与阻塞性睡眠呼吸暂停相关的组合物和方法
【专利说明】
[0001] 相关申请的交叉引用
[0002] 本申请要求2013年3月7日提交的美国临时申请第61/773, 936号的优先权权益， 所述临时申请通过引用完整地并入本文。
[0003] 发巧背景 I.
技术领域
[0004] 本发明一般设及阻塞性睡眠呼吸暂停的领域。更具体地，其设及用于诊断阻塞性 睡眠呼吸暂停的方法和组合物。 II.
【背景技术】
[0005] 阻塞性睡眠呼吸暂停（OSA)是影响最多达到2%至3%儿童的普遍疾病。其导致 大量的神经认知、行为、代谢和屯、血管的发病率（Lumengand化e;rvin，2008;Capdevila等 人，2008)。该病情的特征在于在睡眠期间上呼吸道的部分或完全阻塞的重复事件，运导致 整个夜晚期间血碳酸过多、血氧过少和觉醒的重复发作（Muzumdar和Arens, 2008)。儿科睡 眠呼吸暂停是常见疾病，其主要由增大的扁桃体和腺样体在睡眠期间在上呼吸道的开口上 撞击引起。导致在之后进展为阻塞性睡眠呼吸暂停的儿童中扁桃体和腺样体增殖和增大的 机制仍是未知的。扁桃体腺样体肥大是儿童OSA的主要病理生理学因素（Arens等人，2003 ; Katz和D'Ambrosio, 2008)。然而，对良性滤泡性淋己增殖、肥大、和增生的调节的潜在机制 理解得差，严重限制了预测有风险进展成扁桃体腺样体增大和OSA的儿童。一些流行病学 研究已经证明如吸烟环境、过敏和并发的呼吸系统感染的因素与打韩儿童的上呼吸道中淋 己结样组织的暂时性或持续性肥大有关化aditis等人，2004Jeculescu等人，1992;Ersu 等人，2004)。令人关注地，运些风险因素全部都设及炎症反应的产生，运表明炎症反应会促 进到淋己结样组织的增殖信号的发生和维持。
[0006] 用于OSA的金标准诊断方法是整夜睡眠研究或多导睡眠图。尽管该方法是可靠 的，但该方法具有与其在临床环境中的执行有关的问题。实际上，多导睡眠图是劳动密集型 的、不方便且昂贵，运导致长的等待时间和不必要的诊断与治疗的推迟。因此，需要全新的 诊断策略。
【发明内容】
[0007] 实施方案设及提供用于解决OSA的诊断应用的组合物和方法。
[0008] 在一些方面，实施方案提供用于识别患有阻塞性睡眠呼吸暂停（OSA)的对象的方 法，其包括测量来自对象的生物样品的由表1中所列出一种或更多种基因编码的一种或更 多种蛋白质的表达水平，和基于一种或更多种蛋白质的表达水平识别患有OSA的对象。在 一些实施方案中，方法包括将一种或更多种蛋白质的表达水平与对照或参考水平进行比 较。在一些实施方案中，与对照或参考水平相比一种或更多种蛋白质的升高的表达水平表 明对象可能患有0SA。在一些实施方案中，与对照或参考水平相比一种或更多种蛋白质的较 低的表达水平表明对象可能患有OSA。对照可W是任何合适的标准物。在一些实施方案中， 对照是来自已知未患有OSA的对象的对照样品中的一种或更多种蛋白质的表达水平。在一 些实施方案中，相对于样品中相应标准蛋白质的表达水平对一种或更多种蛋白质的表达水 平进行标准化。在一些实施方案中，标准蛋白质是由表1中所列出一种或更多种基因编码 的蛋白质。
[0009] 在一些实施方案中，测试至少2、3、4、5、6、7、8、9或10种蛋白质的表达水平。在一 些实施方案中，一种或更多种蛋白质是由表1中所列出基因编码的。在一些实施方案中，一 种或更多种蛋白质是由选自CD14、CTSB、HPX、DPP4、TTR、DEFB11皿D1、FABP3、CP和AZGP1的 基因编码的。在一些实施方案中，一种或更多种蛋白质是由选自HPX、DPP4、CP和AZGPl的 一种或更多种基因编码的。
[0010] 在一些实施方案中，方法还包括从对象获得生物样品。样品可W是任何合适的样 品。在一些实施方案中，样品是尿样品。在一些实施方案中，相应标准蛋白质是尿肌酸酢。 在一些实施方案中，可W在一天的特定时间收集样品。在一些实施方案中，在晨间收集样 品，运是指在中午12点之前收集。在一些实施方案中，在醒来的1或2小时内收集样品。在 一些实施方案中，在晚上收集样品。在一些实施方案中，在晚上收集样品，运是指在对对象 而言在下午4点之后收集。在其他实施方案中，在对象已经醒来至少8小时或至少12小时 后收集样品。在一些实施方案中，在对象已经醒来小于1小时后收集样品。在一些实施方 案中，对象疑似患有0SA。
