一种实时荧光rt-pcr检测人偏肺病毒的试剂盒及其应用的制作方法
【专利摘要】一种实时荧光RT-PCR检测人偏肺病毒的试剂盒及其应用，属于基因检测领域。本发明的试剂盒灵敏度和特异性非常高。通过本发明试剂盒实现了对痰液、鼻咽拭子等样品中的人偏肺病毒的快速早期检测和定量分析。本发明检测周期短、效率高；检测病毒特异性强，准确率高；病毒定性分析的同时还能定量分析；可检测出的病毒的最低浓度为1.0×102copies/mL，灵敏度比普通PCR和免疫学检测方法高；操作简单、易于推广；实验结果重复性好。
【专利说明】—种实时荧光RT-PCR检测人偏肺病毒的试剂盒及其应用
【技术领域】
[0001]本发明属于基因检测领域，涉及一种实时荧光RT-PCR检测人偏肺病毒的试剂盒及其应用。本发明的试剂盒中包含有筛选获得的一对寡核苷酸引物和一条寡核苷酸探针，本发明试剂盒具有早期、快速、灵敏、特异的特点，还可用于人偏肺病毒的定量分析。
【背景技术】
[0002]人偏肺病毒(human metapneumovirus,hMPV)是新近发现的一种呼吸道致病病毒，2001年首次在荷兰一婴儿的鼻咽部抽吸物中被分离得到，根据它的形态学、生物化学以及基因学特点，hMPV 一开始被分类为禽偏肺病毒，禽偏肺病毒可以引起火鸡和其他鸟类的上呼吸道感染，现在普遍认为hMPV属于肺病毒亚科的副黏病毒。
[0003]hMPV是一个有包膜的大约13 kb单股负链RNA病毒，序列与禽偏肺病毒相似，hMPV基因3’?5’的序列为N-P-MF-M2-SH-G-L。M基因mRNA编码两个重叠的开放性阅读框M2-1和M2-2,与人合胞病毒(respiratorysyncytial virus, RSV) 一样。hMPV的传播途径是通过呼吸道飞沫、或者手一口、手一眼接触污染的物体表面传播。全世界各国的感染率变化范围很大，在1.5%?41%之间，hMPV初次·感染一般发生在小于2岁的儿童，尤其是小于12个月的幼儿为主。对于大龄儿童和成人来说，感染人群主要是免疫抑制剂使用者和器官移植者，或者有慢性肺部疾病的患者。hMPV感染被认为是器官移植者的主要致病因子。
[0004]hMPV感染可以引起上呼吸道或者下呼吸道感染，呈现比较典型的副黏病毒感染症状，主要表现为咳嗽、咳痰、喘息、气促、流涕以及发热、肌痛、头痛、乏力等全身症状，部分可出现低氧血症，但是感染症状不特异，单独从症状无法与其他呼吸道病毒感染相区别。hMPV感染在成人中引起流感样疾病，在老人中更多表现为呼吸困难和喘息，有心肺基础性疾病的老年患者发病率更要高出一倍，而且身体比较虚弱的患者可以导致严重的疾病，如肺炎、呼吸衰竭等。
[0005]常用的检测人偏肺病毒感染的方法主要有四种:
[0006](I)组织培养病毒分离:从鼻咽分泌物及咽拭子中分离病毒接种于原代人胚肾细胞、人胚肺成纤维细胞或猴肾细胞及HeLa细胞等，经培养2?3d后用中和抗体做中和试验和空斑形成试验，进行特异的血清型鉴定。
[0007](2)血清学检测:包括补体结合试验、血凝抑制试验、间接免疫荧光及酶联免疫试验等，但由于缺乏合适的交叉反应抗原以覆盖众多hMPV血清型，使得这些方法的应用受到很大限制。
[0008](3)分子生物学检测:近来RT-PCR的方法已广泛用于hMPV的检测，其对hMPV检测较组织培养更敏感更快捷。
