用于检测jc多瘤病毒的方法

用于检测jc多瘤病毒的方法
【专利摘要】本发明涉及用于检测JC多瘤病毒的方法。本发明的方面涉及用于确定受试者是否处于发生PML的风险中的方法和组合物，包括用免疫抑制剂治疗受试者。本发明提供了通过确定受试者是否含有具有相对于正常JCV减弱的对唾液酸的结合的JCV变体来确定所述受试者是否对PML易感。本发明的方面还提供了JCV-VP1序列变异的组合，其与PML相关并且可用作用于鉴定响应免疫抑制治疗的对PML易感的受试者、患有PML的受试者(例如，早期PML)或处于发生PML的风险中的受试者的测定法的基础。本发明还提供了用于鉴定候选治疗剂和评估PML的治疗方案的测定法。
【专利说明】用于检测JC多瘤病毒的方法
[0001] 本申请是申请日为2010年2月5日、申请号为"201080014394. 6"、发明名称 为"用于检测JC多瘤病毒的方法"的中国专利申请的分案申请，原申请是国际申请PCT/ US2010/000342的中国国家阶段申请。
[0002] 相关申请
[0003] 本申请根据35U. S. C. § 119(e)要求2009年2月5日提交的标题为"Methods for the Detection of JC Polyoma Virus"的第61/150, 310号美国临时申请的利益,所述申请 的公开内容通过引用整体并入本文。

【技术领域】
[0004] 本发明涉及检测人JC多瘤病毒、诊断进行性多灶性白质脑病（PML)和开发用于 PML的治疗剂的方法。

【背景技术】
[0005] 人的JC多瘤病毒（JCV)感染可引发中枢神经系统的脱髓鞘病，进行性多灶性白质 脑病（PML)。然而，JCV感染通常在健康受试者中不导致PML。JCV感染在许多人群中流行 而不引发广泛的PML。PML通常只在JCV感染的受试者（所述受试者也具有衰弱的免疫系 统）中发展。因疾病或免疫抑制疗法而引起免疫受损的受试者可易受与JCV感染相关的 PML伤害。


【发明内容】

[0006] 本发明的方面涉及用于确定受试者对PML是否易感的方法和组合物。具体地，本 发明提供了用于确定当受试者的免疫系统受损或被抑制时，受试者是否处于发展PML的风 险中的方法和组合物。例如，本发明的方面涉及通过测定受试者发生由JCV感染引发的发 展PML的风险特征来确定受试者是否适合利用免疫抑制试剂的初始或连续治疗。
[0007] 将人基因组在个体的生命期中与许多病毒接触，所述基因可获得许多病毒。这样 的病毒的一个实例是JC多瘤病毒（JCV)。JC病毒感染在人中是十分普遍的。JCV的原发感 染在儿童期中无症状地发生（Padgett&Walker，1973)。随后JCV通过身体散播，可能通过病 毒血症散播（Ikegaya等人，2004)。JCV据认为主要存留在脑和肾组织中。虽然JCV引发 的感染在大多数受试者中是无症状的，但感染在一些受试者中可导致严重的病症（如PML) 和甚至死亡。对PML最易感的受试者是免疫受损的受试者（例如,AIDS患者）或正在经历 使用免疫抑制剂（例如在器官移植后或为了治疗炎症相关病症例如多发性硬化）的治疗的 受试者。本发明提供了 JCV变体，鉴定了一实验对象组变体（包括与增加的PML风险相关 的新型变体），以及提供了涉及JCV变体与PML之间的结构和功能联系的发现的方法。
[0008]"野生型"JCV序列在本文中用于指在未患有PML和/或未处于发生PML的风险中 的健康受试者中发现的任何原始型JCV的序列。在某些实施方案中，共有"野生型"参照序 列可以是在一组健康个体中发现的平均序列。高病毒流行与PML的低发病率之间的矛盾 暗示除了免疫功能障碍外，还可能存在一些调节从无症状感染至PML的进展的独特病毒特 征。在某些实施方案中，本发明的方面涉及发现：负责病毒与细胞受体相互作用和宿主细胞 感染的病毒表面蛋白质的部分在患者中在从肾（无症状感染的部位）至CNS (PML的部位） 的路径的某个地方获得特定氨基酸突变。此外，在某些实施方案中，PML特异性突变改变了 病毒衣壳结合不同唾液酸和多种周围细胞类型的能力但保持结合CNS胶质细胞的能力。
[0009] 基于公布的来自PML和非PML患者的VPl序列的数学分析，提供了 PML过程中的 特定氨基酸变体的阳性选择。然而，由于公共可获得的PML序列获自PML患者的CSF或脑 组织而非PML序列获自健康受试者的尿，因此仅基于Genebank样本的分析不能明确无误地 证明此类氨基酸变体是通过病毒在患者中突变产生的还是代表存在于所有JCV分化枝中 并且因更可能引发PML而在PML案例中富集（例如，被阳性选择）的一种或多种罕见病毒 变体。根据本发明的方面，VPl置换存在于患者中并且可导致PML。这得到在相同时间点上 采集的相同患者的匹配的尿-CSF和尿-血浆样本的分析的支持。来自PML患者的CSF和 血浆VPl序列相对于从相同患者的尿分离的VPl序列包含单个氨基酸置换或数个氨基酸的 缺失。如本文中所显示的，相同个体的CSF、血浆和尿中发现的JC病毒类型是相同的病毒 株系，然而不同的患者具有不同的株系。因此，但不希望受理论束缚，VPl氨基酸置换在CSF 中但非尿中的存在是因突变在患者中出现而非因使用两种不同病毒变体的双重感染所致。
[0010] 先前描述了一些在PML患者的CSF和血浆中检测到的氨基酸置换。然而，未曾使 此类置换与增加的PML风险直接关联并且未曾使它们的结构和功能性质与PML发展和进展 的方面联系起来。本文中还提供了与PML相关的另外的JCV VPl突变和/或缺失。
[0011] 根据本发明的方面，VPI蛋白中的置换可能对于测定早期疾病进展（例如，通过使 病毒能够从周围迁移至CNS并且感染CNS细胞）而非测定不同临床背景中的不同结果更重 要。然而，在某些实施方案中，存在于VPl中的突变的类型与某些临床测量之间可能存在关 联。例如，在具有非突变病毒或在位点122-134上携带突变/缺失的病毒的患者中观察到 更低的JCV CSF复制水平。还可能由于突变影响病毒与细胞受体的相互作用的强度，从而 病毒从死亡细胞的释放也可因紧密结合此类受体的病毒而受到阻碍。因此，可发现具有更 弱的细胞结合亲合力的病毒被更大量地释放进入细胞外隙。这与这样的观察相一致，即位 点55-61和265-271上的突变体相对于非突变病毒丧失了它们结合唾液酸受体的能力，从 而可能具有从细胞碎片分离（在病毒杀死宿主细胞后）并且到达CSF的更好的能力。
[0012] 因此，即使受试者可被几种不同形式的JCV(例如，在不同的组织或器官中利用不 同变体）同时感染，PML相关突变仍然更可能由已被野生型JCV感染的个体中存在的JCV病 毒群体产生。
[0013] 本发明的方面至少部分基于发现：JCV衣壳蛋白中某些类型的突变与JCV感染的 无症状形式至JCV的PML相关形式的转化相关。根据本发明的方面，不限定于任何特定的机 制，破坏JCV颗粒结合或与唾液酸相互作用的能力的突变可导致病毒不再限制于受试者的 周围隔室中并且导致病毒获得至CNS(PML疾病的位置）的自由通道。在某些实施方案中， 此类突变允许病毒通过避开在周围器官和细胞（包括但不限于免疫细胞和红细胞）中表达 的某些糖蛋白和糖脂假受体上的"捕获"来实现该转变。此外，由于此类位点的一些位点是 正常宿主免疫应答（抗体和T细胞）上的靶，因此此类突变可允许病毒避开免疫系统的识 另 1J，特别地在具有减弱的免疫系统的受试者中。
[0014] 本发明的方面提供了用于评估受试者的PML的风险特征的方法和组合物。
[0015] 在某些实施方案中，本发明的方面涉及确定受试者是否已暴露于JCV变体引发的 感染。在某些方面中，野生型JCV变体引发的感染可增强PML的风险特征，因为PML相关突 变可由野生型JCV产生，即使这些突变可以是罕见事件。因此，在某些实施方案中，可测试 受试者的JCV感染的一个或多个标记的存在（例如，病毒蛋白质或核酸的检测，或间接地通 过针对JCV感染的免疫应答（例如以针对JCV病毒蛋白的血清抗体的形式）的检测）。应 当理解可评估任何JCV感染（例如，野生型或变体）的标记。如果受试者已暴露于JCV感 染，那么可将受试者鉴定为比非感染受试者具有更高的风险特征。因此，可评估JCV感染的 受试者的特定JCV突变或可比非感染受试者更频率地监控JCV感染的受试者，所述JCV感 染的受试者正在接受免疫抑制剂的治疗。
[0016] 在某些实施方案中，对正在利用免疫抑制剂治疗（或将要用免疫抑制剂开始治 疗）的受试者测试JCV感染的一个或多个标记。如果检测到JCV感染的一个或多个标记， 那么可评估受试者的如本文中描述的与PML相关的一个或多个JCV变体的存在。如果未检 测到JCV的标记，可随时间的过去例如每4周1次、每月1次、每3个月1次、每6个月1次 或每12个月1次监控受试者的JCV感染的任何标记的存在。如果检测到JCV感染，则进一 步评估受试者的一个或多个JCV变体的存在。如果检测到与增加的PML风险相关的JCV变 体，那么可进一步监控受试者以检测PML的任何早期体征和/或可如本文中更详细描述的 改变治疗方案。
[0017] 在一个方面中，本发明提供了包括检查来自受试者的生物样本的变体JCV VPl衣 壳蛋白（所述蛋白包含氨基酸残基122的置换）的至少一个标记的方法，并且其中如果样 本包含至少一个标记，那么所述受试者被确定为具有增加的对PML的易感性。
[0018] 在一个方面中，本发明提供了包括检查来自受试者的生物样本的变体JCV VPl衣 壳蛋白（所述蛋白包含氨基酸残基2的置换）的至少一个标记的方法，并且其中如果样本 包含至少一个标记，那么所述受试者被确定为具有增加的对PML的易感性。
[0019] 在一个方面中，本发明提供了包括检查来自受试者的生物样本的变体JCV VPl衣 壳蛋白（所述蛋白包含氨基酸残基66的置换）的至少一个标记的方法，并且其中如果样本 包含至少一个标记，那么所述受试者被确定为具有增加的对PML的易感性。
[0020] 在一个方面中，本发明提供了包括检查来自受试者的生物样本的变体JCV VPl衣 壳蛋白（所述蛋白包含氨基酸残基283的置换）的至少一个标记的方法，并且其中如果样 本包含至少一个标记，那么所述受试者被确定为具有增加的对PML的易感性。