[0011] 在一些实施方案中，对象为男性。在一些实施方案中，对照是对照男性中一种或更 多种蛋白质的表达水平。在一些实施方案中，已知对照男性患有0SA。在一些实施方案中， 已知对照男性未患有0SA。在一些实施方案中，对象为女性。在一些实施方案中，对照是对 照女性中一种或更多种蛋白质的表达水平。在一些实施方案中，已知对照女性患有0SA。在 一些实施方案中，已知对照女性未患有0SA。
[0012] 在一些实施方案中，方法还包括使用计算机算法来评价所测量的选自表1的一种 或更多种基因的表达水平。在一些实施方案中，方法还包括确定对象患有OSA的风险评分。 在一些实施方案中，方法还包括测量RNA转录物的表达水平。在一些实施方案中，使用与 RNA转录物互补的DNA来测量RNA转录物的表达水平。在一些实施方案中，使用扩增或杂交 分析来测量RNA转录物的表达水平。在一些实施方案中，测量蛋白质的表达水平。在一些 实施方案中，使用一种或更多种结合多肤来测量蛋白质的表达水平。在一些实施方案中，一 种或更多种结合多肤是抗体。
[0013] 在一些实施方案中，方法还包括对对象进行睡眠研究。在一些实施方案中，睡眠研 究包括W下的一种或更多种：使用多导睡眠图（PSG)，进行多次睡眠潜伏期试验（MSLT)，或 进行清醒度维持测试（MWT)。在一些实施方案中，睡眠研究包括测量对象睡眠时的一种或 更多种生理特征。在一些实施方案中，生理特征包括W下的一种或更多种：脑活动、屯、率、屯、 律、血压、呼气中呼出的二氧化碳、和血含氧量。在一些实施方案中，睡眠研究包括使用活动 记录器。在一些实施方案中，在测量对象中的表达水平之后进行睡眠研究。
[0014] 在一些实施方案中，实施方案提供用于确定对象是否患有阻塞性睡眠呼吸暂停 (OSA)的方法，其包括分析来自对象的生物样品的由表1中所列出基因编码的一种或更多 种蛋白质的表达水平，和计算生物样品的风险评分，所述风险评分指示对象患有OSA的可 能性。在一些实施方案中，计算风险评分包括使用计算机和算法。在一些实施方案中，计算 风险评分包括对表达水平中的每一个应用模型系数。在一些实施方案中，方法还包括识别 具有指示50%可能性或更大可能性患有OSA的风险评分的患者。在具体的实施方案中，计 算风险评分设及在计算机上使用或运行计算机算法或程序。在其他实施方案中，报道了风 险评分。在其他实施方案中，对象被识别为具有指示患有OSA的风险评分。
[0015] 在一些方面，本发明提供用于确定男性对象是否患有阻塞性睡眠呼吸暂停（OSA) 的方法，其包括测量来自对象的生物样品的由表1中所列出基因编码的一种或更多种蛋白 质的表达水平，和基于一种或更多种蛋白质的表达水平评估对象是否患有0SA。在一些实施 方案中，一种或更多种蛋白质是由选自DPP4、HK(和CP的基因编码的。在一些实施方案中， 方法还包括从对象获得生物样品。样品可W是任何合适的样品。在一些实施方案中，样品 是尿样品。在一些实施方案中，相应标准蛋白质是尿肌酸酢。在一些实施方案中，可W在一 天的特定时间收集样品。在一些实施方案中，在晨间收集样品，运是指在中午12点之前收 集。在一些实施方案中，在醒来的1或2小时内收集样品。在一些实施方案中，在晚上收集 样品。在一些实施方案中，在晚上收集样品，运是指在对对象而言在下午4点之后收集。在 其他实施方案中，在对象已经醒来至少8小时或至少12小时后收集样品。在一些实施方案 中，在对象已经醒来小于1小时后收集样品。在一些实施方案中，对象疑似患有0SA。在一 些实施方案中，与对照相比一种或更多种蛋白质的较低的表达水平表明对象可能患有0SA。 在一些实施方案中，对照是对照男性中一种或更多种蛋白质的表达水平。在一些实施方案 中，已知对照男性患有0SA。在一些实施方案中，已知对照男性未患有0SA。在一些实施方 案中，对照是对照女性中一种或更多种蛋白质的表达水平。
