执行抗菌剂敏感性测试及相关系统和方法与流程

本申请要求2016年4月22日提交的标题为“用于快速抗生素敏感性测试的装置”的美国临时专利申请序列号62/326,525的优先权和权益、以及2016年9月13日提交的标题为“用于快速抗生素敏感性测试的装置”的美国临时专利申请序列号62/393,936的权益，这两个专利申请的内容通过引用整体地并入本文中。本公开总体涉及抗菌剂敏感性测试，更具体地涉及执行自动化快速抗菌剂敏感性测试及相关系统和方法。
背景技术：
：抗菌剂已改造了医学实践，使曾经致命的感染更容易治疗并挽救了数百万人的生命。已证明，抗菌剂的快速施用降低了死亡率，尤其是在严重病例（诸如，败血症）中。在这些严重病例中，使用最强的抗菌剂，因为关于生物体（例如，品种）的信息通常是未知的。这些广谱抗菌剂会具有严重的副作用，导致器官损伤，延长恢复期和住院时间，并且在一些情况下会增加死亡率。此外，抗菌剂的过度使用已导致抗菌剂耐药性生物体的增加，这些抗菌剂耐药性生物体已对公众健康构成了严重的和日益增长的威胁。越来越多的证据证明，抗生素管理计划可以优化感染的治疗并减少与抗菌剂使用和滥用相关联的不良反应，同时提高治愈率、降低治疗失败和提高正确治疗的百分比。通过使用靶向抗菌剂疗法，可以降低（例如，最小化）患者死亡率，可以缩短恢复期，并且医院既可以节省患者住院费用又可以最小化对昂贵抗菌剂的使用。然而，通常在取样后2至3天递送针对靶向抗菌剂疗法通常需要的完整信息。目前的抗菌剂敏感性测试（ast）可能需要超过8小时来确定和递送相关和有用的信息，这通常不足以提供当日的结果。在常常为最好的情况下，这会导致次日调整抗菌剂疗法。一些系统通过将病原生物体暴露于一组抗菌剂稀释系列并测量它们随时间的生长来对它们执行表型测试。可以通过测量由微生物代谢触发的染料的溶液浊度或荧光来间接地且最频繁地以光学方式测量生长。通过光学信号的定量比较，这些系统确定成功抑制受测试微生物的生长的每种抗菌剂的稀释系列中的最低浓度。临床医生常常使用该值（被称为最小抑制浓度（mic））来确定最有效的抗菌剂和剂量，即递送靶向抗菌剂疗法。另外，可与mic一起报告或可代替mic来报告呈敏感（s）、中度敏感（i）和抗性（r）形式的定性敏感性结果（qsr）。从历史上看，与临床化学和血液学领域（其中自动化和新的测定的开发缩短了从样本到结果的时间）相比，微生物学临床实验室的自动化是缓慢的。在过去30年中已开发了三种常用系统，并且它们被设计成使通常由训练有素的技术人员完成的操作自动化。为了执行表型测试，测量给定微生物在标准化营养肉汤（例如，mullerhinton肉汤）中和抗菌剂存在的情况下的生长依赖性。可以将抗菌剂制备成2倍稀释系列。如由临床和实验室标准协会（clsi）所定义的，通常在16至24小时后手动测量生长仅一次。如先前所提到的，一些自动化系统通过周期性地（例如，20分钟）询问每个测试孔中的微生物生长来缩短该时间。此过程会很繁琐，并且通常不由技术人员执行。然后，使用专有算法分析生长曲线，所述专有算法包括分析生长曲线的孔之间的绝对、相对值、速率、积分等。技术实现要素：在一些方面中，本文中所描述的系统和方法可以通过利用基于微生物存在的扩增的终点测定来帮助提供用于实现高灵敏度、快速（例如，相同班次）抗菌剂敏感性测试结果的解决方案，所述终点测定允许检测生长的细微差异并且比传统方法（诸如，涉及光学密度、浊度测定或荧光测定的方法）更快地测量抗菌剂的效果。此外，本文中的系统和方法可以允许通过利用表面作为微生物生长的代理而不是涉及代谢染料或光散射和吸收的方法来检测丝状生长。此外，本文中的系统和方法可以允许通过延迟终点生长测定的开始直至观察到足够的微生物生长以获得准确结果来获得生长缓慢的品种和菌株的ast结果。通常，基于扩增（例如，催化）的高灵敏度测定可以仅执行一次，因为那些测定所必需的化学通常会破坏目标微生物。因此，本文中所描述的系统和方法通常使用两种类型的测定来解决该问题。在一些情况下，可以首先执行初步（例如，检查点）测定，并且可以周期性地重复该初步测定以询问未受抑制的微生物（即，没有抗生素存在）的生长。这些检查点测定可以在本文中称为对照孔的孔中执行。典型对照孔的示例是在营养肉汤中含有微生物的生长孔和仅含有营养肉汤的污染对照孔。该系统以光学方式询问生长/非生长（例如，吸光度、荧光代谢染料等），并且一旦实现和检测到对照孔之间的特定比率和/或动力学变化，就可以对设置在测试板的其他部分（例如，测试板的其余部分或整个测试板）中的样本起始一个或多个终点测定（例如，扩增测定或生长测定）。例如，样本可以包括源自临床样本的微生物。附加的孔（诸如，在盐水或其他不促进微生物生长（即，由于缺乏营养）的培养基中含有微生物的孔）可以用于生长检查和mic确定。这些孔可以含有与起始样本类似的微生物浓度，并称为“及时冷冻”（例如，fit）对照。在一些情况下，可以实施本文中所描述的系统和方法以提供比一些常规系统更快的测试。例如，虽然一些自动化系统可加快获得结果的时间，但目前没有一个系统明确在5小时内产生结果，这对于许多临床实验室来说可能是“相同班次”结果的定义。由于结果的这种时间缓慢性，并且因为ast结果复杂且可利用专家对临床作用的解释，所以此类常规系统会导致敏感敏感性测试的开始与临床作用之间有一天的延迟。在一些实施例中，可以包括培育箱室以维持被测生物体的最佳生长温度。与其他常规系统不同，在一些示例中，本文中的系统和方法可以包括提供或以其他方式允许搅动测试板的培育箱。在一些情况下，轨道摇动可以改善氧合作用，并且可以允许微生物连续且更均匀地暴露于生长培养基中的营养物。搅动可以进一步增加微生物暴露于抗菌剂化合物的均匀性。在一些情况下，这些可能提高生长并缩短量化mic和/或qsr所需的时间。在一些实施例中，本文中的系统可以包括光学系统，所述光学系统可以包括：光学激发源（例如，氙灯、发光二极管（led））；具有所期望的特性（例如，带通、带阻、中心波长、半高全宽（fwhm））的一组光学滤波器（例如，离散滤波器、单色器）；以及光学检测器（例如，光电倍增管）。光学系统还可以包括用于收集和处理数据的数据采集和处理电子设备。在一些情况下，光学系统可以包括一个或多个部件（诸如，光纤光学器件和收集光学器件），所述部件嵌套在机械臂中或以其他方式设置在机械臂内或机械臂上，该机械臂用于将盒（cartridge）移动到系统各处。此类构型可以帮助实现更快的样本处理和结果读出的时间。这些光学器件可以将信号从盒载运到检测器和数据处理电子设备。在又一个方面中，可以包括液体处理系统，并使用该液体处理系统以将试剂递送和/或去除（例如，抽吸）到盒内的测试孔和从盒内的测试孔递送和/或去除（例如，抽吸）试剂。在另一个方面中，可以包括分离方法，其可以用于从测试孔中去除可能干扰所执行的各种测定的过量流体。该步骤可以是洗涤过程步骤的一部分，并且可以包括各种过程中的一个或多个，诸如离心、磁分离或真空过滤。例如，在一些实施例中，离心分离可以用于分离（例如，沉淀（pellet））微生物。在一些情况下，分离之后可以执行抽吸过程步骤以去除上清液。在一些实施例中，术语洗涤序列可以指离心、抽吸和液体缓冲添加（例如，测定或洗涤缓冲液）。在一些方面中，用于执行多测定测试序列的自动化快速抗菌剂敏感性测试系统可以包括：自动化培育组件，其具有巢穴式组件，所述巢穴式组件适于容纳具有多个孔的至少一个测试板（例如，盒），所述孔用于接收包括源自临床样本的微生物的样本，所述培育组件促进一个或多个测试板的培育以便经历多测定测试序列；机械操作式处理组件，其被构造成接受一个或多个进入的测试板并将它们移至和移离培育组件以在多测定测试序列的每个测定之间进行培育；自动化液体处理组件，其被构造成在测试板的多个孔中交换一种或多种流体；以及光学组件，其用于询问并读出在多个孔中执行的多测定测试序列的每个测定。实施例可以包括以下特征中的一个或多个。在一些实施例中，系统可以包括样本分离组件，所述样本分离组件被构造成将微生物与测试板孔内的样本的其余部分分离。例如，样本分离组件可以在测试板孔内形成微生物的团聚物（pellet）。分离组件可以是离心系统。分离组件可以包括磁捕获分离系统。分离组件可以包括真空过滤系统。培育组件可以被构造成在培育期间搅动测试板。培育组件可以包括驱动系统，以搅动承载至少一个测试板的巢穴式组件。驱动系统可以被构造成在巢穴式组件上赋予可变的轨道速度。该速度可以在100与650rpm之间。搅动轨道的半径可以是可调整的。搅动轨道的半径可以是约1mm至约10mm。光学组件可以安装在机械操作式处理组件的机械臂上或一体式形成在机械操作式处理组件的机械臂内。光学组件可以被构造成测量在多测定测试序列期间从样本发射的吸光度、荧光、发光、时间分辨荧光或时间门控（time-gated）发光中的至少一种。用于产生荧光发射的激发波长可以是约560nm，并且发射的波长可以是约590nm。用于产生时间门控发光发射的激发波长可以是约280nm至约360nm，并且发射的波长可以是约608nm至约623nm。光学组件可以包括两个或更多个光学滤波器，以用于询问并读出在多个孔中执行的多测定测试序列的每个测定。两个光学滤波器可以设置在分度部件上，所述分度部件被构造成选择性地将第一光学滤波器定位成与激发源对齐并且将第二光学滤波器定位成与光学检测器对齐。分度部件可以包括第二组两个滤波器，并且其中分度部件的分度运动更换与激发源对齐的光学滤波器和与光学检测器对齐的光学滤波器。流体处理组件可以包括液体添加系统和抽吸系统。试剂可以存储在一次性容器中。容器可以在至少每次转换（shift）时、至少每1天、至少每5天或至少每周后被处理掉并进行更换。容器可以在至少每个测试序列、每10个测试序列、每20个测试序列、每50个测试序列或每100个测试序列后被处理掉并进行更换。系统可以被构造成同时处理至少2个、至少4个、至少6个、至少8个、至少10个或至少12个测试板。系统可以被构造成每小时产生至少2个、至少4个、至少6个、至少8个、至少10个、至少12个、至少16个、至少20个测试板的测试序列吞吐量。对于通过测试序列处理测试板而言，从测试板插入到系统中到获得结果的持续时间可以少于8小时、少于6小时、少于5小时、少于4小时、少于3小时、或少于2小时。