治疗癌症的方法

治疗癌症的方法
【专利摘要】本发明提供了治疗包含FGFR1基因扩增的癌症的方法。在一些实施方案中，所述方法包括施用成纤维细胞生长因子受体1(FGFR1)胞外域(ECD)和/或FGFR1ECD融合分子。在一些实施方案中，所述方法包括施用成纤维细胞生长因子受体1(FGFR1)胞外域(ECD)和/或FGFR1ECD融合分子与至少一种其它治疗剂的组合。
【专利说明】治疗癌症的方法
[0001]本申请要求2011年11月14日提交的美国临时申请号61/559，259和2012年3月28日提交的美国临时申请号61/616，761的权益，所述临时申请出于任何目的以引用的方式整体并入本文中。
[0002]发明背景
[0003]可溶性形式的成纤维细胞生长因子受体I (FGFRl)已显示可在体外和体内抑制肿瘤细胞生长。参见例如美国专利号7，678，890。在有些情况下，抗癌疗法的功效取决于所靶向的癌症的遗传组成。
发明概要
[0004]本
【发明者】已证实在一些实施方案中，某些包含FGFRl基因扩增的癌症对涉及施用成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子的疗法的反应性大于不包含FGFRl基因扩增的癌症。在一些实施方案中，具有FGFRl过度表达的癌症对涉及施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的疗法的反应性大于不具有FGFRl过度表达的癌症。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。在一些实施方案中，具有成纤维细胞生长因子受体3同种型IIIc (FGFR3IIIC)过度表达的癌症对涉及施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的疗法的反应性大于不具有FGFR3IIIC过度表达的癌症。在一些实施方案中，具有成纤维细胞生长因子2 (FGF2)过度表达的癌症对涉及施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的疗法的反应性大于不具有FGF2过度表达的癌症。在一些实施方案中，具有dickkopf?相关蛋白3 (DKK3)过度表达的癌症对涉及施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的疗法的反应性大于不具有DKK3过度表达的癌症。在一些实施方案中，具有ETS易位变体4 (ETV4)过度表达的癌症对涉及施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的疗法的反应性大于不具有ETV4过度表达的癌症。在一些实施方案中，具有FGF18过度表达的癌症对涉及施用FGFRlE⑶或FGFR1ECD融合分子的疗法的反应性大于不具有FGF18过度表达的癌症。
[0005]在一些实施方案中，治疗具有FGFRl基因扩增的癌症的方法包括对受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中FGFRl基因扩增指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，治疗受试者的癌症的方法包括对所述受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I (FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中在施用FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子之前，所述癌症的至少一部分细胞已确定具有FGFRl基因扩增，且其中癌症中的FGFRl基因扩增指示所述癌症对FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。
[0006]在一些实施方案中，治疗具有FGFRl基因扩增的肺癌的方法包括对受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中FGFRl基因扩增指示所述肺癌对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，治疗受试者的肺癌的方法包括对所述受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I (FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中在施用FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子之前，所述肺癌的至少一部分细胞已确定具有FGFRl基因扩增，且其中癌症中的FGFRl基因扩增指示所述肺癌对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，肺癌是小细胞肺癌。在一些实施方案中，肺癌是非小细胞肺癌。
[0007]在一些实施方案中，癌症的至少一部分细胞包含FGFRl基因的至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少八个或至少十个拷贝。在一些实施方案中，癌症的至少一部分细胞所具有的FGFRl基因与染色体8着丝点的比率为至少1.5、至少2、至少2.5、至少3、至少3.5或至少4。
[0008]在包括上述任何实施方案的一些实施方案中，癌症可过度表达至少一个、至少两个、至少三个、至少四个或至少五个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记。在一些实施方案中，癌症可过度表达至少一个、至少两个、至少三个、至少四个或五个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3和FGF18的标记。在一些实施方案中，癌症可过度表达ETV4。在包括上述任何实施方案的一些实施方案中,癌症可过度表达来自下表10中任一行的基因I和基因2或其任何组合。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。在包括上述任何实施方案的一些实施方案中，FGFRl基因可被扩增。
[0009]在一些实施方案中，提供治疗癌症的方法，所述癌症过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记。在一些实施方案中，至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的过度表达指示所述癌症对成纤维细胞生长因子受体I (FGFRl)胞外域伍⑶)或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，一种方法包括对患有癌症的受试者施用治疗有效量的FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子，所述癌症过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记。在一些实施方案中，治疗受试者的癌症的方法包括对所述受试者施用治疗有效量的FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子，其中在施用FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子之前，所述癌症的至少一部分细胞已确定过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记，且其中癌症中至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的过度表达指示所述癌症对FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，癌症还具有FGFRl基因扩增。在一些实施方案中，具有FGFRl基因扩增的癌症的至少一部分细胞包含FGFRl基因的至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个或至少八个拷贝。在一些实施方案中，过度表达是mRNA过度表达。在一些实施方案中，mRNA过度表达是通过定量RT-PCR来测定。在一些实施方案中，过度表达是蛋白质过度表达。在一些实施方案中，蛋白质过度表达是通过免疫组织化学法来测定。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。
[0010]在一些实施方案中，治疗具有FGFRl过度表达的癌症的方法包括对受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中FGFRl过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，治疗受试者的癌症的方法包括对所述受试者施用治疗有效量的FGFR1ECD或FGFRlE⑶融合分子，其中在施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子之前，所述癌症的至少一部分细胞已确定具有FGFRl过度表达，且其中癌症中的FGFRl过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，癌症不具有FGFRl基因扩增。在一些实施方案中，FGFRl过度表达是mRNA过度表达。在一些实施方案中，FGFRlmRNA过度表达是通过定量RT-PCR来测定。在一些实施方案中，FGFRl过度表达是蛋白质过度表达。在一些实施方案中，FGFRl蛋白质过度表达是通过免疫组织化学法来测定。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。
[0011]在一些实施方案中，治疗具有FGFR3IIIC过度表达的癌症的方法包括对受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中FGFR3IIIC过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，治疗受试者的癌症的方法包括对所述受试者施用治疗有效量的FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子，其中在施用FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子之前，所述癌症的至少一部分细胞已确定具有FGFR3IIIC过度表达，且其中癌症中的FGFR3IIIc过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，癌症不具有FGFRl基因扩增。在一些实施方案中，FGFR3IIIC过度表达是mRNA过度表达。在一些实施方案中，FGFR3IIIC mRNA过度表达是通过定量RT-PCR来测定。在一些实施方案中，FGFR3IIIC过度表达是蛋白质过度表达。在一些实施方案中，FGFR3IIIc蛋白质过度表达是通过免疫组织化学法来测定。在一些实施方案中，具有FGFR3IIIC过度表达的癌症选自膀胱癌、肾细胞癌、头颈部鳞状细胞癌和结肠直肠癌。
[0012]在一些实施方案中，治疗具有FGF2过度表达的癌症的方法包括对受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中FGF2过度表达指示所述癌症对FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，治疗受试者的癌症的方法包括对所述受试者施用治疗有效量的FGFR1ECD或FGFRlE⑶融合分子，其中在施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子之前，所述癌症的至少一部分细胞已确定具有FGF2过度表达，且其中癌症中的FGF2过度表达指示所述癌症对FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，癌症不具有FGFRl基因扩增。在一些实施方案中，FGF2过度表达是mRNA过度表达。在一些实施方案中，FGF2mRNA过度表达是通过定量RT-PCR来测定。在一些实施方案中，FGF2过度表达是蛋白质过度表达。在一些实施方案中，FGF2蛋白质过度表达是通过免疫组织化学法来测定。在一些实施方案中，具有FGF2过度表达的癌症选自胶质母细胞瘤、肾细胞癌和肝细胞癌。
[0013]在一些实施方案中，治疗具有DKK3过度表达的癌症的方法包括对受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中DKK3过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，治疗受试者的癌症的方法包括对所述受试者施用治疗有效量的FGFR1ECD或FGFRlE⑶融合分子，其中在施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子之前，所述癌症的至少一部分细胞已确定具有DKK3过度表达，且其中癌症中的DKK3过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，DKK3过度表达是mRNA过度表达。在一些实施方案中，DKK3mRNA过度表达是通过定量RT-PCR来测定。在一些实施方案中，DKK3过度表达是蛋白质过度表达。在一些实施方案中，DKK3蛋白质过度表达是通过免疫组织化学法来测定。在一些实施方案中，具有DKK3过度表达的癌症选自胰腺癌、前列腺癌、肾细胞癌、肺腺癌、肝细胞癌和结肠直肠癌。
[0014]在一些实施方案中，治疗具有FGF18过度表达的癌症的方法包括对受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中FGF18过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，治疗受试者的癌症的方法包括对所述受试者施用治疗有效量的FGFR1ECD或FGFRlE⑶融合分子，其中在施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子之前，所述癌症的至少一部分细胞已确定具有FGF18过度表达，且其中癌症中的FGF18过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，FGF18过度表达是mRNA过度表达。在一些实施方案中，FGF18mRNA过度表达是通过定量RT-PCR来测定。在一些实施方案中，FGF18过度表达是蛋白质过度表达。在一些实施方案中，FGF18蛋白质过度表达是通过免疫组织化学法来测定。
[0015]在一些实施方案中，治疗具有ETV4过度表达的癌症的方法包括对受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中ETV4过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，治疗受试者的癌症的方法包括对所述受试者施用治疗有效量的FGFR1ECD或FGFRlE⑶融合分子，其中在施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子之前，所述癌症的至少一部分细胞已确定具有ETV4过度表达，且其中癌症中的ETV4过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，ETV4过度表达是mRNA过度表达。在一些实施方案中，ETV4mRNA过度表达是通过定量RT-PCR来测定。在一些实施方案中，ETV4过度表达是蛋白质过度表达。在一些实施方案中，ETV4蛋白质过度表达是通过免疫组织化学法来测定。
[0016]在一些实施方案中，治疗具有FGFRl过度表达的肺癌的方法包括对受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中FGFRl过度表达指示所述肺癌对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，治疗受试者的肺癌的方法包括对所述受试者施用治疗有效量的FGFR1ECD或FGFRlE⑶融合分子，其中在施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子之前，所述肺癌的至少一部分细胞已确定具有FGFRl过度表达，且其中癌症中的FGFRl过度表达指示所述肺癌对FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，癌症不具有FGFRl基因扩增。在一些实施方案中，肺癌是小细胞肺癌。在一些实施方案中，肺癌是非小细胞肺癌。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。
[0017]在一些实施方案中，治疗具有FGF2过度表达的肺癌的方法包括对受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中FGF2过度表达指示所述肺癌对FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，治疗受试者的肺癌的方法包括对所述受试者施用治疗有效量的FGFR1ECD或FGFRlE⑶融合分子，其中在施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子之前，所述肺癌的至少一部分细胞已确定具有FGF2过度表达，且其中癌症中的FGF2过度表达指示所述肺癌对FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，癌症不具有FGFRl基因扩增。在一些实施方案中，肺癌是小细胞肺癌。在一些实施方案中，肺癌是非小细胞肺癌。在一些实施方案中，肺癌不具有FGFRl基因扩增。
[0018]在一些实施方案中，治疗具有FGFRl基因扩增的癌症的方法包括施用FGFRlE⑶或FGFR1ECD融合分子和至少一种其它治疗剂。在一些实施方案中，治疗过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFR1、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的癌症的方法包括施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子和至少一种其它治疗剂。在一些实施方案中，至少一种其它治疗剂选自多西他赛(docetaxel)、紫杉醇(paclitaxel)、长春新喊(vincristine)、卡钼(carboplatin)、顺钼(cisplatin)、奥沙利钼(oxaliplatin)、阿霉素(doxorubicin)、5-氟尿卩密唳(5-FU)、甲酰四氢叶酸(Ieucovorin)、培美曲塞(pemetrexed)、依托泊苷(etoposide)、拓扑替康(topotecan)、索拉非尼(sorafenib)、VEGF拮抗剂、VEGF诱捕剂(VEGF trap)、抗VEGF抗体和贝伐单抗(bevacizumab)。在一些实施方案中，至少一种其它治疗剂是多西他赛。在一些实施方案中，癌症是非小细胞肺癌。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。
[0019]在一些实施方案中，治疗具有FGFRl基因扩增的癌症的方法包括施用FGFRlE⑶或FGFR1ECD融合分子和至少两种其它治疗剂。在一些实施方案中，治疗过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFR1、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的癌症的方法包括施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子和至少两种其它治疗剂。在一些实施方案中，至少两种其它治疗剂选自多西他赛、紫杉醇、长春新碱、卡钼、顺钼、奥沙利钼、阿霉素、5-氟尿嘧啶(5-FU)、甲酰四氢叶酸、培美曲塞、依托泊苷、拓扑替康、索拉非尼、VEGF拮抗剂、VEGF诱捕剂、抗VEGF抗体和贝伐单抗。在一些实施方案中，两种其它治疗剂是紫杉醇和卡钼。在一些实施方案中，两种其它治疗剂是阿霉素和紫杉醇。在一些实施方案中，两种其它治疗剂是顺钼和依托泊苷。在一些实施方案中，两种其它治疗剂是奥沙利钼和5-FU。在一些实施方案中，两种其它治疗剂是5-FU和甲酰四氢叶酸。在一些实施方案中，两种其它治疗剂是5-FU和贝伐单抗。在一些实施方案中，两种其它治疗剂是紫杉醇和贝伐单抗。在一些实施方案中，癌症是非小细胞肺癌。
[0020]在一些实施方案中，治疗具有FGFRl基因扩增的癌症的方法包括施用FGFRlE⑶或FGFR1ECD融合分子和至少三种其它治疗剂。在一些实施方案中，治疗过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFR1、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的癌症的方法包括施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子和至少三种其它治疗剂。在一些实施方案中，至少三种其它治疗剂选自多西他赛、紫杉醇、长春新碱、卡钼、顺钼、奥沙利钼、阿霉素、5-氟尿嘧啶(5-FU)、甲酰四氢叶酸、培美曲塞、依托泊苷、拓扑替康、索拉非尼、VEGF拮抗剂、VEGF诱捕剂、抗VEGF抗体和贝伐单抗。在一些实施方案中，三种其它治疗剂是奥沙利钼、5-FU和甲酰四氢叶酸。在一些实施方案中，三种其它治疗剂是贝伐单抗、5-FU和甲酰四氢叶酸。
[0021]在一些实施方案中，治疗具有FGFRl基因扩增和/或过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFR1、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的癌症的方法包括施用FGFRlE⑶。在一些所述实施方案中，FGFRlE⑶包含选自SEQ ID N0:1至4的氨基酸序列。在一些实施方案中，治疗具有FGFRl基因扩增和/或FGFRl过度表达和/或FGF2过度表达和/或DKK3过度表达和/或FGF18过度表达和/或ETV4过度表达的癌症的方法包括施用FGFRlE⑶融合分子，其中FGFRlE⑶融合分子包含FGFRlE⑶和至少一个融合伴侣。在一些实施方案中，至少一个融合伴侣选自Fe、白蛋白和聚乙二醇。在一些实施方案中，至少一个融合伴侣是Fe。在一些实施方案中，Fe包含选自SEQ ID N0:8至10的氨基酸序列。在一些实施方案中，FGFRlE⑶融合分子包含选自SEQ ID N0:5和SEQ ID NO:6的序列。在一些实施方案中，至少一个融合伴侣是Fe和聚乙二醇。在一些实施方案中，至少一个融合伴侣是聚乙二醇。在一些实施方案中，融合分子在FGFR1ECD与一个或多个融合伴侣之间包含连接子。在一些实施方案中，FGFRlE⑶融合分子是FGFRlE⑶.339_Fc。
[0022]在一些实施方案中，FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子被糖基化和/或唾液酸化。在一些实施方案中，FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的多肽部分在中国仓鼠卵巢(CHO)细胞中表达。在一些实施方案中，FGFRlE⑶包含选自SEQ ID N0:1和SEQ ID N0:3的氨基酸序列。
[0023]在一些实施方案中，FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的量在每公斤体重约0.5mg至每公斤体重约30mg的范围内，诸如其量在每公斤体重约8至约16mg的范围内。在一些实施方案中，FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的治疗有效量是每公斤体重约8mg的剂量。在一些实施方案中，FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的治疗有效量是每公斤体重约16mg的剂量。在一些实施方案中，FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的治疗有效量是每公斤体重约20mg的剂量。在一些实施方案中，剂量可以每周两次、每周一次、每隔一周一次、以介于每周一次与每隔一周一次之间的频率、每三周一次、每四周一次或每月一次来施用。
[0024]在某些实施方案中，癌症是前列腺癌、乳腺癌、结肠直肠癌、肺癌、脑癌、卵巢癌、子宫内膜癌、食道癌、头颈部癌、喉癌、肝癌、肾癌、胶质母细胞瘤或胰腺癌。在某些实施方案中，癌症是乳腺癌、食道癌、肾癌、头颈部癌或肺癌。在某些实施方案中，癌症是肺癌。在一些实施方案中，肺癌是非小细胞肺癌。在一些实施方案中，肺癌是小细胞肺癌。在一些实施方案中，肺癌是鳞状细胞癌。在一些实施方案中，癌症是头颈部癌。在一些实施方案中，头颈部癌是头颈部鳞状细胞癌。
[0025]在一些实施方案中，提供鉴别可受益于施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的患有癌症的受试者的方法。在一些实施方案中，一种方法包括确定自受试者获得的样本中的至少一部分癌细胞是否包含FGFRl基因扩增，其中FGFRl基因扩增指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，FGFRl基因扩增通过选自荧光原位杂交、阵列比较基因组杂交、DNA微阵列、光谱核型分析、定量PCR、DNA印迹或测序的方法来测定。
[0026]在一些实施方案中，提供鉴别可受益于施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的患有癌症的受试者的方法。在一些实施方案中，一种方法包括确定自受试者获得的样本中的至少一部分癌细胞是否过度表达至少一个、至少两个、至少三个、至少四个或至少五个选自FGFR1、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记，其中过度表达指示所述癌症对FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，所述方法包括确定自受试者获得的样本中的至少一部分癌细胞是否过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3和FGF18的标记。在一些实施方案中，所述方法包括确定自受试者获得的样本中的至少一部分癌细胞是否过度表达ETV4。在包括上述任何实施方案的一些实施方案中，所述方法包括确定自受试者获得的样本中的至少一部分癌细胞是否过度表达来自下表10中任一行的基因I和基因2或其任何组合。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。在一些实施方案中，过度表达是mRNA过度表达。在一些实施方案中，mRNA过度表达是通过定量RT-PCR来测定。在一些实施方案中，过度表达是蛋白质过度表达。在一些实施方案中，蛋白质过度表达是通过免疫组织化学法来测定。在包括上述任何实施方案的一些实施方案中，所述方法包括确定自受试者获得的样本中的至少一部分癌细胞是否具有FGFRl基因扩增。
[0027]在一些实施方案中，提供鉴别可受益于施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的患有癌症的受试者的方法。在一些实施方案中，一种方法包括确定自受试者获得的样本中的至少一部分癌细胞是否过度表达FGF2，其中过度表达指示所述癌症对FGFR1ECD或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，过度表达是mRNA过度表达。在一些实施方案中，mRNA过度表达是通过定量RT-PCR来测定。在一些实施方案中，过度表达是蛋白质过度表达。在一些实施方案中，蛋白质过度表达是通过免疫组织化学法来测定。在一些实施方案中，癌症经测定不具有FGFRl基因扩增。在一些实施方案中，癌症是肺癌。在一些实施方案中，癌症是非小细胞肺癌或小细胞肺癌。