[0009](4)荧光定量PCR技术(FQ-PCR)是近年来发展起来的一种快速直接的核酸的检测技术。荧光定量PCR技术是在普通PCR的基础上发展起来的实时核算定量检测技术，是指在PCR反应体系中加入荧光基因，利用荧光信号累积实时监测整个PCR进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。一步法实时荧光RT-PCR技术是实时荧光定量PCR技术的一种也称为逆转录实时PCR，这是一种直接快速检测RNA的方法，它与荧光定量PCR技术的不同之处是多加了逆转录酶，同时多加了一个逆转录反应的步骤。实时荧光定量PCR法最大的优点是克服了终点PCR法进入平台期或叫饱和期后定量的较大误差，实现DNA/RNA的精确定量。该技术不仅实现了对DNA/RNA模板的定量，而且具有灵敏度和特异性高、能实现多重反应、自动化程度高、无污染、实时和准确等特点，该技术在医学临床检验及临床医学研究方面有着重要的意义。
【发明内容】
[0010]本发明的目的是提供一种荧光实时RT-PCR检测试剂盒，特别是涉及以一步法实时荧光逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术早期、快速、灵敏、特异诊断人偏肺病毒感染的试剂盒。
[0011]本试剂盒检测的基本原理是利用一对特异性的寡核苷酸引物和一条特异性寡聚核苷酸探针，在逆转录酶、耐热DNA聚合酶、高品质的脱氧核糖核苷三磷酸(dNTPs)、RNA酶抑制剂以及Mg2+等RT-PCR反应缓冲液，通过荧光PCR扩增仪实现靶核苷酸的扩增，从而实现分别快速、高效、特异、实时定量检测人偏肺病毒寡核苷酸的目的。
[0012]为了高效、特异、灵敏的检测出人偏肺病毒，本发明在对GeneBank中所有的现有的人偏肺病毒基因序列进行生物信息学分析，找出了人偏肺病毒的特异性保守区，并对这个保守区域设计了多对引物、探针。通过对人偏肺病毒标准株的检测，筛选出灵敏度高、特异性好、且针对人偏肺病毒的一对引物(用于扩增人偏肺病毒靶多核苷酸)和一条探针，即:能与双链靶多核苷酸的第一条链特异性结合的寡核苷酸正向引物hMPV-F、能与双链靶多核苷酸的第二条链特异性结合的寡核苷酸反向引物hMPV-R、能与靶多核苷酸特异性结合并且两末端分别结合有突光报告集团和突光粹灭集团的寡核苷酸探针hMPV-P,其中突光报告基团任选自FAM、TET、JOE、HEX、VIC ;荧光猝灭基团任选自:TAMRA、DABCYL, BHQ。
[0013]其中:正向引物hMPV-F. 的序列为:5' -ATGCGCAGGACTAAAGCTAT-3' (SEQ ID NO:I);反向引物 hMPV-R 的序列为:5' -GTCCATTGGCTAATCGGTTC-3 ' (SEQ ID NO:2);寡核苷酸探针 hMPV-P 的序列为:5' -TGCATTGGACTGTACTCGATGT-3' (SEQ ID NO:3)，优选的，该寡核苷酸探针5’端连接有FAM(5’羧基荧光素)，3’端连接有TAMRA(N，N，N’，N’ -四甲基-6-羧基罗丹明)。
[0014]本发明提供了一种用于检测人偏肺病毒的寡核苷酸组合物，所述组合物包含
I)-4)中任一个:
[0015]I)寡核苷酸正向引物hMPV-F ;2)寡核苷酸反向引物hMPV-R ;3)寡核苷酸探针hMPV-P ；4) I)-3)中一个或多个序列的组合，或包含有上述序列的向5’端和/或3’端延长的序列；或与上述序列同源性大于85%的序列；或上述序列的碱基互补序列；或使用上述所有序列中的任意一种或一种以上的组合。本发明还提供了上述寡核苷酸组合物在制备检测人偏肺病毒的试剂中的应用，其中所述试剂为用于实时荧光PCR的试剂。