在一些方面中，用于执行多测定快速抗菌剂敏感性测试序列的方法可以包括：将包括来源于临床样本的微生物的样本接种到测试板（例如，盒）的多个孔中，所述多个孔的至少一部分含有用于接种样本的多种抗菌剂中的一种或多种抗菌剂；将测试板装载到自动化快速抗菌剂敏感性测试系统中，以用于执行多测定测试程序；以及操作测试系统以：将装载的测试板移动到培育组件；在培育组件中培育并搅动接种的样本；至少一次，周期性地测量多个孔的多个对照孔中的样本生长量；响应于确定对照孔中的生长水平满足或超过阈值生长水平，停止培育；对测试板中的培育的样本执行一个或多个终点测定；测量来自测试板的多个孔中的样本的光学输出，所述光学输出对应于保留在多个孔中的每一个中的微生物的量；以及报告以下各者中的至少一个：保留在多个孔中的每一个中的微生物以及所述多种抗菌剂的最小抑制浓度和/或针对它们的定性敏感性解释。实施例可以包括以下特征中的一个或多个。执行终点测定可以包括以下各者中的一个或多个：液体处理、离心、培育或摇动样本。液体处理可以包括执行一个或多个抽吸液体添加步骤。执行终点测定可以包括多个结合步骤。结合步骤的扩增品种可以包括催化剂。结合步骤的扩增品种可以包括铕螯合物。所述方法和测试系统可以被构造成同时处理至少2个、至少4个、至少6个、至少8个、至少10个或至少12个测试板。所述方法和测试系统可以被构造成每小时产生至少2个、至少4个、至少6个、至少8个、至少10个、至少12个、至少16个、至少20个测试板的测试序列吞吐量。使用所述方法通过测试序列处理测试板的持续时间（从测试板插入系统中到获得结果）可以少于8小时、少于6小时、少于5小时、少于4小时、少于3小时、或少于2小时。在一些方面中，抗菌剂敏感性测试系统样本盒处理装置可以包括：机械操作式抓持部分，其具有被构造成由机械臂的抓持机构联接的交界面；以及具有一定尺寸并且被构造成支撑样本盒的一组升降指状物，所述升降指状物限定盒平台。实施例可以包括以下特征中的一个或多个。该组指状物可以包括一个或多个盒定位特征，所述盒定位特征限定盒平台并且限制盒相对于指状物滑动。盒定位特征可以包括垂直脊（verticalridge）。指状物可以横向地相隔至少约3英寸。所述指状物中的至少一个的远端可以是渐缩的。机械操作式抓持部分的交界面可以包括一组突起，所述突起横向地延伸以联接到机械臂的抓持机构。抓持部分的远端的宽度可以从至少约3英寸可调整至约4英寸。抓持机构可以至少部分地通过线性致动器和用于铰接一个或多个抓持臂的连杆来操作。抓持机构可以至少部分地通过线性弹簧机构来操作，所述线性弹簧机构与用于铰接一个或多个抓持臂的连杆相连。在一些方面中，用于样本测试系统的培育系统可以包括：分层框架，其被构造成包括一个或多个层级，每个层级包括：用于容纳样本测试盒的平台（stage）；从平台延伸的一个或多个盒定位特征；以及一组凹部，其用于容纳测试盒处理装置；以及搅动系统，其被构造成产生分层框架的重复运动。实施例可以包括以下特征中的一个或多个。分层框架可以包括多个层级，其中每个层级包括两个表面以容纳两个样本测试盒。一个或多个盒定位特征可以包括沿着平台的前端或后端的垂直脊以容纳测试盒。这些层级可以包括设置在平台中或沿着平台设置的加热元件。搅动系统可以被构造成轴向地或轨道地搅动框架。搅动系统可以包括具有旋转振荡部件的旋转搅动系统。搅动系统可以包括支承表面，旋转振荡部件在旋转期间沿着该支承表面建立交界面。支承表面可以包括滚子支承件。旋转振荡部件可以包括平衡配重。搅动系统可以包括一个或多个线性致动器。搅动系统可以包括一个或多个线性支承表面。搅动系统可以包括相对于彼此基本上垂直定位的两个线性支承表面。搅动系统可以包括两个线性支承轨条和被构造成沿着支承轨条滑动的滑动平台。搅动系统可以被构造成沿着具有小于约25mm的半径的轨道路径搅动框架。搅动系统可以被构造成沿着具有约1mm至约12mm的半径的轨道路径搅动框架。搅动系统可以被构造成改变搅动轨道路径的半径。搅动系统可以被构造成以大于约75转/分钟的速率沿着轨道路径搅动框架。搅动系统可以被构造成以约150转/分钟至约650转/分钟的速率沿着轨道路径搅动框架。搅动系统可以被构造成改变框架沿着搅动轨道路径行进的速率。培育系统可以包括沿着框架的前面的盖子。框架可以限定沿着前面的前开口和沿着后面的后开口。框架可以被构造成通过前开口从用户接收盒，并且自动化系统的处理装置可以通过后开口移除盒。在一些方面中，从盒中的一个或多个室中抽吸出流体的方法可以包括：使用离心力使悬浮在室内的流体中的一种或多种微生物移位；以及自相对于第一室的中心区域基本上与移位的微生物相对的位置从该第一室中抽吸出第一流体。实施例可以包括以下特征中的一个或多个。使悬浮在流体中的一种或多种微生物移位可以包括通过离心系统来运行盒。从第一室中抽吸出第一流体可以包括将联接到机械臂的流体处理系统的抽吸喷嘴设置到第一室中。所述方法可以包括自相对于第二室的中心区域基本上与第二组移位的微生物相对的位置从该第二室中抽吸出第二流体。从第二室中抽吸出第二流体可以发生在第二室内的某个位置处，该位置在第一室和第二室的相应中心区域内不同于从第一室中抽吸出第一流体的位置。从第二室中抽吸出第二流体可以发生在第二室内的某个位置处，该位置相对于盒的中心区域基本上与从第一室中抽吸出第一流体的位置相对。本文中所描述的系统和方法的各个方面可以具有以下优点中的一个或多个。在一些方面中，本文中的系统和方法提供快速抗菌剂敏感性测试（ast）以及对抗菌剂组（panel）的最小抑制浓度（mic）的确定。这些mic与微生物品种和抗菌剂一起用于确定临床和实验室标准协会（clsi）断点解释，以提供微生物品种和抗菌剂的每种组合的临床ast结果。根据clsi出版物m-100s，此类结果采取敏感（s）、中度敏感（i）或抗性（r）的形式。对于某些抗生素，可使用不敏感（ns）和无解释（ni）。根据clsi微生物学标准，用于微生物的给定品种和菌株的给定抗菌剂的mic被定义为抑制微生物生长的两倍稀释系列中的抗菌剂的最低浓度。根据自动化ast系统的clsi手册和fda指导性文件，在培育96孔圆底微孔板盒16至20小时后，以及在muller-hinton肉汤中接种样本后，手动执行该过程的通常优选的标准。满足标准微孔板尺寸要求的盒可以有利于处理。可以由熟练的技术人员手动（例如，通过眼睛）完成读取。这个过程非常麻烦，常常很昂贵，并且通常需要大量的技术人员时间和操作规划。在过去的30年中，已引入了几种自动化系统。许多自动化系统通过使用光学探针加速对微生物生长的确定。尽管这些系统可加速生长确定，但它们常常不能够在微生物实验室所期望或所需要的5小时“相同班次”截止内提供准确的ast结果。在此类系统中，算法在收集到足够量的信息（例如，与生长量、速率等有关）之后确定mic，使得算法可以以高的置信水平决定mic。因为这样，结果不是在一个确定的（例如，预定义的）时间报告，而是分散在整个24小时时段中。无能力按照一致的时间表和在相同的工作班次（例如，针对医生或护士）递送ast结果常常延迟了靶向抗菌剂疗法的递送，减缓了恢复期，并且在一些情况下可能增加死亡率。本文中所描述的系统和方法通过将过程分成两个或更多个步骤来解决和减少上文关于现有系统所讨论的一些缺点。例如，首先，在培育开始后运行初步测试序列（例如，检查点测定）一段时间（例如，2至4小时）。如果发现在检查点测定期间测量的生长是足够的，则系统可以开始分析序列（例如，终点测定（例如，最终生长/活力测定（例如，扩增测定）））。如果发现在检查点测定期间测量的生长不足，则系统可以培育附加的时间段（例如，8小时），因为检测到生长缓慢的生物体（即，由于根据检查点测定缺乏充分生长），并且可在执行终点测定之前利用该附加的生长时间。预期此类生长缓慢的生物体占所有测试病例的不到5％。替代地，可以将系统程序化以周期性地询问对照孔中的生长，直到实现充分生长以起始终点测定。附图说明图1a是示例抗菌剂敏感性测试系统的透视图，所述系统可以具有离心系统以从测试孔中去除过量流体。图1b是示例抗菌剂敏感性测试系统的顶视图，所述系统可以具有磁捕获系统以从测试孔中移除过量流体。图1c是示例磁捕获系统的透视图。图2a是例如具有96个测试孔的示例盒的透视图。图2b是例如具有384个测试孔的示例盒的透视图。图3是示例易耗组件托盘的透视图，所述易耗组件托盘容纳一次性尖头（tip）和试剂。图4是示例装载组件的透视图，所述装载组件促进装载盒和易耗组件托盘。图5a是示例液体处理系统的透视图。图5b是液体处理系统的下侧的透视图，其图示了两组流体处理部件。图5c是抽吸喷嘴的侧面示意图，该抽吸喷嘴设置在孔的与微生物团聚物相对的侧部处。图6a是摇动培育系统的透视图。图6b是摇动培育系统的下侧的透视图，其图示了支撑在摇动机构上的盒。图7a至图7c是描绘盖在盒上的盖子的透视图。图8a是具有容纳两个盒的托盘的培育系统的透视图。图8b是具有三个堆叠的托盘的培育系统的透视图，每个托盘容纳两个盒。图8c是具有容纳四个盒的托盘的培育系统的透视图。图8d是具有三个堆叠的托盘的培育系统的透视图，每个托盘容纳四个盒。图9a是示例光学系统的示意图，该光学系统由光纤束和镜子形成以递送和检测光。图9b是示例光学系统的示意图，该光学系统由多个透镜和镜子形成以递送和检测光。图10是示例抗菌剂敏感性测试系统的透视图。图11是示例盒处理部件的透视图，其图示了该盒处理部件上的盒的剖视图。图12是用于抗菌剂敏感性测试系统中的示例培育子系统的透视图。图13是具有旋转振荡部件的示例样本摇动子系统的透视图。图14是具有一组多向线性致动器的示例样本摇动子系统的透视图。图15是具有旋转振荡部件和一组多向线性支承表面的示例样本摇动子系统的透视图。图16a和图16b分别是具有用于对光学滤波器进行分度的部件的光学系统的透视图和顶视图，所述光学系统用于激发提供给样本的光并询问从样本发射的光。图17是用于处理测试系统的盒和其他盒处理部件的机械操作式抓持器装置的透视图。图18是盒的示意图，其描绘了用于执行检查点测定和一个或多个终点测定的孔的示例构型。图19是执行示例抗菌剂敏感性测试序列的示例方法的流程图。具体实施方式在一些方面中，本文中所描述的系统和方法可以涉及用于执行多测定测试序列的自动化快速抗菌剂敏感性测试系统，其中测试系统可以被构造成至少：接收装载的测试板；将装载的测试板移动到培育组件；在培育组件中培育并搅动测试板内的接种的样本；至少一次，周期性地测量测试板的多个对照孔中的样本生长量；响应于确定对照孔中的生长水平满足或超过阈值生长水平，停止培育；对测试板中的培育的样本执行一个或多个终点测定；测量来自测试板的多个孔中的样本的光学输出，所述光学输出对应于保留在多个孔中的每一个中的微生物的量；以及报告以下各者中的至少一个：保留在多个孔中的每一个中的微生物以及所述多种抗菌剂的最小抑制浓度和/或针对它们的定性敏感性解释。例如，在一些实施例中，待测试的样本可以接种到测试板（例如，盒（例如，测试托盘（例如，孔板（例如，微孔板（例如，96或384微孔板（例如，微量滴定板））））））。