专利名称：一种公共动物双歧杆菌益生菌密码子数据库管理方法
技术领域：
本发明属于数据库管理技术领域，尤其涉及一种公共动物双歧杆菌益生菌密码子数据库管理方法。
背景技术：
构成蛋白质的氨基酸及编码密码子的种类是多样的，密码子存在简并性，例如亮氨酸由六种密码子编码，编码同种氨基酸的密码子被称为同义密码子，同义密码子的使用时非随机的，存在偏好性。截至目前，真核生物、原核生物乃至病毒都发现密码子的偏好性，密码子偏好性产生的原因被认为主要包括两个，即突变压力和翻译选择。动物双歧杆菌添加进乳制品中能够有助于肠道健康，在医药上已有广泛用途，截至目前，少有数据库涵盖了详细的双歧杆菌的密码子资料，在双歧杆菌的生理学，细胞学、遗传学、分子进化、分子生物学乃至实际生产操作中有时都需要查询双歧杆菌的密码子资料。然而，截止目前尚无一个 公共可用的完整的双歧杆菌密码子数据库出现，给相关工作者带来了极大的不便。
发明内容
本方案为了克服现有技术的不足，发明了公共动物双歧杆菌密码子数据库管理系统。通过数据库技术和网络，借助密码子分析软件CodonW获取不同动物双歧杆菌的密码子资料，实现对七种动物双歧杆菌的密码子资料进行存档，方便相关工作者查询使用。本发明实施例是这样实现的，一种公共动物双歧杆菌益生菌密码子数据库管理方法，其特征在于，该管理方法包括以下步骤双击运行公共动物双歧杆菌数据库管理系统；选择动物双歧杆菌；通过密码子分析软件CodonW和文本编辑器选择编译序列；获取18035个编码序列的所有密码子资料；。进一步，公共动物双歧杆菌数据库管理系统建立了七个表格，涵盖了七种全长基因组可用的动物双歧杆菌，所有七个表格是经过多次试验设计的信息内容全面的表格，将编码序列的密码子资料均包含其中，通过整合，形成了数据库，数据库具有基于windows 7系统下的可视化操作界面，用户能够通过选择不同的对象来进入到相应的界面，每个对象严格地链接到对应的表单或表格。进一步，七种动物分别为IactisADO11, Iactis BB-12, Iactis BLCl, IactisCNCM 1-2494，Iactis DSM 10140，Iactis V9, Iactis B1-04。进一步，编码序列必须包含至少50个密码子，密码子资料之间存在一定关联，具体为密码子第三位的腺嘌呤含量(A3s)，密码子第三位的胸腺嘧啶含量(T3s)，密码子第三位的鸟嘌呤含量(G3s)，密码子第三位的胞嘧啶含量(C3s)，密码子第三位GC含量(GC3s)，密码子有效数量(Ne)，氨基酸长度(Laa)和基因坐标(Axis)的关联系数。进一步，共有18035个编码序列。
本发明提供一种能够利用互联网下载的公共动物双歧杆菌密码子数据库管理系统，是一种高效、方便、全面、合理、体贴的界面友好的数据库管理系统。通过运行电脑中所建立的动物双歧杆菌数据库管理系统，该数据库是表单交互式界面，用户能够通过选择一个编码序列来查询查询相应的密码子资料，数据库包含七种动物双歧杆菌的密码子资料，分别存储在设计经过多次试验的七个表格中间。首先选择所需查询的动物双歧杆菌种类，其次再通过CodonW和文本编辑器选择编译序列，获取18035个编码序列的所有密码子资料，每个编码序列的所有密码子资料必须齐全，密码子第三位的胸腺嘧啶含量、密码子第三位的胞嘧啶含量、密码子第三位的腺嘌呤含量、密码子第三位的鸟嘌呤含量，密码子适应性索引、密码子偏好性索引、最优密码子频度、密码子有效数量、密码子第三位GC含量、同义密码子频度、氨基酸长度、蛋白质的亲水性和芳香性信息必须包括；通过以上操作用户能够查询所需的信息并在计算机上进行管理操作。
图I是本发明提供的公共动物双歧杆菌密码子数据库管理方法的流程图。
具体实施例方式为了使本发明的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合附图及实施例，对本发明进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本发明，并不用于限定本发明。图I显示出了本发明提供的公共动物双歧杆菌密码子数据库管理系统，该系统包括在步骤SlOl中，接收指令，调用公共动物双歧杆菌数据库管理系统；所需的硬件为微型计算机；Pentium(R)Dua I-Core CPU、2. OOGB内存；所需的软件为 Microsoft windows 7 旗舰版、Microsoft Visual FoxPro 9· O 中文版、Microsoftoffice 2007ο在步骤S102中，选择动物双歧杆菌；公共动物双歧杆菌数据库管理系统建立了七个表格，涵盖了七种全长基因组可用的动物双歧杆菌，所有七个表格是经过多次试验设计的信息内容全面的表格，将编码序列的密码子资料均包含其中，通过整合，形成了数据库，数据库具有基于windows 7系统下的可视化操作界面，用户能够通过选择不同的对象来进入到相应的界面，每个对象严格地链接到对应的表单或表格。七种动物分别为:Iactis ADOlI，Iactis BB-12，Iactis BLCl，Iactis CNCM 1-2494，Iactis DSM 10140，Iactis V9, Iactis B1-04，如下表 I 所示。在步骤S103中，通过密码子分析软件CodonW和文本编辑器选择编译序列；一共有18035个编码序列。在步骤S104中，获取18035个编码序列的所有密码子资料；编码序列必须包含至少50个密码子，密码子资料之间存在一定关联，具体为密码子第三位的腺嘌呤含量(A3s)，密码子第三位的胸腺嘧啶含量(T3s)，密码子第三位的鸟嘌呤含量(G3s)，密码子第三位的胞嘧啶含量(C3s)，密码子第三位GC含量(GC3s)，密码子有效数量(Ne)，氨基酸长度(Laa)和基因坐标(Axis)的关联系数
