专利名称：鸡屠体性状相关的snp及其应用的制作方法
技术领域：
本发明涉及分子生物学检测领域，具体涉及鸡屠体性状相关的SNP及其应用。
背景技术：
随着生活水平的提高，人们对肉品质的要求也越来越高，而脂肪性状是优质鸡肉品质评价的重要指标。地方品种鸡以其肉质优良，味道鲜美，营养丰富而闻名，吸引着越来越多的消费者。经过多年对优质肉鸡的科学选育，优质肉鸡的生产性能有了显著提高。但是，在鸡生产性能提高的同时，随之而来的是肉品质的降低(Rance K. et al.，2002)。肉鸡皮下脂肪和腹脂沉积增多，而肌内脂肪含量减少。度量这些脂肪性状的常规方法步骤都比较繁琐，花费较高，选择难以方便有效的进行。目前，育种研究中初步应用的标记辅助选择着眼于遗传物质DNA，可以避免环境的影响，选择直接有效(Zhang X. et al.，2007)。因此， 寻找与脂肪代谢显著相关的遗传标记，对高效选择肌内脂肪含量和皮脂厚度适当、腹脂率低的个体，培育肉质优良的肉鸡品种具有重要意义。SREBFs作为脂肪代谢信号转导通路上非常重要的转录因子，其多态性的变化可能导致下游靶基因转录水平的改变从而影响脂质的合成与沉积。现在针对SREBFs基因家族多态性的研究大多集中在SREBFl基因上。陈杰等在对SREBFl基因进行PCR-SSCP分析时发现在苏太猪的SREBFl基因的374和347位点存在单核苷酸多态性，与猪肌内脂肪、皮脂率以及屠宰率均呈显著相关(陈杰等，2004)。李长龙等在对3个猪群进行多态性研究时进一步证明SREBFl基因多态性与肌内脂肪显著相关，而与背膘厚没有显著的相关(李长龙等， 2006)。刘世强等用PCR-DHPLC技术发现猪SREBFl基因序列中产生的Eaml 1041酶切位点， 并在8个品种中进行了多态性研究，发现此位点的多态性与皮脂率和屠宰率显著相关(刘世强，陈赞谋，2008)。J. Chen等在对二花脸和苏太猪的研究中发现了一个SNP与肌内脂肪含量显著相关(Chen J. et al.，2008)。目前，针对SREBF2基因多态性的研究还较少，大多集中在人类疾病上。Miserez 等、Duan等研究发现SREBF2基因的G1784C突变引起其蛋白的G595A突变与血液中胆固醇过高的人的血清总胆固醇(TC)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平密切相关(Duan X. et al.，2004 ；Miserez A. R. et al.，2002)。Yaju等对这个位点进一步研究发现，在中国广西的黑衣壮族和汉族中，基因型和等位基因的频率表现出显著的品种差异，在汉族中G等位基因比C等位基因表现出更高的血脂水平，而在黑衣壮族中没有这种差异(Yaju D. et al., 2009)。Robinet等在对SREBF2基因进行多态性研究时发现了 6个SNP，其中G1784C突变与早期颈动脉粥样硬化相关，结合Muller等的研究认为此位点可以作为动脉粥样硬化遗传性研究的候选位点(Muller P. & Miserez A.，2002 ；Robinet P. et al. ,2003) 上述研究结果表明，SREBFs基因可作为脂肪性状的候选基因。因此，推测其家族基因的突变位点也可能对鸡的脂肪性状具有显著遗传效应，并且针对SREBF2基因多态性的研究还很少，在动物上的研究几乎没有。通过对鸡SREBF2基因⑶S区进行SNPs检测，并在优质肉鸡中分析不同单倍型与屠宰和肉质性状的关系，目的在于寻找与脂肪沉积高度相关的遗传标记，为优质肉鸡的分子育种提供理论依据。
发明内容
为了解决上述问题，本发明的目的在于提供一种鸡屠体性状相关的SNP及其应用。本发明提供的鸡SREBF2基因的单核苷酸多态性标记，其为SNP1、SNP2、SNP3、 SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9 和 SNP10，其中 SNPl 为自 SEQ ID No. 1 所示序列 5，端起12578位为的A或T ；SNP2为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起13984位为T或C ；SNP3 为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起11310位为A或G ；SNP4为自SEQ ID No. 1所示序列 5，端起7213位为A或G ；SNP5为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起5196位为G或A ；SNP6 为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起1098位为C或T ；SNP7为自SEQ ID No. 1所示序列5， 端起8574位为A或G ；SNP8为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起176位为T或C ；SNP9为自 SEQ ID No. 1所示序列5，端起1247位为A或G ；SNPlO为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起7037位为C或G。