在一些情况下，盒被装载到系统中，然后可以基本上自动地处理而无需人机交互（例如，使用自动操作式机器）直到过程结束。例如，可以在显示屏上报告过程结果并将其传达到实验室信息管理系统（lims）。附加地，每个盒可以由条形码或其他独特标记（例如，激光雕刻、直接零件标记、rfid或其他标记/识别）唯一地定义，所述条形码或其他独特标记可以在装载之前由用户扫描或者由系统自动地扫描以识别盒和其中待测试的样本。在一些实施例中，盒可以包括多个测试盒室（例如，孔），每个测试盒室含有液体或干燥形式的抗菌剂。在一些情况下，每个孔可以含有不同的抗菌剂类型和/或浓度。在一些情况下，在盒被装载到系统中之前，盒可以在孔中具有干燥的抗菌剂。在一些情况下，盒可以具有悬浮在培养基（例如，流体，诸如营养肉汤，例如muellerhinton肉汤）中的抗菌剂。在一些情况下，盒可以具有呈抗菌剂膜形式的抗菌剂。在一些情况下，盒可以具有呈固体形式的抗菌剂。盒可以接种含有微生物的样本，并被装载到快速ast诊断设备中。本文中所描述的微生物可以来源于生物样本。在一些实施例中，生物样本来源于临床样本（例如，临床样本可源自患者样本）。示例生物样本可以包括全血、血浆、血清、痰液、尿液、粪便、白细胞、红细胞、血沉棕黄层、泪液、粘液、唾液、精液、阴道液、淋巴液、羊水、脊髓或脑脊液、腹腔积液、胸腔积液、渗出液、点状物（punctate）、上皮涂片、活组织检查、骨髓样本、囊液或脓液、滑液、玻璃体液或房水、洗眼液或抽吸物、支气管肺泡灌洗液、支气管灌洗液或肺灌洗液、肺抽吸物、以及器官和组织（包括但不限于，肝、脾、肾、肺、肠、脑、心脏、肌肉、胰腺等等）、拭子（包括但不限于，伤口拭子、口腔拭子、咽拭子、鼻拭子、阴道拭子、尿道拭子、宫颈拭子、直肠拭子、病变部位拭子、脓肿拭子、鼻咽拭子等等）、及其任何组合。还包括细菌培养物或细菌分离物、真菌培养物或真菌分离物。在一些情况下，可以在微生物接种之前执行一个或多个稀释、分离和/或培养步骤。在一些实施例中，在装载自动ast系统之前，可以将盒预热至对应于所期望的培育温度的温度。在一些情况下预热会是有用的，因为标准的空气对流培育箱通常要花30到60分钟才能使测试板达到所期望的工作温度。预热对于与本文中所描述的用于执行快速ast的系统和方法一起使用可能特别有用，因为典型的所期望的培育时间低于8小时且在大多数情况下少于7小时、少于6小时、少于5小时、少于4小时、或少于3小时。在一些实施例中，在预热盒后30分钟内发生在存在一种或多种抗菌剂的情况下培育微生物。在一些实施例中，可以将盒中的多种液体预热至约30℃至约45℃的温度。在一些情况下，预热可以基本上均匀地加热盒的孔。在一些实施例中，对孔的基本上均匀加热可以包括加热盒，使得盒上的最高温度孔与盒上的最低温度孔之间的温差百分比小于约5％。也就是说，在一些实施例中，跨越盒（例如，从孔到孔）的温度变化小于约5％。在一些情况下，通过向盒添加处于至少约25℃的温度的至少一种流体来预热盒。在一些实施例中，可以将盒预热少于约15分钟。在一些情况下，将盒预热约1分钟、约2分钟、约5分钟、约10分钟或约15分钟。在一些实施例中，通过辐射加热、传导加热和/或对流加热中的至少一种来预热盒。例如，辐射加热可以包括红外辐射加热。在一些示例中，可以通过传导和对流加热来预热盒。例如，至少一个加热表面可以执行传导和对流加热。在一些示例中，可以通过辐射加热与传导和对流加热两者来预热盒。在一些实施例中，不单独通过对流加热来预热盒。在一些实施例中，本文中的系统和方法提供快速ast（从技术人员装载接种的盒到结果（例如，最小抑制浓度和clsi断点解释））的自动化。在一些情况下，由技术人员装载盒，并且可以输入或者可以通过系统的软件界面自动获得生物体识别（id）信息（例如，品种），诸如金黄色葡萄球菌。以这种方式，可以利用使用诸如质谱分析法（例如，maldi-tof）或多重聚合酶链式反应（pcr）测试之类的其他方法获得的id信息。在一些情况下，具有比色和荧光染料的盒可以用于微生物id，本领域技术人员将其称为生化测试。在一些实施例中，本文中所描述的系统可以培育盒，并且在盒被装载到系统中后的限定的一段时间（例如，至少2小时）之后，在单个时间点或周期性地询问生长检查孔以执行检查点测定。一旦检测到生长检查孔中样本的充分生长，本文中所描述的系统就可以起始终点测定。检查点测定通常涉及对生长（使用营养肉汤中的微生物）、非生长（使用其中没有微生物的营养肉汤）、和fit对照（在诸如盐水之类的非营养培养基中具有微生物的情况下相对于另一个对照孔测量生长或非生长对照孔）的直接（例如，吸光度、浊度测定）或间接光学测量（例如，代谢染料的荧光读数）。间接测量可以包括孔的荧光测量，其中报告基因（reporter）可以是经由微生物代谢（例如，刃天青）转换为荧光形式的氧化还原染料。在此类情况下，孔中存在的微生物越多，转换为荧光形式的染料的量越大，且因此测量到更高的荧光水平。也就是说，存在于孔中的微生物越多，转换为荧光形式的速度越快，从而导致荧光产物的浓度更高，且因此可以测量到更高的荧光水平。在一些实施例中，可以利用ph敏感性染料（例如，酚红）。在确定生长孔中样本的充分生长后，本文中所描述的系统和方法即刻可以起始一个或多个终点测定。终点测定可以包括一个或多个液体处理、样本分离（例如，离心、磁分离或真空过滤）和抽吸步骤，在此期间放大器结合到微生物的表面，未结合的试剂可以洗去，且最终，可以测量光学信号并将其与抗菌剂稀释相关，并且可以确定mic和/或qsr。可以在相同的孔和/或不同的孔中执行多个终点测定。多个终点测定对于获得准确的mic和/或qsr数据可能是有利的。在最后一个步骤中，可以利用时间门控发光（例如，时间分辨荧光）测量来自放大器的光学信号。在一些情况下，方法可以允许激发放大器分子和检测发射光，这两步可以在时间（例如，检测可以被延迟并且在激发后当所有自发荧光消失时发生）与光谱（例如，除了允许使用较便宜的带通滤波器的发射之外，激发波长还可以大于100纳米（nm））两方面分离。在一些实施例中，可以通过添加由结合分子催化改性的底物来实现扩增，并且可以测量光学输出。该光学信号可以包括吸光度信号、荧光信号和/或化学发光信号。在一些实施例中，信号可以包括电化学发光（ecl）。在一些实施例中，上转换的纳米颗粒可用作报告分子。可由系统执行的终点测定包括但不限于以下各者：代谢测定、表面结合探针测定、化学探针测定、生化探针测定、atp测定、核酸探针测定、双链核酸探针测定、光学密度测定、视觉测定和ph分子探针测定。图1a和图1b图示了用于执行本文中所描述的抗菌剂敏感性测试序列的两个示例测试系统。如下文所描述，两个系统被构造成与盒兼容，并且可以通常支持96微孔板盒和384微孔板盒构型。图1a的示例图示了测试系统50，其具有使用离心机100的分离系统。而如下文所讨论的图1b的示例图示了具有分离系统101的测试系统75，该分离系统使用磁性（magnetics）来将样本分离成所期望的组分以供分析。测试系统可以通常被构造成对120/240v50/60hz交流电源起作用。测试系统的尺寸和形状可以基于其中设置的特定部件和其将得到使用的环境而变化。例如，在一些实施例中，测试系统的体积（例如，总体积包括任何外部流体贮存器）可以小于1m3。在一些实施例中，测试系统可以具有小于约1.0m2的占地面积（例如，小于1.0m2的占地面积包括任何外部流体贮存器）。测试系统可以被构造成在多种操作和存储条件下操作。测试系统可以被构造成在约15摄氏度至约35摄氏度的范围内操作。测试系统可以被构造成在约80至约110kpa的环境压力范围内操作。测试系统可以被构造成在约25％至约85％相对湿度（不冷凝）的范围内操作。测试系统可以被构造成针对在高达海平面以上约2,000m的海拔处的操作加以评级。测试系统可以被构造成具有ip20的防尘防潮等级。例如，这可以限制通过指状物大小的物体和更大的物体接近装置的危险部分。测试系统被构造成使得一旦装载，盒就自动地移动到系统各处，而几乎不需要操作员处理。这可以增加吞吐量，同时减少劳动时间和错误。例如，系统50可以包括具有抓持器和光收集子组件501的机械操作式转移系统（例如，3轴机械臂）200。抓持器可以用于暴露（例如，去盖）盒，并在系统内的子组件之间移动这些盒以处理样本。光收集子组件501可以包括或以其他方式连接到光学网络（例如，光纤光学器件），所述光学网络可以用于将一个或多个光学信号（例如，光）从光收集子组件501载运到光学读出子系统500。在一些实施例中，从被测试、读出和测量的样本进行的光收集可以集成在由机械臂200服务的单个子系统中并利用其进行处理。该子系统可以包括x-y运动平台，以移动盒和/或光学系统来寻址盒内的测试板的每个孔。装载装置（例如，抽屉）300可以用于将盒（例如，盒700、701）装载到系统中。一旦装载，机械操作式转移系统200就可以将盒移动到培育子组件400以开始处理。培育子组件400被构造成提供对样本和盒的受控加热和摇动以执行各种测定。在一些实施例中，培育子组件400可以包括湿度控制系统，所述湿度控制系统被构造成控制或修改样本周围的空气的湿度。光学收集子系统501可以被构造成周期性地执行一个或多个检查点测定，所述检查点测定可以包括检查对照孔并确定是否实现了充分生长以便起始终点测定。一旦起始终点测定，就可以通过机械操作式系统600将板转移到液体处理子组件601。替代地，液体处理可以在测试系统50内的另一个位置处执行，包括在其他子组件内，诸如在分离系统（例如，离心系统）或培育子组件内。液体处理子组件601还可以向盒中的各个孔或从盒中的各个孔执行抽吸、洗涤和溶液添加。例如，当对盒进行离心时，所得微生物团聚物可能不均匀地分布在板的每个孔中。例如，这可能是由平面盒放置成与离心机的旋转半径相切并且平行于其旋转轴引起的。此类放置与轨道运动产生的离心力相结合可使团聚物不均匀地分布在盒孔各处。在一些情况下，离心可使团聚物分布到相对于摇动运动的轨道中心的最外侧位置。在一些情况下，某些类型的盒（诸如，具有底部呈u形或v形的孔的板）可在离心期间比具有平底的孔更好地抵抗团聚物的此类径向伸展。因而，通过将抽吸喷嘴远离每个盒孔中的团聚物放置，通常有利于抽吸以考虑变化的团聚物位置。图5c描绘了与团聚物相对设置的示例抽吸喷嘴604。因此，可以基于团聚物的预期位置从每个盒孔内的不同位置或区域中抽吸出流体。在一些情况下，沿着盒左侧的团聚物可朝向各个孔中的每一个的左侧分布（例如，在6点钟到12点钟位置（例如，在9点到12点钟位置）），并且沿着盒右侧的团聚物可朝向各个孔中的每一个的右侧分布（例如，在12点钟到6点钟位置（例如，在12点钟到3点钟位置））。