1.一种测定待测分子与蛋白/多肽结合构象的方法，其特征在于，包括步骤：
1)制备蛋白/多肽溶液；
2)加入待测分子，充分混合；
3)将混合液加到导电性基底表面；
4)使用扫描探针显微镜进行扫描获得stm图像；
5)统计分析待测分子在肽链上的结合结构、位点和数量，获得能量分布差。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，5)中能量分布差的计算公式为：
其中，ei、ej分别为状态i、j的能量，pi、pj分别为状态i、j的分布概率，kb为玻尔兹曼常数，t为绝对温度。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，1)中蛋白/多肽溶液与伴侣分子共混，制备混合液，优选的，所述伴侣分子与肽链c-末端羧基形成氢键，优选的，所述伴侣分子为4bpy。
4.根据权利要求1-3任一项所述的方法，其特征在于，1)中的溶液或混合液进行超声处理。
5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述导电性基底包括石墨基底、金属基底、氧化物基底、半导体基底，优选的，所述石墨为高定向热解石墨。
6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，3)还包括除去基底表面残留液，优选的，采用吹惰性气体的方式除去基底表面残留液，更优选的，惰性气体为氮气。
7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述待测分子为药物、染料、抗体或药物前体。
8.一种测定待测分子与蛋白/多肽结合构象的设备，其特征在于，包括：
1)液体混合装置；
2)上样装置；
3)组装体形成装置；
4)显微扫描装置；
5)计算输出装置。
9.根据权利要求8所述的设备，其特征在于，所述计算输出装置输出待测分子在肽链上的结合结构、位点和数量，获得能量分布差；优选的，所述能量分布差通过公式：
进行计算，其中，ei、ej分别为状态i、j的能量，pi、pj分别为状态i、j的分布概率，kb为玻尔兹曼常数，t为绝对温度。
10.权利要求1-8任一项所述的方法、权利要求8-9任一项所述的设备在靶向蛋白药物开发中的应用。