1.一种固碳破囊壶菌菌株的构建方法,其特征在于,包括以下步骤:
2.根据权利要求1所述的一种固碳破囊壶菌菌株的构建方法,其特征在于,所述步骤(1)获取破囊壶菌的基因组序列、编码基因及氨基酸序列并进行功能注释,主要使用以下软件进行:(1)fastp(版本:0.21.0)、genomescope(版本:1.0)、jellyfish(版本:2.2.10):用于基因组survey分析;
3.根据权利要求1所述的一种固碳破囊壶菌菌株的构建方法,其特征在于,所述步骤(3)已知模式生物内源还原甘氨酸途径酶氨基酸序列与破囊壶菌氨基酸序列的多序列相似性比对,主要使用blast(版本:2.11.0+)进行。
4.根据权利要求1所述的一种固碳破囊壶菌菌株的构建方法,其特征在于,所述步骤(4)破囊壶菌内源还原甘氨酸固碳途径相关酶氨基酸序列的保守结构域分析,主要使用ncbi conserve domains search(版本:v3.20)软件进行。
5.根据权利要求1所述的一种固碳破囊壶菌菌株的构建方法,其特征在于,所述步骤(5)破囊壶菌内源还原甘氨酸固碳途径的功能鉴定,以未标记的甲酸(250mm/l)及碳酸氢钠(100mm/l)为对照组;分别以13c标记的甲酸(250mm/l)及未标记的碳酸氢钠(100mm/l)、未标记的甲酸(250mm/l)及13c标记的碳酸氢钠(100mm/l)和13c标记的甲酸(250mm/l)及含13c标记的碳酸氢钠(100mm/l)为3个试验组;此外,lc-ms参数使用液相色谱使用c18反相柱,流动相为(a)水+0.1%甲酸(b)乙腈+0.1%甲酸;流速为0.4ml/min;梯度为0–1min:99%a;1-5min:99%a到82%a(线性梯度);5–6min:82%a到1%a(线性梯度);6-8min:1%a;8-8.5min:从1%a到99%a(线性梯度);8.5–11min:99%的a;质谱仪使用正电离模式,扫描范围为50.0–300.0m/z。
6.根据权利要求1所述的一种固碳破囊壶菌菌株的构建方法,其特征在于,所述步骤(6)破囊壶菌乙酰辅酶a合成相关基因的表达,丝氨酸羟甲基转移酶基因和丝氨酸脱氨酶基因的过表达可使含有甲酸碳原子和co2碳原子的甘氨酸转化为丙酮酸;甘氨酸还原酶基因和磷酸乙酰转移酶基因或乙酸激酶和乙酰辅酶a合成酶的过表达可使含有甲酸碳原子和co2碳原子的甘氨酸转化为丙酮酸乙酰辅酶a。
7.根据权利要求1所述的一种固碳破囊壶菌菌株的构建方法,其特征在于,所述步骤(7)破囊壶菌实验室适应性进化,所使用的进化m4发酵培养基的配置如下:葡萄糖(60g/l),酵母提取物(15g/l),磷酸二氢钾(0.25g/l),人工海盐(33g/l),甲酸钠(500mm/l),碳酸氢钠(100mm/l),ph为7.0。
8.根据权利要求1所述的一种固碳破囊壶菌菌株的构建方法,其特征在于,所述步骤(8)破囊壶菌高值次生代谢产物的13c同位素示踪检测,包括:以未标记的甲酸(250mm/l)及碳酸氢钠(100mm/l)为对照组;分别以13c标记的甲酸(250mm/l)及未标记的碳酸氢钠(100mm/l)、未标记的甲酸(250mm/l)及13c标记的碳酸氢钠(100mm/l)和13c标记的甲酸(250mm/l)及含13c标记的碳酸氢钠(100mm/l)为3个试验组;此外,dha的lc-ms检测参数为液相色谱使用c18反相柱,流动相为甲酸-乙腈体系,形成非极性梯度,流速为0.2ml/min;质谱仪部分使用负电离模式,扫描范围为100.0–1000.0m/z,使用多反应监测模式,最后根据dha的分子量来确定母离子信号丰度;角鲨烯的lc-ms检测参数为液相色谱使用c18反相柱,流动相为甲醇-水体系,形成非极性梯度,流速为0.3ml/min;质谱仪部分使用正电离模式,扫描范围为50.0–500.0m/z,使用多反应监测模式,最后根据角鲨烯的分子量来确定母离子信号丰度。