[0021] 在某些实施方案中，所述方法还包括检查生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白（所 述蛋白包含氨基酸残基2和66的至少一个的置换）的至少一个标记的方法。在某些实施 方案中，所述方法还包括检查生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白（所述蛋白包含氨基酸残 基122和66的至少一个的置换）的至少一个标记。在某些实施方案中，所述方法还包括检 查生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白（所述蛋白包含氨基酸残基2和122的至少一个的置 换）的至少一个标记。在某些实施方案中，使用能够检测各个变体JCV VPl衣壳蛋白（所 述蛋白具有氨基酸残基2、66和122的至少一个的置换）的至少一个标记的测定法检查样 本，并且其中如果样本包含变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个的至少一个标记，那么所述受 试者被确定为具有增加的对PML的易感性。在某些实施方案中，使用够检测各个变体JCV VPl衣壳蛋白（所述蛋白具有氨基酸残基2、66、122和283的至少一个的置换）的至少一个 标记的测定法检查样本,并且其中如果样本包含变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个的至少 一个标记，那么所述受试者被确定为具有增加的对PML的易感性。
[0022] 在某些实施方案中，所述方法还包括检查生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白（所 述衣壳蛋白包含氨基酸片段50-51的缺失）的至少一个标记。在某些实施方案中，所述方 法还包括检查生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白（所述衣壳蛋白包含氨基酸片段54-55的 缺失）的至少一个标记。在某些实施方案中，所述方法还包括检查生物样本的变体JCV VPl 衣壳蛋白（所述衣壳蛋白包含氨基酸片段123-125的缺失）的至少一个标记。在某些实施 方案中，所述方法还包括检查生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白（所述衣壳蛋白包含氨基 酸片段125-134的缺失）的至少一个标记。在某些实施方案中，所述方法还包括检查生物 样本的变体JCV VPl衣壳蛋白（所述衣壳蛋白包含氨基酸片段125-136的缺失）的至少一 个标记。
[0023]在某些实施方案中，所述方法还包括检查生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白（所 述衣壳蛋白包含氨基酸片段50-5U54-55和123-125中的一个或多个的缺失）的至少一个 标记。在某些实施方案中，使用能够检测各个变体JCV VPl衣壳蛋白（所述蛋白具有氨基 酸片段50-5U54-55和123-125的至少一个的缺失）的至少一个标记的测定法检查样本， 并且其中如果样本包含变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个的至少一个标记，那么所述受试 者被确定为具有增加的对PML的易感性。
[0024]在某些实施方案中，所述方法还包括检查生物样本的疑似具有低唾液酸结合的变 体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个标记。
[0025]在某些实施方案中，所述方法还包括检查生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白（所 述衣壳蛋白具有氨基酸残基55、60、265、267和269的至少一个的置换）的至少一个标记。 在某些实施方案中，使用能够检测各个变体JCV VPl衣壳蛋白（所述蛋白具有氨基酸残基 55、60、265、267和269的至少一个的置换）的至少一个标记的测定法检查样本，并且其中如 果样本包含变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个的至少一个标记，那么所述受试者被确定为 具有增加的对PML的易感性。
[0026]在某些实施方案中，生物样本是血液样本。在某些实施方案中，生物样本是CSF样 本。在某些实施方案中，生物样本是尿样本。
[0027]在某些实施方案中，已知受试者先前已被野生型JCV感染。在某些实施方案中，每 年检查来自受试者的新生物样本的至少一种变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个标记至少2 次。在某些实施方案中，每天1次、每周1次、每月1次、每2个月1次、每季1次、每年2次、 每年1次、每2年1次或每5年1次或以其之间的任意频率检查来自受试者的新生物样本 的至少一种变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个标记。
[0028]在某些实施方案中，将变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个（例如，2、3、4、5或更多 个）标记的检测用于将受试者鉴定为不适合于进行免疫抑制治疗。在某些实施方案中，将 变体JCV VPl衣壳蛋白的至少1个、至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至 少7个、至少8个、至少9个、至少10个或更多个标记的检测用于将受试者鉴定为不适合于 进行免疫抑制治疗。
[0029] 在某些实施方案中，变体JCV VPl衣壳蛋白的至少1个标记的检测用于为受试者 推荐免疫抑制疗法的改进。在某些实施方案中，将变体JCV VPl衣壳蛋白的至少1个、至少 2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个或 更多个标记的检测用于为受试者推荐免疫抑制疗法的改进。
[0030] 在某些实施方案中，变体JCV VPl衣壳蛋白的标记的不存在用于将受试者鉴定为 适合于进行免疫抑制治疗。
[0031] 在某些实施方案中，变体JCV VPl衣壳蛋白的标记的不存在用于将受试者鉴定为 适合于进行连续免疫抑制治疗。
[0032] 在某些实施方案中，检查生物样本的对变体JCV VPl衣壳蛋白特异的抗体的存在。
[0033] 在某些实施方案中，检查生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白的存在。
[0034] 在某些实施方案中，检查生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白的存在。
[0035] 在某些实施方案中，检查生物样本的编码变体JCV VPl衣壳蛋白的核酸序列的存 在。
[0036] 在某些实施方案中，使用基于ELISA的分析检查生物样本。
[0037] 因此，在某些实施方案中，可筛查受试者以确定他们是否处于发展PML的风险中。 在某些实施方案中，可筛查受试者以在疾病进展至严重临床病症之前检测早期PML。可通 过检查获自受试者的生物样本暴露于JCV的PML相关变体（例如经预测具有减弱的与唾液 酸的结合的JCV变体）的标记来测定所述受试者的PML风险或早期PML。本发明提供了与 PML风险和/或PML疾病进展相关的主要JC病毒衣壳蛋白（JCV-VPl)中的特定位点。在某 些实施方案中，基于受试者所暴露于的JC病毒的VPl蛋白的一个或多个所选择的位点上的 突变状态来测定受试者发生PML的风险特征。
[0038] 本发明的方面用于检测易感受试者（例如免疫受损的和/或正利用免疫抑制试剂 治疗的患者）的PML风险或早期疾病进展。
[0039] 因此，在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者对PML易感的方法。在某些实 施方案中，所述方法包括确定：如果受试者含有疑似具有低唾液酸结合特性（例如，亲合力 或亲和力）的JCV变体，则所述受试者对PML易感。
[0040] 在某些实施方案中，所述方法包括确定受试者是否含有疑似具有低唾液酸结合的 JCV变体，并且如果受试者含有所述JCV变体，则将所述受试者鉴定为对PML易感。在某些 实施方案中，所述方法包括测试受试者的疑似具有低唾液酸结合的JCV变体的存在，并且 如果检测到疑似具有低唾液酸结合的JCV变体的存在，则将所述受试者鉴定为对PML易感。
[0041] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者适合于进行免疫抑制治疗的方法。 在某些实施方案中，方法包括确定当受试者不含有疑似具有低唾液酸结合的JCV变体时， 受试者适合于进行免疫抑制治疗。在某些实施方案中，方法包括确定受试者是否含有疑似 具有低唾液酸结合的JCV变体，并且如果受试者不具有JCV变体，则将受试者鉴定为适合于 进行免疫抑制治疗，或如果受试者具有JCV变体，则将受试者鉴定为适合于进行免疫抑制 治疗。
[0042] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者不适合于进行免疫抑制治疗的方 法。在某些实施方案中，方法包括确定：如果受试者含有疑似具有低唾液酸结合的JCV变 体，则受试者不适合于进行免疫抑制治疗。
[0043] 在本文中提供的方法的某些实施方案中，确定包括测定来自受试者的生物样本的 疑似具有低唾液酸结合的JCV变体的标记。在本文中提供的方法的某些实施方案中，生物 样本是尿样本、血液样本、血楽、血清、粘膜拭子（mucosal swab)或CSF样本。本文中提供 的方法的某些实施方案中，标记是可特异性结合疑似具有低唾液酸结合的JCV变体的抗体 的存在。本文中提供的方法的某些实施方案中，标记是与疑似具有低唾液酸结合的JCV多 肽变体相关的核酸序列的存在，其中所述核酸序列不存在于野生型JCV中。
[0044] 在本文中提供的方法的某些实施方案中，测定包括将生物样本与JCV肽接触并且 评估样本的JCV变体或JCV肽变体的存在。在本文中提供的方法的某些实施方案中，测定 包括将生物样本与JCV肽接触并且评估样本的JCV抗体的存在。在本文中提供的方法的某 些实施方案中，测定包括对生物样本进行PCR反应并且评估样本的JCV核酸变体的存在。
[0045] 在本文中提供的方法的某些实施方案中，免疫抑制治疗包括施用免疫抑制药物。 在本文中提供的方法的某些实施方案中，免疫抑制治疗包括施用抗VLA4抗体。在本文中提 供的方法的某些实施方案中，免疫抑制药物是那他珠单抗。
[0046] 在本文中提供的方法的某些实施方案中，疑似具有低唾液酸结合的JCV变体是在 JCV唾液酸结合位点中包含一个或多个突变型JCV变体。在本文中提供的方法的某些实 施方案中，JCV唾液酸结合位点中的突变为L55F、K60M、K60E、K60N、N265D、N265T、S267F、 S267L、S269F、S269Y 或 S269C。
