蝶岭、雷公藤甲素并用时的交互作用网络。分别W川 写嗦或来氣米特在一定条件下所影响的基因/蛋白的蛋白质相互作用信息，建立来氣米特 和川写嗦组合药物效应网络；川写嗦或甲氨蝶岭的建立甲氨蝶岭和川写嗦组合药物效应网 络；川写嗦或雷公藤甲素的建立雷公藤甲素和川写嗦组合药物效应网络。W切toscape3. 0 软件进行可视化。
[0076] 2. 4蛋白质相互作用网络间的映射
[0077] 采用切toscape3. 0的Merge工具，分别将来氣米特和川写嗦组合药物效应网络、 甲氨蝶岭和川写嗦组合药物效应网络、雷公藤甲素和川写嗦组合药物效应网络W及相应H 个交互作用网络映射到类风湿性关节炎疾病蛋白质相互作用网络上，建立在治疗类风湿性 关节炎中H个组合药物效应网络和H个交互作用网络，将未映射上的建立H个网络副作用 网络。
[0078] 2. 5网络中也性分析
[0079] 采用节点度作为类风湿性关节炎疾病网络中也性指标。蛋白质相互作用网络是一 种无尺度的幕分布。幕的度分布表示极少的点拥有很高的度，该些点被称为中枢。中枢点 (高连接点）在调控中起着重要作用，点连接得越多越重要，即节点度越高在类风湿性关节 炎中此蛋白越重要。
[0080] 2. 6网络高连接区的分析
[0081] 网络高连接区是指在网络中某区域内部高密度连接而与其他连接稀少。在蛋白质 相互作用网络中，网络高连接区通常是蛋白质复合物或通路的组成，完成一定功能的模块。 采用IPCA算法分析网络中的高连接区，相互作用分值大于2. 0和至少包含4个节点的为显 著性高连接区。
[0082] 2. 7基因本位论的分析
[0083] 基因本位论（GO)是一个广泛用于基因功能分类的系统。为了注释各显著性高连 接区的功能，采用BiNGO计算机工具进行了GO的聚类分析，统计学超几何分布定量（P值） 评价存在于各GO注释中的蛋白质群。
[0084] 2. 8网络中也值的盒形图法和Kernel密度分析
[0085]Kernel密度分析广泛应用于分析空间分布的总体特征。考虑到网络的不完整性和 偶然性，为规避影响，分别将H个映射网络W类风湿性关节炎网络的节点中也值进行密度 分析，显示H种组合药物对类风湿性关节炎影响度。将H个映射网络中模块节点中也值W 盒形图分析，显示H种组合药物的不同药理机制对类风湿性关节炎影响度。
[008引3结果
[0087] 3. 1来氣米特和川写嗦组合药物在治疗类风湿性关节炎中的药效
[008引在治疗类风湿性关节炎时的来氣米特和川写嗦组合药物效应网络（LLRA)中，4个 模块（高连接区，LLRA1，2,3,4)被识别，GO分类进DNA复制，I-ka卵aBkinase/NF-ka卵aB 级联，MAPK信号传递，Notch信号通路（表1)。类风湿性关节炎网络中也值盒形图分析显 示，在来氣米特和川写嗦组合药物的该些机制中，即组合药物总体来讲，DNA复制对类风湿 性关节炎的影响度最大，MAPK信号传递次之，然后依次为I-ka卵aBkinase/NF-ka卵aB级 联和Notch信号通路（图2)。
[0089] 在治疗类风湿性关节炎时的来氣米特和川写嗦交互作用网络（比LRA)中，也有4 个模块被识别，GO分类进I-ka卵aBkinase/NF-ka卵aB级联，DNA复制，细胞循环的调节，信 号转导（表1)。类风湿性关节炎网络中也值统计分析显示，在来氣米特和川写嗦交互作用 部分，即组合后增强或减弱等的交互作用，I-ka卵aBkinase/NF-ka卵aB级联对类风湿性关 节炎的影响度最大，细胞循环的调节次之，然后依次为DNA复制和信号转导（图3)。
