能够感染犬科动物的流感病毒及其用途

能够感染犬科动物的流感病毒及其用途
【专利摘要】本发明涉及分离的流感病毒，其能够感染犬科动物和在犬科动物中引起呼吸系统疾病。本发明还涉及用于诱导针对本发明的流感病毒的免疫应答的组合物和方法。本发明还涉及用于鉴定本发明的病毒和诊断本发明病毒对动物的感染的组合物和方法。
【专利说明】能够感染犬科动物的流感病毒及其用途
[0001]本申请是申请日为2006年10月19日、发明名称为“能够感染犬科动物的流感病毒及其用途”的中国专利申请200680041958.9(国际申请号PCT/US2006/041061)的分案申请。
[0002]相关申请的参考
[0003]本申请是2006年4月21日提交的申请美国序列号11/409,416的部分继续申请；并且本申请要求2005年10月19日提交的美国序列号60/728，449 ；2005年12月29日提交的美国序列号60/754，881; 2006年I月14日提交的美国序列号60/759，162; 2006年I月23日提交的美国序列号60/761，451;和2006年3月3日提交的美国序列号60/779，080的优先权，将它们的公开都完整(包括发明简述、详述、实施例、权利要求、摘要、附图、表、核酸序列、氨基酸序列和图)引入本文作为参考。
[0004]发明背景
[0005]“狗舍咳嗽”或者感染性气管支气管炎(ITB)是狗中的急性、传染性呼吸系统感染，其特征主要是咳嗽(Ford et al, 1998)。犬ITB被认为是世界上狗的最普遍的感染性呼吸系统疾病，并且当狗在高密度群体环境如狗舍中居住时，爆发可以达到流行性比例。多数爆发是由于直接的狗一狗接触或者呼吸系统分泌物的气雾化(Ford et al, 1998)。临床病征由细菌和病毒的一种或者组合感染引起，所述细菌和病毒可以在上呼吸道和下呼吸道的上皮组织中建群。犬科动物副流感病毒(CPiV)和支气管博德特氏菌(Bordetellabronchiseptica)细菌是从受侵袭的狗分离的最常见的生物，但是几种其他病毒，如犬科动物瘟热病毒(CDV)和犬科动物腺病毒一 I和一 2(CAV-1，CAV-2)，以及细菌如链球菌(Streptococcus sp.)、Pasteurella multicoda 和大肠杆菌(Escherichiacoli)可以影响临床过程和结果(Ford et al, 1998)。尽管在高密度群体中爆发最有效和快速发生，具有高的发病率，但是 并发的呼吸系统感染和死亡是不常见的。尽管可以发生威胁生命的继发性细菌性肺炎，但是多数ITB病例是自身限制性的并且在没有任何治疗下消退(Ford etal, 1998)ο
[0006]在1992年7月，推测为“狗舍咳嗽”的呼吸系统感染在新英格兰(New England)、佛罗里达(Florida)、西弗吉尼亚(West Virginia)、威斯康辛(Wisconsin)、堪萨斯(Kansas)、
科罗拉多(Colorado)、俄克拉荷马(Oklahoma)和亚利桑那州(Arizona)的几个灵‘提.赛场(greyhound track)变得流行。从兽医了解到，多数受侵袭的狗具有后来消退的轻
微咳嗽，但是一打以上的灵.襄.患上了急性出血性肺炎，接着快速死亡(Greyhound Daily
News, 1999)。
[0007]在1998年下半年到1999年上半年,在美国的竞赛灵提i句舍中发生了几次“狗
舍咳嗽”爆发，导致强制关闭赛场和隔离美国的所有竞赛灵.ft数周(GreyhoundDailyNews, 1999)。在佛罗里达的一个赛场(Palm Beach Kennel Club),在一天中几乎40%的狗群体中记录到咳嗽(来自William Duggar博士的个人交流)。类似于1992年的爆发,该咳嗽在多数灵員中消退，但是佛罗里达的10只狗死于“狗舍咳嗽”非特征性的出血性肺炎综合征(Putnam, 1999)。
[0008]在2003年3月一 4月，在美国东部的灵提赛场发生“狗舍咳嗽”的另一次爆发。
认为该爆发在佛罗里达的四个赛场开始，并且因此几乎三周中止比赛和狗的隔离。在WestPalm Beach的赛场几乎25%的狗受到侵袭,而St.Petersburg的Derby Lane中1400条狗几乎50%发生咳嗽。再一次，多数狗恢复，但是一些狗死于呼吸系统感染。仅在Derby Lane的呼吸爆发的估计的经济影响为2百万美元。
[0009]没有公开的报导记载在1992、1998-1999或2003年在竞赛灵觀《狗舍中“狗舍咳
嗽”流行的病因或者临床病理。假定该感染是由于CPiV和/或支气管博德特氏菌:狗舍咳嗽的两种最常见的病因。未证实的交流，如网站已经将在一些咳嗽的狗中报导的致命的出血性肺炎规因于β —溶血性马链球菌兽痕亚种(Streptococcus equi subspecieszooepidemicus),并且将该综合征称作“犬链球菌中毒性休克”。
[0010]病毒从一个宿主物种传染到另一个是流感病毒的生态学和流行病学的关键特征(Webster, 1998)。流感病毒的物种间传染的两个基本机制是可能的(Websteretal.，1992;Lipatov et al.，2004)。一种是基本上未变的病毒从一个物种直接转移到另一个物种。该机制的实例包括最近的家禽流感病毒的H5N1亚型对人的感染(Subbarao etal., 1998; Peiris et al., 2004; Guan et al., 2004)和可能地 1918 年的大流行,称作西班牙流感(Reid et al.，2004)。第二种机制是流感病毒基因组的区段化性质的结果。用来自不同物种的病毒共感染宿主 可以导致区段化病毒基因的重排列，和产生能够感染其他物种的重组体。例如，鸟类和人流感病毒之间基因重排列产生的新的病毒在1957和1968年导致人类流感大流行(Webster et al., 1992; Lipatov et al., 2004; Kawaoka et al., 1989)。
[0011]未改变的流感病毒从自然宿主物种向不同物种的多数直接传播是最终事件，因为在新物种的个体之间的持续传播不能发生。多种病毒一宿主相互作用是复制和水平传播所必须的并且为流感病毒在新的宿主中的永续性提供了强大的屏障(Webby et al.，2004)。因此，流感病毒的新的宿主特异性谱系的建立是不常见的并且仅仅在驯养的家禽、猪、马和人类中发生(Webster et al., 1992; Lipatov et al., 2004)。
[0012]因为流感病毒感染的严重性质，所以仍然需要诊断、预防和治疗流感病毒感染的方法。
[0013]发明概述
[0014]本发明涉及分离的流感病毒，其能够感染犬科动物和在犬科动物中引起呼吸系统疾病。本发明还涉及用于诱导针对本发明的流感病毒的免疫应答的组合物和方法。本发明还涉及用于鉴定本发明的病毒和诊断本发明的病毒对动物的感染的组合物和方法。
[0015]本发明的一方面涉及保护犬科动物免于犬科动物流感的疫苗和方法、包含此类疫苗的药盒，和使用此类疫苗的方法。该保护包括防止流感和/或其一种或多种(通常两种或多种)症状、减轻其危险、延迟其发作、减少其扩散、将其减轻、抑制和/或消除。认为本发明的疫苗、药盒和方法一般适用于犬科动物。犬科动物包括野生的、动物园的和驯养的犬科动物，包括狼、郊狼和狐狸。犬科动物还包括狗，尤其驯养的狗，如纯种和/或杂种陪伴狗、表演狗、役用狗、放牧狗、猎狗、守卫狗、警犬、赛犬和/或实验用狗。[0016]本发明还部分涉及保护犬科动物免于流感病毒感染(例如，预防、减轻危险、延迟发作、抑制、减轻或消除流感病毒感染)的方法。该方法包括施用治疗有效量的疫苗，其包含至少一种马流感病毒抗原、至少一种H3流感病毒抗原，和/或至少一种H7流感病毒抗原。
[0017]本发明还部分涉及保护犬科动物免于犬科动物流感病毒引起的呼吸系统损伤(例如，预防、减轻危险、延迟发作、抑制、减轻或消除呼吸系统损伤)的方法。该方法包括对犬科动物施用治疗有效量的疫苗，其包含至少一种马流感病毒抗原、至少一种H3流感病毒抗原，和/或至少一种H7流感病毒抗原。
[0018]本发明还部分涉及保护犬科动物免于犬科动物流感病毒感染引起的在鼻或口分泌物中具有犬科动物流感病毒(例如，预防、减轻危险、延迟发作、抑制、减轻或消除鼻或口分泌物中的犬科动物流感病毒)的方法。该方法包括对犬科动物施用治疗有效量的疫苗，其包含至少一种马流感病毒抗原、至少一种H3流感病毒抗原，和/或至少一种H7流感病毒抗原。
[0019]本发明还部分涉及犬科动物流感疫苗。在一些实施方案中，例如，该疫苗包含治疗有效量的至少一种马流感病毒抗原、至少一种H3流感病毒抗原，和/或至少一种H7流感病毒抗原。
[0020]本发明还部分涉及用于保护犬科动物免于流感病毒感染的药盒。该药盒包含治疗有效量的疫苗，该疫苗包含至少一种马流感病毒抗原、至少一种H3流感病毒抗原，和/或至少一种H7流感病毒抗原。此外，所述药盒包含至少一种下面的:
[0021]用于对犬科动物施用所述疫苗的装置，
[0022]可药用赋形剂，其帮助将疫苗施用于犬科动物，
[0023]可药用赋形剂，其增强犬科动物对所述疫苗的免疫应答，
[0024]将被犬科动物与疫苗同时消费的食物，和/或
[0025]将被犬科动物与疫苗同时消费的饮食(treat)。
[0026] 申请人:的本发明的其他优点将在阅读该说明书后对本领域技术人员是显而易见的。
[0027]附图简述
[0028]图1A-1B显示了血凝素基因之间的系统发生关系。图1A显示了来自代表性犬、人、鸟类、猪和马分离群，包括作为外类群的A/Budgerigar/Hokkaido/1/77 (H4)的HA基因树。图1B显示了使用A/Duck/Ukraine/63 (H3)作为外类群，犬流感病毒HA基因与同一时期的和较老的马HA基因的树。通过近邻连接方法从核苷酸序列推论出系统树并且显示了 >90%的自展分析值。条形表示核苷酸改变数目/水平树枝的单位长度。
[0029]图2A — 2B显示了在肺中流感H3抗原的免疫组织化学检测。用针对HA血凝素的小鼠单克隆抗体检测肺组织切片并通过免疫过氧化物酶反应检测结合(褐色沉淀)。图2A
显示了来自具有自发疾病的灵.提1的支气管上皮。检测支气管上皮细胞细胞质和呼吸道腔和肺泡腔中巨噬细胞中的病毒Η3抗原。图2Β显示了用A/canine/Florida/43/2004(H3N8)接种后5天，来自狗的支气管上皮。在支气管上皮细胞细胞质中检测到病毒H3抗原。比例尺，66 μ mD
[0030]图3显示了在死于与流感病毒感染有关的出血性肺炎的灵支气管中特征性组织学改变。对组织用H&E染色。上图:具有纤毛上皮细胞、粘液细胞和基细胞的正常支气管。下图:来自患有自发性流感的灵.ft的支气管。支气管纤毛上皮细胞有坏死和糜烂。比例尺，100 μ m。
[0031]图4A-4B显示了在H3血凝素基因中的系统发生关系。图4A显示了犬科动物流感病毒HA基因与同一时期的和较老的马HA基因的系统树。图4B显示了犬科动物流感病毒HA蛋白质与同一时期的和较老的马HA基因的系统树。通过近邻连接方法从基因或者氨基酸序列推论出系统树并且显示了 >80%的自展分析值。条形表示氨基酸改变数目/水平树枝的单位长度。
[0032]图5显示了在死于与流感病毒感染有关的肺炎的狗的肺中支气管和支气管腺的上皮细胞中流感病毒H3蛋白质。上图:支气管中纤毛上皮细胞的糜烂。组织用H&E染色。下图:在支气管(左)和支气管腺(右)上皮细胞的细胞质中流感病毒H3蛋白质。将组织用针对流感病毒H3的单克隆抗体染色，通过免疫过氧化物酶反应检测(褐色沉淀)并用苏木精复染。
[0033]图6A-6D显示了从扩增10倍连续体外稀释的转录的RNA标准得到的H3和基质基因(图6A和图6B)的扩增图。通过起始RNA浓度的对数值对从每次稀释得到的阈值循环数(Ct)作图，构造H3和基质基因(图6C和图6D)的标准曲线。
[0034]图7显示用10倍连续稀释的病毒原种(包括A/Wyoming/3/2003和A/canine/FL/242/2003)测试Directigen Flu A的灵敏性。紫色三角形指示阳性结果。
[0035]序列简述
[0036]SEQ ID NO:1是可以根据本发明使用的编码PB2蛋白质的犬科动物流感病毒(Florida/43/04)的核苷酸序列。
[0037]SEQ ID NO: 2是SEQ ID NO:1编码的氨基酸序列。
[0038]SEQ ID NO: 3是可以根据本发明使用的编码PBl蛋白质的犬科动物流感病毒(Florida/43/04)的核苷酸序列。
[0039]SEQ ID NO:4是SEQ ID NO: 3编码的氨基酸序列。
[0040]SEQ ID N0:5是可以根据本发明使用的编码PA蛋白质的犬科动物流感病毒(Florida/43/04)的核苷酸序列。
[0041]SEQ ID NO:6是SEQ ID NO: 5编码的氨基酸序列。
[0042]SEQ ID N0:7是可以根据本发明使用的编码NS蛋白质的犬科动物流感病毒(Florida/43/04)的核苷酸序列。
[0043]SEQ ID NO:8是SEQ ID NO: 7编码的氨基酸序列。
[0044]SEQ ID N0:9是可以根据本发明使用的编码NP蛋白质的犬科动物流感病毒(Florida/43/04)的核苷酸序列。
[0045]SEQ ID NO: 10是SEQ ID NO:9编码的氨基酸序列。
[0046]SEQ ID NOill是可以根据本发明使用的编码NA蛋白质的犬科动物流感病毒(Florida/43/04)的核苷酸序列。
[0047]SEQ ID NO: 12是SEQ ID NO: 11编码的氨基酸序列。
[0048]SEQ ID NO: 13是可以根据本发明使用的编码MA蛋白质的犬科动物流感病毒(Florida/43/04)的核苷酸序列。[0049]SEQ ID NO: 14是SEQ ID NO: 13编码的氨基酸序列。
[0050]SEQ ID N0:15是可以根据本发明使用的编码HA蛋白质的犬科动物流感病毒(Florida/43/04)的核苷酸序列。
[0051]SEQ ID NO: 16是SEQ ID NO: 15编码的氨基酸序列。
[0052]SEQ ID NO: 17是可以根据本发明使用的编码PB2蛋白质的犬科动物流感病毒(FL/242/03)的核苷酸序列。
[0053]SEQ ID NO: 18是SEQ ID NO: 17编码的氨基酸序列。
[0054]SEQ ID NO: 19是可以根据本发明使用的编码PBl蛋白质的犬科动物流感病毒(FL/242/03)的核苷酸序列。
[0055]SEQ ID NO: 20是SEQ ID NO: 19编码的氨基酸序列。
[0056]SEQ ID N0:21是可以根据本发明使用的编码PA蛋白质的犬科动物流感病毒(FL/242/03)的核苷酸序列。
[0057]SEQ ID NO: 22是SEQ ID NO: 21编码的氨基酸序列。
[0058]SEQ ID NO: 23是可以根据本发明使用的编码NS蛋白质的犬科动物流感病毒(FL/242/03)的核苷酸序列。 [0059]SEQ ID NO: 24是SEQ ID NO: 23编码的氨基酸序列。
[0060]SEQ ID N0:25是可以根据本发明使用的编码NP蛋白质的犬科动物流感病毒(FL/242/03)的核苷酸序列。
[0061]SEQ ID NO: 26是SEQ ID NO: 25编码的氨基酸序列。
[0062]SEQ ID NO: 27是可以根据本发明使用的编码NA蛋白质的犬科动物流感病毒(FL/242/03)的核苷酸序列。