[0047] 在本文中提供的方法的某些实施方案中，JCV的低唾液酸结合低于WT JCV的唾液 酸结合。
[0048] 在本文中提供的方法的某些实施方案中，受试者需要利用免疫抑制药物的治疗或 受试者正在利用免疫抑制药物治疗。
[0049] 在一个方面中，本发明提供了包括从受试者获得生物样本，测定生物样本的疑似 具有低唾液酸结合的JCV变体的标记的方法，其中如果生物样本包含JCV变体的标记，那么 受试者被鉴定为对PML易感。
[0050] 在一个方面中，本发明提供了包括从受试者获得生物样本，测定生物样本的疑似 具有低唾液酸结合的JCV变体的标记的方法，其中i)如果生物样本不包含JCV变体的标 记，那么受试者被鉴定为适合进行免疫抑制治疗，ii)如果生物样本包含JCV变体的标记， 那么受试者被鉴定为不适合于进行免疫抑制治疗。
[0051] 在一个方面中，本发明提供了包括监控接受免疫免疫抑制治疗的受试者含有疑似 具有低唾液酸结合的JCV变体的方法。
[0052] 在一个方面中，本发明提供了包括监控接受免疫抑制治疗的受试者暴露于JCV的 体征以及如果检测到暴露于JCV的体征，则监控所述受试者的含有疑似具有低唾液酸结合 的JCV变体的方法。
[0053] 在本文中提供的方法的某些实施方案中，监控包括定期获得并分析来自受试者的 生物样本的JCV变体的标记。
[0054] 在一个方面中，本发明提供了包括从受试者获得生物样本，测定生物样本的JCV 的标记，其中如果生物样本包含JCV的标记，那么定期监控受试者的疑似具有低唾液酸结 合的JCV变体的存在，并且其中如果临床样本不包含JCV，那么定期监控的受试者的JCV暴 露。
[0055] 在一个方面中，本发明提供了确定是否应当改进用于给受试者施用免疫抑制试剂 的治疗方案的方法，所述方法包括从受试者获得生物样本，测定生物样本的疑似具有低唾 液酸结合的JCV变体的标记，其中如果生物样本具有JCV变体的标记，那么应当改进针对受 试者的治疗方案。
[0056] 在本文中提供的方法的某些实施方案中，应当通过施用更低剂量的免疫抑制试 齐U，用不同的免疫抑制试剂替换免疫抑制试剂或停止施用免疫抑制试剂来改进治疗方案。
[0057] 在一个方面中，本发明提供了包括给受试者施用第一免疫抑制药物以及监控受试 者是否含有疑似具有低唾液酸结合的JCV变体的方法。在本文中提供的方法的某些实施方 案中，如果受试者含有所述JCV变体，那么减少第一免疫抑制药物的施用剂量和/或频率。 在本文中提供的方法的某些实施方案中，如果受试者含有所述HCV变体，那么用第二免疫 抑制药物替换第一免疫抑制药物。在本文中提供的方法的某些实施方案中，如果受试者含 有所述JCV变体，那么筛查受试者的PML的症状。在本文中提供的方法的某些实施方案中， 如果受试者含有所述JCV变体，那么治疗受试者的PML。
[0058] 在一个方面中，本发明提供了检测疑似具有低唾液酸结合的JCV变体的方法，所 述方法包括使用对疑似具有低唾液酸结合的JCV变体的标记特异的高灵敏度测定法检查 来自受试者的生物样本。在本文中提供的方法的某些实施方案中，检查包括将生物样本与 可特异性结合JCV变体的抗体接触。在本文中提供的方法的某些实施方案中，检查包括将 生物样本与JCV变体多肽接触。
[0059] 在本文中提供的方法的某些实施方案中，检查包括将生物样本与JCV变体核酸接 触。
[0060] 本发明的方面包括JCV-VPl氨基酸位点的实验对象组，所述氨基酸位点上的序列 变异与PML风险和/或疾病进展相关。提供了用于筛查受试者以鉴定已暴露于在实验对象 组中的一个或多个VP-I氨基酸位点上具有PML相关序列变异的变异JC病毒的个体的方法 和组合物。
[0061] 本发明的方面可用于诊断PML，或用于评估和/或监控受试者的PML疾病进展、消 退和/或状态。
[0062] 本发明的某些方面涉及评估PML的治疗性治疗。
[0063] 本发明的其它方面涉及针对PML相关JC病毒变体的疫苗。
[0064] 在一个方面中，本发明提供了确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑病 (PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括测定来自受试者的生物样本的暴露 于变异JC多瘤病毒的标记。在某些实施方案中，测定法检查选自表IA的位点69、74、75、 113、117、128、134、158、164、223、271、321、332 和 345 的至少一个 JCV-VPl 位点的序列变异 的存在，并且其中如果序列变异存在于一个或多个所检查的位点上，那么受试者被鉴定为 处于发生PML的风险中或患有PML。
[0065] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括测定来自受试者的生物样本的暴 露于变异JC多瘤病毒的标记。在某些实施方案中，测定法检查一个位点的序列变异的存 在。在某些实施方案中，所述位点是位点164。在某些实施方案中，如果序列变异存在于位 点164上，那么受试者被鉴定为处于发生PML的风险中或患有PML。
[0066] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括测定来自受试者的生物样本的暴 露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查选自表IA的位点的至少8个JCV-VPl位点 的序列变异的存在，并且其中如果序列变异存在于一个或多个所检查的位点上，那么受试 者被鉴定为处于发生PML的风险中或患有PML。
[0067] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括测定来自受试者的生物样本的暴 露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查选自表IA的位点的至少8个JCV-VPl位点 的序列变异的存在，其中序列变异是如下变异之一 ：55F、60M、60E、61L、66H、66N、69D、74S、 75R、113L、117S、123C、128A、134G、158L、164K、223A、265D、265T、267F、267L、269F、269Y、 271H、321V、332E或345K，并且其中如果序列变异存在于一个或多个所检查的位点上，那么 受试者被鉴定为处于发生PML的风险中或患有PML。
[0068] 在某些实施方案中，可检查表IA的超过8个位点。在某些实施方案中，检查9、10、 11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21 或 22 个位点。
[0069] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括测定来自受试者的生物样本的暴 露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查选自表IB的位点的至少5个JCV-VPl位点 的序列变异的存在，并且其中如果序列变异存在于一个或多个所检查的位点上，那么受试 者被鉴定为处于发生PML的风险中或患有PML。
[0070] 在某些实施方案中，可检查表IB的超过5个位点。在某些实施方案中，检查6或 7个位点。
[0071] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括测定来自受试者的生物样本暴露 于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查选自表IC的位点的至少4个JCV-VPl位点的 序列变异的存在，并且其中如果序列变异存在于一个或多个所检查的位点上，那么受试者 被鉴定为处于发生PML的风险中或患有PML。
[0072] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括测定来自受试者的生物样本的暴 露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查选自表ID的位点的至少2个JCV-VPl位点 的序列变异的存在，并且其中如果序列变异存在于一个或多个所检查的位点上，那么受试 者被鉴定为处于发生PML的风险中或患有PML。
[0073] 在某些实施方案中，可检查表ID的超过2个位点。在某些实施方案中，检查3、4 或5个位点。
[0074] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括测定来自受试者的生物样本的暴 露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查选自表IF的位点的至少2个JCV-VPl位点 的序列变异的存在，并且其中如果序列变异存在于一个或多个所检查的位点上，那么受试 者被鉴定为处于发生PML的风险中或患有PML。
[0075] 在某些实施方案中，可检查表IF的超过2个位点。在某些实施方案中，检查3或 4个位点。
[0076] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查选自表IG的位点的至少8个JCV-VPl位 点的序列变异的存在，并且其中如果序列变异存在于一个或多个所检查的位点上，那么所 述受试者被鉴定为处于发生PML的风险中或患有PML。
[0077] 在某些实施方案中，可检查表IG的超过8个位点。在某些实施方案中，检查9、10、 11、12、13、14 或 15 个位点。
[0078] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于对变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查选自表IH的位点的至少1个JCV-VPl位 点的序列变异的存在，并且其中如果序列变异存在于一个或多个所检查的位点上，那么所 述受试者被鉴定为处于发生PML的低风险中或不患有PML。在某些实施方案中，检查表IH 中的两个位点。
[0079] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查选自表IH的位点的至少1个JCV-VPl位 点的序列变异的存在，其中序列变异是下列115E或277K之一，并且其中如果序列变异存在 于一个或多个所检查的位点上，那么所述受试者被鉴定为处于发生PML的低风险中或不患 有 PML。