本发明还提供这一种检测鸡群体屠体性状的方法，其通过检测鸡的上述的单核苷酸多态性(SNP)，确定鸡群体的屠体性状。通过对SNPl、SNP2、SNP3、SNP4、SP5、SNP7、SNPlO进行标记-性状关联分析，结果显示SNP1对全净膛重的遗传效应达到极显著水平(P < 0. 01),TT基因型个体的全净膛重极显著高于AA和AT基因型个体(P <0.01) ；SNP2对全净膛重的遗传效应达到显著水平(P
<0. 05)，TT基因型个体的全净膛重显著高于CT和CC基因型个体(P < 0. 05) ；SNP4对活重的遗传效应达到显著水平(P < 0. 05)，对屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重和腿肌重的遗传效应达到极显著水平(P < 0. 01)，AA基因型个体的活重显著高于AG基因型个体(P
<0. 05)，屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重极显著高于AG基因型个体(P < 0. 01)，腿肌重极显著高于AG和GG基因型个体(P < 0. 01) ；SNP3、SNP5、SNP7和SNPlO对各种屠宰性状的遗传效应都没有达到显著水平(P > 0. 05)。将SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP7和SNPlO构建单倍型后进行分析发现，单倍型H21H21是活重、屠体重、半净膛重、全净膛重和腿肌重的优势单倍型，H13H21是胸肌重的优势单倍型，而H4H21是皮脂厚的劣势单倍型，提示单倍型H21 (A-T-G-A-G-G-G)对于提高肉鸡的生产性能有正向作用。本发明还提供用于鉴定所述的单核苷酸多态性标记的引物，其核苷酸为SEQ ID No. 2 21所示的引物。本发明还提供含有上述引物的试剂盒。本发明提供的单核苷酸多态性标记可用于鸡的分子标记辅助育种，能快速准确的辅助筛选，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。本发明的SNP及其单倍型与屠体性状紧密相连，可用于分子标记辅助育种。
图11%琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA结果。图21%琼脂糖电泳检测SREBF2基因10对引物扩增产物结果。
图3所示为SREBF2基因10对引物扩增产物的SSCP带型图。图4所示为SREBF2基因多态位点测序结果，图中箭头处表示发生碱基替代的位置。
具体实施例方式以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。二郎山山地鸡SD01XSD02系，SD03系，SD02系，SDOl XSD03系购于四川农业大学家禽厂和四川隆生集团。饲养全阶段由专人管理，单笼饲养，管理及营养水平一致，自由采食，91日龄时随机在各群体挑选公母各15只，共120个个体进行屠宰。四川大恒优质肉鸡=SOl系、S02系、S03系、S05系、S06系、D99系购于四川大恒家禽育种公司，每个群体选公母各15只，共180个个体作为试验素材。饲养全阶段由专人管理，单笼饲养，管理及营养水平一致，自由采食，91日龄时屠宰。实施例1 SREBF2基因多态位点的获得鸡翅静脉采血，所采血样均为ImL/只、EDTA抗凝，血样于_20°C冷冻保存。采用常规酚-氯仿法从上述的鸡血液中提取基因组DNA，用1.0%琼脂糖电泳检测，可以看到DNA 条带清晰、明亮、无杂带，完全符合后续PCR实验的要求(图1)根据本试验获得的二郎山山地鸡SREBF2基因cDNA序列和GenBank中预测的鸡 SREBF2 基因 mRNA 序列(Gene ID :XM_4162222)，以及 GenBank 中 SREBF2 基因 DNA 序列(Gene ID :NC_006088. 2)，进行引物设计，共17对。引物详细信息见表1。表1 SREBF2基因SNP扫描所用引物详细信息
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引物序号引物序列
Pl F:GGTCCAGCCTCAGATCATCAA(SEQ ID No.22) R:TCCCCACCGTTAGAAA(SEQ ID No.23)
P2 F:GGCTGAATGCTGGTGACACTT(SEQ ID No.24) R:TTACCTTGGCGTCTGT(SEQ ID No.25)
P3F:AACCCTGGAAGCACGTTGTAC(SEQ ID No.2)R:CAATGATAAAGAACCGAAAG(SEQ ID No.3)