[0063]SEQ ID NO: 28是SEQ ID NO: 27编码的氨基酸序列。
[0064]SEQ ID NO: 29是可以根据本发明使用的编码MA蛋白质的犬科动物流感病毒(FL/242/03)的核苷酸序列。
[0065]SEQ ID NO: 30是SEQ ID NO: 29编码的氨基酸序列。
[0066]SEQ ID N0:31是可以根据本发明使用的编码HA蛋白质的犬科动物流感病毒(FL/242/03)的核苷酸序列。
[0067]SEQ ID NO: 32是SEQ ID NO: 31编码的氨基酸序列。
[0068]SEQ ID N0:33是SEQ ID NO: 16中显示的HA蛋白质的成熟形式，其中已经除去了N-末端16个氨基酸的信号序列。
[0069]SEQ ID N0:34是SEQ ID NO:32中显示的HA蛋白质的成熟形式，其中已经除去了N-末端16个氨基酸的信号序列。
[0070]SEQ ID NO:35是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0071]SEQ ID NO:36是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0072]SEQ ID NO:37是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0073]SEQ ID NO:38是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0074]SEQ ID NO:39是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0075]SEQ ID NO:40是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0076]SEQ ID N0:41是可以根据本发明使用的寡核苷酸。[0077]SEQ ID NO:42是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0078]SEQ ID NO:43是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0079]SEQ ID NO:44是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0080]SEQ ID NO:45是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0081]SEQ ID NO:46是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0082]SEQ ID NO: 47是可以根据本发明使用的编码PB2蛋白质的犬科动物流感病毒(Miami/2005)的核苷酸序列。
[0083]SEQ ID NO: 48是SEQ ID NO: 47编码的氨基酸序列。
[0084]SEQ ID NO:49是可以根据本发明使用的编码PBl蛋白质的犬科动物流感病毒(Miami/2005)的核苷酸序列。
[0085]SEQ ID NO: 50是SEQ ID NO: 49编码的氨基酸序列。
[0086]SEQ ID N0:51是可以根据本发明使用的编码PA蛋白质的犬科动物流感病毒(Miami/2005)的核苷酸序列。
[0087]SEQ ID NO: 52是SEQ ID NO: 51编码的氨基酸序列。
[0088]SEQ ID NO: 53是可以根据本发明使用的编码NS蛋白质的犬科动物流感病毒(Miami/2005)的核苷酸序列。
[0089]SEQ ID NO: 54是SEQ ID NO: 53编码的氨基酸序列。
[0090]SEQ ID N0:55是可以根据本发明使用的编码NP蛋白质的犬科动物流感病毒(Miami/2005)的核苷酸序列。
[0091]SEQ ID NO: 56是SEQ ID NO: 55编码的氨基酸序列。
[0092]SEQ ID NO: 57是可以根据本发明使用的编码NA蛋白质的犬科动物流感病毒(Miami/2005)的核苷酸序列。
[0093]SEQ ID NO: 58是SEQ ID NO: 57编码的氨基酸序列。
[0094]SEQ ID NO: 59是可以根据本发明使用的编码MA蛋白质的犬科动物流感病毒(Miami/2005)的核苷酸序列。
[0095]SEQ ID NO: 60是SEQ ID NO: 59编码的氨基酸序列。
[0096]SEQ ID N0:61是可以根据本发明使用的编码HA蛋白质的犬科动物流感病毒(Miami/2005)的核苷酸序列。
[0097]SEQ ID NO: 62是SEQ ID NO: 61编码的氨基酸序列。
[0098]SEQ ID NO:63是可以根据本发明使用的编码PB2蛋白质的犬科动物流感病毒(JacksonviIIe/2005)的核苷酸序列。
[0099]SEQ ID NO: 64是SEQ ID NO: 63编码的氨基酸序列。
[0100]SEQ ID NO:65是可以根据本发明使用的编码PBl蛋白质的犬科动物流感病毒(JacksonviIIe/2005)的核苷酸序列。
[0101]SEQ ID NO: 66是SEQ ID NO: 65编码的氨基酸序列。
[0102]SEQ ID N0:67是可以根据本发明使用的编码PA蛋白质的犬科动物流感病毒(JacksonviIIe/2005)的核苷酸序列。
[0103]SEQ ID NO: 68是SEQ ID NO: 67编码的氨基酸序列。
[0104]SEQ ID N0:69是可以根据本发明使用的编码NS蛋白质的犬科动物流感病毒(Jacksonville/2005)的核苷酸序列。
[0105]SEQ ID NO: 70是SEQ ID NO: 69编码的氨基酸序列。
[0106]SEQ ID N0:71是可以根据本发明使用的编码NP蛋白质的犬科动物流感病毒(JacksonviIIe/2005)的核苷酸序列。
[0107]SEQ ID NO: 72是SEQ ID NO: 71编码的氨基酸序列。
[0108]SEQ ID N0:73是可以根据本发明使用的编码NA蛋白质的犬科动物流感病毒(JacksonviIIe/2005)的核苷酸序列。
[0109]SEQ ID NO: 74是SEQ ID NO: 73编码的氨基酸序列。
[0110]SEQ ID N0:75是可以根据本发明使用的编码MA蛋白质的犬科动物流感病毒(JacksonviIIe/2005)的核苷酸序列。
[0111]SEQ ID NO: 76是SEQ ID NO: 75编码的氨基酸序列。
[0112]SEQ ID N0:77是可以根据本发明使用的编码HA蛋白质的犬科动物流感病毒(JacksonviIIe/2005)的核苷酸序列。
[0113]SEQ ID NO: 78是SEQ ID NO: 77编码的氨基酸序列。
[0114]SEQ ID NO:79是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0115]SEQ ID NO:80是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0116]SEQ IDN0:81是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0117]SEQ ID NO:82是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0118]SEQ ID NO:83是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0119]SEQ ID NO: 84是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0120]SEQ ID NO:85是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0121]SEQ ID NO:86是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0122]SEQ ID NO:87是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0123]SEQ ID NO:88是可以根据本发明使用的寡核苷酸。
[0124]发明详述
[0125]本发明涉及分离的流感病毒，其能够感染犬科动物和引起呼吸系统疾病。在一个实施方案中，本发明的流感病毒包含编码具有SEQ IDN0:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76 或 78 任一个所示的氨基酸序列的蛋白质或者其功能和/或免疫原性片段或者变体的多核苷酸。在一个特定实施方案中，所述多核苷酸包含 SEQ IDN0:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75 或 77 中任一个所示的核苷酸序列，或者其片段或者变体。本发明的流感病毒可以具有Hl、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8和H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15 或 H16 的 HA 亚型或 N1、N2、N3、N4、N5、N6、N7、N8 或 N9 的 NA亚型。在特定实施方案中，本发明的流感病毒是亚型H3。根据本文描述的方法，可以从受感染的狗分离病毒并在细胞或者蛋中培养。在示例的实施方案中，流感病毒是甲型流感病毒。
[0126]本发明还涉及包含本发明的流感病毒的一种或多种基因或者基因组区段的全部或者部分的多核苷酸。在一个实施方案中，本发明的多核苷酸包含流感血凝素(HA)基因、神经氨酸酶(NA)基因、核蛋白(NP)基因、基质蛋白(MA或者M)基因、聚合酶碱性(PB)蛋白基因、聚合酶酸性(PA)蛋白基因、非结构(NS)蛋白基因，或者这些基因任一种的功能片段或者变体。在特定实施方案中，本发明的多核苷酸包含血凝素(HA)基因或者其功能片段或者变体。在另一实施方案中，HA基因编码血凝素蛋白质，其与马H3共有序列的氨基酸序列相比，具有如下一个或多个:83位的丝氨酸；222位的亮氨酸；328位的苏氨酸；和/或483位的苏氨酸。在一个实施方案中，HA基因编码具有SEQIDN0:16、32、62或78中所示的氨基酸序列的多肽，或者其功能和/或免疫原性片段或者变体。在一个特定实施方案中，HA基因包含SEQ IDN0:15、31、61或77中所示的核苷酸序列。
[0127]在一个实施方案中，本发明的多核苷酸编码具有SEQ ID N0:2、4、6、8、10、12、14、
16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76或78的任一个中所示的氨基酸序列的多肽，或者其功能和/或免疫原性片段或者变体。在特定实施方案中，编码 SEQ ID N0:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76 或 78 中所示的氨基酸序列的多核苷酸分别包含 SEQ ID N0:l、3、5、7、9、ll、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、47、49、51、53、
55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75 或77 中所示的核苷酸序列，或者编码 SEQ IDN0:2、4、
6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76或 78的任一项的功能和/或免疫原性片段或者变体的序列。从而，本发明涉及多核苷酸序列，其包含 SEQ IDN0:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75 或 77 的任一项中所示的核苷酸序列，或者 SEQ ID N0:l、3、5、7、9、ll、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、47、49、51、53、55、57、59、
61、63、65、67、69、71、73、75或77的任一项的片段或者变体，包括简并变体。在一个特定实施方案中，本发明的多核苷酸可以包含=SEQ ID NO:3的核苷酸1-2271 ；SEQ ID NO:5的核苷酸 1-2148 ；SEQ ID NO: 7 的核苷酸 1-657 ；SEQ ID N0:9 的核苷酸 1-1494 ；SEQ ID NO: 11 的核苷酸 1-1410 ；SEQ ID NO: 13 的核苷酸 1-756 ；SEQ ID NO: 15 的核苷酸 1-1695 ；SEQ ID NO: 19 的核苷酸 1-2271 ；SEQ ID NO: 21 的核苷酸 1-2148 ；SEQ ID NO: 23 的核苷酸 1-657 ；SEQ ID NO: 25 的核苷酸 1-1494 ；SEQ ID NO: 29 的核苷酸 1-756 ；SEQ ID NO: 31 的核苷酸 1-1695 ； SEQ ID NO:47的核苷酸 1-2277 ；SEQ ID NO:49 的核苷酸 1-2271 ；SEQ ID NO:51 的核苷酸 1-2148 ；SEQ IDNO:53 的核苷酸 1-690 ；SEQ ID NO:55 的核苷酸 1-1494 ；SEQ ID NO:57 的核苷酸 1-1410 ；SEQID NO:59 的核苷酸 1-756 ；SEQ ID NO:61 的核苷酸 1-1695 ；SEQ ID NO:63 的核苷酸 1-2277 ；SEQ ID NO:65 的核苷酸 1-2271 ；SEQ ID NO:67 的核苷酸 1-2148 ；SEQ ID NO:69 的核苷酸1-690 ；SEQ ID NO:71 的核苷酸 1-1494 ；SEQ ID NO:73 的核苷酸 1-1410 ；SEQ ID NO:75 的核苷酸1-756 ;和SEQ ID NO:77的核苷酸1-1695。在本发明的范围内预期的病毒多核苷酸和多肽序列的核苷酸和氨基酸序列已经保存在GenBank，检索号为DQ124147到DQ124161和DQ124190，将其公开引入本文作为参考。
[0128]本发明还涉及本发明的流感病毒的多核苷酸编码的多肽。本发明还涉及主题多肽的功能和/或免疫原性片段和变体。预期的多肽包括本发明的流感病毒的HA蛋白、NA蛋白、NS蛋白、核蛋白、聚合酶碱性蛋白、聚合酶酸性蛋白，和基质蛋白。在一个示例的实施方案中，本发明的多肽具有 SEQ IDN0:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76 或 78 任一项所示的氨基酸序列，或者其功能和/或免疫原性片段或变体。
[0129]本发明还涉及包含本发明的多核苷酸序列的多核苷酸表达构建体。在一个实施方案中，本发明的表达构建体包含多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码包含SEQ ID NO: 2、4、6、