[0080] 在某些实施方案中，检查表IH中的2个位点。
[0081] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查JCV-VP1的所选择的区域中的位点的序列 变异的存在，并且其中如果少于所选择的序列变异的数目存在于所检查的位点上，那么所 述受试者被鉴定为处于发生PML的低风险中或不患有PML。
[0082] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查JCV-VPl的至少位点55-75和265-271的 序列变异的存在，并且其中如果少于2个序列变异存在于所检查的位点上，那么所述受试 者被鉴定为处于发生PML的低风险中或不患有PML。
[0083] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查JCV-VPl的至少位点55-75、113-164、223， 265-277和321-345的序列变异的存在，并且其中如果少于3个序列变异存在于所检查的位 点上，那么所述受试者被鉴定为处于发生PML的低风险中或不患有PML。
[0084] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查JCV-VPl的至少位点55-75、113-164、223、 265-277和321-345的序列变异的存在，并且其中如果少于2个序列变异存在于所检查的位 点上，那么所述受试者被鉴定为处于发生PML的低风险中或不患有PML。
[0085] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查位点164和选自表IA中的位点的至少一 个其它JCV-VPl位点的序列变异的存在，并且其中如果序列变异存在于一个或多个所检查 的位点上，那么所述受试者被鉴定为处于发生PML的风险中或患有PML。
[0086] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查位点164和选自表IA中的位点的至少一 个其它JCV-VPl位点的序列变异的存在，并且其中如果序列变异存在于2个或更多个所检 查的位点上，那么所述受试者被鉴定为处于发生PML的风险中或患有PML。
[0087] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查JCV-VPl的所选择的区域中的位点的序 列变异的存在，并且其中如果在所检查的位点上存在的具有特定特征的氨基酸的数目已增 力口，那么所述受试者被鉴定为处于发生PML的风险中或患有PML。在某些实施方案中，特定 特征是非极性的。
[0088] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查JCV-VPl的至少位点55-75和265-271 的序列变异的存在，并且其中如果在所检查的位点上存在的非极性氨基酸变体（Gly、Ala、 Val、Leu、Ile或Pro)或芳香族变体（Phe、Tyr或Trp)的总数已增加,那么所述受试者被鉴 定为处于发生PML的风险中或患有PML。
[0089] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查JCV-VPl的至少位点55-75、113-164、223、 265-277和321-345的序列变异的存在，并且其中如果在所检查的位点上存在的非极性氨 基酸变体或芳香族变体的总数已增加，那么所述受试者被鉴定为处于发生PML的风险中或 患有PML。
[0090] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查JCV-VPl的至少位点55-75和265-271的 序列变异的存在，并且其中如果所检查的位点上的一个或多个序列变异导致每序列变异10 平方埃或更大的非极性表面积的增加，那么所述受试者被鉴定为处于发生PML的风险中或 患有PML。
[0091] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查JCV-VPl的所选择的区域中的位点的序 列变异的存在，并且其中如果在所检查的位点上存在的具有特定特征的氨基酸的数目已减 少，那么所述受试者被鉴定为处于发生PML的低风险中或不患有PML。在某些实施方案中， 特定特征是极性的。
[0092] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查JCV-VPl的至少位点55-75和265-271的 序列变异的存在，并且其中如果在所检查的位点上存在的极性氨基酸变体（Ser、Thr、Cys、 Met、Asn或Gin)或带正电荷的变体（Lys、Arg或His)或带负电荷的变体（Asp或Glu)的 总数已减少，那么所述受试者被鉴定为处于发生PML的风险中或患有PML。
[0093] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的 暴露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查JCV-VPl的至少位点55-75、113-164、223、 265-277和321-345的序列变异的存在，并且其中如果在所检查的位点上的极性氨基酸变 体、带正电荷的变体或带负电荷的变体的总数已减少，那么所述受试者被鉴定为处于发生 PML的风险中或患有PML。
[0094] 在一个方面中，本发明用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑病 (PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括：测定来自受试者的生物样本的暴 露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查JCV-VPl的至少位点55-75和265-271的 序列变异的存在，并且其中如果所检查的位点上的一个或多个序列变异导致每序列变异10 平方埃或更大的极性表面积的减小，那么所述受试者被鉴定为处于发生PML的风险中或患 有 PML。
[0095] 在一个方面中，本发明提供了用于检查所选择的JCV-VPl位点的生物样本的序列 变异的方法。
[0096] 在某些实施方案中，检查所选择的JCV-VPl位点的序列变异包括确定一种或多种 特异性结合多肽的抗体存在于生物样本，所述多肽包含选自表IA或IH的实验对象组的一 个或多个氨基酸序列变异。在某些实施方案中，通过特异性结合重组产生的多肽来确定一 种或多种抗体的存在，所述多肽包含一个或多个氨基酸序列变异。在某些实施方案中，通过 与合成产生的多肽的特异性结合来确定一种或多种抗体的存在，所述多肽包含一个或多个 氨基酸序列变异。
[0097] 在某些实施方案中，检查所选择的JCV-VPl位点的序列变异包括确定一种或多种 多肽存在于生物样本中，所述多肽包含选自表IA或IH的一个或多个氨基酸序列变异。在 某些实施方案中，通过多肽对一种或多种肽结合试剂的特异性结合来检测一种或多种多肽 的存在。在某些实施方案中，肽结合试剂是抗体。
[0098] 在某些实施方案中，检查所选择的JCV-VPl位点的序列变异包括确定编码选自表 IA或IH的实验对象组的一个或多个氨基酸序列变异的核酸在生物样本中的存在。
[0099] 在某些实施方案中，在血液、脑脊髓液、血清、尿、痰、骨髓、脑、脾或肾或其它组织 的样本中检查所选择的JCV-VPl位点的序列变异。
[0100] 在某些实施方案中，用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑病（PML) 的风险中或患有所述疾病的方法，包括测定来自受试者的生物样本的暴露于变异JC多瘤 病毒的标记，其中暴露于变体JCV包括变体JCV引起的当前感染。
[0101] 在某些实施方案中，用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑病（PML) 的风险中或患有所述疾病的方法，包括测定来自受试者的生物样本的暴露于变异JC多瘤 病毒的标记，暴露于变体JCV包括先前感染，或在受试者的血液或尿中检测不出变体JCV。
[0102] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括测定来自受试者的生物样本的暴 露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查选自表IF的位点的至少2个JCV-VPl位点 的序列变异的存在，并且其中如果在所检查的序列的位点之一上不存在序列变异，那么受 试者被鉴定为处于发生PML的低风险中或不患有PML。
[0103] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑 病（PML)的风险中或患有所述疾病的方法，所述方法包括测定来自受试者的生物样本的暴 露于变异JC多瘤病毒的标记，其中测定法检查选自表IG的位点的至少2个JCV-VPl位点 的序列变异的存在，并且其中如果在所检查的序列的位点之一上不存在序列变异，那么受 试者被鉴定为处于发生PML的低风险中或不患有PML。
[0104] 在一个方面中，本发明提供了用于诊断受试者是否处于发生PML的风险中的试剂 盒。
[0105] 在某些实施方案中，用于诊断受试者是否处于发生PML的风险中的试剂盒包括一 个或多个容器，各容器装有包含选自表1A、表17和/或表18的实验对象组的一个或多个氨 基酸序列变异的多肽和/或本文中描述的一个或多个其它变体，并且所述试剂盒还包括使 用所述多肽确定特异性结合此类多肽的抗体的存在的说明书。
[0106] 在某些实施方案中，用于诊断受试者是否处于发生PML的风险中的试剂盒包括一 个或多个容器，各容器装有包含选自表IB的实验对象组的一个或多个氨基酸序列变异的 多肽，并且所述试剂盒还包括使用所述多肽确定特异性结合此类多肽的抗体的存在的说明 书。
[0107] 在某些实施方案中，用于诊断受试者是否处于发生PML的风险中的试剂盒包括一 个或多个容器，各容器装有包含选自表IC的实验对象组的一个或多个氨基酸序列变异的 多肽，并且所述试剂盒还包括使用所述多肽确定特异性结合此类多肽的抗体的存在的说明 书。
[0108] 在某些实施方案中，用于诊断受试者是否处于发生PML的风险中的试剂盒包括一 个或多个容器，各容器装有包含选自表ID的实验对象组的一个或多个氨基酸序列变异的 多肽，并且所述试剂盒还包括使用所述多肽确定特异性结合此类多肽的抗体的存在的说明 书。
