专利名称：与小麦赤霉病抗性主效qtl紧密连锁的sscp标记及其应用的制作方法
技术领域：
本发明涉及小麦育种和分子生物学领域，尤其是选择利用小麦抗赤霉病抗性主效 QTL紧密连锁的分子标记进行辅助育种，以提高小麦抗赤霉病育种的效率。
背景技术：
小麦赤霉病是温暖、潮湿麦区的重要病害，主要由禾谷镰刀菌 (Fusariumgraminearum)引起。小麦赤霉病不仅造成严重的产量损失，而且病麦粒残留的 脱氧雪腐镰刀菌烯醇(deoxynivalenol，DON)等真菌毒素，严重威胁人畜的健康，培育抗病 品种是防治这一病害最经济和有效的手段。大量前人工作(柏贵华，上海农业学报，1989， 5(4) :17 23 ;Sinijders CHA, Euphytica，1990，50 :11 18 ;Singh RP, PlantDisease, 1995，79 :238 240 ;van Ginkel Μ,Plant Disease,1996,80 :863 867 ；Bai G-H,Theor. Appl. Genet.，2000，100 :1 8.)已表明，小麦的赤霉病抗性是由2_3对主效基因控制以及 数量不详的微效基因共同修饰的数量性状，遗传机制较为复杂。小麦赤霉病的抗性鉴定受 环境因素影响较大，鉴定十分困难，不仅需要一定的控温、控湿措施，而且只能在小麦开花 期进行，费时费力，也是导致小麦抗赤霉病育种进展缓慢的重要原因。近几年发展起来的分子标记辅助育种技术，通过构建重要抗源的遗传图谱和数量 性状位点(Quantitative Trait Loci, QTL)分析，可以找到与小麦赤霉病抗性主效QTL紧 密连锁(或共分离)的分子标记。分子标记辅助选择可在DNA水平针对抗赤霉病的基因或 QTL对育种材料进行选择，因而可以克服赤霉病表型鉴定的不稳定性，降低表型评价的成 本，提高抗病育种效率苏麦3号及其衍生系宁7840等在世界范围内被广泛的用作为小麦赤霉病抗性育 种的抗源，苏麦3号及其衍生系的赤霉病抗性QTL研究也获得了较大的进展。Bai等(1999) 应用AFLP标记在宁7840 (苏麦3号的衍生系)中鉴定出一个赤霉病抗性主效QTL，可解释 60%以上的赤霉病抗性表型变异(Bai GH，Phytopathol，1999，89 (4)，343-348·)。该抗性 QTL后来被定位于小麦3B染色体的短臂(3BS)上，SSR标记Xgwm389和Xgwm493位于该抗性 QTL的两侧(Zhou WC, Genome，2002，45 :719-727)。AFLP标记由于其操作的复杂性及对工 作人员的技术要求较高，因而在一般的实验室难以开展，难以用于分子标记辅助育种。Guo 等(2003)将该抗性QTL区域的一个AFLP标记转化为STS，但是该STS标记为显性标记，只 在感病品种中扩增出 PCR 条带(Guo PG,Theor Appl Genet，2003，106，1011-1017)，难以在 标记辅助育种中用于鉴定抗病基因型。对于苏麦3号及其衍生系，尽管有很多的研究小组对其赤霉病抗性QTL进行了 作图定位(Waldron BL, Crop Sci, 1999,39 805-811 ；Anderson JA, Theor Appl Genet, 2001，102(8) 1164-1168 ；Bai GH, Phytopathol，1999，89(4)，343-348 ；Zhou WC, Genome, 2002,45 719-727 ；Buerstmayr H, Theor Appl Genet,2002,104(1) 84-91 ；Buerstmayr H, Theor ApplGenet, 2003,107 503-508 ；Yang ZP, Genome, 2005, 48 187-196 ；Ma HX, Plant Pathology,2006,55(6) 739-745 ；Zhou WC，Genome，2004，47，1137-1143)，但是