8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76或78任一项所示的氨基酸序列的多肽，或者其功能和/或免疫原性片段或变体。在特定实施方案中，编码SEQ IDN0:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76 或 78 中所示的氨基酸序列的多核苷酸分别包含 SEQ ID N0:l、3、5、7、9、ll、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75或77的任一个中所示的核苷酸序列，或者编码SEQ ID N0:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76或78任一个的功能和/或免疫原性片段或变体的序列。从而，本发明涉及包含多核苷酸序列的表达构建体，所述多核苷酸序列包含SEQ IDN0:1、3、5、
7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73,75或77的任一个中所示的核苷酸序列，或者SEQ ID NO: 1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75 或 77 任一个的片段或者变体，包括简并变体。在优选实施方案中，本发明的表达构建体提供了本发明的有效连接的多核苷酸的过表达。
[0130]本发明的表达构建体一般包括在预计的宿主细胞中有功能的调节元件，在所述宿主细胞中将表达该表达构建体。从而，本领域技术人员可以选择用于例如人类宿主细胞、哺乳动物宿主细胞、昆虫宿主细胞、酵母宿主细胞、细菌宿主细胞、和植物宿主细胞的调节元件。在一个实施方案中，调节元件是在犬科动物细胞中有功能的调节元件。调节元件包括启动子、转录终止序列、翻译终止序列、增强子、和多聚腺苷酸化元件。如本文所用的，术语“表达构建体”指核酸序列的组合，其提供了有效连接的核酸序列的转录。如本文所用的，术语“有效连接”指所述的元件的并列，其中所述元件处于允许它们以它们预期的方式发挥功能的关系中。通常，有效连接的元件为邻接的关系。
[0131]本发明的表达构建体可以包含有效连接到编码本发明多肽的多核苷酸序列的启动子序列。使用本领域中已知的标准技术，可以将启动子掺入多核苷酸中。在本发明的表达构建体中可以使用启动子的多个拷贝或者多个启动子。在优选实施方案中，启动子与表达构建体中转录起始位点的距离可以与它与天然遗传环境中转录起始位点的距离相同。在该距离中允许一定的变化而不实质性降低启动子活性。在表达构建体中通常包括转录起始位点。优选地，与本发明的表达构建体结合的启动子提供了本发明的有效连接的多核苷酸的过表达。
[0132]与本发明的表达构建体用于真核细胞中的启动子可以是病毒或者细菌来源的。病毒启动子包括，但不限于，巨细胞病毒(CMV)基因启动子、SV40早期或者晚期启动子，或者劳斯肉瘤病毒(RSV)基因启动子。细胞来源的启动子包括，但不限于，结蛋白基因启动子和肌动蛋白基因启动子。适于与本发明的表达构建体用于酵母细胞的启动子包括，但不限于，3-磷酸甘油酸酯激酶启动子、甘油醛-3-磷酸脱氢酶启动子、金属硫蛋白启动子、醇脱氢酶一 2启动子，和己糖激酶启动子。
[0133]如果在植物细胞中提供或者向植物细胞中导入表达构建体，那么可以使用植物病毒启动子，如花椰菜花叶病毒(CaMV) 35S (包括增强的CaMV35S启动子(见，例如，美国专利号5，106, 739和An, 1997))或者CaMV 19S启动子。可以用于植物中表达构建体的其他启动子包括，例如，prolifera启动子、Ap3启动子、热休克启动子、根癌农杆菌(A.tumefaciens)的T-DNA1’ -或2’ -启动子、多聚半乳糖醛酸酶启动子、来自牵牛花的查耳酮合酶A(CHS-A)启动子、烟草PR-1a启动子、泛蛋白启动子、肌动蛋白启动子、alcA基因启动子、pin2启动子(Xu et al.，1993)、玉米WipI启动子、玉米trpA基因启动子(美国专利号5，625，136)、玉米⑶PK基因启动子、和RUBISCO SSU启动子(美国专利号5，034，322)。根特异的启动子，如美国专利号6，455，760或美国专利号6，696，623或公布的美国专利申请号20040078841;20040067506; 20040019934; 20030177536; 20030084486;或 20040123349 中描述的任一种启动子序列可以用于本发明的表达构建体。组成性启动子(如CaMV、泛蛋白、肌动蛋白或者NOS启动子)、发育调节的启动子和诱导型启动子(如可以通过热、光、激素或者化学品诱导的那些启动子)也预期用于本发明的多核苷酸表达构建体。也可以使用组织特异性启动子，例如，果实特异性启动子，如番茄的E8启动子(检索号:AF515784;Good et al.(1994))。也可以使用种子特异性启动子，如来自β_菜豆蛋白基因(例如，菜豆的)或者大豆球蛋白基因(例如，大豆的)的启动子，和其他启动子。
[0134]对于在原核系统中表达,本发明的表达构建体可以包含启动子，如碱性磷酸酶启动子、色氨酸(trp)启动子、λ Plj启动子、β 一内酰胺酶启动子、乳糖启动子、phoA启动子、T3启动子、T7启动子、或者tac启动子(de Boer et al.，1983)。
[0135]本发明的表达构建体可以任选含有转录终止序列、翻译终止序列、编码信号肽的序列，和/或增强子元件。转录终止区可以通常从真核生物或者病毒基因序列的3’非翻译区得到。转录终止序列可以位于编码区的下游以提供有效终止。信号肽序列是通常存在于蛋白质的氨基末端的短氨基酸序列，其负责有效连接的成熟多肽重定位到多种不同的翻译后细胞目的地，从特定细胞器隔室到蛋白质作用部位和细胞外环境。通过使用有效连接的信号肽序列将基因产物靶向预期的细胞和/或细胞外目的地预期用于本发明的多肽。典型的增强子是顺式作用元件，其增加基因转录并且可以包括在表达构建体中。典型的增强子元件是本领域中已知的，并且包括，但不限于，CaMV35S增强子元件、巨细胞病毒(CMV)早期启动子增强子元件，和SV40增强子元件。增强基因表达的内含子介导的增强子元件也是本领域中已知的。这些元件必须存在于转录区内并且是方向依赖性的。
[0136]指导从表达构建体转录的mRNA的多聚腺苷酸化的DNA序列也可以包括在表达构建体中，并且包括，但不限于，章鱼碱合酶或者胭脂氨酸合酶信号。
[0137]表达构建体还可以包括一种或多种显性选择标记基因，包括，例如，编码抗生素抗性和/或除草剂抗性用于选择转化细胞的基因。抗生素抗性基因可以提供对一种或多种下面的抗生素的抗性:潮霉素、卡那霉素、博来霉素、G418、链霉素、巴龙霉素、新霉素和大观霉素。通过新霉素磷酸转移酶(NPT II)可以提供卡那霉素抗性。除草剂抗性基因可以提供对膦丝菌素乙酰转移酶或者草甘膦的抗性。用于细胞转化筛选的其他标记包括，但不限于，编码β —葡糖醛酸糖苷酶(GUS)、β 一半乳糖苷酶、萤光素酶、胭脂氨酸合成酶、氯霉素乙酰转移酶(CAT)、绿色荧光蛋白(GFP)或者增强的GFP的基因(Yang et al.，1996)。
[0138]本发明还涉及包含编码本发明多肽的本发明的多核苷酸序列的多核苷酸载体。可以在本发明的表达构建体或者多核苷酸的5’和3’末端包括独特的限制酶位点以允许插入到多核苷酸载体中。如本文所用的，术语“载体”指任一遗传元件，包括例如，质粒、粘粒、染色体、噬菌体、病毒等等，其当与适当的控制元件结合时能够复制并且可以在细胞之间转移多核苷酸序列。载体含有允许载体在所选的宿主细胞中复制的核苷酸序列。许多载体可以用于表达和/或克隆，并且包括，但不限于，pBR322、pUC系列、Ml3系列、pGEM系列、和pBLUESCRIPT 载体(Stratagene, La Jolla, CA and Promega, Madison, WI)。
[0139]本发明还涉及寡核苷酸探针和引物，如聚合酶链式反应(PCR)引物，其可以与本发明多核苷酸的编码或非编码序列杂交。本发明的寡核苷酸探针可以用于检测流感病毒核酸序列的方法中。本发明的寡核苷酸引物可以用于PCR方法和涉及核酸扩增的其他方法中。在优选实施方案中，本发明的探针或引物可以与本发明的多核苷酸在严格条件下杂交。本发明的探针和引物可以任选包含检测标记或者报道分子，如荧光分子、酶、放射性部分，等等。本发明的探针和引物对于使用它们的方法或测定法可以是任何合适的长度。通常，本发明的探针和引物将长为10到500个或者更多核苷酸。在本发明的范围内预期长为10 到 20,21 到 30,31 到 40,41 到 50,51 到 60,61 到 70,71 到 80,81 到 90,91 到 100 或 101个或更多核苷酸的探针和引物。在一个实施方案中，探针和引物长为9、10、11、12、13、14、
15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29 或 30 个核苷酸的任一个。本发明的探针和引物可以与所述多核苷酸序列具有完全(100%)的核苷酸序列同一性，或者序列同一性可以小于100%。例如，探针或引物和序列之间的序列同一性可以为99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%、75%、70%或者任一其他百分数序列同一性，只要该探针或引物可以在严格条件下与本发明的多核苷酸的核苷酸序列杂交。本发明的示例的探针和引物包括具有SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO:40、SEQID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45 和 SEQ ID NO:46 的任一个中所示的核苷酸序列，或者SEQ ID NO: 35-46的任一个的功能片段或者变体的那些探针和引物。
[0140]如本文所用的 ，术语“核酸”、“多核苷酸”和“寡核苷酸”指单链或者双链形式的脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸或者混合的脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸聚合物，并且除非另外限制，将包括天然核苷酸的已知的类似物，其可以以类似于天然存在的核苷酸的方式发挥功能。多核苷酸序列包括可以转录成RNA的DNA链序列和可以翻译成蛋白质的RNA链。本发明的任一核酸、多核苷酸或者寡核苷酸的互补序列也预期在本发明的范围内。多核苷酸序列还包括全长序列以及衍生自全长序列的较短的序列。本发明还包括序列与本文公开的多核苷酸互补的那些多核苷酸。本发明的多核苷酸和多肽可以以纯化或者分离的形式提供。
[0141]因为遗传密码的简并性，多种不同的多核苷酸序列可以编码本发明的多肽。在Lewin (1985)中描述了显示所有可能的三联体密码子(并且其中U也代表T)和每个密码子编码的氨基酸的表格。此外，本领域技术人员完全能够产生编码与本发明的多肽相同或者基本相同的多肽的备选的多核苷酸序列。这些简并变体和备选多核苷酸序列在本发明的范围内。如本文使用的，对“基本上相同”的序列的引用指编码氨基酸替代、缺失、添加或者插入的序列，其不实质上改变本发明的多核苷酸编码的多肽的功能和/或免疫原性活性。
[0142]本发明还涉及编码本发明多肽的本发明的多核苷酸的变体。变体序列包括那些序列，其中该序列的一个或多个核苷酸已经被替代、缺失和/或插入。可以替代DNA的天然核苷酸的核苷酸具有碱基部分，其可以包括，但不限于，次黄苷、5-氟尿嘧啶、5 —溴尿嘧啶、次黄嘌呤、I 一甲基鸟嘌呤、5—甲基胞嘧啶，和三苯甲基化碱基。序列中核苷酸的糖部分还可以是经修饰的并且包括，但不限于，阿拉伯糖、木酮糖和己糖。此外，可以用乙酰基、甲基和/或硫代基团修饰核苷酸的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶和尿嘧啶碱基。使用本领域中已知的标准技术可以制备和测试含有核苷酸替代、缺失、和/或插入的序列。
[0143]本发明的范围内还预期与本发明的多肽中那些特别示例或者天然存在的氨基酸不同的氨基酸替代。例如，非天然氨基酸可以替代多肽的氨基酸，只要具有替代氨基酸的多肽基本上保留与没有替代的氨基酸的多肽相同的功能活性。非天然氨基酸的实例包括，但不限于，鸟氨酸、瓜氨酸、羟脯氨酸、高丝氨酸、苯基甘氨酸、牛磺酸、碘代酪氨酸、2，4- 二氨基丁酸、α-氨基异丁酸、4 一氨基丁酸、2-氨基丁酸、Y-氨基丁酸、ε-氨基己酸、6—氨基己酸、2 —氨基异丁酸、3 —氨基丙酸、正亮氨酸、正缬氨酸、肌氨酸、高瓜氨酸、半胱磺酸、τ - 丁基甘氨酸、τ - 丁基丙氨酸、苯基甘氨酸、环己基丙氨酸、β 一丙氨酸、氟一氨基酸、设计者氨基酸，如β 一甲基氨基酸、C-甲基氨基酸、N-甲基氨基酸、和一般的氨基酸类似物。非天然氨基酸还包括具有衍生的侧基的氨基酸。此外，蛋白质中的任一氨基酸可以为D(右旋)型或者L(左旋)型。本发明的范围内还包括本发明多肽的蛋白质序列的等位基因变体。
[0144]氨基酸可以一般以下面的类别分类:非极性的、不带电的极性的、碱性的和酸性的。保守替代(其中具有一个类别氨基酸的本发明的多肽用相同类别的另一氨基酸替代)落入本发明的范围内，只要具有替代的多肽仍然保留与不具有该替代的多肽基本上相同的功能活性。编码序列中具有一个或多个氨基酸替代的多肽的多核苷酸包括在本发明的范围内。下面的表11提供了属于每个类别的氨基酸的实例列表。在表12中定义了单字母氨基酸缩写。
[0145]使用本领域中已知的标准方法可以产生本发明的流感病毒多肽的片段和变体并且使用本领域中已知的标准技术测试功能或者免疫原性的存在。例如，为了测试本发明的神经氨酸酶多肽的 片段和/或变体，可以测定酶促活性。从而，普通技术人员可以容易制备和测试本发明多肽的片段和变体，并确定该片段或变体是否相对于全长或者非变异多肽保持活性。
[0146]本发明范围内预期的多核苷酸和多肽也可以按照与本文特别示例的本发明的那些序列的更具体的同一性和/或相似性范围定义。序列同一性将通常大于60%，优选大于75 %，更优选大于80 %，甚至更优选大于90 %，并且可以大于95 %。与本文示例的序列相比，序列的同一性和/或相似性可以为49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98或99%。除非另外指出，如本文使用的，两个序列的百分比序列同一性和/或相似性可以使用Karlin和Altschul (1990)的，如在Karlin和Altschul (1993)中改进的算法确定。这种算法整合到Altschul et al.(1990)的NBLAST和XBLAST程序中。可以用NBLAST程序，得分=100，字长=12进行BLAST搜索，以得到具有所希望的百分比序列同一性的序列。为了得到用于比较目的的缺口比对，可以使用如Altschulet al.(1997)的Gapped BLAST。当利用BLAST和Gapped BLAST程序时，可以使用各自程序(NBLAST和XBLAST)的默认参数。见NCBI/NIH网站。
[0147]本发明还预期这样的多核苷酸分子，其具有与本文示例的多核苷酸序列足够同源的序列，从而允许与该序列在标准的严格条件和标准方法(Maniatis et al.，1982)下杂交。如本文使用的，杂交的“严格”条件指这样的条件，其中通常在6x SSPE, 5x Denhardt溶液，0.1%SDS, 0.lmg/ml变性DNA中低于DNA杂交分子的解链温度(Tm) 20-25°C下过夜进行。通过下面的公式描述解链温度Tm(Beltz et al.，1983):
