检测真菌的材料及方法

文档序号:451131阅读:626来源:国知局
专利名称:检测真菌的材料及方法
技术领域
本项发明涉及用于检测各种真菌的核酸以及应用该核酸进行的各种真菌的检测方法。
现有技术作为深部真菌病的主要病原菌包括假丝酵母属(Candida以下简称C.)真菌、曲霉属真菌(Aspergillus以下简称A.)、隐球酵母属真菌(Cryptococcus.以下简称Cr.)等。假丝酵母属的主要病原菌包括白色假丝酵母、乳酒假丝酵母、光滑假丝酵母、热带假丝酵母等;隐球酵母属的主要病原菌包括新型隐球酵母。在与假丝酵母属同样重要的病原菌曲霉属中,有关的病原菌包括烟曲霉、黄色曲霉、黑色曲霉、构巢曲霉、土曲霉等。可望有方法能对这些菌种迅速地检出、分类并鉴定。
近年来,深部真菌病在免疫功能不全的患者当中感染的机会增多了,但是这些患者多伴有危重的原发疾病,因此,早期明确致病菌并给予恰当的治疗是必要的。深部真菌病的诊断以血液培养方法为基本但在检出率方面还存在问题。至此,用于诊断的抗体已成为商品,但依据抗体进行诊断对免疫功能不全的患者不起作用。基于这种现状,近年来开发出了直接检测抗原及其他菌体成分的方法。例如依据甘露聚糖,D-阿拉伯糖醇、葡聚糖等的检验而诊断感染的方法。另外,随着分子生物学的发展,开发出了通过提取结核菌、衣原体等各种病原菌的DNA、即所谓的通过采用PCR方法等检出核酸而进行诊断的方法。在深部真菌病的方面,也提出了通过检测核糖体RNA进行诊断的方法(临床病理、43卷附册、119页、1995年)。
发明的公开本发明的目的,旨在提供用于检测导致深部真菌病的病原菌即曲霉属真菌的核酸,并提供利用这些核酸而能简便、迅速、特异并且高敏感度地检测这些真菌的方法。
发明人,通过对各种真菌症的病原菌、特别是对曲霉属真菌的基因进行反复研究,把着眼点放在了存在于线粒体中的能引起各种真菌症的真菌的细胞色素b基因上,为了对基因进行部分扩增而合成了各种核酸。通过在那些核酸当中查寻能导致真菌的细胞色素b的基因扩增的引物,而发现了序列表中的序列号1-4的核酸。而且通过利用序列号1-4的核酸而对存在于线粒体中的细胞色素b基因进行部分扩增,而成功地解读了那些序列。发明人以那些序列为基础进行了反复研究,发现了曲霉属真菌的各种特异的序列,并以此为基础设计了不同特异的引物。例如,发现了作为烟曲霉的特异性引物在序列表中的序列号为10、65、68、69,黄曲霉菌的特异性引物的序列号为11、12、66、67,黑色曲霉菌的特异性引物的序列号为13、64、70、71,构巢曲霉菌的特异性引物的序列号为14、63、72、73,土曲菌的特异性引物的序列号为15、62、74、75。
通过提取能简便、迅速、特异并高度敏感地检测分类及鉴定曲霉属真菌的核酸,并据此建立起了应用该核酸的检验方法从而完成了本发明。进一步,利用含序列表序列号1及2表示的碱基序列的引物进行改良,并提供序列号为57所示的碱基配对的引物,由此除上述真菌外,使巴西果小克银汉霉(Cunninghamella bertholletiae)及卷枝毛霉的检测成为可能。
总之,本发明提供了用于扩增真菌线粒体细胞色素b基因的引物,它由序列表中序列号57所示的碱基序列(但任意位点的胸腺嘧啶可换为尿嘧啶)或其互补的碱基序列中连续的至少含有10个以上碱基序列的核酸片段所组成。而且本发明还提供了碱基对序列表中序列号3、58-61所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶)或其互补序列中连续的至少由10个以上碱基对的核酸片段所组成的真菌线粒体细胞色素b基因片段扩增用的引物。