0043] 表11:用于检测突变Q546L的寡核巧酸
W44] 表12 :用于检测突变G1049R的寡核巧酸
[0045] 表13 :用于检测突变M1043I的寡核巧酸
[0046] 本发明的实施方案是用于检测PIK3CA基因中密码子1042和1050之间的一个或 多个核巧酸位置的突变的寡核巧酸，所述寡核巧酸与选自SEQIDNO: 2、18、39、208和219 的一个或多个序列至少90%相同并且具有其3' -端核巧酸。寡核巧酸可W包含与所述序列 之一的3个或更少错配，排除3' -端核巧酸和/或在3' -端倒数第二的5个核巧酸中的至 少一个错配。寡核巧酸可W进一步包含在3' -端的末端5个核巧酸中至少一个经修饰的核 巧酸。寡核巧酸特别适合用于检测突变M1043I、化04化、H1047R、化047Y和/或化049R中 的一个或多个。
[0047] 本发明的另一个实施方案是用于检测PIK3CA基因中突变N345K的寡核巧酸，所述 寡核巧酸与SEQIDNO: 61至少90%相同并且具有其3'-端核巧酸。寡核巧酸可W包含与 SEQIDNO: 61的3个或更少错配，排除3' -端核巧酸和/或在3' -端倒数第二的5个核巧 酸中至少一个错配。寡核巧酸可W进一步包含在3' -端的末端5个核巧酸中至少一个经修 饰的核巧酸。
[0048] 本发明的另一个实施方案是用于检测PIK3CA基因中密码子541和547之间一个 或多个核巧酸位置的突变的寡核巧酸，所述寡核巧酸与选自SEQIDNO: 84、99、126、148、 168、185和197的一个或多个序列至少90%相同并且具有其3'-端核巧酸。寡核巧酸可W 包含与所述序列之一的3个或更少的错配，排除3' -端核巧酸和/或在3' -端倒数第二的5 个核巧酸中至少一个错配。寡核巧酸可W进一步包含在3' -端的末端5个核巧酸中至少一 个经修饰的核巧酸。寡核巧酸特别适合用于检测突变E542K、E545A、E545G、E545K、Q546K、 Q546L和/或Q546E中的一个或多个。
[0049] 在另一个实施方案中，本发明是检测选自H1047LH1047R、H1047Y、N345K、E542K、 E545A、E545G、E545K、G1049R、M1043I、Q54犯、Q54化和Q546K的人PI3KCA(PIK3CA)基因 中突变W及同时询问上文列举的突变的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13个的诊断 方法，其使用选自沈QIDNO: 2、18、39、61、84、99、126、148、168、185、197、208、219的寡 核巧酸或与所述寡核巧酸至少90%相同并且具有其3'-端核巧酸的变体（variations)。在 该实施方案的变化中，方法包括使用选自沈QIDNO: 8、21、46、78、93、113、141、166、170、 194、199、217和228的一个或多个寡核巧酸。方法包括在对应的下游引物和检测探针的存 在下将含有核酸的测试样品与一个或多个寡核巧酸接触。有利地，位置相近的突变的检测 可W在单一反应中执行。在一些实施方案中，单一反应含有两个或多个等位基因特异性寡 核巧酸，例如，SEQIDNO: 8、21和46可W连同单一下游引物和单一检测探针在一个反应 混合物中组合。相似地，单一反应物（asinglereaction)可W含有沈QIDNO: 93、113、 141、166、170和199中的两个或多个，可W连同单一下游引物和单一检测探针在一个反 应混合物中组合。方法包括在对应的下游引物（即能够杂交至祀核酸的相反链（opposite strand)从而能够进行指数扩增的引物)、核巧=憐酸和核酸聚合酶的存在下将含有核酸的 测试样品与一个或多个寡核巧酸接触，使得只有当PI3KCA突变在样品中存在时一个或多 个等位基因特异性引物才有效地延伸；和通过直接或间接检测引物延伸的存在或不存在来 检测PI3KCA突变的存在或不存在。
[0050] 在特别的实施方案中，使用探针检测引物延伸的存在。可W使用放射性的、或发 色团（巧光团）标记，例如渗入FAM、JA270、CY5家族染料或肥X染料的标记将探针标记。作 为使用巧光标记的探针检测的一个实例，突变可W通过实时聚合酶链式反应（rt-PCR)进 行检测，其中探针的杂交导致探针的酶消化和产生巧光的检测（TaqMan?probemethod, Holland掌(1991)P.N.A.S.USA88:7276-7280)。可选地，延伸产物和扩增产物的存 在可W如例如在Sambrook,J.和Russell,D.W. (2001)必〇知細知rC/o打i打供第3版. CS化Press,第5和9章中描述的，通过凝胶电泳随后染色或印迹并杂交进行检测。