[0148]Tm=81.5C+16.6Log[Na+] +0.41 (%G+C) -0.61 (% 甲酰胺)-600/双链体长度(以碱基对计)。
[0149]通常如下进行洗涤:
[0150](I)在Ix SSPE, 0.1%SDS中室温下洗涤两次，每次15分钟(低严格洗涤)。
[0151](2)在0.2x SSPE, 0.1%SDS中Tm_20°C下洗涤一次15分钟(中等严格洗涤)。
[0152]本发明还涉及本发明的流感病毒的基因编码的病毒蛋白质和肽。在一个实施方案中，病毒蛋白是成熟HA蛋白。在特定实施方案中，成熟的HA蛋白包含下面的一个或多个:82位的丝氨酸；221位的亮氨酸；327位的苏氨酸；和/或482位的苏氨酸。在示例的实施方案中，成熟的HA蛋白质具有SEQ ID NO: 33或SEQ ID NO: 34中所示的氨基酸序列，或者SEQID NO:33或SEQ ID NO:34的功能和/或免疫原性片段或变体。在另一实施方案中，病毒蛋白是NA蛋白、NS蛋白、PB蛋白、PA蛋白、或者MA蛋白。本发明的病毒蛋白质和妝可以用于产生特异结合所述蛋白质或肽的抗体。本发明的病毒蛋白质和肽还可以用作疫苗组合物中的免疫原。
[0153]本发明还涉及用于诱导针对流感病毒的免疫应答的组合物和方法，所述流感病毒能够感染易感的宿主动物和引起呼吸系统疾病。本发明可以用于在易感的宿主动物中诱导针对任一亚型的流感病毒的免疫应答。例如，流感病毒可以是H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15 或 H16 的 HA 亚型，和 N1、N2、N3、N4、N5、N6、N7、N8 或N9的NA亚型。在一个实施方案中，HA亚型是H3或者H5。在另一实施方案中，NA亚型是N7或者N8。在特定实施方案中，诱导针对亚型H3N8的流感病毒的免疫应答。在一个实施方案中，宿主动物是犬科动物。犬科动物包括野生的、动物园的和驯养的犬科动物，如狼、郊狼和狐狸。犬科动物还包括狗，尤其驯养的狗，如纯种和/或杂种陪伴狗、表演狗、役用狗、放牧狗、猎狗、守卫狗、警犬、赛犬和/或实验用狗。在特定实施方案中，宿主动物是驯养的
狗，如灵.提β在一个实施方案中，对动物施用有效量的本发明的免疫原性组合物，其足以诱
导针对本发明的流感病毒的免疫应答。免疫应答可以是体液和/或细胞免疫应答。在特定实施方案中，免疫应答是保护性免疫应答，其能够在免疫后在一定的时间段内预防或者减小受免疫的宿主动物中的病毒感染。从而，本发明还涉及疫苗组合物和方法，其为接种的动物提供了针对本发明病毒的保护性免疫应答。
[0154]如本文所用的，本发明的疫苗或者免疫原性组合物可以包含无细胞的完整病毒，包括减毒的或者失活的病毒，或者病毒的部分，包括亚病毒颗粒(包括“分尚疫苗”，其中处理病毒体以除去一些或者全部病毒脂类)、病毒蛋白质(包括个体蛋白质和多种蛋白质的大分子复合体)、多肽、和肽，以及病毒感染的细胞系，或者这些任一种的组合。包含病毒感染的细胞系的疫苗或者免疫原性组合物可以包含多种细胞系，每种用不同的病毒毒株感染。
[0155]在本发明的一个实施方案中，可以用用一种或多种灭活的(例如，杀死的)和/或活的减毒流感病毒疫苗或者包含来自一种或多种病毒隔离群的一种或多种流感病毒抗原的疫苗免疫犬科动物。在一个实施方案中，流感病毒是马流感病毒。在另一实施方案中，流感病毒是马流感病毒，其编码或表达与犬科动物流感病毒多肽具有至少约90 %，或者至少约95%，或至少约96%、或97%、或98%、或99%或更高氨基酸序列同一性的多肽。在一个实施方案中，用于本发明疫苗中的流感抗原与犬科动物流感病毒的HA抗原和/或NA抗原具有至少约96%序列同一‘丨生。
[0156]灭活疫苗的一个实例是EQUICINE II?,其已经由Intervet Inc.(MiIlsboro,DE, USA)作为液体疫苗上市。EQUICINE II? 含有灭活的 A/Pennsylvania/63流感病毒(〃A/Pa/63〃)和 A/equine/Kentucky/93 流感病毒("A/KY/93")与卡波姆(carbopol)(即 HAYLOdVH) (Intervet Inc.))。更具体地，一剂 EQUICINE II? 含有:106_qEID5q灭活的A/Pa/63、106_7EID5tl灭活的A/KY/93、0.25%体积的卡波姆，和足够产生总体积Iml的PBS。
[0157]灭活疫苗的另一实例是马流感病毒A/equine/Oh1/03 (〃0h1 03〃)。在一些实施方案中，这种疫苗含有CARBIGEN?，其是可以通过商业途径从MVP Laboratories, Inc.(Ralston，NE)得到的乳化的基于聚合物的佐剂。在这种疫苗中，剂量单位通常包含至少约250HA单位病毒、约250到约12，500HA单位病毒，或约1000到约6200HA单位病毒。CARBIGEN?的推荐浓度为约5到约30%(按质量计)。
[0158]活的减毒疫苗的一个实例是冻干疫苗形式的改性的活的equine/Kentucky/91 ("A/KY/91")流感，其可以用水重构。在一些实施方案中，用足够将疫苗剂量达到Iml总体积的疫苗级水进行重构。此类疫苗的方面在例如美国专利号6，436，408;6，398，774;和6，177，082中讨论，将它们完整引入本专利作为参考。当重构时，这种疫苗的一 个剂量可以例如含有每毫升17 2TCID5tl的A/KY/91、每毫升0.015克N-Z AMINE AS?、每毫升0.0025克明胶，和每毫升0.04克D乳糖。N-Z AMINE AS?是通过酪蛋白的酶促水解产生的氨基酸和肽的精制来源。N-Z AMINE AS?由KerryB1-Science (Norwich, NY, USA)上市。
[0159]在优选实施方案中，疫苗包含在HA编码序列中与Florida/43/2004具有至少约93 %同源性的H3流感抗原，例如equine/New Market/79毒株。优选的同源性为至少约 96 %,例如，equine/Alaska/1/91 和 equine/Santiago/85 毒株。在下面的实施例中，将 equine/Kentucky/91、 equine_2/Kentucky/93、 equine-l/Pennsylvania/63 和 equine0h1/03流感抗原掺入疫苗中。优选的疫苗还包括包含equine/Wisconsin/03、equine/Kentucky/02、equine/Kentucky/93 和 equine/New Market2/93 的疫苗。在下面的实施例中，使用H3N8病毒。然而，认为根据本发明也可以使用其他H3流感病毒。
[0160]可以通过常规手段制备活的减毒疫苗。此类手段一般包括例如，通过体外传代改变致病毒株、冷适应、通过遗传操作改变生物的致病性、制备嵌合体、在病毒载体中插入抗原、选择无毒性野生型毒株，等等。
[0161]在一些实施方案中，通过细胞培养、实验室动物、非宿主动物或者卵进行野生型病毒的连续传代得到活的减毒病毒毒株。在此类传代中基因突变的积累通常导致生物对最初宿主的毒性的不断丧失。
[0162]在一些实施方案中，通过用减毒的突变病毒和致病病毒共同感染允许细胞制备活的减毒病毒毒株。期望的所得重组病毒具有减毒病毒的安全性和编码来自致病病毒的保护性抗原的基因。[0163]在一些实施方案中，通过冷适应制备活的减毒病毒毒株。冷适应的病毒具有仅在上呼吸道中发现的温度下复制的优点。产生冷适应马流感病毒的方法已经在美国专利号6，177,082中描述。期望的所得冷适应病毒赋予一种或多种下面的表型:冷适应、温度敏感性、显性干涉，和/或减毒。
[0164]在一些实施方案中，通过分子手段制备活的减毒病毒毒株，如点突变、缺失、或插入以将致病病毒转化为与最初病毒相比不致病或者致病性降低的病毒，而保留最初病毒的保护性质。
[0165]在一些实施方案中，通过将保护性抗原的候选基因克隆到非致病性或致病性降低的病毒或其他生物的基因组中制备活的减毒病毒。
[0166]使用常规方法失活病毒可以制备失活的(如，“杀死的”)病毒疫苗。通常，此类病毒包括可以增强免疫应答的赋形剂，以及疫苗中常规使用的其他赋形剂。例如，在下面的实施例中，equicine II?包含HAVLOGEN--通过用灭活化学品(例如，福尔马林、β丙内酯(〃BPL〃)、溴乙胺(〃BEA〃)、和二元氮丙啶(〃BEI〃))处理病毒或者通过非化学方法(例如，热、冻/融或声处理)使得病毒不能复制来完成病毒的灭活。
[0167]在下面的实施例中，用equine/0h1/03用作攻击病毒。已知其与Florida/43/04隔离群具有约99%同源性，并且表明在狗中诱导感染症状和血清转变。实施例18阐明了马流感疫苗在狗中的功效，显示了在用包含CARBIGEN?佐剂的疫苗组合物中灭活的Oh1 03抗原接种的狗中血凝抑制(或〃HI〃或〃ΗΑ )效价。表29显示了接种前、接种后和二次接种后，以及攻击后的效价。结果显示了接种的狗的接种后每个阶段的HI效价，对于对照有很小的或者没有增加。表30阐明了来自相同研究的临床病征、病毒分离和组织病理学结果。尽管被攻击的动物不显示出临床病征、病毒脱落，或者阳性组织病理学，但是阳性HI效价(表29)表明在经免疫 的动物中显著的抗体效价。
[0168]应该指出本发明也包括其他H3流感病毒抗原疫苗。提供本说明书中描述的实施例和下面的实施例来阐明本发明的和它的优选实施方案，并且它们不限制要求保护的发明的范围。
[0169]还应该指出根据本发明可以使用不同于H3流感病毒抗原的流感抗原。此类抗原包括例如，来自equine/PA/63的那些抗原，其是马Al亚型(H7N7)。预期一种或多种此类此类抗原可以与或不与一种或多种H3流感抗原使用。
[0170]通常，以治疗有效量施用疫苗。“治疗有效量”是足够在犬科动物患者中诱导针对靶抗原的保护应答的量。通常，如果剂量防止流感或其一种或多种(通常两种或多种)症状、延迟其发作、减少其扩散、使其减轻、抑制或消除，那么所述剂量是“治疗有效的”。典型的流感症状包括例如，发热(对于狗，通常≥103.0° F;≥39.4°C)、咳嗽、打喷嚏、组织病理学病变、眼分泌物、鼻分泌物、呕吐、腹泻、抑郁、体重减轻、作呕、咯血、和/或听得见的啰音。其他通常更严重的症状可以包括例如，肺、纵隔、或胸膜腔中出血；气管炎；支气管炎；毛细支气管炎；支持性支气管肺炎；和/或肺的上皮层和气管腔中嗜中性粒细胞和/或巨噬细胞渗入。
[0171]疫苗可以作为组合疗法的部分施用，组合疗法即包括疫苗自身外，还包括施用一种或多种额外的活性剂、佐剂、疗法等等的疗法。在该情况中，应该认识到如果将仅仅施用疫苗，那么构成“治疗有效”量的疫苗的量可以小于将构成“治疗有效”量的疫苗的量。其他疗法可以包括本领域中已知的那些，如抗病毒药疗法、镇痛剂、退热药疗法、祛痰药、抗炎药物、抗组胺药、治疗流感病毒感染引起的细菌感染的抗生素、休息，和/或施用液体。在一些实施方案中，本发明的疫苗与博德特氏菌疫苗、腺病毒疫苗和/或副流感病毒疫苗组合施用。
[0172]在一些实施方案中，例如，活的减毒疫苗的典型剂量为至少约13Pfu/犬科动物，更典型地约13到约19Pfu/犬科动物。在本专利中，“pfu”指“噬斑形成单位”。在一些实施方案中，活的减毒疫苗的典型剂量为至少约13TCID5tl/犬科动物，更典型地约13到约19TCID5tl/犬科动物。在一些实施方案中，活的减毒疫苗的典型剂量为至少约13EID5tl/犬科动物，更典型的约13到约19EID5tl/犬科动物。在一些实施方案中，被杀死的疫苗的典型剂量为至少约40HA单位，通常约40到约10，000ΗΑ单位，更通常为约500到约6200HA单位。在一些实施方案中，剂量为约6100到约6200HA单位。
[0173]在一些优选实施方案中，疫苗包含活的减毒疫苗，其浓度比免疫原性水平高至少约1tl 5Pfu/犬科动物。在一些优选实施方案中，疫苗包含活的减毒疫苗，其浓度比免疫原性水平高至少约1ci 5TCID5tl/犬科动物。在一些优选实施方案中，疫苗包含活的减毒疫苗，其浓度比免疫原性水平高至少约10°_ TlD5tl/犬科动物。
[0174]通过本领域公知的攻击剂量滴定研究技术可以通过实验确定免疫原性水平。此类技术通常包括用不同剂量的疫苗接种许多犬科动物，然后用毒性病毒攻击所述犬科动物以确定最小保护剂量。
[0175]影响优选剂量方案的因素可以包括例如，受试者的类型(例如，物种和品种)、年龄、体重、性别、饮食、活动、肺大小和状况；施用途径；使用的具体疫苗的功效、安全性，和免疫力持续时间分布；是否使用递送系统；和疫苗是否作为药物和/或疫苗组合的部分施用。从而，使用的实际剂量可以对于特定动物不同，并且因此，可以偏离上面给出的典型剂量。使用常规手段，确定此类剂量调整在本领域技术人员能力之内。还应该指出活的减毒病毒通常能够自身增殖；从而，施用的此类病毒的特定量不一定是关键的。
[0176]设想疫苗可以一次施用于犬科动物患者；或者备选地，在几天、几周、几个月或几年内两次或多次施用。在一些实施方案中，施用疫苗至少两次。在一些此类实施方案中，例如，施用疫苗两次，第二次剂量(例如，加强剂量)在第一次剂量后至少约2周施用。在一些实施方案中，施用疫苗两次，第二次剂量在第一次剂量后不大于约2周施用。在一些实施方案中，第二次剂量在第一次剂量后约2周到约4年施用、第一次剂量后约2到约8周、或第一次剂量后约3到约4周施用。在一些实施方案中，第二次剂量在第一次剂量后约4周施用。在上面的实施方案中，第一次和随后的剂量例如可以改变量和/或形式。然而，通常，剂量是相同的量和形式。当仅仅施用一次剂量时，该单次剂量中疫苗的量通常包含治疗有效量的疫苗。然而，当施用一次以上的剂量时，那些剂量中疫苗的量可以一起构成治疗有效量。
[0177]在一些实施方案中，在流感感染犬科动物受者之前施用疫苗。在此类实施方案中，例如，可以施用疫苗以预防、降低危险或延迟流感发作或其一种或多种(通常两种或多种)流感症状。
[0178]在一些实施方案中，在流感感染犬科动物受者后施用疫苗。在此类实施方案中，例如，疫苗可以减轻、抑制或消除流感或一种或多种(通常两种或多种)流感症状。[0179]疫苗的优选组成取决于例如，疫苗是否是灭活的疫苗、活的减毒疫苗还是两者。它还取决于施用疫苗的方法。设想疫苗将包含一种或多种常规的可药用载体、佐剂、其他免疫应答增强剂、和/或载体(总称为“赋形剂”)。通常选择此类赋形剂以与疫苗中的活性成分相容。赋形剂的用途是本领域技术人员公知的。
[0180]术语“可药用的”以形容词用于指修饰的名词适于用于药品中。当它用于例如描述药物疫苗中的赋形剂时，它表征该赋形剂与组合物中的其他成分是相容的并且不会不利地损害预期的受者犬科动物。
[0181]可以通过常规方法施用疫苗，所述方法包括例如，粘膜途径(如鼻内、经口、气管内和眼)，和肠胃外施用。粘膜施用对于活的减毒疫苗是尤其有利的。肠胃外施用对于灭活疫苗尤其有利。
[0182]粘膜疫苗可以是例如液体剂型，如可药用的乳剂、溶液剂、混悬剂、糖浆剂和酏剂。适于此类疫苗的赋形剂包括例如，常用于本领域中的惰性稀释剂，如水、盐水、葡萄糖、甘油、乳糖、蔗糖、淀粉粉末、链烷酸的纤维素酯、纤维素烷基酯、滑石、硬脂酸、硬脂酸镁、氧化镁、磷酸和硫酸的钠和钙盐、明胶、阿拉伯胶、藻酸钠、聚乙烯吡咯烷酮，和/或聚乙烯醇。赋形剂还可以包含多种湿润齐?、乳化齐?、悬浮剂、调味剂(例如，增甜)和/或芳香剂。