[0016] 在一些方面，实施方案提供用于确定女性对象是否患有阻塞性睡眠呼吸暂停 (OSA)的方法，其包括确定来自对象的生物样品的由表1中所列出基因编码的一种或更多 种蛋白质的表达水平，和基于一种或更多种蛋白质的表达水平评估对象是否患有0SA。在一 些实施方案中，一种或更多种蛋白质是由AZGPl编码的。在一些实施方案中，方法还包括从 对象获得生物样品。样品可W是任何合适的样品。在一些实施方案中，样品是尿样品。在 一些实施方案中，相应标准蛋白质是尿肌酸酢。在一些实施方案中，可W在一天的特定时间 收集样品。在一些实施方案中，在晨间收集样品，运是指在中午12点之前收集。在一些实 施方案中，在醒来的1或2小时内收集样品。在一些实施方案中，在晚上收集样品。在一些 实施方案中，在晚上收集样品，运是指在对对象而言在下午4点之后收集。在其他实施方案 中，在对象已经醒来至少8小时或至少12小时后收集样品。在一些实施方案中，在对象已经 醒来小于1小时后收集样品。在一些实施方案中，对象疑似患有0SA。在一些实施方案中， 与对照相比一种或更多种蛋白质的升高的表达水平表明对象可能患有0SA。在一些实施方 案中，对照是对照女性中一种或更多种蛋白质的表达水平。在一些实施方案中，已知对照女 性患有0SA。在一些实施方案中，已知对照女性未患有0SA。在一些实施方案中，对照是对 照男性中一种或更多种蛋白质的表达水平。
[0017] 在一些方面，实施方案提供用于评估对象的阻塞性睡眠呼吸暂停的方法，其包括 在基于测量从对象获得的尿样品中表1所列出一种或更多种基因的表达水平确定对象患 有睡眠呼吸暂停后对对象进行睡眠研究。在一些实施方案中，睡眠研究包括W下的一种或 更多种：使用多导睡眠图（PSG)，进行多次睡眠潜伏期试验（MSLT)，或进行清醒度维持测试 (MWT)。在一些实施方案中，睡眠研究包括测量对象睡眠时的一种或更多种生理特征。在一 些实施方案中，生理特征包括W下的一种或更多种：脑活动、屯、率、屯、律、血压、呼气中呼出 的二氧化碳、和血含氧量。在一些实施方案中，睡眠研究包括使用活动记录器。
[0018] 在一些方面，提供用于识别患有高危型阻塞性睡眠呼吸暂停（OSA)的对象的方 法，其包括a)测量来自对象的生物样品的表1或表2中所列出一种或更多种基因的一种或 更多种产物的表达水平，和b)基于一种或更多种产物的表达水平识别患有高危型OSA的对 象。在一些方面，提供用于识别有风险患有高危型阻塞性睡眠呼吸暂停（OSA)的对象的方 法，其包括a)测量来自对象的生物样品的表1或表2中所列出一种或更多种基因的一种或 更多种产物的表达水平，和b)基于一种或更多种产物的表达水平识别有风险患有高危型 OSA的对象。高危型OSA应理解为与W下有关的OSA:神经认知损伤，如记忆损伤、陈述性记 忆缺陷、学习延迟、和学业表现的问题；情绪相关的病症，如抑郁症；行为问题，如AD皿、攻 击行为、注意迟纯、易冲动和过度嗜睡；屯、血管危险，包括高血压、动脉粥样硬化、肺动脉高 血压和左屯、室功能障碍；代谢障碍，如血脂异常和膜岛素抗性。在一些方面，提供用于识别 有增加的风险患有W下疾病的对象的方法：神经认知损伤，如记忆损伤、陈述性记忆缺陷、 学习延迟、和学业表现的问题；情绪相关的疾病，如抑郁症；行为问题，如AD皿、攻击行为、 注意迟纯、易冲动和过度嗜睡；屯、血管危险，包括高血压、动脉粥样硬化、肺动脉高血压、左 屯、室功能障碍；代谢障碍；如血脂异常和膜岛素抗性，所述方法包括a)测量来自对象的生 物样品的表1或表2中所列出一种或更多种基因的一种或更多种产物的表达水平，和b)基 于一种或更多种产物的表达水平识别有增加的风险患有W下疾病的对象：神经认知损伤， 如记忆损伤、陈述性记忆缺陷、学习延迟、和学业表现的问题；情绪相关的疾病，如抑郁症； 行为问题，如AD皿、攻击行为、注意迟纯、易冲动和过度嗜睡；屯、血管危险，包括高血压、动 脉粥样硬化、肺动脉高血压、左屯、室功能障碍；代谢障碍，如血脂异常和膜岛素抗性。