而且本发明还提供了含有序列表中序列号5、6、7、8、9中各碱基序列(但任意位点的胸腺嘧啶可置换为尿嘧啶)或其互补碱基对序列中连续的10至100个碱基组成的碱基序列的核酸片段各自组成的用于检测烟曲酶(序列号5)、黄曲霉菌(序列号6)、黑色曲霉(序列号7)、构巢曲霉(序列号8)、土曲霉(序列号9)的核酸。进一步说,本发明提供了至少由10个碱基以上的核酸构成的检测烟曲霉的核酸,该核酸由序列表中序列号5所示的序列第24位的T、第99位的T、144位的T,252位的C、277位的G、304位的G、312位的A或393位的G作3′末端,至少含有10个碱基以上核酸或在序列号5所示的序列的互补序列的与上述相对应的碱基作3′端。此外,本发明还提供了序列号6的所示的序列第174位的Y作为3′端,至少由10个以上碱基组成的核酸或在序列号6中所示的互补碱基序列中与上面相对应的碱基作3′端,至少由10个碱基以上核酸组成的黄曲霉菌的检测用核酸。此外,本发明还提供了检测黑色曲霉用的核酸。此核酸由序列号7所示的碱基序列第42位的A、第69位的C、第126位的C、第207位的A、第213位的A、第246位的A或第396位的G作3′端,至少含10个碱基以上的核酸,或把序列号7所示的与上述碱基相对应的互补碱基当作3′端,至少含10个以上碱基的核酸。本发明还提供了构巢曲霉检测用核酸。此核酸为由序列号8所示的序列第60位的T、第221位的C、第271位的A、第285位的A、第366位的T及第387位的A为3′端,至少10个碱基以上的核酸或者为与序列号8所示上述碱基相互补的碱基作为3′端,由至少含10个碱基以上核酸组成构巢曲霉检测用核酸。本发明还提供了土曲霉检测用核酸。此核酸为序列号9所示的序列第25位的T、第48位的T、第162位的T、第225位的C、第261位的C、第339位的C、第360位的A、第375位的A或第411位的A作为3′末端,含至少10个碱基以上的核酸或者如序列序列号9所示与上述碱基相对应的互补碱基作为3′端,由至少10个碱基以上核酸组成了土曲霉检测用核酸。另外,本发明还提供了利用基因扩增的方法而扩增曲霉属真菌的细胞色素b基因片段,从而检出曲霉属真菌并进行鉴定的方法,此方法是将序列表中序列号1、2及57所示的碱基序列(但是任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶所置换)中连续的至少有10个碱基的核酸片段作为正向引物,而将序列号11~15及62~65中所示的碱基序列(任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶所置换)中互补的碱基序列中至少含有10个碱基的核酸片段中至少任一个的核酸片段作为反向引物。本发明还提供了将序列号66~75中所示的碱基序列(但任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶所置换)中连续至少10个碱基构成的碱基序列的核酸片段中至少任何一个作为正向,而将序列号3、4、58~61中所示碱基序列(任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶所置换)中互补的碱基配对中连续的至少由10个碱基构成的碱基序列的核酸片段作为反向引物,利用这些引物通过基因扩增方法而扩增曲霉属真菌的细胞色素b的基因片段从而提供了对曲霉属真菌的检测及鉴定的方法。本发明还通过将序列号1、2及57中所示的碱基序列(任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶所置换)中连续的至少由10个碱基构成的碱基序列的核酸片段中至少任何一个作为5′端引物,将序列号3、4、58~61的任一个中所示的碱基序列(任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶所置换)中互补的碱基序列中连续至少由10个碱基构成的碱基序列而成的核酸片段中至少任何一个作为正向引物,利用这些引物通过基因扩增的方法而扩增真菌细胞色素b的基因片段从而提供了真菌的检测方法。