3在赤霉病抗性分子标记辅助育种中可用的DNA标记仍局限于少数的几个标记，主要是 SSR 标记 Xgwm389, Xgwm493, Xgwm533(Anderson JA, International Journal of Food Microbiology, 2007,119 51-53)，但是这些SSR标记距离抗性QTL遗传距离较大，且在 一些已知的抗病材料中存在多态性位点不一致等问题(张凯鸣，作物学报，2006，32 (12) 1788-1795.)，为提高小麦抗赤霉病分子标记辅助育种的效率，有必要开发与抗性基因更近 且在抗病品种中多态性位点一致的分子标记。Anderson 等(2001)、Zhou 等(2002)、Buerstmayr 等(2002)、周淼平等(2003)和 Shen等(2003)研究报道ND2603、Ning7840、CM_82036、宁894037等具有苏麦3号血统的中 国抗赤霉病品种或材料的3BS上具有抗赤霉病的主效QTL (周淼平，遗传学报，2003，30 (6) 571 576 ；Anderson JA, Theor. Appl. Genet. 2001，102 1164 116 ；Zhou WC, Genome, 2002,45:719 727 ；Buerstmayr H, Theor. Appl. Genet. ,2002,104 84 91 ；Shen X， Theor. Appl. Genet.，2003，106 1041 1047)。周淼平等(2003)、Zhang 等(2004)和 zhou 等 (2004)研究报道不同与苏麦3号的中国抗赤霉病地方品种望水白的3BS上也具有抗赤霉 病的主效 QTL (周淼平，遗传学报，2003，30 (6) 571 576 ；Zhang X, Euphytica, 2004,139 59 64. ； Zhou WC,. Genome, 2004,47 1137 1143)。Somers 等[9]和 Bourdoncle 等[1°]研 究报道Wuhan-I和Huapei 57-2等遗传背景不详的中国抗赤霉病地方材料的3BS上也具有 抗赤霉病的主效 QTL (Somers DJ, Genome, 2003,46 555 564 ；Bourdoncle W, Euphytica, 2003,131 131 136)。以上研究表明不仅是苏麦3号血统的抗赤霉病育种材料中具有3BS 上的抗赤霉病主效QTL，中国的一些抗赤霉病地方品种和育种材料中可能也存在3BS上的 抗赤霉病主效QTL，与3BS上的抗赤霉病主效QTL连锁的分子标记有可能用于中国小麦的抗 赤霉病辅助育种。Liu等(2008)报道在小麦3BS赤霉病抗性QTL区域发现了 7个抗赤霉病候选基 因，根据其中的第2个基因序列设计引物，开发了一个与赤霉病抗性QTL紧密连锁的分子标 记(LIU SX, Cereal Research Communications，2008，36 195 200.)。通过 ABIDNA 序列 分析仪进行分子标记分析可以区分赤霉病抗感品种，但我国从事小麦育种的多数实验室无 法应用该技术进行标记分析。本发明的目的是将该标记转化为一般的实验室可操作、普通 的凝胶电泳即可分辩的在抗感品种间呈共显性的SSCP标记(SingleStrand Conformation Polymorphism marker)，为我国的小麦抗赤霉病分子标记辅助育种提供简易、高效的分子 标记
