专利名称：一种fto基因多态性检测特异性引物和液相芯片的制作方法
技术领域：
本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种FTO基因检测特异性引物和液相芯片。
背景技术：
现代人越来越缺乏锻炼，而饮食摄入量却越来越高，肥胖已成为一种全世界流行的慢性病。医学研究认为，肥胖会使II型糖尿病、心脏病、癌症等疾病的发病几率上升。在研究II型糖尿病易感基因的基因组时，英国半岛医学院的Andrew Τ. Hattersley博士发现了一种FTO基因，该基因的突变与体重指数的提高相关，并增加糖尿病风险。FTO (Fat Mass and Obesity Associated)基因是一种与肥胖相关的等位基因，也称肥胖基因，FTO等位基因定位在16号染色体上，一个副本来自父体，另一副本来自母体， 呈双螺旋结构。有研究表明，FTO基因突变使人缺乏对食欲的控制，正常的“一日三餐”无法消除FTO基因突变型携带者的饥饿感，导致他们不停进食，并导致肥胖。FTO基因的突变对食欲的影响与年龄、性别、社会经济背景或身高体重指数无关，而携带FTO突变型基因使人患上肥胖症的风险明显增加。本发明目标检测的FTO基因突变位点，如表所示
权利要求
1.一种FTO基因多态性检测液相芯片，其特征是，主要包括有A.针对FTO基因不同多态性位点分别设计的野生型和突变型特异性ASPE引物，每种 ASPE引物由5’端的tag序列和3’端的针对目的基因多态性位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列分别选自针对T224A的SEQ ID NO. 27及SEQ ID NO. 28、针对C298T的 SEQ ID NO. 29 及 SEQ ID NO. 30、针对 T156C 的 SEQ ID NO. 31 及 SEQ ID N0. 32、针对 C84T 的 SEQ ID N0. 33 及 SEQ ID N0. 34、针对 T102G 的 SEQ ID N0. 35 及 SEQ ID N0. 36、针对 C98A 的 SEQ ID N0. 37 及 SEQ ID N0. 38、针对 C131G 的 SEQ ID N0. 39 及 SEQ ID N0. 40、针对 A100G 的 SEQ ID N0. 41 及 SEQ ID N0. 42、针对 C92T 的 SEQ ID N0. 43 及 SEQ ID N0. 44、针对 T286A 的 SEQ ID N0. 45 及 SEQ ID N0. 46、针对 C82T 的 SEQ ID N0. 47 及 SEQ ID N0. 48、针对 C65A 的 SEQ ID N0. 49 及 SEQ ID N0. 50、针对 T222A 的 SEQ ID N0. 51 及 SEQ ID N0. 52 中的一对以上；所述tag序列选自SEQ ID NO. 1 SEQ ID N0. 26中的序列；B.分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列选自SEQ ID N0. 53 SEQ ID N0. 78中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与A中所选 tag序列互补配对，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；C.用于扩增出需要检测的、具有相应上述多态性位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求1所述的FTO基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为针对 T224A 的 SEQ ID N0. 79 和 SEQ ID N0. 80、针对 C298T 的 SEQ ID N0. 81 和 SEQ IDN0. 82、针对 Tl56C 的 SEQ ID N0. 83 和 SEQ ID N0. 84、针对 C84T 的 SEQ ID N0. 85 和 SEQ ID N0. 86、针对 T102G SEQ ID N0. 87 和 SEQ ID N0. 88、针对 C98A 的 SEQ ID N0. 89 和 SEQ ID N0. 90、针对 C131G 的 SEQ ID N0. 91 和 SEQ ID N0. 92、针对 A100G 的 SEQ ID N0. 93 和 SEQ ID N0. 94、针对 C92T 的 SEQ ID N0. 95 和 SEQ ID N0. 96、针对 T286A 的 SEQ ID N0. 97 和 SEQ ID N0. 98、针对 C82T 的 SEQ ID N0. 99 和 SEQ ID N0. 100、针对 C65A 的 SEQ ID N0. 101 禾口 SEQ ID N0. 102、和 / 或针对 T222A 的 SEQ ID N0. 103 和 SEQ ID N0. 104。
