一种用于检测膀胱癌的试剂组合、试剂盒及其用途的制作方法

本发明属于分子生物学检测领域，具体地，属于膀胱癌检测领域，更具体地，涉及膀胱癌基因标志物的甲基化水平的检测。

背景技术：

1、膀胱癌是泌尿系统最常见的恶性肿瘤，也是全身十大常见肿瘤之一。全世界每年约有55万例新发病例和20万死亡病例。在我国，近80％的膀胱癌被诊断为非肌层浸润性膀胱癌(non-muscle-invasive bladder cancer，nmibc)，行经尿道膀胱肿瘤切除术后预后较好，但其中70％的患者术后会出现肿瘤复发，15％的患者分期和分级会发生进展；其余患者被诊断为肌层浸润性膀胱癌 (muscle-invasive bladder cancer，mibc)，易发生远处转移，具有较高的死亡风险。因此，膀胱癌患者术后通常需要多次复查和膀胱灌注治疗，费用昂贵。目前，膀胱癌的术前诊断和术后复发监测主要依赖有创的膀胱镜检查，不但给患者带来疼痛，还可能导致尿路损伤和感染等，患者依从性较差。寻找无创、准确、稳定、有效的膀胱癌分子标志物对膀胱癌进行早期筛查、诊断和复发检测具有重要意义。肿瘤标志物检测是近年发展起来的用于检测疾病的方法，而寻找准确、稳定、有效的膀胱癌分子标志物对膀胱癌进行早期诊断、早期治疗具有重要意义。

2、而随着科学界对肿瘤的认识逐渐深入，越来越多的研究证实细胞表观遗传水平的改变是肿瘤发生与发展的关键事件。dna甲基化、组蛋白修饰及mirna 表达异常均属于表观遗传学改变，而肿瘤发生的核心环节也与dna异常甲基化相关。dna甲基化检测稳定性好，易于检测且其异常程度常与癌症的进展相关，是最具肿瘤早筛潜力的标志物。

3、因此，本领域需求一种基于dna甲基化检测的兼具高灵敏度高特异性的膀胱癌诊断产品，在膀胱癌的早期阶段即能进行检出。

技术实现思路

1、本发明从ucsc xena网站的tcga数据集(https://tcga.xenahubs.net)和美国国立生物技术信息中心(ncbi)的geo数据库中共收集到413例癌组织、 231例癌旁组织或正常对照组织和656例健康全血甲基化数据。以膀胱癌和对照数据进行差异分析，通过大量研究，申请人发现某些甲基化位点的甲基化水平与膀胱癌有着密切的联系。

2、第一方面，本发明提供一种用于检测膀胱癌的试剂组合，所述试剂组合包括用于以下甲基化位点的检测试剂：cg00206063。

3、使用本发明的试剂组合，在组织样本中，所有试剂组合均能以至少0.8571 的特异性和0.7203的灵敏度以及0.8585的曲线下面积对膀胱癌进行预测。而在尿液游离dna样本中，所有试剂组合均能以至少0.9048的特异性和0.6525的灵敏度以及0.8060的曲线下面积对膀胱癌进行预测，本发明试剂组合以较少的标志物就能够在临床上以高灵敏度和好特异性对膀胱癌进行检测，成本和时间均得到节约；在临床上，在膀胱癌恶变的早期阶段就能灵敏和特异性地检出。

