台的并行化变异检测模块，同时进行SNP和Indel的检测。比对完成后利用更完备的错 误模型计算基因型似然值，考虑了 PCR、碱基质量（Base Quality)和比对质量（Mapping Quality)等多种因素。UnifiedGenotyper是集合多种变异检测方法而成的一种变异识别软 件（Variants Caller), UnifiedGenotyper使用贝叶斯最大似然模型，同时估计基因型和基 因频率，最后对每一个样本的每一个变异位点和基因型都会给出一个精确的后验概率。该 软件能将输入bam文件中的样本进行变异检测，最后生成一个vcf文件，vcf文件中会包含 所有样本的变异位点和基因型信息。从 vcf文件得到的结果是最原始的、没有经过任何过 滤和校正的Variants集合。这一步产生的变异位点会有很高的假阳性,尤其是indel,因 此，我们在前面进行重比对以尽量减少该突变检测中的假阳性结果。
[0061] 3. 7注释：使用人类基因组数据库NCBI 104,频率数据库dbSNP135、1000human、 ESP6500,以及BGI内部频率数据库进行注释；使用HGVS对变异进行标准命名，同时使用 0M頂、HGMD疾病数据库，CGD临床基因组数据库进行突变及疾病注释。
[0062] 4)结果分析
[0063] 测序数据统计结果见表2,表3展现目标区域覆盖度信息，表4是检测出的候选突 变的信息。
[0064] 表 2
[0065]
[0071] *hom/het:hom表示此突变位点为纯合突变，het表示此突变位点为杂合突变。
[0072] GJB2基因的c. 235delC突变，是GJB2基因的常见致病突变，可导致常染色体隐性 遗传性听力损失1 (DFNB1)。据上表可知，该样本检测到GJB2基因的c. 235delC(纯合）突 变，根据其隐性遗传模式规律，纯合突变可能导致疾病的发生。
【主权项】
1. 一种芯片，其包含探针，所述探针固定于固相基质上，所述探针能够特异性识别以 下342个基因中的至少100个基因的外显子区域：ABR、CLRN1、FABP4、IGF1、MYH14、PHEX、 SNAI2、ACAN、COCH、FAS、ILDR1、MYH2、PLDN、SOBP、ACTG1、COL11A1、FBX02、ITGA8、MYH3、 PMP22、SOD1、AIFM1、COL11A2、FGF20、JAG1、MYH4、PNOC、SORBS1、ΑΚΑΡ12、COL2A1、FGF3、JAG2、 MYH8、P0U1F1、S0X10、ALDH1A2、C0L4A3、FGFR1、KCNE1、MYH9、P0U3F4、S0X2、ALMS1、C0L4A4、 FGFR2、KCNJ10、MYO15A、P0U4F3、S0X9、AP3D1、C0L4A5、FGFR3、KCNMA1、MYO1A、PROP1、SPRY2、 APAF1、C0L9A1、FIGN、KCNQ1、MY03A、PRPS1、ST3GAL5、AP0A1、C0L9A2、F0XG1、KCNQ4、MY06、 PRRX1、STRC、AQP4、CPLX1、FOXI1、KIT、MY07A、PRRX2、TAF10、ATF2、CRYM、FXN、KITLG、NAV2、 PTK7、TBX1、AT0H1、DBH、FZD3、LAMA2、NAV3、PTPRQ、TBX10、ATP2B2、DDR 1、FZD6、LARGE、NDP、 RARA、TCOF1、ATP8B1、DFNA5、GAS7、LFNG、NDRG1、RARB、TECTA、ΑΧIN1、DFNB31、GATA3、LHFPL5、 NEFL、RARG、TGFA、BARHL1、DFNB59、GBX2、LM04、NEU1、RASA1、TGFB2、BBS1、DIABLO、GFI1、 LMX1A、NEURL、RDX、THRA、BBS4、DIAPH1、GIPC3、L0XHD1、NEUR0D1、S1PR2、THRB、BCR、DIAPH3、 GJA1、LRIG3、NEUROG1、SCARB2、TIMM8A、BDNF、DI02、GJB1、LRP2、NF1、SCOl、TJP2、BMP4、 DI03、GJB2、LRTOMT、NOTCH1、SCRIB、TMC1、BSN、DLX2、GJB3、MAFB、NOX3、SEMA3E、TMEM126A、 BSND、DLX5、GJB6、ΜΑΡΙΑ、NOXOl、SERAC1、TMEM220、C17orf48、DMD、GLI3、MARVELD2、NR4A3、 SERPINB6、TMIE、C1orΠ 2 5、DNAH7、GOT1L1、MCOLN3、NTF3、SFTPC、TMPRSS13、CACNA1D、DNAH9、 GPR98、MGAT4B、NTN1、SIX1、TMPRSS3、CACNB2、DPYS、GPSM2、MIR182、NTRK2、SIX5、TNC、 CACNG2、DSPP、GPX1、MIR183、NTRK3、SLC12A2、TNFRSF1IB、CASP3、DVL1、GRHL2、MIR96、0C90、 SLC12A6、TPRN、CCDC50、DVL2、GRID1、MITF、OPA1、SLC12A7、TRIOBP、CD36、DVL3、GRXCR1、 