[0183]经口粘膜疫苗可以例如被压片或包胶以方便施用。此类胶囊剂或片剂可以含有控释制剂。对于胶囊剂、片剂和丸剂的情况，剂型还可以含有缓冲剂，如柠檬酸钠，或碳酸镁或钙或碳酸氢镁或钙。还可以用肠包衣制备片剂和丸剂。
[0184]设想可以通过犬科动物患者的饮用水和/或食物施用疫苗。还设想可以以膳食(treat)或玩具的形式施用疫苗。
[0185]“肠胃外施用”包括皮下注射、粘膜下层注射、静脉内注射、肌内注射、胸骨内注射、经皮注射、和灌注。可注射的制剂(例如，无菌可注射的水性或油性混悬剂)可以根据本领域已知的用合适的赋形剂配制，所述赋形剂为如载体、溶剂、分散剂、湿润剂、乳化剂和/或悬浮剂。这些通常包括例如，水、盐水、葡萄糖、甘油、乙醇、玉米油、棉籽油、花生油、芝麻油、苯甲醇、1，3-丁二醇、林格液、等渗氯化钠溶液、温和的不挥发油(例如，合成的甘油一酯或二酯)、脂肪酸(例如，油酸)、二甲基乙酰胺、表面活性剂(例如，离子和非离子去污剂)、丙二醇，和/或聚乙二醇。赋形剂还可以包括少量的其他辅助物质，如pH缓冲剂。
[0186]疫苗可以包括增强犬科动物患者免疫应答(其可以包括抗体应答、细胞应答或两者)，从而增强疫苗有效性的一种或多种赋形剂。此类赋形剂(或“佐剂”)的使用在使用灭活疫苗时可以尤其有益。佐剂可以是对犬科动物患者免疫系统的细胞具有直接影响的物质(例如，细胞因子或卡介苗(“BCG”))或间接影响的物质(脂质体)。通常合适的佐剂的实例包括油(例如，矿物油)、金属盐(例如，氢氧化铝或磷酸铝)、细菌组分(例如，细菌脂多糖、弗氏佐剂，和/或MDP)、植物组分(例如，Quil A)，和/或一种或多种具有载体作用的物质(例如，皂土、乳胶颗粒、脂质体，和/或Quil A、ISC0M)。如上面提到的，佐剂还包括例如CARBIGEN?和卡波姆。应该认识到本发明包括包含佐剂的疫苗以及不包含任何佐剂的疫苗。
[0187]设想为了保存可以将疫苗冻干(或者减少液体体积)，然后在施用之前或施用时用液体重构。此类重构可以用如疫苗级水实现。
[0188]本发明还包括适于用于进行上述方法的药盒。药盒包含含有上述疫苗的剂型。药盒还包含至少一种额外的组分，和通常，关于使用该疫苗和额外组分的说明书。所述额外组分可以是例如，一种或多种额外成份(如一种或多种上面讨论的赋形剂、食品，和/或膳食(treat))，其可以在施用前或施用期间与疫苗混合。额外组分可以备选(或额外)包含用于对犬科动物患者施用疫苗的一种或多种装置。此类装置可以是例如，注射器、吸入器雾化器、吸管、镊子，或任何医学上可接受的递送载体。在一些实施方案中，所述装置适于皮下施用疫苗。在一些实施方案中，所述装置适于鼻内施用疫苗。
[0189]也可以使用药学或生物领域中已知的其他赋形剂和施用方式。
[0190]本发明的疫苗或者免疫原性组合物还包含重组的基于病毒载体的构建体，其可以包含例如编码本发明的流感病毒的HA蛋白、NA蛋白、核蛋白、聚合酶碱性蛋白、聚合酶酸性蛋白，和/或基质蛋白的基因。可以用于制备重组载体/病毒构建体的任何合适的病毒载体预期用于本发明。例如，来自腺病毒、禽痘、疱疹病毒、牛痘、金丝雀痘、昆虫痘、猪痘、西尼罗病毒和本领域已知的其他病毒的病毒载体可以用于本发明的组合物和方法中。可以使用本领域中已知的标准遗传工程技术构建编码和表达组分的重组多核苷酸载体。此外，本文描述的多种疫苗组合物可以单独使用和相互组合使用。例如，动物的初次免疫可以使用重组的基于载体的构建体，其具有单个或者多个毒株组分，然后用包含失活病毒或者失活的病毒感染的细胞系的疫苗组合物二次加强。使用本发明的疫苗组合物的其他免疫方案是本领域技术人员显而易见的并且预计在本发明的范围内。 [0191]本发明还涉及重排列病毒，其包含本发明的流感病毒的至少一种基因或者基因组区段和来自本发明的不同的流感病毒或者来自不同于本发明病毒的流感病毒的病毒基因或者基因组区段的剩余部分。通过本发明的供体流感病毒的核酸与受体流感病毒的核酸的遗传重排列，然后选择包含供体病毒的核酸的重排列病毒，可以产生重排列病毒。产生和分离重排列病毒的方法是本领域中公知的(Fields et al.，1996)。在一个实施方案中，本发明的重排列病毒包含人类、鸟类、猪或者马流感病毒的基因或者基因组区段。本发明的重排列病毒可以包括来自供体和受体流感病毒的核酸的任一组合，只要重排列病毒包含来自本发明的供体流感病毒的至少一个基因或者基因组区段。在一个实施方案中，受体流感病毒可以是马流感病毒。
[0192]病毒蛋白质的天然的、重组的或者合成的多肽，和其肽片段也可以用作根据本发明方法的疫苗组合物。在一个实施方案中，疫苗组合物包含犬科动物流感病毒的多核苷酸或多肽。在一个实施方案中，疫苗组合物包含编码具有SEQ ID N0:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76 或78任一个中所示氨基酸序列的多肽，或者其功能和/或免疫原性片段或变体的多核苷酸。在特定实施方案中，编码 SEQ IDN0:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76 或 78 中所示氨基酸序列的多核苷酸分别包含 SEQ ID N0:l、3、5、7、9、ll、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75 或 77 中所示核苷酸序列，或者编码 SEQ ID N0:2、4、6、
8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76或78任一个的功能和/或免疫原性片段或变体的序列。在另一特定实施方案中，本发明的多核苷酸可以包含:SEQ ID NO: 3的核苷酸1-2271 ；SEQ ID NO: 5的核苷酸1-2148 ；SEQ ID NO: 7 的核苷酸 1-657 ；SEQ ID NO:9 的核苷酸 1-1494 ；SEQ ID NO: 11 的核苷酸1-1410 ；SEQ ID NO: 13 的核苷酸 1-756 ；SEQ ID NO: 15 的核苷酸 1-1695 ；SEQ ID NO: 19 的核苷酸 1-2271 ；SEQ ID NO:21 的核苷酸 1-2148 ；SEQ ID NO:23 的核苷酸 1-657 ；SEQ ID NO:25 的核苷酸 1-1494 ；SEQ ID NO: 29 的核苷酸 1-756 ；SEQ ID NO: 31 的核苷酸 1-1695 ；SEQ ID NO:47的核苷酸 1-2277 ；SEQ ID NO:49 的核苷酸 1-2271 ；SEQ ID NO:51 的核苷酸 1-2148 ；SEQ IDNO:53 的核苷酸 1-690 ；SEQ ID NO:55 的核苷酸 1-1494 ；SEQ ID NO:57 的核苷酸 1-1410 ；SEQID NO:59 的核苷酸 1-756 ；SEQ ID NO:61 的核苷酸 1-1695 ；SEQ ID NO:63 的核苷酸 1-2277 ；SEQ ID NO:65 的核苷酸 1-2271 ；SEQ ID NO:67 的核苷酸 1-2148 ；SEQ ID NO:69 的核苷酸1-690 ；SEQ ID NO:71 的核苷酸 1-1494 ；SEQ ID NO:73 的核苷酸 1-1410 ；SEQ ID NO:75 的核苷酸1-756 ；SEQ ID NO:77的核苷酸1-1695。在另一实施方案中，疫苗组合物包含具有SEQID N0:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、 60、
62、64、66、68、70、72、74、76或78任一个所示氨基酸序列的多肽或其功能和/或免疫原性片段或变体。在另一实施方案中，疫苗组合物包含马流感病毒的多核苷酸或多肽，其中所述多核苷酸或多肽与犬科动物流感多核苷酸或多肽具有至少约90%、或者至少约95%、或至少约96%、或97%、或98%、或99%或更高序列同一性。在一个实施方案中，来自多种毒株的病毒多肽可以组合在疫苗组合物中并且用于接种宿主动物。例如，基于来自至少两种不同毒株的本发明的流感 病毒的病毒HA蛋白质的多肽可以组合在疫苗中。该多肽可以与一种毒株同源或者可以包含“杂合”或“嵌合”多肽，其氨基酸序列来自结合或者连接来自至少两种不同毒株的多肽。制备病毒多肽的步骤是本领域公知的。例如，使用固相合成方法(Merrifield, 1963)可以合成病毒多肽和肽。使用重组DNA技术也可以产生病毒多肽和肽，其中编码病毒蛋白质或者肽的多核苷酸分子在宿主细胞，如细菌、酵母或者哺乳动物细胞系中表达，并且使用本领域的标准技术纯化表达的蛋白质。
[0193]本发明的疫苗组合物还包括裸核酸组合物。在一个实施方案中，核酸可以包含编码本发明的流感病毒的HA和/或NA蛋白质的核苷酸序列。核酸接种的方法是本领域中已知的并且描述于例如美国专利号6，063，385和6，472，375。核酸可以为质粒或者基因表达盒的形式。在一个实施方案中，将核酸包裹在脂质体中提供，将所述脂质体施用于动物。
[0194]可以为根据本发明使用的疫苗组合物和免疫原，如多肽和核酸提供可药用载体或者稀释剂。可以根据制备药学上有用的组合物的已知方法配制用于本发明的化合物和组合物。在本领域技术人员公知和容易得到的许多来源中详细描述了制剂。例如，E.ff.Martin, Easton Pennsylvania, Mack Publishing Company, 19th ed., 1995 的Remington’ s Pharmaceutical Science描述了可以用于本发明的制剂。通常，将配制本发明的组合物使得有效量的免疫原与合适的载体组合以便促进组合物的有效施用。用于本发明方法中的组合物还可以为多种形式。这些包括例如，固体、半固体和液体剂型，如片剂、丸齐?、粉剂、液体溶液剂或混悬剂、栓剂、注射液和灌注液，和喷雾剂。优选的形式取决于预期的施用方式和治疗应用。组合物还优选包括本领域技术人员已知的常规的可药用载体和稀释剂。用于本发明肽模拟物的载体或稀释剂的实例包括，但不限于，水、盐水、油，包括矿物油、乙醇、二甲基亚砜、明胶、环糊精、硬脂酸镁、葡萄糖、纤维素、糖、碳酸钙、甘油、氧化铝、淀粉和等同的载体和稀释剂，或者这些任一种的混合物。本发明免疫原的制剂还可以包含悬浮剂、保护剂、润滑剂、缓冲剂、防腐剂和稳定剂。为了提供施用此类剂量用于所希望的治疗性治疗，本发明的药物组合物将有利地包含基于包括载体或稀释剂的总组合物的重量按重量计约0.1%到45%，特别I到15%的一种或多种免疫原。[0195]通过本领域公知的方法可以制备本发明的疫苗和免疫原性组合物。例如，通常将疫苗或者免疫原制备为注射剂，例如，液体溶液剂或者混悬剂。以与剂量制剂相容的方式和在受体中治疗有效和免疫原性的量施用疫苗或者免疫原。本领域技术人员可以容易地确定具体疫苗或者免疫原制剂的最佳剂量和施用模式。
[0196]还可以以多抗原肽(MAP)构建体的形式提供本发明的肽和/或多肽。已经在Tam(1988)描述了 MAP构建体的制备。MAP构建体利用赖氨酸残基的核心基质，其上合成多个拷贝的免疫原(Posnett et al.，1988)。可以根据本发明的方法制备并在疫苗组合物中施用多种MAP构建体，每种含有相同或者不同的免疫原。在一个实施方案中，为MAP构建体提供一种或多种佐剂和/或与一种或多种佐剂一起施用。还产生了本发明的流感多肽并且作为包含一种或多种多肽的大分子蛋白质结构施用。公布的美国专利申请US2005/0009008描述了产生作为流感病毒疫苗的病毒样颗粒的方法。
[0197]根据本发明的方法，将本文描述的疫苗和免疫原性组合物施用于易感宿主，通常犬科动物，并且更通常为驯养的狗，以诱导保护性免疫以抵抗病毒对宿主随后的攻击或者感染的有效量和方式施用。在一个实施方案中，宿主动物是犬科动物。犬科动物包括野生的、动物园的和驯养的犬科动物，如狼、郊狼和狐狸。犬科动物还包括狗，尤其驯养的狗，如纯种和/或杂种陪伴狗、表演狗、役用狗、放牧狗、猎狗、守卫狗、警犬、赛犬和/或实验用
狗。在特定实施方案中，宿主动物是驯养的狗，如灵觀8通常肠胃外、通过注射，例如皮下、腹膜内或者肌内注射施用疫苗或者免疫原。其他合适的施用方式包括经口或者经鼻施用。通常，将疫苗或者免疫原施用于动物至少两次，每次施用之间为一周或多周的间隔。然而，设想用于初次和加强施用疫苗或者免疫原的其他方案，并且该方案可以取决于从业医生的判断和被治疗的具体宿主动物。
[0198]使用本领域中已知的方法，可以将疫苗制剂中的病毒和病毒感染的细胞失活或者减毒。例如，通过暴露于低聚甲醛、福尔马林、丙内酯(BPL)、溴乙胺(BEA)、二元氮丙啶(BEI)、苯酚、紫外线、高温、冻融、声处理(包括超声处理)等可以失活或者减毒完整病毒和受感染的细胞。疫苗剂量中无细胞的完整病毒的量将通常为约0.1mg到约5mg，更通常约
0.2mg到约2mg。包含病毒感染的细胞系的疫苗制剂的剂量将通常含有每剂约16到约18个细胞，更通常每剂约5xl06到约7.5xl07个细胞。用于动物的剂量中蛋白质或肽免疫原的量可以从约0.1 μ g到10000 μ g,或约I μ g到5000 μ g,或约10 μ g到1000 μ g,或约25 μ g到750 μ g,或约50 μ g到500 μ g,或100 μ g到250 μ g，取决于接受剂量的动物的大小、年龄等等。
[0199]本发明的免疫原性或者疫苗组合物，如病毒或者病毒感染的细胞或者病毒蛋白质或肽可以与佐剂组合，通常刚好在施用前组合。设想用于疫苗制剂的佐剂包括苏氨酰基胞壁酸二妝(MDP) (Byars et al., 1987)、阜苷、Cornebacterium parvum、弗氏完全佐剂和弗氏不完全佐剂、铝，或者这些任一种的混合物。适于用于本发明的方法和疫苗的多种其他佐剂，如明矾，是本领域中公知的，并且设想用于本发明。
[0200]本发明还涉及特异结合本发明的蛋白质或者肽的抗体。本发明的抗体包括单克隆和多克隆抗体组合物。优选地，本发明的抗体是单克隆抗体。在本发明中设想完整抗体和其抗原结合片段。从而，例如，合适的抗原结合片段包括Fab2、Fab和Fv抗体片段。本发明的抗体可以用可检测部分，如荧光分子标记(例如，萤光素或者酶)。[0201]本发明还涉及用于检测和鉴定本发明的流感病毒和诊断本发明的流感病毒对动物的感染的方法和组合物。本发明的方法包括检测来自动物的生物样品中犬科动物流感的存在。样品中犬科动物流感的检测可用于诊断动物中的犬科动物流感。该信息又可以提供基于区分随时间存在的犬科动物流感的水平来预后动物的能力，并且可以帮助选择动物的治疗剂和治疗，和帮助监测疗法。该方法还提供了确立在测试的动物中不存在犬科动物流感的能力。
[0202]检测动物中犬科动物流感的能力允许评估不同的地理位置中犬科动物流感的爆发。该信息还允许早期检测从而可以隔离受感染的动物，以限制疾病的传播，和允许早期干预治疗选择。此外，得到该信息可以为准备治疗许多患病动物的医学人员提供指导，包括装备药材供应，和如果可以得到，疫苗。
[0203]在一个实施方案中，本发明的方法涉及从受试动物，如犬科动物收集生物样品。生物样品可以是任一种生物样品，包括细胞、组织、毛发、全血、血清、血浆、乳头抽吸物、肺灌洗液、脑脊液、唾液、汗液和泪液。
[0204]动物受试样品可以来自怀疑具有犬科动物流感病毒的动物,无论该动物是否显示出疾病症状。还可以提供对照样品或者从已知没有犬科动物流感的动物收集。可以提供额外的对照例如，以减少假阳性和假阴性结果，和证实测定中的试剂主动检测犬科动物甲型
流感病毒。
