一种与猪校正115公斤体重背膘厚相关的SNP分子标记及应用的制作方法

本发明涉及动物遗传育种领域，特别涉及一种与猪校正115公斤体重背膘厚相关的snp分子标记及应用。

背景技术：

1、背膘厚是生猪生产过程中重要的生产指标，直观反映猪的脂肪沉积能力。并且，因为背膘厚与猪瘦肉率呈明显的负相关，且更容易测量，所以在生猪生产和生猪育种工作中，背膘厚通常作为猪瘦肉率的评估指标之一。

2、猪背膘厚是典型的数量性状，由微效多基因控制。近年来，全基因组关联分析(genome-wideassociation study，gwas)广泛应用于猪重要经济性状(包括背膘厚)的遗传解析中。利用gwas方法准确地识别与背膘厚相关的遗传变异标记，再通过分子标记辅助选择方法，从而实现快速和高效的降低猪背膘厚的目标，以提高生猪养殖行业的生产效益和经济效益。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种与猪校正115公斤体重背膘厚相关的snp分子标记及应用，以解决上述问题。

2、根据本发明的第一个方面，提供了一种与猪校正115公斤体重背膘厚相关的snp分子标记，该分子标记位于国际猪基因组sscrofa11.1版本第1号染色体第160773437bp位点处的g>a碱基突变。该分子标记与猪背膘厚性状显著相关，通过使用该分子标记可以建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于降低种猪背膘厚的遗传改良中，从而提高猪群体的产肉(瘦肉)性能，提高企业经济利润，增加核心竞争力。通过优选该snp分子标记的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，降低核心群种猪的背膘厚，加快种猪相关胴体性状的改良进展从而有效提高种猪育种的经济效益。

3、在某些实施方式中，该snp分子标记上下游基因序列如seq id no：1所示，所述snp分子标记位于该seq id no：1所示的第147位点的m表示的g>a碱基突变。

4、根据本发明的第二个方面，提供了一种snp分子标记在培育低背膘厚猪品种上的应用。该分子标记为位于国际猪基因组sscrofa11.1版本第1号染色体第160773437bp位点处的g>a突变或位于如seq id no：1所示的第147位点的m表示的g>a突变。通过对后备种猪的基因型进行筛选，并选留gg或ag的种猪个体进行扩繁，以逐代提高后代猪群体中等位基因g的频率，从而培育出低背膘厚的猪品种。由此，可以降低种猪背膘厚，从而提高后代猪群体的产肉性能，提高企业经济利润，增加核心竞争力。

5、在某些实施方式中，该应用包括如下步骤：

6、1)检测后备种猪中第1号染色体第160773437bp位点处的g>a突变或位于如seq idno：1所示的第147位点的m表示的g>a突变；

7、2)选留步骤1)中分子标记基因型为gg或ag的种猪个体，淘汰aa基因型个体；

8、3)以步骤2)中筛选出的个体作为种猪，进行繁育，在后代中继续选留步骤1)中分子标记基因型为gg或ag的种猪个体，淘汰aa基因型个体；以逐代提高后代猪群体中等位基因g的频率，从而培育出低背膘厚的猪品种。

9、根据本发明的第三个方面，提供了一种分子标记在筛选低背膘厚遗传性状的仔猪上的应用，该分子标记为位于国际猪基因组sscrofa11.1版本第1号染色体第160773437bp位点处的g>a突变。通过筛选待测仔猪所述分子标记的基因型，就可以在仔猪阶段选留具备低背膘厚遗传性状的仔猪进行饲养，由此可以在仔猪阶段就对猪群进行分选，对gg或ag基因个体仔猪作为后备猪进行养殖，可以高效地降低该后备猪群体的背膘厚，实现更好的经济价值。

10、在某些实施方式中，该应用包括如下步骤：

11、1)检测待筛选仔猪中第1号染色体第160773437bp位点处的g>a突变或位于如seqid no：1所示的第147位点处m表示的g>a突变；

12、2)步骤1)中检测出的分子标记的基因型为gg或ag时，该待筛选仔猪具有低背膘厚遗传性状，予以保留；基因型为aa时，该待筛选仔猪具有高背膘厚遗传性状，予以淘汰。

13、根据本发明的第四个方面，提供了一种降低猪校正115公斤体重背膘厚的遗传改良方法，其中，该方法包括如下步骤：

14、1)检测后备种猪中第1号染色体第160773437bp位点处的g>a突变或位于如seq idno：1所示的第147位点的m表示的g>a突变；

15、2)选留步骤1)中分子标记基因型为gg或ag的种猪个体，淘汰aa基因型个体；

16、3)以步骤2)中筛选出的个体作为种猪，进行繁育，在后代中继续选留步骤1)中分子标记基因型为gg或ag的种猪个体，淘汰aa基因型个体；以逐代提高后代猪群体中等位基因g的频率，从而降低后代猪的背膘厚。

17、通过该方法可以有效降低猪的背膘厚性状，提高胴体瘦肉率，提高猪种的市场竞争力和市场经济价值。

18、根据本发明的第五个方面，提供了用于检测猪中位于第1号染色体第160773437bp位点处的g>a突变或位于如seq id no：1所示的第147位点的m表示的g>a突变的snp分子标记的引物对，其中，该引物对核苷酸序列如下所示：