本发明使分类、鉴定曾很费时的病原真菌现在能被迅速、简便而且高效地检出、分类并鉴定。本发明的核酸即可作为扩增反应用的引物,也可作为直接检测用的探针。而且可用探针和限性制酶检测通过引物扩增的产物,其敏感度、特异性得到了进一步的提高,其临床意义很大。
附图简述

图1为应用本发明实施例的各种引物,通过PCR方法将各种真菌的线粒体的细胞色素b的基因进行扩增、将扩增产物走电泳所得到的电泳带型的模式图。
图2为应用本发明其它实施例的各种引物将各种真菌的线粒体的细胞色素b基因应用PCR进行扩增,其扩增产物进行电泳所得的电泳带型的模式。
图3为应用本发明的其他的实施例的各种引物将各种真菌的线粒体的细胞色素b基因进行PCR扩增,将扩增产物电泳所得的电泳带型的模式图。
图4为应用本发明其它实施例中的各中引物将各种真菌的线粒体的细胞色素b基因进行PCR扩增,将扩增产物电泳所得的电泳带型的模式图。
发明的最佳实施方案将序列号1、2及57的核酸与序列号3、4及58~61的互补配对序列构成的核酸进行组合而选择出的核酸对作为引物,使之与曲霉属真菌或假丝酵母属真菌的线粒体中的细胞色素b基因进行杂交,通过使引物延长反应周期性反复进行,就能够将真菌类的线粒体的细胞色素b基因片段进行扩增。再者,在这样的序列中,序列号1、2及4中所记录的序列,是以构巢曲霉的线粒体的细胞色素b基因序列(Waring,R.B.et al.,细胞27,4-11(1981))为基础进行设定的。另一方面,含有序列号57、3、58~61中所示碱基序列的核酸为复数(序列号27、3、58~61中的碱基序列用一般式表示),各序列号中各自所示的核酸可以单独应用,但将之作为混合物应用将会更好。将这些核酸作为混合物应用的时候,可对曲霉属真菌以外(土曲霉除外)的真菌、例如土曲霉、假丝酵母属真菌、毛癣菌属真菌、小克银汉霉属真菌、毛霉属真菌的线粒体的细胞色素b基因片段进行初步的扩增。再者,含有序列号57、3、58~61中所示的碱基序列的核酸,如果是有至少10个以上连续碱基的核酸,可以作为引物使用。如果有各序列号中所示的全部序列的话将会更好。
应用上述各种核酸作为引物对各种真菌类的多数菌珠的线粒体的细胞色素b基因片段进行扩增,从而测定其碱基序列。扩增后的DNA片段在各自菌种中共同的碱基序列如序列号5~9中所示。序列号5所示由烟曲霉而来,序列号6所示由黄曲霉而来,序列号7所示由黑色曲霉而来,序列8所示由构巢曲霉而来,序列9所示由土曲霉而来的扩增了的DNA片段的序列。将这些扩增的片段为模板就可以利用后面所讲的各种真菌不同种类特异的引物进一步地进行核酸扩增。或者用限制性内切酶将这些扩增产物切断,通过比较那些片段形成的带型而能检出引物的延长物(PCR-RFLP)。
而且,含有这些扩增片段的任意连续的10~100个碱基,优选是由15~30个碱基而成的序列的核酸,可以作为上述各个真菌的检出用核酸。在此,所说的检出用核酸,包含核酸扩增用的引物及探针,作为探针应用的时候,可以用众所周知的方法对核酸进行标记。