[0016]本发明的目的之一是提供一种人偏肺病毒的实时荧光PCR检测试剂盒，该试剂盒包含I)?4)中任一个:I)能与人偏肺病毒双链靶多核苷酸的第一条链特异性结合的寡核苷酸正向引物hMPV-F ；2)能与人偏肺病毒双链靶多核苷酸的第二条链特异性结合的寡核苷酸反向引物hMPV-R ；3)能与人偏肺病毒靶多核苷酸特异性结合并且两末端分别结合有荧光报告集团和荧光猝灭集团的寡核苷酸探针hMPV-P ;4) I)?3)中一个或多个序列的组合，或包含有上述序列的向5’端和/或3’端延长的序列；或与上述序列同源性大于85%的序列；或上述序列的碱基互补序列；或使用上述所有序列中的任意一种或一种以上的组
入
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[0017]本发明的目的之一是提供一种人偏肺病毒的实时荧光PCR检测试剂盒，该试剂盒包括:RNA提取液、RT-PCR扩增反应液，阴性质控品，阳性质控品，人偏肺病毒阳性标准品等。其中，所述的RT-PCR扩增反应液还包括DNA聚合酶、逆转录酶、RNA酶抑制剂、dNTPs和PCR buffer ;所述RT-PCR扩增反应液还包含有能与双链靶多核苷酸的第一条链特异性结合的寡核苷酸正向引物hMPV-F、能与双链靶多核苷酸的第二条链特异性结合的寡核苷酸反向引物hMPV-R、能与靶多核苷酸特异性结合并且两末端分别结合有荧光报告集团和荧光猝灭集团的寡核苷酸探针hMPV-P中任意一种或一种以上的组合。
[0018]其中:所述正向引物hMPV-F 的序列为:5 ' -ATGCGCAGGACTAAAGCTAT-3 ' (SEQID NO:1);所述反向引物 hMPV-R 的序列为:5 ' -GTCCATTGGCTAATCGGTTC-3 ' (SEQ IDNO: 2 );所述寡核苷酸探针 hMPV-P 的序列为:5 ' -TGCATTGGACTGTACTCGATGT-3 ' (SEQID NO:3)，优选的，该寡核苷酸探针5’端连接有FAM(5’羧基荧光素)，3’端连接有TAMRA(N, N，N’，N’ -四甲基-6-羧基罗丹明);或包含有上述序列的向5’端和/或3’端延长的序列；或与上述序列同源性大于85%的序列；或上述序列的碱基互补序列；或使用上述所有序列中的任意一种或一种以上的组合。
[0019]本发明所提供的试剂盒还包含:(I)分别装有RNA提取液、RT-PCR扩增反应液，阴性质控品，阳性质控品，人偏肺病毒阳性标准品的加盖密封的多个试剂瓶或管，和(2)分隔并集中包装这些试剂瓶或管的包装盒。
[0020]根据本发明的一个优选实施方法是:所述的试剂盒中，正向引物浓度为
0.5-lumol/L、反向引物的浓度为0.5-lumol/L、寡核苷酸探针的浓度为0.25-0.5umol/L ；优选为:正向引物浓度为lumol/L、反向引物的浓度为lumol/L、寡核苷酸探针的浓度为
0.5umol/L。
[0021]根据本发明的一个优选实施方法是:所述的试剂盒中，Taq DNA聚合酶的浓度为1-8U/反应；优选为:Taq DNA聚合酶的浓度为5U/反应。
[0022]根据本发明的另一个优选实施方案，其中用于RT-PCR扩增反应液中Mg2+最佳浓度为2.0mmol/L、Taq DNA聚合酶最佳用量为5U/反应、RT酶最佳用量为100U/反应、RNasin最佳用量为20U/反应、高品质的脱氧核糖核苷三磷酸(dNTPs)最佳浓度为0.2mmol/L。
[0023]本发明所提供的检测样品中人人偏肺病毒的试剂盒可以检测出的hMPV的最低浓度为1.0X102COpieS/mL，说明本试剂盒具有非常好的灵敏度。
[0024]根据本发明的另一个优选实施方案是,逆转录条件为:37°C 60min,94°C 5min ；PCR 反应条件为 94°C 5min ；94°C 10s,60°C 30s, 72°C Is 共 30 个循环。