4、在一些具体的实施方案中，所述试剂组合进一步包括用于检测以下任意至少一个的甲基化水平的检测试剂：

5、spats2、parp4、cg13314394，以及cg03278514。

6、所述试剂组合进一步包括用于检测以下任意至少两个的甲基化水平的检测试剂：

7、spats2、parp4、cg13314394，以及cg03278514。

8、所述试剂组合进一步包括用于检测以下任意至少三个的甲基化水平的检测试剂：

9、spats2、parp4、cg13314394，以及cg03278514。

10、所述试剂组合进一步包括用于检测以下四个甲基化水平的检测试剂：

11、spats2、parp4、cg13314394，以及cg03278514。

12、在一些具体的实施方案中，所述甲基化水平的检测试剂可以是检测整个基因平均甲基化水平的检测试剂。

13、在一些具体的实施方案中，所述甲基化水平的检测试剂也可以是检测一个基因片段的平均甲基化水平的检测试剂。

14、在一些具体的实施方案中，所述甲基化水平的检测试剂也可以是检测一个基因启动子区域或其片段的平均甲基化水平的检测试剂。

15、在一些具体的实施方案中，所述甲基化水平的检测试剂还可以是检测基因的一个或多个甲基化位点的检测试剂。

16、在一些具体的实施方案中，所述试剂组合进一步包括用于检测spats2基因甲基化位点cg06712013的甲基化水平的检测试剂。

17、在一些具体的实施方案中，所述试剂组合进一步包括用于检测parp4基因甲基化位点cg20765408的甲基化水平的检测试剂。

18、在一个具体的实施方案中，所述试剂组合包括用于检测以下甲基化水平的检测试剂：cg13314394、cg00206063、cg06712013、cg20765408和cg03278514。

19、使用上述方案的试剂组合，能够以更高的灵敏度和更好的特异性对膀胱癌进行检测；在临床上，在膀胱癌恶变的早期阶段就能灵敏和特异性地检出。

20、在一些实施方案中，使用本发明的检测试剂，可以对样本中所存在的相应基因的甲基化水平进行检测。

21、在本发明中，“样本”为选自个体的生物样本。具体地，例如，选自细胞系、组织学切片、组织活检/石蜡包埋的组织、体液、粪便、结肠流出物、尿液、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞，或其组合。

22、优选地，本发明的“样本”为尿液，即尿液中的游离dna。

23、尿液中的游离dna能用作检测肿瘤，具有对病人伤害小，特异性好等特点。但是由于其在尿液中的含量极低，因此，在用于癌症检测时普遍存在灵敏度较低的问题。使用本发明的检测试剂，能够使用尿液中的游离dna作为样本进行检测，具有较高的灵敏度和特异性。

24、在本发明中，“检测试剂”指的是对样本中的基因的甲基化水平进行检测的试剂。其中，所述甲基化水平是通过扩增-测序、芯片、甲基化荧光定量pcr 的方式测量。

25、在一些具体的实施方案中，检测试剂包括但不限于核酸引物、测序tag序列，用于通过扩增-测序测量甲基化水平。

26、在一个具体的实施方案中，所述扩增-测序是通过将样本中的核酸进行重亚硫酸盐处理，随后构建预文库，再构建终文库，最后进行测序评价的方法进行的。

27、在一些具体的实施方案中，检测试剂包括但不限于芯片，所述芯片是甲基化芯片，所述甲基化芯片具有与甲基化区域特异性结合的探针。所述芯片可以是包括但不限于例如安捷伦的human cpg island microarrays和human dna methylation microarrays、illumina的infinium humanmethylation27 beadchip、 infinium humanmethylation450beadchip和goldengate methylation assay以及 roche nimblegen的human dnamethylation 2.1m deluxe promoter array、 human dna methylation array等，用于通过芯片测量甲基化水平。

28、在一些具体的实施方案中，检测试剂包括但不限于核酸引物以及核酸探针，用于通过甲基化荧光定量pcr测量甲基化水平。

29、进一步地，所述检测试剂还包括内标引物以及内标探针。

30、在一些具体的实施方案中，上述试剂组合还可以包括其余的试剂，具体地，例如，各种对样本进行前处理或者预处理所需要的试剂。例如，提取样本核酸的样本释放剂，纯化样本核酸的纯化剂，转化所用的重亚硫酸盐或亚硫酸氢盐等。

31、进一步地，上述试剂组合还包括提取尿液游离dna的试剂。

32、第二方面，本发明提供了上述试剂组合在制备用于检测膀胱癌的试剂盒中的用途。

33、在一个具体的实施方案中，本发明提供了上述试剂组合在制备用于检测膀胱癌的试剂盒中的用途，其中，所述试剂组合为以下甲基化位点的检测试剂： cg00206063。

34、进一步地，本发明提供了上述试剂组合在制备使用尿液游离dna检测膀胱癌的试剂盒中的用途。

35、第三方面，本发明提供了一种用于检测膀胱癌的试剂盒，所述试剂盒包括如上所述的试剂组合。

36、进一步地，所述试剂盒还包括但不限于提取核酸的试剂、纯化核酸的试剂、重亚硫酸盐、t4多聚核苷酸激酶、t4连接酶中的至少一种。

37、进一步地，所述提取核酸的试剂是提取组织dna的试剂和尿液游离dna 的试剂。

38、进一步地，所述提取核酸的试剂是提取尿液游离dna的试剂。