发明内容
本发明的目的在于提供一个与小麦3BS赤霉病抗性主效QTL紧密连锁的SSCP标 记，并通过检测这个SSCP标记可以预测小麦植株的赤霉病抗性，加快抗赤霉病小麦的选择进度。本发明的目的是这样实现的一个与小麦赤霉病抗性主效QTL紧密连锁的SSCP标 记，其特征在于利用抗赤霉病的小麦品种或品系3BS区域存在的赤霉病抗性QTL抗赤霉病 候选基因，通过引物进行PCR扩增，PCR扩增产物变性后单链构象产生差异，建立与小麦赤 霉病抗性主效QTL紧密连锁的SSCP标记，具体步骤是a)提取抗赤霉病和感赤霉病的小麦品种或品系叶片的DNA ；
b)对获得的DNA通过正向引物5，-CGTGGTTCCACGTCTTCTTA-3，和反向引物 5，-TGAAGTTCATGCCACGCATA-3，进行 PCR 扩增；c)在PCR扩增产物中添加1. 5倍的变性上样液，98°C变性10分钟；变性产物放置 于0 4°C的低温下至少5分钟；变性产物在12 %的非变性聚丙烯酰胺凝胶中，25 士 2°C，电 泳2h，PCR扩增产物单链构象产生差异，在12%的非变性聚丙烯酰胺凝胶上产生两种含两 条单链的带型，其中，抗赤霉病的小麦品种或品系含有的两条单链的带型位置较高，将其作 为与小麦赤霉病抗性抗性主效QTL紧密连锁的SSCP标记。在本发明中所述的变性上样液为体积比为98%的去离子甲酰胺，lOmmol/LPH =8. 0的EDTA，质量比为0. 025%的二甲苯氰FF，和质量比为0. 025%的溴酚蓝；所述的非 变性聚丙烯酰胺凝胶为100ml聚丙烯酰胺胶溶液中含有11. 6克丙烯酰胺和0. 4克甲叉双 丙烯酰胺。在本发明中所述的抗赤霉病的小麦品种或品系是指苏麦3号，或宁894037，或 宁7840。感赤霉病的小麦品种或品系是指Clark和安农8455。一种上述的SSCP标记的应用，其特征在于将该SSCP标记用于对育种中的小麦品 种或品系的基因型检测，以判断该品种或品系是否具有赤霉病抗性。在上述SSCP标记的应用中所述的对育种中的小麦品种或品系的基因型 检测是指提取育种中的小麦品种或品系叶片的DNA，对获得的DNA通过正向引物 5，-CGTGGTTCCACGTCTTCTTA-3，和反向引物 5，-TGAAGTTCATGCCACGCATA-3，进行 PCR 扩增； 在PCR扩增产物中添加1. 5倍的变性上样液，98°C变性10分钟；变性产物放置于0 4°C的 低温下至少5分钟；变性产物在12%的非变性聚丙烯酰胺凝胶中，25士2°C，电泳2h，PCR扩 增产物单链构象产生差异，在12 %的非变性聚丙烯酰胺凝胶上产生两条单链带型，将该两 条单链带型与小麦赤霉病抗性主效QTL紧密连锁的SSCP标记进行比对，如果与苏麦3号、 宁894037和宁7840 —致，则该小麦品种或品系为抗赤霉病的品种或品系，记为R，否则记为 S。在上述SSCP标记的应用中所述的变性上样液为体积比为98%的去离子甲酰 胺，IOmmol/L PH = 8. 0的EDTA,质量比为0. 025%的二甲苯氰FF,和质量比为0. 025%的溴 酚蓝；所述的非变性聚丙烯酰胺凝胶为100ml聚丙烯酰胺胶溶液中含有11. 6克丙烯酰胺 和0.4克甲叉双丙烯酰胺。本发明的优点在于本发明能够克服常规育种中小麦赤霉病抗性筛选只能在开花 期鉴定且易受环境影响的缺点，在苗期就可通过检测分子标记对小麦植株的赤霉病抗性进 行预测和筛选，淘汰感病植株，减少人力物力的浪费，提高育种效率。与基于ABIDNA序列分 析仪的标记相比，操作简便，费用较低，且有同样的灵敏度。
图1是标记的染色体定位；图2是8个小麦品种的PCR产物琼脂糖凝胶电泳图；