因此，可以在沿着孔右侧的相对位置处沿着盒左侧从孔中抽吸出流体（例如，在12点钟到6点钟位置（例如，在3点钟到6点钟位置）），并且可以在沿着孔左侧的相对位置处沿着盒右侧从孔中抽吸出流体（例如，在6点钟到12点钟位置（例如，在6点钟到9点钟位置））。当然，此处提供特定位置或区域作为示例，并且其他构型是有可能的。离心子组件100被构造成将样本内的微生物（例如，某种微生物来源（例如，细菌、真菌细胞、古菌和原生动物）的微生物）与孔内的其他流体或组分分离。例如，离心可以基于密度梯度在样本内使微生物沉淀，并且可以用于将具有结合的扩增报告分子的微生物与包括生长营养肉汤或代谢染料报告分子的未结合分子分离。图1b示出了测试系统75的另一个示例实施例，其包括使用磁捕获分离系统101的设备。磁分离系统101可以包括支架（stand）110，所述支架上设置有磁分离装置111。在一些情况下，支架110可以包括摇动子系统112，所述摇动子系统在定位于支架110上的盒上赋予轨道或轴向搅动。磁捕获支架110可以包括一个或多个磁场产生部件，以在设置于其上的样本内产生磁场。例如，磁捕获支架110可以包括磁元件1110的二维阵列，所述磁元件呈对应于盒的孔的构型。在一些实施例中，当磁元件1110设置在支架内时，它们可以跨越支架基本上均匀地分布以与测试板配合。例如，96个（或对应于盒中的孔的数目的另一个数目）磁元件（例如，磁体（例如，圆柱形磁体））可以各自放置在96孔盒的孔下方，24个圆柱形磁体放置在96孔盒的孔之间的间隙空间中，96个开放圆柱形磁体各自放置在96孔盒的孔下方以绕孔中心以环形图案捕获磁材料。磁元件的类似分布可以用于384孔盒，但具有384个磁元件。在一些示例中，磁分离装置111可以被构造成可缩回的，例如以改变或去除施加到测试板中的样本的磁场，以允许液体处理和磁颗粒在原位置的重新悬浮。在一些示例中，磁支架110可以联接到轨道或轴向摇动器站112（例如，基本上固定在轨道或轴向摇动器站112上）。例如，轨道摇动器可以包括偏离中心的旋转部件（例如，偏心凸轮系统）。轨道摇动器也可以由多个轴向致动器（例如，x-y台）形成。在一些情况下，可以包括附加的摇动器站，以培育反应并经由搅动提高终点测定反应的结合速率。除非进行说明，否则测试系统75可以包括本文中所描述的测试系统50的一个或多个其他部件或特征。图2a和图2b图示了可以与本文中所描述的测试系统50、75一起使用的示例盒。例如，图2a表示示例96孔板700，其限定96个单独的容器（例如，室（例如，孔）），这些容器可以各自含有样本并经历测试。在一些情况下，该板可以是标准ansi96孔板盒。附加地，图2b表示示例384孔板盒701，其限定384个单独的容器（例如，室（例如，孔）），这些容器可以各自含有用于经历测试的样本。在一些情况下，该板可以是标准ansi384孔板。在一些实施例中，孔板盒可以包括平底盒，v形底盒和/或u形底盒。在一些情况下，盒可以由聚苯乙烯制成，其可以是透明的或不透明的。虽然本文中主要讨论96孔盒和384孔盒，但是其他示例是有可能的。例如，盒可以包括任何数目的孔，诸如至少2、4、6、8、12、24、48、96、192、384、1536或更多个孔。如本文中所描述，盒可以用于容纳流体的各种组合以便实施多个测试序列，诸如检查点测定、代谢测定和一个或多个终点测定。在一些情况下，盒可以具有用于促进检查点测定的一组孔和用于促进终点测定的一组孔。通过示例，在一些实施例中，简要地参考图18，盒1700可以包括以行和列布置的孔阵列。盒1700可以包括一组对照孔1710c和一组抗菌剂测试孔1710t。在图18的示例中，该组对照孔1710c包括两个孔，并且该组测试孔1710t可以包括沿着板的其余的孔。在一些实施例中，该组对照孔1710c可以包括至少两个孔，其中一个孔是生长孔1710g且另一个孔是非生长孔1710ng。如下文详细讨论的，在一些实施例中，生长孔可以包括或接种以包括肉汤和样本的组合，使得样本中的微生物可以在培育时段期间在肉汤内生长。通常，不向生长孔添加抗菌剂。而在一些实施例中，非生长孔1710ng可以包括或接种以包括没有样本的肉汤（即，在没有来自样本的微生物的情况下的肉汤）。通常，也不向非生长孔添加抗菌剂。因此，在培育时段期间，与微生物可以在其中生长的生长孔相比，非生长孔可以充当基线。测试孔1710t可以包括样本和各种类型与浓度的抗菌剂的各种组合中的任一者，可以对此分析敏感性。在一些情况下，数行孔可以专用于特定的抗菌剂，并且该抗菌剂的浓度可以在列之间变化。例如，盒可以具有含有青霉素的一行孔，其中每个孔从左到右含有浓度增加的青霉素。当然，其他示例是有可能的。例如，不同的孔和不同组的孔可以沿着盒定位在各种位置中的任一者处。附加地，不同组的孔（例如，对照孔和测试孔）可以包括沿着盒更多或更少的单独的孔。附加地，在一些情况下，并非所有孔在测试期间都被使用/占用。在板接种样本之前，可以冷冻、干燥或新鲜制备抗菌剂稀释系列。在一些情况下，可以用手抑或使用自动化系统执行盒的接种。在一些示例中，诸如在新鲜抗菌剂板的情况下，可以使用自动化液体处理系统来制备具有抗菌剂稀释系列的盒。接种过程可以包括在本领域中可能为常规的各种过程中的任一者。易耗部件如图3中所描绘，用于在系统50内进行液体处理的一种或多种试剂可以存储在易耗托盘750内。耗材750通常包括托盘751和盖子752。耗材的内部可以用密封层（例如，箔）753密封，所述密封层保护其内容物免受环境影响，诸如防潮、避光和防蒸发。箔753可以由液体处理系统刺穿或由使用者移除。托盘751包括一个或多个试剂槽（reagenttrough）754、一个或多个洗涤槽755、以及一个或多个移液管尖头保持器756。耗材750可以被构造成提供运行多个测试序列所需的足够量（例如，体积）的流体和其他耗材（例如，移液管尖头/喷嘴）。在一些实施例中，耗材750可以包括足够的试剂和耗材，以足够用于每个系统每天至少10个（例如，至少约20至100个）盒。在一些实施例中，试剂可以附加地或替代地以更大的体积存储在瓶子中。耗材750和/或用于容纳试剂的瓶子两者都可以冷藏。在一些情况下，可以在测试系统内执行冷藏。在一些情况下，每个新装载的试剂耗材750或瓶子可以包括在装载到系统中之前或期间被读取（例如，扫描）的识别信息（例如，条形码）。在一些示例中，系统可以通知用户（例如，操作员）耗材是否为空（即，缺少足够体积的试剂来执行测试序列）或内容物是否到期。在此类情况下，系统可以提示用户装载新的耗材750。耗材750可以被设计和构造成在整个温度范围内（例如，在约0℃与约10℃之间（例如，约4℃标称值））承受存储一段保质期（例如，高达约6个月），而基本上不影响测定性能。在一些实施例中，耗材可以提供足够的避光（例如，阻挡光进入耗材）。例如，在一些情况下，耗材可能是不透明的。这可以有助于保存对光敏感并且当长时间地暴露在光线下时会降解的一些试剂。在一些实施例中，耗材可以在35℃环境中可使用高达约12小时，而基本上不影响测定性能。在一些情况下，12小时可以适应典型的10小时班次，其中有2小时的余量（margin）。在一些实施例中，诸如在图4中所图示的示例中，装载抽屉300可以用于将盒700和/或易耗托盘750装载到系统中。一旦装载，机械操作式系统200就在各种子系统之间移动板700。在使用试剂易耗托盘750的情况下，耗材750可以与盒700一起被装载到抽屉300上并通过机械操作式抓持器移动到系统内适当的地方。在一些示例中，耗材750被构造成具有基本上与盒700类似的尺寸（例如，具有占地面积），这可以简化装载和卸载系统以及机械操作式抓持器系统。流体处理系统参考图5a和图5b，测试系统可以包括流体处理组件601，所述流体处理组件具有可以单独地或组合地将流体递送到盒和从盒中取出（withdraw）流体的各种部件。在一些实施例中，流体处理组件安装在独立的多轴机械操作式系统600（示于图1a和图1b中）上，并且包括试剂递送部件（例如，喷嘴）602、样本洗涤部件（例如，喷嘴）603和样本抽吸部件（例如，喷嘴）604。流体处理部件和喷嘴可以包括移液管装置（例如，单通道和/或多通道移液管头）或各种其他类型的歧管中的任一者。在一些实施例中，流体处理组件包括用于每种分配液体（例如，试剂、洗涤缓冲液等）的离散（例如，非多路）流体通路，其中4个专用于试剂且3个专用于缓冲液。针对每次的试剂和缓冲流体移位（displacement），流体处理组件601被构造成在目标最大时间段中分配每孔的特定目标体积。例如，对于96孔盒，可以在少于约20秒的时间内分配流体。在一些情况下，该时间段可以被限定为从液体开始填充第一个孔的时间到液体完成填充盒的最后一个孔的时间。在一些示例中，使用具有8通道歧管的5微升蠕动泵盒，可以在少于近似10秒的时间内完成流体分配。对于384孔盒，可以在少于约80秒的时间内分配流体。仅通过示例，在一些实施例中，流体处理组件601可以跨越盒均匀地分配以下标称体积的每种测定液体：液体体积（μl）-96孔微孔板体积（μl）-384孔微孔板试剂c105试剂a105试剂b105测定缓冲液10050洗涤缓冲液200100爆炸缓冲液10050可以实现各种流体处理公差中的任一者。例如，在一些实施例中，流体处理组件601可以例如以+/-3％的标称准确度和3％变异系数（cv）的精度分配缓冲液。流体处理组件还可以例如以+/-2%的标称准确度和2.5%cv的精度分配试剂液体。在一些实施例中，流体处理组件可以使用不同的分配技术分配试剂和缓冲液，以实现准确度和精度。例如，可以使用具有一个共同入口的多通道歧管或多通道流体移位器（例如，空气、水或油）、各个通道并行分配的头部（例如，移液管）来执行分配。流体处理组件601还可以被构造成在使用期间使盒孔中的液体与分配器喷嘴不接触。在一些实施例中，该系统被构造成基本上自动地（例如，自动地）执行所需的日常清洁，以防止分配器喷嘴上的残留物堵塞或堆积。通过各种处理部件的流体递送可以由一个或多个泵送装置（例如，正排量泵、排气泵、注射器装置，蠕动泵和/或隔膜泵）来驱动。可以通过歧管从泵出口分配流体，所述歧管由一个或多个流体入口（来自泵）和一个或多个流体出口（例如，1、8、12、16、96或384个）组成。此类歧管与一个或多个泵（例如，1、2、8、12、16、96、384个）相结合可以同时以“条带”（例如，连续或交错的微孔板行或列）将流体分配到一个或更多个（例如，1、8、12、16、96、384个）微孔板孔中。