[0028]本文所述的任何实施方案或其任何组合适用于本文所述的本发明的任何以及所有方法。
[0029]附图简述
[0030]图1示出了如实施例1中所述，在改变血清量的情况下，在FGFRl-E⑶.339-Fc存在或不存在下生长的(A)NC1-H1581、(B)NCI_H520、(C)DMS53和(D)DMS114肿瘤细胞的培养物中的细胞数。
[0031]图2示出了如实施例1中所述，在改变血清量的情况下，在FGFRl-E⑶.339-Fc存在或不存在下生长的(A)NC1-H1581、(B)NCI_H520、(C)DMS53和(D)DMS114肿瘤细胞的胸苷掺入。
[0032]图3示出了如实施例1中所述，在FGFRl-E⑶.339_Fc存在下生长的各种FGFRl基因扩增型肺癌细胞系和各种FGFRl基因非扩增型肺癌细胞系的细胞数的平均减少百分比的图。
[0033]图4示出了如实施例1中所述，在FGFRl-E⑶.339_Fc存在下生长的各种FGFRl基因扩增型肺癌细胞系和各种FGFRl基因非扩增型肺癌细胞系中的3H-胸苷掺入的平均减少百分比的图。
[0034]图5示出了如实施例2中所述，植入有DMS53细胞且用FGFRl-E⑶.339_Fc或白蛋白处理的小鼠在各个时间点的平均肿瘤体积。
[0035]图6示出了如实施例3中所述，植入有DMS114细胞且用FGFRl-E⑶.339-Fc或白蛋白处理的小鼠在各个时间点的平均肿瘤体积。
[0036]图7示出了如实施例4中所述，植入有NC1-H1581细胞且用FGFR1-ECD.339-Fc或白蛋白处理的小鼠在各个时间点的平均肿瘤体积。
[0037]图8示出了如实施例5中所述，植入有NC1-H520细胞且用FGFR1-E⑶.339-Fc或白蛋白处理的小鼠在各个时间点的平均肿瘤体积。
[0038]图9示出了如实施例6中所述，FGFRl-E⑶.339-Fc对具有FGFRl基因扩增的肿瘤细胞和具有未扩增FGFRl基因的肿瘤细胞的小鼠异种移植物的肿瘤生长抑制百分比。
[0039]图10示出了如实施例7中所述，具有和不具有FGFRl基因扩增的肺癌细胞系中的FGFRlmRNA表达的散点图。
[0040]图11示出了如实施例7中所述，对在改变血清量的情况下且在FGFRl-E⑶.339-Fc存在或不存在下生长的NC1-H226细胞进行的(A) CeIITiterG丨O?分析中的平均发光和(B)氚化胸苷掺入分析中每分钟的计数的图。
[0041]图12示出了如实施例7中所述，在具有和不具有FGFRl基因扩增的肺癌异种移植物中的FGFRlmRNA表达的散点图。
[0042]图13示出了如实施例7中所述，植入有I3DX D35087细胞且用FGFR1-ECD.339-Fc或白蛋白处理的小鼠在各个时间点的平均肿瘤体积。
[0043]图14示出了如实施例8中所述，在FGFRl-E⑶.339-Fc反应者和无反应者异种移植物中的(A) FGF2mRNA (针对GUSB进行标准化)和(B) FGF2蛋白表达(针对总蛋白进行标准化)。
[0044]图15示出了如实施例9中所述，在FGFRl-E⑶.339-Fc反应者和无反应者异种移植物中的DKK3mRNA表达(针对⑶SB进行标准化)。
[0045]图16示出了如实施例8中所述，FGFR1-ECD.339-Fc在(A)Cak1-1肾细胞癌异种移植物模型和(B)MST0-211H间皮瘤异种移植物模型中的抗肿瘤活性。
[0046]图17示出了如实施例8中所述，在FGFRl-E⑶.339-Fc反应性和无反应性异种移植物模型中的(A)FGFRl和(B)FGFR3IIIc mRNA表达。
[0047]图18示出了如实施例10中所述，(A)施用每周一次剂量的FGFRl-E⑶.339-Fc的大鼠随时间变化的血浆FGFR1-ECD.339-Fc含量，和⑶施用FGFR1-ECD.339-Fc或FGFR激酶抑制剂HH73074的大鼠在24小时和168小时后的血清磷酸盐含量。
[0048]图19示出了如实施例11中所述，在基质胶塞分析中FGFRl-E⑶.339-Fc介导的对由FGF-2和VEGF-A诱导的血管生成的抑制作用。
[0049]图20示出了如实施例11中所述，FGFR1-ECD.339-Fc不抑制由VEGF-A诱导的人类脐静脉内皮细胞(HUVEC)增生。
[0050]图21示出了如实施例12中所述，对施用FGFRl-E⑶.339-Fc的Cak1-Ι肾细胞癌异种移植物模型小鼠的肿瘤血管生成的抑制作用(如通过CD31免疫染色所评定)。
[0051]图22示出了如实施例13中所述，FGFR1-ECD.339-Fc介导的对JMT-1乳腺癌异种移植物中的FGFRl信号传导的抑制作用。
[0052]发明详述
[0053]本文所用的章节标题只用于组织目的，而不应理解为限制所述标的。
[0054]定义
[0055]除非另外定义，否则关于本发明使用的科学和技术术语应具有本领域普通技术人员通常了解的含义。此外，除非上下文另外要求，否则单数术语应包括复数且复数术语应包括单数。
[0056]关于重组DNA、寡核苷酸合成、组织培养和转化(例如电穿孔、脂质转染)、酶促反应和纯化技术所用的某些技术在本领域中为已知的。许多此类技术和程序例如描述于Sambrook 等人，Molecular Cloning:A Laboratory Manual (第 2 版，Cold Spring HarborLaboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.(1989))中以及其它处。另外，有关化学合成、化学分析、药物制备、配制和传递以及患者治疗的某些技术在本领域中也为已知的。
[0057]在本申请中，除非另外说明，否则“或”的使用意指“和/或”。在多项从属权利要求的情况下，使用“或”仅以择一方式回引不止一个前述的独立或从属的权利要求。并且，除非另外特定说明，否则诸如“元件”或“组件”的术语涵盖包含一个单元的元件和组件以及包含一个以上子单元的元件和组件。
[0058]如本文所用的所有数字都是近似值，且可能由于测量误差和有效数字四舍五入而变化。在某些测量的量前使用“约”包括由于样本杂质、测量误差、人为误差和统计变异以及有效数字四舍五入而出现的变化。
[0059]除非另外指示，否则应了解如根据本公开所用的以下术语具有以下含义:
[0060]术语“核酸分子”和“多核苷酸”可互换使用，且指的是核苷酸的聚合物。此类核苷酸聚合物可含有天然和/或非天然核苷酸，且包括(但不限于)DNA、RNA和PNA。“核酸序列”指的是包含核酸分子或多核苷酸的线性核苷酸序列。
[0061]术语“多肽”和“蛋白质”可互换地用于指氨基酸残基的聚合物且不限于最小长度。此类氨基酸残基聚合物可含有天然或非天然氨基酸残基，且包括(但不限于)肽、寡肽、氨基酸残基的二聚体、三聚体和多聚体。此定义涵盖全长蛋白质和其片段。所述术语还包括多肽的表达后修饰，例如糖基化、唾液酸化、乙酰化、磷酸化等等。此外，出于本发明的目的，“多肽”指的是包括对原生序列的修饰的蛋白质，所述修饰诸如缺失、添加和取代(性质上一般是保守的)，只要蛋白质维持所需的活性即可。此等修饰可以是有意的，如通过定点突变，或可以是意外的，诸如通过宿主突变产生蛋白或由于PCR扩增所引起的误差。当多肽“由”特定的氨基酸序列“组成”时，它可能仍含有翻译后修饰，诸如糖基化和唾液酸化。
[0062]术语“FGFR1胞外域”(“ FGFRIECD ”)包括全长 FGFRIECD、FGFRIECD 片段和 FGFRIECD变体。如本文所用，术语“FGFR1ECD”指的是缺乏胞内域和跨膜域且具有或不具有信号肽的FGFRl多肽。在一些实施方案中，FGFRlE⑶是具有选自SEQ ID N0:1和2的氨基酸序列的人类全长FGFRlE⑶。如本文所用，术语“全长FGFRlE⑶”指的是延伸至胞外域最后一个氨基酸，且可能包括或可能不包括N端信号肽的FGFRlE⑶。如本文所定义，全长FGFRlE⑶的最后一个氨基酸位于353位。因此，人类全长FGFRlE⑶可由对应于SEQ ID N0.:2(成熟形式)或对应于SEQ ID N0.:1 (具有信号肽)的氨基酸序列组成。如本文所用，术语“FGFR1E⑶片段”指的是自全长ECD的N端和/或C端缺失一个或多个残基且保留结合FGF-2的能力的FGFR1ECD。FGFR1ECD片段可能包括或可能不包括N端信号肽。在一些实施方案中，FGFR1ECD片段是具有对应于SEQ ID N0.:4(成熟形式)或对应于SEQ ID N0.:3(具有信号肽)的氨基酸序列的人类FGFRlE⑶片段。
[0063]如本文所用，术语“FGFR1ECD变体”指的是含有氨基酸添加、缺失和取代且仍能够结合 FGF-2 的 FGFR1ECD。所述变体可与亲本 FGFR1ECD 至少 90 %、92 %、95 %、97 %、98 %或99%同一。两个多肽的同一性百分比可由通过使用用于测定相似性的具有默认设置的Bestfit程序比较两个多肽的氨基酸序列所测定的相似性得分来测量。Bestfit使用Smith和 Waterman, Advances in Applied Mathematics2:482-489 (1981)的局部同源性算法来找出两个序列之间具有相似性的最佳区段。在一些实施方案中，FGFRlE⑶变体与序列SEQ IDN0:4至少95%同一。
[0064]氨基酸序列与FGFR1ECD多肽的参考氨基酸序列至少例如95%同一的多肽为如下多肽，其中该多肽的氨基酸序列与参考序列同一，只不过该多肽序列在参考多肽的每100个氨基酸中可能会包括至多五处氨基酸改变。换句话说，为了获得氨基酸序列与参考氨基酸序列至少95%同一的多肽，参考序列中至多5%的氨基酸残基可缺失或由另一氨基酸取代，或可向参考序列中插入多个氨基酸(参考序列中氨基酸残基总数的至多5% )。参考序列的这些改变可发生在参考氨基酸序列的N端或C端位置或那些末端位置之间的任何地方，个别地散布在参考序列中的各残基之间或在参考序列内以一个或多个连续组的形式散布。
[0065]实际上，通常可以使用已知的计算机程序(诸如Bestfit程序)来确定任何特定多肽是否与例如由序列表中所列的核酸序列编码的氨基酸序列或多肽序列至少70%、80%、90%或95%同一。当使用Bestfit或其它序列比对程序来确定特定序列是否与本发明的参考序列例如95%同一时，参数当然被设定成在参考氨基酸序列的全长上计算同一性％且允许参考序列中氨基酸残基总数的至多5%存在同源性空隙。
[0066]如本文所用，术语“hFGFRl-E⑶.353”与“hFGFRl.353”可互换地用于指对应于SEQ ID NO:1 (具有信号肽)或对应于SEQ ID NO: 2 (无信号肽；成熟形式)的全长人类FGFR1ECD。
[0067]如本文所用，术语“hFGFRl-ECD.339”与“hFGFRl.339”可互换地用于指对应于SEQID N0:3(具有信号肽)或对应于SEQ ID NO:4(无信号肽；成熟形式)的人类FGFRlE⑶。
[0068]其它1^6?1?巧^例如描述于美国专利号7，678，890中，该专利出于任何目的以引用的方式整体并入本文中。
[0069]术语“FGFR1E⑶融合分子”指的是包含FGFRlE⑶和一个或多个“融合伴侣”的分子。在一些实施方案中，FGFRlE⑶与融合伴侣共价连接(“融合”)。如果融合伴侣也是多肽(“融合伴侣多肽”)，那么FGFR1ECD和融合伴侣多肽可以是连续氨基酸序列的一部分，且融合伴侣多肽可连接到FGFRlE⑶的N端或C端。在这样的状况下，FGFRlE⑶和融合伴侣多肽可自编码FGFR1ECD和融合伴侣多肽两者的编码序列翻译成单个多肽(“FGFR1ECD融合蛋白”)。在一些实施方案中，FGFRlE⑶与融合伴侣通过其它方式(诸如除肽键以外的化学键)共价连接。可以使用使多肽与其它分子(例如融合伴侣)共价连接的多种已知方法。在其它实施方案中，FGFR1ECD与融合伴侣可以通过包含至少一个氨基酸或化学部分的“连接子”融合。
[0070]在一些实施方案中，FGFRlE⑶多肽与融合伴侣是非共价连接的。在一些这样的实施方案中，它们例如可以使用结合对来连接。示范性的结合对包括(但不限于)生物素与抗生物素蛋白或抗生蛋白链菌素、抗体与其抗原等。
[0071]示范性的融合伴侣包括(但不限于)免疫球蛋白Fe结构域、白蛋白和聚乙二醇。一些示范性Fe结构域的氨基酸序列示于SEQ ID N0:8至10中。在一些实施方案中，与Fe融合的FGFR1ECD被称为“hFGFRlECD-Fc”。在一些实施方案中，Fe结构域选自IgGlFc、IgG2Fc、IgG3Fc 和 IgG4Fc。
[0072]如本文所用，术语“hFGFRl-ECD.339_Fc”与“hFGFRl.339_Fc”可互换地用于指选自SEQ ID NO: 6 (无信号肽，成熟形式)和SEQ ID N0:5(具有信号肽)的氨基酸序列。可用hFGFRl-ECD.339-Fc治疗的非限制性的示范性癌症包括(但不限于)肺癌、结肠癌、乳腺癌、胃癌、头颈部癌、前列腺癌、子宫内膜癌、肉瘤、小细胞肺癌、卵巢癌、卡波西肉瘤(Kaposi’ssarcoma)、霍奇金氏病(Hodgkin’s disease)、白血病、非霍奇金氏淋巴瘤、神经母细胞瘤(脑癌)、横纹肌肉瘤、韦尔姆斯氏肿瘤(Wilms’ tumor)、急性淋巴母细胞性白血病、急性淋巴母细胞性白血病、膀胱癌、睾丸癌、淋巴瘤、生殖细胞肿瘤、结肠和直肠癌症、胃肠癌、甲状腺癌、多发性骨髓瘤、胰腺癌、间皮瘤、恶性胸膜间皮瘤、血癌/淋巴癌、恶性腹膜间皮瘤、食道癌、肾细胞癌、多形性胶质母细胞瘤和肝癌。
[0073]术语“信号肽”指的是有助于自哺乳动物细胞分泌多肽的位于多肽N端的氨基酸残基序列。信号肽可在多肽自哺乳动物细胞排出时裂解，从而形成成熟蛋白质。信号肽可以是天然的或合成的，且它们可以与其所连接的蛋白质异源或同源。示范性的信号肽包括(但不限于)FGFRl信号肽，诸如氨基酸序列SEQ ID N0:7。示范性的信号肽还包括来自异源蛋白质的信号肽。“信号序列”指的是编码信号肽的多核苷酸序列。在一些实施方案中，FGFRlE⑶缺乏信号肽。在一些实施方案中，FGFRlE⑶包括至少一个信号肽，该信号肽可以是原生FGFRl信号肽或异源信号肽。
[0074]术语“载体”用来描述可经工程改造而含有可在宿主细胞中繁殖的克隆多核苷酸的多核苷酸。载体可以包括以下一个或多个元件:复制起点、一个或多个调节相关多肽表达的调节序列(诸如，启动子和/或强化子)和/或一个或多个可选择标记基因(诸如，抗生素抗性基因和可用于比色分析的基因，例如β_半乳糖苷酶)。术语“表达载体”指的是用于在宿主细胞中表达相关多肽的载体。
[0075]“宿主细胞”指的是可以是或已经是载体或分离的多核苷酸的接受者的细胞。宿主细胞可以是原核细胞或真核细胞。示范性的真核细胞包括哺乳动物细胞，诸如灵长类动物或非灵长类动物细胞；真菌细胞；植物细胞；和昆虫细胞。示范性的哺乳动物细胞包括(但不限于)293和CHO细胞以及其衍生细胞，诸如分别是293-6Ε和DG44细胞。
[0076]如本文所用，术语“分离的”指的是如下分子，该分子已与在自然界中通常伴随其一起发现的至少一些组分分离。例如，当多肽与产生其的细胞的至少一些组分分离时，该多肽被称为“分离的”。在多肽在表达后由细胞分泌时，以物理方式自产生该多肽的细胞分离含有该多肽的上清液被认为是“分离”该多肽。同样，当多核苷酸并非在自然界中通常于当中发现该多核苷酸的较大多核苷酸(在DNA多核苷酸的状况下，诸如基因组DNA或粒线体DNA)的一部分,或例如在RNA多核苷酸的状况下与产生该多核苷酸的细胞的至少一些组分分离时，该多核苷酸被称为“分离的”。因此，在宿主细胞内部的载体中所含的DNA多核苷酸可被称为“分离的”，只要在自然界中在该载体中未发现该多核苷酸即可。
[0077]术语“抗赘生性组合物”指的是适用于治疗癌症的包含至少一种活性治疗剂(例如“抗癌剂”)的组合物。治疗剂(抗癌剂)的实例包括(但不限于)例如化学治疗剂、生长抑制剂、细胞毒性剂、用于放射疗法中的药剂、抗血管生成剂、细胞凋亡剂、抗微管蛋白剂和其它用于治疗癌症的药剂，诸如抗VEGF抗体(例如贝伐单抗，AVASTIN? )、抗HER-2
抗体(例如曲妥珠单抗(trastuzumab)，HERCEPTTN")、抗⑶20抗体(例如利妥昔单抗(rituximab), RITUXAN")、表皮生长因子受体(EGFR)拮抗剂(例如酪氨酸激酶抑制剂)、HER1/EGFR抑制剂(例如埃罗替尼(erlotinib)，TARCEVA ")、血小板衍生生长因子抑制剂(例如GLEEVECU、甲磺酸伊马替尼(imatinib mesylate)))、C0X-2抑制剂(例如塞内昔布(celecoxib))、干扰素、细胞激素、结合以下目标ErbB2、ErbB3、ErbB4、PDGFR-β、BlyS、APRIL、BCMA或VEGF受体中的一个或多个的拮抗剂(例如中和抗体)、TRAIL/Apo2以及其它生物活性剂和有机化学剂等。本发明中也包括其组合。
[0078]“化学治疗剂”指的是适用于治疗癌症的化合物。化学治疗剂的实例包括烷基化齐U，诸如硫替派(th1tepa)和环磷酰胺(cyclophosphamide) (CYTOXAN1?);磺酸烧基酯，诸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan);氮丙唳(aziridine),诸如苯唑多巴(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、米特多巴(meturedopa)和尤利多巴(uredopa);乙烯亚胺和甲基密胺类,包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撑密胺、三乙撑磷酰胺、三乙撑硫代磷酰胺和三羟甲基密胺；乙酰精宁(acetogenin)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone)) ； δ-9-四氢大麻酹(屈大麻酌.(dronabinol), MARINOL? ) ;β-拉帕醌(beta-lapachone);拉帕醇(Iapachol)；秋水仙碱(colchicine);桦木酸；喜树碱(camptothecin)(包括合成类似物拓扑替康(HYCAMTIN?)、CPT-1K 伊立替康(irinotecan)，CAMPTOSAR? )、乙酰基喜树碱、莨菪亭(scopolectin)和9-氨基喜树碱)；苔藓虫素(bryostatin);卡利斯他汀(callystatin) ;CC_1065 (包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；鬼臼毒素(podophyllotoxin);鬼臼酸(podophyllinicacid);替尼泊苷(teniposide);念珠藻环肽(cryptophycin)(尤其是念珠藻环肽I和念珠藻环肽8);海兔毒素(dolastatin);多卡霉素(duocarmycin)(包括合成类似物KW-2189和CB1-TM1);艾槽塞洛素(eleutherobin);水鬼蕉碱(pancratistatin)；沙考地汀(sarcodictyin);海绵抑素(spongistatin);氮芥，诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、氯磷酰胺、雌莫司汀(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、二氯甲基二乙胺(mechlorethamine)、氧化二氯甲基二乙胺盐酸盐、美法仑(melphalan)、新恩比兴(novembichin)、芬司特瑞(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲洛磷胺(trofosfamide)、尿卩密唳氮芥(uracil mustard);亚硝基脲，诸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(1mustine)、尼莫司汀(nimustine)和拉宁司汀(ranimnustine);抗生素，诸如烯二炔抗生素(例如刺孢霉素(calicheamicin),尤其是刺孢霉素Y II和刺孢霉素ω Il (参见例如Nicolaou等人，Angew.Chem Intl.Ed.Engl.，33:183-186 (1994)) ;CDP323，即一种口服 α -4 整合素抑制剂；达内霉素(dynemicin),包括达内霉素A ;埃斯培拉霉素(esperamicin);以及新制癌菌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔抗生素发色团)、阿克拉霉素(aclacinomycin)、放线菌素(actinomycin)、胺茴霉素(authramycin)、重氮丝氨酸(azaserine)、博来霉素(bleomycin)、放线菌素 C(cactinomycin)、卡柔比星(carabicin)、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌菌素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、更生霉素(dactinomycin)、道诺霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-侧氧基-L-正白氨酸、阿霉素(包括ADRI AM YCIN?、吗啉基-阿霉素、氰基吗啉基-阿霉素、2-吡咯啉基-阿霉素、盐酸阿霉素脂质体注射剂(DOXIL?)、脂质体阿霉素TLC D-99 (MYOCET?)、聚乙二醇化脂质体阿霉素(CAELYX?)和脱氧阿霉素)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素(mitomycin)(诸如丝裂霉素C)、霉酹酸(mycophenolicacid)、诺加霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(porfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、奎那霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑霉素(streptonigrin)、链脲霉素(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物，诸如甲胺噪呤(methotrexate)、吉西他滨(gemcitabine) (GEMZAR?)、
培美曲塞(ALIMTA?);喃氟啶(tegafur) (UFTORAL?)、卡培他滨
(capecitabine) (XELODA?)、埃博霉素(epothilone)和 5_ 氟尿啼卩定(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)、甲胺噪呤、蝶罗呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate) ; 票呤类似物，诸如氟达拉滨(fIudarabine)、6_巯基票呤、噻咪_呤(thiamiprine)、硫鸟_呤(th1guanine);啼卩定类似物，诸如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6_氮杂尿苷(6-azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、二脱氧尿苷(dideoxyuridine)、脱氧氟尿苷(doxif Iuridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(f1xuridine);雄激素，诸如卡普睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone prop1nate)、环硫雄醇(epit1stanol)、美雄焼(mepit1stane)、睾内酯(testolactone);抗肾上腺素，诸如胺鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane);叶酸补充剂，诸如夫罗林酸(frolinic acid)；醋葡醒内酯(aceglatone);醒磷酰胺醣苷(aldophosphamide glycoside);氨基乙酰丙酸；乙炔尿啼卩定(eniIuraciI);安卩丫唳(amsacrine);倍思塔布(bestrabucil)；比生群(bisantrene);埃达曲克(edatraxate);得弗伐胺(defofamine);秋水仙胺(demecolcine);地卩丫醌(diaziquone);艾弗利散(elfornithine);依利醋铵(elliptiniumacetate);埃博霉素；依托格鲁(etoglucid);硝酸镓；轻基脲；香燕多糖(Ientinan);罗尼达宁(1nidainine);类美登素(maytansinoid)，诸如美登素和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone);米托蒽醌(mitoxantrone);莫哌达醇(mopidanmol);尼曲卩丫唳(nitraerine);喷司他丁 (pentostatin);喷那美特(phenamet);卩比柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(1soxantrone) ;2_乙基酰肼；丙卡巴肼(procarbazine) ;PSK?多醣复合物(JHS Natural Products, Eugene, OR);雷佐生(razoxane);根瘤菌素(rhizoxin);西佐喃(sizofiran);锗螺胺(spirogermanium);细交链孢菌酮酸(tenuazonicacid);三亚胺酉昆(triaziquone) ;2，2’，2〃-三氯三乙胺；单端孢霉烯族毒素(trichothecene)(尤其是T-2 毒素、粘液霉素 A(verrucarin A)、杆孢菌素 A(roridin A)和胺癸汀(anguidine))；
乌拉坦(urethan);长春地辛(vindesine) (ELDISINE⑧，FILDESIN?);达卡巴曝(dacarbazine);甘露莫司汀(mannomustine) ; 二漠甘露酉享(mitobronitol) ; 二漠卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴焼(pipobroman);甲托辛(gacytosine)；阿拉伯醣苷
(arabinoside) ( “Ara_C”)；噻替派；紫杉焼，例如紫杉醇(TAXOL?)、经白蛋白工程改造的紫杉醇(ABRAXANE?)和多西他赛(TAXOTERE?)的纳米粒子配方；苯丁酸氮芥；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；甲胺喋呤；钼剂，诸如顺钼、奥沙利钼(例如ELOXATIN? )和卡钼；长春花，其防止微管蛋白聚合形成微管，包括长春碱(vinblastine) (VELBAN?)、长春新减(ONCOVIN?)、K:春地辛(ELDISINE?，FILDESIN?):和长春瑞滨(vinorelbinc) (NAVELBINE?);依托泊苷(VP-16);异环磷酰胺；米托蒽醌；甲酰四氢叶酸；诺消灵(novantrone);依达曲沙(edatrexate);道诺霉素(daunomycin)；氨基喋呤；伊班膦酸盐(ibandronate);拓扑异构酶抑制剂RFS 2000; 二氟甲基鸟氨酸(DMFO);类视色素，诸如视黄酸，包括蓓萨罗丁(bexarotene) (TARGRETIN?);
双膦酸盐，诸如氯屈膦酸盐(clodronate)(例如BONEFOS?或OSTAC?)、依替膦酸盐(etidronate) (DIDROCAL?)、NE-58095、唑来勝酸(zoledronic acid) / 唑来膦酸盐(ZOMETA?)、阿仑膦酸盐(alendronate) (FOSAMAX?)、帕米膦酸盐
(pamidronate) (AREDIA?)、替鲁勝酸盐(tiludronate) (SKELID?)或利塞勝酸盐(risedronate) (ACTONEL?);曲沙他滨(troxacitabine) (1，3_ 二氧戍环核苷胞喃啶类似物)；反义寡核苷酸，尤其是抑制牵涉异常细胞增生的信号传导路径中的基因(诸如PKC-α、Raf, H-Ras和表皮生长因子受体(EGF-R))表达的反义寡核苷酸；疫苗，诸如THERATOPE?疫苗和基因疗法疫苗，例如ALLOVECTIN?疫苗、LEUVECTIN?
