一种基于多性状的基因组选择进行林木多性状聚合育种的方法与流程

文档序号:12412911阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种基于多性状的基因组选择进行林木多性状聚合育种的方法,其特征在于,所述方法具体包括如下步骤:

S1:在无性系测定林中,随机抽样若干个无性系,每个无性系选取若干株,分别测定其表型性状,然后进行性状聚类分析,按正负相关归类,得到性状的归类信息;

S2:根据性状的归类信息,每类各选取一个代表性状,对所有参试的无性系进行相应表型测定,得到多性状的表型数据;

S3:根据无性系的来源亲本,构建无性系的谱系数据,构建加性相关矩阵A及其逆矩阵;或对每个无性系进行SNP芯片基因分型,得到无性系的基因分型数据,数据记为0、1、2的SNP标记矩阵,根据无性系分型的SNP标记矩阵,构建无性系的G矩阵;

S4:构建模型,利用REML法对表型数据进行多性状分析,估算环境误差和遗传方差,分析公式为:

y=Xb+Zu+e

其中,y代表无性系表型测量值,b代表固定效应值,u代表随机效应值,e代表残差效应;

S5:根据步骤S4模型获取无性系所有个体不同性状的全基因组育种值,分别进行排名,然后各自选取全基因组育种值排名靠前的个体作为多性状聚合育种的亲本进行杂交。

2.根据权利要求1所述的基于多性状的基因组选择进行林木多性状聚合育种的方法,其特征在于,步骤S1所述无性系测定林为桉树无性系试验林。

3.根据权利要求1所述的基于多性状的基因组选择进行林木多性状聚合育种的方法,其特征在于,步骤S1所述表型性状为生长性状、材性性状或抗性性状中的一个或多个。

4.根据权利要求3所述的基于多性状的基因组选择进行林木多性状聚合育种的方法,其特征在于,所述生长性状为树高h、胸径dbh、材积v或木材吸水率wpro中的一个或多个;所述材性性状为心材比例cpro、木材密度wd、管胞长度tl、管胞宽度tw或管胞长宽比lrt中的一个或多个。

5.根据权利要求1所述的基于多性状的基因组选择进行林木多性状聚合育种的方法,其特征在于,步骤S3所述谱系数据采用R程序包kinship2生成。

6.根据权利要求1所述的基于多性状的基因组选择进行林木多性状聚合育种的方法,其特征在于,步骤S3所述SNP分型数据是采用高通量SNP芯片对无性系多态性的基因分型数据集。

7.根据权利要求6所述的基于多性状的基因组选择进行林木多性状聚合育种的方法,其特征在于,所述SNP分型数据采集的具体步骤为:

提取所有无性系的DNA,采用SNP芯片进行基因型测定;读取SNP芯片数据文件,用Beagle程序进行缺失基因型填补,然后选取SNP最小等位基因频率0.01作为质量控制标准,剔除最小等位基因频率低于0.01和染色体位置未知的SNP。

8.根据权利要求7所述的基于多性状的基因组选择进行林木多性状聚合育种的方法,其特征在于,所述SNP芯片为EucHIP60K.BR。

9.根据权利要求1所述的基于多性状的基因组选择进行林木多性状聚合育种的方法,其特征在于,其特征在于,步骤S4中所述多性状分析为利用SNP标记信息构建G矩阵的多性状GBLUP模型,估算遗传方差和环境误差。

10.权利要求1~9任一所述的基于多性状的基因组选择进行林木多性状聚合育种的方法在林木遗传育种上的应用。

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