[0025]根据本发明的另一个优选实施方案，其中阴性质控品为生理盐水。
[0026]根据本发明的另一个优 选实施方案，其中阳性质控品为hMPV体外转录RNA。其中，建立hMPV体外转录RNA的技术路线如下:使用hMPV特异性正、反向引物定性扩增病毒核酸，扩增产物纯化后克隆入PGEM-T载体中，阳性克隆经测序确定目的片段是否正确插入并确定插入方向。提取重组质粒pGEM-T-hMPV质粒进行酶切反应，割胶回收后得到其模板，用于体外转录。体外转录后消化DNA模板，进行RNA纯化，得到hMPV-RNA。其中阳性质控品的浓度为 103copies/ml。
[0027]根据本发明的另一个优选实施方案，本发明试剂盒中定量参考品为104-107copies/ml hMPV体外转录RNA。其中体外转录步骤同上,体外转录后的RNA用紫外分光光度计测定A260进行定量，根据定量结果，用DEPC处理水将体外转录的hMPV RNA分别稀释至104-107COpieS/ml作为本试剂盒中定量参考品。所有定量参考品与标本中提取中提取的RNA同时进行扩增，荧光定量PCR仪会根据定量参考品绘制出标准曲线，并依此对检测标本中人偏肺病毒的感染量进行自动测定。
[0028]根据本发明的一个优选实施方法是:使用所述的试剂盒时，检测样本选自痰液、鼻咽拭子、含痰液或鼻咽拭子的抽提液或培养上清液。
[0029]本发明所提供的检测样品中人偏肺病毒的试剂盒是针对人偏肺病毒基因组保守基因片段设计特异引物和探针，可检测出人偏肺病毒，但不能检测出非人偏肺病毒病原体，如流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒等，说明本试剂盒具有很好的特异性。
[0030]本发明所提供的检测样品中人偏肺病毒的试剂盒可以检测痰液、鼻咽拭子等样本中的人偏肺病毒；可为灵敏、快速、特异早期诊断人偏肺病毒感染提供可靠的实验证据，并且能够准确定量，所以可对疗效进行有效检测。
[0031]本发明与现有技·术相比，具有以下优点:(1)同时检测待检测样本中人偏肺病毒感染量，可真实的反映出患者体内病原体类型、拷贝数的高低和复制情况，有助于判断疾病，选择治疗方案及监测治疗效果；(2)与ELISA技术相比，具有更高的灵敏性，适用于痰液、鼻咽拭子等多种样本的检测；(3)针对病毒特异性保守序列设计引物和探针，具有更高的特异性，避免了与其他如流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒等呼吸道感染病毒的交叉反应；(4)将PCR的敏感性与探针杂交的特异性相结合，在很大程度上改变了普通PCR的缺陷，降低了反应时间，简化了操作步骤；(5)闭管检测不需要PCR后处理，避免了由于样本间的交叉污染引起的假阳性和环境污染；实时的检测技术可以连续的检测PCR反应中荧光信号的变化，避免了普通PCR的“平台期效应”，而且模板的定量不通过终产物，而是有Ct值计算，准确性和灵敏性均有很大的提高。
【专利附图】
【附图说明】
[0032]图1是hMPV病毒标准品扩增曲线；
[0033]图2是hMPV病毒标准品浓度标准曲线；
[0034]图3是4例hMPV阳性标本扩增曲线。
【具体实施方式】
[0035]以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次或以上重复实验，结果取平均值。
[0036]实施例1:人偏肺病毒一步法实时荧光定量PCR试剂的研制
[0037]1、引物和探针的设计:通过对Genebank数据库中已有的人偏肺病毒核酸序列利用DNAman软件进行序列比对分析，以人偏肺病毒基因组开放阅读框M2-1和M2-2连接区的保守片段为扩增靶位点，根据引物探针设计的基本原则，利用软件人工设计多对引物和探针。