疫苗和VAXID?疫苗；拓扑异构酶I抑制剂(例如LURTOTECAN? ) ;rmRH(例如ABARELIX? ) ;BAY439006(索拉非尼、NEXAVAR?; Bayer) ;SU_11248(舒尼替尼(sunitinib)、SUTENT?，Pfizer);哌立福新(perifosine)、C0X-2 抑制剂(例如塞内昔布(celecoxib)或依他昔布(etoricoxib))、蛋白酶体抑制剂(例如PS341);波普单抗(bortezomib) (VELCADE?)； CC1-779;替吡法尼(tipifarnib) (R11577);索拉非尼、ABT510 ;Bcl_2 抑制剂，诸如奥利默森钠(oblimersen sodium) (GENASENSE?);匹克生琼(pixantrone) ;EGFR抑制剂(参见下文定义)；酪氨酸激酶抑制剂(参见下文定义)；丝氨酸-酥氨酸激酶抑制剂，诸如雷帕霉素(rapamycin)(西罗莫司(sirolimus)；
RAPAMUNE? );法呢基转移酶抑制剂，诸如洛那法尼(1nafarnib) (SCH6636、
SARASAR?);和上述任一者的药学上可接受的盐、酸或衍生物；以及上述两种或两种以上的组合，诸如CHOP(是环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和泼尼龙(prednisolone)的组合疗法的缩写);和FOLFOX(是使用奥沙利钼(ELOXATIN?)与5-FU和甲酰四氢叶酸组合的治疗方案的缩写)。
[0079]如本文所定义的化学治疗剂包括“抗激素剂”或“内分泌治疗剂”，其用来调节、减小、阻断或抑制可促进癌症生长的激素的作用。它们可以是激素本身，包括(但不限于):具有混合的激动剂/拮抗剂特征的抗雌激素剂，包括他莫昔芬(tamoxifen) (NOLVADEX?)、4-轻基他莫昔芬、托瑞米芬
(toremifene) (FARESTCXN?)、艾多昔芬(idoxifene)、屈洛昔芬(droloxifene)、雷洛昔芬(raloxifene) (EVISTA?)、曲沃昔芬(tr1xifene)、雷洛昔芬(keoxifene)和选择性雌激素受体调节剂(SERM)，诸如SERM3 ;无激动剂特性的纯抗雌激素剂，诸如氟维司群(fulvestrant) (FASLODEX?):和EM800 (所述药剂可阻断雌激素受体(ER) 二聚化、抑制DNA结合、增加ER转换和/或抑制ER含量)；芳香酶抑制剂，包括类固醇芳香酶抑制剂，诸如福米斯坦(formestane)和依西美坦(exemestane) (AROMASIN?)，
以及非类固醇芳香酶抑制剂，诸如阿那曲唑(anastrazole) (ARIMIDEX?)、来丨丨丨]唑(letrozole) (FEMARA?)和胺鲁米特，以及其它芳香酶抑制剂，包括伏氯唑(vorozole) (RIVISOR?)、醋酸甲地孕酮(megestrol acetate) (MEGASE?)、法屈唑(fadrozole)和4(5)-咪唑；促黄体生成激素释放激素激动剂，包括亮丙瑞林(Ieuprolide) ( LUPRON? 和 ELIGARD? )、戈舍瑞林(goserelin)、布舍瑞林(buserelin)和曲普瑞林(tripterelin);性类固醇,包括孕激素(诸如醋酸甲地孕酮和醋酸甲轻孕酮)、雌激素(诸如己烯雌酹(diethylstiIbestrol)和普雷马林(premarin))和雄激素/类视色素(诸如氟甲睾酮(fluoxymesteixme)、所有反式视黄酸和芬维A胺(fenretinide));奥那司酮(onapristone);抗孕酮剂；雌激素受体下调剂(ERD);抗雄激素剂，诸如氟他米特(flutamide)、尼鲁米特(nilutamide)和比卡鲁胺(bicalutamide);和上述任一者的药学上可接受的盐、酸或衍生物；以及上述两种或两种以上的组合。
[0080]“血管生成因子或血管生成剂”指的是刺激血管发育，例如促进血管生成、内皮细胞生长、血管稳定性和/或血管发生等的生长因子。例如，血管生成因子包括(但不限于)例如VEGF和VEGF家族的成员(VEGF-B、VEGF-C和VEGF-D)、P1GF、PDGF家族、成纤维细胞生长因子家族(FGF)、TIE配体(血管生成素)、蝶素(印hrin)、δ样配体4 (DLL4)、del_l、成纤维细胞生长因子(酸性(aFGF)和碱性(bFGF))、卵泡抑素、粒细胞集落刺激因子(G-CSF)、肝细胞生长因子(HGF)/散播因子(SF)、白介素-8(IL-8)、瘦素、中期因子(midkine)、神经菌毛素(neuropilin)、胎盘生长因子、血小板衍生内皮细胞生长因子(TO-ECGF)、血小板衍生生长因子(尤其是I3DGF-BB或TOGFR-β)、多效蛋白(ple1trophin，PTN)、颗粒蛋白前体(progranulin)、增殖蛋白、转化生长因子-a (TGF-α )、转化生长因子-β (TGF-β)、肿瘤坏死因子-α (TNF-α)等。还包括加速伤口愈合的因子，诸如生长激素、胰岛素样生长因子-1 (IGF-1)、VIGF、表皮生长因子(EGF)、CTGF和其家族成员，以及TGF-α和TGF- β。参见例如 Klagsbrun 和 D’Amore (1991) Annu.Rev.Phys1l.53:217-39 ；Streit 和 Detmar (2003) 0ncogene22:3172-3179 ；Ferrara&Alitalo(1999)NatureMedicine5(12):1359-1364 ;Tonini 等人，(2003) 0ncogene22:6549-6556 (例如，列举已知血管生成因子的表 I);和 Sato (2003) Int.J.Clin.0ncol.8:200-206。
[0081]“抗血管生成剂”或“血管生成抑制剂”指的是直接或间接抑制血管生成、血管发生或不合需要的血管通透性的小分子量物质、多核苷酸(包括例如抑制性RNA(RNAi或SiRNA))、多肽、分离的蛋白、重组蛋白、抗体或其结合物或融合蛋白。应了解，抗血管生成剂包括结合且阻断血管生成因子或其受体的血管生成活性的那些药剂。例如，抗血管生成剂是如上文所定义的血管生成剂的抗体或其它拮抗剂，例如结合VEGF-A的融合蛋白，诸如ZALTRAP?(阿柏西普(Afliberc^pt)) ；VEGF-A的抗体，诸如AVASTIN? (贝伐单抗)或
VEGF-A受体(例如KDR受体或Flt-1受体)的抗体；抗TOGFR抑制剂，诸如GLEEVECu(甲磺酸伊马替尼)；阻断VEGF受体信号传导的小分子(例如PTK787/ZK2284、SU6668、SUTENT?/SU11248 (苹果酸舒尼替尼)、AMG706，或例如国际专利申请案W02004/113304
中所述的那些小分子)。抗血管生成剂还包括原生血管生成抑制剂，例如血管生长抑素、内皮抑素等。参见例如 Klagsbrun 和 D’ Amore (1991) Annu.Rev.Phys1l.53:217-39 ;Streit和Detmar (2003) 0ncogene22:3172-3179 (例如列举恶性黑素瘤的抗血管生成疗法的表3) ；Ferrara 和 Alitalo (1999) Nature Medicine5 (12): 1359-1364 ；Tonini 等人,(2003)0ncogene22:6549-6556 (例如列举已知抗血管生成因子的表2);和Sato (2003) Int.J.Clin.dOncol.8:200-206(例如列举用于临床试验中的抗血管生成剂的表I)。
[0082]如本文所用，术语“VEGF”或“VEGF-Α”指的是如由Leung等人，(1989)Science246:1306 和 Houck 等人，(1991) Mol.Endocrin, 5:1806 所述的具有 165 个氨基酸的人类血管内皮细胞生长因子和相关的具有121个、189个和206个氨基酸的人类血管内皮细胞生长因子，以及天然存在的对偶基因和其加工形式。术语“VEGF”还指的是来自非人类物种(诸如小鼠、大鼠或灵长类动物)的VEGF。有时，来自特定物种的VEGF由以下术语表示，诸如hVEGF表示人类VEGF、mVEGF表示鼠类VEGF等等。术语“VEGF”还用来指的是包含具有165个氨基酸的人类血管内皮细胞生长因子的氨基酸8至109或I至109的截短形式多肽。对任何所述形式的VEGF的提及在本申请案中例如可用“VEGF (8-109) ”、“VEGF (1-109) ”、"VEGF-A109"或“VEGF165”来标识。“截短型”原生VEGF的氨基酸位置如原生VEGF序列中所示来编号。例如，截短型原生VEGF中的氨基酸位置17 (甲硫氨酸)也是原生VEGF中的位置17 (甲硫氨酸)。截短型原生VEGF对KDR和Flt-1受体的结合亲和力与原生VEGF相当。
[0083]“VEGF拮抗剂”指的是能够中和、阻断、抑制、消除、降低或干扰VEGF活性(包括(但不限于)它与一个或多个VEGF受体的结合)的分子。VEGF拮抗剂包括(而不限于)抗VEGF抗体和其抗原结合片段、特异性结合VEGF从而隔离它与一个或多个受体结合的受体分子和衍生物、抗VEGF受体抗体、VEGF受体拮抗剂(诸如VEGFR酪氨酸激酶的小分子抑制剂(例如帕唑帕尼(pazopanib)))，以及结合VEGF的免疫粘附素(诸如VEGF诱捕剂(例如阿柏西普))。如本文所用，术语“VEGF拮抗剂”尤其包括结合VEGF且能够中和、阻断、抑制、消除、降低或干扰VEGF活性的分子，包括抗体、抗体片段、其它结合多肽、肽和非肽小分子。因此，术语“VEGF活性”尤其包括VEGF的由VEGF介导的生物活性。
[0084]如本文所用，术语“VEGF诱捕剂”意指结合VEGF且能够中和、阻断、抑制、消除、降低或干扰VEGF活性的蛋白质，诸如融合分子。VEGF诱捕剂的一个实例是阿柏西普。
[0085]术语“抗VEGF抗体”或“结合VEGF的抗体”指的是能够以足够亲和力和特异性结合VEGF的抗体，该抗体适用作靶向VEGF的诊断和/或治疗剂。抗VEGF中和抗体抑制多种人类肿瘤细胞系在裸小鼠体内的生长(Kim等人，Nature362:841-844 (1993) ；ffarren等人，J.Clin.1nvest.95:1789-1797 (1995) ; BorgStrdm 等人，Cancer Res.56:4032-4039 (1996)；
Melnyk等人，Cancer Res.56:921-924 (1996))，而且还抑制缺血性视网膜病症模型中的眼内血管生成。Adamis 等人，Arch.0phthalmol.114:66-71(1996)。例如，抗 VEGF 抗体可作为治疗剂用于靶向且干扰涉及VEGF活性的疾病或病状。参见例如美国专利6，582，959、6，703，020 ；W098/45332 ；W096/30046 ；W094/10202, W02005/044853 ；EP0666868B1 ；美国专利申请案 20030206899、20030190317、20030203409、20050112126、20050186208 和20050112126 ;Popkov 等人，Journal of Immunological Methods288:149-164 (2004);和W02005012359。所选抗体通常对VEGF具有足够强的结合亲和力。例如，抗体与hVEGF结合的Kd值可以在10nM至IpM之间。抗体亲和力可例如通过基于表面等离子共振的分析(诸如如PCT申请公布号W02005/012359中所述的BIAcore分析)、酶联免疫吸附分析(ELISA)和竞争分析(例如RIA竞争分析)来测定。可对抗体进行其它生物活性分析，例如用以评估它作为治疗剂的有效性。所述分析在本领域中为已知的且取决于抗体的目标抗原和预期用途。实例包括HUVEC抑制分析；肿瘤细胞生长抑制分析(如例如W089/06692中所述)；抗体依赖性细胞毒性(ADCC)和补体介导的细胞毒性(CDC)分析(美国专利5，500，362)以及激动活性或造血作用分析(参见W095/27062)。抗VEGF抗体通常不结合其它VEGF同源物，诸如VEGF-B、VEGF-C、VEGF-D或VEGF-E，也不结合其它生长因子，诸如P1GF、PDGF或bFGF。
[0086]在一个实施方案中，抗VEGF抗体包括与由杂交瘤ATCC HB10709产生的单克隆抗VEGF抗体A4.6.1结合相同表位的单克隆抗体；重组人源化抗VEGF单克隆抗体(参见Presta等人，(1997) Cancer Res.57:4593-4599)，包括(但不限于)称为“贝伐单抗”、
也称为“rhuMAb VEGF”或“AVASTIN?1”的抗体。AVASTIN?目前在市场上有售。可用贝伐单抗治疗的非限制性的示范性癌症包括非小细胞肺癌、结肠直肠癌、乳腺癌、肾癌、卵巢癌、多形性胶质母细胞瘤、儿科骨肉瘤、胃癌和胰腺癌。贝伐单抗包含突变型人类IgG1构架区和来自阻断人类VEGF与其受体结合的鼠类抗体A.4.6.1的抗原结合互补决定区。贝伐单抗和其它人源化抗VEGF抗体进一步描述于美国专利号6，884，879和7，169,901中。其它抗VEGF抗体描述于PCT申请公布号W02005/012359和W02009/073160 ；美国专利号 7，060，269,6, 582，959,6, 703，020 ;6，054，297 ；W098/45332 ；W096/30046 ；W094/10202 ；EP0666868B1 ;美国专利申请公布号 2006009360、20050186208、20030206899、20030190317、20030203409 和 20050112126 ;以及Popkov等人，Journal of ImmunologicalMethods288:149-164 (2004)中。
[0087]术语“受试者”与“患者”在本文中可互换地用于指哺乳动物。在一些实施方案中，受试者或患者是人类。在其它实施方案中，还提供治疗其它哺乳动物的方法，所述其它哺乳动物包括(但不限于)啮齿动物、猿、猫、犬、马、牛、猪、绵羊、山羊、哺乳动物实验室动物、哺乳动物家畜、哺乳动物竞技动物和哺乳动物宠物。
[0088]如本文所用，术语“样本”或“患者样本”指的是自相关受试者获得或产生的含有将例如基于物理、生物化学、化学和/或生理学特征来表征和/或鉴别的细胞和/或其它分子实体的组合物。例如，词组“疾病样本”以及其变化形式指的是自相关受试者获得的预期或已知含有将被表征的细胞和/或分子实体的任何样本。“组织或细胞样本”意指自受试者或患者的组织获得的类似细胞的集合。组织或细胞样本的来源可以是来自新鲜、冷冻和/或保藏的器官或组织样本或活组织检查或吸出物的实体组织；血液或任何血液成分；体液，诸如脑脊髓液、羊水、腹膜液或间质液；来自受试者妊娠或发育中任何时间的细胞。组织样本还可以是初级或培养细胞或细胞系。组织或细胞样本可选地自疾病组织/器官获得。组织样本可能含有在自然界中不与组织天然混杂的化合物，诸如防腐剂、抗凝血剂、缓冲剂、固定剂、营养素、抗生素等等。
[0089]如本文所用的“参考样本”、“参考细胞”或“参考组织”指的是由已知或相信未罹患正使用本发明方法或组合物进行鉴别的疾病或病状的来源获得的样本、细胞或组织。在一些实施方案中，参考样本、参考细胞或参考组织由正使用本发明组合物或方法进行鉴别的疾病或病状的同一受试者或患者身体的健康部位获得。在一些实施方案中，参考样本、参考细胞或参考组织由并非正使用本发明组合物或方法进行鉴别的疾病或病状的受试者或患者的一个或多个个体身体的健康部位获得。
[0090]如本文所用的“癌症”与“肿瘤”是可互换的术语，指的是动物的任何异常细胞或组织生长或增生。如本文所用，术语“癌症”与“肿瘤”涵盖实体和血液学癌症/淋巴癌，而且还涵盖恶性、恶性前期以及良性生长，诸如发育不良。癌症的实例包括(但不限于)癌瘤、淋巴瘤、母细胞瘤、肉瘤和白血病。所述癌症的更特定的非限制性实例包括鳞状细胞癌、小细胞肺癌、垂体癌、食道癌、星形细胞瘤、软组织肉瘤、非小细胞肺癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、腹膜癌、肝细胞癌、胃肠癌、胰腺癌、胶质母细胞瘤、子宫颈癌、卵巢癌、肝癌(livercancer)、膀胱癌、肝细胞瘤、乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌或子宫癌、唾液腺癌、肾癌(kidney cancer)、肾癌(renal cancer)、肝癌、前列腺癌、阴门癌、甲状腺癌、肝癌(hepatic carcinoma)、脑癌、子宫内膜癌、睾丸癌、胆管细胞癌、胆囊癌、胃癌、黑素瘤和各种类型的头颈部癌。
[0091]如本文所用，术语“肺癌”指的是小细胞肺癌和非小细胞肺癌。非小细胞肺癌包括(但不限于)鳞状细胞肺癌、腺癌、大细胞肺癌、肉瘤样癌瘤、类癌肿瘤、肺部多形态癌瘤和鳞状腺癌与细支气管肺泡癌。小细胞肺癌在一些实施方案中可称为“燕麦细胞”癌，且包括(但不限于)复合型小细胞癌，其包含小细胞癌与非小细胞癌的混合形式。
[0092]“具有FGFRl基因扩增的细胞”指的是包含两个以上FGFRl基因拷贝的细胞。在一些实施方案中，具有FGFRl基因扩增的细胞指的是FGFRl基因与染色体8着丝点的比率大于I的细胞。在一些实施方案中，该比率由荧光原位杂交来测定。如本文所用的“具有FGFRl基因扩增的癌症”指的是至少一部分癌细胞具有FGFRl基因扩增的癌症。在一些实施方案中，具有FGFRl基因扩增的癌症指的是至少一部分癌细胞包含FGFRl基因的至少四个拷贝的癌症。在一些实施方案中，具有FGFRl基因扩增的癌症指的是至少一部分癌细胞的FGFRl基因:染色体8着丝点比率大于I的癌症。示范性的FGFRl基因序列例如可见于H期为2012年3月25日的NCBI参考序列:NG_007729.1中。
[0093]在一些实施方案中，具有FGFRl基因扩增的细胞包含FGFRl基因的至少3个拷贝、至少4个拷贝、至少5个拷贝、至少6个拷贝、至少8个拷贝或至少10个拷贝。在一些实施方案中，具有FGFRl基因扩增的细胞包含至少4个拷贝。在一些实施方案中，具有FGFRl基因扩增的细胞所具有的FGFRl基因:染色体8着丝点的比率为至少1.5、至少2、至少2.5、至少3、至少3.5或至少4。在一些实施方案中，具有FGFRl基因扩增的细胞所具有的FGFRl基因:染色体8着丝点的比率为至少2。在一些实施方案中，具有FGFRl基因扩增的细胞中的每个FGFRl基因拷贝都不需要是FGFRl基因的完整拷贝。在一些实施方案中，具有FGFRl基因扩增的细胞的FGFRl含量升高(即，在一些实施方案中，具有FGFRl基因扩增的细胞也是具有FGFRl过度表达的细胞)。
[0094]“具有FGFRl过度表达的细胞”或“过度表达FGFRl的细胞”指的是FGFRlmRNA或蛋白质的含量比参考细胞大至少2倍的细胞。“具有FGFRl过度表达的癌症”或“过度表达FGFRl的癌症”指的是至少一部分细胞的FGFRlmRNA或蛋白质的含量比参考细胞大至少2倍的癌症。在一些实施方案中，具有FGFRl过度表达的细胞的FGFRlmRNA或蛋白含量比参考细胞大至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少7倍或至少10倍。FGFRlmRNA或蛋白质的含量可通过任何合适的方法来测定，包括(但不限于)本文所述的方法。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。示范性的人类FGFRl蛋白序列例如可见于日期为2012年3月21日的 UniProtKB/Swiss-Prot 参考序列:P11362 (FGFR1_HUMAN)。示范性的人类 FGFRlmRNA序列例如可见于日期为2012年3月24日的NCBI参考序列:NM_023110.2。示范性的人类FGFRlIIIc蛋白序列例如可见于日期为2012年3月24日的NCBI参考序列:NP_075598.2。示范性的人类FGFRlIIIc mRNA序列例如可见于日期为2012年3月24日的NCBI参考序列:NM_023110.2。
[0095]“具有FGFR3IIIC过度表达的细胞”或”过度表达FGFR3IIIc的细胞”指的是FGFR3IIIc mRNA或蛋白质的含量比参考细胞大至少2倍的细胞。”具有FGFR3IIIc过度表达的癌症”或”过度表达FGFR3IIIC的癌症”指的是至少一部分细胞的FGFR3IIIc mRNA或蛋白质的含量比参考细胞大至少2倍的癌症。在一些实施方案中，具有FGFR3IIIC过度表达的细胞的FGFR3IIIC mRNA或蛋白含量比参考细胞大至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少7倍或至少10倍。FGFR3IIIC mRNA或蛋白质的含量可通过任何合适的方法来测定，包括(但不限于)本文所述的方法。示范性的人类FGFR3IIIC蛋白序列例如可见于日期为2012年2月12日的NCBI参考序列:NP_000133.1。示范性的人类FGFR3IIIc mRNA序列例如可见于日期为2012年2月12日的NCBI参考序列:NM_000142.4。