P4F:GAACTGTTGAAGGGCATTGAC(SEQ ID No.4)
R:TGTGGCCCTTAAGTAACTCTA(SEQ ID No.5)
p5F:TTTTCATCTCTCCGCACCAA(SEQ ID No.6)
R:ACTCGCAGCACCCCAACTCTT(SEQ ID No.7)
P6F:TGCCCACGCTGATCCT(SEQ ID No.26)
R:TCCTCCTACGAGACGCATGTG(SEQ ID No.27)
退火温度片段大小
55 53 55 55 60 62
230 267 244 230 248 20权利要求
1.一种鸡屠体性状相关的单核苷酸多态性标记，其为SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、 SNP6、SNP7、SNP8、SNP9 和 SNP10，其中 SNPl 为自 SEQ ID No. 1 所示序列 5，端起 12578 位为的A或T ；SNP2为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起13984位为T或C ；SNP3为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起11310位为A或G ；SNP4为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起7213 位为A或G ；SNP5为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起5196位为G或A ；SNP6为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起1098位为C或T ；SNP7为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起8574位为A或G ；SNP8为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起176位为T或C ；SNP9为自SEQ ID No. 1 所示序列5，端起1247位为A或G ；SNPlO为自SEQ ID No. 1所示序列5，端起7037位为C 或G。
2.一种检测鸡群体屠体性状的方法，其通过检测权利要求1所述的单核苷酸多态性标记，确定鸡群体的屠体性状。
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，SNPl的TT基因型个体的全净膛重极显著高于AA和AT基因型个体；SNP2的TT基因型个体的全净膛重显著高于CT和CC基因型个体；SNP4的AA基因型屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重极显著高于AG基因型个体，腿肌重极显著高于AG和GG基因型个体。
4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，H21H21是活重、屠体重、半净膛重、全净膛重和腿肌重的优势单倍型，H13H21是胸肌重的优势单倍型，H4H21是皮脂厚的劣势单倍型， 其中 H4 表示 SNPl 为 A, SNP2 为 C, SNP3 为 G, SNP4 为 A, SNP5 为 A, SNP7 为 A, SNPlO 为 G ； H13 表示 SNPl 为 A, SNP2 为 C, SNP3 为 A, SNP4 为 A, SNP5 为 A, SNP7 为 G, SNPlO 为 G ；SNP21 表示 SNPl 为 A, SNP2 为 T, SNP3 为 G, SNP4 为 A, SNP5 为 G, SNP7 为 G, SNPlO 为 G0
5.鉴定权利要求1所述的单核苷酸多态性标记的引物，其核苷酸如SEQID No. 2 21 所示。
6.含有权利要求5所述引物的试剂盒。
7.权利要求1所述的单核苷酸多态性标记在鸡选育中的应用。
全文摘要
本发明涉及分子生物学检测领域，具体涉及鸡屠体性状相关的SNP及其应用。本发明提供了10个鸡SREBF2基因的单核苷酸多态性标记，以及应用所述的单核苷酸多态性标记检测鸡群体屠体性状的方法。本发明还提供用于检测所述单核苷酸多态性标记的引物及其含有所述引物的试剂盒。本发明提供的单核苷酸多态性标记可用于鸡的分子标记辅助育种，能快速准确的辅助筛选，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。
文档编号C12Q1/68GK102250889SQ20111019727
公开日2011年11月23日 申请日期2011年7月14日 优先权日2011年7月14日
发明者兰丹, 刘益平, 孙建, 朱庆, 王彦, 胡耀东, 邱莫寒 申请人:四川农业大学