[0038]2、样本的选择:根据国内外相关的文献报道表明，可以选择痰液、鼻咽拭子等样
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[0039]3、反应体系的建立与优化
[0040]样本的准备:以病毒鉴定为人偏肺病毒阳性的10份样品作为hMPV阳性参考品，分别为 hMPV-1、hMPV-2、hMPV-3、hMPV-4、hMPV-5、hMPV-6、hMPV-7、hMPV-8、hMPV-9、hMPV-10 ；以病毒鉴定为阴性的10份非hMPV样本为阴性参考品，分别为3种病毒样品(流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒)以及7份正常的痰液、鼻咽拭子样品。分别提取上述阳性参考品和阴性参考品的RNA，待用。
[0041]引物探针的筛选:用上述I中设计的多组引物和针分别检测上述的阳性参考品与阴性参考品的RNA，经反复多次试验，筛选出特异性好、灵敏度高和重复性好的最佳引物探针组合。
[0042]引物探针浓度的优化:在反应体系中其他反应组分不变的条件下，分别使用
0.5umol/L至lumol/L的浓度梯度的引物和0.25umol/L至0.5umol/L的浓度梯度的探针进行PCR反应，经反复多次重复试验，最终确定最佳的引物浓度为lumol/L、探针浓度为
0.5umol/L。
[0043]Taq DNA聚合酶用量的优化:在反应体系中其他反应组分不变的情况下，分别使用从IU (酶单位)至8U浓度梯度的酶用量/反应，进行RT-PCR反应，经多次重复试验，最终确定最佳的Taq酶用量为5U/反应。
[0044]RT酶用量的优化:在反应体系中其他反应组分不变的情况下，分别使用从50U(酶单位)至400U浓度梯度的酶用量/反应，进行RT-PCR反应，经多次重复试验，最终确定最佳的RT酶用量为100U/反应。
[0045]RNasin用量的优化:在反应体系中其他反应组分不变的情况下，分别使用从5U (酶单位)至40U浓度梯度的酶用量/反应，进行RT-PCR反应，经多次重复试验，最终确定最佳的RNasin用量为20U/反应。
[0046]dNTPs度的优化:在反应体系中其他反应组分不变的情况下，分别使用从0.lmmol/L至0.25mmol/L浓度梯度的dNTPs用量/反应，进行RT-PCR反应，经多次重复试验，最终确定最佳的dNTPs浓度为0.2mmol/Lo
[0047]反应温度、时间的优化:根据酶的活性和寡多核苷酸的长度，主要对退火温度和延伸时间进行了优化，经多次重复试验，最终确定最佳的反应温度和时间为:37°C 60min,94°C 5min ;PCR 反应条件为 94°C 5min ；94°C 10s,60°C 30s, 72°C Is 共 30 个循环。
[0048]4.标本检测:以痰液、鼻咽拭子等为作为待检标本，分别提取标本的RNA后，经上述优化建立的核酸扩增体系检测，结果表明:本发明试剂盒可以灵敏的检测出临床标本中的人偏肺病毒(hMPV)。
[0049]实施例2:人偏肺病毒一步法荧光实时定量RT-PCR检测试剂盒及其使用
`[0050]1、制备包括下列组分成分的试剂盒:RNA提取液、RT-PCR扩增反应液、阴性质控品、阳性质控品、定量参考品、DEPC处理水。[0051]2.标本的采集、运输及保存
[0052]2.1适用标本类型:痰液、鼻咽拭子等。
[0053]2.2标本采集与前处理(注意无菌操作)