合适的流体系统可以由诸如以下各者的公司制造：美国加利福尼亚州的losgatos的accelbiotech；美国内华达州里诺的hamiltonrobotics；瑞士maennedorf的tecan；或美国加利福尼亚州布雷亚的beckman-coulter。抓持器&机械操作式系统可以使用机械操作式处理部件（诸如，3轴机械操作式抓持器）来完成盒处理，诸如在各种子组件之间移动盒或者覆盖和露出用于处理的盒（露出在本文中称为去盖）。如下文所讨论，抓持器允许基本上自动化装载到以下各者和从以下各者进行卸载：离心机子系统100、摇动培育箱子系统400、光学读出子系统500和液体处理装置子系统601。为了进行更快的光学分析和读出，光学系统的部件可以例如使用光纤光学器件和适当的光学元件联接到抓持器头501，以允许进行更好的光收集。简要地参考图17，抓持器（例如，抓持机构）201可以包括一对抓持部件（例如，有角的臂）203。臂203可以通过连杆205连接到传动杆207以使臂铰接。传动杆207可以由线性致动器（例如，驱动导螺杆机构的步进马达）209来驱动，以使用枢轴211在闭合（例如，夹捏（例如，夹紧））运动中移动抓持器臂的自由端（例如，远端）。例如，在一些实施例中，致动器可以将传动杆207拉向致动器，以使臂203绕枢轴211枢转并闭合臂。致动器还可以将传动杆207推离致动器，以使臂203绕枢轴211枢转以打开臂。其他类型的连杆构型也是有可能的。闭合运动可以使臂铰接以将臂的自由端放置成处于基本上平行的取向（例如，闭合或抓持位置），从而允许抓持器抓取并保持物体。在一些实施例中，臂203可以包括一个或多个保持元件215，以帮助抓住并保持被保持部件的各种表面并降低被保持部件将从抓持器滑落的可能性。例如，保持元件可以包括有纹理的或橡胶表面（例如，橡胶脚垫）。在一些情况下，臂和保持元件的位置和夹紧力可以是可调整的。该抓持器机构可以附加地包括被构造成促进垂直（例如，z轴）行进的系统，该系统可以与其可以连接的机械操作式处理部件分离抑或是其一部分。抓持器臂203可以被动地偏置（例如，使用线性弹簧机构（例如，弹簧））到特定的起始位置（例如，打开或闭合）。抓持器201还可以包括用于一个或多个工具或系统的安装位置213。例如，在一些示例中，光学系统可以安装在安装位置上，使得光纤光学读取器可以检查孔。安装位置213可以使用一个或多个导杆217联接到抓持器201，所述导杆连接到抓持器或直接连接到机械臂。待抓持的物体可以包括盒盖、抓持器附件（例如，其他抓持器，诸如盒升降装置（例如，下文讨论的转移系统1200和升降指状物1202））或盒自身。在一些情况下，抓持器臂203可以被构造成抓持和处理盒，使得盒可以下降到离心机系统中。培育系统在盒中培育待测试的样本可以是本文中所描述的表型抗菌剂敏感性测试系统的重要方面。在一些示例中，培育箱温度可以保持处于一致的温度，诸如处于或小于约45摄氏度（例如，小于约35摄氏度（例如，约33摄氏度至约35摄氏度（例如，35摄氏度）））。培育箱温度可以由加热器、空气循环系统和适当的空气引导特征（例如，管道系统）来控制。热量可以从这些加热器或者使用其他技术（诸如，对流、传导、辐射或平流）的组合输送到盒。预期高于约35摄氏度的温度可以提高生长速度，但会干扰或负面地影响一些抗菌剂（诸如，苯唑西林）。然而，在一些实施例中，诸如在具有不存在这些抗菌剂的测试板的情况下，可以在更高的温度下执行培育。附加地，可以控制其他条件（诸如，存在的气体和环境气体）以进行培育。例如，在一些实施例中，培育系统被构造成产生促进微生物生长的所期望的培育条件，诸如环境空气、厌氧条件或高达10％co2。附加地，可以在培育期间使用盒和其中的样本的搅动（诸如，轨道或轴向摇动），以促进微生物更好地氧合和均匀地暴露于生长培养基（例如，液体、固体或半固体培养基）中的营养物。搅动可以由周期性地执行的一个或多个（例如，1、2、3、4、5、6）轴线性、轨道（例如，圆形、椭圆形等）或半轨道运动组成，所述运动其具有1至100％的特定限定的占空比。在一些实施例中，借助于机械搅动、声学搅动和/或磁搅动来搅动盒。在一些情况下，机械搅动是轨道摇动。可以调整（例如，优化）搅动的速度和位移，具体地针对测试板构型被优化以实现附加的性能。例如，与较大的孔（诸如，在96孔盒中）相比较，具有较小孔尺寸（例如，直径）的测试板（诸如，在384孔盒中）可以受益于以较高频率和较小直径轨道（在轨道搅动的情况下）执行的搅动。当板几何形状改变时，这种搅动变化对使盒孔中的液体在孔内平稳地打旋可能是有用的。应注意，如本文中所使用，搅动可以指产生的运动，其通常不足以导致本领域技术人员理解为混合。也就是说，本领域技术人员将溶液混合很好地理解为通过增强溶液通气来促进大的生长溶液体积（例如，>10ml）中的微生物生长速率。肉汤微量稀释ast测定通常在包括横向尺寸<12mm的孔的盒中执行。例如，在一个示例中，为了在横向尺寸<12mm的孔中实现恰当混合，轨道摇动频率为至少500转/分钟（rpm）。然而，由于微生物上的高应变和剪切，这些频率可能抑制横向尺寸<12mm的孔中的微生物生长。在一些实施例中，所述方法通过以不足以实现溶液混合的频率或半径搅动盒来促进微生物生长。可以在培育期间使用盒和其中的样本的搅动（诸如，轨道或轴向摇动），以促进微生物更好地氧合和均匀地暴露于生长培养基中的营养物。令人惊讶的是，发现亚混合诱导的摇动频率和半径增强了微生物生长速率。在一些实施例中，与不搅动盒的情况下的微生物生长相比，以不足以实现溶液混合的频率或半径搅动盒会导致微生物生长与盒的搅动之间的更大生长比。可以用本文中所描述的测试系统来实施各种培育箱设计。例如，图6a和图6b中所示的紧凑的巢式培育箱设计允许高容量的紧凑系统，其中可以一次堆叠和处理多个盒。在一些实施例中，巢构型可以包括具有一个或多个侧壁412的框架410，所述侧壁形成各个盒存储室（例如，巢）414。在一些情况下，存储室可以被构造成具有对应于盒（例如，略大以容纳盒）的占地面积。在一些示例中，框架410和/或各个存储室414可以被加热，以对设置在其中的盒提供更一致（例如，均匀）和更快速的加热。在一些示例中，每个巢414具有一定尺寸并且被构造成容纳堆叠在彼此顶部的4个板。但是，取决于巢大小，可以容纳其他数目的板。在一些实施例中，培育箱可以具有至少10个盒的容量。可以在有或没有设置在盒之间的分离部件（例如，分离器（例如，热传导分离器））的情况下堆叠盒。例如，在一些情况下，由一种或多种热传导材料形成的分离部件可以设置在盒之间，以实现更均匀和更快速的加热。在一些情况下，与一些常规系统相比，本文中所描述的系统和方法可以产生更快的测试和测试更多的盒。例如，在一些实施例中，测试系统可以在大约一小时内产生至少4个盒、在大约一小时内产生至少6个盒、在大约一小时内产生至少8个盒和/或在大约一小时内产生至少10个盒的吞吐量。在一些实施例中，测试系统可以每个当日班次产生至少约50个盒和/或每个每个当日班次产生至少约100个盒的吞吐量。在一些实施例中，在装载到系统中之前，将盒预热例如至处于或接近培育箱的工作温度的温度。例如，在一些情况下，可以使用具有表面结构的热传导材料（例如，金属板）快速执行预热，以允许与板更好地热接触。在一些情况下，可以使用加热器（例如，红外加热器、电磁加热器（例如，电磁辐射（例如，微波）））来执行预热。在一些实施例中，加热可以在测试系统内（例如，在装载站处）执行。如上文所讨论，通过以使得能够在盒孔各处进行氧合和更好地分布生长培养基营养物的方式搅动样本，可以实现在培育期间更好（例如，更快速和稳定）的生长。可以实施各种搅动系统中的任一者以在样本上赋予运动。例如，在图6a和图6b中，驱动器系统420可以用于赋予轨道运动，来以圆周运动摇动样本。在一些情况下，驱动器系统420可以控制轨道速度和框架410的运动半径。在一些情况下，轨道速度和半径可以是可变的（例如，可调整的）以实现多种不同的速度和半径。附加地，在一些情况下，轨道速度和/或半径在操作期间可以是可变的。例如，样本的轨道搅动半径（例如，轨道半径）可以小于约25mm（例如，约1mm至约12mm（例如，约1mm至约10mm（例如，约1mm至约8mm（例如，约1mm至约3mm（例如，约2mm至约3mm）））））。驱动器系统420可以由马达、皮带、齿轮、凸轮或其他机电部件的各种组合中的任一者来驱动。在一些情况下，轨道速度和运动半径可以是用户可调整的并且是针对不同的板格式和待测试的样本来调整的（例如，优化）。例如，在一些示例中，384孔板可以沿着直径约4毫米的轨道搅动，而96孔板可以沿着直径约8毫米的轨道搅动。除了轨道直径之外，轨道转速也会影响微生物的生长速率。例如，轨道摇动以大于约50转/分钟的频率发生。在一些示例中，轨道摇动以大于约350转/分钟（rpm）的频率发生。在一些示例中，轨道摇动以小于约750转/分钟的频率发生。在一些示例中，轨道摇动以约150转/分钟的频率发生。例如，在约150rpm与约650rpm的速度已显示促进了可接受的微生物生长速率。在一些示例中，轨道摇动以大于约50转/分钟的频率发生。在一些示例中，轨道摇动以大于约350转/分钟的频率发生。在一些示例中，轨道摇动以小于约750转/分钟的频率发生。在一些示例中，轨道摇动以约150转/分钟的频率发生。在一些实施例中，半径（例如，轨道半径）可以大于约2mm。在一些实施例中，半径可以是约25mm。在一些情况下，可能不必在整个培育时间内连续地执行盒的搅动，但是至少10％的占空比可能是有益的。可以从多种不同位置（诸如，顶部或侧部）接近培育箱巢414。在一些情况下，参考图7a至图7c，致动器（例如，线性致动器）440可以用于从顶部、侧部或在蛤壳构型中打开巢。例如，致动器440可以被构造成驱动用于盖住盒的盖450（例如，将盒封闭在存储室414内）。盒也可以容纳在其他构型中。例如，在一些实施例中，使用多层培育箱（例如，多层级（例如，酒店式）培育箱）。参考图8a至图8d，酒店式培育箱760a、760b、760c、760d可以包括一个或多个盒保持托盘（例如，层级）765，可以通过所述托盘接近不同的盒700。层级765可以被构造成容纳任何种类不同数目的盒700。例如，每个层级可以容纳1至4个（或更多个）板700。如所描绘，培育箱可以包括移位机构（例如，致动器），以驱动各个层级的移动使得可以接近其上的盒。例如，致动器可以选择性地推动一个或多个层级以打开酒店式培育箱并滑出层级，使得可以移除盒以供由系统处理，诸如样本分离或光学分析。参考图8a和图8b，培育箱可以包括用于层级765的线性致动器770a。