本发明涉及一种辅助检测猪达100kg体重日龄的方法及其专用引物对，属于生物技术领域。
背景技术：
猪的生长速度一直是猪育种目标的重要组成部分，其育种价值很高。但是，由于生长速度指标达100kg体重日龄只有在猪只长到6个月左右才可以测定，一方面加大了育种成本，另一方面拉长了世代间隔，遗传进展缓慢。分子生物技术的飞速发展和猪遗传连锁图谱的构建，为早期检测猪达100kg体重日龄的性状开展育种提供了研究基础。
技术实现要素：
本发明的目的是提供一种辅助检测猪达100kg体重日龄的方法及其专用引物对。
本发明提供一种扩增含有SSC7g.34981027C＞T多态性位点的DNA片段的引物对；
所述SSC7g.34981027C＞T多态性位点为参考猪基因组(Sscrofa10.2 Primary Assembly)7号染色体第34981027位；
上述引物对中，所述引物对由SEQ ID No.1所示的DNA分子和SEQ ID No.2 所示的DNA分子组成。
一种辅助检测猪达100kg体重日龄的试剂盒也属于本发明的保护范围，该试剂盒包含上述任一所述的引物对；
所述试剂盒还包含使用说明书，说明书中记载内容如下：以待测猪的基因组DNA为模板，以上述任一所述的引物对为引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物，该PCR扩增产物含有参考猪基因组(Sscrofa10.2 Primary Assembly)7 号染色体第34981027位碱基，如果该处碱基均为C，则所述猪的基因型为纯合 CC基因型，如果该处碱基为C和T，则所述猪的基因型为杂合CT基因型，如果该处碱基均为T，则所述猪的基因型为纯合TT基因型；纯合CC基因型的猪达100kg体重的日龄或者杂合CT基因型的猪达100kg体重的日龄均大于纯合 TT基因型的猪达100kg体重的日龄。
上述试剂盒中，所述猪为杜洛克猪。
一种辅助检测猪达100kg体重日龄的方法也属于本发明的保护范围，该方法如下：纯合CC基因型的猪达100kg体重的日龄或者杂合CT基因型的猪达 100kg体重的日龄均大于纯合TT基因型的猪达100kg体重的日龄。
所述纯合CC基因型的猪为SSC7g.34981027C＞T多态性位点的碱基均为C 的猪；
所述杂合CT基因型的猪为SSC7g.34981027C＞T多态性位点的碱基为C和 T的猪；
所述纯合TT基因型的猪为SSC7g.34981027C＞T多态性位点的碱基均为T 的猪；
所述SSC7g.34981027C＞T多态性位点为猪基因组(Sscrofa10.2 Primary Assembly)7号染色体第34981027位；
上述方法中，所述纯合CC基因型、杂合CT基因型或纯合TT基因型的判定方法如下：以猪的基因组DNA为模板，以上述任一所述的引物对为引物进行 PCR扩增，得到PCR扩增产物，如果PCR扩增产物中含有的猪基因组 (Sscrofa10.2 Primary Assembly)7号染色体第34981027位碱基均为C，则所述猪的基因型为纯合CC基因型，如果该处碱基为C和T，则所述猪的基因型为杂合CT基因型，如果该处碱基均为T，则所述猪的基因型为纯合TT基因型。
上述任一所述的方法中，所述引物为上述引物对时，所述猪基因组 (Sscrofa10.2 Primary Assembly)7号染色体第34981027位碱基位于所述PCR 扩增产物的自5’末端起第169位。
上述任一所述的方法中，所述猪为杜洛克猪。
上述任一所述的引物对、上述试剂盒和/或上述任一所述的方法在猪的选育中的应用也属于本发明的保护范围。
上述应用中，所述猪为杜洛克猪。
本发明提供的方法是通过检测猪基因组(Sscrofa10.2 Primary Assembly)7 号染色体第34981027位碱基判别猪个体的基因型，通过基因型进一步对猪达 100Kg体重日龄的性状进行选择，可使猪达100kg体重日龄缩短约12.06天，从而获得生产性能更高的猪。
采用本发明提供的方法对猪进行育种，可对待选猪进行早期筛选，有效地缓解实际生产中选取优良种猪时间长的问题，降低了育种花费，能有效提前实际生产中的猪达100kg体重的日龄。本发明提供的方法操作简单、费用低、准确度高，并可实现自动化的直接检测，在猪的育种工作中将发挥巨大作用。
附图说明
图1为SSC7g.34981027C＞T位点附近序列的测序结果图。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