[0054]2.2.1痰液标本采集:以晨痰为佳，采集标本前应用清水、冷开水漱口或用牙刷(不用牙膏)清洁口腔和牙齿，有假牙者应取下假牙(为减少口腔正常菌群污染标本)，用力咳出呼吸道深部的痰(非后鼻部分泌物、非唾液)，痰液直接吐入无菌痰杯中，标本量应> Iml0对于痰量少或无痰或咳痰困难者可用雾化吸入加温至45°C的10%NaCl水溶液(痰液粘稠难咳，阻塞气道的，需要用α-糜蛋白酶盐水溶液)，使痰液易于排出后咳痰。
[0055]2.2.2鼻咽拭子标本采集:咽拭子:将咽拭子在采样液中充分浸润，向上提起离开液面，在管壁上反复挤压几下；让病人头部微仰，嘴张大，并发“啊”音，露出两侧咽扁桃体，手持拭子在病人两侧咽扁桃体稍微用力来回擦拭至少3次，然后再在咽后壁上下擦拭至少3次；将拭子头浸入采样液中，把拭子头部与管壁接触几下，使标本尽量多的保存在采样液中，弃去拭子手捏尾部部分。
[0056]将咽拭子在采样液中充分浸润，向上提起离开液面，在管壁上反复挤压几下；让病人头部自然放松，将拭子贴鼻孔壁慢慢转动进入病人一鼻孔内，至鼻腭处，然后边擦拭边旋转慢慢取出。以同一拭子，用同样的方法擦拭另一鼻孔；将鼻拭子放入已收集咽拭子的采样管中，方法同步骤上，这样，一支采样管中就有一支咽拭子、一支鼻拭子，即所谓的鼻咽拭子管。
[0057]2.3标本运输与保存:采集或处理的样本在4°C条件下保存应不超过48h ;若需长期保存，须放置_80°C低温冰箱，但应避免反复冻融(最多冻融3次)。采集的样本密封后，采用保温箱加冰密封，并尽快运送到实验室。
.[0058]3检测步骤
[0059]( I) RNA 提取
[0060]A.取N个(N=I管阴性质控品+待测样本数)灭菌的1.5ml离心管，并作好标记。
[0061]B.每个离心管加入600ulTrizol试剂，然后分别加入200ul待测样品上清液或阴性质控品，充分震荡混匀15s，室温静置3?5min ；
[0062]C.每个离心管加入200ul氯仿,上下震荡混勻10s, 12, OOOrpm离心5min ；
[0063]D.小心吸取无色上层液体，转移至新灭菌的1.5ml离心管，然后加入IOuIRNA提取液，充分吸打混匀，8，OOOrpm离心I分钟，然后小心弃去所有液体；
[0064]E.加入溶液C (确认已经加入无水乙醇)800ul，充分吸打混匀，8，000rpm离心Imin,尽可能将液体去除干净；
[0065]F.将离心管的盖子打开并放入通风橱中风干15min，也可使用加热器于60°C干燥5min,(主要去除无水乙醇)，然后加入30ulDEPC处理水，吸打混匀管中沉淀，得到液体，可直接用于检测，也可存于-80°C备用。
[0066](2) RT-PCR反应与结果分析、判定
[0067]分别取阴性质控品、阳性质控品、定量参考品、待测标本各3ul，加入PCR反应管中进行RT-PCR扩增反应。RT-PCR扩增反应的条件为:37°C逆转录60min ；94°C 5min ；PCR反应条件为 94°C 5min ;94°C 10s,60°C 30s,72°C Is 共 30 个循环。
[0068]结果分析:据定量参考品的扩增曲线设置Baseline的Start值、Stop值以及Threshold的Value值，使Std curve窗口下的标准曲线图达到最佳，即correlation数值介于-1.0?-0.97。最后在Analysis菜单中选择Analyze自动分析结果。
[0069]结果判定:阳性样本扩增曲线呈S型，所有阴性样本无扩增曲线出现，待测标本的hMPV检测结果有效，否则，结果为无效，需要重新检测，并根据标准品进行阳性样本定量检测，结果如图1/2。
[0070]实施例3:人偏肺病毒一步法荧光实时定量RT-PCR检测试剂盒临床检测使用
