利用CUT&Tag技术进行海洋无脊椎动物蛋白质与基因组DNA互作研究的实验方法

文档序号:34551525发布日期:2023-06-28 02:12阅读:来源:国知局

技术特征:

1.利用cut&tag技术进行海洋无脊椎动物蛋白质与基因组dna互作研究的实验方法,以侏儒蛤和凡纳滨对虾胚胎为例,其特征在于,包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述的利用cut&tag技术进行海洋无脊椎动物蛋白质与基因组dna互作研究的实验方法,其特征在于,所述s3中,若后续解离单细胞进行试验,需配制试剂:0.25%胰蛋白酶溶液、binding buffer、wash buffer、dig-wash buffer、antibodybuffer、dig-300 buffer、tagmentation buffer、te buffer;若后续提取细胞核进行试验,需配制试剂:ne1 buffer、binding buffer、wash buffer、dig-wash buffer、antibodybuffer、dig-300 buffer、tagmentation buffer、te buffer。

3.根据权利要求1所述的利用cut&tag技术进行海洋无脊椎动物蛋白质与基因组dna互作研究的实验方法,其特征在于,所述s9中,片段化处理时,加入tagmentation buffer重悬细胞或细胞核,37℃孵育1h。在室温条件下,加入10μl 0.5m edta,3μl 10%sds和2.5μl20mg/ml proteinase k,终止片段化反应。

4.根据权利要求1所述的利用cut&tag技术进行海洋无脊椎动物蛋白质与基因组dna互作研究的实验方法,其特征在于,所述s10中的dna提取,50℃孵育1h,tris饱和酚和氯仿提取dna,100%乙醇沉淀dna,te buffer溶解dna沉淀。

5.根据权利要求1所述的利用cut&tag技术进行海洋无脊椎动物蛋白质与基因组dna互作研究的实验方法,其特征在于,所述s11中,测序文库的扩增包括pcr的反应体系;pcr的反应体系包括:dna模板,ddh2o、tab buffer、预装接头p5及p7端引物、tae buffer,反应程序根据细胞或细胞核数量而定,pcr产物用琼脂糖凝胶电泳进行质量检测。

6.根据权利要求5所述的利用cut&tag技术进行海洋无脊椎动物蛋白质与基因组dna互作研究的实验方法,其特征在于,所述s11中,扩增产物纯化,使用dna clean beads及乙醇纯化pcr产物,ddh2o洗脱,pcr纯化后产物用琼脂糖凝胶电泳及qubit进行质量检测,确认无误后产物保存于-20℃。

7.根据权利要求6所述的利用cut&tag技术进行海洋无脊椎动物蛋白质与基因组dna互作研究的实验方法,其特征在于,所述s11中,测序使用nova-pe150测1g raw data/文库数据量。


技术总结
本发明涉及海洋无脊椎动物表观遗传学领域,尤其涉及利用CUT&Tag技术进行海洋无脊椎动物蛋白质与基因组DNA互作研究的实验方法,以侏儒蛤和凡纳滨对虾胚胎为例,包括以下步骤:S1、催产;S2、受精和培养受精卵;S3、配制试剂;S4、解离单细胞或提取细胞核;S5、细胞或细胞核计数;S6、处理ConA beads;S7、细胞(细胞核)和ConA beads孵育;S8、一抗孵育;S9、二抗孵育;S10、高活性PA/G‑Tn5转座酶孵育;S11、片段化;S12、DNA提取;S13、测序文库的扩增;S14、扩增产物纯化;S15、测序。本发明中,针对侏儒蛤细胞渗透压调整了单细胞解离及CUT&Tag实验溶液渗透压,针对凡纳滨对虾早期胚胎细胞易破裂、难以解离单细胞特点采用了提取细胞核进行CUT&Tag实验策略,使CUT&Tag技术可应用于海洋无脊椎动物,促进海洋无脊椎动物表观遗传学领域的发展,为贝类和虾类的高效生产提供理论依据。

技术研发人员:叶质,史佳乐,包振民
受保护的技术使用者:中国海洋大学三亚海洋研究院
技术研发日:
技术公布日:2024/1/13
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