参考图8c和图8d，培育箱可以包括基于旋转的致动器770b，诸如连接到与互补螺纹螺母接合的螺纹杆以打开和关闭培育箱的门或盖子的伺服马达或步进马达。当致动器770b旋转螺纹杆时，螺母可以沿着杆朝向和远离致动器轴向行进。在一些情况下，系统可以被构造成使得层级保持一般固定并且机械操作式抓持器被构造成伸入培育箱并取得（retrieve）盒。虽然系统已通常被描述为与培育箱相关联地实施样本搅动（例如，摇动），但是其他示例是有可能的。例如，在一些实施例中，测试系统可以包括一个或多个独立的搅动子组件。除非另有说明，否则独立的搅动子组件可以包括本文中所描述的与培育箱相关联的搅动系统（例如，致动器770a或致动器770b）。在一些实施例中，每个层级具有独立的温度控制和温度反馈。温度监控系统（例如，热电偶、热敏电阻或基于半导体的温度传感器）可以用于温度反馈。在一些情况下，比例-积分-微分（pid）控制器可以用于控制温度。比例（p）、积分（i）和微分（d）增益通常被优化以实现适当的加热速率并减少温度波动（例如，围绕目标温度的振荡），因为某些抗菌剂在高于35摄氏度的温度下不稳定。在一些实施例中，可以通过使热空气循环来对流地实现温度控制。在一些情况下，可以使用对流和传导加热两者。附加地或替代地，可以控制相对湿度以减少（例如，最小化）来自盒的液体蒸发。例如，所述系统可以被构造成在一段时间内（诸如，3小时）将来自盒中的孔的蒸发限制为等于或小于初始液体体积的约2％。在一些实施例中，所述系统可以将培育箱中的湿度控制为约80％（在约+/-10％内）。样本分离在一些实施例中，分离（例如，离心）步骤用于例如使用上文所描述的离心子系统100或磁分离子系统101来将未结合的放大器与微生物表面分离。离心利用微生物和周围流体的密度差异来产生微生物团聚物。如本领域技术人员将理解的，这些分离方法使用100至20,000g的相对离心力（rcf）（其中g是地球的重力加速度）。rcf越大，通常需要的分离时间更短。用于诸如96或384微孔板之类的盒的典型上限值（例如，最高预期合理值）为约5,000g，以降低盒物理降解（例如，碎裂或破裂）的可能性。在一些实施例中，离心子系统可以产生在离心系统中产生的所期望的相对离心力，所述相对离心力可以为约2,000g至约5,000g（例如，约2,500g至约4,000g（例如，约2,500g））。在一些实施例中，离心可以执行至少2.5分钟。在一些情况下，2.5分钟可以包括用于达到所期望的离心速度的时间（例如，斜升时间），其可以为例如约45秒。将分离系统构造为离心系统设计可以允许由机械操作式抓持器更容易地接近样本（例如，盒）以装载和卸载盒。这有助于允许样本处理的全自动化。在一些实施例中，离心系统可以被构造成每个离心机转子位置容纳多个板（例如，通过将板堆叠于彼此之上）。此类堆叠准许在4位离心机中同时离心至少4个盒和高达16个盒。在一些情况下，如果正在处理奇数个盒，则可以使用一个或多个压载板来平衡离心机。市售离心机由以下各者制造：美国马萨诸塞州贝弗利和德国图特灵根的hettichlabtechnology；美国加利福尼亚州圣何塞的bionexsolutions,inc.；以及美国加利福尼亚州圣克拉拉的agilenttechnologies，所述离心机可以与机械操作式装载机兼容并且可以被修改为与本文中所描述的测试系统兼容并用其实施。替代地或附加地，如本文中所讨论，在一些实施例中，可以使用磁分离来完成使微生物沉淀。例如，可以添加具有适当表面功能化的磁颗粒（其可以是纳米和/或微米尺寸）以结合到微生物表面。终点测定的结合可以与磁颗粒结合同时（竞争性测定）进行或在磁捕获后（在结合至团聚物时抑或在再悬浮于溶液中后）进行。在一些情况下，磁捕获件可以是可缩回的以允许再悬浮，并且可以并入于允许轨道或轴向搅动的支架中。替代地或附加地，在一些情况下，可以使用真空过滤执行分离。替代地或附加地，在一些情况下，对于分离未结合的探针而言，分离可能不是必需的。光学系统本文中的测试系统包括光学系统，以询问盒中微生物生长。例如，光学系统通常包括激发光源、一个或多个滤波器、光收集光学器件和一个或多个检测器。在一些实施例中，可以使用呈光电倍增管（pmt）形式的检测器来测量光学信号。基于从盒内的对照孔检测到的光学信号来调整pmt的增益，以允许宽的动态范围。激发光源可以包括各种发光部件中的任一者。例如，在一些实施例中，激发源可以包括氙灯。可能的激发光源的其他示例可以包括宽带光源，诸如卤钨灯、发光二极管（led）和激光器。用于激发和发射的多组滤波器或单色器（例如，绕射光栅）可以根据测试中使用的试剂和所应用的扩增化学来设计和构造。例如，在使用刃天青的一些情况下，激发滤波器可以用于用处于约560nm波长的光激发样本，并且发射滤波器可以用于检测在约590nm下从样本发射的光（例如，在还原到试卤灵后）。在另一个示例中，在使用基于镧系元素的放大器的情况下，可以使用时间分辨荧光（trf）或时间门控发光（tgl）。在另一个示例中，在使用铕（例如，铕穴合物）的情况下，激发滤波器可以用于用处于约330nm波长的光（例如，具有80nm的频带）激发样本，并且发射滤波器可以用于检测在约615nm（例如，10nm的带宽）下从样本发射的光。激发和检测器通常是同步的，因为由于镧系元素报告分子的长寿命，tgl使用短脉冲和延迟的时间窗口来进行测量。例如，对于铕，可以在激发光源的消光与开始测量由样本发射的光之间使用100至200微秒（μs）的延迟。例如，可以使用测量由样本发射的光的200至600μs的时段（即，积分窗口）。用于光学检测器（例如，pmt）的读出电子设备可以允许模拟输出和数字输出两种。在两种模式中，可以使用可以允许可变放大（variableamplification）的转阻放大器来转换pmt的电流输出。在数字模式中，放大器的输出可以被馈送到以下两者中：比较器（例如，鉴别器），其具有可变阈值；以及脉冲整形器，其将输入信号转换成数字脉冲（例如，方波）的信号，然后可以对所述数字脉冲进行计数。该数字信号可以符合各种数字电压电平约定（例如，ttl、cmos）。因此产生的数字脉冲的数目对应于到达检测器的光子的数目。独立的光电二极管可以用于将光子计数归一化为入射光能并使激发脉冲之间的变化最小化（例如，通过使用二向色镜分割入射光）。替代地或附加地，在一些实施例中，光学检测器是ccd传感器、cmos传感器、雪崩光电二极管或硅光电倍增管或其阵列，以用于同时读出多个孔。在一些实施例中，可以将来自pmt的电流输出馈送到门控电荷积分器，然后是数字化器。积分窗口期间的积分信号对应于从样本发射的入射光能量。替代地或附加地，来自电荷积分器的输出信号的峰值检测可以用作来自样本的发射光能量的代理。在一些情况下，当一种或多种市售试剂（诸如，刃天青和/或thermofisheralamarblue®细胞活力试剂）溶解在合适的溶剂中然后代谢还原以形成试卤灵时，光学检测器可以以与所述试剂兼容的激发和发射波长及带宽来测量荧光（即，代谢测定）。如下文所讨论，本文中的系统可以包括560nm的激发滤波器（带宽为15nm）和590nm的发射滤波器（带宽为20nm）。在一些实施例中，所述系统具有10pm至100μμ试卤灵的荧光检测器灵敏度范围。在一些实施例中，光学检测器可以具有40fm至600nm铕的灵敏度范围，例如用于结合测定。在一些实施例中，光学检测器可以以tgl检测器的软件可调整增益为特色。这允许光学检测器基于低和高校准器孔自动地调整每个盒的增益，以优化测量的信号。在一些情况下，光学检测器基于在高和低校准器孔中的每一个中测量的信号动态地设定tgl检测器增益和缩放，使得低校准器信号处于检测器范围的约5至10％并且高校准器信号处于检测器范围的约90至95％。这两个孔代表测量的信号的最小和最大范围。可以使用5％和95％以准许测量可能略微超出校准器的信号范围的孔。光学检测器可以具有约40fm至约600nm铕的荧光检测器灵敏度范围。目前，用于测定化学的最小合适灵敏度为365nm铕。然而，低于365nm铕的灵敏度是期望的，以支持持续的测定优化和ast处理时间在未来的减少。检测器可以被构造成用100μs+/-10μs激发闪光持续时间来测量tgl。在一些情况下，检测器可以在激发后使用200μs+/-20μs延迟测量tgl，然后测量发射。在一些情况下，检测器可以使用300μs+/-30μs时间测量tgl，以用于将发射信号集成在检测器上。在一些情况下，当cisbio铕穴合物nh2溶解于水中时，检测器可以以与所述cisbio铕穴合物兼容的激发和发射波长来测量tgl。例如，cisbio铕穴合物nh2试剂可以作为cisbio零件编号65eu2abb而获得。在一些示例中，光学系统可以使用330nm的激发滤波器（带宽为80nm）和615nm的发射滤波器（带宽为8nm）。在一些情况下，检测器可以在少于约1.5分钟的时间内测量96孔盒中的所有孔的tgl。该时间可以包括用于测量校准器孔和执行增益调整的时间。在一些情况下，检测器可以在少于约6.0分钟的时间内测量384孔盒中的所有孔的tgl。该时间可以包括用于测量校准器孔和执行增益调整的时间。在一些情况下，检测器可以从盒顶部执行tgl激发和发射。如上文所讨论，这可以准许使用不透明的盒。在一些实施例中，本文中所描述的光学系统可以被构造成在少于约1.0分钟的时间内测量96孔盒中的所有孔的荧光。在一些情况下，光学系统可以被构造成在少于约4.0分钟的时间内测量384孔盒中的所有孔的荧光。如在本文中所图示和描述的示例中所描绘，光学系统通常被构造成从盒的顶部（例如，在孔上方）执行荧光激发和发射。这有助于准许使用不透明的盒。在一些实施例中，系统可以被构造成同时激发和测量来自多个孔（例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个孔）的光。在一些实施例中，系统可以被构造成同时激发和测量来自两组或更多组数行多个孔的的光。例如，光学系统可以包括光学头，该光学头具有待定位在孔上方的两行部件。在一些实施例中，可以延迟对相邻孔的激发和测量以减少（例如，最小化）串扰。在一些实施例中，孔可以由不透明材料制成，以减少或消除相邻孔的串扰。在此类情况下，可以同时进行对相邻孔的发射的激发和测量。光学系统可以包括光递送和传输的各种构型。在一些实施例中，参考图9a，光学系统900包括激发源，所述激发源联接到具有发射部分910a和激发部分910b的光纤束组件（例如，二分叉光纤束）910。二分叉光纤束可以具有两个光纤束，这两个光纤束设置在共同端中并且在另一端处分离成两个支腿（例如，发射部分910a和激发部分910b）。