象下面实施例中具体记载的,发明人对曲霉属真菌中不同种类的菌株进行了基因扩增,并测定了其碱基序列,通过将那些碱基序列进行深入比较,发现了不同菌株其各自特异的部位。这些特异的部位1个碱基,例如烟曲霉在序列号5所示的序列中第24位的T、第99位的T、144位的T、252位的C、277位的G、304位的G、312位的A、393位的G,黄曲霉在序列号6所示的序列中的第174位的Y,黑曲霉在序列号7所示序列中第42位的A、第69位的C、第126位的C、207位的A、213位的A、246位的A、396位的G,构巢曲霉在序列号8所示的序列中第60位的T、第221位的C、第271位的A、第285位的A、第366位的T、第387位的A,土曲霉在序列号9所示序列中第25位的T、第48位的T、第162位的T、第225位的C、第262位的C、第339位的C、第360位的A、第375位的A、第411位的A分别为不同菌株的特异的碱基部位。这些特异的部位也在序列号5~9中所示的序列的互补序列中作为互补碱基而存在。把这些特异的部位(1个碱基)作为3′端寡核苷酸核酸扩增用的引物,只扩增不同种类的各自线粒体的细胞色素b的基因片段,因此可以将不同菌种特异性地检出,也就是说,不同菌种的鉴定成为可能。
将含有序列号1、2和/或57中所示碱基序列的核酸(作为正向引物应用)组合起来,如上所述可以作为引物应用的核酸(作为反向引物应用)的序列的实例表示在序列号10~15、62~65中。这些在序列号5~9中所示的序列互补的序列中,上述的任何特异部位作为3′端的寡核苷酸,是至少含有10个碱基以上的核酸。也就是说,含有序列号10及65(都将序列号5第304位的G和相对应的C作为3′端,序列号5的互补链)中所示碱基配对序列的核酸作为烟曲霉的检出用核酸,将含有序列号11及12(全部将与序列号6的第174位的Y(C或者T)相对应的G或A作为3′末端、序列号6的互补链)中所示碱基序列的核酸作为黄曲霉的检出用核酸。将含有序列号13(序列号7的第126位的C相应的G作为3′末端,序列号7的互补链)及序列号64(序列号7的第207位的A相对应的T作为3′末端,序列号7的互补链)中所示的碱基配对序列的核酸作为黑曲霉的检出用核酸,将含有序列号14(序列号8的第221位的C相对应的G作为3′末端、序列号8的互补链)及序列号63(序列号8的第271位的A相对应的T作为3′末端,序列号8的互补链)中所示碱基序列的核酸作为构巢曲霉的检出用核酸,将含有序列号15(序列号9的第375位的A相应的T作为3′末端,序列号9的互补链及序列号62(序列号9的第360位的A相对应的T作为3′末端,序列号9的互补链)所示的碱基配对序列的核酸作为土曲霉的检出用核酸。
另一方面,将含有序列号3、4、58、59、60和/或61中所示碱基序列的核酸(作为反向引物应用)与上述的特异的部位(1个碱基)作为3′端的寡核苷酸作为正向引物相结合,可以设计用于扩增鉴定不同种类真菌的核酸的引物。例如可以从以下的寡核苷酸中进行选择。诸如烟曲霉的序列号5所示的序列中第24位的T、第99位的T、第144位的T、第252位的C、第277位的G、第304位的G、第312位的A及第393位的G中的任一个碱基作为3′末端的至少含10个碱基以上寡核苷酸中选择。对于黄曲霉菌可以从序列号6所示的序列中第174位的Y作为3′末端的至少含10个碱基以上的寡核苷酸中选择。对于黑曲霉可以从序列号7所示的序列中第42位的A,第69位的C、第126位的C、第207位的A、第213位的A、第246位的A及第396位的G中任意一个作为3′端的至少含10个碱基以上的寡核苷酸中进行选择。对于构巢曲霉可以在序列号8所示的序列中第60位的T、第221位的C、第271位的A、第285位的A、第366位的T及第387位的A中的任何一个作为3′端的至少含10个碱基以上寡核苷酸中选择。