[0205]除了检测生物样品中犬科动物流感的存在或不存在，本发明中使用的检测方法可以检测犬科动物流感病毒中的突变，如核酸序列的改变，其可以由环境、药物治疗、遗传操作或者突变、损伤、食 物的改变、衰老或者动物的任何其他的特征引起。突变还可以导致犬科动物甲型流感变得抵抗以前有效的药物，或者使得病毒感染和在不同物种的动物或者人类中繁殖。例如，已经表明鸟类甲型流感病毒感染其他动物和人。
[0206]在用于检测动物中流感病毒的一个实施方案中，通过收集高质量的样品、它们快速运输到检测设施、和在实验室检验前合适的保存方便了诊断。在含有受感染的细胞和分泌物的样品中最佳地检测到病毒。在一个实施方案中，在临床症状发作后前3天内采集用于直接检测病毒抗原和/或核酸和/或病毒分离的样品。多种类型的样本适于诊断上呼吸道的病毒感染，包括，但不限于，鼻拭子、鼻咽拭子、鼻咽抽吸物、鼻洗液和喉咙拭子。除了拭子外，还可以采集组织或者血清的样品，并且还可以进行侵入性步骤。
[0207]在一个实施方案中，收集呼吸系统样品并以l_5ml病毒运送培养基运输。满足多种病毒的回收的多种培养基可通过商业途径获得。向运送培养基中加入临床样品。还可以用病毒运送培养基运送鼻或者鼻咽拭子。运送培养基的一个实例是10克小牛肉浸汁和2克牛白蛋白级分V，加入到无菌蒸馏水至400m。也可以加入抗生素，如0.8ml硫酸庆大霉素溶液(50mg/ml)和3.2ml两性霉素B (250 μ g/ml)。优选通过过滤消毒培养基。鼻洗液，如无菌盐水(0.85%NaCl)也可以用于收集呼吸系统病毒的样品。
[0208]在一个实施方案中，在临床症状发生后不久，优选不迟于7天内，从急性期动物的1- 5ml量的全血收集血清。还例如在症状发生后约14天收集恢复期血清样品。在中和试验中，血清样品可以用于检测抗呼吸系统病毒的抗体。
[0209]在一个实例中，可以在一定期限内(例如，每天一次，每周一次，每月一次，每半年一次或者每年一次)从个体动物收集样品。在一定时期内从个体动物得到多个样品可以用于验证来自更早检测的结果，和/或鉴定对特定治疗，例如，对所选的治疗药物的应答或者抗性。
[0210]本发明的方法可以用于检测来自动物的受试样品中一种或多种病理物质的存在，和每种病理物质的水平。可以使用用于检测病理物质的任何方法，包括但不限于，抗体测定法，包括酶联免疫吸附测定(ELISA)、间接荧光抗体(IFA)检测、血细胞凝集，和血细胞凝集抑制(HI)测定法，和蛋白质印迹。也可以使用已知的细胞培养方法。使用细胞培养物的免疫荧光或者细胞培养基(上清液)的HI测定法，可以进一步鉴定阳性培养物。
[0211]此外，可以使用检测核酸(DNA或者RNA)或者蛋白质的方法。此类方法包括，但不限于，聚合酶链式反应(PCR)和逆转录酶(RT)PCR测试和实时测试，和定量核酸酶保护测定法。可利用通过商业途径可获得的测试试剂盒用于进行这些测定法。例如，QIAGEN(Valencia, CA)出售一步RT-PCR试剂盒，和病毒RNA提取试剂盒。
[0212]在一个实施方案中，该方法利用对本发明的病毒或病毒蛋白质特异的抗体。在特定实施方案中，利用对本发明病毒的HA蛋白质特异的抗体。在一个实施方案中，使用对本发明病毒的NP蛋白质特异的抗体。从动物得到合适的样品，如来自鼻或者鼻咽区域的样品，并从中分离病毒或者病毒蛋白质。然后对病毒组分筛选对蛋白质，如本发明病毒的HA或者NP特异的抗体的结合。在另一实施方案中，从动物得到血清样品(或者其他含有抗体的样品)并对血清筛选结合本发明病毒的蛋白质的抗体的存在。例如，可以进行ELISA测定，其中平板壁具有结合到壁的HA和/或NP蛋白质，或者其肽片段。然后将平板壁与来自受试动物的血清或者抗体接触。动物中特异结合HA和/或NP蛋白质的抗体的存在表明该受试动物受到或者已经受到本发明的流感病毒的感染。
[0213]在一个实施方案中，通过测定生物样品中抗病理物质的抗体的存在或不存在，检测病理物质的存在。 在动物受感染后可以在血液检验中检测到抗体之前，需要一定的时间(例如，数月)。抗体一旦形成，通常持续许多年，甚至在成功地治疗该疾病之后。发现针对犬科动物甲型流感病毒的抗体不能指出感染是最近的还是在过去的某个时间。
[0214]还可以用液体进行抗体测试。抗体测定法包括酶联免疫吸附测定(ELISA)、间接荧光抗体(IFA)测定法，和蛋白质印迹。优选地，使用多种测定法，如ELISA或者IFA，接着通过蛋白质印迹进行抗体测试。在两步方法中，使用ELISA或者IFA测定法，接着通过蛋白质印迹进行抗体测定法。认为ELISA是比IFA更可靠和更准确的测定法，但是如果不能利用EILSA，那么可以使用IFA。蛋白质印迹测试(其是更特异的测试)也可以在所有动物中进行，尤其在那些在ELISA或者IFA测定中检测为阳性或者临界阳性(含糊的)的动物中进行。
[0215]可以用于检测流感病毒的其他基于抗体的测试包括血细胞凝集抑制测定法。如所述的使用鸡或者火鸡红细胞(Burleson et al.，1992)和Kendal et al.，1982)，可以检测来自动物的生物样品中的血细胞凝集活性。在一个实施方案中，将本发明的流感或者HA蛋白或者肽与含有血清或者抗体的测试样品接触。然后加入来自动物如鸟的红细胞(RBC)。如果存在抗HA的抗体，那么RBC将不凝集。如果不存在抗HA的抗体，那么在HA存在下，RBC将凝集。对标准血细胞凝集抑制测定法的变更和修改是本领域中已知的并且设想在本发明的范围内。
[0216]通过从样品如鼻或者鼻咽拭子分离病毒，可以确定动物的感染。使用标准方法，包括细胞培养和鸡胚接种，可以进行病毒分离。
[0217]在进一步的实施方案中，可以用基于核酸的测定法检测本发明的病毒。在一个实施方案中，从动物得到核酸样品并将该核酸进行PCR，如果该核酸含有对本发明的流感病毒特异的序列，那么使用的引物将产生扩增产物。在特定实施方案中，在测定中将RT-PCR用于本发明病毒。在示例的实施方案中，用实时RT-PCR测定本发明的流感病毒。PCR、RT-PCR和实时PCR方法是本领域中已知的并且已经在美国专利号4，683，202; 4, 683，195; 4, 800，I59; 4，965，188; 5，994，056; 6，814，934;和 Saiki et al.(1985) ; Sambrook et al.(1989) ; Leeet al.(1993);和Livak et al.(1995)中。在一个实施方案中，PCR测定法使用对流感基质(MA)基因和/或HA基因特异的寡核苷酸。还可以对扩增产物测序以确定该产物是否具有本发明的流感病毒的序列。其他基于核酸的测定法可以用于检测和诊断本发明病毒的病毒感染并且设想此类测定法在本发明的范围内。在一个实施方案中，将含有核酸的样品进行基于PCR的扩增，使用正向和反向引物，其中所述引物对病毒多核苷酸或者基因序列特异。如果样品中的核酸是RNA，那么可以进行RT-PCR。对于实时PCR，将可检测的探针与引物一起使用。
[0218]对许多循环流感病毒的血凝素(HA)基因特异的引物组是已知的，并且正在被不断开发出来。流感病毒基因组是单链RNA，并且必须使用逆转录酶(RT)聚合酶进行DNA拷贝(cDNA)。例如，使用RT-PCR对RNA基因组的扩增需要一对寡核苷酸引物，其通常基于甲型流感病毒亚型的已 知的HA序列和神经氨酸酶(NM)-1设计。可以选择引物使得它们将特异扩增仅一种病毒亚型的RNA。使用亚型特异的引物产生的DNA可以通过分子遗传学技术如测序进一步分析。试验优选用阳性对照进行，或者产物通过测序并与已知序列比较来验证。不存在目标PCR产物(即，“阴性”结果)不能排除病毒的存在。然后可以在几小时内从临床拭子或者感染的细胞培养物得到结果。甲型流感病毒的PCR和RT-PCR试验由Fouchieret al., 2000 和 Maertzdorf et al., 2004 描述。
[0219]本发明还涉及筛选对本发明的病毒具有抗病毒活性的化合物或药物的方法。在一个实施方案中，将本发明的病毒感染的细胞与受试化合物或者药物接触。然后测定接触后病毒的量或者病毒活性。可以选择显示出抗病毒活性的那些化合物或者药物用于进一步评估。
[0220]本发明还涉及用本发明的流感病毒感染的分离的细胞。在一个实施方案中，所述细胞是犬科动物细胞，如犬科动物肾上皮细胞。
[0221]本发明还涉及用编码本发明多肽的本发明多核苷酸转化的细胞。优选地，在本发明的表达构建体中提供所述多核苷酸序列。更优选地，所述表达构建体提供了在细胞中过表达有效连接的本发明的多核苷酸。在一个实施方案中，用多核苷酸序列转化细胞，所述多核苷酸序列包含编码 SEQ ID N0:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76 或 78 的任一个中显示的氨基酸序列，或者其功能片段或者变体的序列。在特定实施方案中，用编码SEQ ID N0:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76或78中所示的氨基酸序列的多核苷酸转化的细胞分别包含SEQ ID NO: 1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75或 77 中所示的核苷酸序列，或者编码 SEQ ID N0:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76 或 78 的任一个的功能片段或者变体的序列。从而，本发明涉及用包含SEQ IDN0:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75 或 77 的任一个中所示的核苷酸序列或者 SEQ IDN0:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75或77的任一个的片段或者变体，包括简并变体的多核苷酸序列转化的细胞。
[0222]所转化的细胞可以是真核细胞，例如，植物细胞，包括原生质体，或者转化的细胞可以是原核细胞，例如，细菌细胞，如大肠杆菌或者枯草芽孢杆菌。动物细胞包括人细胞，哺乳动物细胞，部分犬科动物细胞、鸟类细胞和昆虫细胞。植物细胞包括，但不限于，双子叶植物细胞、单子叶植物细胞和针叶树细胞。
[0223]本发明还涉及表达和产生本发明的病毒蛋白或者多肽的转基因植物。本发明设想用本发明的多核苷酸转化或者经育种而含有本发明的多核苷酸的植物、植物组织和植物细胞。优选地，在植物、植物组织或者植物细胞中过表达本发明的多核苷酸。植物可以用于产生本发明的流感疫苗组合物并且可以通过植物的消费施用疫苗(见，例如，美国专利号5，484，719 和 6，136，320)。
[0224]本发明还涉及用于检测病毒或者诊断本发明的病毒感染的试剂盒。在一个实施方案中，试剂盒包含本发明的 抗体，其特异结合本发明的流感病毒，或者其抗原性部分。在另一实施方案中，试剂盒包含本发明的一种或多种多肽或者肽。在特定实施方案中，所述多肽具有 SEQ ID N0.2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、33、34、48、50、52、54、
56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76或78任一个中所示的氨基酸序列，或者其功能和/或免疫原性片段或变体。在另一实施方案中，试剂盒包含一种或多种本发明的多核苷酸或者寡核苷酸。在特定实施方案中，所述多核苷酸具有SEQ ID N0.1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、
21、23、25、27、29、31、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75 或 77 任一个中所示的核苷酸序列，或者其片段或者变体。试剂盒可以任选包含一种或多种对照抗体、对照多肽或者肽，和/或对照多核苷酸或者寡核苷酸。试剂盒的抗体、多肽、肽、多核苷酸和/或寡核苷酸可以在合适的容器或者包装中提供。
[0225]本申请还涉及杂种狗作为流感病毒感染和发病机理模型的用途。在一个实施方案中，对杂种狗接种本发明的流感病毒，如犬科动物流感病毒。任选地，接种后可以对狗施用治疗剂。在用病毒接种之前，还可以对狗施用组合物用于产生针对流感病毒的免疫应答。可以在接种之前和/或之后得到组织、血液、血清和其他生物样品并使用本领域中已知的方法检查病毒的存在和组织的发病机理，所述方法包括，但不限于，PCR、RT-PCR、核酸测序，和免疫组织化学。
[0226]将犬科动物流感病毒毒株(称作“A/canine/Florida/43/2004”和“A/canine/Florida/242/2003”)于2006年10月9日保藏在美国典型培养物保藏中心(ATCC)，P.0.Boxl549, Manassas, VA20108,其中犬科动物流感病毒毒株“A/canine/Florida/43/2004”的保藏号为PTA-7914，犬科动物流感病毒毒株“A/canine/Florida/242/2003”的保藏号为PTA-7915。将犬科动物病毒毒株(称作“canine/Jax/05”和“canine/Miami/05”)于2006年10月17日保藏在美国典型培养物保藏中心(ATCC)，P.0.Boxl549, Manassas, VA20108，其中犬科动物流感病毒毒株“canine/Jax/05” (也称作“A/Canine/Jacksonville/05”)的保藏号为PTA-7941，犬科动物流感病毒毒株“canine/Miami/05”(也称作“A/Canine/Miami/05”)的保藏号为PTA-7940。已经将主题病毒毒株保藏在这样的条件下，其确保在本专利申请待决期间，根据37CFR1.14和35U.S.C.122授权的专利和商标委员(Commiss1ner of Patents and Trademarks)决定的人可以得到所述培养物。在提交主题申请的副本或其后续申请的国家，如需要可以按照所述国家的外国专利法获得所述保藏物。然而，应该理解保藏物的可得性不构成实施本发明而损害政府行为授予的专利权的许可。
[0227]此外，将根据微生物保藏布达佩斯条约的规定保藏主题病毒保藏物并且可以被公众获得，即将进行所有必要的管理以保存它而确保在供应保藏物样品的最近请求后至少5年的期间内和在任何情况下，保藏日后的至少30年期间内或者可以出版公开该培养物的任何专利的可实施期间内是存活的和未受污染的。保藏人承认当请求时，由于保藏物的条件保藏机构不能提供样品时而更换保藏物的的义务。当公开该保藏物的专利被授权时，主题培养保藏物对公众可得性的所有限制都将被不能改变地废除。
[0228]表57 阐明了在鉴定为 A/canine/Florida/43/2004(Ca/Fla/43/04)的犬科动物流感病毒以及H3N8马隔离群以及canine/Florida/242/2003隔离群的血凝素(或“HA”)、神经氨酸酶(或“NA”)和核蛋白(NP)基因编码的氨基酸之间的相似性。
[0229]本文公开的任一实施方案的任一元素可以与本文的任何其他元素或者实施方案组合，并且特别设想此类组合在本发明的范围内。
[0230]本文提及或者引用的所有专利、专利申请、临时申请和出版物都完整(包括所有图和表)引入本文作为参考，直到它们与本说明书的明确教导不一致的程度。
[0231]实施例1 — 6的材料和方法
[0232]从灵I收集血液和鼻拭子
[0233]从在赛跑狗舍中经历呼吸系统疾病爆发的临床上患病的或者正常的灵觀通过颈
静脉穿刺收集急性和恢复期血液样品。在急性样品后4到12周收集恢复期样品。收获血清并在一 80°C保存。收集鼻拭子并在递交用于细菌分离之前置于具有炭的Amies运送培养基(Becton Dickinson B1sciences)中。