图3是9个品种的序列对比；图4是不同小麦品种的SSCP和STS标记带型的比对。在图4中，图的上部为SSCP分析，图的下部为STS分析。
具体实施例方式实施例1标记的染色体定位提取小麦品种宁7840 (高抗赤霉病)、DL 2000Marker (感赤霉病)、中国春、中国 春缺体四体N3BT3A、N3AT3D N3DT3A和中国春的端体DT3BL、DT3BS叶片的DNA。根据Liu等(2008)年报道的第2个基因序列公开的设计合成PCR扩增的 弓I · (LIUSX, Cereal Research Communications, 2008,36 195 200.) : ιΕ 向弓丨· 5，-CGTGGTTCCACGTCTTCTTA-3，；反向引物 5，-TGAAGTTCATGCCACGCATA-3，(引物由上海生 工生物工程技术服务有限公司合成，下同)，分别对各叶片的DNA进行PCR扩增。在2. 5% 的琼脂糖胶上进行电泳，有3BS区域的中国春、N3AT3D、N3DT3A、DT3BS均能扩增出240bp左 右的条带，而缺少3BS的N3BT3A、DT3BL则无法扩增出该条带，确定该引物的PCR条带位于 小麦的3BS染色体区域(参见图1)。在图1 中，1:中国春；2 :N3AT3D ；3 :N3BT3A ；4 :N3DT3A ；5 :DT3BL ；6 :DT3BS ；7 :DL 2000Markero实施例2 9个小麦品种的PCR扩增产物序列比对提取8个小麦品种苏麦3号，望水白，宁894037，宁7840、安农8455，Alondra, Clark和Frotana叶片的DNA。对这8个小麦品种用相同的引物进行PCR扩增，并以琼酯糖 凝胶电泳分离。这些品种中，苏麦3号，望水白，宁894037，宁7840为4个具有赤霉病3BS 抗性主效QTL的小麦品种，安农8455，Alondra和Clark为感病品种，Frotana为美洲抗赤 霉病品种，没有3BS抗性主效QTL。扩增结果表明，这8个品种的扩增条带在2. 5%的琼脂 糖凝胶电泳中均可扩增出240bp左右的条带(如图2)。，在图2 中，1 苏麦 3 号；2 望水白；3 宁 894037 ；4 宁 7840 ；5 =Frotana ；6 安农 8455 ；7 =Alondra ；8 =Clark ；9 :DL 2000Markero由图2可见2. 5%的琼脂糖凝胶电泳并不能显现抗感品种PCR扩增产物间存在的差异。将这8个品种和中国春的PCR扩增产物进行了回收测序，结果发现抗病品种苏 麦3号、望水白、宁7840和宁894037扩增片段长度为240bp，无3BS抗性QTL的4个品种 Frotana、安农8455、Alondra和Clark扩增片段长度为237bp，中国春为229bp (图3)。实施例3、变性上样液和非变性聚丙烯酰胺凝胶的配制1、变性上样液的配制体积比为98%的去离子甲酰胺，lOmmol/L PH = 8. O的 EDTA，质量比为0. 025%的二甲苯氰FF，和质量比为0. 025%的溴酚蓝。配制方法首先是配制10倍的二甲苯氰FF和溴酚蓝母液，称取0. 125g 二甲苯氰FF和0. 125g 溴酚蓝溶解于50ml甲酰胺中。其次是变性上样液的配制，方法是取10倍的二甲苯氰FF和溴酚蓝母液5ml，pH 8. 0的0. 5M EDTA溶液lml，加44ml的甲酰胺至50ml的总体积。2、12%非变性聚丙烯酰胺凝胶的配制100ml聚丙烯酰胺胶溶液中含有11. 6克丙 烯酰胺和0. 4克甲叉双丙烯酰胺。配制方法
