一种基因测序方法、装置、设备和介质与流程

本发明属于基因测序，具体涉及一种基因测序方法、装置、设备和介质。

背景技术：

1、基因测序是一种新型基因检测技术，能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。

2、目前的测序流程中，由于单端测序和双端测序的时长均较长，例如pe100测序所需时长超24小时，se100测序所需时长约12小时，导致客户等待获取报告结果的时间较长，客户体验较差。

技术实现思路

1、本技术提供了一种基因测序方法、装置、设备和介质，用以解决现有技术中由于条形码标签测序放在测序循环的最后导致获取报告结果的时间较长，客户体验较差的技术问题。

2、为了实现上述目的，本技术提供如下技术方案：

3、第一方面，提供了一种基因测序方法，包括：

4、获取待检测的基因样本和预设读长，其中，所述基因样本中包括至少一个样本，任一样本中包括至少一个短序列，每个短序列中包括待检测的基因序列和至多两个条形码标签，在一短序列包括所述条形码标签的情况下，该短序列中所述至少一个条形码标签的位置位于所述基因序列的位置之前；

5、确定所述基因样本包含的每个样本所属的样本类型；

6、针对所述基因样本中的每个样本，按照该样本所属的样本类型对应的测序顺序对该样本的每个短序列进行测序，直至对该样本的每个短序列中的基因序列测序至所述预设读长时，得到该样本中每个短序列的中间阶段测序结果数据；

7、将每个样本中每个短序列的中间阶段测序结果数据发送至目标服务器，以便所述目标服务器对每个样本中每个短序列的中间阶段测序结果数据进行数据分析，得到中间阶段检测报告。

8、在所述第一方面的第一种可能实现方式中，所述确定所述基因样本包含的每个样本所属的样本类型，包括：

9、在所述基因样本中包括一个样本的情况下，确定该样本属于无条形码单样本类型；

10、在所述基因样本中包括多个样本的情况下，针对所述多个样本中的每个样本，若该样本的短序列中包括一个条形码标签，则确定该样本属于单条形码多样本类型，若该样本的短序列中包括位于同一链上的两个条形码标签，则确定该样本属于双条形码在单链的多样本类型，若该样本的短序列中包括位于两个链上的两个条形码标签，则确定该样本属于双条形码在双链的多样本类型。

11、在所述第一方面的第二种可能实现方式中，所述无条形码单样本类型对应的测序顺序为：对所述无条形码单样本类型下的样本的每个短序列中的基因序列进行测序；

12、所述单条形码多样本类型对应的测序顺序为：对所述单条形码多样本类型下的样本的每个短序列中的条形码标签进行测序，并在条形码标签测序完成后，对所述单条形码多样本类型下的样本的每个短序列中的基因序列进行测序；

13、所述双条形码在单链的多样本类型对应的测序顺序为：对所述双条形码在单链的多样本类型下的样本的每个短序列中的两个条形码标签分别进行测序，在所述两个条形码标签测序完成后，对所述双条形码在单链的多样本类型下的样本的每个短序列中的基因序列进行测序；

14、所述双条形码在双链的多样本类型对应的测序顺序为：对所述双条形码在双链的多样本类型下的样本的每个短序列中的第一个条形码标签进行测序，在所述第一个条形码标签测序完成后，对所述双条形码在双链的多样本类型下的样本的每个短序列中的基因序列进行测序，在基因序列测序完成后，对所述双条形码在双链的多样本类型下的样本的每个短序列中的第二个条形码标签进行测序。

15、在所述第一方面的第三种可能实现方式中，对多样本类型下的任一样本的每个短序列进行测序时使用的条形码引物的长度小于历史条形码引物的长度，其中，所述多样本类型包括所述单条形码多样本类型、所述双条形码在单链的多样本类型和所述双条形码在双链的多样本类型。