[0096]“具有FGF2过度表达的细胞”或”过度表达FGF2的细胞”指的是FGF2mRNA或蛋白质的含量比参考细胞大至少2倍的细胞。”具有FGF2过度表达的癌症”或”过度表达FGF2的癌症”指的是至少一部分细胞的FGF2mRNA或蛋白质的含量比参考细胞大至少2倍的癌症。在一些实施方案中，具有FGF2过度表达的细胞的FGF2mRNA或蛋白含量比参考细胞大至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少7倍或至少10倍。FGF2mRNA或蛋白质的含量可通过任何合适的方法来测定，包括(但不限于)本文所述的方法。示范性的人类FGF2蛋白序列例如可见于日期为2012年2月12日的NCBI参考序列:NP_001997.5。示范性的人类FGF2mRNA序列例如可见于H期为2012年2月12日的NCBI参考序列:NM_002006.4。
[0097]“具有DKK3过度表达的细胞”或“过度表达DKK3的细胞”指的是DKK3mRNA或蛋白质的含量比参考细胞大至少2倍的细胞。“具有DKK3过度表达的癌症”或“过度表达DKK3的癌症”指的是至少一部分细胞的DKK3mRNA或蛋白质的含量比参考细胞大至少2倍的癌症。在一些实施方案中，具有DKK3过度表达的细胞的DKK3mRNA或蛋白含量比参考细胞大至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少7倍或至少10倍。DKK3mRNA或蛋白质的含量可通过任何合适的方法来测定，包括(但不限于)本文所述的方法。示范性的人类DKK3蛋白序列例如可见于日期为2012年I月22日的NCBI参考序列:NP_001018067.1。示范性的人类DKK3mRNA序列例如可见于日期为2012年I月22日的NCBI参考序列:NM_001018057.1。
[0098]“具有FGF18过度表达的细胞”或“过度表达FGF18的细胞”指的是FGF18mRNA或蛋白质的含量比参考细胞大至少2倍的细胞。“具有FGF18过度表达的癌症”或“过度表达FGF18的癌症”指的是至少一部分细胞的FGF18mRNA或蛋白质的含量比参考细胞大至少2倍的癌症。在一些实施方案中，具有FGF18过度表达的细胞的FGF18mRNA或蛋白含量比参考细胞大至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少7倍或至少10倍。FGF18mRNA或蛋白质的含量可通过任何合适的方法来测定，包括(但不限于)本文所述的方法。示范性的人类FGF18蛋白序列例如可见于日期为2012年6月27日的NCBI参考序列:NP_003853。示范性的人类FGF18mRNA序列例如可见于日期为2012年6月27日的NCBI参考序列:NM_003862.2。
[0099]“具有ETV4过度表达的细胞”或“过度表达ETV4的细胞”指的是ETV4mRNA或蛋白质的含量比参考细胞大至少2倍的细胞。“具有ETV4过度表达的癌症”或“过度表达ETV4的癌症”指的是至少一部分细胞的ETV4mRNA或蛋白质的含量比参考细胞大至少2倍的癌症。在一些实施方案中，具有ETV4过度表达的细胞的ETV4mRNA或蛋白含量比参考细胞大至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少7倍或至少10倍。ETV4mRNA或蛋白质的含量可通过任何合适的方法来测定，包括(但不限于)本文所述的方法。示范性的人类ETV4蛋白序列例如可见于日期为2012年9月08日的NCBI参考序列:NP_001977.1。示范性的人类ETV4mRNA序列例如可见于日期为2012年9月08日的NCBI参考序列:NM_001986.2。
[0100]如本文所用的“治疗”包括针对哺乳动物(包括人类)病状的治疗剂的任何施用或应用，且包括例如由引起衰退或恢复或修复丧失、缺少或缺陷功能；或刺激低效过程来抑制病状或病状进展、抑制或减缓病状或其进展、阻止其发展、部分或完全减轻病状，或治越病状。在一些实施方案中，“治疗”指的是试图改变所治疗个体或细胞的自然过程的临床介入，且可进行用于预防或在临床病理学过程中进行。合乎需要的治疗效果包括防止疾病发生或复发、减轻症状、减少疾病的任何直接或间接病理性结果、防止转移、降低疾病进展速率、改善或减轻疾病状态及缓解或改善预后。
[0101]分子或分子组合的“有效量”或“治疗有效量”意指当单独或与其它治疗组合给予时足以治疗至少一个受试者子集的病状和/或抑制肿瘤细胞生长的量。在某些实施方案中，治疗有效量指的是在必要剂量下且在必要时段内有效达成所需治疗或预防结果的量。本发明的FGFRl融合蛋白的治疗有效量可根据诸如个体的疾病状态、年龄、性别和体重以及FGFRl融合蛋白引起个体的所需反应的能力的因素而改变。治疗有效量也是FGFRl融合蛋白的治疗有益作用胜过其任何毒性或不利作用的量。在癌症的状况下，有效量的药物可减少癌细胞数；减小肿瘤尺寸；抑制(即在某种程度上减缓且通常阻止)癌细胞浸润到周边器官中；抑制(即在某种程度上减缓且通常阻止)肿瘤转移；在某种程度上抑制肿瘤生长；允许对肿瘤进行治疗，和/或在某种程度上减轻与病症有关的一种或多种症状。在药物可阻止现有的癌细胞生长和/或杀死现有的癌细胞的程度上来说，药物可能具细胞抑制性和/或细胞毒性。
[0102]“预防有效量”指的是在必要的剂量下且在必要的时段内有效达成所需预防结果的量。通常而非必然，由于预防剂量是在疾病之前或在疾病的早期阶段用于受试者，因此预防有效量将小于治疗有效量。
[0103]术语“抑制作用”或“抑制”指的是任何表型特征减少或停止或该特征的发生率、程度或可能性降低或停止。非限制性的示范性抑制作用包括对肿瘤生长的抑制作用。
[0104]如本文在受益于施用治疗剂或对施用治疗剂有反应的情况下所用的术语“益处”、“临床益处”、“反应性”和“治疗反应性”可通过评定各个终点来测量，所述终点例如为在某种程度上抑制疾病进展，包括减缓和完全阻止；减少疾病发作次数和/或症状；减小病变尺寸；抑制(即减少、减缓或完全阻止)疾病细胞浸润到相邻周边器官和/或组织中；抑制(即减少、减缓或完全阻止)疾病扩散；减少自体免疫反应，此可能(但并非必然)引起疾病病变衰退或消退；在某种程度上减轻与病症有关的一种或多种症状；增加治疗后无病表现的长度，例如无进展存活；增加总体存活；较高反应率；和/或减少在治疗后指定时间点的死亡率。
[0105]“与”一种或多种其它治疗剂“组合”施用包括并行(包括同时)施用和按任何次序连续(即相继)施用。
[0106]“药学上可接受的载剂”指的是连同治疗剂一起使用并共同构成用于对受试者施用的“药物组合物”的无毒固体、半固体或液体填充剂、稀释剂、囊封材料、配制助剂或本领域中常见的载剂。药学上可接受的载剂在所用的剂量和浓度下对接受者无毒且与配方的其它成分相容。药学上可接受的载剂适合所用配方。例如，如果意欲口服治疗剂，那么载剂可以是凝胶胶囊。如果意欲通过皮下来施用治疗剂，那么载剂理想的是对皮肤无刺激性，而且不会引起注射部位反应。
[0107]治疗性组合物和方法
[0108]使用FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子治疗具有FGFRl基因扩增的癌症的方法
[0109]在一些实施方案中，本发明提供治疗有至少一部分癌细胞具有FGFRl基因扩增的癌症的方法。在一些实施方案中，已发现所述癌症尤其对使用成纤维细胞生长因子受体I (FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子的治疗具有反应性。因此，在一些实施方案中，治疗具有FGFRl基因扩增的癌症的方法包括对受试者施用治疗有效量的FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子。在一些实施方案中，治疗受试者的癌症的方法包括对所述受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中在施用FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子之前，所述癌症的至少一部分细胞已确定具有FGFRl基因扩增。在所述方法中，癌症中的FGFRl基因扩增指示所述癌症对FGFR1ECD或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。
[0110]在一些实施方案中，本发明提供治疗癌症的方法，在所述癌症中至少一部分癌细胞过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。在一些实施方案中，过度表达是mRNA过度表达。在一些实施方案中，过度表达是蛋白质过度表达。在一些实施方案中，治疗至少过度表达选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的癌症的方法包括对受试者施用治疗有效量的FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子。在一些实施方案中，治疗受试者的癌症的方法包括对所述受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I (FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子，其中在施用FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子之前，所述癌症的至少一部分细胞已确定至少过度表达选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记。在所述方法中，癌症中的FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和/或ETV4过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。
[0111]在一些实施方案中，在具有FGFRl基因扩增的癌症中，至少一部分癌细胞包含FGFRl基因的至少四个拷贝。在一些实施方案中，在具有FGFRl基因扩增的癌症中，至少一部分癌细胞包含FGFRl基因的至少5个、至少6个、至少8个或至少10个拷贝。可通过本领域中的任何合适方法来对FGFRl基因拷贝数进行测定。本文中论述某些非限制性的示范性方法。在一些实施方案中，在具有FGFRl基因扩增的癌症中，至少一部分癌细胞所具有的FGFRl基因与染色体8着丝点的比率为至少2。在一些实施方案中，在具有FGFRl基因扩增的癌症中，至少一部分癌细胞所具有的FGFRl基因与染色体8着丝点的比率为至少2.5、至少3、至少3.5或至少4。可通过本领域中的任何合适方法来对该比率进行测定。本文中论述某些非限制性的示范性方法。
[0112]在一些实施方案中，癌症选自前列腺癌、乳腺癌、结肠直肠癌、肺癌、脑癌、卵巢癌、子宫内膜癌、头颈部癌、喉癌、肝癌、肾癌、胶质母细胞瘤和胰腺癌。在某些实施方案中，癌症选自乳腺癌、食道癌和肺癌。在一些实施方案中，癌症是肺癌。在一些实施方案中，肺癌选自非小细胞肺癌和小细胞肺癌。在一些实施方案中，肺癌是鳞状细胞癌。在一些实施方案中，癌症是头颈部癌。在一些实施方案中，头颈部癌是头颈部的鳞状细胞癌。
[0113]在一些实施方案中，FGFRlE⑶具有选自SEQ ID NO:1至4的氨基酸序列。在一些实施方案中，FGFRlE⑶具有选自SEQ ID NO:2和4的氨基酸序列。在一些实施方案中，FGFRlE⑶融合分子具有选自SEQ ID NO: 5和6的氨基酸序列。在一些实施方案中，FGFRlE⑶融合分子是具有氨基酸序列SEQ ID N0:6的FGFR1ECD.339-Fc。
[0114]在一些实施方案中，FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子与一种或多种其它抗癌疗法一起施用。其它抗癌疗法的实例包括(而不限于)手术、放射疗法(radiat1n therapy/rad1therapy)、生物疗法、免疫疗法和化学疗法或此等疗法的组合。另外，细胞毒性剂、抗血管生成剂和抗增生剂可以与FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子组合使用。在任何方法和用途的某些方面，本发明提供通过对受试者施用治疗有效量的FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子以及一种或多种化学治疗剂来治疗癌症，在所述癌症中至少一部分癌细胞包含FGFRl基因扩增和/或过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFR1、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记。在一些实施方案中，受试者的癌症先前未受治疗。多种化学治疗剂都可以用在本发明的组合治疗方法和用途中。在本文的“定义”和“发明概要”中提供所涵盖的示范性和非限制性化学治疗剂的清单。在一些实施方案中，本发明提供通过对受试者施用治疗有效量的FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子以及一种或多种抗血管生成剂来治疗癌症的方法。在一些实施方案中，本发明提供通过对受试者施用治疗有效量的FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子以及一种或多种VEGF拮抗剂来治疗癌症。在一些实施方案中，本发明提供通过对受试者施用治疗有效量的FGFR1ECD和/或FGFR1ECD融合分子以及一种或多种VEGF拮抗剂与一种或多种化学治疗剂的组合来治疗癌症。在一些实施方案中，一种或多种VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体和/或VEGF诱捕剂。
[0115]在一些实施方案中，提供治疗癌症的方法，其包括对受试者施用FGFR1ECD和/或FGFR1ECD融合分子与至少一种其它治疗剂的组合，该其它治疗剂选自多西他赛、紫杉醇、长春新碱、卡钼、顺钼、奥沙利钼、阿霉素、5-氟尿嘧啶(5-FU)、甲酰四氢叶酸、培美曲塞、索拉非尼、依托泊苷、拓扑替康、VEGF拮抗剂、抗VEGF抗体、VEGF诱捕剂和贝伐单抗。在另一实施例中，提供治疗癌症的方法，其包括对受试者施用FGFR1-ECD.339-Fc与至少一种其它治疗剂的组合，该其它治疗剂选自多西他赛、紫杉醇、长春新碱、卡钼、顺钼、奥沙利钼、阿霉素、5-氟尿嘧啶(5-FU)、甲酰四氢叶酸、培美曲塞、索拉非尼、依托泊苷、拓扑替康、VEGF拮抗剂、抗VEGF抗体、VEGF诱捕剂和贝伐单抗。在一些实施方案中，提供治疗癌症的方法，其包括对受试者施用FGFR1-ECD.339-Fc和多西他赛。
[0116]针对特定适应症以治疗有效量施用包含FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子(例如FGFRl-E⑶.339-Fc)的药物组合物。治疗有效量通常取决于受治疗受试者的体重、其身体或健康状况、所治疗病状的广泛性和/或受治疗受试者的年龄。一般来说，FGFR1ECD和/或FGFRlE⑶融合分子(例如FGFRl-E⑶.339-Fc)的施用量在每剂量每公斤体重约50 μ g至每公斤体重约10mg的范围内。FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子(例如FGFRl-E⑶.339-Fc)的施用量可选地可在每剂量每公斤体重约10yg至每公斤体重约30mg的范围内。FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子(例如FGFRl-E⑶.339-Fc)的施用量进一步可选地可在每剂量每公斤体重约0.5mg至每公斤体重约20mg的范围内。在某些实施方案中，FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子(例如FGFRl-E⑶.339-Fc)的施用剂量为每公斤体重约8mg至每公斤体重约20mg。在一些实施方案中，FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子(例如FGFRl-E⑶.339-Fc)的施用剂量为每公斤体重约8mg至每公斤体重约16mg (或当使用1.llmL/mg*cm的消光系数计算时为每公斤体重约1mg至每公斤体重约20mg)。在一些实施方案中，FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子(例如FGFRl-E⑶.339-Fc)的施用剂量为每公斤体重约8mg、每公斤体重约10mg、每公斤体重约llmg、每公斤体重约12mg、每公斤体重约13mg、每公斤体重约14mg、每公斤体重约15mg、每公斤体重约16mg、每公斤体重约17mg、每公斤体重约18mg、每公斤体重约19mg或每公斤体重约20mg。在一些实施方案中，如使用1.llmL/mg*cm的消光系数所计算，FGFRl融合蛋白的施用剂量为每公斤体重约1mg0在其它实施方案中，如使用1.llmL/mg*cm的消光系数所计算,FGFRl融合蛋白的施用剂量为每公斤体重约20mg。也可以施用上述一种剂量至另一种剂量范围内的FGFRlE⑶和/或FGFR1ECD融合分子。在一些实施方案中，剂量可每周两次、每周一次、每隔一周一次、以每周一次与每隔一周一次之间的频率、每三周一次、每四周一次或每月一次来施用。
[0117]在某些实施方案中，视所用的消光系数(EC)而定，可通过两种方式来计算FGFR1ECD和/或FGFR1ECD融合分子的剂量。消光系数视是否考虑蛋白质的糖基化而不同。在一个实施方案中，基于FGFRl-E⑶.339-Fc的氨基酸组成的消光系数例如为1.42mL/mg*cm。在另一实施方案中，当考虑FGFRl-E⑶.339-Fc的碳水化合物部分以及氨基酸部分时，消光系数为1.llmL/mg*cm。使用L llmL/mg*cm的EC计算FGFR1-ECD.339-Fc剂量会使所计算的剂量增加28%，如表I中所示。尽管使用两种消光系数所计算的剂量不同，但所施用的药物的摩尔浓度或实际量相同。除非另作说明，否则本文揭示的剂量各自使用不考虑糖基化的消光系数来计算。对于FGFR1-ECD.339-Fc而言，此等剂量与使用考虑糖基化的消光系数所计算的剂量的比较状况展示在表I中。如由表I可以看出，本文中使用1.42mL/mg*cm的EC的约8mg/kg (例如7.8和8.0mg/kg)的剂量对应于使用1.llmL/mg*cm的EC计算的约I Omg/kg (例如10.0和10.2mg/kg)的剂量。本文中使用1.42mL/mg*cm的EC的约16mg/kg (例如15.6和16.0mg/kg)的剂量对应于使用1.llmL/mg*cm的EC计算的约20mg/kg(例如20.0和20.5!1^/1^)的剂量。如上文“定义”章节中所说明，本文中提供的测量数字是近似值且涵盖具有其它四舍五入有效数字的值。例如，8mg/kg涵盖具有两个有效数字的值，诸如7.6,7.8,8.0,8.2,8.4和8.45，其各自四舍五入为8。同样，诸如16mg/kg的值涵盖四舍五入为16的具有三个有效数字的值，诸如15.6和16.0。
[0118]表1.FGFR1-ECD.339-FC 剂量的换算
[0119]EC=1.42 mL/mg*cmEC=1-1l mL/m? cm
—0.50.6
—0.75~1.0
—1,01.3
—2.02.6
—3.03.8
—4.05.1
—5.0~6.4
—6.0~7.7
—7.09.0
—7.810.0
—8.0~10.2
—9,011.5
—10.0~12.8
~11,014.1 —
—12.0~15.4
—13.0~16.6
—14.017.9
—15.0~19.2
—15.620.0
~16.020.5 —
—17.021.8
—18.023.0
—19.024.3
—20.025.6
—30.038.4 一
[0120]a以mg/kg表示的剂量。
[0121]在有需要时可向受试者施用包含FGFRlE⑶、FGFRlE⑶融合分子和/或至少一种其它治疗剂的药物组合物。在某些实施方案中，一或多次对受试者施用有效剂量的治疗性分子。在各种实施方案中，至少每两个月一次、至少每月一次、至少每月两次、每周一次、每周两次或每周三次对受试者施用有效剂量的治疗性分子。在各种实施方案中，对受试者施用有效剂量的治疗性分子持续至少一周、至少一个月、至少三个月、至少六个月或至少一年。
[0122]在某些实施方案中，组合施用FGFR1ECD、FGFRlE⑶融合分子和至少一种其它治疗剂包括使用单独配方或单一药物配方并行施用(包括同时施用)以及按任何次序连续施用。可选的是有一段时间两种(或所有)活性剂同时发挥其生物活性。与FGFR1ECD和/或FGFRlE⑶融合分子(例如FGFRl-E⑶.339-Fc)组合施用的治疗剂的治疗有效量将经过医师或兽医的斟酌。进行剂量施用和调整来达成对所治疗病状最大程度上的管理。剂量另外将取决于诸如所用治疗剂的类型、受治疗的特定患者、疾病阶段和治疗方案的所需侵入性等因素。
[0123]在某些实施方案中，用FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子(例如FGFRl-E⑶.339-Fc)与VEGF拮抗剂的组合来治疗患者。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂是VEGF诱捕剂(例如阿柏西普)。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂是酪氨酸激酶抑制剂(例如帕唑帕尼)。在一些实施方案中，VEGF拮抗剂是抗VEGF抗体。在一些实施方案中，VEGF抗体是贝伐单抗。贝伐单抗的一种示范性剂量是在约0.05mg/kg至约20mg/kg的范围内。因此，可向患者施用以下一种或多种剂量:约0.5mg/kg、2.0mg/kg、4.0mg/kg、7.5mg/kg、10mg/kg或15mg/kg(或其任何组合)。所述剂量可间歇地施用，例如每周一次、每两周一次或每三周一次。
