一种用于检测加工番茄番茄红素的分子标记及应用

本发明涉及应用分子生物学的，具体涉及一种用于检测加工番茄番茄红素的分子标记及应用。

背景技术：

1、番茄是日常食材中颜色最丰富的一种蔬菜，目前市场上最常见的番茄主要是红色和粉色，其果实颜色主要由番茄红素和β-胡萝卜素的比例决定。番茄红素是决定加工番茄产品颜色品质的重要指标，因此也是加工番茄品质育种的重要目标之一。

2、在番茄果实颜色的研究中，控制高番茄红素的深红色果实表型研究进展有限。目前已经报道和应用的主要是来源于野生番茄的突变old-gold-crimson(ogc)基因。该基因是beta的等位基因，beta编码番茄红素β-环化酶，beta突变体为功能获得性突变，果实中积累β-胡萝卜素而表现为橘黄色。而ogc基因属于功能缺失性突变体，由于编码区缺失嘌呤碱基a造成移码突变，无法合成β-胡萝卜素，果实中番茄红素积累呈现深红色(ronen et al.，1999；ronen et al.，2000)。

3、indel标记带型简单、稳定性好、操作简便、检测成本低等优点，常用于大样本检测的kasp标记具有通量高，准确性强、操作简便等优点，已成为商业化育种以及基因分型检测的重要手段。现有技术中未见针对ogc基因开发的indel或kasp分子标记。

技术实现思路

1、为了解决以上技术问题，本发明的目的在于提供一种用于检测加工番茄番茄红素的分子标记及应用，为加工番茄种质高番茄红素ogc基因的育种应用提供一种新选择。

2、本发明所采用的技术方案如下：

3、根据本申请的一个方面，本发明提供了一种用于检测加工番茄番茄红素的分子标记，所述分子标记的变异位点为sl4.0ch06:43571453，该位点的基因型为c/cataca。

4、具体实施方案中，所述分子标记为indel标记或kasp分子标记。

5、本发明还提供了所述的分子标记在鉴定加工番茄番茄红素中的应用。

6、具体的，若位点的基因型为c时，鉴定加工番茄为低番茄红素表型；若位点的基因型为cataca时，鉴定加工番茄为高番茄红素表型。

7、本发明还提供了一种检测加工番茄番茄红素的方法，该方法包括以下步骤：

8、1)提取待测加工番茄基因组dna；

9、2)以待测加工番茄基因组dna为模板，利用seq id no.1和seq id no.2所示引物进行pcr扩增；

10、3)根据pcr扩增的结果，鉴别待测加工番茄番茄红素的表型。

11、具体的，步骤(3)中，若pcr扩增的片段为199bp，则鉴定加工番茄为低番茄红素表型；若pcr扩增的片段为204bp，则鉴定加工番茄为高番茄红素表型。

12、本发明还提供了一种检测加工番茄番茄红素的方法，该方法包括以下步骤：

13、1)提取待测加工番茄基因组dna；

14、2)以待测加工番茄基因组dna为模板，利用seq id no.3、seq id no.4和seq idno.5所示引物进行kasp反应检测；

15、3)根据kasp产物荧光信号的差异，鉴别待测加工番茄番茄红素的表型。

16、本发明还提供了包含上述分子标记的试剂盒。

17、本发明还提供了所述的分子标记、或所述的方法、或所述的试剂盒在检测加工番茄番茄红素中的应用。

18、本发明还提供了所述的分子标记、或所述的方法、或所述的试剂盒在加工番茄育种中的应用。

19、本发明的有益效果包括但不限于：

20、本发明提供的分子标记用于检测变异位点，可以为群体进化、基因芯片等研究提供重要线索；本发明开发的indel标记操作简便、检测方便，可在常规试验条件下实现高番茄红素ogc基因的准确检测；本发明开发的kasp标记可实现高番茄红素ogc基因的精准、快速、高通量检测，可应用于番茄商业化育种及高色素遗传改良应用研究。

技术特征：

1.一种用于检测加工番茄番茄红素的分子标记，其特征在于，所述分子标记的变异位点为sl4.0ch06:43571453，该位点的基因型为c/cataca。

2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述分子标记为indel标记或kasp分子标记。

3.权利要求1或2所述的分子标记在鉴定加工番茄番茄红素中的应用。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，若位点的基因型为c时，鉴定加工番茄为低番茄红素表型；若位点的基因型为cataca时，鉴定加工番茄为高番茄红素表型。

5.一种检测加工番茄番茄红素的方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，步骤(3)中，若pcr扩增的片段为199bp，则鉴定加工番茄为低番茄红素表型；若pcr扩增的片段为204bp，则鉴定加工番茄为高番茄红素表型。

7.一种检测加工番茄番茄红素的方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：

8.包含权利要求1或2所述的分子标记的试剂盒。

9.权利要求1或2所述的分子标记、或权利要求5-7所述的方法、或权利要求8所述的试剂盒在检测加工番茄番茄红素中的应用。

10.权利要求1或2所述的分子标记、或权利要求5-7所述的方法、或权利要求8所述的试剂盒在加工番茄育种中的应用。

技术总结
本发明提供了一种用于检测加工番茄番茄红素的分子标记，所述分子标记的变异位点为SL4.0ch06:43571453，该位点的基因型为C/CATACA。还提供了所述的分子标记在鉴定加工番茄番茄红素中的应用。本发明提供的分子标记用于检测变异位点，可以为群体进化、基因芯片等研究提供重要线索；本发明开发的InDel标记操作简便、检测方便，可在常规试验条件下实现高番茄红素ogc基因的准确检测；本发明开发的KASP标记可实现高番茄红素ogc基因的精准、快速、高通量检测，可应用于番茄商业化育种及高色素遗传改良应用研究。

技术研发人员：李君明,刘磊,李鑫,杜永臣,王孝宣,黄泽军,国艳梅
受保护的技术使用者：中国农业科学院蔬菜花卉研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/3/17