16、在所述第一方面的第四种可能实现方式中，所述预设读长包括至少一个读长。

17、在所述第一方面的第五种可能实现方式中，若所述基因样本中包括多个样本，则所述将每个样本中每个短序列的中间阶段测序结果数据发送至目标服务器，包括：

18、按照所述多个样本分别对应的条形码标签对所述多个样本中每个短序列的中间阶段测序结果数据进行拆分和归类，得到所述多个样本分别对应的中间阶段测序结果数据；

19、将所述多个样本分别对应的中间阶段测序结果数据发送至所述目标服务器。

20、在所述第一方面的第六种可能实现方式中，所述基因测序方法还包括：

21、针对所述基因样本中的每个样本，按照该样本所属的样本类型对应的测序顺序对该样本的每个短序列进行完整测序，得到该样本中每个短序列的完整测序结果数据；

22、将每个样本中每个短序列的完整测序结果数据发送至所述目标服务器，以便所述目标服务器对每个样本中每个短序列的完整测序结果数据进行数据分析，得到完整检测报告。

23、在所述第一方面的第七种可能实现方式中，所述中间阶段检测报告中包括每个样本的中间阶段质控结果和中间阶段鉴定结果，所述完整检测报告中包括每个样本的完整质控结果、完整鉴定结果、完整组装结果和完整溯源结果；

24、其中，一样本的中间阶段质控结果和完整质控结果均用于反映该样本中质量高于预设质量阈值的短序列，一样本的中间阶段鉴定结果和完整鉴定结果均用于反映该样本的病原浓度信息，一样本的完整组装结果用于反映该样本的所有短序列组装得到的重组样本，一样本的完整溯源结果用于反映该样本所属的亚型。

25、在所述第一方面的第八种可能实现方式中，若所述预设读长中包括第一读长和读长大于所述第一读长的第二读长，则所述第一读长下的中间阶段检测报告是指对每个样本的每个短序列在所述第一读长下的中间阶段测序结果数据进行分析得到的检测报告，所述第二读长下的中间阶段检测报告和所述完整检测报告均是指对每个样本中识别为非宿主的短序列在所述第二读长下的中间阶段测序结果数据进行分析得到的检测报告。

26、第二方面，提供了一种基因测序装置，包括：数据获取模块、样本类型确定模块、第一测序模块和测序结果数据发送模块；

27、所述数据获取模块，用于获取待检测的基因样本和预设读长，其中，所述基因样本中包括至少一个样本，任一样本中包括至少一个短序列，每个短序列中包括待检测的基因序列和至多两个条形码标签，在一短序列包括所述条形码标签的情况下，该短序列中所述至少一个条形码标签的位置位于所述基因序列的位置之前；

28、所述样本类型确定模块，用于确定所述基因样本包含的每个样本所属的样本类型；

29、所述第一测序模块，用于针对所述基因样本中的每个样本，按照该样本所属的样本类型对应的测序顺序对该样本的每个短序列进行测序，直至对该样本的每个短序列中的基因序列测序至所述预设读长时，得到该样本中每个短序列的中间阶段测序结果数据；

30、所述测序结果数据发送模块，用于将每个样本中每个短序列的中间阶段测序结果数据发送至目标服务器，以便所述目标服务器对每个样本中每个短序列的中间阶段测序结果数据进行数据分析，得到中间阶段检测报告。

31、第三方面，提供了一种基因测序设备，包括存储器和处理器；

32、所述存储器，用于存储程序；

33、所述处理器，用于执行所述程序，实现如上述任一项所述的基因测序方法的各个步骤。

34、第四方面，提供了一种可读存储介质，其上存储有计算机程序，所述计算机程序被处理器执行时，实现如上述任一项所述的基因测序方法的各个步骤。

35、综上，本技术提供了一种基因测序方法、装置、设备和介质，在样本的短序列中包括条形码标签的情况下，短序列中至少一个条形码标签的位置位于基因序列的位置之前，因此按照样本所属的样本类型对应的测序顺序对样本的每个短序列进行测序时，如果样本的短序列中包括条形码标签，则先对样本的每个短序列中位置靠前的至少一个条形码标签进行测序，再对样本的每个短序列中的基因序列进行测序，从而即使基因样本中包括多个样本，本技术依然能够使目标服务器基于测序至预设读长时得到的中间阶段测序结果数据生成中间阶段检报告，从而在测序未完全结束时就能提前进行初步的病原鉴定，加快了检测速度，缩短了客户的等待时长，客户体验更好。