[0124]在一些实施方案中，FGFR1ECD和/或FGFR1ECD融合分子(例如FGFRl-E⑶.339-Fc)与另一治疗剂(诸如化学治疗剂或抗血管生成剂)组合以该治疗剂的推荐或处方剂量和/或频率来施用。
[0125]在一些实施方案中，另一治疗剂以由负责批准治疗性处理的机构(诸如美国食品与药品管理局(Food and Drug Administrat1n))批准的剂量或以制造商推荐的剂量来施用。
[0126]施药途径和载剂
[0127]在一些实施方案中，FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子可以经静脉内和/或皮下施用。在一些实施方案中，FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子可以通过另一种途径来施用，诸如动脉内、肠胃外、鼻内、肌肉内、心内、心室内、气管内、经口腔、直肠、腹膜内、皮内、局部、经皮或鞘内或另外通过植入或吸入来施用。在各种实施方案中，至少一种其它治疗剂可以通过多种途径体内施用，包括静脉内、动脉内、皮下、肠胃外、鼻内、肌肉内、心内、心室内、气管内、经口腔、直肠、腹膜内、皮内、局部、经皮和鞘内或另外通过植入或吸入来施用。每种本发明的组合物都可以单独或组合配制成呈固体、半固体、液体或气态形式的制剂，诸如锭剂、胶囊、散剂、颗粒、软膏、溶液、栓剂、灌肠剂、注射剂、吸入剂和气雾剂。
[0128]在各种实施方案中，包含FGFRlE⑶、FGFRlE⑶融合分子和/或至少一种其它治疗剂的组合物以含有药学上可接受的载剂的配方形式来提供，在本领域中已知多种这样的药学上可接受的载剂(参见例如Gennaro, Remington:The Science and Practice ofPharmacy with Facts and Comparisons:Drugfacts Plus,第 20 版(2003) ；Ansel 等人，Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems,第 7 版，LippencottWilliams 和 Wilkins (2004) ;Kibbe 等人，Handbook of Pharmaceutical Excipients,第3版，Pharmaceutical Press (2000))。公众可得包括媒介物、助剂、载剂和稀释剂的各种药学上可接受的载剂。此外，公众也可得诸如PH值调节剂和缓冲剂、张力调节剂、稳定剂、湿润剂等等的各种药学上可接受的辅助物质。某些非限制性的示范性载剂包括生理盐水、缓冲生理盐水、右旋糖、水、甘油、乙醇以及其组合。在一些实施方案中，治疗剂配制成上文在定义章节中所示的商标名称药物或通用的等效物。在一些实施方案中，多西他赛被配制成Taxotere? (Sanofi Aventis)或通用的等效物。
[0129]在各种实施方案中，包含FGFRlE⑶、FGFRlE⑶融合分子和/或至少一种其它治疗剂的组合物可以通过使它们在水性或非水性溶剂(诸如植物油或其它油、合成脂族酸甘油酯、高级脂族酸的酯或丙二醇)中溶解、悬浮或乳化；且如果需要与诸如增溶剂、等张剂、悬浮剂、乳化剂、稳定剂和防腐剂的常用添加剂一起配制成用于注射。在各种实施方案中，组合物例如可使用加压的可接受的推进剂(诸如二氯二氟甲烷、丙烷、氮气等等)配制成用于吸入。在各种实施方案中，组合物还可以诸如与生物可降解或非生物可降解的聚合物一起配制成持续释放的微胶囊。非限制性的示范性生物可降解配方包括聚乳酸-乙醇酸聚合物。非限制性的示范性非生物可降解配方包括聚甘油脂肪酸酯。制备所述配方的某些方法例如描述于EP1125584A1中。
[0130]还提供包含一个或多个容器的药物剂量包装，每个容器含有一个或多个剂量的FGFRlE⑶、FGFRlE⑶融合分子和/或至少一种其它治疗剂。在某些实施方案中，提供一种单位剂量，其中该单位剂量含有预定量的包含FGFRlE⑶、FGFRlE⑶融合分子和/或至少一种其它治疗剂且具有或不具有一种或多种其它药剂的组合物。在某些实施方案中，由用于注射的一次性预装注射器来供应此种单位剂型。在各种实施方案中，单位剂型中所含的组合物可包含生理盐水、蔗糖等等；缓冲剂，诸如磷酸盐等等；和/或配制成在稳定且有效的PH值范围内。或者，在某些实施方案中，可提供冻干粉末形式的组合物，该冻干粉末可以通过添加适当液体(例如无菌水)而复原。在某些实施方案中，组合物包含一种或多种抑制蛋白聚集的物质，包括(但不限于)蔗糖和精氨酸。在某些实施方案中，本发明的组合物包含肝素和/或蛋白聚糖。
[0131 ] 在一些实施方案中，剂量包装包含用以确定癌症在施用FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子之前是否包含FGFRl基因扩增和/或过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的说明书。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。在一些这样的实施方案中，说明书表示在至少一部分癌细胞中存在FGFRl基因扩增和/或过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18 和 ETV4 的标记指示对 FGFR1ECD 和 / 或 FGFR1ECD 融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，说明书表示在至少一部分癌细胞中存在FGFRl基因的至少四个拷贝指示对FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，说明书表示在至少一部分癌细胞中存在FGFRl基因的至少四个、至少六个、至少八个或至少十个拷贝指示对FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，说明书表示在至少一部分癌细胞中FGFRl基因与染色体8着丝点的比率为至少2指示对FGFR1ECD和/或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，说明书表示在至少一部分肺癌细胞中FGFRl基因与染色体8着丝点的比率为至少2.5、至少3、至少3.5或至少4指示对FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。
[0132]在一些实施方案中，剂量包装包含用以确定肺癌在施用FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子之前是否包含FGFRl基因扩增和/或过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc,FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的说明书。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。在一些这样的实施方案中，说明书表示在至少一部分肺癌细胞中存在FGFRl基因扩增和/或过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18 和 ETV4 的标记指示对 FGFR1ECD 和 / 或 FGFR1ECD 融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，说明书表示在至少一部分肺癌细胞中存在FGFRl基因的至少四个拷贝指示对FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，说明书表示在至少一部分肺癌细胞中存在FGFRl基因的至少四个、至少六个、至少八个或至少十个拷贝指示对FGFR1ECD和/或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，说明书表示在至少一部分肺癌细胞中FGFRl基因与染色体8着丝点的比率为至少2指示对FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，说明书表示在至少一部分肺癌细胞中FGFRl基因与染色体8着丝点的比率为至少2.5、至少3、至少3.5或至少4指示对FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。
[0133]如本文所用，术语“说明书”包括(但不限于)标签、药品说明书、可诸如在计算机可读媒体(例如磁盘、光盘或DVD)上以电子形式得到的说明书、可诸如在因特网上远程得到的说明书等。当剂量包装提供获取说明书的途径、获取说明书的链接(诸如统一资源定位符或url)或获得说明书拷贝的其它途径(诸如回函卡、可请求说明书的物理地址、可请求说明书的电子邮件地址、可呼叫以得到说明书的电话号码等)时，就认为该剂量包装包括说明书。
[0134]FGFR1ECD 和 FGFR1ECD 融合分子
[0135]非限制性的示范性FGFR1ECD包括全长FGFR1ECD、FGFR1ECD片段和FGFR1ECD变体。FGFRlE⑶可包括或缺乏信号肽。示范性FGFRlE⑶包括(但不限于)具有选自SEQ IDN0.: 1、2、3和4的氨基酸序列的FGFRlE⑶。
[0136]非限制性的示范性FGFRlE⑶片段包括在氨基酸339处终止的人类FGFRlE⑶(由成熟形式的第一个氨基酸开始计数，无信号肽)。在一些实施方案中，FGFR1ECD片段在氨基酸339与氨基酸360之间的某一氨基酸处终止(由成熟形式的第一个氨基酸开始计数，无信号肽)。示范性FGFR1ECD片段包括(但不限于)具有选自SEQ ID N0.: 3和4的氨基酸序列的FGFR1ECD片段。
[0137]在一些实施方案中，FGFRlE⑶包含选自SEQ ID N0:1至4的序列。在一些实施方案中，FGFR1ECD由选自SEQ ID N0:1至4的序列组成。当FGFRIECD “由选自SEQ ID NO:1至4的序列组成”时，FGFRlE⑶可能含有或可能不含各种翻译后修饰，诸如糖基化和唾液酸化。换句话说，当FGFR1ECD由特定的氨基酸序列组成时，它在连续氨基酸序列中不含其它的氨基酸，但可能含有对氨基酸侧链、N端氨基和/或C端羧基的修饰。
[0138]在一些实施方案中，FGFRlE⑶融合分子包含信号肽。在一些实施方案中，FGFRlE⑶融合分子缺乏信号肽。在一些实施方案中，FGFRlE⑶融合分子的FGFRlE⑶部分包含选自SEQ ID NO:1至4的序列。在一些实施方案中，FGFRlE⑶融合分子的FGFRlE⑶部分由选自SEQ ID NO:1至4的序列组成。当FGFRlE⑶融合分子的FGFRlE⑶部分“由选自SEQ IDNO:1至4的序列组成”时，FGFRlE⑶融合分子的FGFRlE⑶部分可能含有或可能不含各种翻译后修饰，诸如糖基化和唾液酸化。换句话说，当FGFR1ECD融合分子的FGFR1ECD部分由特定的氨基酸序列组成时，它在连续氨基酸序列中不含来自FGFRl的其它氨基酸，但可能含有对氨基酸侧链、N端氨基和/或C端羧基的修饰。此外，由于FGFRlE⑶连接到融合分子，所以在FGFR1ECD的N端和/或C端上可能存在其它的氨基酸，但那些氨基酸并非来自FGFRl序列，而是可能来自例如连接子序列或融合伴侣序列。
[0139]在一些实施方案中，FGFRlE⑶融合分子的融合伴侣部分选自Fe、白蛋白和聚乙二醇。本文中论述非限制性的示范性融合伴侣。
[0140]本
【发明者】已发现，施用FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子以及至少一种选自多西他赛、紫杉醇、长春新碱、卡钼、顺钼、奥沙利钼、阿霉素、5-氟尿嘧啶(5-FU)、甲酰四氢叶酸、培美曲塞、索拉非尼、依托泊苷、拓扑替康、VEGF拮抗剂、帕唑帕尼、抗VEGF抗体、VEGF诱捕剂和贝伐单抗的其它治疗剂可用于治疗至少一部分癌细胞具有FGFRl基因扩增和/或过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的癌症。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。在一些实施方案中，FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子与多西他赛一起施用。
[0141]融合伴侣和结合物
[0142]如本文所论述，FGFRlE⑶可与至少一个融合伴侣组合，产生FGFRlE⑶融合分子。这些融合伴侣可促进纯化，且FGFR1ECD融合分子在体内可显示出延长的半衰期。如本文所述且如美国专利号6，686，179中进一步描述，FGFRlE⑶的合适融合伴侣例如包括聚合物，诸如水溶性聚合物；免疫球蛋白的恒定域；人类血清白蛋白(HSA)的全部或一部分；胎球蛋白A ;胎球蛋白B ;白氨酸拉链结构域；四连接素三聚化结构域；甘露糖结合蛋白(也称为甘露糖结合凝集素)，例如甘露糖结合蛋白I ;以及Fe区。非限制性的示范性FGFR1ECD融合分子例如描述于美国专利号7，678，890中。
[0143]FGFRlE⑶融合分子可以通过使聚氨基酸或分枝点氨基酸连接到FGFRlE⑶来制备。例如，聚氨基酸可以是用来增加FGFR1ECD的循环半衰期的载体蛋白(除了通过融合分子实现的优势以外)。出于本发明的治疗目的，所述聚氨基酸理想地应该是不具有或不产生中和抗原反应或其它不利反应的聚氨基酸。所述聚氨基酸可选自血清白蛋白(诸如HSA)、其它抗体或其部分(例如Fe区)、胎球蛋白A、胎球蛋白B、白氨酸拉链核因子核细胞衍生物-2 (NFE2)、神经视网膜白氨酸拉链、四连接素或其它聚氨基酸(例如离氨酸)。如本文所述，连接聚氨基酸的位置可位于N端或C端，或其间的其它位置，而且也可以由化学连接子部分连接到所选分子。
[0144]聚合物
[0145]例如水溶性聚合物的聚合物可适用作融合伴侣来减少FGFR1ECD融合分子在水性环境(诸如通常在生理环境中所见的水性环境)中沉淀。本发明中所用的聚合物在药学上可接受用于制备治疗产品或组合物。
[0146]临床上可接受的合适水溶性聚合物包括(但不限于)聚乙二醇(PEG)、聚乙二醇丙醛、乙二醇/丙二醇的共聚物、单甲氧基-聚乙二醇、羧甲基纤维素、葡萄聚糖、聚乙烯醇(PVA)、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1，3- 二氧戊环、聚-1，3，6-三氧杂环己烷、乙烯/顺丁烯二酸酐共聚物、聚氨基酸)(均聚物或无规共聚物)、聚(正乙烯基吡咯烷酮)聚乙二醇、聚丙二醇均聚物(PPG)和其它聚环氧烷、聚环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯多元醇(POG)(例如甘油)和其它聚氧乙烯多元醇、聚氧乙烯山梨糖醇或聚氧乙烯葡萄糖、结肠酸(colonic acid)或其它碳水化合物聚合物、聚鹿糖(Ficoll)或葡萄聚糖，以及其混合物。
[0147]如本文所用，聚乙二醇(PEG)意欲涵盖已用于衍生其它蛋白质的任何形式，诸如单-(C1-Cltl)烷氧基-聚乙二醇或芳氧基-聚乙二醇。聚乙二醇丙醛因其在水中的稳定性而可在制造方面具有优势。
[0148]本文所用的聚合物(例如水溶性聚合物)可具有任何分子量，而且可以是支化聚合物或无支链聚合物。在一些实施方案中，聚合物的平均分子量在约2kDa至约10kDa之间(术语“约”表示在制备聚合物时，一些分子的分子量将高于、某种程度上低于规定的分子量)。每种聚合物的平均分子量可以在约5kDa与约50kDa之间，或在约12kDa与约25kDa之间。一般来说，分子量越高或支链越多，聚合物:蛋白质的比率越高。也可以使用其它大小，取决于所需的治疗概况；例如持续释放的持续时间；对生物活性可能存在的影响；处理容易性；抗原性程度或缺少抗原性；以及聚合物对FGFR1ECD的其它已知影响。
[0149]本发明中所用的聚合物通常在考虑对多肽的功能或抗原性结构域的影响的情况下连接到FGFRlE⑶。一般来说，可在任何适用于使蛋白与活化聚合物分子反应的条件下进行化学衍生。可用于将聚合物连接到活性部分的活化基团包括砜、顺丁烯二酰亚胺、巯基、硫醇、三氟甲磺酸酯、三氟乙磺酸酯、氮杂环丙烷、环氧乙烷和5-吡啶基。
[0150]本发明的聚合物通常在氨基酸的α或ε氨基或反应性硫醇基处连接到异源多肽，但还预期聚合物基团可连接到蛋白质的具有足够反应性以便可在合适反应条件下连接到聚合物基团的任何反应性基团。因此，聚合物可以通过反应性基团(诸如游离氨基或羧基)与FGFR1ECD共价结合。具有游离氨基的氨基酸残基可包括离氨酸残基和N端氨基酸残基。具有游离羧基的氨基酸残基可包括天冬氨酸残基、麸氨酸残基和C端氨基酸残基。具有反应性硫醇基的氨基酸残基包括半胱氨酸残基。
[0151]制备与聚合物(诸如水溶性聚合物)结合的融合分子的方法各自一般涉及(a)使FGFR1ECD与聚合物在可使多肽连接到一种或多种聚合物的条件下反应，以及(b)获得反应产物。用于每种结合的反应条件可选自任何本领域中已知的反应条件或后来研发的反应条件中的任一者，但应该经过选择以避免或限制暴露于可能使需要修饰的蛋白失活的反应条件，诸如温度、溶剂和PH值水平。一般来说，用于反应的最佳反应条件将基于已知参数和所需结果而根据具体状况来确定。例如，聚合物:多肽结合物的比率越大，结合产物的百分比就越高。最佳比率(就不存在过量未反应的多肽或聚合物时的反应效率而言)可根据诸如所需衍生程度(例如单衍生、二衍生、三衍生等)、所选聚合物的分子量、聚合物是支化或无支链的以及所用的反应条件等因素来决定。聚合物(例如PEG)与多肽的比率一般将在1:1至100:1的范围内。一种或多种纯化结合物可通过标准纯化技术由各自的混合物来制备，所述纯化技术尤其包括透析、盐析、超滤、离子交换色谱法、凝胶过滤色谱法和电泳。
[0152]可能尤其需要N端经化学修饰的FGFRlE⑶。可以根据分子量、支化等、反应混合物中聚合物与FGFR1ECD分子的比例、将要进行的反应类型和获得所选N端经化学修饰的FGFRlE⑶的方法来选择聚合物。获得N端经化学修饰的FGFRlE⑶制剂(必要时使此部分与其它单衍生部分分离)的方法可以是通过自经化学修饰的蛋白质分子群体中纯化出N端经化学修饰的FGFRlE⑶材料。
[0153]选择性N端化学修饰可以通过还原性烷基化作用来实现，还原性烷基化作用利用在特定蛋白中可用于衍生的不同类型主要氨基(相对于N端而言为离氨酸)的反应性差异。在适当的反应条件下，可以用含有羰基的聚合物在N端上实现对蛋白质的基本上选择性衍生。例如，可以通过在允许利用蛋白质的离氨酸残基的ε-氨基与N端残基的α-氨基之间的PKa差异的pH值下进行反应来使聚合物选择性地连接到蛋白质的N端上。通过这种选择性衍生，聚合物与蛋白质的连接得以控制:主要在蛋白质的N端上与聚合物进行结合且不存在对其它反应性基团(诸如离氨酸侧链氨基)的显著修饰。使用还原性烷基化作用，聚合物可以具有上述类型，而且应具有单个反应性醛用于与蛋白偶合。也可以使用含有单个反应性醛的聚乙二醇丙醛。
[0154]在一个实施方案中，本发明涵盖经化学衍生而包括单个PEG部分或多个(例如2至4个)PEG部分的FGFRlE⑶。可通过任何可用的聚乙二醇化反应来进行聚乙二醇化。用于制备聚乙二醇化蛋白产物的方法一般将包括(a)使多肽与聚乙二醇(诸如PEG的反应性酯或醛衍生物)在可使蛋白连接到一个或多个PEG基团的条件下反应；以及(b)获得反应产物。一般来说，最佳反应条件将基于已知参数和所需结果根据具体状况来确定。
[0155]本领域中已知多种PEG连接方法。参见例如EP0401384 ;Malik等人，Exp.Hematol.，20:1028-1035(1992) ；Francis, Focus on Growth Factors, 3(2):4-10(1992)；EP0154316 ；EP0401384 ；W092/16221 ；W095/34326 ;和本文引用的与聚乙二醇化有关的其它公开案。
[0156]例如可以通过与反应性聚乙二醇分子进行酰化反应或烷基化反应来进行聚乙二醇化。因此，本发明的蛋白产物包括聚乙二醇化蛋白，其中PEG基团通过酰基或烷基连接。所述产物可以被单-聚乙二醇化或多-聚乙二醇化(例如，含有2至6个或2至5个PEG基团的产物)。PEG基团一般在氨基酸的α-氨基或氨基处与蛋白质连接，但也预期PEG基团可连接到任何与蛋白质连接且具有足够反应性以可在合适反应条件下与PEG基团连接的氨基。
[0157]通过酰化进行的聚乙二醇化一般涉及使聚乙二醇(PEG)的活性酯衍生物与FGFR1ECD反应。对于酰化反应来说，所选的聚合物通常具有单个反应性酯基。可使用任何已知或后来发现的反应性PEG分子来进行聚乙二醇化反应。合适的活化PEG酯的一个实例是酯化成N-羟基丁二酰亚胺(NHS)的PEG。如本文所用，酰化预期包括(而不限于)治疗性蛋白与聚合物(诸如PEG)之间的以下键联类型:酰胺、氨基甲酸酯、聚氨酯等等，参见例如Chamow, B1conjugate Chem., 5:133-140 (1994)。反应条件可选自任何目前已知的反应条件或后来研发的反应条件，但应该避免可能使需要修饰的多肽失活的条件，诸如温度、溶剂和pH值。