首先配制丙烯酰胺和甲叉双丙烯酰胺比例为29 1的30%的聚丙烯酰胺凝胶母 液，方法是称取145g丙烯酰胺和5g甲叉双丙烯酰胺溶解于500ml的去离子水中。其次是配制丙烯酰胺和甲叉双丙烯酰胺比例为29 1的12%的聚丙烯酰胺凝胶 溶液，方法是取丙烯酰胺和甲叉双丙烯酰胺比例为29 1的30%的聚丙烯酰胺凝胶母液 200ml，加300ml的去离子水至总体积为500ml。最后是配胶，方法是取60ml丙烯酰胺与甲叉双丙烯酰胺比例为29 1的12%的 聚丙烯酰胺凝胶溶液以及600 μ 1 10%过硫酸铵和60 μ L TEMED (四甲基乙二胺)分别加入 专用的配胶用的小烧杯中，用玻棒搅拌均勻。10%过硫酸铵的配制方法是称取IOg过硫酸铵溶解于IOOml的蒸馏水中，4°C保存。实施例4 20个小麦品种的STS标记分析提取宁7840，望水白，苏麦3号，宁894037，台湾小麦，阿夫，安农8455，Alondra, Clark，关东107，涡102，宁麦9号，湘麦1号，扬麦12，花培1号，Frontana，繁60096，新中 长，扬麦158，绵阳28等20个小麦品种叶片的DNA。对这20个小麦品种用相同的引物进行 PCR扩增，PCR扩增产物在12%非变性聚丙烯酰胺胶上进行STS分析，图4的下部展示了 20 个品种在12%非变性聚丙烯酰胺胶上的STS带。在图4 中，1 扬麦 158 ；2 繁 60096 ；3 扬麦 12 ；4 =Frontana ；5 新中长；6 关东 107 ；7 涡 102 ；8 绵阳 28 ；9 苏麦 3 号；10 宁 7840 ；11 望水白；12 宁 894037 ；13 台湾小 麦；14 阿夫；15 安农 8455 ；16 =Alondra ；17 =Clark ；18 宁麦 9 号；19 湘麦 1 号；20 花培1号。由图4可见，在12%非变性聚丙烯酰胺凝胶上获得的STS带与PCR扩增产物在 2. 5%琼脂糖凝胶上的电泳分析一样，也无法分辨出抗感品种间存在的差异。实施例5 36个小麦品种的SSCP标记分析提取宁7840，望水白，苏麦3号，宁894037，台湾小麦，阿夫，安农8455，Alondra, Clark，关东107，涡102，宁麦9号，N553，S42，湘麦1号，H35，宁麦8号，扬麦12，扬麦5号， 苏麦6号，生抗1号，扬麦11号，中国春，扬麦15号，花培1号，Frontana，尤福麦4号，繁 60096，皖麦18号，新中长，生抗2号，小偃9366，小偃22，紫棱子，扬麦158，绵阳28等36个 小麦品种叶片的DNA。对这36个小麦品种用相同的引物进行PCR扩增，PCR扩增产物中添 加1. 5倍的变性上样液，98°C变性10分钟；变性产物放置于0 4°C的低温下至少5分钟； 变性产物在12%的非变性聚丙烯酰胺凝胶中，25士2°C，电泳2h，PCR扩增产物单链构象产 生差异，在12%的非变性聚丙烯酰胺凝胶上产生两种单链带型，图4的上部展示了 36个品 种中的20个品种在12%非变性聚丙烯酰胺胶上的SSCP带。在图4 中，1 扬麦 158 ；2 繁 60096 ；3 扬麦 12 ；4 =Frontana ；5 新中长；6 关东 107 ；7 涡 102 ；8 绵阳 28 ；9 苏麦 3 号；10 宁 7840 ；11 望水白；12 宁 894037 ；13 台湾小 麦；14 阿夫；15 安农 8455 ；16 =Alondra ；17 =Clark ；18 宁麦 9 号；19 湘麦 1 号；20 花培1号。由图4可见，在12%非变性聚丙烯酰胺胶上获得的两种单链带型可以明显分辨出 抗感品种间存在的差异。其中，与苏麦3号(9泳道)；10:宁7840(10泳道)的SSCP带型一 致的带型为R，它们是关东107(6泳道)、涡102(7泳道)、望水白(11泳道)、宁894037(12泳道)、台湾小麦(13泳道)、宁麦9号(18泳道)、湘麦1号(19泳道)以及图4中没有展 示的S42、N35、N533和扬麦5号。