[0109] 在某些实施方案中，用于诊断受试者是否处于发生PML的风险中的试剂盒包括一 个或多个容器，各容器装有包含选自表IF的实验对象组的一个或多个氨基酸序列变异的 多肽，并且所述试剂盒还包括使用所述多肽确定特异性结合此类多肽的抗体的存在的说明 书。
[0110] 在某些实施方案中，用于诊断受试者是否处于发生PML的风险中的试剂盒包括一 个或多个容器，各容器装有包含选自表IG的实验对象组的一个或多个氨基酸序列变异的 多肽，并且所述试剂盒还包括使用所述多肽确定特异性结合此类多肽的抗体的存在的说明 书。
[0111] 在某些实施方案中，用于诊断受试者是否处于发生PML的风险中的试剂盒包括一 个或多个容器，各容器装有包含选自表IH的实验对象组的一个或多个氨基酸序列变异的 多肽，并且所述试剂盒还包括使用所述多肽确定特异性结合此类多肽的抗体的存在的说明 书。
[0112] 在某些实施方案中，用于诊断受试者是否处于发生PML的风险中的试剂盒包括一 个或多个容器，各容器装有包含在位点164上的氨基酸序列变异的多肽，并且所述试剂盒 还包括使用所述多肽确定特异性结合此类多肽的抗体的存在的说明书。
[0113] 在一个方面中，本发明提供了用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法。
[0114] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的一个实施方案中，方法包 括测定获自受试者的第一生物样本中变体JCV-VPl中的氨基酸序列变异的数目，测定在比 获得第一样本更晚的时间从受试者获得的第二生物样本中变体JCV-VPl中的氨基酸序列 变异的数目，将第一样本中序列变异的数目与第二样本中序列变异的数目相比较，其中第 一样本中序列变异的数目比第二样本中序列变异的数目少表示PML在受试者中的发作或 进展，并且其中第一样本中序列变异的数目比第二样本中序列变异的数目多表示PML在受 试者中的消退。
[0115] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的一个实施方案中，序列变 异选自表IA的位点。
[0116] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的一个实施方案中，序列变 异选自表IB的位点。
[0117] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的一个实施方案中，序列变 异选自表IC的位点。
[0118] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的一个实施方案中，序列变 异选自表ID的位点。
[0119] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的一个实施方案中，序列变 异选自表IF的位点。
[0120] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的一个实施方案中，序列变 异选自表IG的位点。
[0121] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的某些实施方案中，通过将 变体JCV-VPl与野生型JCV-VPl相比较来确定序列变异。
[0122] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的一个实施方案中，所述方 法包括确定序列变异是否存在于获自受试者的第一生物样本中的变体JCV-VPl中的位点 164上，确定序列变异是否存在于在比获得第一样本更晚的时间从受试者获得的第二生物 样本中的变体JCV-VPl中的位点164上，其中第一样本中序列变异的不存在和第二样本中 序列变异的存在表示受试者的PML的发作或进展，并且其中第一样本中序列变异的存在和 第二样本中序列变异的不存在表示受试者的PML的消退。
[0123] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的某些实施方案中，所述方 法还包括通过在更晚的时间点上从受试者获得另外的样本、测定此类样本中JCV-VPl中的 氨基酸序列变异的数目、以及将此类样本中的序列变异的数目与一个或多个先前样本中的 序列变异的数目相比较，来另外监控受试者的PML的发作、进展或消退。
[0124] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的某些实施方案中，在受试 者进行利用免疫抑制剂的治疗的同时监控受试者。在某些实施方案中，免疫抑制剂为那他 珠单抗。
[0125] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的一个实施方案中，所述方 法包括测定获自受试者的第一生物样本中变体JCV-VPl的病毒载量，测定在比获得第一样 本更晚的时间从受试者获得的第二生物样本中变体JCV-VPl的病毒载量，将第一样本中的 病毒载量与第二样本中的病毒载量相比较，其中第一样本中的病毒载量比第二样本中的病 毒载量低表示受试者的PML的发作或进展，并且其中第一样本中的病毒载量比第二样本中 的病毒载量高表示受试者的PML的消退。
[0126] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的某些实施方案中，所述方 法包括测定变异JCV-VPl的病毒载量，所述变体JCV-VPl包含选自表IA的位点的一个或多 个序列变异。
[0127] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的某些实施方案中，所述方 法包括测定变异JCV-VPl的病毒载量，所述变体JCV-VPl包含选自表IB的位点的一个或多 个序列变异。
[0128] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的某些实施方案中，所述方 法包括测定变异JCV-VPl的病毒载量，所述变体JCV-VPl包含选自表IC的位点的一个或多 个序列变异。
[0129] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的某些实施方案中，所述方 法包括测定变异JCV-VPl的病毒载量，所述变体JCV-VPl包含选自表ID的位点的一个或多 个序列变异。
[0130] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的某些实施方案中，所述方 法包括测定变异JCV-VPl的病毒载量，所述变体JCV-VPl包含选自表IF的位点的一个或多 个序列变异。
[0131] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的某些实施方案中，所述方 法包括测定变异JCV-VPl的病毒载量，所述变体JCV-VPl包含选自表IG的位点的一个或多 个序列变异。
[0132] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的某些实施方案中，所述方 法包括测定变异JCV-VPl的病毒载量，所述变体JCV-VPl包含位点164上的序列变异。
[0133] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的某些实施方案中，将变异 JCV-VPl的病毒载量与野生型JCV-VPl的病毒载量相比较。
[0134] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的某些实施方案中，所述方 法包括测定变异JCV-VPl的病毒载量，所述方法还包括过通过在更晚的时间点上从受试者 获得另外的样本、测定此类样本中变体JCV-VPI的病毒载量、以及将此类样本的病毒载量 与一个或多个先前样本中的病毒载量相比较，来另外的监控受试者的PML的发作、进展或 消退。
[0135] 在用于确定受试者的PML的发作、进展或消退的方法的某些实施方案中，所述方 法包括测定变异JCV-VPl的病毒载量，在所述受试者进行利用免疫抑制剂的治疗的同时监 控受试者。在某些实施方案中，免疫抑制剂为那他珠单抗。
[0136] 在一个方面中，本发明提供了监控受试者的对PML的治疗的反应的方法。
[0137] 在用于监控受试者的对PML的治疗的反应的方法的某些实施方案中，所述方法包 括测定获自受试者的第一生物样本中的JCV-VPl的氨基酸序列变异的数目，给受试者施用 PML治疗，测定第二样本中的JCV-VPl的氨基酸序列变异的数目，其中在治疗后和在比第一 样本更晚的时间从受试者获得第二样本，并且将第一样本中氨基酸序列变异的数目与第二 样本中氨基酸序列变异的数目相比较，其中第二样本中氨基酸序列变异的数目与第一样本 中的少表示受试者对PML治疗起反应。
[0138] 在用于监控受试者的对PML的治疗的反应的方法的某些实施方案中，所述方法包 括测定获自受试者的第一生物样本中的JCV变体的病毒载量，给受试者施用PML治疗，测 定第二样本中JCV变体的病毒载量，其中在治疗后和在比第一样本更晚的时间获得第二样 本，并且将第一样本中的病毒载量与第二样本中的病毒载量相比较，其中第二样本中的病 毒载量与第一样本中的少表示受试者对PML治疗起反应。
[0139] 在一个方面中，本发明提供了用于选择患有或疑似患有PML的受试者的疗程的方 法。
[0140] 在用于选择患有或疑似患有PML的受试者的疗程的方法的某些实施方案中，所述 方法包括测定获自受试者的生物样本中的JCV-VPl的氨基酸序列变异的数目，将所述序列 变异的数目与序列变异的对照数目相比较，至少部分基于样本中序列变异的数目与序列变 异的对照数目相比较的差异确定PML的分期，以及选择适合于受试者的PML分期的用于受 试者的疗程。
[0141] 在用于选择患有或疑似患有PML的受试者的疗程的方法的某些实施方案中，所述 方法包括测定获自受试者的生物样本中JCV变体的病毒载量，将所述病毒载量与对照样本 中的病毒载量相比较，至少部分基于样本中的病毒载量与对照样本中的病毒载量相比较的 差异确定PML的分期，以及选择适合于受试者的PML分期的用于受试者的疗程。
[0142] 在一个方面中，本发明提供了用于决定或帮助决定中断利用一种或多种免疫抑制 剂对受试者的治疗的方法。