3.根据权利要求1所述的FTO基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述特异性ASPE 引物分别选自针对T224A的由SEQ ID NO. 1和SEQ ID N0. 27组成的序列及由SEQ ID N0. 2和SEQ ID N0. 28组成的序列、针对C298T的由SEQ ID N0. 3和SEQ ID N0. 29组成的序列及由SEQ ID N0. 4和SEQ ID N0. 30组成的序列、针对T156C的由SEQ ID N0. 5和SEQ ID N0. 31组成的序列及由SEQ ID N0. 6和SEQ ID N0. 32组成的序列、针对C84T的由SEQ ID N0. 7和SEQ ID N0. 33组成的序列及由SEQ ID N0. 8和SEQ ID N0. 34组成的序列、针对 T102G 的由 SEQ ID N0. 9 和 SEQ ID N0. ；35 组成的序列及由 SEQ ID NO. 10 和 SEQ ID N0. 36 组成的序列、针对C98A的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID N0. 37组成的序列及由SEQ ID N0. 12 和SEQ ID N0. 38组成的序列、针对C131G的由SEQ ID N0. 13和SEQ ID N0. 39组成的序列及由 SEQ ID N0. 14 和 SEQ ID N0. 40 组成的序列、针对 A100G 的由 SEQ ID N0. 15 和 SEQ ID N0. 41组成的序列及由SEQ ID N0. 16和SEQ ID N0. 42组成的序列、针对C92T的由SEQ ID N0. 17和SEQ ID N0. 43组成的序列及由SEQ ID N0. 18和SEQ ID N0. 44组成的序列、针对 T286A 的由 SEQ ID N0. 19 和 SEQ ID N0. 45 组成的序列及由 SEQ ID N0. 20和 SEQ ID N0. 46 组成的序列、针对C82T的由SEQ ID N0. 21和SEQ ID N0. 47组成的序列及由SEQ ID N0. 22 和SEQ ID N0. 48组成的序列、针对C65A的由SEQ ID N0. 23和SEQ ID N0. 49组成的序列及由 SEQ ID NO. M 和 SEQ ID N0. 50 组成的序列、针对 T222A 的由 SEQ ID N0. 25 和 SEQ IDNO. 51组成的序列及由SEQ ID NO. 26和SEQ ID NO. 52组成的序列中的一组以上。
4.根据权利要求1所述的FTO基因多态性检测液相芯片，其特征是，A.所述特异性ASPE引物为针对T224A的由SEQID NO. 1和SEQ ID NO. 27组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO.沘组成的序列、针对C298T的由SEQ ID NO. 3和SEQ ID NO.四组成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 30组成的序列、针对T156C的由SEQ ID NO. 5和SEQ ID NO. 31组成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 32组成的序列、针对C84T 的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 33组成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 34组成的序列、针对T102G的由SEQ ID NO. 9和SEQ ID NO. ；35组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID N0. 36组成的序列、针对C98A的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID N0. 37组成的序列及由SEQ ID N0. 12 和 SEQ ID N0. 38 组成的序列、针对 C131G 的由 SEQ ID N0. 13 和 SEQ ID N0. 39 组成的序列及由SEQ ID N0. 14和SEQ ID N0. 40组成的序列、针对A100G的由SEQ ID N0. 15 和SEQ ID N0. 41组成的序列及由SEQ ID N0. 16和SEQ ID N0. 42组成的序列、针对C92T 的由 SEQ ID N0. 17 和 SEQ ID N0. 43 组成的序列及由 SEQ ID N0. 18 和 SEQ ID N0. 44 组成的序列、针对T286A的由SEQ ID N0. 19和SEQ ID N0. 45组成的序列及由SEQ ID N0. 