[0234]灵猨.的尸体剖检
[0235]由佛罗里达大学兽医学院(Universityof Florida College of VeterinaryMedicine (UF CVM))的解剖病理学处(Anatomic Pathology Service)对 2004 年 I 月在佛
罗里达赛场的爆发中死亡的8只灵麗的5只进行完全的尸体剖检。另一只狗的尸体剖检
在私立的兽医诊所进行，将组织递交到UF CVM用于组织病理学诊断。将组织用10%中性缓冲福尔马林固定，包埋在石蜡中，并对5-μ m切片用苏木精和伊红染色用于组织病理学诊断或者处理用于如下述的免疫组织化学。递交未固定的组织用于细菌培养并且也保存在一80。。。
[0236]犬科动物呼吸系统病原体的血 清学试验
[0237]将配对的急性和恢复期血清样品递交给康耐尔大学兽医学院(CornellUniversity College of Veterinary Medicine)的动物健康诊断实验室(Animal HealthDiagnostic Laboratory (AHDL))，对犬瘟热病毒、2型腺病毒和副流感病毒进行血清中和测定。抗体效价表达为抑制细胞培养物的病毒感染的血清的最终稀释度。血清转变表明病毒感染，将血清转变定义为急性和恢复期样品之间抗体效价升高> 4倍。没有检测到对这些病毒病原体的血清转变。
[0238]犬科动物细菌呼吸系统病原体的微生物试验
[0239]将配对的鼻拭子和死后组织递交给UF CVM的诊断临床微生物学/寄生虫学/血清学处(Diagnostic Clinical Microb1logy/Parasitology/Serology Service)用于细菌分离和鉴定。在非选择培养基以及选择博德特氏菌(Bordetella)种(Regan-Lowe; Remel)和支原体(Mycoplasma)种(Remel)的培养基上培养样品。在没有报告生长前，保持所有培养物21天。还将一些灵薇的鼻拭子递交给堪萨斯州立大学兽医学院(Kansas StateUniversity College of Veterinary Medicine)的诊断医学 / 病理生物学系(Departmentof Diagnostic Medicine/Pathob1logy)用于细菌培养。在所检验的70只临床上患病的狗中，从I只狗的鼻腔分离支气管博德特氏菌(Bordetella bronchiseptica),而从33只狗的鼻腔回收支原体。通常用化脓性鼻涕从狗的鼻腔回收出血败血性巴斯德氏菌(Pasteurellamultocida)。在2004年I月的爆发中死亡的两只狗在死亡后肺中具有大肠杆菌的不足的生长，一只狗具有大肠杆菌和犬链球菌(Streptococcus canis)的不足的生长,另一只具有铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)和酵母的不足的生长。从死亡狗的气管或者肺中没有分离到支气管博德特氏菌或者支原体。
[0240]从死后组织分离病毒
[0241]将冷冻的组织解冻并在10倍体积的补充0.5%牛血清白蛋白(BSA)和抗生素的极限必需培养基(MEM)中 匀浆。通过离心除去固体碎片并将上清液接种到培养的细胞或
者10天龄的含胚的鸡蛋中。将来自死亡灵.提的组织匀浆物接种到不同的细胞培养物中，
该培养物支持多种病毒病原体的复制。细胞培养物包括Vero (非洲绿猴肾上皮细胞，ATCCN0.CCL-81)、A-72 (犬肿瘤成纤维细胞，CRL-1542) ,HRT-18 (人直肠上皮细胞，CRL-11663)、MDCK(犬肾上皮细胞，CCL-34)、原代犬肾上皮细胞(AHDL，Cornell University)、原代犬肺上皮细胞(AHDL)和原代牛睾丸细胞(AHDL)。在补充2.5ug/mL TPCK-处理的胰蛋白酶(Sigma)的MEM中培养MDCK和HRT细胞；在补充10%胎牛血清和抗生素的MEM中培养剩余的细胞系。在25cm2瓶中37°C下在含有5%C02的增湿空气中培养细胞。用经补充的MEM接种对照培养物。每天观察培养物的形态改变并在接种后5天收获。将收获的液体和细胞通过离心澄清并如对最初接种所描述的接种在新鲜细胞上；进行两次盲法传代。使用鸡或者火鸡血红细胞如所述的(Burleson et al., 1992; Kendal et al., 1982)测定澄清的上清液中的血细胞凝集活性。对于鸡胚中的病毒分离，将0.1mL组织匀浆物接种在尿膜囊中并在35°C下培养48小时。两次盲法传代后，如所述的测定尿囊液中的血细胞凝集活性(Burleson etal.,1992;Kendal et al., 1982)。
[0242]RT-PCR、核苷酸测序和系统讲化分析
[0243]使用RNeasy试剂盒(Qiagen, Valencia, CA)根据生产商的使用说明，从组织培养物上清液或者尿囊液提取总RNA。使用一步RT-PCR试剂盒(Qiagen，Valencia, CA)根据生产商的使用说明将总RNA(1ng)逆转录成cDNA。如以前描述的(Klimov et al.，1992a)，使用通用的基因特异性引物组进行cDNA中8种流感病毒基因的编码区的PCR扩增。所得DNA扩增子用作Applied B1systems3100自动化DNA测序仪上的自动化测序的模板,使用循环
测序染料终止化学(ABI)。用 t;CG Package" ,版本 10.0(Accelyrs) (WombIe, 2000)
分析核苷酸序列。用Phylogeny Inference Packaged版本3.5估计系统发生和从核苷
酸序列计算自展值(Felsenstein, 1989)。使用 MEGA@ 程序(Kumar et al., 2004)中实现的Tamura-Nei gamma模型,将系统树与近邻连接分析产生的那些系统树比较,并通过PAUP"5 4.0Beta 程序(Sinauer Associates)证实。
[0244]狗的实验接种
[0245]使用四只6个月龄的特定无病原体的小猎兔犬[2只雄性和2只雌性(LibertyResearch)]。体检和基线血试验，包括全血细胞计数/微分、血清化学小组和尿分析确定动物是健康的。将它们养在试验动物照料评估和认证协会(Associat1n for Assessment andAccreditat1n of Laboratory Animal Care)认证的BSL2-增强型设施中。每天两次持续7
天记录基线直肠温度。通过异丙酚(腿privan?, Zeneca Pharmaceuticals, 0.4mg/kg 体
重以生效)的静脉内注射麻醉狗用于用气管内插管进行插管法。每只狗接种总剂量为16 6半数组织培养感染量(TCID5tl)的 A/Canine/Florida/43/2004(Canine/FL/04) (H3N8)病毒，将一半的剂量通过气管内插 管施用于远端气管并将另一半剂量通过导管施用于鼻道深处。接种后(p.1.) 14天，每天两次进行体检和直肠温度记录。通过颈静脉穿刺在接种后0、3、5、
7、10和14天收集血样(4mL)。在接种后O到5、7、10和14天用聚酯拭子(Fisher Scientific)从每只狗收集鼻和鼻咽样品。将拭子置于病毒运送培养基(Remel)中并保存在一 80°C。通过在接种后5天静脉内接种Beuthanasia-D⑩溶液(lmL/5kg体重;Schering-PloughAnimal Health Corp)对两只狗实施安乐死(I只雄性和I只雌性)并在第14天对剩下的2只狗进行尸体剖检。如所述的处理用于组织学分析的组织。用于病毒培养的组织在一80°C保存。该研究得到佛罗里达大学机构动物管理和使用委员会(University of FloridaInstitut1nal Animal Care and Use Committee)的批准。
[0246]病毒从实验接种的狗的脱落
[0247]通过离心澄清拭子运送培养基制备的肺匀浆物和拭子提取物的连续稀释液用补充0.5%BSA和抗生素的MEM建立。如所述的(Burleson et al.，1992)使用单层MDCK细胞在6孔组织培养板中进行噬菌斑测定。用含有0.8%琼脂糖和1.5ug/mL TPCK-胰蛋白酶的补充的MEM覆盖接种的细胞单层。在固定和用结晶紫染色前，在含有5%C02的增湿的空气中37°C下培养细胞72小时。病毒浓度表达为每克组织或者每个拭子的噬斑形成单位(PFU)。
[0248]免疫组织化学
[0249]在Bond-Rite? 载玻片(Richard-AlIan Scientific, Kalamazoo, Ml)上封固来自灵.薇:和小猎兔犬的脱蜡和再水化的5-μ m肺组织切片并随后用蛋白
酶K (DakoCytomat1n, Carpenteria, CA)接着用过氧化物酶封闭试剂(DftkO?EnVis1n?Peroxidase Kit, Dako Corp.)处理。将切片与抗犬痕热病毒(VMRD，Inc.)、犬2型腺病毒(VMRD，Inc.)、犬副流感病毒(VMRD，Inc.)或者甲型流感H3 (ChemiconInternat1nal, Inc.)的单克隆抗体的1:500稀释液在室温下温育2小时。对照包括用小鼠IgG(lmg/mL，Serotec, Inc.)温育相同的切片，并温育单克隆抗体与正常的犬肺切片。
用一级抗体处理后，用二级免疫过氧化物酶和过氧化物酶底物试剂(；Dak0? EnVis1n?
Peroxidase Kit, Dako Corp.)根据生产商的使用说明温育切片。将切片用苏木精复染，用Clarifier#2 和 Bluing Reagent (Richard-Allan Scientific, Kalamazoo, MI)处理，脱水，并用 Permount(ProSciTech)盖片。
[0250]血.细胞凝集抑制(HI)测定法
[0251]在37°C下用受体破坏酶(RDE，Denka) (1份血清:3份RDE)温育血清样品16小时，然后在56 °C热失活60分钟。在37 °C下在MDCK细胞中培养Influenza A/Canine/FL/04(H3N8)病毒36-48小时。收获病毒培养上清液，通过离心澄清，并在一 80°C保存。如以前描述的进行HI测定法(Kendal et al.，1982)。简言之，将25 μ I中的4血凝单位病毒加入微量滴定孔中等体积的连续稀释的血清，并在室温温育30分钟。加入等体积的0.5%ν/V火鸡红细胞并在30分钟后通过视觉评估血细胞凝集效价。将终点HI效价定义为完全抑制血细胞凝集的血清的最后稀释度。将血清转变定义为配对的急性和恢复期样品之间的HI效价> 4倍增加。将单个样品的血清阳性定义为≥ 1:32的HI抗体效价。
[0252]微量中和Ml测定 [0253]通过如以前描述的MN 测定法(Rowe et al.，1999)检测对 A/Canine/FL/04 (H3N8)的中和血清抗体应答，只是在测定前对犬血清进行如上述的RDE处理。将终点效价定义为得到病毒的100TCID5(i50%中和的血清的最高稀释度。将血清转变定义为配对的急性和恢复期样品之间丽效价≥4-倍增加。将单个样品的血清阳性定义为丽效价≥1:80。
[0254]下面是阐明实施本发明方法的实例。不应该将这些实施例理解为限制。除非另外指出，所有百分数都是按重量计并且所有溶剂混合物比例都是按体积计。
[0255]实施例1
[0256]在2004年I月，在Florida赛场的2个狗舍中喂养的22只竞赛灵和为这些狗
舍提供狗的当地农场中发生了呼吸系统疾病的爆发。在每个狗舍建筑中有约60只狗，农场中约300只狗。在6天内发生了爆发，之后没有鉴定到新的病例。22只狗的14只具有39.5到41.5°C的发热，发咝的作呕性咳嗽10到14天，并且最终恢复。在剩余的8只狗中，6只明显健康的狗出乎意料地死亡，具有口和鼻出血。两只其他狗由于快速恶化，在发生口鼻出血的24小时内实施安乐死。这些狗都具有41°C发热。8例死亡中4例在狗舍建筑物中发生，4例在农场发生。50%的死亡发生在爆发的第3天。22只狗的年龄为17个月到4岁，但是73%的为17到33个月龄。
[0257]两种临床综合征是明显的:较轻微的病，其特征是最初的发热和然后咳嗽10 -14天(14只狗)，随后恢复，或者过急性死亡，伴随着呼吸道中的出血(8只狗，死亡率为36%)。对8个死亡病例的6例进行了尸体剖检。所有狗都在肺、纵隔和胸膜腔中具有广泛的出血。对呼吸道的组织学检查揭示除了肺部出血外，所有狗都具有气管炎、支气管炎、细支气管炎和化脓性支气管肺炎(图3)。这些组织中上皮层和气道腔中浸润嗜中性粒细胞和巨噬细胞。将从这些狗制备的肺匀浆物接种到多种猴、人、牛和犬细胞系用于病毒培养。来自一条狗的肺匀浆物在胰蛋白酶存在下在培养的Madin-Darby犬肾上皮细胞(MDCK)中引起细胞病变效应，并且细胞培养上清液凝集了鸡红细胞。通过商业ELISA检测甲型和乙型流感病毒的核蛋白，和通过使用对甲型流感病毒的基质基因特异的引物进行PCR分析，提供甲型流感病毒的初步证据。此外，通过针对马甲型流感H3亚型的参照抗血清抑制了血细胞凝集活性，但是通过对人甲型流感亚型Hl-Hll和H13特异的抗血清没有抑制血细胞凝集活性(表3)。为了表征病毒的分子性质，我们测定了病毒基因组的8个RNA区段的核苷酸序列。与已知的流感病毒基因的序列比较和系统进化分析表明犬分离群的8种基因与来自同时代的马甲型流感(H3N8)病毒最相似，它们与所述病毒的基因共有> 96-97%的序列同一性(图1A，表4)。相比，来自鸟类、猪和人甲型流感分离株的代表性基因与犬分离群具有≤ 94% 同一性(表 4)。这些数据将犬分离群 A/Canine/Florida/43/04(Canine/FL/04)鉴定为与马流感病毒的同时代谱系密切相关的甲型流感H3N8病毒。因为犬分离群的所有基因都是马流感病毒来源的，所以我们推断马流感病毒的整个基因组已经转移到狗。
[0258]实施例2
[0259]为了研究Canine/FL/04在灵.提’中的临床和病理学观察中的作用，我们使用抗甲
型流感H3的单克隆抗体对肺组织进行了免疫组织化学染色(IHC)。在支气管和细支气管上皮细胞的细胞质、支气管腺上皮细胞和气道腔和肺泡腔的巨噬细胞中总是检测到病毒H3抗原(图2A)。这些数据支持在多只狗中H3亚型流感病毒的肺部感染的诊断。
[0260]实施例3
[0261]为了确定Canine/FL/04-样病毒参与呼吸系统疾病爆发的病因，我们通过血细胞凝集抑制(HI)和微量中和法(MN)分析了来自11只病狗和16只无症状接触狗的急性和恢复期血清。在两种测定法中，在11只中的8只(73%)病狗中发生了血清转变，其定义为对Canine/FL/04的抗体效价从急性到恢复期升高≥4-倍(表1)。在HI测定中，16只中的6只(38% )无症状接触狗中发生血清转变，而在MN测定法中，16只中的8只(50% )血清转变(表1)。血清转变数据表明Canine/FL/04-样病毒对狗的感染，其与多数动物中呼吸系统疾病的发作在时间上吻合。
[0262]在与病狗一起喂养的额外的46只无症状狗的爆发后3个月，收集单个血清样品。其中，在两种测定法中43只(93%)为血清阳性。对于所测试的73只狗的总群体中，93%的在两种测定中为血清阳性，包括82%(9/11)只病狗和95%(59/62)健康接触狗。没有呼吸系统疾病史的狗中的高血清阳性率表明犬科动物流感病毒的多数感染是亚临床的并且提示病毒在狗中的有效传播。亚临床感染是否促进病毒的传播还是未知的。