运行电脑中所建立的动物双歧杆菌数据库管理系统，该数据库是表单交互式界面，用户能够通过选择一个编码序列来查询查询相应的密码子资料，数据库包含七种动物双歧杆菌的密码子资料，分别存储在设计经过多次试验的七个表格中间。首先选择所需查询的动物双歧杆菌种类，其次再通过CodonW和文本编辑器选择编译序列，获取18035个编码序列的所有密码子资料，每个编码序列的所有密码子资料必须齐全，密码子第三位的胸腺嘧啶含量、密码子第三位的胞嘧啶含量、密码子第三位的腺嘌呤含量、密码子第三位的鸟嘌呤含量，密码子适应性索引、密码子偏好性索引、最优密码子频度、密码子有效数量、密码子第三位GC含量、同义密码子频度、氨基酸长度、蛋白质的亲水性和芳香性信息必须包括；通过以上操作用户能够查询所需的信息并在计算机上进行管理操作。本发明提供一种能够利用互联网下载的公共动物双歧杆菌密码子数据库管理系统，是一种高效、方便、全面、合理、体贴的界面友好的数据库管理系统。通过运行电脑中所建立的动物双歧杆菌数据库管理系统，该数据库是表单交互式界面，用户能够通过选择一个编码序列来查询查询相应的密码子资料，数据库包含七种动物双歧杆菌的密码子资料，分别存储在设计经过多次试验的七个表格中间。首先选择所需查询的动物双歧杆菌种类，其次再通过CodonW和文本编辑器选择编译序列，获取18035个编码序列的所有密码子资·料，每个编码序列的所有密码子资料必须齐全，密码子第三位的胸腺嘧啶含量、密码子第三位的胞嘧啶含量、密码子第三位的腺嘌呤含量、密码子第三位的鸟嘌呤含量，密码子适应性索引、密码子偏好性索引、最优密码子频度、密码子有效数量、密码子第三位GC含量、同义密码子频度、氨基酸长度、蛋白质的亲水性和芳香性信息必须包括；通过以上操作用户能够查询所需的信息并在计算机上进行管理操作。此系统为基因预测水平的提高及靶标基因表达水平的增进提供一个坚实的基础，并提供了益生菌动物双歧杆菌的密码子资料，能为探索益生菌的机制提供参考；能够让分子生物学家、遗传学家、分子进化学家、食品与营养学家等相关工作者通过笔记本电脑、手机等工具能够随时随地地查询自己所需的动物双歧杆菌密码子资料；此方案可广泛用于生物医学及食品营养等领域。以上所述仅为本发明的较佳实施例而已，并不用以限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
权利要求
1.一种公共动物双歧杆菌益生菌密码子数据库管理方法，其特征在于，该管理方法包括以下步骤 接收指令，调用公共动物双歧杆菌数据库管理系统； 选择动物双歧杆菌； 通过密码子分析软件CodonW和文本编辑器选择编译序列； 获取18035个编码序列的所有密码子资料。
2.如权利要求I所述的管理方法，其特征在于，公共动物双歧杆菌数据库管理系统建立了七个表格，涵盖了七种全长基因组可用的动物双歧杆菌，所有七个表格是经过多次试验设计的信息内容全面的表格，将编码序列的密码子资料均包含其中，通过整合，形成了数据库，数据库具有基于wi ndows 7系统下的可视化操作界面，用户能够通过选择不同的对象来进入到相应的界面，每个对象严格地链接到对应的表单或表格。
3.如权利要求2所述的管理方法，其特征在于，七种动物分别为IactisAD011,Iactis BB-12，Iactis BLCl, Iactis CNCM 1-2494，Iactis DSM10140，Iactis V9，IactisBl-04o
4.如权利要求I所述的管理方法，其特征在于，编码序列必须包含至少50个密码子，密码子资料之间存在一定关联，具体为密码子第三位的腺嘌呤含量(A3s)，密码子第三位的胸腺嘧啶含量(T3s)，密码子第三位的鸟嘌呤含量(G3s)，密码子第三位的胞嘧啶含量(C3s)，密码子第三位GC含量(GC3s),密码子有效数量(Ne)，氨基酸长度(Laa)和基因坐标(Axis)的关联系数。
5.如权利要求I所述的管理方法，其特征在于，共有18035个编码序列。
全文摘要
本发明公开了一种公共动物双歧杆菌益生菌密码子数据库管理方法，该管理方法包括以下步骤接收指令，调用公共动物双歧杆菌数据库管理系统；选择动物双歧杆菌；通过密码子分析软件CodonW和文本编辑器选择编译序列；获取18035个编码序列的所有密码子资料。本发明克服现有技术的不足，发明了公共动物双歧杆菌密码子数据库管理系统。通过数据库技术和网络，借助密码子分析软件CodonW获取不同动物双歧杆菌的密码子资料，实现对七种动物双歧杆菌的密码子资料进行存档，方便相关工作者查询使用。
文档编号G06F17/30GK102902817SQ20121041112
公开日2013年1月30日 申请日期2012年10月14日 优先权日2012年10月14日
发明者罗超, 贺建华, 陈明 申请人:湖南农业大学东方科技学院