[0143] 在用于决定或帮助决定中断利用一种或多种免疫抑制剂对受试者的治疗的方法 的某些实施方案中，所述方法包括测定获自样本的生物样本中的JCV-VPl的氨基酸序列变 异的数目，将所述序列变异的数目与序列变异的参照数目相比较，至少部分基于样本中序 列变异的数目与序列变异的对照数目相比较的差异确定中断利用一种或多种免疫抑制剂 对受试者的治疗的决定。
[0144] 在用于决定或帮助决定中断利用一种或多种免疫抑制剂对受试者的治疗的方法 的某些实施方案中，所述方法包括测定获自受试者的生物样本中JCV变体的病毒载量，将 所述病毒载量与对照样本中的病毒载量相比较，至少部分基于样本中的病毒载量与对照样 本相比较的差异确定中断利用一种或多种免疫抑制剂对受试者的治疗的决定。
[0145] 在用于决定或帮助决定中断利用一种或多种免疫抑制剂对受试者的治疗的方法 的某些实施方案中，免疫抑制剂为那他珠单抗。
[0146] 在一个方面中，本发明提供了用于鉴定候选治疗化性合物的方法。
[0147] 在用于鉴定候选治疗化性合物的方法的某些实施方案中，所述方法包括将包含选 自表1A、表17和/或表18的实验对象组的一个或多个氨基酸序列变异的分离的多肽和/ 或本文中描述的一个或多个其它变体与化合物接触，以确定所述化合物是否结合所述分离 的多肽，其中如果化合物结合分离的多肽，那么所述化合物是修饰治疗性化合物。
[0148] 在一个方面中，本发明还提供了通过接触包含选自表1A、表17和/或表18的实验 对象组的一个或多个氨基酸序列变异的分离的多肽和/或本文中描述的一个或多个其它 变体而得以鉴定的候选治疗性化合物。
[0149] 在用于鉴定候选治疗化性合物的方法的某些实施方案中，所述方法包括测定获自 受试者的第一生物样本中的JCV-VPl的氨基酸序列变异的数目，施用化合物，测定在施用 化合物后的时间从受试者获得的第二样本中JCV-VPl的氨基酸序列变异的数目，其中如果 第二样本中JCV-VPl中的氨基酸序列变异的数目少于第一样本中的数目，那么所述化合物 是候选治疗性化合物。
[0150] 在一个方面中，本发明还提供了通过测定获自受试者的第一生物样本的JCV-VPl 中的氨基酸序列变异的数目，施用化合物，然后测定在施用化合物后的时间从受试者获得 的第二样本中JCV-VPl中的氨基酸序列变异的数目而得以鉴定的候选治疗性化合物。
[0151] 在用于鉴定候选治疗化性合物的方法的某些实施方案中，所述方法包括测定获自 受试者的第一生物样本中JCV变体的病毒载量，施用化合物，测定在施用化合物后的时间 从受试者获得的第二生物样本中JCV变体的病毒载量，其中如果第二样本中的病毒载量低 于第一样本，那么所述化合物是候选治疗性化合物。
[0152] 在一个方面中，本发明还提供了通过测定获自受试者的第一生物样本中JCV的病 毒载量，施用化合物，以及测定在施用化合物后的时间从受试者获得的第二样本中JCV变 体的病毒载量而得以鉴定的候选治疗性化合物。
[0153] 在一个方面中，本发明还提供了疫苗，所述疫苗包含在选自表1A、表17和/或表 18的位点的一个或多个JCV-VPl位点上具有序列变异的多肽和/或本文中描述的一个或多 个其它变体。在某些实施方案中，疫苗包含两种或更多种多肽，所述多肽在选自表IA中的 位点的一个或多个JCV-VPl位点上具有序列变异。在某些实施方案中，疫苗还包含佐剂。
[0154] 在一个方面中，本发明还提供了免疫受试者以抗PML的方法，所述方法包括施用 疫苗，所述疫苗包含在选自表1A、表17和/或表18中的位点的一个或多个JCV-VPl位点上 具有序列变异的一种或多种多肽和/或本文中描述的一种或多种其它变体。
[0155] 在一个方面中，本发明还提供了特异性结合多肽的分离的抗体，所述多肽在选自 表IA中的位点的一个或多个JCV-VPl位点上具有序列变异。在某些实施方案中，所述多肽 在选自表1A、表17和/或表18的位点的JCV-VPl位点上具有2、3、4、5或更多个序列变异 和/或具有本文中描述的一个或多个变体。在某些实施方案中，抗体是单克隆抗体。在某 些实施方案中，抗体是多克隆抗体。
[0156] 在某些实施方案中，抗体特异性结合包含至少一种含有本文中描述的序列变异的 VPl多肽的VPl颗粒。可使用本领域内已知的方法，通常通过表达包含本文中描述的变体 的重组VPl多肽来产生用于本发明的VPl颗粒。VPl颗粒包含至少2、4、10、20、30、40或50 个VPl多肽。在某些实施方案中，VPl颗粒只包含含有变体的VPl多肽。在其它实施方案 中，VPl颗粒是含有超过1种VPl多肽序列，例如超过1种变异多肽或至少一个变异多肽和 至少一种野生型多肽的异源颗粒。
[0157] 本发明还包括分离的核酸序列，所述核酸序列编码VPl多肽变体（例如，包含表 1A-1H、表17和/或表18中描述的一个或多个变体和/或本文中描述的一个或多个其它变 体）或这样的多肽的肽，所述多肽或肽包括VPl多肽的唾液酸结合区域。在某些情况下，本 发明包括有效地连接至异源表达对照序列的这样的分离的核酸序列。本发明还包括包含此 类核酸序列的瞬时或稳定转染的载体和宿主细胞。用于产生此类序列、载体和宿主细胞的 方法在本领域内是已知的。
[0158] 本发明的每一个限制可包括本发明的各种实施方案。因此，预期包括任何一个元 素或元素的组合的本发明的每一个限制可包含在本发明的每一个方面中。本发明不限定于 其至下列描述中所示的或附图中举例说明的成分的组织和排列的详细内容的应用。本发明 能够包括其它实施方案和能够以不同的方式实施或进行。此外，本文中使用的措辞和术语 是为了描述目的并且不应当被认为是限定的。本文中使用的"包括"、"包含"或"具有"、"含 有"、"包涵"和其变化形式意指包括下文中所列的项和其等同物以及另外的项。

【专利附图】

【附图说明】
[0159] 图1显示参照JCV-VPl序列与SV40C0A序列的比较；
[0160] 图2显示JCV-VPl的模型；
[0161] 图3显示VPl肽序列；
[0162] 图4显不PML相关病毒的系统发生分布；
[0163] 图 5 显示 JCV VPl/NeuNAc_(a 2,3)-Gal_(P l，3)-[(a 2,6)-NeuNAc]-Glc_NAc 四 糖复合物的结构模型；
[0164] 图6显示病毒样颗粒的质量；
[0165] 图7显示WT JCV结合某些聚糖类；
[0166] 图8显示所选择的神经节苷脂类的结构和它们结合WT JCV的能力；
[0167] 图9显示F55和F269突变不能结合Neu5Ac α (2-3)和α (2-6)聚糖类；
[0168] 图10显示所选择的神经节苷脂类的结构和它们结合突变JCV的能力；
[0169] 图11比较JCV的WT与突变型结合所选择的神经节苷脂类的能力；
[0170] 图12显示突变型JVC仍然能够结合神经胶质细胞系；
[0171] 图13显示突变体特异性JCV抗体可与WT JCV抗体区分；
[0172] 图14显示用于区分突变型抗体与WT的测定法；
[0173] 图15比较突变型JCV与WT JCV抗体的其结合突变型JCV-VLP的能力；
[0174] 图16比较突变型JCV与WT JCV抗体的其结合突变型JCV-VLP的能力；
[0175] 图17显示具有F269突变病毒的患者已产生针对WT病毒但不针对F269突变病毒 的抗体反应；
[0176] 图18显示用非突变型VLP免疫的兔（上图）产生针对可获得突变的位点（在该 情况下为S269)的抗体；
[0177] 图19显示与具有DE环的突变或不具有突变的患者中相比较在具有BC和HI环的 突变的患者中发现更高的CSF JCV DNA水平；
[0178]图 20 显示 JCV VPl/NeuNAc-(a2,3)-Gal-(bl，3)-[(a2,6)-NeuNAc]-Glc_NAc 四糖 复合物的结构模型；和
[0179] 图21显示VPl的PML特异性突变消除或显著改变病毒衣壳蛋白VPl对于唾液酸 化神经节苷脂的特异性。

【具体实施方式】
[0180] 本发明的方面涉及鉴定和管理处于增加的发生进行性多灶性白质脑病（PML)的 风险中的受试者的医疗保健。PML可由人，特别是具有减弱的免疫系统的受试者中的JC多 瘤病毒（JCV)感染引发。然而，PML并非在所有具有减弱的免疫系统的JCV-感染的受试者 中发生。根据本发明，只有某些JCV变体引起PML。在某些实施方案中，具有减弱的唾液酸 结合的JCV变体特别可能引起PML。因此，本发明的方面涉及用于检测经预测具有减弱的对 唾液酸的结合的JCV变体的存在的方法和组合物。
[0181] 根据本发明的方面，并且不希望受理论束缚，相对于野生型JCV的唾液酸结合，具 有低唾液酸结合的JCV变体具有减弱的对周围位点（例如周围细胞、蛋白质、糖类或其它分 子）的结合。因此，在某些实施方案中，此类变体更可能扩散至身体的其它部分，例如CNS。 此外，根据本发明的方面，具有健康免疫系统的受试者控制具有减弱的唾液酸结合的某些 JCV变体的扩散。然而，在具有受损的免疫系统的受试者中，此类变体更可能逃避免疫系统 并且发展成PML。
[0182] 因此，本发明的方面涉及用于检测JCV变体的存在的组合物和方法，所述JCV变体 经预测相对于正常或野生型JCV的结合具有低唾液酸结合（例如，低亲和力或亲合力）。在 某些实施方案中，在JCV衣壳蛋白的唾液酸结合结构域中具有一个或多个突变的JCV变体 经预测具有低唾液酸结合性质。在某些实施方案中，本文中描述的特定变体经预测具有低 唾液酸结合性质。
[0183] 根据本发明的方面，含有具有经预测减弱唾液酸结合的一个或多个突变的JCV变 体的受试者被鉴定为具有增加的对PML的易感性（例如，与不含有JCV或这样的JCV变体 的受试者相比较），特别是当它们的免疫系统受损时。因此，如果利用免疫抑制药物（例如， 那他珠单抗或其它免疫抑制药物）治疗具有减弱的唾液酸结合JCV变体的受试者，则他们 处于发展PML的风险中。
[0184] 在某些实施方案中，受试者的与PML易感性相关的JCV突变是在JCV的VPl衣壳 蛋白中的位点122、2和66上的突变和氨基酸50-51U23-125和126-134的缺失。在某些 实施方案中，受试者的与PML易感性相关的JCV突变是H122R、A2V和D66G。在某些实施方 案中，受试者的与PML易感性相关的JCV突变为H122R、A2V以及D66G和2831。在某些实 施方案中，如果JCV VPl衣壳蛋白包含氨基酸残基122、2、66、55、60、265、267和269的至少 一个的置换或氨基酸50-51、123-125和126-134的一个或多个缺失，那么受试者对PML易 感。