[0051] 在另一个实施方案中，本发明是治疗患者的方法，所述患者具有可能含有具有突 变体PI3KCA基因的细胞的肿瘤。方法包括将来自患者的样品与选自SEQIDNO: 2、18、 39、61、84、100巧9)、127 (126)、148、170 (168)、185、197、208、219的一个或多个寡核巧酸 或与所述寡核巧酸至少90%相同并且具有其3' -端核巧酸的变体接触，在一个或多个对应 的第二引物的存在下执行等位基因特异性扩增，并且通过检测引物延伸的存在或不存在来 检测PI3KCA突变的存在或不存在，并且如果发现或未发现至少一个突变，对患者实施合适 的治疗方案。在一些实施方案中，治疗包括施用由PI3KCA基因编码的蛋白质（pllO-a蛋 白）的抑制剂。在其它实施方案中，如果没有发现PI3KCA突变，治疗包括施用通路上游蛋 白质的抑制剂，例如EGH?蛋白，并且如果发现突变，则施用可选的治疗。在该实施方案的变 化中，方法包括将来自患者的样品与选自沈QIDNO: 8、21、46、78、93、113、141、166、170、 194、199、217和228的一个或多个寡核巧酸接触。
[0052] 在还另一个实施方案中，本发明是含有试剂的试剂盒，所述试剂用于检测PI3KCA 基因中的突变，特别是选自H1047LH1047R、H1047Y、N345K、E542K、E545A、E545G、E545K、 010493、]\110431、95466、954化和95461(的突变，^及同时询问上文列举的突变的1、2、3、4、 5、6、7、8、9、10、11、12或13个。试剂包括选自沈9 10^:2、18、39、61、84、100巧9)、127 (126)、148、170 (168)、185、197、208、219的一个或多个寡核巧酸，或与所述寡核巧酸至少 90%相同并且具有其3'-端核巧酸的变体，一个或多个对应的第二引物，和任选地，一个或 多个探针。在该实施方案的变化中，试剂包括选自SEQIDNO: 11、32、46、78、93、113、141、 166、170、194、199、217和228的一个或多个寡核巧酸。试剂盒可W进一步包含扩增和检测 测定的执行所需的试剂，诸如核巧=憐酸、核酸聚合酶和聚合酶功能所需的缓冲液。在一些 实施方案中，探针是可检测地标记的。在运样的实施方案中，试剂盒可W包含用于标记和检 测标记的试剂。
[0053] 在还另一个实施方案中，本发明是反应混合物，其用于检测PI3KCA基因中的突 变，特别是选自H1047LH1047R、H1047Y、N345K、E542K、E545A、E545G、E545K、G1049R、 M1043I、Q546E、Q54化和Q546K的突变，W及同时询问上文列举的突变的1、2、3、4、5、6、7、8、 9、10、11、12或13个。混合物包含选自沈910側：2、18、39、61、84、100、127、148、170、185、 197、208、219的一个或多个寡核巧酸或与所述寡核巧酸至少90%相同并且具有其3' -端核 巧酸的变体，一个或多个对应的第二引物，和任选地，一个或多个探针。在该实施方案的变 化中，反应混合物包含选自沈QIDNO: 8、21、46、78、93、113、141、166、170、194、199、217和 228的一个或多个寡核巧酸。反应混合物可W进一步包含试剂，诸如核巧=憐酸、核酸聚合 酶和对聚合酶功能所需的缓冲液。
[0054] 在还另一个实施方案中，本发明是在患者中评估癌症的方法，其通过在患者样品 中检测PI3KCA基因中的突变，特别是选自H1047LH1047R、H1047Y、N345K、E542K、E545A、 E545G、E545K、G1049R、M1043I、Q546E、Q54化和Q546K的突变W及同时询问上文列举的突 变的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13个，对于每个突变，使用选自沈QIDNO: 2、 18、39、61、84、100、127、148、170、185、197、208、219 的寡核巧酸或与所述寡核巧酸至少 90% 相同并且具有其3'-端核巧酸