专利名称：实时荧光定量检测厌氧环境中地杆菌属微生物丰度的引物和探针的制作方法
技术领域：
本发明涉及一种实时荧光定量检测环境微生物地杆菌属丰度的引物和探针，特别是用于地杆菌属的实时荧光定量PCR检测，属于环境生物技术领域。
背景技术：
地杆菌属(Geobacter)是一类特殊的严格厌氧呼吸的环境微生物，是人类发现的第一种能够利用氧化铁或其他金属的氧化物作电子受体进行无氧呼呼以获取能量的微生物。地杆菌在地层深处、地下水层、淤泥层等大量存在，甚至是优势菌种。因此，对于清除厌氧环境中有机污染(如原油、多环芳烃等)以及放射性金属(如铀等)具有重要意义，而且在无氧呼吸的过程中产生电流，因此也是微生物燃料电池研究的热门菌种之一。地杆菌之所以能利用金属氧化物进行无氧呼吸，与其能产生菌毛(pilus)促进菌体与金属氧化物之间的电子传递有密切联系，因此也称纳米天线。在地下水层或水体沉积物污染原位生物修复或实验室模拟研究中，地杆菌丰度是监测修复效果的重要依据之一。由于地杆菌多数菌种不可用常规方法培养，研究受到局限。但采用实时荧光定量PCR(q-PCR)技术，则有效地克服了培养上的障碍，成为一种高效、精确监测厌氧环境中地杆菌丰度的新技术。实时荧光定量PCR成败的关键技术之一是找到定量群体存在2个或3个以上保守区域的基因，根据保守区域设计出引物，结合扩增体系和程序的优化，方能取得良好的效
果O尽管其他属菌种也有菌毛，但多不具备电子穿梭的功能，因此可以推测地杆菌与菌毛相关的基因可能具有特异性，满足以上要求。针对文献中对该菌的定量测定中的引物和探针序列已经不能覆盖GeneBank中的地杆菌属新出现的菌种和菌株的序列这一问题，本发明提供了对地杆菌属进行定量PCR检测所需的引物对和分子信标探针序列，有助于有效进行环境中地杆菌的定量和监测。
发明内容
本发明提供的一种实时荧光定量检测环境微生物地杆菌属丰度的引物和探针，其特征是:引物1:F4525' -ACCGGACCTGCAACATCATCACC-3'引物2 :R10575' -CATCGACGACAAGGAGAAG-3'分子信标探针:5，-FAM-GGAGGTGGAAGAGATGCC-MGB-3，检测过程中PCR扩增反应体系如下表所示(20 μ L体系，单位μ L):
权利要求
1.一种实时荧光定量检测环境微生物地杆菌属丰度的引物和探针，其特征是:
全文摘要
本发明涉及一种实时荧光定量检测环境微生物地杆菌属丰度的引物和探针，用于地杆菌属的实时荧光定量PCR检测，属于环境生物技术领域。其特征是引物1为ACCGGACCTGCAACATCATCACC，引物2为CATCGACGACAAGGAGAAG，分子信标探针FAM-GGAGGTGGAAGAGATGCC-MGB；扩增体系(uL)为2×荧光定量PCR反应预混液10，引物11，引物21，探针1，染料0.5，DNA模板1；反应条件为95℃预处理1min，进行45个循环反应，每个循环反应包括95℃1min，60.5℃℃45s，于53℃时测定荧光值。扩增出的目标片段长度为624bp。
文档编号C12Q1/68GK103103282SQ201310043590
公开日2013年5月15日 申请日期2013年1月27日 优先权日2013年1月27日
发明者张祥胜, 范红香 申请人:盐城师范学院