每个支腿中使用的纤维类型可以相同或不同，从而允许基于应用来优化纤维芯直径或波长范围。具有两个独立光路的双路纤维组件910允许取决于报告分子的所期望的激发和发射波长来使用不同的光学滤波器。来自激发源920的光被引导到盒的孔710中并使用适当的光学元件（例如，透镜）970聚焦。相同的光学系统可以用于收集来自孔710的光并将其导引到检测器930。在一些实施例中，光学系统包括光学头，该光学头具有多个光纤束以询问盒的多个孔。例如，光学头可以包括光纤束阵列，这些光纤束的远端彼此间隔开并被构造成与盒的孔对齐。例如，光学头可以具有待定位在孔上方的一行或多行光纤束远端（例如，两行8个光纤束）。适当的发射滤波器940可以用于对由检测器930接收和测量的光的波长进行选择或滤波。附加地，适当的激发滤波器941可以用于对被引导到样本的光的波长进行选择或滤波。简要参考图16a和图16b，光学系统975可以包括激发源，所述激发源联接到具有发射部分910a和激发部分910b的光纤束组件（例如，二分叉光纤束）910，所述光学系统可以与图9a中所描述和图示的系统900类似。然而，在一些实施例中，光学系统包括一个系统以调整或改变光学滤波器，以便针对样本的激发抑或从样本的光发射利用不同的光波长执行一种或多种测定。例如，一个系统可以包括分度部件（例如，分度轮）977，所述分度轮被构造成改变激发和发射滤波器两者（例如，同时）。在一些实施例中，轮977可以在执行的两个不同测定之间被分度，以提供所期望的光学滤波器。在一些情况下，所述系统可以包括设置在分度轮977上的一组两个光学滤波器（例如，第一激发滤波器941a和第一发射滤波器940a），所述分度轮被构造成选择性地将第一光学滤波器（例如，第一激发滤波器941a）定位成与激发源920对齐并且将第二光学光学滤波器（例如，第一发射滤波器940a）定位成与光学检测器930对齐。分度轮977可以包括其他组两个滤波器（例如，第二激发滤波器941b和第二发射滤波器940b），其中分度轮977的分度运动更换与激发源对齐的光学滤波器和与光学检测器对齐的光学滤波器。在一些情况下，一组的各个滤波器可以定位在轮977的相对侧处。在一些实施例中，轮977可以是用于定位光学滤波器组的高达六个组合的六位置分度轮。分度部件可以被构造成以各种速度中的任一者和通过各种技术中的任一者进行分度。例如，系统975可以包括马达979，所述马达例如通过皮带联接到轮977以使轮977旋转并更换滤波器。其他实施例是有可能的。例如，参考图9b，光学检测系统950可以被构造成使得在其中可以使用机械操作式抓持器来装载盒的同一个子组件内执行激发、检测和数据处理。光学检测系统950可以包括：光学激发源920，其被构造成产生光学信号并将光学信号发射到孔710中的样本；以及检测器930，其用于从样本接收光学信号。系统950可以包括反射器（例如，镜子）960和透镜970的系统，以将光引导到样本孔710。在一些实施例中，光学子系统包括x-y平台（例如，机械操作式机架（gantry）或平移台），该x-y平台允许检测器询问测试板的每个孔。例如，x-y平台可以相对于检测器移动盒，使得检测器可以定位在盒的所有不同孔的上方以用于处理每个样本。替代地或附加地，盒可以被构造成在检测器相对于盒移动时留在原地（例如，静止）。每个盒可以含有抗菌剂和每种抗菌剂的限定的两倍稀释系列的组合。另外，每个盒可以含有对照孔，诸如生长对照孔、非生长（污染）对照孔和盐水对照孔。盐水对照孔可以代表近似等于接种物中微生物的初始浓度的fit对照。盒可以包括多个孔（例如，96孔盒或384孔盒），这些孔具有盖子（例如，可移除的盖）以及唯一地定义抗菌剂构型和唯一代码的标识符（例如，条形码），所述标识符限定了板并且可以与符合hipaa的独特样本相关联。一旦找到mic和clsi断点，系统就可以允许使用图形用户界面来视觉化该结果并与lims通信。在一些实施例中，测试系统50包括独立的废物托盘，其中可以丢弃处理过的盒。例如，一旦完成终点测定，就可以分析（例如，测量）测试板。处理过的盒可以在分析后丢弃。在一些实施例中，可以例如使用机械操作式转移系统200自动地丢弃盒。在一些实施例中，处理过的盒可以通过装回到装载站300上而被丢弃，在该装载站处，用户可以将它们从系统中移除并适当地丢弃它们。示例系统图10是示例抗菌剂敏感性测试系统1050的透视图。测试系统1050可以包括用于处理系统内的样本盒700的机械操作式抓持器（例如，属于机械操作式转移系统1200）、一个或多个培育子组件1400、由机械操作式系统1600控制的液体处理子组件1601、离心子组件1100、以及上文关于其他示例测试系统所讨论的各种子组件和部件中的任一者。在一些实施例中，系统1050包括平台（例如，集结区域（例如，平台））1800以用作盒放置或保持区域。例如，平台1800可以设置在培育子组件1400与搅动系统1300之间。在一些情况下，平台1800可以被构造成相对于其他部件（诸如，培育子组件1400）升降。例如，平台可以安装在一个或多个致动器上。除非另有说明，否则测试系统1050的部件和子组件可以与关于其他示例测试系统所讨论的部件相同或相似。图11是示例盒处理部件1200的透视图。如上文所讨论，机械操作式转移系统（例如，3轴机械臂）1200可以包括一个或多个盒抓持或承载部件。例如，在一些实施例中，盒式机械操作式转移系统1200包括一组升降指状物1202，该组升降指状物具有一定尺寸并且被构造成支撑盒700（其示出为剖视图）。该组指状物1202可以限定一个或多个横向盒定位特征（例如，垂直脊）1204，以限制盒在盒移动期间无意中从转移系统1200滑落。指状物可以基本上彼此平行地定位，并且被分离以容纳上面将放置有盒的一个或多个表面。在一些情况下，指状物可以相隔至少约2英寸（例如，至少约3英寸）。在一些情况下，定位特征1204可以定位成限定开口（例如，平台凹部）1208，所述开口具有对应于盒的占地面积的占地面积。例如，每个指状物1202可以沿着其最外侧边缘具有定位特征1204。实际上，转移系统1200和升降指状物1202可以用作叉车以抓持和处理系统内的盒。在一些实施例中，升降指状物1202包括有斜面的或成角度的尖头以帮助在盒下方滑动。在一些实施例中，升降指状物1202经弹性地形成，使得一旦盒完全定位在开口1208中，它们就可以在盒返回时偏转到其初始位置。升降指状物1202也可以被构造成薄的（例如，具有低轮廓），以便伸进紧凑的空间（诸如，在培育子组件内）中以取得盒。转移系统1200还可以限定一个或多个安装特征（例如，交界面）1210，机械臂可以通过所述安装特征联接到转移系统1200。例如，当臂203被铰接以闭合并抓持系统1200时，抓持臂203的保持元件215可以联接到交界面1210。在一些实施例中，当将盒插入到具有低间隙高度的区域（诸如，下文所讨论的培育子系统1400）中和从具有低间隙高度的所述区域移除盒时，叉车式转移系统1200和升降指状物1202可以与抓持机构201结合使用。在一些实施例中，当盒将被递送到深区域（诸如，在离心机内）或将从所述深区域取得盒时，抓持机构201自身（例如，臂203）用于直接抓持盒。图12是用于抗菌剂敏感性测试系统1050的示例培育子系统1400的透视图。在一些情况下，测试系统1050可以包括一个以上（例如，两个）培育子系统1400。如所描绘，培育子系统1400可以被构造成容纳多个盒（例如，12个盒）。例如，培育子系统1400可以包括具有塔架（tower）1401的分层结构，该塔架具有多个层级1402，其中每个层级1402可以容纳用于培育的一个或多个盒。层级1402可以被构造成与机械操作式盒载体（例如，升降指状物）1202建立交界面。例如，对于待容纳的每个盒来说，层级1402可以限定一个或多个（例如，一对）凹部1404，所述凹部具有一定尺寸并且被构造成在存放（deposit）盒或从培育箱中移除盒期间容纳升降指状物。例如，凹部1404的宽度和高度可以大于指状物的宽度和高度。在一些情况下，凹部1404可以具有足够大的高度，使得当指状物将盒放置在层级1402的平台1406上时，指状物1202可以以足够的间隙下降到凹部1404中，使得它们可以被移除（例如，滑出）而不会打扰盒。在一些实施例中，层级1402沿着其前端或后端（诸如沿着平台1406）限定定位元件（例如，垂直脊）1408，以限制盒无意中从层级1402滑出或掉出的能力。因此，指状物1202可以在脊1408上方将盒插入到培育箱中，一旦盒已越过（clear）脊1408就将盒下降到平台1406上，下降指状物1202直到它们进入凹部1404中足够深，使得盒足够远离指状物1202以便越过定位特征1204，然后可以从培育箱中移除指状物1202。培育箱1400可以包括盖子（例如，门）1410，所述盖子可以在培育期间打开和关闭以容纳盒。在一些情况下，门1410和/或培育箱的框架可以包括一个或多个旋转止动件，以限制门1410行进或打开超过所期望的停止点。在一些情况下，止动件会导致门1410用作盒前面的架子。在一些示例中，用户可以打开门1410，手动地将待测试的盒放置于培育子系统1400中，并关闭门。附加地，培育子系统可以包括各种加热系统和/或搅动子系统中的任一者。例如，在一些实施例中，层级1402可以包括位于台1406中或沿着台1406的加热元件，盒在培育期间沿着该加热元件设置。在一些情况下，通过将层级1402堆叠在彼此顶部，盒可以夹在两个层级之间，且因此从顶部和底部得到加热。可以以各种方式中的任一者将盒插入到培育箱1400中和从培育箱1400中移除盒。例如，在一些示例中，用户可以通过前部（例如，通过打开门1410）来装载盒，并且测试系统可以自相对侧（例如，后侧）从培育箱1400中移除盒。附加地或替代地，测试系统可以从培育箱的前部来移除盒。图13是具有旋转振荡部件的示例样本摇动子系统（例如，旋转搅动系统）1300的透视图。摇动子系统可以与培育子系统结合使用或用作独立的子组件。在图10的示例中，搅动子系统既可以用于一个或多个培育子系统1400，又可以用作一个或多个独立的系统1300。旋转搅动子系统1300可以包括马达（例如，伺服型）1302，所述马达使具有偏离中心（例如，偏心）交界面1306的转子1304（诸如，凸轮装置）旋转，当马达1302根据上文所描述的各种搅动方法旋转时，所述转子将旋转、振荡运动赋予到盒上。在一些情况下，转子1304可以包括平衡配重以减少或限制搅动期间的振动。转子1304可以与沿着振荡路径与交界面1306一起移动的平台1310建立交界面。在一些示例中，平台1310可以沿着一个或多个支承表面设置，以沿着其振荡路径提供平滑且不间断的平移。