[0158]通过酰化进行聚乙二醇化一般将产生多-聚乙二醇化蛋白。连接键联可以是酰胺。所得产物可以基本上仅(例如>95%)单-聚乙二醇化、二-聚乙二醇化或三-聚乙二醇化。然而，可能形成聚乙二醇化程度较高的一些物质，其量取决于所用的具体反应条件。必要时，可以通过标准纯化技术自混合物(尤其是未反应的物质)分离出更进一步纯化的聚乙二醇化物质，所述纯化技术尤其包括透析、盐析、超滤、离子交换色谱法、凝胶过滤色谱法和电泳。
[0159]通过烷基化进行聚乙二醇化一般涉及使PEG的末端醛衍生物与多肽在还原剂存在下反应。对于还原性烧基化反应来说，所选聚合物应具有单个反应性醒基。示范性的反应性PEG醛是具有水稳定性的聚乙二醇丙醛，或其单C1-Cltl烷氧基或芳氧基衍生物，参见例如美国专利号5，252,714。
[0160]标记
[0161]此外，本发明的FGFR1ECD可与标记序列融合，诸如促进融合多肽纯化的肽。标记氨基酸序列可以是六聚组氨酸肽，尤其诸如在PQE载体(Qiagen, Mississauga, Ontar
1,Canada)中提供的标签，其中许多在市场上有售。如Gentz等人，Proc.Natl.Acad.Sc1.86:821-824(1989)中所述，例如，六聚组氨酸使得融合蛋白可便利地纯化。另一种适用于纯化的肽标签(血球凝集素(HA)标签)对应于来源于流行性感冒HA蛋白的表位。(Wilson等人，Cell37:767 (1984))。可使用本文所述的FGFR1ECD对任何此等上述融合物进行工程改造。
_2] 寡聚化结构域融合伴侣
[0163] 在各种实施方案中，寡聚化可为融合蛋白提供一些功能优势，包括(但不限于)多价、结合强度增加以及不同结构域的组合功能。因此，在一些实施方案中，融合伴侣包含寡聚化结构域，例如二聚化结构域。示范性的寡聚化结构域包括(但不限于)卷曲螺旋结构域，包括α-螺旋式卷曲螺旋结构域；胶原蛋白结构域；胶原蛋白样结构域；以及某些免疫球蛋白结构域。示范性的卷曲螺旋多肽融合伴侣包括(但不限于)四连接素卷曲螺旋结构域；软骨寡聚基质蛋白的卷曲螺旋结构域；血管生成素卷曲螺旋结构域；和白氨酸拉链结构域。示范性的胶原蛋白或胶原蛋白样寡聚化结构域包括(但不限于)在胶原蛋白、甘露糖结合凝集素、肺表面活性蛋白A和D、脂联素、纤维胶凝蛋白、粘合素、巨噬细胞清道夫受体(macrophage scavenger receptor)和弹性蛋白微纤维界面蛋白(emilin)中发现的结构域。
_4] 抗体Fe免疫球蛋白结构域融合伴侣
[0165]本领域中已知可用作融合伴侣的多种Fe结构域。在一些实施方案中，融合伴侣是Fe免疫球蛋白结构域。Fe融合伴侣可以是在天然存在的抗体、其变体或其片段中发现的野生型Fe。非限制性的示范性Fe融合伴侣包括包含人类IgG(例如人类IgGl、IgG2、IgG3或IgG4)的铰链以及CH2和CH3恒定域的Fe。其它示范性的Fe融合伴侣包括(但不限于)人类IgA和IgM。在一些实施方案中，Fe融合伴侣包含例如IgGl中的C237S突变(参见例如SEQ ID NO:8)。在一些实施方案中，Fe融合伴侣包含具有P331S突变的人类IgG2的铰链、CH2和CH3结构域，如美国专利号6，900, 292中所述。某些示范性的Fe结构域融合伴侣展示在SEQ ID NO:8至10中。
[0166]白蛋白融合伴侣和白蛋白结合分子融合伴侣
[0167]在一些实施方案中，融合伴侣是白蛋白。示范性白蛋白包括(但不限于)能够增加其所融合的多肽的血清半衰期或生物可用性的人类血清白蛋白(HSA)和HSA片段。在一些实施方案中，融合伴侣是白蛋白结合分子，诸如结合白蛋白的肽或与结合白蛋白之脂质或其它分子结合的分子。在一些实施方案中，如例如美国专利号6，686，179中所述来制备包含HSA的融合分子。
[0168]融合伴侣的示范性连接
[0169]融合伴侣可与FGFRlE⑶的N端或C端共价或非共价连接。也可以在FGFRlE⑶内除N端或C端以外的位置处例如通过氨基酸侧链(诸如半胱氨酸、离氨酸、丝氨酸或酥氨酸的侧链)进行连接。
[0170]在共价或非共价连接的实施方案中，在融合伴侣与FGFR1ECD之间可包括连接子。所述连接子可包含至少一个氨基酸或化学部分。使融合伴侣与FGFRlE⑶共价连接的示范性方法包括(但不限于)将融合伴侣与FGFR1ECD翻译成单个氨基酸序列以及使融合伴侣与FGFR1ECD进行化学连接。在将融合伴侣与FGFR1ECD翻译成单个氨基酸序列时，在融合伴侣与FGFR1ECD之间可包括其它氨基酸作为连接子。在一些实施方案中，基于编码连接子的多核苷酸序列来选择连接子，以便于将融合伴侣和/或FGFR1ECD克隆成单个表达构筑体(例如，含有特定限制位点的多核苷酸可位于编码融合伴侣的多核苷酸与编码FGFR1ECD的多核苷酸之间，其中含有限制位点的多核苷酸编码短的氨基酸连接子序列)。在通过化学方式使融合伴侣与FGFRlE⑶共价偶合时，在偶合反应期间通常可包括具有各种尺寸的连接子。
[0171]使融合伴侣与FGFR1ECD非共价连接的示范性方法包括(但不限于)通过结合对连接。示范性的结合对包括(但不限于)生物素与抗生物素蛋白或抗生蛋白链菌素、抗体以及其抗原等。
[0172]共翻译和翻译后修饰
[0173]本发明涵盖施用在翻译期间或翻译后，例如通过糖基化、乙酰化、磷酸化、酰胺化、由已知保护/阻断基团衍生、蛋白水解裂解或与抗体分子或其它细胞配体键联而经过不同修饰的FGFRlE⑶和FGFRlE⑶融合分子。可通过已知技术来进行任何多种化学修饰，所述技术包括(但不限于)由溴化氰、胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、木瓜蛋白酶、V8蛋白酶进行特异性化学裂解；NABH4 ;乙酰化；甲酰化；氧化；还原；和/或在衣霉素(tunicamycin)存在下代谢合成。
[0174]本发明所涵盖的其它翻译后修饰包括例如N连接型或O连接型碳水化合物链、对N端或C端末端进行加工、使化学部分连接到氨基酸主链、对N连接型或O连接型碳水化合物链进行化学修饰，以及N端甲硫氨酸残基由于原核宿主细胞表达而添加或缺失。对FGFR1ECD和FGFR1ECD融合分子的各种翻译后修饰的非限制性论述例如可见于美国专利号7，678，890 中。
[0175]FGFRlE⑶和FGFRlE⑶融合分子表达和生产载体
[0176]提供包含编码FGFRlE⑶的多核苷酸的载体。还提供包含编码FGFRlE⑶融合分子的多核苷酸的载体。所述载体包括(但不限于)DNA载体、曬菌体载体、病毒载体、反转录病毒载体等。
[0177]在一些实施方案中，选择经优化用于在CHO细胞或CHO衍生细胞中表达多肽的载体。示范性的所述载体例如描述于Running Deer等人，B1technol.Prog.20:880-889(2004)中。
[0178]在一些实施方案中，选择载体用于在动物(包括人类)中体内表达FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子。在一些这样的实施方案中，多肽的表达受到以组织特异性方式起作用的启动子控制。例如，肝特异性启动子例如描述于PCT公开案号W02006/076288中。对各种表达载体的非限制性论述例如可见于美国专利号7，678，890中。
[0179]宿主细胞
[0180]在各种实施方案中，FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子可以在原核细胞，诸如细菌细胞；或真核细胞，诸如真菌细胞、植物细胞、昆虫细胞和哺乳动物细胞中表达。例如可以根据本领域中已知的程序来进行这种表达。可用来表达多肽的示范性真核细胞包括(但不限于)COS细胞，包括C0S7细胞；293细胞，包括293-6E细胞；CH0细胞，包括CHO-S和DG44细胞；以及NSO细胞。在一些实施方案中，基于对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子进行某些所需翻译后修饰的能力来选择具体的真核宿主细胞。例如，在一些实施方案中，CHO细胞所产生的FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子的唾液酸化程度高于在293细胞中产生的相同多肽。
[0181]可以通过本领域中已知的任何方法将核酸引入所需宿主细胞中，该方法包括(但不限于)磷酸钙转染、DEAE-葡萄聚糖介导的转染、阳离子脂质介导的转染、电穿孔、转导、感染等。非限制性的示范性方法例如描述于Sambrook等人，Molecular Cloning, ALaboratory Manual,第 3 版Cold Spring Harbor Laboratory Press (2001)中。可以根据本领域中已知的方法使核酸在所需宿主细胞中短暂或稳定转染。关于宿主细胞和宿主细胞中的多肽方法的非限制性论述例如可见于美国专利号7，678，890中。
[0182]在一些实施方案中，可以根据本领域中已知的方法，在已由编码多肽的核酸分子工程改造或转染的动物中通过体内产生多肽。
[0183]FGFR1ECD多肽的纯化
[0184]FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子可以通过本领域中已知的各种方法来纯化。所述方法包括(但不限于)使用亲和基质或疏水性交互式色谱法。合适的亲和配体包括FGFR1ECD或融合伴侣的任何配体。在结合FGFRl的抗体的状况下，合适的亲和配体包括(但不限于)FGFR1本身和其片段。此外，可以使用蛋白质A、蛋白质G、蛋白质A/G或抗体亲和柱来结合Fe融合伴侣，从而来纯化FGFRlE⑶融合分子。也可以使用FGFRlE⑶的抗体来纯化FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子。疏水性交互式色谱法(例如丁基或苯基柱)也可能适合纯化一些多肽。本领域中已知多种纯化多肽的方法。关于各种纯化多肽的方法的非限制性论述例如可见于美国专利号7，678，890中。
[0185]鉴别将受益于FGFRlE⑶和/或FGFRlE⑶融合分子的患者的方法
[0186]在一些实施方案中，提供鉴别可受益于施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的患有癌症的患者的方法。在一些这样的实施方案中，该方法包括确定由受试者获得的样本中的至少一部分癌细胞是否包含FGFRl基因扩增。在一些实施方案中，FGFRl基因扩增指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，自患有或怀疑患有癌症的患者获取样本。在至少一部分癌细胞中发现FGFRl基因扩增指示患有或怀疑患有癌症的患者可受益于FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子疗法。在一些实施方案中，患者患有或怀疑患有肺癌。
[0187]在一些实施方案中，该方法包括确定由受试者获得的样本中的至少一部分癌细胞是否包含至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFR1、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的过度表达。在一些实施方案中，过度表达是mRNA过度表达。在一些实施方案中，过度表达是蛋白质过度表达。在一些实施方案中，FGFRl、FGFR3IIIc, FGF2、DKK3、FGF18和/或ETV4过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。在一些实施方案中，自患有或怀疑患有癌症的患者获取样本。在至少一部分癌细胞中发现FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和/或ETV4过度表达指示该患有或怀疑患有癌症的患者可受益于FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子疗法。在一些实施方案中，FGFRl是FGFRlIIIc。在一些实施方案中，患者患有或怀疑患有肺癌。
[0188]在一些实施方案中，FGFRl基因扩增和/或至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFR1、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的过度表达由实验室来测定。实验室可以是医院实验室或与医院无关的实验室。在一些实施方案中，在测定FGFRl基因扩增和/或至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFR1、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的过度表达后，将测定结果传达给医学专业人员。在一些这样的实施方案中，传达这些结果以便确定患者是否会受益于FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子疗法或对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子疗法是否有反应。在一些实施方案中，医学专业人员包括(但不限于)医生、护士、医院管理机构和工作人员等。在一些实施方案中，FGFRl是 FGFRlIIIc。
[0189]可以使用测定FGFRl基因扩增的任何合适方法。非限制性的示范性的所述方法包括荧光原位杂交(FISH;参见例如Monni等人，(2001)PNAS98:5711-5716);阵列比较基因组杂交(aCGH) ;DNA 微阵列(参见例如 Carter 等人，(2007) Nat.Genet.39: S16-21);光谱核型分析(SKY ;参见例如Liyanage等人，(1996)Nat.Genet.14:312-5);实时定量PCR(参见例如Dhaene等人，(2010)Methods50:262-270) ；DNA印迹；以及测序，包括(但不限于)高通量测序(HTS ;参见例如Medvedev等人,(2010) Genome Res.20:1613-22)和下一代测序技术，诸如RNA-seq(也称为“全转录组鸟枪法测序”(Whole Transcriptome ShotgunSequencing, “WTSS”))、Applied B1systems SOLiD? 系统、Illumina (Solexa)测序、离子半导体测序、DNA纳米球测序、Hel1scope (TM)单分子测序、单分子SMRT(TM)测序、单分子实时(RNAP)测序、纳米孔(Nanopore) DNA 测序、VisiGen B1technologies 途径和 454 焦磷酸测序。
[0190]荧光原位杂交(FISH)是一种用来检测和定位染色体上是否存在特定DNA序列的细胞遗传学技术。在一些实施方案中，FISH使用荧光探针以序列特异性的方式来检测染色体的某些区域。因此，在一些实施方案中，为了使用FISH来检测癌症中的基因扩增，在一些实施方案中，开发一种与相关基因(诸如FGFRl基因)特异性结合的荧光探针。在一些这样的实施方案中，此基因特异性探针与癌症样本杂交，且通过使用荧光显微术计数每个细胞所呈现的荧光信号的数目来测定拷贝数。对于正常二倍体细胞来说，大部分基因的拷贝数应为2 (当该基因存在于一个性染色体上而非存在于常染色体上时或当细胞正进行分裂和基因组复制时，存在例外)。在某些情况下，如果在细胞中检测到两个以上的信号，该基因就可能被扩增。
[0191]也可以使用双色FISH来评定癌症中的基因扩增。在一些实施方案中，可以使用与相关基因所处的染色体的着丝点区域结合的参考探针作为对照。在有些情况下，染色体的着丝点(CEN)区域被认为在基因组方面是稳定的，而且因此被假定为整个染色体的代表。因此在一些实施方案中，CEN拷贝数可有助于区分病灶基因扩增与由染色体的多体性(> 3个染色体着丝点拷贝)所引起的基因拷贝数增加。在一些实施方案中，可以通过计算来自相关基因探针的信号/来自着丝点探针的信号的比率来区分基因扩增与多体性。对于正常二倍体细胞来说，当相关基因位于常染色体上时，此比率通常为I。在一些实施方案中，t匕率>1指示基因扩增。在一些实施方案中，可以使用染色体参考基因的探针来代替着丝点探针，或除了着丝点探针以外还可以使用染色体参考基因的探针(参见例如Tse等人(2011)J.Clin.0ncol.29:4168-74)。在一些实施方案中，所选的参考基因也位于染色体8上。在一些实施方案中，参考基因位于靠近染色体8的着丝点处。在一些实施方案中，参考序列包含染色体8上的非编码DNA。
[0192]在一些实施方案中，FISH允许测定基因扩增的多个参数，包括(但不限于)具有扩增基因的细胞的分率、各种细胞子群内的扩增程度，以及细胞内的扩增模式(例如丛集信号相较于多个散射信号)。在一些实施方案中，测定每种癌细胞的相关基因的拷贝数与着丝点参考物的比率。在一些这样的实施方案中，接着计算特定样本或样本中的细胞子集的平均比率。平均比率大于2 —般视作指示基因扩增，而信号在1.5至2之间可指示低水平扩增。在一些实施方案中，认为相关基因的拷贝数大于参考对照探针的细胞经过扩增(参见例如 Kobayashi 等人,(2002)Hum.Pathol.33:21-8 ；以及 Kunitomo 等人，(2002)Pathol.1nt.52:451-7)。在一些实施方案中，在没有染色体参考探针对照物的情况下，使用单色FISH来测定相关基因的拷贝数。在一些这样的实施方案中，认为每个核中有四个或四个以上基因拷贝是基因扩增(参见例如Couturier等人，(2000)Mod.Pathol.13:1238-43 Jacobs 等人，(1999) J.Clin.0ncol.17:1974-82 ;Wang 等人，(2000)J.Clin.Pathol.53:374—81)。
[0193]可以使用测定蛋白质过度表达(FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和/或ETV4过度表达)的任何合适方法。在某些实施方案中，使用免疫组织化学法(“IHC”)和染色方案来检查样本中的蛋白质表达。已证实对组织切片的免疫组织化学染色是一种评定或检测样本中是否存在蛋白质的可靠方法。免疫组织化学技术一般通过发色或荧光方法，利用抗体来原位探测和观测细胞抗原。
[0194]可以通过常规方法来固定(即保藏)组织样本(参见例如“Manual ofHistological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology”，第3版(1960)Lee G.Luna, HT(ASCP)编，The Blakston Divis1n McGraw-Hi11 Book Company, NewYork ；The Armed Forces Institute of Pathology Advanced Laboratory Methods inHistology and Pathology (1994)Ulreka V.Mikel 编,Armed Forces Institute ofPathology, American Registry of Pathology, Washington, D.C.) ? 本领域技术人员应了解，根据将对样本进行组织学染色或以其它方式进行分析的目的来确定固定剂的选择。本领域技术人员还应了解，固定的时长取决于组织样本的大小和所用的固定剂。举例来说，可以使用中性缓冲的福尔马林(formalin)、布安氏固定剂(Bouin’s)或多聚甲醒来固定样本。
[0195]一般来说，首先固定样本，接着通过一系列递增的酒精进行脱水，用石蜡或其它切片介质浸润且包埋以便可将组织样本切片。或者，可将组织切片且固定所得切片。举例来说，可以通过常规方法在石蜡中包埋且处理组织样本(参见例如“Manual of HistologicalStaining Method of the Armed Forces Institute of Pathology”，同上)。可用的石腊的实例包括(但不限于)Paraplast、Broloid和Tissuemay。在包埋组织样本后,可以由切片机等将样本切片(参见例如“Manual of Histological Staining Method of the ArmedForces Institute of Pathology”,同上)。举例来说,对于此程序,切片的厚度可以在约3微米至约5微米的范围内。切片后，可以通过几种标准方法使切片粘附到载片上。载片粘附剂的实例包括(但不限于)硅烷、明胶、聚-L-离氨酸等等。举例来说，可以使经石蜡包埋的切片粘附到带正电荷的载片和/或涂有聚-L-离氨酸的载片上。
[0196]如果已使用石蜡作为包埋材料，一般就将组织切片去除石蜡且与水再水合。可以通过几种常规的标准方法将组织切片去除石蜡。例如，可以使用二甲苯和一系列逐渐递减的酒精(参见例如 “Manual of Histological Staining Method of the Armed ForcesInstitute of Pathology”,同上)。或者,可以使用市售的用于去除石腊的非有机试剂,诸如 Hemo-De7(CMS, Houston, Tex.)?