[0263]实施例4
[0264]为了更好地理解Canine/FL/04病毒感染狗的能力，用16 6半数组织培养感染量(TCID50)通过气管内和鼻内途径接种四只6月龄purpose-品种的小猎兔犬的每一只。所有狗在接种后前2天(p.1.)都发生发热(直肠温度> 390C )，但是在14天的观察期内没有一只显示出呼吸症状，如咳嗽或者鼻涕。通过用鼻或者口咽拭子定量病毒检查病毒脱落。4只狗的仅仅两只脱落可检测量的病毒。一只狗在接种后I和2天脱落病毒(每个拭子
1.0-2.51og10PFU)，而另一只狗在接种后连续四天脱落病毒(每个拭子1.4-4.51og10PFU)。
在5p.1.对两只狗的尸体剖检揭示了类似于在灵中的自发疾病中发现的坏死和增生性气管炎、支气管炎和细支气管炎，但是没有肺出血或者支气管肺炎。通过IHC在支气管、细支气管和支气管腺的上皮细胞的细胞质中检测到病毒H3抗原(图2B)。从一只狗的肺组织回收感染性病毒。在接种后14天对剩下两只狗的尸体剖检显示了呼吸系统组织中最小的组织学改变，通过IHC没有检测到病毒H3抗原，从肺匀浆物没有回收病毒。到接种后第7天用MN测定法检测到后两只狗中的血清转变，到第14天抗体效价进一步增加2到3倍。这些结果确定狗对Canine/FL/04感染的易感性，如通过发热反应、在肺实质中存在病毒抗原和感染性病毒、流感的典型组织学发现，和血清转变所证实。在实验接种的小猎兔犬中不
能再现严重疾病和死亡并不令人惊奇，因为大部分的天然感染的灵.觀是无症状的。
[0265]实施例5
[0266]为了研究在2004年I月爆发前，Canine/FL/04-样流感病毒是否已经在佛罗里
达的灵It群体中传播，使用HI和MN测定法对来自65只竞赛灵提.的存档血清测试抗
Canine/FL/04的抗体。在来自1996到1999年的33个狗样品中没有检测到抗体。在2000到2003年间的32个狗样品中，9个样品在两种测定法中都是血清阳性的一 I个在2000年，2个在2002年，6个在2003年(表5)。血清阳性狗位于佛罗里达赛场，这些赛场与从1999到2003年未知病因的呼吸系统疾病爆发有关，提示Canine/FL/04-样病毒可能是那些爆发的致病因子。为了进一步研究该可能性，我们检查了来自2003年3月死于出血性支气管肺
炎的灵.提’的存档组织。接种到MDCK细胞和鸡胚的来自一只狗的肺匀浆物产生了 H3N8流感病毒，称作 A/Canin e/Florida/242/2003 (Canine/FL/03)。对 Canine/FL/03 的完整基因组的序列分析揭示与Canine/FL/04的>99%同一性(表4)，表明Canine/FL/04-样病毒在
2004年前已经感染了灵Jte
[0267]实施例6
[0268]从2004年6月到8月，在佛罗里达、德克萨斯、阿拉巴马、阿肯色、西佛吉尼亚和堪萨斯州的14个赛场的几千只竞赛灵,提中发生了呼吸系统疾病爆发。
[0269]一些赛场的官员估计他们至少80%的狗群体患有临床疾病。多数狗具有与2004年I月爆发中的狗类似的发热(> 390C )和咳嗽的临床病征，但是许多狗也具有粘液脓性鼻涕。报导了多例死亡，但是不能确定准确的死亡率。
[0270]我们收集了位于4佛罗里达赛场的94只狗的配对的急性和恢复期血清:56%的这些狗对Canine/FL/04的抗体效价升高≥4倍，100%为血清阳性的(表6)。来自西佛吉尼亚和堪萨斯州的29只狗的恢复期血清也具有抗Canine/FL/04的抗体。我们从德克萨斯赛场的死于出血性支气管肺炎的灵魏的肺分离了甲型流感(H3N8)病毒。该分离群(称作A/Canine/Texas/1/2004 (Canine/TX/04))的完整基因组的序列分析揭示与Canine/FL/04>99%的同一性(表4)。在13个月期间内和从不同的地理位置从致死的犬病例分
离出三种密切相关的流感病毒，以及在竞赛灵中普遍感染的实质性血清学证据，提示Canine/FL/04-样病毒在狗群体中的持续传播。
[0271]Canine/FL/03、Canine/FL/04 和 Canine/TX/04 的 HA 基因的系统进化分析表明它们组成单源群，具有有力的自引支持度，其与2002和2003年分离的马病毒的同时代H3基因明显不同(图1B)。其他7种基因组区段的系统发生分析和逐对核苷酸序列比较提示犬基因隔离为与马病毒谱系最密切相关的不同的亚谱系(数据未显示，和表4)。在HA中存在4个标记氨基酸改变也支持犬流感基因聚类为与马流感分离的单源群(表2)。与来自2003和2004年的血清学结果一起，这些数据与如下相一致:从马到狗的单个病毒传播事件和随
后该病毒在灵.ft群体中的水平扩散。然而，不能正式排除来自未鉴定的储存物种的流感病
毒的该独特谱系的重复导入，虽然这无论如何不太可能。
[0272]病毒HA是流感病毒的宿主物种特异性的关键决定子(Suzuki et al.，2000)。为了鉴定HA内可能与对犬科动物宿主的适应有关的残基，我们比较了犬HA的推导的氨基酸序列与同时代马病毒的那些氨基酸序列。在马和犬成熟HA共有氨基酸序列中有四个氨基酸不同:N83S、W222L、I328T和N483T(见表2)。犬病毒当与共有的马序列比较时具有氨基酸缺失。因此，HA马序列中的氨基酸位置7是HA犬序列中的位置6，HA马序列中的氨基酸位置29是HA犬序列中的位置28，HA马序列中的氨基酸位置82是HA犬序列中的位置82，等等。从而，四个替代的氨基酸在SEQ ID NO:33和SEQ ID NO:34中所示氨基酸序列的位置82、221、327和482。在共有序列位置83上丝氨酸对天冬酰胺的替代是未知功能重要性的改变，因为在来自其他物种的H3分子中发现多种极性残基。在接近H3HA的切割位点的共有序列位置328上的严格保守的异亮氨酸已经被苏氨酸替代。发病机理中宿主蛋白酶对HA切割的重要作用提示该改变值得进一步研究。在共有序列位置222上亮氨酸对色氨酸的替代是相当值得注意的，因为它代表与唾液酸结合口袋相邻的非保守改变，其可以调节受体功能(Weis et al., 1988) 0有趣的是，在222位的亮氨酸不是犬H3HA特有的，因为它通常被发现于 H4、H8、H9 和 H12HA 亚型中(Nobusawa et al., 1991; Kovacova et al., 2002)。亮氨酸替代与对哺乳动物宿主的病毒特异性可能更相容，因为已经报导了亚型H4病毒对猪的感染(Karasin et al.，2000)和亚型H9病毒对人和猪的感染(Peiris et al.，1999)。在共有序列483位上天冬 酰胺对苏氨酸的替代导致在HA2亚基中糖基化位点的丧失，该位点在所有HA亚型中保守(Wagner et al.，2002)。尽管HA中这些氨基酸改变对于马病毒对狗的适应性的重要性还有待确定，但是以前已经观察到与物种间转移有关的类似的氨基酸改变(Vines et al., 1998;Matrosovich et al., 2000)。在表 19 到 25 中显不了本发明的其他流感病毒蛋白质和马共有序列之间的氨基酸差异。
[0273]最初感染竞赛灵提的马流感病毒的来源仍然是推测性的。在灵.提竞赛场的狗舍不位于附近的马或者马赛场，提示该灵'觀:和脱落病毒的马之间的接触不能充分解释
2004年在不同州的多处爆发。接触马病毒的潜在来源是对灵.提I喂饲马肉，所述灵.提的
食物被补充食品加工厂的生肉，食品加工厂提供可能携带流感的尸体，包括马。该感染方式的先例包括H5N1鸟流感病毒向进食受感染的鸡尸体的猪和动物园猫科动物的种间传播(Webster, 1998;Keawcharoen et al., 2004;Kuiken et al.，2004)。尽管这是马流感向狗的最初引入的似乎合理的途径，但是它不能解释最近在不同州的几千只狗中的多次流感爆发。我们的实验接种研究表明在狗的鼻道和口咽中存在病毒，尽管处于适度的滴度。然而，这些结果表明脱落是可能的，并且通过大滴气溶胶、污染物进行的病毒的狗一狗传播或者间接粘膜接触可以在该疾病的动物流行病学中起作用。[0274]全部哺乳动物流感病毒向不相关的哺乳动物物种的种间转移是罕见的事件。以前的研究已经提供了狗与人甲型流感(H3N2)病毒的暂时感染的有限的血清学或者病毒学证据，但不是血清学和病毒学证据两者(Nikitin et al., 1972, Kilbourne, etal.，1975; Chang et al.，1976;Houser et al.，1980)。然而，没有犬科动物宿主中持续传播的证据。尽管充分记载了猪流感病毒从猪向人的直接转移(Dacso et al.，1984; Kimura etal.，1998; Patriarca et al.，1984; Top et al.，1977)，但是没有猪病毒在人宿主中适应的证据。在该报导中，我们提供了完整马甲型流感(H3N8)病毒向另一种哺乳动物物种狗的种间传播。犬病毒HA中独特的氨基酸替代，以及美国多个州中狗感染的血清学证据，提示该病毒适应了犬科动物宿主。因为狗是人类的主要陪伴动物，所以这些发现具有公共健康的牵连；狗可能提供新的甲型流感病毒向人类传播的新的来源。
[0275]
【权利要求】
1.分离的流感病毒，其能够感染犬科动物，其中所述流感病毒包含编码具有SEQIDNO: 64、66、68、70、72、74、76或78的任一个中所示的氨基酸序列的多肽或者其功能和/或免疫原性片段的多核苷酸，或者所述多核苷酸编码与SEQ IDN0:64、66、68、70、72、74、76或78的任一个中所示的氨基酸序列有99%或者更大的序列同一性的多肽。
2.根据权利要求1的流感病毒，其中所述流感病毒具有H3的HA血清型。
3.根据权利要求1的流感病毒，其中所述流感病毒包含具有SEQID NO:63、65、67、69、71、73、75或77的任一个中所示的核苷酸序列的多核苷酸，或者所述多核苷酸与SEQ IDNO:63、65、67、69、71、73、75或77的任一个中所示的核苷酸序列有98%或者更大的序列同一性。
4.根据权利要求1的流感病毒，其中所述流感病毒是称作canine/Jacksonville/05的病毒隔尚群。
5.根据权利要求1的流感病毒，其中所述流感病毒被灭活或减毒。
6.根据权利要求1的流感病毒，其中所述流感病毒在可药用载体或稀释剂中提供。
7.分离的多核苷酸，其包含权利要求1的流感病毒的基因组区段或基因的全部或部分。
8.多核苷酸表达构建体，其包含权利要求7的多核苷酸。
9.权利要求7的多核苷酸编码的经分离的多肽。
10.包含权利要求1的流感病毒的免疫原的组合物，其中所述免疫原能够诱导针对流感病毒的免疫应答，所述流感病毒能够感染犬科动物。
11.根据权利要求10的组合物，其中所述免疫原包含无细胞的完整病毒，或者其部分；病毒多核苷酸；病毒蛋白；病毒多肽或者肽；病毒感染的细胞；基于重组病毒载体的构建体；重排列病毒；或者所述病毒的裸核酸。
12.根据权利要求10的组合物，其中用可药用载体或稀释剂配制所述组合物。
13.权利要求10的组合物在制造试剂盒中的用途，所述试剂盒用于在动物中诱导针对能够感染犬科动物的流感病毒的免疫应答。
14.根据权利要求13的用途，其中所述组合物包含病毒蛋白质、多肽或者肽，或者其功能和/或免疫原性片段，所述病毒蛋白质、多肽或者肽包含SEQ ID N0:64、66、68、70、72、74、76或78任一个中所示的氨基酸序列。
15.根据权利要求13的用途，其中所述免疫应答是保护性免疫应答，其预防或者阻止流感病毒对所述动物的感染。
16.根据权利要求13的用途，其中所述动物是犬科动物。
17.根据权利要求13的用途，其中肠胃外、皮下、腹膜内、肌内、经鼻或者经口施用所述组合物。
18.细胞，其包含: a)能够感染犬科动物的流感病毒；或 b)多核苷酸，其包含权利要求1的流感病毒的基因组区段或基因的全部或部分。
19.H3流感病毒抗原用于制造疫苗的用途，所述疫苗保护犬科动物免于H3流感病毒感染。
20.权利要求19的用途，其中所述疫苗包含来自犬科动物流感病毒隔离群canine/Jacksonville/05的一种或多种抗原。
21.权利要求19的用途，其中所述H3流感病毒抗原包含灭活的病毒或活的减毒的病毒。
22.权利要求19的用途，其中肠胃外、皮下、腹膜内、肌内、经鼻或者经口施用所述疫苗。
23.权利要求19的用途，其中所述疫苗与选自博德特氏菌疫苗、腺病毒疫苗和副流感病毒疫苗的至少一种疫苗组合施用。
24.犬科动物流感疫苗，其中该疫苗包含: 治疗有效量的至少一种H3流感病毒抗原，和 至少一种可药用赋形剂。
25.权利要求24的疫苗，其中所述疫苗包含来自犬科动物流感病毒隔离群canine/Jacksonville/05的一种或多种抗原。
26.权利要求24的疫苗，其中所述病毒抗原包含灭活的病毒或活的减毒的病毒。
27.针对能够感染犬科动物的流感病毒的疫苗，其包含根据权利要求1一 6任一项的犬 科动物流感病毒，或权利要求8的多核苷酸表达构建体，或权利要求9的多肽，或权利要求10 - 12的组合物。
28.权利要求27的疫苗，其中所述疫苗包含至少一种可药用赋形剂。
29.重组病毒载体，其包含编码包含SEQID NO:78中所示的氨基酸序列的血凝素(HA)的多核苷酸。
30.权利要求29的重组病毒载体，其中所述多核苷酸包含SEQID NO: 77的核苷酸序列。
31.权利要求29的重组病毒载体，其中所述重组病毒载体包含编码含有成熟形式的氨基酸序列SEQ ID NO: 78的血凝素(HA)的多核苷酸，其中所述HA蛋白包含在成熟形式氨基酸序列的第82位的丝氨酸、221位的亮氨酸、327位的苏氨酸，和482位的苏氨酸。
32.权利要求29到31任一项的重组病毒载体,其中所述病毒载体来自腺病毒、禽痘、疱疹病毒、牛痘病毒、金丝雀痘、昆虫痘、猪痘、或西尼罗病毒。
33.权利要求29到31任一项的重组病毒载体，其中所述病毒载体是金丝雀痘病毒载体。
34.多核苷酸载体，其包含编码血凝素(HA)的多核苷酸，所述血凝素(HA)包含成熟形式所示的氨基酸序列SEQ ID NO:78。
35.权利要求34的多核苷酸载体，其中所述多核苷酸包含SEQID NO: 77的核苷酸序列。
36.权利要求34的多核苷酸载体,其中所述多核苷酸载体包含编码含有成熟形式的氨基酸序列SEQ ID NO: 78的血凝素(HA)的多核苷酸，其中所述HA蛋白包含在所述成熟形式氨基酸序列的第82位的丝氨酸、221位的亮氨酸、327位的苏氨酸，和482位的苏氨酸。
37.权利要求34到36任一项的多核苷酸载体,其中所述多核苷酸载体是病毒载体。
38.权利要求37的多核苷酸载体,其中所述病毒载体来自腺病毒、禽痘、疱疫病毒、牛痘病毒、金丝雀痘、昆虫痘、猪痘、或西尼罗病毒。
39.权利要求37的多核苷酸载体,其中所述病毒载体是金丝雀痘病毒载体。
40.权利要求29到39任一项的重组病毒载体或多核苷酸载体，其中所述HA蛋白还包含成熟形式的氨基酸序列的第491位的赖氨酸。
【文档编号】C12N7/00GK104017775SQ201310741621
【公开日】2014年9月3日 申请日期:2006年10月19日 优先权日:2005年10月19日
【发明者】P·C·克劳福德, P·J·吉布斯, E·J·杜博维, R·O·多尼斯, J·卡茨, A·I·克利莫夫, N·P·拉克什曼, M·A·卢姆, D·G·E·古瓦尔特斯, M·W·梅伦坎普, N·J·考克斯, W·L·卡斯尔曼 申请人:佛罗里达大学研究基金公司, 疾病控制和预防中心, 健康公共事业部部长所代表的美国政府, 康乃尔研究基金会有限公司