一种用于粪便核酸检测的结直肠癌辅助诊断试剂盒及其使用方法与流程

文档序号:20163295发布日期:2020-03-24 21:14阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种用于粪便核酸检测的结直肠癌辅助诊断试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括:kras基因突变检测试剂、具核梭杆菌检测试剂、septin9、sdc2、hoxa11和ndrg4基因甲基化检测试剂。

2.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述kras基因突变检测试剂中包含用于检测kras基因7种突变型的上下游引物和荧光探针;所述kras基因7种突变型为g12d、g12a、g12v、g12s、g12r、g12c和g13d的7种突变形式。

3.根据权利要求2所述的试剂盒,其特征在于,所述用于检测kras基因7种突变型的上游引物包括核苷酸序列如seqidno.1至seqidno.7所示的7种引物,所述核苷酸序列如seqidno.1至seqidno.7所示的7种引物依次对应用于检测g12d、g12a、g12v、g12s、g12r、g12c和g13d的7种突变形式;所述下游引物的核苷酸序列如seqidno.8所示;所述荧光探针的核苷酸序列如seqidno.9所示。

4.根据权利要求2所述的试剂盒,其特征在于,所述kras基因突变检测试剂中还包括用于kras基因突变检测的内参基因actb的上下游引物和荧光探针;所述内参基因actb的上下游引物包括核苷酸序列如seqidno.10所示的上游引物和核苷酸序列如seqidno.11所示的下游引物;所述荧光探针的核苷酸序列如seqidno.12所示。

5.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述具核梭杆菌检测试剂包括检测具核梭杆菌丰度的上下游引物;所述检测具核梭杆菌丰度的上下游引物包括两个引物组,所述两个引物组包括核苷酸序列如seqidno.13和seqidno.14所示的引物组和核苷酸序列如seqidno.15和seqidno.16所示的引物组。

6.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述septin9、sdc2、hoxa11和ndrg4基因甲基化检测试剂中包括检测septin9、sdc2、hoxa11和ndrg4基因甲基化水平的上下游引物和荧光探针。

7.根据权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,所述检测septin9、sdc2、hoxa11和ndrg4基因甲基化水平的上下游引物和荧光探针分别为:

检测septin9基因甲基化水平的核苷酸序列如seqidno.17和seqidno.18所示的上下游引物以及核苷酸序列如seqidno.19所示的荧光探针;

检测sdc2基因甲基化水平的核苷酸序列如seqidno.20和seqidno.21所示的上下游引物以及核苷酸序列如seqidno.22所示的荧光探针;

检测hoxa11基因甲基化水平的核苷酸序列如seqidno.23和seqidno.24所示的上下游引物以及核苷酸序列如seqidno.25所示的荧光探针;

检测ndrg4基因甲基化水平的核苷酸序列如seqidno.26和seqidno.27所示的上下游引物以及核苷酸序列如seqidno.28所示的荧光探针。

8.根据权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,所述septin9、sdc2、hoxa11和ndrg4基因甲基化检测试剂中还包括内参基因actb的上下游引物和荧光探针。

9.根据权利要求8所述的试剂盒,其特征在于,所述内参基因actb的检测引物包括核苷酸序列如seqidno.29所示的上游引物和核苷酸序列如seqidno.30所示的下游引物;所述荧光探针的核苷酸序列如seqidno.31所示。

10.根据权利要求1至9任一项所述的试剂盒的使用方法,其特征在于,采用逻辑回归模型进行结果评估,逻辑运算公式为:

y=11.985515+0.036600*kt-0.021866*kr-0.066378*s9-0.050985*n4-0.170725*s2-0.002165*h11+0.005135*mr-0.104279*bt+0.082819*ba

式中,kt、kr、s9、n4、s2、mr、ba和bt均为常数;kt为kras基因ct值;kr为kras内参ct值;s9为septin9基因ct值;n4为ndrg4基因ct值;h11为hoxa11基因ct值;s2为sdc2基因ct值;mr为内参基因actb的ct值;ba为样本中总体微生物菌群的ct值;bt为具核梭杆菌的ct值;

分析标准为当运算值y>0.1842614判为模型判断为阳性,反之判为模型判断为阴性。

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