对于土曲霉可以从序列号9所示序列中第25位的T、第48位的T、第162位的T、第225位的C、第261位的C、第339位的C、第360位的A、第375位的A及第411位的A中的任意一个作为3′末端的至少含有10个以上碱基的寡核苷酸中选择。其中优选用作正向引物的序列是序列号66至75。含有序列号66及67(全部将序列号6的第174位的Y(C或T)作为3′末端)所示碱基序列的核酸作为黄曲霉菌的检出用核酸。将含有序列号68(序列号5的第304位的G作为3′末端)及序列号69(序列号5的第312位的A作为3′末端)中所示的碱基序列的核酸作为烟曲霉的检出用核酸。将含有序列号70(序列号7的第126位的C作为3′末端)及序列号71(序列号7的第213位的A作为3′末端)中所示的碱基序列的核酸作为黑曲霉的检出用核酸,将序列号72(序列号8的第221位的C作为3′末端)及序列号73(序列号8的第285位的A作为3′末端所示碱基序列的核酸作为构巢曲霉的检出用核酸。将含有序列号74及75所示的碱基序列的核酸作为土曲霉的检出用核酸(全部将序列号9的第375位的A作为3′末端)。
而且,这些寡核苷酸不仅可以用作引物,当连上适当的标记之后还可以当作不同种类真菌的特异的探针。被当作引物或探针用的上述的核酸,如果从3′末端起有连续10个以上碱基,就可以用于作引物或探针。不过,核酸的碱基数优选为10~100,特别优选是15~30个碱基。而且如果有序列号10-15、62-75中所示序列的全部碱基序列的话将会更优选。
上述本发明的核酸的各序列号中所示的碱基序列中的胸腺嘧啶(T)可以为尿嘧啶(U)。也就是说,本发明的核酸包括脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)两种。而且,本发明的核酸可以是在碱基序列中任意位点的T可作为含有U这样的尿苷的DNA,同样任意位点的U可以是含有T这样胸苷残基的RNA。进一步讲就是各核酸的互补链也包含在本发明的范围之内。因为真菌的DNA有两条链组成,因此各核酸的互补链也对于各核酸杂交链的互补链进行杂交。而且各核酸仅限于上述的用途,当核酸中发生缺失、插入或置换这种点突变及修饰核苷酸存在也没有问题。这些也包含本发明的范围之内。
本发明的核酸的获取方法没有特别地限定。较好的方法是化学合成。这种方法可以容易、大量且便宜地获得一定品质的核酸。其化学合成可以根据亚磷酸胺法、磷酸三酯法等常法进行。
本发明的曲霉属真菌的检出、分类、鉴定的方法,是以利用上述的曲霉属真菌的检出、分类、鉴定核酸为特征建立的方法。该方法是(1)将该核酸作为探针对曲霉属真菌进行检出、分类、鉴定的方法;(2)列举了将该核酸作为引物通过PCR等方法进行延伸反应通过测定引物的延伸物而将曲霉属真菌进行检出、分类、鉴定的方法,这些检出方法所使用的核酸,加入标记物后可作为标记核酸。而且利用标记了的核酸进行检测曲霉属真菌将更容易。标记物可选用抗原、半抗原、酶、荧光素、发光物质、酶底物、放射性物质、不溶性载体等。标记在核酸的末端或核酸序列之中都可以。而且标记物可以与核苷酸的糖、磷酸基、碱基的任何部分结合。
本发明将曲霉属真菌的检出、分类、鉴定用核酸作为探针或引物对其进行检测、分类、鉴定的方法列举如下(1)、(2)。
(1)将本发明的曲霉属真菌的检出、分类、鉴定用核酸当作特征应用,将该核酸探针同检测物进行杂交后,将探针作为指标来检测样品中的检测物。在这种方法中,探针最好应用经标记物标记了的核酸。这种检出方法的实施,就是将该标记核酸作为探针,使被测样品中曲霉属真菌基因同该标记探针进行杂交后,将曲霉属真菌基因同标记探针的结合物或非结合的标记探针通过适于标记物的适当的检测方法进行检出。