[0185] 本发明的方面用于帮助选择和/或监控对需要免疫抑制治疗的受试者（例如，具 有多发性硬化或可利用一种或多种免疫抑制药物治疗的任何其它病症的受试者）的治疗。 在某些实施方案中，本发明的方面可用于鉴定在启动免疫抑制治疗之前对PML易感的受试 者。在某些实施方案中，可监控正在接受免疫抑制治疗的受试者的与增加的发生PML的风 险相关的JCV变体的出现。在某些实施方案中，如果受试者被鉴定为具有具有减弱的对唾 液酸结合的JCV变体，那么i)不用免疫抑制试剂治疗受试者，ii)利用低剂量或频率的药物 施用治疗受试者，和/或iii)定期监控受试者的PML的早期症状。例如在治疗过程中出现 PML的症状，那么可停止治疗或可减少药物施用的量或频率。在某些实施方案中，如果PML 的一个或多个症状存在，则可用可选择的免疫抑制药物替代第一药物。
[0186] 本发明的方面可用于实现患者监控方法。在某些实施方案中，首先测定患者以确 定他们是否已暴露于JCV (例如，通过测定患者血清的JCV抗体的存在）。未暴露于JCV的 患者被鉴定为具有发生PML的低风险。然而，在某些实施方案中，定期监控此类患者以确 定他们是否或何时暴露于JCV。如果在治疗之前或治疗过程中鉴定受试者的JCV暴露的体 征，那么可评估受试者的与增加的发生PML的风险相关的一个或多个JCV变体（例如，一个 或多个经预测相对于JCV的正常或野生型形式具有减弱的唾液酸结合的变体）的存在。可 定期监控患者的PML相关JCV变体的存在。如果发现患者具有一个或多个PML相关JCV变 体，那么可仔细地监控患者的PML的体征，可停止或改变患者的治疗，和/或可利用一种或 多种预防性或治疗性药物治疗患者以帮助保护患者免受PML伤害。
[0187] 在某些实施方案中，每天1次、每周1次、每2周1次、每月1次、每2个月1次、每 季1次、每年2次、每年1次或每2年1次监控患者或受试者。在某些实施方案中，当患者 或受试者在正经历利用免疫抑制剂的治疗时，监控所述患者或受试者。
[0188] 根据本发明的方面，如果JCV变体在JVC VPl蛋白的唾液酸结合口袋中具有一个 或多个突变，那么可预测JCV变体具有低唾液酸结合（例如，亲和力或亲合力）。在某些实 施方案中，可预测在结合于唾液酸结合口袋中的分子的12埃内的氨基酸的任一个或多个 的突变影响唾液酸结合。结合于唾液酸结合口袋中的分子的12埃内的VPl氨基酸的列表 提供于实施例12的表16中。因此，在此类氨基酸的一个或多个中具有突变的JCV变体可 因减弱的对唾液酸的结合和从而增加的引发PML的风险而被鉴定为候选物。
[0189] 根据本发明的方面，数种不同的天然存在的JCV VPl序列可用作正常或野生型参 照序列，如果它们来自与增加的发生本文中所述的PML的风险无关的JCV变体。此类参照 序列的实例更详细地描述于本文中和例如Cubitt等人，Predicted amino acid sequences for 100JCV strains，Journal of Neuro Virology，7 :339_344, 2001，其序列公开内容通过 引入整体并入本文。
[0190] 根据本发明的方面，可使用适当的测定法测量变体JCV的唾液酸结合性质（例如， 亲和力或亲合力）。例如，可使用血凝测定（hemmaglutination assay)、与固定分子（例如 神经节苷脂类、糖类、糖蛋白等）的直接结合、基于细胞的结合测定法（例如，其中使用流式 细胞术利用标记的抗体检测结合）等或其任意组合来测量JCV和/或JCV VPl对唾液酸的 结合。在某些实施方案中，相对于本文中描述的正常或野生型JCV参照的结合，低结合的结 合（例如，亲合力或亲和力）下降至1/5以下。然而，在某些实施方案中，相对于正常或野 生型 JCV 参照，低结合的结合下降至约 1/10、1/50、1/100、1/200、1/500、1/1，000、1/5, 000、 1/10,000以下或更低。
[0191] 因此，本发明的方面涉及确定受试者是否因PML相关JCV变体的存在而对PML易 感。在某些实施方案中，该信息可用于确定受试者是否适合于进行利用免疫抑制试剂的治 疗。在某些实施方案中，该信息可用于确定正在利用免疫抑制试剂治疗的受试者是否应当 继续治疗或应当转换至不同剂量、方案和/或类型的免疫抑制药物。在某些实施方案中，正 用免疫抑制试剂治疗的受试者的PML相关JCV变体的检测为中断治疗（至少进行预定的时 间段）提供了基础。
[0192] 可定期监控正利用免疫抑制试剂治疗的患者的JCV感染的存在。在某些实施方案 中，如果已知受试者具有JCV感染或所述受试者经鉴定具有JCV感染，那么可定期监控受试 者的经预测具有减弱的对唾液酸的结合的JCV变体的存在。
[0193] 因此，本发明提供了用于确定受试者是否处于发生进行性多灶性白质脑病（PML) 的风险中或患有PML(例如早期PML)的方法和组合物。在一个实施方案中，检查暴露于变 体JCV病毒的受试者的生物样本，所述变体JCV病毒具有一个或多个与PML相关的序列变 异（例如一个或多个经预测导致减弱的唾液酸结合的序列变异）。在某些实施方案中，检查 多个预定的特定VP-I位点的其突变状态。在特定位点上发现的序列变异模式提供了受试 者的PML的风险特征。
[0194] 在某些实施方案中，本发明提供了 JCV-VPl氨基酸位点的实验对象组，所述氨基 酸位点上的序列变异与PML风险和/或PML疾病进展相关。提供了用于测定生物样本的PML 风险的标记的方法和组合物。在某些实施方案中，可分离并且分析JC病毒多肽和/或核酸 以确定它们是否在一个或多个预定的VP-I位点上具有序列变异。然而，在某些情况下，JC 病毒可难以从某些获自受试者的生物样本分离，所述受试者具有低JC病毒载量，即使他们 已暴露于JC病毒并且可具有当前JC病毒感染。然而，受试者暴露于PML相关变体JC病毒 可从抗一种或多种PML相关变体JCV-VPl多肽的抗体（例如，血清抗体）在获自受试者的 生物样本中的存在推断出来。
[0195] PML患者的脑中的JCV序列是如此易变以至从未在不同PML患者中检测到相同的 JCV序列（Y 〇g〇&Sugim〇t〇,2001)。然而，本发明的方面基于来自健康和PML受试者的JCV 序列的分析以及VPl序列中一个亚组位点的鉴定，所述位点上的氨基酸置换与PML强相关。 在一个方面中，本发明提供了关于需要检查JCV-VPl中的哪个位点来获得对于PML的风险 特征的指导。在一个方面中，本发明提供了新型实验对象组的VPl氨基酸位点，所述氨基酸 位点上的序列变异预示着被相应变体JCV感染的受试者的PML的风险。本发明的方面涉及 筛查受试者的具有减弱的对唾液酸的结合的JCV变体的体征或标记的存在。在某些实施方 案中，与不同PML风险特征相关的JCV序列变异的实验对象组提供于表1A-1H中并且在本 文中进行了更详细的描述。
[0196] JCV 和 VPl
[0197] 在某些实施方案中，在JCV的主要衣壳蛋白（VPl)中所选择的位点上发现与PML 相关的JCV序列变异。已对文献中描述的许多VPl蛋白的序列进行分析以鉴定其中序列变 异与PML强相关的VPl位点的亚组。根据本发明，氨基酸被鉴定为VP-I上的特定位点上的 突变体或变体，如果其与共有序列或其它参照序列（例如，野生型原始型病毒的序列）中 该位点上的氨基酸不同的话。在某些实施方案中，来自健康受试者的JCV的VPl蛋白的共 有序列由GenBank ID N〇#37050849(AAQ88264 ;在图1中显示为VPl序列）提供。当与图 1中显示的SV40相比较时，JCV-VPl是保守的。已鉴定了 JCV的许多不同原始型。如本文 中所使用的，原始型是在健康个体的尿中发现的JCV。在某些实施方案中，图1的VPl序列 是参照序列。在某些实施方案中，参照序列是Zheng等人（2005)的一个或多个原始型。3 个主要原始型由地区决定（EU原始型见于欧洲祖先的人中，CY和MY原始型见于亚洲祖先 的人中）。当基于与"共有"序列的比较来鉴定PML相关序列变异时，几种原始型在鉴定为 PML相关的位点上具有相同的氨基酸，从而可基于与任何原始型序列的序列比较来实施本 发明。在其它实施方案中，测定可基于确定JCV是否在某些位点具有一个或多个预定的氨 基酸而无需进行与参照序列的比较。应当理解，用于确定某些JCV-VPl变异序列的存在的 方法可基于从受试者分离的JCV核酸或多肽的直接表征。可选地，可通过检测对一个或多 个变体JCV-VPl序列特异的受试抗体（例如，血清抗体）推断变体JCV在受试者中的存在 (或受试者先前暴露于变体JCV)。应当理解，本发明的方面还提供了将JCV-VPl序列与其 它参照序列相比较。然而，即使使用其它参照序列，分析仍可包括确定本文中描述的一个或 多个PML相关VPl位点上的氨基酸的身份。
[0198] 根据本发明，VPl变体的序列分析鉴定了与发生PML的风险相关的序列变异的"热 点"区域。在某些实施方案中，表示发生PML的风险的序列变异位于VPl蛋白的表面环中。 此类位点可见于表1B-1D。在某些实施方案中，VPl蛋白的特定区域中序列变异的总数表示 发生PML的风险（参见表2)。在某些实施方案中，变异氨基酸在2个或更多个（例如，3、 4、5、6、7、8、9、10或更多个）本文中描述的位点上的存在可表示发生PML的风险。此类区 域的极性可表示发生PML的风险并且如果极性氨基酸被非极性氨基酸取代则发生PML的风 险可增加。在某些实施方案中，表IA或表1B-1D中鉴定的任一个或多个位点上极性氨基酸 的丢失导致具有增加的与PML的关联性的JCV病毒。在某些实施方案中，图2中显示的结 构区域之一（例如，在由JCV-VPl多肽序列的位点55-75或265-271确定的区域中）中的 任一个或多个位点上极性氨基酸的丢失导致具有增加的与PML的关联性的JCV病毒。类似 地，在某些实施方案中，在表IA或表1B-1D中鉴定的位点的任一个或多个位点上非极性氨 基酸的获得导致具有增加的与PML的关联性的JCV病毒。同样地，在某些实施方案中，图2 中显示的结构区域之一（例如，在JCV-VPl多肽序列的位点55-75或265-271确定的区域 中）中的任一个或多个位点上非极性氨基酸的获得导致JCV-VPl结构突显区域，在所述区 域中将鉴定为与PML相关的某些氨基酸位点定位至所述结构。JCV-VPl蛋白的预测的结构 基于SV40衣壳蛋白1晶体结构和JCV与SV40蛋白之间的序列相似性。序列变异的分析显 示VPl蛋白的表面区域上极性氨基酸的数目的减少和/或非极性氨基酸的数目的增加导致 增加的发生PML的风险（参见实施例3)。在一个实施方案中，如果表面环的一个或多个中 序列变异导致每序列变异10平方埃或更大的非极性表面积的增加或每序列变异10平方埃 或更大的极性表面积的减小，那么受试者处于发生PML的风险中。然而本发明不限定于特 定机制，据认为表面环的改变可阻碍抗体结合JCV-VPl和/或促进JCV VPl与其受体例如 糖类和/或蛋白质受体例如5HT2A相互作用。VPl的表面环的变化（例如，非极性氨基酸或 表面积的增加和/或极性氨基酸或表面积的减小）可增加VPl对细胞受体的亲和力和促进 宿主细胞或对于PML进展是重要的某些特定宿主细胞的病毒进入和/或感染。