20 和SEQ ID N0. 46组成的序列、针对C82T的由SEQ ID N0. 21和SEQ ID N0. 47组成的序列及由 SEQ ID N0. 22 和 SEQ ID N0. 48 组成的序列、针对 C65A 的由 SEQ ID N0. 23 和 SEQ ID N0. 49组成的序列及由SEQ ID N0. 24和SEQ ID N0. 50组成的序列、和针对T222A的由SEQ ID N0. 25和SEQ ID N0. 51组成的序列及由SEQ ID N0. 26和SEQ ID N0. 52组成的序列；B.别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列选自SEQ ID N0. 53 SEQ ID N0. 78中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与A中所选 tag序列互补配对，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；C.所述扩增引物为针对T224A的SEQID N0. 79和SEQ ID N0. 80、针对C298T的SEQ ID N0. 81 和 SEQ ID N0. 82、针对 T156C 的 SEQ ID N0. 83 和 SEQ ID N0. 84、针对 C84T 的 SEQ ID N0. 85 和 SEQ ID N0. 86、针对 T102G SEQ ID N0. 87 和 SEQ ID N0. 88、针对 C98A 的 SEQ ID N0. 89 和 SEQ ID N0. 90、针对 C131G 的 SEQ ID N0. 91 和 SEQ ID N0. 92、针对 A100G 的 SEQ ID N0. 93 和 SEQ ID N0. 94、针对 C92T 的 SEQ ID N0. 95 和 SEQ ID N0. 96、针对 T286A 的 SEQ ID N0. 97 和 SEQ ID N0. 98、针对 C82T 的 SEQ ID N0. 99 和 SEQ ID N0. 100、针对 C65A 的 SEQ ID N0. 101 和 SEQ ID N0. 102、和针对 T222A 的 SEQ ID N0. 103 和 SEQ ID N0. 104。
5.根据权利要求1-4任一项所述的FTO基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述间隔臂序列为5-10个T。
6.一种用于FTO基因多态性检测的特异性引物，其特征是，所述特异性引物序列为 针对 T224A 的 SEQ ID N0. 27 和 SEQ ID N0. 28、针对 C298T 的 SEQ ID N0. 29 和 SEQ ID N0. 30、针对 Tl56C 的 SEQ ID N0. 31 和 SEQ ID N0. 32、针对 C84T 的 SEQ ID N0. 33 和 SEQ ID N0. 34、针对 T102G 的 SEQ ID N0. ；35 和 SEQ ID N0. 36、针对 C98A 的 SEQ ID N0. 37 和 SEQ ID N0. 38、针对 C131G 的 SEQ ID N0. 39 和 SEQ ID N0. 40、针对 A100G 的 SEQ ID N0. 41 和 SEQ ID N0. 42、针对 C92T 的 SEQ ID N0. 43 和 SEQ ID N0. 44、针对 T286A 的 SEQ ID N0. 45 和 SEQ ID N0. 46、针对 C82T 的 SEQ ID N0. 47 和 SEQ ID N0. 48、针对 C65A 的 SEQ ID N0. 49 和 SEQ ID N0. 50、和 / 或针对 T222A 的 SEQ ID N0. 51 和 SEQ ID N0. 52。
全文摘要
本发明公开了一种FTO基因多态性检测液相芯片，包括有针对FTO基因的多态性位点分别设计的野生型和突变型特异性ASPE引物，每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列选自SEQ ID NO.27～SEQ ID NO.52；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.26中的序列；分别包被有特异的anti tag序列的微球；用于扩增出含有突变位点的目标序列的引物。本发明还公开了用于FTO基因多态性检测的特异性引物。本发明所提供的检测方法与测序法的吻合率高达100％。所制备的FTO基因多态性检测液相芯片具有非常好的信号噪声比，并且所设计的探针以及anti-tag序列之间基本上不存在交叉反应。
文档编号C12Q1/68GK102304563SQ20111011054
公开日2012年1月4日 申请日期2011年4月29日 优先权日2011年4月29日
发明者许嘉森, 郭婧, 陈家欣 申请人:广州益善生物技术有限公司