杜洛克猪(Sus scrofa)，该猪购自中国农业科学院北京畜牧兽医研究所昌平畜禽实验基地。
下述实施例中的PCR扩增序列均是指参考猪基因组(Sscrofa10.2 Primary Assembly)序列。
实施例1、鉴定猪达100kg日龄的方法
一、SSC7g.34981027C＞T多态性位点的确定
(一)以两头杜洛克猪为实验材料，分别提取其耳缘组织的基因组DNA。
(二)引物的设计与合成
根据国际猪基因组10.2版本参考序列(http://asia.ensembl.org/Sus_scrofa/ Info/Index)，设计并合成如下引物：
U(上游引物)：5′-TTGTCTCCCAAACACCAT-3′(SEQ ID No.1)；
D(下游引物)：5′-AGATACGCGGCTCCTAG-3′(SEQ ID No.2)。
(三)PCR扩增
分别以步骤(一)得到的杜洛克猪的基因组DNA为模板，以U和D为引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物，分别命名为产物1和产物2。
PCR扩增体系：基因组DNA 200ng，10×PCR扩增缓冲液5μl，dNTPs终浓度为10mM，上、下游引物各50ng，Taq DNA聚合酶0.75U，Mg2+ 2.5mmol/L，用ddH2O补足体系至50μl。
PCR扩增程序：95℃预变性5min；95℃变性20s，60.5℃退火30s，72℃延伸30s，共35个循环；最后72℃延伸10min。
(四)测序及序列分析
将产物1和产物2进行测序，得到产物1的序列(如SEQ ID No.3所示)和产物2的序列(如SEQ ID No.4所示)。SEQ ID No.3和SEQ ID No.4只存在一个碱基的差异，均为SEQ ID No.3和SEQ ID No.4中自5’末端起第169位。该处的碱基为C或T，如图1中箭头所示，该位点为猪基因组(Sscrofa10.2 Primary Assembly)7号染色体第34981027位，因此将该位点命名为SSC7g.34981027C＞T。
在猪基因组(Sscrofa10.2 Primary Assembly)7号染色体第34981027位的碱基(或步骤(三)得到的PCR扩增产物自5’末端起第169位的碱基)均为C的个体，该个体为纯合型个体，将该个体的基因型命名为纯合CC基因型，在猪基因组(Sscrofa10.2 Primary Assembly)7号染色体第34981027位的碱基(或步骤 (三)得到的PCR扩增产物自5’末端起第169位的碱基)均为T的个体，该个体为纯合型个体，将该个体的基因型命名为纯合TT基因型，在猪基因组 (Sscrofa10.2 Primary Assembly)7号染色体第34981027位的碱基(或步骤(三) 得到的PCR扩增产物自5’末端起第169位的碱基)为C和T的个体，该个体为杂合型个体，将该个体的基因型命名为杂合CT基因型。
二、SSC7g.34981027C＞T多态性位点与猪达100kg日龄的关联性分析
为确定SSC7g.34981027C＞T多态性位点与猪达100kg体重日龄的性状是否相关，以349头杜洛克猪为实验材料，进行如下试验：
(一)提取每头猪的耳缘组织的基因组DNA，分别按照步骤一中(三)的方法进行PCR扩增，得到各PCR扩增产物，按照步骤一中(四)的方法确定每头猪的基因型是纯合CC、杂合CT还是纯合TT。
(二)测定并记录每头猪达100kg体重时的日龄。
结果如表1所示。
表1表明，纯合CC基因型个体达100kg体重日龄数或者杂合CT基因型个体达100kg体重日龄数大于纯合TT基因型个体达100kg体重日龄数。
(三)对SSC7g.34981027C＞T位点与达100kg日龄性状以最小二乘法开展关联分析。
所用模型如下：
Y＝S+W+G+e
其中，Y为测得性状；S为性别固定效应；W为初测体重协变量；G为基因型效应；e为随机误差。
结果如表1所示。
表1猪突变位点SSC7g.34981027C＞T基因型与猪达100kg体重日龄性状的关联
注：同列上标不同字母表示差异显著(P＜0.05)
表1表明，在达100kg体重日龄性状中，纯合CC基因型个体比纯合TT基因型个体在达100kg体重日龄长约12.06天(P＜0.05)。
所以，在实际的猪育种中，为获得达100kg体重日龄较短的猪，最好选择纯合TT基因型个体的猪进行育种。