其他23个品种的带型为S，其中包括3个公知的感病品 种安农8455(15泳道),Alondra (16泳道)和Clark (17泳道)以及与它们具有相同单链带 型的扬麦158 (1泳道)、繁60096 (2泳道)、扬麦12 (3泳道)、=Frontana (4泳道)、新中 长(5泳道)、绵阳28(8泳道)、阿夫(14泳道)、20 花培1号(20泳道)。对上述36个品种进行SSCP分析结果记录在表1中。表1 36个供试小麦品种抗性鉴定及带型分析
品种病小穗率(％)带型品种病小穗率(％)带型宁 78404.33R扬麦126.13S望水白5.41R生抗1号9.69S苏麦3号5.74R宁麦8号5.87S宁 8940378.72R小偃936618.19S台湾小麦6.95R中国春14.13SN5337.18R生抗2号17.56S宁麦9号6.81R尤福麦4号13.99S湘麦1号8.71R小偃2218.28S关东1075.82R扬麦15824.47SN3511.26R紫棱子24.09S涡1026.71R绵阳2827.69SS428.62R繁 6009615.04S扬麦5号8.78R新中长17.18S扬麦11号9.83S皖麦18号16.19S扬麦15号12.21S阿夫25.98S苏麦6号9.54S安农845517.74SFrontana12.51SAlondra24.9S花培一号12.35SClark24.16S实施例6赤霉病抗性鉴定和标记的验证赤霉病抗性鉴定采用小穗单花滴注的方法进行赤霉病接种。小麦开花期在从上 向下的第5个小穗内注射接种10 μ 1禾谷镰刀菌(菌株F15)孢子悬浮液(Ιμ 含100个 孢子)，接种以后套塑料袋保湿3d，然后每天喷水1 2次，每个株系接种12个穗子。接种 后21d调查发病情况并统计病小穗率。病小穗率=(发病小穗数/总小穗数)X 100%。对36个品种进行赤霉病抗性鉴定，每品种重复两次。病小穗率取两重复的平均 值。病小穗率最低的是宁7840，为4. 33%，最高的是绵阳28，为27. 69%，36个品种的病小穗率平均值为13. 13%。用Microsoft Office Excel 2003软件进行方差分析，结果表明品 种之间病小穗率差异显著(P < 0. 01)，重复之间无显著差异(表2)。标记分析中R带型的 品种表现为抗病(病小穗率低于平均值13. 13% )的比率为100% ；S带型的品种表现为感 病(病小穗率高于平均值13. 13% )的比率为65.2%。表2赤霉病小穗率方差分析表_差异来源平方和自由度均方F值概率
品种0.500288350.0142944. 8391191. 05E-08
重复0.00090420.0004520.153080.858347
误差0.206768700.002954
总计0.707961107
上述各实施例不是对本发明的具体限制，只要是在上述实施例的启示下，结合本 领域的基本常识，按照本发明的权利要求去实施，均落入本专利的保护范围。
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权利要求