[0199] 序列变异的实验对象组
[0200] 应当理解检查位点可包括确定该位点上的氨基酸和将该氨基酸与参照氨基酸 (例如，在野生型/对照变体中，例如在共有序列或原始型序列中发现的氨基酸）相比较。
[0201] 应当理解，任何单个变体或变体的组合可表示发生PML的风险。应当理解，所检查 的变体的某个区域中或所选择的组中存在的变体的总数可表示发生PML的风险。
[0202] 本发明的方面涉及提供JCV-VPl氨基酸序列上的与与发生PML的风险相关的JCV 变体相应的一个或多个位点。例如，表IA中显示的各位点与发生PML的风险相关并且任何 适当的测定法可用于检测过去暴露于JCV变体（所述变体在所选择的位点的一个或多个位 点上具有氨基酸变体）的存在或标记。在某些实施方案中，测定法可用于检测在选自表IA 所列的位点的2个或更多个位点上具有变异氨基酸变体的JCV变体的存在或对其的暴露， 其中变体的存在表示着PML。
[0203] 在某些实施方案中，与受试者的PML易感性相关的JCV突变是JCV的VPl衣壳蛋 白中位点122、2和66上的突变和氨基酸50-51、123-125和126-134的氨基酸的缺失。在 某些实施方案中，与受试者的PML易感性相关的JCV突变是H122R、A2V和D66G。在某些实 施方案中，如果JCV VPl衣壳蛋白包含氨基酸残基122、2、66、55、60、265、267和269的至少 一个的置换或氨基酸50-51、123-125和126-134的一个或多个缺失，那么受试者对PML易 感。
[0204] 在某些实施方案中，通过将存在于该位点上的氨基酸与存在于参照序列中的氨基 酸相比较来检查所选择的位点。如果存在于所选择的位点上的氨基酸与参照序列中发现的 氨基酸不同，那么该位点被认为是突变的。因此，在某些方面中，本发明提供了包含与发生 PML的风险相关的变体的列表的表（例如，数据库）。所述数据库还提供了变体和保护免受 PML侵害的变体。在某些实施方案中，在所选择的位点上发现的任何变体表示发生PML的风 险。在其它实施方案中，所述表提供了可作为组检查以获得受试者的发生PML的风险特征 的与PML相关的变体的组。应当理解，参照数据库中鉴定的许多变体是极不常见的。例如， 只可在已知处于发生PML的风险中的人的10%的样本中发现表示发生PML的风险的变体。 为了获得受试者的风险特征，可能需要检查超过一个位点。因此，在一个方面中，本发明提 供了成组的位点和该组内需要鉴定以获得发生PML的风险特征的位点的数目的表。在某些 实施方案中，需要检查表IA中至少8个（例如，8、9、10或更多个，或全部）位点来获得受试 者发生PML的风险特征。类似地，可检查任何表中的2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个或全部 位点。
[0205] 在表中指定的位点上发现的氨基酸可通过将氨基酸与在参照序列中发现的氨基 酸相比较来表示发生PML的风险。例如，在IA中，位点55上的野生型（例如，参照/共有） 氨基酸是亮氨酸（L)。在某些实施方案中，位点55上发现的不为亮氨酸的任何氨基酸表示 发生PML的风险。在某些实施方案中，特定的变体与发生PML的风险相关。例如，苯丙氨酸 (F)在位点55上的存在可表示发生PML的风险。因此，变异氨基酸（例如，Phe)在位点55 上的出现可表示PML的发作或进展。类似地,本文中描述的针对PML相关位点的一个或多 个其它变异氨基酸在VPl上的出现可表示PML的发作或进展。在某些实施方案中，具有特 定特征的氨基酸的存在可表示发生PML的风险。例如，极性不如参照序列中发现的氨基酸 高的氨基酸在JCV变体中的存在表示发生PML的风险。除了表示发生PML的风险外，在特 定位点上发现的变体还可用于确定受试者中的发作、进展或消退。在某些实施方案中，在特 定位点上发现的变体允许监控受试者的PML治疗。在某些实施方案中，在特定位点上发现 的变体允许选择患有或疑似患有PML的受试者的治疗。
[0206] 在某些实施方案中，在特定氨基酸位点上发现的氨基酸可表示为处于得到保护免 受PML的伤害中，例如，鉴定人处于发生PML的更低风险中。
[0207] 应当理解在某些实施方案中，可确定发生PML的风险而无需将特定位点上测定的 氨基酸与参照序列相比较。例如，如果在样本中检查位点55并且在该位点上发现的氨基酸 为苯丙氨酸，那么受试者被确定为处于发生PML的风险中。可产生该确定而无需将位点55 上发现的氨基酸与野生型参照序列相比较。
[0208] 应当理解本发明提供了确定JCV变体的当前和过去存在的方法。已暴露于JCV变 体但目前不能被鉴定为被该JCV变体感染的受试者可通过确定该JCV变体的指标的存在来 确定暴露于该JCV变体。受试者可产生抗受试者暴露于其中的任何外来试剂包括病毒和 细菌的抗体。病毒、病毒的变体在受试者中的存在从而可通过检测对该病毒或病毒变体特 异的抗体的存在来诊断。如果病毒复制和突变（从而产生新型变体），身体将产生对病毒 的突变形式特异的新型抗体。即使特定病毒变体不再存在于身体中，但过去暴露于所述变 体仍可通过抗体的存在来确定。因此，在一个实施方案中，JCV变体的突变状态（当前和过 去的暴露）可通过检测抗一种或多种特定变体的抗体的存在来确定。在一个实施方案中， VPl-抗体的存在通过抗体与包含一个或多个变体的一种或多种多肽的特异性结合来确定。 应当理解可定性和定量测定抗体。因此本发明的抗体检测测定法促进受试者曾经暴露于的 全部病毒变体的确定和通过定量特定抗体进行的目前存在于身体中的变体的病毒载量的 评估。
[0209] 在一个实施方案中，可直接检测氨基酸变体，例如，通过确定包含变体的一个或多 个变体的多肽的存在确定病毒变体在受试者中的存在。可开发可特异性结合特定多肽的试 齐U。在某些实施方案中，此类试剂是抗体。在某些实施方案中，可通过测定编码变体的核酸 的序列来确定变体。从受试者获得样本并且分析其的特定病毒变体的存在。应当理解，特 定JCV变体可以只存在于脑和脊髓液中，而"野生型"变体可存在于相同受试者的其它组织 中。多肽的存在可通过对此类多肽特异的抗体来确定。除了可测定变体对野生型的比率外， 测定法还将允许确定特定变体的存在和此类变体的定量。
[0210] 应当理解，免疫抑制试剂可增加受试者对潜伏微生物感染的进展或骤发或对新型 微生物感染的传染的易感性。在某些实施方案中，微生物感染是通过产生PML的JCV引发 的感染。因此，可在启动利用免疫抑制试剂的治疗之前，在施用免疫抑制试剂的过程中或在 已施用免疫抑制试剂之后或已结束利用免疫抑制治疗的疗法后评估发生PML的风险。
[0211] 在某些实施方案中，通过本发明的方法测定的发生PML的风险将有助于决定利用 免疫抑制剂或免疫抑制试剂的治疗。在某些实施方案中，在利用免疫抑制剂的治疗过程中 诊断的增加的发生PML的风险可表明利用免疫抑制剂的治疗方案的改进或终止。
[0212] 表IAJCV-VPl变体的实验对象组
[0213]

【权利要求】
1. 一种方法，包括： 检查来自受试者的生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个标记，所述衣壳蛋白 包含氨基酸残基122的置换，和 其中如果所述样本包含至少一个标记，那么所述受试者被确定为具有增加的对PML的 易感性。
2. 权利要求1的方法，还包括检查所述生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个 标记，所述衣壳蛋白包含氨基酸残基2和66的至少一个的置换。
3. 权利要求2的方法，其中使用能够检测每一个变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个标 记的测定法检查样本，所述衣壳蛋白具有氨基酸残基2、66和122的至少一个的置换，并且 其中如果所述样本包含所述变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个的至少一个标记，那么所述 受试者被确定为具有增加的对PML的易感性。
4. 任何前述权利要求的方法，还包括检查所述生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白的至 少一个标记，所述变体JCV VPl衣壳蛋白包含氨基酸片段50-5U54-55和123-125的一个 或多个的缺失。
5. 权利要求4的方法，其中使用能够检测每一个变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个标 记的测定法检查样本，所述衣壳蛋白具有氨基酸片段50-5U54-55和123-125的至少一个 的缺失，并且其中如果所述样本包含所述变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个的至少一个标 记，那么所述受试者被确定为具有增加的对PML的易感性。
6. 任何前述权利要求的方法，还包括检查所述生物样本的疑似具有低唾液酸结合的变 体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个标记。
7. 任何前述权利要求的方法，还包括检查所述生物样本的变体JCV VPl衣壳蛋白的至 少一个标记，所述变体JCV VPl衣壳蛋白包含氨基酸残基55、60、265、267和269的至少一 个的置换。
8. 权利要求7的方法，其中使用能够检测每一个变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个标 记的测定法检查样本，所述衣壳蛋白具有氨基酸残基55、60、265、267和269的至少一个的 置换，并且其中如果所述样本包含所述变体JCV VPl衣壳蛋白的至少一个的至少一个标记， 那么所述受试者被确定为具有增加的对PML的易感性。
9. 任何前述权利要求的方法，其中所述生物样本是血液样本。
10. 任何前述权利要求的方法，其中所述生物样本是CSF样本。
【文档编号】G01N33/68GK104316696SQ201410478514
【公开日】2015年1月28日 申请日期:2010年2月5日 优先权日:2009年2月5日
【发明者】利奥尼德·戈雷利克, 阿列克谢·卢戈夫斯柯伊 申请人:生物基因Idec Ma公司