCR扩增。或者，可将核酸分子或其任何片段克隆入用于产生mRNA探针的载体。此类载体在本领域中是已知的，可商购获得，并且可用于通过添加适当的RNA聚合酶诸如T7、T3或SP6和经标记的核苷酸来体外合成RNA探针。这些方法可使用多种商购可得的试剂盒(Pharmac ia&Up john，(Kalamazoo，Mich.)；Promega(Madison Wis.)和U.S.B1chemical Corp.，Cleveland，Oh1)来进行。可用于使检测容易的合适的报告分子或标记，包括放射性核素、酶、荧光、化学发光剂或生色剂以及底物、辅因子、抑制剂、磁性颗粒等。
[0054]PCR系统通常使用两个扩增引物和特异性结合扩增子内的位点的另外的扩增子特异性荧光杂交探针。所述探针可包括一个或多个荧光标记部分。例如，可用如下两种荧光染料标记探针:I)位于5'末端的用作报告分子的6-羧基-荧光素(FAM)，和2)位于3'末端的用作猝灭剂的6-羧基-四甲基-罗丹明(TAMRA)。当扩增发生时，Taq DNA聚合酶的5 ’ _3，外切核酸酶活性在延伸期中从探针裂解报告分子，从而将其从猝灭剂释放。在PCR过程中监测报告染料的荧光发射的所获得的增加，其代表产生的DNA片段的数目。原位PCR可用于靶核酸分子的直接定位和可视化，并且可进一步用于使表达与组织病理学发现发生关系。
[0055]用于产生用于本发明的核酸分子的特异性杂交探针的方法包括将核酸序列克隆入用于产生mRNA探针的载体。此类载体在本领域中是已知的，商购可得的，并且可用于通过添加适当的RNA聚合酶和适当的经标记的核苷酸来合在体外合成RNA探针。杂交探针可用多种报告基团例如放射性核素诸如32P或35S、或酶标记诸如经由抗生物素蛋白/生物素偶联系统偶联至探针的碱性磷酸酶等进行标记。
[0056]术语“皮肤护理品”或“个人护理品”是指护肤品，包括但不限于，清洁产品、香波、调理剂、调色剂或乳膏剂、外用软膏和凝胶，以及局部(例如，眼下)凝胶，所有所述护肤品可被配制来含有被专门设计来使微生物群体偏向健康特征谱的成分(具有或不具有以活跃或休眠状态存在的共生或互利生物体，或共生或互利生物体的混合物)。此类皮肤护理品还可包括治疗剂、维生素、抗氧化剂、矿物质、皮肤调理剂、聚合物、赋形剂、表面活性剂、益生菌或其级分、微生物或来自其培养物的产物、此类细菌、真菌等(活的、休眠的或灭活的)。
[0057]“皮肤共生微生物”意指可定殖(S卩，在人皮肤上生活和繁殖)或暂时体外、离体和/或体内地栖息在人皮肤的原核生物和真核生物。示例性皮肤共生微生物包括，但不限于，α-变形菌门(Alphaproteobacteria)、β-变形菌门(Betaproteobacteria)、γ -变形菌门(Gammaproteobacteria)、丙酸杆菌属(Prop1nibacteria)、棒状杆菌属(Corynebacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、梭菌目(Clostridiales)、乳杆菌目(Lactobacillales)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、