[0090] 在治疗类风湿性关节炎时的来氣米特和川写嗦组合副作用网络（化-时中，4个模 块被识别，GO分类进RNA剪切，成纤维细胞生长因子受体信号通路，从RNA聚合酶II启动 子的转录初始，前体代谢物和能量的产生（表2)，提示在该些方面可能有副作用。
[0091] 表1在治疗效应网络中模块的生物学功能注释
[0092]
[0093]
[0096]
[0097] 3. 2甲氨蝶岭和川写嗦组合药物在治疗类风湿性关节炎中的药效
[009引在治疗类风湿性关节炎时的甲氨蝶岭和川写嗦组合药物效应网络（MLRA)中，6个 模块被识别，GO分类分析和类风湿性关节炎网络中也值统计分析显示，对类风湿性关节炎 的影响度依次为细胞有丝分裂循环的G1/S转换、DNA复制、物种有机体间相互作用、涉及细 胞有丝分裂循环的泛素蛋白酶活性调节、MAPK信号通路、I-ka卵aBkinase/NF-ka卵aB级联 的调节（表1，图2)。
[0099] 在治疗类风湿性关节炎时的甲氨蝶岭和川写嗦交互作用网络（IMLRA)中，3个模 块被识别，GO分类分析和类风湿性关节炎网络中也值盒形图分析显示，甲氨蝶岭和川写嗦 交互作用对类风湿性关节炎的影响度依次为物种有机体间相互作用、细胞循环的调节和细 胞有丝分裂循环的G1/S转换（表1，图3)。
[0100] 在治疗类风湿性关节炎时的甲氨蝶岭和川写嗦组合副作用网络（MkR)中，7个模 块被识别，GO分类进RNA剪切、前体代谢物和能量的产生、DNA修复、成纤维细胞生长因子受 体信号通路、凝血、DNA重组、DNA依赖的转录调节（表2)，提示在该些方面可能有副作用。
[0101] 3. 3雷公藤甲素和川写嗦组合药物在治疗类风湿性关节炎中的药效
[0102] 在治疗类风湿性关节炎时的雷公藤甲素和川写嗦组合药物效应网络（TLRA)中，6 个模块被识别，GO分类分析和类风湿性关节炎网络中也值盒形图分析显示，对类风湿性关 节炎的影响度依次为DNA复制、I-ka卵aBkinase/NF-ka卵aB级联的调节、涉及细胞有丝分 裂循环的泛素蛋白酶活性调节、细胞对刺激的反应、细胞循环、MAPK信号通路（表1，图2)。
[0103] 在治疗类风湿性关节炎时的雷公藤甲素和川写嗦交互作用网络（口LRA)中，3个 模块被识别，GO分类分析和类风湿性关节炎网络中也值盒形图分析显示，雷公藤甲素和川 写嗦交互作用对类风湿性关节炎的影响度依次为应激反应、DNA复制和I-ka卵aBkinase/ NF-ka卵aB级联的调节（表1，图3)。
[0104] 在治疗类风湿性关节炎时的雷公藤甲素和川写嗦组合副作用网络（TL-R)中，5个 模块被识别，GO分类进RNA剪切、成纤维细胞生长因子受体信号通路、从RNA聚合酶II启 动子处RNA延伸、蛋白质肥DD修饰、DNA依赖的转录调节（表2)，提示在该些方面可能有副 作用。
[0105] 3. 4在治疗类风湿性关节炎中H个组合药物药效的比较
[0106] Kernel密度分析显示，总体上H个组合药物对类风湿性关节炎的影响度是差不多 的（图4-6)，但机制不尽相同。类风湿性关节炎网络中也值盒形图分析显示，虽然H个组 合药物均涉及DNA复制，但对类风湿性关节炎的影响度从大到小依次为雷公藤甲素和川写 嗦、甲氨蝶岭和川写嗦、来氣米特和川写嗦；在I-ka卵aB kinase/NF-ka卵aB级联上，对类 风湿性关节炎的影响度，来氣米特和川写嗦组合药物明显弱于雷公藤甲素和川写嗦、甲氨 蝶岭和川写嗦两组合药物；在MAPK信号通路上，H者是差不多的；来氣米特和川写嗦组合 药物不涉及涉及细胞有丝分裂循环的泛素蛋白酶活性调节，在此雷公藤甲素和川写嗦、甲 氨蝶岭和川写嗦两