19、p001-f：5’-tcttgattggggtctttgtggtctg-3’，

20、p002-r：5’-ccaggggatagcaacagatgatctc-3’。

21、通过该引物对，可以高效检测与猪校正115公斤体重背膘厚相关的snp分子标记，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确地对种猪低背膘厚进行提高性选育改良，加快育种进展。

22、根据本发明的第六个方面，提供了一种用于检测猪中位于第1号染色体第160773437bp位点处的g>a突变或位于如seq id no：1所示的第147位点的m表示的g>a突变的snp分子标记的试剂盒，其中，该试剂盒含有如下引物对：

23、p001-f：5’-tcttgattggggtctttgtggtctg-3’，

24、p002-r：5’-ccaggggatagcaacagatgatctc-3’。

25、通过该试剂盒，可以高效检测与猪校正115公斤体重背膘厚相关的snp分子标记，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确地对种猪低背膘厚进行提高性选育改良，加快育种进展。

26、根据本发明的第七个方面，提供了一种引物对在鉴定猪校正115公斤体重背膘厚性状上的应用，其中，该应用包括如下步骤：

27、1)对待检测猪采用引物对进行pcr，然后对pcr产物进行基因分型检测，该引物对为：

28、p001-f：5’-tcttgattggggtctttgtggtctg-3’，

29、p002-r：5’-ccaggggatagcaacagatgatctc-3’；

30、2)步骤1)中检测出的基因型为gg或ag基因型时，该待检测猪具有低背膘厚遗传性状；检测出的基因型为aa基因型时，该待检测猪具有高背膘厚遗传性状。

31、通过该引物对可以高效检测与猪校正115公斤体重背膘厚相关的snp分子标记，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确地对种猪低背膘厚进行提高性选育改良，加快育种进展。

32、根据本发明的第八个方面，提供了一种snp分子标记或检测该分子标记的引物对或含有该引物对的试剂盒在筛选猪背膘厚性状、鉴定猪背膘厚性状、猪低背膘厚性状品种培育、降低猪背膘厚性状、猪的肉质性状遗传改良中的应用。由此，通过该snp分子标记或检测该分子标记的引物对或含有该引物对的试剂盒可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确地对种猪低背膘厚进行提高性选育改良，加快育种进展。

33、本发明有益效果：

34、1、公开了一种与猪校正115公斤体重背膘厚相关的新的分子标记，该分子标记为位于国际猪基因组sscrofa11.1版本第1号染色体第160773437bp位点处的g>a突变或位于如seq id no：1所示的第147位点的m表示的g>a突变，该分子标记与猪校正115公斤体重背膘厚性状显著相关，通过使用该分子标记可以建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于降低种猪背膘厚的遗传改良中，从而提高猪群体的产肉(瘦肉)性能，提高企业经济利润，增加核心竞争力。通过优选该snp分子标记的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，降低核心群种猪的背膘厚，加快种猪相关胴体性状的改良进展从而有效提高种猪育种的经济效益。

35、2、公开了该分子标记在培育具备低背膘厚猪品种上的应用。通过对后备种猪的基因型进行筛选，并选留gg或ag的种猪个体进行扩繁，以逐代提高后代猪群体中等位基因g的频率，从而培育出低背膘厚的猪品种。由此，可以降低种猪背膘厚，从而提高后代猪群体的产肉性能，提高企业经济利润，增加核心竞争力。

36、3、公开了该分子标记在筛选低背膘厚遗传性状的仔猪上的应用。通过筛选待测仔猪所述分子标记的基因型，就可以在仔猪阶段选留具备低背膘厚遗传性状的仔猪进行饲养，由此可以在仔猪阶段就对猪群进行分选，对gg或ag基因个体仔猪作为后备猪进行养殖，可以高效地降低该后备猪群体的背膘厚，实现更好的经济价值。

37、4、公开了一种降低猪背膘厚的遗传改良方法，通过该方法可以有效降低猪的背膘厚性状，提高胴体瘦肉率，提高猪种的市场竞争力和市场经济价值。

38、5、公开了一种用于检测与猪背膘厚相关的snp分子标记的引物对，通过该引物对，可以高效检测与猪背膘厚相关的snp分子标记，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确地对种猪低背膘厚进行提高性选育改良，加快育种进展。

39、6、公开一种用于检测与猪背膘厚相关的snp分子标记和试剂盒，通过该试剂盒，可以高效检测与猪背膘厚相关的snp分子标记，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确地对种猪低背膘厚进行提高性选育改良，加快育种进展。

40、7、公开了检测与猪背膘厚相关的snp分子标记的引物对在鉴定猪背膘厚性状上的应用，通过该引物对可以高效检测与猪背膘厚相关的snp分子标记，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确地对种猪低背膘厚进行提高性选育改良，加快育种进展。

41、8、公开了与猪背膘厚相关的snp分子标记或检测该分子标记的引物对或含有该引物对的试剂盒在筛选猪背膘厚性状、鉴定猪背膘厚性状、猪低背膘厚性状品种培育、降低猪背膘厚性状、猪的肉质性状遗传改良中的应用。通过该snp分子标记或检测该分子标记的引物对或含有该引物对的试剂盒可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确地对种猪低背膘厚进行提高性选育改良，加快育种进展。