[0197]在一些实施方案中，在样本制备后，可以使用IHC来分析组织切片。IHC可以与其它技术(诸如形态学染色和/或荧光原位杂交)组合进行。可使用IHC的两种通用方法；直接和间接分析。根据第一种分析，直接测定抗体与目标抗原的结合。此直接分析使用在无需进一步抗体相互作用即可观测的标记试剂，诸如荧光标签或用酶标记的第一抗体。在典型的间接分析中，未缀合的第一抗体与抗原结合，接着经过标记的第二抗体与第一抗体结合。当第二抗体与酶促标签缀合时，添加发色或荧光底物以便观测抗原。由于几种第二抗体可以与第一抗体上的不同表位反应，所以出现了信号放大。
[0198]用于免疫组织化学法的一次和/或第二抗体通常由可检测的部分来标记。多种标签是可获得的，一般可分为以下类别:(a)放射性同位素，诸如35S、14C、1251、3H和1311。可以使用例如Current Protocols in Immunology,第I卷和第2卷，Coligen等人编，Wiley-1nterscience, New York, N.Y., Pubs.(1991)中描述的技术，用放射性同位素来标记抗体，并且可以使用闪烁计数来测量放射性。(b)胶态金粒子。(C)荧光标签，包括(但不限于)稀土螯合剂(铕螯合剂)、得克萨斯红(Texas Red)、罗丹明(rhodamine)、荧光素、丹酸(dansyl)、_丝胺(Lissamine)、伞酮(umbelliferone)、藻红蛋白(phycocrytherin)、藻蓝蛋白或市售的荧光团，诸如SPECTRUM 0RANGE7和SPECTRUM GREEN7，和/或上述任一种或多种的衍生物。例如可使用Current Protocols in Immunology (同上)中公开的技术使荧光标签与抗体缀合。可使用荧光计来定量荧光。(d)各种酶-底物标签是可获得的且美国专利号4，275，149提供了一些此类标记的综述。酶一般催化发色底物发生化学变化，这可使用各种技术来测量。例如，酶可催化底物发生颜色变化，这可利用分光光度计来测量。或者，酶可改变底物的荧光或化学发光。上文描述了用于定量荧光变化的技术。化学发光底物可被化学反应电子激发，然后发射可被测量(例如使用化学发光计(chemiluminometer))的光或将能量提供给荧光受体。酶促标签的实例包括荧光素酶(例如萤火虫荧光素酶和细菌荧光素酶；美国专利号4，737，456)、荧光素、2，3- 二氢酞嗪二酮、苹果酸脱氢酶、尿素酶、过氧化物酶(诸如辣根过氧化物酶(HRPO))、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡糖淀粉酶、溶菌酶、糖氧化酶(例如葡糖氧化酶、半乳糖氧化酶和葡糖-6-磷酸脱氢酶)、杂环氧化酶(诸如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶)、乳过氧化物酶、微过氧化物酶等等。用于使酶与抗体缀合的技术描述于 O’Sullivan 等人，Methods for the Preparat1n of Enzyme-AntibodyConjugates for use in Enzyme Immunoassay, Methods in Enzym.(J.Langone 和 H.VanVunakis 编)，Academic press, New York, 73:147-166 (1981)中。
[0199]酶-底物组合的实例包括例如:(i)辣根过氧化物酶(HRPO)与作为底物的过氧化氢酶，其中过氧化氢酶使染料前体(例如邻苯二胺(OPD)或3，3’，5，5’ -四甲基联苯胺盐酸盐(TMB))氧化；(ii)碱性磷酸酶(AP)与作为发色底物的磷酸对硝基苯酯；和(iii).β.-D-半乳糖苷酶(.β.-D-Gal)与发色底物(例如对-硝基苯基β.-D-半乳糖苷酶)或荧光底物(例如4-甲基伞形酮基-β -D-半乳糖苷酶)。
[0200]许多其它酶-底物组合对于本领域技术人员来说是可获得的。关于此类组合的一般综述，参见美国专利号4，275，149和4，318，980。有时，使标签与抗体间接缀合。本领域技术人员知晓用于实现此缀合的各种技术。例如，可使抗体与生物素缀合，且可使上述四种广泛类别的标签中的任一种与抗生物素蛋白缀合，或反之亦然。生物素选择性地结合抗生物素蛋白，其因此可以以此间接方式使标签与抗体缀合。或者，为了实现标签与抗体的间接缀合，使抗体与小的半抗原缀合，且使上述不同类型的标签之一与抗-半抗原抗体缀合。由此，可实现标签与抗体的间接缀合。
[0201]除了上述样本制备程序以外，在IHC之前、期间或之后可能需要对组织切片进行进一步处理。例如，可进行表位恢复法，诸如在柠檬酸盐缓冲液中加热组织样本(参见例如Leong 等人,Appl.1mmunohistochem.4 (3): 201 (1996))。
[0202]在任选的阻断步骤之后，在足够时段内且在合适条件下使组织切片暴露于第一抗体，使得第一抗体与组织样本中的目标蛋白质抗原结合。用于实现此结合的适当条件可通过常规实验来确定。通过使用上述可检测标签中的任一者来测定抗体与样本的结合程度。在一些实施方案中，标签是酶促标签(例如HRPO)，其催化发色底物(诸如3，3’ - 二氨基联苯胺发色团)发生化学变化。在一个实施方案中，酶促标签与特异性结合第一抗体的抗体缀合(例如，第一抗体是兔多克隆抗体且第二抗体是山羊抗兔抗体)。
[0203]可固着由此制备的标本并盖上盖玻片。接着例如使用显微镜确定载片评估，而且可以采用本领域中常规使用的染色强度标准。
[0204]在一些实施方案中，当使用IHC时，使用分级染色系统来确定细胞或细胞集合是否过度表达FGFRl蛋白质。例如，在一些实施方案中，使用四级系统，其中各级为无染色、1+、2+和3+,其中1+、2+和3+分别表不递增的染色程度。在一些这样的实施方案中，大于I+、大于2+或大于3+可用来表示FGFRl蛋白质过度表达。作为一种非限制性的实例，如果一种特定的细胞类型在IHC分析中通常针对FGFRl展示无染色，那么在此IHC分析中的任何染色(即1+、2+或3+)都可以指示蛋白质过度表达。作为另一种非限制性的实例，如果一种特定的细胞类型在IHC分析中通常针对FGFRl展示极少染色到无染色，那么在此IHC分析中高于1+的任何染色(即2+或3+)都可以指示蛋白质过度表达。本领域技术人员视特定的IHC分析(包括特定的抗体)、细胞类型等而定可以确定指示蛋白质过度表达的染色程度。
[0205]可以使用测定mRNA过度表达(诸如FGFRl过度表达，和/或FGF2过度表达，和/或DKK3过度表达，和/或FGF18过度表达，和/或ETV4过度表达)的任何合适方法。用于评估细胞中的mRNA的方法是众所周知的，且例如包括使用互补DNA探针的杂交分析(诸如使用对FGFRl、FGF2、DKK3、FGF18或ETV4具有特异性的经标记核糖核酸探针的原位杂交、北方墨点法和相关技术)以及各种核酸扩增分析(诸如使用对FGFR1、FGFR1IIIC、FGFR3IIIC、FGF2、DKK3、FGF18或ETV4具有特异性的互补引子的RT-PCR以及其它扩增型检测方法，诸如分枝DNA、SISBA、TMA等等)。
[0206]宜使用北方墨点法、点墨法或PCR分析来分析来自哺乳动物的组织或细胞样本的mRNA。例如，本领域中众所周知诸如定量PCR分析的RT-PCR分析。在一些实施方案中，mRNA表达水平是使用实时qRT-PCR定量的水平。在本发明的一些实施方案中，检测生物样本中的目标mRNA的方法包括通过使用至少一种引子进行反转录而从该样本产生cDNA ;使用目标多核苷酸作为有义引子和反义引子来扩增由此产生的cDNA，从而扩增其中的目标cDNA ;以及检测是否存在经扩增的目标cDNA。另外，所述方法可包括一个或多个允许测定生物样本中目标mRNA的含量的步骤(例如，通过同时检查“管家(housekeeping)”基因(诸如肌动蛋白家族成员)的比较对照mRNA序列的含量)。任选地可测定经扩增的目标cDNA的序列。
[0207]本发明的任选方法包括通过微阵列技术检查或检测组织或细胞样本中的mRNA(诸如目标mRNA)的方案。使用核酸微阵列，将来自测试和对照组织样本的测试与对照mRNA样本反转录且进行标记以产生cDNA探针。接着使探针与固定在固体支撑物上的核酸阵列杂交。构造阵列以知晓每个阵列成员的序列和位置。经标记的探针与特定的阵列成员杂交表示探针所来源的样本表达此基因。对疾病组织进行不同的基因表达分析可以提供有价值的信息。微阵列技术使用核酸杂交技术和计算技术，通过单个实验来评估数千种基因的mRNA表达谱。(关于阵列制造的论述，参见例如2001年10月11日公布的W001/75166 ;(参见例如美国专利号5，700，637、美国专利号5，445，934和美国专利号 5, 807, 522 ；Lockart, Nature B1technology, 14:1675-1680(1996) ；Cheung, V.G.等人，Nature Genetics21 (增刊):15-19 (1999))。DNA微阵列是含有直接在玻璃或其它基材上合成或点样的基因片段的微型阵列。数千种基因通常以单个阵列呈现。典型的微阵列实验涉及以下步骤:1)自由样本分离的RNA制备经荧光标记的目标，2)使经标记的目标与微阵列杂交，3)对阵列进行洗涤、染色和扫描，4)分析经过扫描的图像，以及5)产生基因表达谱。目前正在使用两种主要类型的DNA微阵列:寡核苷酸(通常是25至70聚合物)阵列和含有自cDNA制备的PCR产物的基因表达阵列。在形成阵列时，可预先制造寡核苷酸并点样到表面上或直接合成到表面上(原位)。在一些实施方案中，DNA微阵列是一种单核苷酸多形现象(SNP)微阵列，例如Affymetrix" SNP阵列6.0。
[0208]Affymetrix GeneChip'"系统是一种市售的微阵列系统，其包含通过在玻璃表面上直接合成寡核苷酸而制造的阵列。探针/基因阵列:由基于半导体的光刻法与固相化学合成技术的组合在玻璃晶圆上直接合成寡核苷酸(通常为25聚合物)。每个阵列含有多达400，000种不同的寡聚物且每种寡聚物存在数百万个拷贝。由于在阵列上的已知位置处合成寡核苷酸探针，因此可以通过Affymetrix微阵列套装软件就基因同一性和相对表达量来诠释杂交模式和信号强度。每种基因在阵列上由一系列不同的寡核苷酸探针来表示。每个探针对由完全匹配的寡核苷酸与错配的寡核苷酸组成。完全匹配的探针具有与特定基因精确互补的序列且因此测量基因的表达。错配探针与完全匹配探针的不同之处在于在中心的碱基位置处存在单个碱基取代，从而妨碍了目标基因转录物的结合。此有助于确定促成针对完全匹配寡核苷酸所测量的信号的背景和非特异性杂交。微阵列套装软件将错配探针的杂交强度自完全匹配探针的杂交强度中减去，从而确定每个探针组的绝对或比强度值。基于来自基因库(GenBank)和其它核苷酸库的当前信息来选择探针。相信这些序列可识别基因3’端的独特区域。使用基因芯片杂交炉(GeneChip Hybridizat1n Oven)( “旋转式(rotisserie) ”杂交炉)使多达64个阵列同时进行杂交。射流台(f luidics stat1n)对探针阵列进行洗涤和染色。它是完全自动的且含有四个模块，每个模块固定一个探针阵列。每个模块由微阵列套装软件使用预先程序化的射流方案独立控制。扫描仪是一种共焦激光荧光扫描仪，它测量由与探针阵列结合的经标记cRNA所发射的荧光强度。具有微阵列套装软件的计算机工作站控制射流台和扫描仪。微阵列套装软件可以使用预先程序化的用于探针阵列的杂交、洗涤和染色方案来控制最多八个射流台。此软件还获取杂交强度数据并使用适当的算法将其转换成对每种基因存在/不存在呼叫。最后，此软件通过比较分析来检测各实验之间的基因表达变化，并将输出结果变成.txt文档格式，这可与其它软件程序一起用于进一步数据分析。
实施例
[0209]下文论述的实施例意在仅仅作为本发明的示范，且不应认为是以任何方式限制本发明。所述实施例并不意在表示以下实验是所进行的全部或仅有实验。应了解，鉴于上文提供的一般性描述，可以实施各种其它实施方案。已努力确保所用数字(例如量、温度等)的准确度，但应考虑到一些实验误差和偏差。除非另外指示，否则份数是重量份数，分子量是重量平均分子量，温度以摄氏度计，且压力是大气压或接近大气压。
[0210]实施例1:FGFR1-E⑶.339-Fc在组织培养物中抑制FGFRl扩增型肺癌细胞系的增生
[0211]使用CONAN(http://www.sanger.ac.uk/cg1-bin/genetics/CGP/conan/search.cgi)和 Tumorscape(http://www.broadinstitute.0rg/tumorscape/pages/portalHome.jsf)来鉴别呈现潜在FGFRl基因扩增的一组肺癌细胞系。CONAN和Tumorscape代表在SNP6.0癌症数据集中撷取预定义或使用者定义的基因座的基因拷贝数信息的公开数据挖掘工具。肺癌细胞系DMS53、DMS114、NC1-H1581和NC1-H520经鉴别具有潜在的FGFRl基因扩增(每个细胞>4个拷贝)，且被选择用于进一步分析。人类小细胞肺癌(SCLC)细胞系DMS53和DMSl 14购自ATCC (Manassas, VA ;分别为目录号:CRL_2062 ;目录号:CRL-2066) ο在含5% CO2的加湿氛围中，在37°C下在韦氏MB(Waymouth’s MB)752/1培养基+10%FBS+2mM L-麸酰氨酸中培养细胞。人类非小细胞肺癌(NSCLC)细胞系NC1-H1581购自ATCC (Manassas, VA ；目录号:CRL_5878)且在ACL-4培养基(无血清)中培养。用于NC1-H1581的基础培养基是DMEM:F12(50/50混合物)，其中该基础培养基中含以下组分:0.02mg/ml胰岛素、0.01mg/ml转铁蛋白、25nM亚硒酸钠(最终浓度)、50nM氢化可的松(最终浓度)、lng/ml表皮生长因子(最终浓度)、0.0lmM乙醇胺(最终浓度)、0.0ImM磷酰基乙醇胺(最终浓度)UOOpM三碘甲状腺氨酸(最终浓度)、0.5% (w/v)牛血清白蛋白(最终浓度)、0.5mM丙酮酸钠(最终浓度)和4.5mM L-麸酰氨酸。使细胞在含5% C02的加湿氛围中在37°C下生长。人类非小细胞肺癌(NSCLC)细胞系NC1-H520购自ATCC (Manassas, VA ;目录号:HTB-182)。在含5% CO2的加湿氛围中在37°C下在RPM1-1640培养基+10% FBS+2mML-麸酰氨酸中培养细胞。
[0212]通过QuantiGene? Plex DNA分析(Panomics)证实FGFRl基因在细胞系中的扩增状态。QuantiGene Plex DNA分析是一种使用xMAP? Luminex?磁珠的基于杂交的分析。设计对 FGFR1(NM_023110)、ALB(NM_000477)和 DCK (NM_000788)基因具特异性的个别基于珠粒的寡核苷酸探针组(包括捕获探针、捕获扩展物探针、阻断探针和标记探针)来防止交叉反应性(Panomics, Affymetrix, Santa Clara, CA)。使用ALB和DCK作为用于标准化FGFRl拷贝数的参考基因。使细胞样本溶解从而释放DNA，并用FGFRl目标特异性的探针组孵育过夜。第二天，通过预扩增剂(PreAmp)、扩增剂(Amp)和经生物素标记的标记探针(LP)的依次杂交建立信号放大谱树。通过增加藻红蛋白抗生蛋白链菌素(SAPE)底物来检测信号。使用Luminex200流式细胞仪(Luminex, Austin, TX)在575nm下检测每种捕获珠的SAPE荧光。针对参考基因标准化所有数据并表示成比率(FGFR1/ALB)。四种细胞系的数据在表2中不出。
[0213]表2.肺癌细胞系中的FGFRl基因扩增
[0214]
细胞系FGFRl基因状态(拷贝数)FGFR1-ECD.339-Fc生长抑制
(肺肿瘤亚型)__体外体内(％TGiy::
DMS53(SCLC) 扩增(每个细胞5个拷贝)++(64%)
DMS114(SCLC) 扩增(每个细胞10个拷贝)++(64%)
NC1-H1581(NSCLC) 才广增(每个细胞6个拷贝)++(74%)
~ NC1-H520(NSCLC) 扩增(每个细胞8个拷贝)++(47%)
[0215]*TGI =肿瘤生长抑制。
[0216]为确定FGFRl-E⑶.339-Fc在组织培养物中对肺癌细胞系的影响，将细胞以每个孔中5X103个细胞的密度在含有10%、1%或0.1% FBS的培养基中在15yg/mlFGFR1-ECD.339-Fc (SEQ ID NO:6)或无关ECD-Fc融合蛋白(作为阴性对照)存在或不存在下涂在Microtest?96 孔组织培养盘(Becton Dickenson, Franklin Lakes, NJ)中。将盘在37°C下在5% CO2下孵育4天，然后进行分析以确定FGFRl-E⑶.339-Fc对细胞数和增生的影响。
[0217]为测定细胞数，使用CeHTiter-G1li发光细胞活力分析(Promega，Madison, WI)。CellTiter-G1^是一种基于对所存在的ATP (代谢活性细胞的指标)进行定量来测定培养物中的存活细胞数的均相法。简单来说，向组织培养盘的每个孔中添加CeIITiter-G1H式齐U，添加的体积等于每个孔中所存在的细胞培养基的体积(ιοομ 1)，在定轨振荡器上将内容物混合2分钟来诱发细胞溶解，然后将盘在室温下孵育10分钟。接着在Envis1n?多标记培养盘读取器(PerkinElmer, Boston, MA)上测定发光,积分时间为0.2秒。结果表示成相对光单位(RLU)/孔。
[0218]来自CellTiter-G1κ分析的结果表明在具有FGFRl扩增的所有四种细胞系中，FGFRl-E⑶.339-Fc孵育使细胞数显著(P = >0.01)减少(图1A至ID分别示出了NC1-H1581、NC1-H520、DMS53 和DMS114)。俥用非配对 t 检骀来测定 P倌。参见MathematicalStatistics and Data Analysis, 1988, Wadsworth&Brooks, Pacific Grove，CA。
[0219]为确定FGFR1-ECD.339-Fc对细胞增生的影响，使用氚化胸苷([3H]_TdR)掺入分析。在用FGFRl-E⑶.339-Fc或无关的E⑶-Fe阴性对照物来孵育肺癌细胞系之后，以每孔IyCi的活度添加氣化胸苷([3H]-TdR ；PerkinElmer, Boston, MA) ?暴露16小时后，评定氚化胸苷的掺入。用杜尔贝科磷酸盐缓冲盐水(DPBS ;Mediatech，Inc.)洗涤细胞并通过与胰蛋白酶-EDTA (Mediatech，Inc.) —起孵育自细胞培养表面去除。接着使用FilterMate收集器(PerkinElmer)自组织培养盘中去除细胞悬浮液(200 μ I)并通过UniFilter-96GF/B (PerkinElmer)盘过滤。使用95%乙醇使细胞溶解且每孔添加40 μ IMicroscint40 (PerkinElmer)闪烁液。在 Topcount NXT (PerkinElmer)闪烁计数器上以每分钟计数(cpm)的形式测定胸苷的掺入。结果表示成每分钟计数/孔。
[0220]在氚化胸苷掺入分析中，FGFR1-ECD.339-Fc 使 NC1-H1581、NC1-H520、DMS53 和DMS114细胞增生分别减少85%、33%、52%和81% (分别为图2A至图2D)。对照ECD-Fc对任何细胞系中的细胞增生均显示无影响。如上文所述，在与FGFRl-E⑶.339-Fc 一起孵育后，也在氚化胸苷掺入分析中检验另一肺肿瘤细胞系NC1-H1703(NSCLC ；FGFR1基因拷贝数:每个细胞6个拷贝)。FGFR1-ECD.339-Fc使NC1-H1703增生减少15%.