[0071]用上述方法对另外疑似人偏肺病毒感染病人痰液标本18份进行检测，其中hMPV检测结果阳性4例，病毒荧光定量PCR扩增曲线见图3，根据这4例阳性结果的Ct值结合扩增曲线，由Roche LightCycler480分析软件自动分析得到这4例hMPV阳性标本的病毒浓度，具体结果见表I。
[0072]表I 4例hMPV阳性标本病毒浓度
【权利要求】
1.一种人偏肺病毒的RT-PCR检测试剂盒，该试剂盒包括:RNA提取试剂，RT-PCR扩增反应液，阴性质控品，阳性质控品，人偏肺病毒阳性标准品。
2.权利要求1所述的试剂盒，其中，所述的RT-PCR扩增反应液包含有能与双链靶多核苷酸的第一条链特异性结合的正向弓I物hMPV-F、能与双链靶多核苷酸的第二条链特异性结合的反向引物hMPV-R、能与靶多核苷酸特异性结合并且两末端分别结合有荧光报告集团和荧光猝灭集团的寡核苷酸探针hMPV-P中任意一种或一种以上的组合。
3.权利要求2所述的试剂盒，其中: 所述正向引物 hMPV-F 的序列为:5' -ATGCGCAGGACTAAAGCTAT-3'； 所述反向引物 hMPV-R 的序列为:5' -GTCCATTGGCTAATCGGTTC-3'； 所述寡核苷酸探针hMPV-P的序列为:5' -TGCATTGGACTGTACTCGATGT-3'； 或包含有上述序列的向5’端和/或3’端延长的序列；或与上述序列同源性大于85%的序列；或上述序列的碱基互补序列；或使用上述所有序列中的任意一种或一种以上的组口 ο
4.权利要求1-3任一所述的试剂盒，其中，所述的RT-PCR扩增反应液还包括DNA聚合酶、逆转录酶、RNA酶抑制剂、dNTPs和PCR buffer ;其中，DNA聚合酶为Taq DNA聚合酶，其最佳浓度为5U/反应；逆转录酶的最佳浓度为IOOU/反应；RNA酶抑制剂的最佳浓度为20U/反应，dNTPs的最佳浓度为0.2mmol/L/反应。
5.根据权利要求2-4任一所述的试剂盒，其中，正向引物和反向引物的最佳浓度为lumol/L,寡核苷酸探针的最佳浓度为0.5umol/Lo
6.根据权利要求1-9任一所述的试剂盒，其中，所述试剂盒的最佳反应条件为:37°C60min，94°C 5min ;PCR 反应条件为 94°C 5min ；94°C 10s, 60°C 30s, 72°C ls，共 30 个循环。
7.根据权利要求1-6任一所述的试剂盒，其特征还在于:检测样本选自痰液、鼻咽拭子、含痰液或鼻咽拭子的抽提液或培养上清液。
8.一种用于检测人偏肺病毒的寡核苷酸组合物，所述组合物包含1)-4)中任一个: 1)正向引物hMPV-F，其序列为:5' -ATGCGCAGGACTAAAGCTAT-3'； 2)反向引物hMPV-R，其序列为:5' -GTCCATTGGCTAATCGGTTC-3'； 3)寡核苷酸探针hMPV-P，其序列为:5' -TGCATTGGACTGTACTCGATGT-3'； 4)I)-3)中一个或多个序列的组合，或包含有上述序列的向5’端和/或3’端延长的序列；或与上述序列同源性大于85%的序列；或上述序列的碱基互补序列；或使用上述所有序列中的任意一种或一种以上的组合。
9.权利要求8所述的寡核苷酸组合物在制备检测人偏肺病毒的试剂中的应用。
10.权利要求9所述的应用，其中所述试剂为用于RT-PCR的试剂。
【文档编号】C12Q1/68GK103436639SQ201310393831
【公开日】2013年12月11日 申请日期:2013年9月2日 优先权日:2013年9月2日
【发明者】石康, 江城名, 朱世新 申请人:湖北朗德医疗科技有限公司