[0019] 在一些实施方案中，将一种或更多种产物的表达水平与对照或参考水平进行比 较。对照或参考水平可W是任何合适的水平。在一些实施方案中，与对照或参考水平相比 一种或更多种产物的升高的表达水平表明对象可能患有具有陈述性记忆缺陷的0SA。在一 些实施方案中，与对照或参考水平相比一种或更多种产物的较低的表达水平表明对象可能 患有具有陈述性记忆缺陷的0SA。在一些实施方案中，对照是来自已知未患有OSA的对象的 对照样品中一种或更多种产物的表达水平。在一些实施方案中，对照是来自已知患有OSA 的对象的对照样品中一种或更多种产物的表达水平。在一些实施方案中，相对于样品中相 应标准产物的表达水平对一种或更多种产物的表达水平进行标准化。
[0020] 在一些实施方案中，测试至少2、3、4、5、6、7、8、9或10种蛋白质的表达水平。在一 些实施方案中，一种或更多种蛋白质是由表1或表2中所列出基因编码的。在一些实施方案 中，一种或更多种产物是由选自W下的基因编码的一种或更多种蛋白质：RNASEl、C0L12A1、 RNA沈2、CD59、FNl、AMBP、FBNl、PIK3IPl、CDHl、CD肥、PLG、SLURPl、FNIcDNAHJ53292、TNC、 Cl化、A1BG、PGLYRP2、OSCAR、AZGPl、CEL、CFI、CILP2、VASN、PLAU、沈RPINAl、CD14、LRP2、 CLU、FGA、NIDI、AP孤、SERPING1、CADM4、CP、IGHA1、PGLYRP1、R0B04、沈RPINA5、MASP2、HPX、 IGHV4-31、IGHGl、MXRA8、AMY1C、AMY1A、AMY1B、AMY2A、C0L6A1、EGF、PR0CR、PIGR、ITIH4、 CUBN、LMAN2、TF和KNGl。在一些实施方案中，一种或更多种产物是由选自W下的一种或更 多种基因编码的一种或更多种蛋白质：KNG1、PIGR、PR0CR、HPX、CP、RNAW1、C0L12A1、CD59、 APOH和CTBS。在一些实施方案中，一种或更多种产物是由选Hra和CP的一种或更多种基 因编码的一种或更多种蛋白质。
[0021] 在一些实施方案中，方法还包括从对象获得生物样品。样品可W是任何合适的样 品。在一些实施方案中，样品是尿样品。在一些实施方案中，相应标准蛋白质是尿肌酸酢。 在一些实施方案中，可W在一天的特定时间收集样品。在一些实施方案中，在晨间收集样 品，运是指在中午12点之前收集。在一些实施方案中，在醒来的1或2小时内收集样品。在 一些实施方案中，在晚上收集样品。在一些实施方案中，在晚上收集样品，运是指在对对象 而言在下午4点之后收集。在其他实施方案中，在对象已经醒来至少8小时或至少12小时 后收集样品。在一些实施方案中，在对象已经醒来小于1小时后收集样品。在一些实施方 案中，对象疑似患有0SA。
[0022] 在一些实施方案中，已知对象患有0SA。在一些实施方案中，方法还包括通过实施 调查问卷来确定作为用于本文所公开方法的评价的候选者的对象。在一些实施方案中，方 法还包括使用计算机算法来评价所测量的选自表1或表2的一种或更多种基因的表达水 平。在一些实施方案中，方法还包括确定对象患有具有陈述性记忆缺陷的OSA的风险评分。 在一些实施方案中，测量RNA转录物的表达水平。在一些实施方案中，使用与RNA转录物互 补的DNA来测量RNA转录物的表达水平。在一些实施方案中，使用扩增或杂交分析来测量 RNA转录物的表达水平。在一些实施方案中，测量蛋白质的表达水平。在一些实施方案中， 使用一种或更多种结合多肤来测量蛋白质的表达水平。在一些实施方案中，一种或更多种 结合多肤是抗体。在一些实施方案中，方法还包括治疗确定患有高危型OSA的对象。在一 些实施方案中，治疗对象包括用皮质类固醇、白=締括抗剂、局部鼻腔类固醇、鼻内类固醇 和/或孟鲁司特（montelukast)的药物治疗，腺样体和扁桃体的手术去除，应用气道正压通 气治疗（PAP)，或应用口腔装置。
[0023] 在一些方面，提供用于确定对象是否患有具有陈述性记忆缺陷的阻塞性睡眠呼吸 暂停（OSA)的方法，其包括a)分析来自对象的生物样品的由表1或表2中所列出基因编码 的一种或更多种蛋白质的表达