[0221]来自氚化胸苷掺入分析的结果表明，在具有FGFRl基因扩增的所有四种细胞系中，FGFRl-E⑶.339-Fc孵育使细胞增生显著(*表示P = >0.05)减少(图2)。使用非配对t 检验来测定 P 值。参见 Mathematical Statistics and Data Analysis, 1988, Wadsworth&Brooks, Pacific Grove, CA。对照EO) Fe对任何细胞系中的细胞增生几乎无影响。
[0222]在对于四种FGFRl基因扩增型肺癌细胞系中的每一者所检查的所有FBS浓度下，对在FGFRl-E⑶.339-Fc存在下的CellTiterGlo相对光单位(RLU)的降低％进行平均，并与一组无FGFRl基因扩增的肺癌细胞系进行比较(图3)。在此实验中检查的无FGFRl基因扩增的肺癌细胞系包括 NC1-H838、NC1-H1793、A549、Calu-U NC1-H226、NC1-H441、NC1-H460、NC1-H522 和 NC1-H2126。非扩增型细胞系购自 ATTC(Manassas, VA)并根据供货商说明书来培养。如由CellTiterGlo所评定，在将添加FGFR1-ECD.339-Fc与添加对照E⑶-Fe相比较时，具有FGFRl基因扩增的肺癌细胞系的细胞数平均减少46.25%。相比而言，如由CellTiterGlo所评定，在将添加FGFRl-E⑶.339-Fc与添加对照E⑶-Fe相比较时，无FGFRl基因扩增的肺癌细胞系的细胞数平均减少9.33%。FGFR1-ECD.339-Fc对FGFRl基因扩增型与非扩增型肺癌细胞系在细胞数方面的影响之间的此差异具有统计学显著性(P=0.0039)。
[0223]也在FGFRl基因扩增型与非扩增型肺癌细胞系之间比较如由氚化胸苷掺入所评定的FGFRl-E⑶.339-Fc对细胞增生的影响(图4)。在对于每种FGFRl基因扩增型细胞系和上文所示的FGFRl基因非扩增型细胞系组所检查的所有FBS浓度下测定在添加FGFRl-E⑶.339-Fc时的细胞增生的平均减少％。在将添加FGFRl-E⑶.339-Fc与添加对照E⑶-Fe相比较时，具有FGFRl基因扩增的肺癌细胞系的CPM平均减少62.75%。相比而言，在将添加FGFRl-E⑶.339-Fc与添加对照E⑶-Fe相比较时，无FGFRl基因扩增的肺癌细胞系的CPM平均减少17.0%。FGFRl基因扩增型与非扩增型肺癌细胞系之间的此差异具有统计学显著性(P = 0.0088)。
[0224]实施例2:施用FGFRl-E⑶.339-Fc会抑制DMS53小细胞肺癌(SCLC)异种移植物模型中的肿瘤生长
[0225]自 Charles River Laboratories (Wilmington, MA)购买六周大的雌性 SCID 小鼠，且在开始研究之前使其适应I周。使用人类小细胞肺癌(SCLC)细胞系DMS53作为肿瘤模型，且自ATCC(Manassas, VA ;目录号:CRL_2062)购买。在含5% CO2的加湿氛围中在37°C下在韦氏MB752/1培养基+10% FBS+2mM L-麸酰氨酸中培养细胞，持续三次继代。当培养的细胞达到85%到90%汇合度时，收集细胞并以每毫升5 X 17个细胞再悬浮于含有50%基质胶(Matrigel)的冷的无Ca2+和Mg2+的磷酸盐缓冲盐水(PBS)中。将细胞以每只小鼠每100 μ 15X 16个细胞皮下植入小鼠的右侧腹上。在细胞植入后次日，挑选小鼠并随机分组(η = 10)，且根据下表3开始进行处理。
[0226]在PBS 中以 3mg/ml 配制 FGFR1-ECD.339-Fc，并以 15mg/kg(每只小鼠300μδ/100μ I)每周两次腹膜内(1.P.)施用，持续四周。自Grifols USA (LosAngeles，CA;目录号:NDC61953-0002_1)购买人类白蛋白，用0.9%氯化钠稀释成工作储液(3mg/ml),且用作阴性对照，以每只小鼠300 μ g/100 μ I (15mg/kg)每周施用两次,持续四周。
[0227]表3.给药组
【权利要求】
1.一种治疗受试者的具有FGFRl基因扩增的癌症的方法，其中FGFRl基因扩增指示所述癌症对成纤维细胞生长因子受体I (FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性，所述方法包括: 对所述受试者施用治疗有效量的FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子。
2.一种治疗受试者的癌症的方法，所述方法包括: 对所述受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子， 其中，在施用所述FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子之前，所述癌症的至少一部分细胞已确定具有FGFRl基因扩增，且 其中癌症中的FGFRl基因扩增指示所述癌症对FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。
3.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述具有FGFRl基因扩增的癌症的至少一部分细胞包含所述FGFRl基因的至少三个拷贝。
4.如权利要求3所述的方法，其中所述具有FGFRl基因扩增的癌症的至少一部分细胞包含所述FGFRl基因的至少四个拷贝。
5.如权利要求3所述的方法，其中所述具有FGFRl基因扩增的癌症的至少一部分细胞包含所述FGFRl基因的至少五个拷贝。
6.如权利要求3所述的方法，其中所述具有FGFRl基因扩增的癌症的至少一部分细胞包含所述FGFRl基因的至少六个拷贝。
7.如权利要求3所述的方法，其中所述具有FGFRl基因扩增的癌症的至少一部分细胞包含所述FGFRl基因的至少八个拷贝。
8.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述具有FGFRl基因扩增的癌症的至少一部分细胞所具有的FGFRl基因与染色体8着丝点的比率为至少1.5。
9.如权利要求8所述的方法，其中FGFRl基因与染色体8着丝点的所述比率为至少2。
10.如权利要求8所述的方法，其中FGFRl基因与染色体8着丝点的所述比率为至少2.5ο
11.如权利要求8所述的方法，其中FGFRl基因与染色体8着丝点的所述比率为至少3。
12.如权利要求8所述的方法，其中FGFRl基因与染色体8着丝点的所述比率为至少3.5。
13.如权利要求8所述的方法，其中FGFRl基因与染色体8着丝点的所述比率为至少4。
14.如权利要求2所述的方法，其中FGFRl基因扩增通过选自荧光原位杂交、阵列比较基因组杂交、DNA微阵列、光谱核型分析、定量PCR、DNA印迹或测序的方法来测定。
15.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述癌症过度表达至少一个、至少两个、至少三个、至少四个或至少五个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记。
16.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述癌症过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3和FGF18的标记。
17.如权利要求1至15中任一项所述的方法，其中所述癌症过度表达ETV4。
18.如权利要求15所述的方法，其中所述癌症过度表达至少两个、至少三个、至少四个或至少五个选自 FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18 和 ETV4 的标记。
19.如权利要求15、16和18中任一项所述的方法，其中FGFRl是FGFRlIIIc。
20.一种治疗受试者的癌症的方法，所述癌症过度表达至少一个、至少两个、至少三个、至少四个或至少五个选自FGFR1、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记，其中至少一个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的过度表达指示所述癌症对成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性，所述方法包括: 对所述受试者施用治疗有效量的FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子。
21.一种治疗受试者的癌症的方法，所述方法包括: 对所述受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子， 其中，在施用所述FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子之前，所述癌症的至少一部分细胞已确定过度表达至少一个、至少两个、至少三个、至少四个或至少五个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18 和 ETV4 的标记，且 其中癌症中至少一个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记的过度表达指示所述癌症对FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。
22.如权利要求20或权利要求21所述的方法，其中所述癌症过度表达至少两个、至少三个、至少四个或至少五个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的标记。
23.如权利要求20至22中任一项所述的方法，其中所述癌症过度表达ETV4。
24.如权利要求20或权利要求21所述的方法，其中所述癌症过度表达至少一个、至少两个、至少三个或至少四个选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3和FGF18的标记。
25.一种治疗过度表达FGF2的癌症的方法，其中FGF2过度表达指示所述癌症对成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性，所述方法包括: 对所述受试者施用治疗有效量的FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子。
26.一种治疗受试者的癌症的方法，所述方法包括: 对所述受试者施用治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体I(FGFRl)胞外域(ECD)或FGFR1ECD融合分子， 其中，在施用所述FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子之前，所述癌症的至少一部分细胞已确定过度表达FGF2，且其中FGF2过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。
27.如权利要求25或权利要求26所述的方法，其中所述癌症不具有FGFRl基因扩增。
28.如权利要求20至27中任一项所述的方法，其中所述过度表达是蛋白质过度表达。
29.如权利要求28所述的方法，其中使用免疫组织化学法来测定蛋白质过度表达。
30.如权利要求20至27中任一项所述的方法，其中所述过度表达是mRNA过度表达。
31.如权利要求30所述的方法，其中使用定量RT-PCR来测定mRNA过度表达。
32.如权利要求20至31中任一项所述的方法，其中所述癌症具有FGFRl基因扩增。
33.如权利要求32所述的方法，其中所述具有FGFRl基因扩增的癌症的至少一部分细胞包含所述FGFRl基因的至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个或至少八个拷贝。
34.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括施用至少一种其它治疗剂。
35.如权利要求34所述的方法，其中至少一种其它治疗剂选自多西他赛、紫杉醇、长春新碱、卡钼、顺钼、奥沙利钼、阿霉素、5-氟尿嘧啶(5-FU)、甲酰四氢叶酸、培美曲塞、依托泊苷、拓扑替康、索拉非尼、VEGF拮抗剂、VEGF诱捕剂、抗VEGF抗体和贝伐单抗。
36.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包括施用FGFR1ECD。
37.如权利要求36所述的方法，其中所述FGFRlE⑶包含选自SEQID N0:1至4的氨基酸序列。
38.如权利要求1至35中任一项所述的方法，其中所述方法包括施用FGFR1ECD融合分子。
39.如权利要求38所述的方法，其中所述FGFR1ECD融合分子包含FGFR1ECD和融合伴侣，且其中所述融合伴侣是Fe。
40.如权利要求39所述的方法，其中所述FGFRlE⑶融合分子包含选自SEQID NO:5和SEQ ID NO:6 的序列。
41.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述癌症选自肺癌、肾癌、结肠癌、肝癌、乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、食道癌、头颈部癌、胶质母细胞瘤和前列腺癌。
42.如权利要求41所述的方法，其中所述癌症是肺癌、乳腺癌、头颈部癌、肾癌或食道癌。
43.如权利要求42所述的方法，其中所述癌症是肺癌。
44.如权利要求43所述的方法，其中所述肺癌是非小细胞肺癌。
45.如权利要求44所述的方法，其中所述肺癌是小细胞肺癌。
46.一种鉴别可受益于施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的患有癌症的受试者的方法，所述方法包括测定自所述受试者获得的样本中至少一部分癌细胞中FGFRl基因的拷贝数，其中细胞中所述FGFRl基因的拷贝数超过2个指示所述细胞具有FGFRl基因扩增，且其中FGFRl基因扩增指示所述癌症对FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。
47.一种鉴别可受益于施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的患有癌症的受试者的方法，所述方法包括测定自所述受试者获得的样本中至少一部分所述癌细胞中FGFRl基因与染色体8着丝点的比率，细胞中的比率大于I指示所述细胞具有FGFRl基因扩增，且其中FGFRl基因扩增指示所述癌症对FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。
48.如权利要求46或权利要求47所述的方法，其中FGFRl基因的所述拷贝数或FGFRl基因与染色体8着丝点的所述比率通过选自荧光原位杂交、阵列比较基因组杂交、DNA微阵列、光谱核型分析、定量PCR、DNA印迹或测序的方法来测定。
49.如权利要求46至48中任一项所述的方法，其进一步包括测定自所述受试者获得的样本中至少一部分所述癌细胞中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种或至少五种选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的蛋白质或mRNA的含量，其中至少一种选自FGFR1、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的蛋白质或mRNA的过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。
50.如权利要求49所述的方法，其中所述方法进一步包括测定至少一种、至少两种、至少三种或至少四种选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3和FGF18的蛋白质或mRNA的含量。
51.如权利要求49所述的方法，其中所述方法进一步包括测定ETV4的含量。
52.—种鉴别可受益于施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的患有癌症的受试者的方法，所述方法包括测定自所述受试者获得的样本中至少一部分所述癌细胞中的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种或至少五种选自FGFR1、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的蛋白质或mRNA的含量，其中至少一种选自FGFR1、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3、FGF18和ETV4的蛋白质或mRNA的过度表达指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。
53.如权利要求52所述的方法，其中所述方法包括测定至少一种、至少两种、至少三种或至少四种选自FGFRl、FGFR3IIIc、FGF2、DKK3和FGF18的蛋白质或mRNA的含量。
54.如权利要求52所述的方法，其中所述方法包括测定ETV4的含量。
55.如权利要求52或权利要求53所述的方法，其中FGFRl是FGFRlIIIc。
56.一种鉴别可受益于施用FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子的患有癌症的受试者的方法，所述方法包括测定自所述受试者获得的样本中至少一部分所述癌细胞中的FGF2的含量，其中FGF2的过度表达指示所述癌症对FGFR1ECD或FGFR1ECD融合分子具有治疗反应性。
57.如权利要求56所述的方法，其进一步包括确定所述癌症不具有FGFRl基因扩增。
58.如权利要求49至57中任一项所述的方法，其中测定一种或多种蛋白质的含量。
59.如权利要求58所述的方法，其中使用免疫组织化学法来测定所述蛋白质的含量。
60.如权利要求49至57中任一项所述的方法，其中测定一种或多种mRNA的含量。
61.如权利要求60所述的方法，其中使用定量RT-PCR来测定所述mRNA的含量。
62.如权利要求49至56中任一项所述的方法，其进一步包括测定自所述受试者获得的样本中至少一部分所述癌细胞中的FGFRl基因的拷贝数，其中细胞中所述FGFRl基因的拷贝数超过2个指示所述细胞具有FGFRl基因扩增，且其中FGFRl基因扩增指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。
63.如权利要求49至56中任一项所述的方法，其进一步包括测定自所述受试者获得的样本中至少一部分所述癌细胞中的FGFRl基因与染色体8着丝点的所述比率，细胞中的比率大于I指示所述细胞具有FGFRl基因扩增，且其中FGFRl基因扩增指示所述癌症对FGFRlE⑶或FGFRlE⑶融合分子具有治疗反应性。
64.如权利要求46至63中任一项所述的方法，其中所述FGFRlE⑶包含选自SEQIDΝΟ:1至4的氨基酸序列。
65.如权利要求46至63中任一项所述的方法，其中所述FGFRlE⑶融合分子包含FGFRlE⑶和融合伴侣，且其中所述融合伴侣是Fe。
66.如权利要求65所述的方法，其中所述FGFRlE⑶融合分子包含选自SEQID NO:5和SEQ ID NO:6 的序列。
67.如权利要求46至66中任一项所述的方法，其中所述癌症选自肺癌、肾癌、结肠癌、肝癌、乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、食道癌、头颈部癌、胶质母细胞瘤和前列腺癌。
68.如权利要求67所述的方法，其中所述癌症是肺癌、乳腺癌、肾癌、头颈部癌或食道癌。
69.如权利要求68所述的方法，其中所述癌症是肺癌。
70.如权利要求69所述的方法，其中所述肺癌是非小细胞肺癌。
71.如权利要求69所述的方法，其中所述肺癌是小细胞肺癌。
【文档编号】C07H21/04GK104168915SQ201280066268
【公开日】2014年11月26日 申请日期:2012年11月13日 优先权日:2011年11月14日
【发明者】T.哈丁, S.帕伦希亚, L.朗, K.赫斯迪尔 申请人:戊瑞治疗有限公司