一个与小麦赤霉病抗性主效QTL紧密连锁的SSCP标记，其特征在于利用抗赤霉病的小麦品种或品系3BS区域存在的赤霉病抗性QTL抗赤霉病候选基因，通过引物进行PCR扩增，PCR扩增产物变性后单链构象产生差异，建立与小麦赤霉病抗性主效QTL紧密连锁的SSCP标记，具体步骤是a)提取已知抗赤霉病和感赤霉病的小麦品种或品系叶片的DNA；b)对获得的DNA通过正向引物5’ CGTGGTTCCACGTCTTCTTA 3’和反向引物5’ TGAAGTTCATGCCACGCATA 3’进行PCR扩增；c)在PCR扩增产物中添加1.5倍的变性上样液，98℃变性10分钟；变性产物放置于0～4℃的低温下至少5分钟；变性产物在12％的非变性聚丙烯酰胺凝胶中，25±2℃，电泳2h，PCR扩增产物单链构象产生差异，在12％的非变性聚丙烯酰胺凝胶上产生两种含两条单链的带型，其中，抗赤霉病的小麦品种或品系含有的两条单链的带型位置较高，将其作为与小麦赤霉病抗性主效QTL紧密连锁的SSCP标记。
2.根据权利要求1所述的与小麦赤霉病主效QTL紧密连锁的SSCP标记，其特征在于 所述的变性上样液为体积比为98%的去离子甲酰胺，lOmmol/L pH = 8. 0的EDTA，质量 比为0. 025%的二甲苯氰FF，和质量比为0. 025%的溴酚蓝；所述的非变性聚丙烯酰胺凝胶 为100ml聚丙烯酰胺胶溶液中含有11. 6克丙烯酰胺和0. 4克甲叉双丙烯酰胺。
3.根据权利要求1或2所述的与小麦赤霉病主效QTL紧密连锁的SSCP标记，其特征在 于所述的已知抗赤霉病的小麦品种或品系是指苏麦3号，或宁894037，或宁7840 ；已知 感赤霉病的小麦品种或品系是指Clark或安农8455。
4.一种如权利要求3所述的SSCP标记的应用，其特征在于将该SSCP标记用于对育 种中的小麦品种或品系的基因型检测，以判断该品种或品系是否具有赤霉病抗性。
5.根据权利要求4所述的SSCP标记的应用，其特征在于所述的对育种中的小麦品 种或品系的基因型检测是指提取育种中的小麦品种或品系叶片的DNA，并通过正向引物 5，-CGTGGTTCCACGTCTTCTTA-3，和反向引物 5，-TGAAGTTCATGCCACGCATA-3，对它们进行 PCR 扩增；在PCR扩增产物中添加1. 5倍的变性上样液，98°C变性10分钟；变性产物放置于0 4°C的低温下至少5分钟；变性产物在12%的非变性聚丙烯酰胺凝胶中，25士2°C，电泳2h， PCR扩增产物单链构象产生差异，在12%的非变性聚丙烯酰胺凝胶上产生两条单链带型， 将该两条单链带型与小麦赤霉病抗性主效QTL紧密连锁的SSCP标记进行比对，如果与苏麦 3号、或宁894037或宁7840 —致，则该小麦品种或品系为抗赤霉病的品种或品系。
6.根据权利要求5所述的SSCP标记的应用，其特征在于所述的变性上样液为体积 比为98%的去离子甲酰胺，IOmmol/L PH = 8. 0的EDTA，质量比为0. 025%的二甲苯氰FF， 和质量比为0. 025%的溴酚蓝；所述的非变性聚丙烯酰胺凝胶为100ml聚丙烯酰胺胶溶液 中含有11. 6克丙烯酰胺和0. 4克甲叉双丙烯酰胺。
全文摘要
本发明涉及一个与小麦赤霉病抗性主效QTL紧密连锁的SSCP标记，其特征在于利用抗赤霉病的小麦品种或品系3BS区域存在的赤霉病抗性QTL抗赤霉病候选基因，通过引物进行PCR扩增，PCR扩增产物变性后单链构象产生差异，建立与小麦赤霉病抗性主效QTL紧密连锁的SSCP标记，用于对育种中的小麦品种或品系的基因型检测。其优点是能够克服常规育种中小麦赤霉病抗性筛选只能在开花期鉴定且易受环境影响的缺点，在苗期就可通过检测分子标记对小麦植株的赤霉病抗性进行预测和筛选，淘汰感病植株，减少人力物力的浪费，提高育种效率。与基于ABI DNA序列分析仪的标记相比，操作简便，费用较低，且有同样的灵敏度。
文档编号C12N15/11GK101892307SQ20101016943
公开日2010年11月24日 申请日期2010年5月12日 优先权日2010年5月12日
发明者任丽娟, 余桂红, 周淼平, 孙晓波, 张旭, 张鹏, 杜军凯, 马鸿翔 申请人:江苏省农业科学院