MKKS、OR2T4、SLC17A8、TRPV4、CDH23、EDN3、⑶SB、MON2、OTOA、SLC19A2、TSHR、CDKN1B、EDNRB、 HAL、MOS、OTOF、SLC1A3、TUB、CDKN2D、EGFLAM、HES1、MPV17、OTOG、SLC26A4、TYRP1、CEACAM16、 EPHB1、HES5、MPZ、OTOP1、SLC26A5、UCN、CELSR1、EPHB2、HGF、MSRB3、OTX1、SLC30A4、USH1C、 CHD7、EPHB3、HMX2、MSX2、OTX2、SLC4A11、USH1G、CHRNA9、ERBB4、HMX3、MTAP、PAX2、SLC4A7、 USH2A、CKB、ESPN、HOXA1、MUC4、PAX3、SLC9A1、USP15、CLDN11、ESR2、HOXA2、MUC6、PCDH15、 SLC02B1、VANGL2、CLDN14、ESRRB、HOXB1、MUTED、PDE8B、SMAD4、WFS1、CLDN9、EYA1、HS6ST2、 MYH1、PDSS1、SMPX、YME1L1、CLIC5、EYA4、IFT88、MYH13、PDZD7、SALL1、0RC4、P2RX2、DNMT1、 TFAP2A、ORC6、NLRP3、CLPP、⑶F6、CDT1、MASP1、CIB2、ORC1、CDC6、LARS2、CDKN1C、POMT1、 TSHZ1、KIAA1199、CABP2、WNT7A、TSPEAR、KARS、ATP6V1B1、ZIC3、TRMU、HSD17B4、ANKH、 EFTUD2、P0LR1C、HARS、ABHD12、C0G1、P0LR1D、HARS2 和 SMS ; 任选地，所述探针能够特异性识别所述342个基因中的至少200个基因的外显子区 域； 任选地，所述探针能够特异性识别所述342个基因中的至少300个基因的外显子区 域； 任选地，所述探针能够特异性识别所述342个基因的外显子区域。2. 权利要求1的芯片，其特征在于，所述探针还能够特异性识别其能特异性识别的各 个基因的外显子区域的上下游各30bp的内含子区域。3. 权利要求1的芯片，其特征在于，所述探针还能够特异性识别线粒体基因组。4. 一种试剂盒，其包括权利要求1-3任一芯片。5. 权利要求4的试剂盒在检测耳聋相关基因中的用途。6. -种检测耳聋相关基因的方法，其特征在于，包括： (1) 获取受检者的核酸，所述核酸为基因组核酸和/或游离核酸片段； (2) 捕获所述核酸获得耳聋相关基因区域； (3) 对所述耳聋相关基因区域进行序列测定，获得序列信息； (4) 基于所述序列信息检测所述耳聋相关基因；其中，（2)是利用权利要求4的试剂盒 进行的。7. 权利要求6的方法，其特征在于，（4)包括基于所述序列信息同时检测所述耳聋相关 基因的多种变异，所述变异选自SNP、INDEL和CNV的至少一种。8. 权利要求7的方法，其特征在于，同时检测所述耳聋相关基因的多种变异，包括： 将所述序列信息与参考序列进行第一比对，获得第一比对结果； 将所述第一比对结果与所述参考序列的一部分进行第二比对，获得第二比对结果； 基于所述第一比对结果和所述第二比对结果，同时检测所述耳聋相关基因的SNP和 INDEL变异。9. 权利要求8的方法，其特征在于，所述第一比对为全局比对，所述第二比对为局部比 对。10. 权利要求8的方法，其特征在于，所述参考序列为hgl9。11. 权利要求8的方法，其特征在于，所述参考序列的一部分包括与所述耳聋相关基因 区域对应的所述参考序列中的每个已知INDEL位点，以及所述每个已知INDEL位点上下游 各lOOObp范围的序列。12. 权利要求8的方法，其特征在于，利用GATK UnifiedGenotyper软件同时检测所述耳 聋相关基因的SNP和INDEL变异。13. -种检测耳聋相关基因的装置，其特征在于，包括： A. 核酸获取单元，用于获取受检者的核酸，所述核酸为基因组核酸和/或游离核酸片 段； B. 捕获单元，与A单元相连，用于捕获来自A单元中的核酸，以获得耳聋相关基因区 域； C. 序列测定单元，与B单元相连，用于对来自B单元的耳聋相关基因区域进行序列测 定，以获得序列信息； D. 检测单元，与C单元相连，用于基于来自C单元的序列信息检测所述耳聋相关基因； 其中，B单元中的捕获是利用权利要求4的试剂盒进行的。
【专利摘要】本发明提供了一种芯片，一种包含所述芯片的试剂盒、所述试剂盒在检测遗传性耳聋基因中的用途，一种检测耳聋相关基因的方法以及一种检测耳聋相关基因的装置。利用本发明的芯片、试剂盒、方法和/或装置，能够一次性的全面的捕获耳聋相关基因区域，检测耳聋相关基因的变异情况。
【IPC分类】C40B40/06, C12Q1/68
【公开号】CN105624796
【申请号】CN201410625318
【发明人】王秋菊, 易玉婷, 宋立洁, 高长欣, 阿叁, 刘涛, 易鑫
【申请人】天津华大基因科技有限公司, 深圳华大基因科技有限公司, 中国人民解放军总医院
【公开日】2016年6月1日
【申请日】2014年11月7日