专利名称：一种染色体15q25区段SNP检测的特异性引物和液相芯片的制作方法
技术领域：
本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种染色体 15q25区段SNP检测的特异性引物和液相芯片。
背景技术：
L0C123688是位于染色体15q25区段上的一个功能的基因，它主要负责编码尼古丁的细胞受体，目前研究表明，尼古丁通过这些受体，能促进肺癌的发展，促进癌细胞增殖、 存活、迁移、入侵到邻近组织，甚至发展肿瘤的血液供应，因此该基因单核苷酸多态性(SNP) 与肺癌的发生和发展相关。此外，位于染色体15q25区段的编码尼古丁乙酰胆碱受体的候选基因CHRNA3亦与肺癌的发生风险相关，该基因上的基因突变是影响不可手术的IIIB期/IV期肺癌患者独立预后因素。本发明目标检测的染色体15q25区段突变位点，如表所示
权利要求
1.一种染色体15q25区段SNP检测的液相芯片，其特征在于，主要包括有(A)针对每种基因的SNP位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对，每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因SNP位点的特异性引物组成；所述特异性引物是针对染色体 15q25 区段 A102G SNP 的 SEQ ID NO. 11 和 SEQ ID NO. 12、C77T SNP 的 SEQ ID NO. 13和 SEQ ID NO. 14、C63T SNP 的 SEQ ID NO. 15和 SEQ ID NO. 16、A202C SNP 的 SEQ ID NO. 17 和 SEQ ID NO. 18、和 / 或 G139C SNP 的 SEQ ID NO. 19 和 SEQ ID NO. 20 ；所述 tag 序列选自SEQ ID NO. 1 SEQ ID NO. 10中的序列；(B)分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列选自SEQ ID N021 SEQ ID NO. 30中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对，且所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；(C)用于扩增具有染色体15q25区段的A102G、C77T、C63T、A202C和/或G139CSNP位点的目标序列的扩增引物。
2.根据权利要求1所述的染色体15q25区段SNP检测的液相芯片，其特征是，所述扩增引物为针对染色体 15q25 区段 A102G SNP 的 SEQ ID N0. 31 和 SEQ ID NO. 32、C77T SNP 的 SEQ ID NO. 33 和 SEQ ID NO. 34、C63T SNP 的 SEQ ID NO. 35 和 SEQ ID NO. 36、A202C SNP 的 SEQ ID NO. 37 和 SEQ ID NO. 38、和 / 或 G139C SNP 的 SEQ ID N0. 39 和 SEQ ID N0. 40。
3.根据权利要求1所述的染色体15q25区段SNP检测的液相芯片，其特征是，所述ASPE 引物对为针对染色体15q25区段A102G SNP的由SEQ ID NO. 1和SEQ ID NO. 11组成的序列及由SEQ ID N0. 2和SEQ ID N0. 12组成的序列、针对C77T SNP的由SEQ ID N0. 3和 SEQ ID N0. 13组成的序列及由SEQ ID N0. 4和SEQ ID N0. 14组成的序列、针对C63T SNP 的由SEQ ID N0. 5和SEQ ID N0. 15组成的序列及由SEQ ID N0. 6和SEQ ID N0. 16组成的序列、针对A202C SNP的由SEQ ID N0. 7和SEQ ID N0. 17组成的序列及由SEQ ID N0. 8禾口 SEQ ID N0. 18组成的序列、和/或针对G139C SNP的由SEQ ID N0. 9和SEQ ID N0. 19组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID N0. 20组成的序列。
4.根据权利要求3所述的染色体15q25区段SNP检测的液相芯片，其特征是，主要包括有(A)ASPE引物对为针对染色体15q25区段A102GSNP的由SEQ ID NO. 1和SEQ IDN0. 11 组成的序列及由SEQ ID N0. 2和SEQ ID N0. 12组成的序列、针对C77T SNP的由SEQ ID N0. 3 和SEQ ID N0. 13组成的序列及由SEQ ID N0. 4和SEQ ID N0. 14组成的序列、针对C63T SNP 的由SEQ ID N0. 5和SEQ ID N0. 15组成的序列及由SEQ ID N0. 6和SEQ ID N0. 16组成的序列、针对A202C SNP的由SEQ ID N0. 7和SEQ ID N0. 17组成的序列及由SEQ ID N0. 8和 SEQ ID N0. 18组成的序列、和针对G139C SNP的由SEQ ID N0. 9和SEQ ID N0. 19组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID N0. 20组成的序列；(B)分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列选自SEQ ID N0. 21 SEQ ID N0. 30中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对，且所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；(C)针对染色体15q25 区段 A102G SNP 的 SEQ ID N0. 31 和 SEQ ID NO. 32、C77T SNP 的 SEQ ID NO. 33 和 SEQ ID NO. 34、C63T SNP 的 SEQ ID NO. 35 和 SEQ ID NO. 36、A202C SNP 的 SEQ ID NO. 37 和 SEQ ID NO. 38、和 G139C SNP 的 SEQ ID N0. 39 和 SEQ ID N0. 40。
5.根据权利要求1-4任一项所述的染色体15q25区段SNP检测的液相芯片，其特征是， 所述间隔臂序列为5-10个T。
6.一种染色体15q25区段SNP检测的特异性引物，其特征是，包括有针对染色体15q25 区段 A102G SNP 的 SEQ ID NO. 11 和 SEQ ID NO. 12、针对 C77T SNP 的 SEQ ID NO. 13 和 SEQ ID NO. 14、针对 C63T SNP 的 SEQ ID NO. 15 和 SEQ ID NO. 16、针对 A202C SNP 的 SEQ ID NO. 17 和 SEQ ID NO. 18、和 / 或针对 G139C SNP 的 SEQ ID NO. 19 和 SEQ ID NO. 20。
全文摘要
本发明公开了一种染色体15q25区段SNP检测的液相芯片和特异性引物，液相芯片主要包括有5’端的tag序列和3’端针对目的基因SNP位点的特异性引物组成的ASPE引物，所述特异性引物是针对染色体15q25区段A102G SNP的SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12、C77T SNP的SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14、C63T SNP的SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16、A202C SNP的SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18、和/或G139C SNP的SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.10中的序列；分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球；扩增引物。本发明所提供的液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％。所制备的染色体15q25区段SNP检测液相芯片具有很好的信号-噪声比，并可实现多个SNP位点的并行检测。
文档编号C12N15/11GK102304564SQ20111011064
公开日2012年1月4日 申请日期2011年4月29日 优先权日2011年4月29日
发明者石文香, 许嘉森, 郭婧 申请人:广州益善生物技术有限公司