例如，在一些情况下，平台1310可以设置在一个或多个轴承（例如，滚子）1312上。附加地或替代地，测试系统1050可以包括利用线性运动来产生样本摇动的摇动子系统。例如，参考图14，样本摇动子系统（例如，多向搅动器）1400可以包括在多个方向上驱动平台1412的一个或多个（例如，一组两个）多向线性致动器1403。该组致动器1403可以以各种构型定位。例如，致动器1403相对于彼此基本上垂直地定位。在期望圆形或轨道搅动的情况下，两个致动器可以彼此按顺序移动，以导致盒沿着所期望的半径和速度行进。附加地或替代地，测试系统1050可以包括利用旋转和线性运动的组合来产生样本摇动的摇动子系统。例如，参考图15，样本摇动子系统（例如，多向搅动器）1500可以包括两个或更多个（例如，两组，每组两个）多向线性摩擦减小部件（例如，线性支承表面）1502，不同平台1512可以沿着所述多向线性摩擦减小部件组合地滑动以准许塔架1401和其中的盒沿着轨道路径行进，从而可以在多个方向上驱动平台1512。在一些情况下，这些支承表面可以包括线性支承轨条和被构造成沿着支承轨条滑动的滑动平台。例如，第一平台1512a可以被构造成沿着第一组支承表面1503a相对于基座滑动，诸如沿着x轴。第二平台1512b可以被构造成沿着第二组支承表面1503b相对于第一平台1512a滑动，诸如沿着基本上垂直的y轴。沿不同轴的组合线性运动用于产生基本上轨道运动。为了驱动塔架1401，摇动子系统1500可以包括马达（例如，伺服型）1302，所述马达使具有偏离中心（例如，偏心）交界面的转子（诸如，凸轮装置）旋转，当马达1302根据上文所描述的各种搅动方法旋转时，所述转子将旋转、振荡运动赋予到盒上。在一些情况下，转子1304可以包括平衡配重以减少或限制搅动期间的振动。虽然可以通过马达1302赋予旋转运动，但是线性支承表面可以用于约束或导引塔架1401的运动。本文中所描述的示例系统和部件可以用于实施各种抗菌剂敏感性测试过程中的任一者。如上文所讨论，本文中所描述的系统可以促进测试过程（通过这些过程可以装入样本），并且系统可以自动地处理样本和测试所需的流体。示例方法序列描绘于图19中并在下文进行描述。在装载到系统中之前，可以稀释每个样本（例如，含有要执行敏感性测试的微生物（例如，微生物）），并根据clsi标准将其调整到所期望的适当的起始浓度（例如，3至7e5cfu/ml（cfu=菌落形成单位））。在一些实施例中，稀释剂是生长培养基，诸如mueller-hinton肉汤。可以向盒添加样本和稀释剂。如上文所讨论，在一些情况下，可以向测试孔（例如，孔1710t）和一些对照孔（例如，生长孔1710g）添加样本和稀释剂。在一些情况下，可以向对照孔中的一个（例如，非生长孔）单独添加稀释剂（即，没有添加样本）。一旦盒被接种并且读取了盒标识符并使其与样本相关联，则可以将盒（例如，盒700、701）放置在装载抽屉（例如，抽屉300）上并装载到系统中。如上文所讨论，装载抽屉300可以容纳多个测试板。替代地，可以将盒直接装载到培育系统（例如，培育系统1400）中。如上文所讨论，可以在盒被装载到培育系统中之前执行预热。在代谢染料用于检查点测定的情况下，染料可以在盒包装过程期间被存储在盒中，并且可以在所述盒接种样本之前或之后添加染料，或者可以在装载后由系统添加染料。一旦被装载到系统中，在一些示例中，机械操作式抓持器（例如，属于机械操作式转移系统200）就可以将盒移动到培育箱（例如，培育箱400）。在其他示例中，将盒直接装载到培育箱（例如，培育箱1400）中。可以将培育箱的温度调整为在约33℃与约39℃之间（例如，通常在约33℃与约35℃之间）。如果盒上不存在特定的温度敏感性抗菌剂，则可以增加培育温度以促进更快的生长。如上文所讨论，温度传感器（例如，热电偶、热敏电阻或硅基物）可以用于向温度控制器提供反馈，所述温度控制器转而控制加热器。每个培育箱（例如，巢414）可以允许从底部和侧部加热。在一些情况下，每个培育箱巢可以允许从侧部和底部均匀加热。例如，可以提供空气循环以允许更均匀的加热。附加地，可以控制湿度以减少或限制流体的蒸发。在培育期间，可以发生样本的摇动，并且可以使用例如驱动器系统420来调整轨道摇动速度，该驱动器系统具有直接抑或间接地连接的马达、皮带、齿轮、凸轮等。在培育期间，可以周期性地（例如，在预定时间之后）询问对照孔（例如，生长对照、非生长对照和fit对照），直到算法确定检测到充分生长。替代地，可以将系统程序化为在培育开始后的一定时间段（例如，3小时）后仅询问这些孔一次。例如，系统可以询问（例如，以光学方式检查）对照孔（例如，生长孔1710g对非生长孔1710ng）中的生长。在一些实施例中，这可以包括用机械操作式抓持器从培育箱中移除盒并使用光学系统来观察生长孔内的生长。在一些实施例中，可以使用转移系统1200和升降指状物1202从培育箱1400中移除盒，并且一移除盒，机械臂安装式光学系统（例如，系统900）就可以询问对照孔。在该询问之后，系统确定是在开始终点测定之前继续培育以促进微生物的附加生长还是开始终点测定。例如，通过比较来自生长孔和非生长孔的信号以及生长的时间演化，系统可以确定何时起始终点测定。一旦系统确定对照孔内的微生物已充分生长并且可以着手终点测定，就可以执行分离（例如，离心）以使微生物沉淀。例如，系统可以将盒放置到图1a的示例中的离心机100、图10的示例中的离心机1100或图1b和图1c的示例中的磁捕获分离系统101中。在一些情况下，转移系统和升降指状物1202可以通过离心机1100中的开口来递送盒（例如，在询问对照孔之后），而不将盒放回到培育箱1400中。在微生物已与稀释剂分离后（例如，使用离心机），样本可以经历抽吸。抽吸对于去除稀释剂是有用的，这可以改善终点测定的背景信号。例如，机械臂可以从分离系统取得盒，使得流体处理系统可以去除一些或全部稀释剂。在一些情况下，转移系统和升降指状物1202通过离心机1100的开口取得盒，并将盒定位在液体处理子组件1601可接近的位置。在一些示例中，在液体递送或去除期间（和/或在光学分析期间），抓持器可以将盒放置在系统内的各种位置中的任一者处。例如，盒可以放置在现有的子组件或作为特定专用位置的子组件上，该位置允许进行准确的液体添加和抽吸（例如，平坦度、稳定性）。在一些情况下，盒可以放置在培育箱1400上，放置在独立的搅动系统1300上，或放置在升/降平台1800上。然后，液体处理子组件1601可以移动到盒上方的位置并下降，使得抽吸喷嘴604进入孔中，从而使得可以去除过量流体。如关于图5c所描述，抽吸喷嘴604可以基于团聚物的预期位置而定位在不同位置处。接下来，可以添加一种或多种溶液以将报告分子结合到微生物表面。在一些情况下，可以同时或顺序地添加溶液。溶液可以包括各种缓冲液、接头（linker）和/或报告分子（例如，催化剂、放大器等）中的任一者。在一些实施例中，可以执行附加的分离，抽吸和洗涤步骤以去除未结合的试剂，减少非特异性结合和增加信噪比。取决于所使用的报告分子，测试方法还可以包括添加产生放大信号的底物试剂。可以应用搅动（诸如，摇动（例如，轨道或轴向））以加速结合反应。例如，在流体处理子组件1601递送报告分子（例如，使用试剂递送喷嘴602）之后，转移系统和升降指状物1202可以将盒放回到培育箱1400中或放置在独立的搅动系统1300上。在一些实施例中，将盒和样本返回到一个或多个组件以进一步搅动或培育。例如，可以将盒放回到培育箱1400中或搅动系统1300上。在一些实施例中，可以将盒和含有代谢探针的样本放回到培育箱中约1小时。然后，可以测量光学信号。光学信号可以从各种来源产生，诸如吸光度、荧光、时间分辨荧光、化学发光、电化学发光或光子上转换测定。在一些实施例中，对光学信号的这种测量可以包括用机械操作式抓持器从培育箱或搅动系统中移除盒并使用光学系统来检查孔。如本文中所讨论，在一些情况下，光学系统可以递送特定波长（例如，约560nm）的光以激发样本，并且可以检测在不同波长（例如，约590nm）下从样本发射的光。基于从样本发射的光强度水平，可以针对孔中各种抗菌剂-微生物对来确定微生物生长的存在或不存在。因此，对于所分析的每种抗菌剂-微生物对，系统可以从所测试的每个孔中读取光学信号，并将数据阵列发送到算法以待处理。在一些实施例中，阵列包括来自2倍稀释系列中的每个孔和3个对照孔（例如，阳性、非生长和fit）的信号。给定抗菌剂的阵列可以包括代谢氧化还原和终点测定两者。算法还可以使用对照孔来校正和归一化每个数据集，并找到降低所定义的成本函数的至少一种抗菌剂的相对最小抑制浓度（mic）和/或定性敏感性结果（qsr）。然后，所报告的mic值被转换为clsi断点查找表。转换值可以每年进行更新，并且可以在clsi发布的m100文档中找到。替代地或附加地，在一些实施例中，可以执行一个或多个终点测定。这些可以包括使用表面结合扩增的测定（例如，时间分辨荧光的指示剂）。在一些情况下，指示剂可以是一种或多种镧系元素，诸如铕、锶、铽、钐和镝、或其任何组合。例如，流体处理系统可以将另一种试剂分配到盒的测试孔中。在一些情况下，流体处理系统可以使用试剂递送喷嘴602将一定量的化学部分（moiety）（例如，戊二醛）和一定量的铕穴合物递送到待测试的每个孔。附加的终点测定示例包括但不限于以下各者：代谢测定、表面结合探针测定、化学探针测定、生化探针测定、atp测定、核酸探针测定、双链核酸探针测定、光学密度测定、视觉测定和ph分子探针测定。一旦添加结合放大器，就可以再次搅动盒以促进放大器结合到目标微生物。例如，可以将盒放回到培育箱1400中或搅动系统1300上。在附加的摇动之后，样本可以经历附加的分离。例如，转移系统和升降指状物1202可以从培育箱1400中移除盒，或搅动系统1300将其放回到离心机1100中以形成微生物的团聚物。然后，可以对孔进行抽吸以从孔中去除流体。在一些情况下，可以通过将洗涤流体分配和抽吸到孔中来执行一个或多个洗涤序列。例如，可以使用样本洗涤组分喷嘴603将洗涤流体分配到孔中，并且可以使用抽吸喷嘴604从孔中抽吸出洗涤流体。洗涤和抽吸序列可以有助于从孔中去除未结合的试剂和其他流体或颗粒并减少非特异性结合，这对于增加信噪比并且在光学系统的询问期间产生更好的光学结果会是有用的。虽然本文中已描述了各种实施例，但是应理解，它们仅通过示例的方式呈现和描述，并且不将同此呈现的权利要求限制到任何特定的构型或结构部件。因此，优选实施例的广度和范围不应受任何上述示例性结构或实施例的限制，而是应仅根据所附权利要求及其等同物来定义。当前第1页12