检测物,就是被检样品中的曲霉属真菌基因与探针的杂交物,将检测物用通常的方法进行预处理、纯化而成的物质作为被检样品,将此与作为探针的标记核酸相混合,从室温加热到70℃,从10分钟到48小时以处理。而且检测物质可以提前将本发明的核酸作为引物进行扩增反应。
(2)以本发明的将曲霉属真菌的检出用核酸作为引物,通过DNA聚合酶等进行延长反应而实现基因扩增,从而只对曲霉属真菌的细胞色素b的基因片段进行特异性地扩增,通过检测扩增产物而实现对曲霉属真菌的检出、分类及鉴定。在这种情况下,可以用经前面所讲标记物标记过的核酸作为引物应用。在此所用的基因扩增法具体讲是指PCR方法,但并不特定仅限于此种方法,将短链的寡核苷酸作为引物而用于基因合成的开始的任意的基因扩增法都可应用。本发明曲霉属真菌的检测法是通过依据上述方法而扩增了的扩增产物即细胞色素b基因片段的检出而得以实施。或者将扩增了的细胞色素b的基因片段通过限制性内切酶的剪切而成的片段,将片段形成的带型进行比较而得以实施。这里用的限制性内切酶可单独,也可合并应用。扩增了的细胞色素b的基因片段或者经限制性内切酶进一步剪切下的片段的检出方法并非是特别限定的,可使用普通的基因检测方法(如电泳法)。扩增产物例如通过电泳所形成的分级分离的特异而且对于检出非常鲜明的泳带可以很容易地检出。当要检测复数的病原真菌时,将复数的引物混合应用,通过电泳分层而检测的带,由于各病原真菌各自的分子量不同,带的位点也不同,为了实施对各病原真菌的检测及鉴定而设计不同的引物。引物再次进行扩增反应时,将通过恰当标记物标记过的脱氧核酸(dATP、dTTP、dGTP、dCTP)或者核糖核酸(ATP、UTP、GTP、CTP)作为DNA或者RNA的合成原料应用,据此而能使扩增产物高强度地被直接检测出。或者也可以应用本发明的曲霉属真菌检出、分类、鉴定用核酸经过标记后的标记核酸作为引物而可以同样高敏感度地检测出扩增产物。此时,用于标记用的物质优选选用放射性物质、荧光物质、发光物质或发光诱导物质。
下面将用一个例子详细说明本发明的曲霉属真菌的检出,分类、鉴定用核酸的应用方法。从被检物质中提取出核酸,将序列号2的核酸同序列号10~15的核酸的混合物作为引物进行PCR核酸延伸反应,当烟曲霉存在时有323个碱基对长度的的核酸被扩增,当黄曲霉菌存在时有193或194个碱基对长度的核酸被扩增,当黑曲霉存在时有148个碱基对长度的核酸被扩增,当构巢曲霉存在时有244个碱基对长度的核酸被扩增,当土曲霉存在时有397个碱基对长度的核酸被扩增。扩增后的核酸由于其各自不同的分子量通过各种电泳法而可以被分离和检出,从而可以判定有何种曲霉属真菌存在。还有将序列号2的核酸同序列号62~65的核酸的混合物作为引物进行PCR等核酸延伸反应,当有烟曲霉存在时有329个碱基对长度的核酸被扩增,当有黄曲霉菌存在时有193或194个碱基对长度的核酸被扩增,当有黑曲霉存在时有231个碱基对长度的核酸被扩增,当有构巢曲霉存在时有294个碱基对长度的核酸被扩增。当有土曲霉存在时有379个碱基对长度的核酸被扩增。将序列号57的核酸(混合物)与序列号62~65的核酸的混合物作为引物进行PCR等核酸延伸反应,当烟曲霉存在时有330个碱基对长度的核酸被扩增,有黄曲霉菌存在时有194或195个碱基对长度的核酸,当有黑曲霉存在时有232个碱基对长度的核酸,当有构巢曲霉存在时有295个碱基对长度的核酸,当有土曲霉存在时有380个碱基对长度的核酸进行扩增。将序列号3、58、59、60和/或61(各序列为混合物)同序列号66~75的核酸的混合物作为引物进行PCR等核酸延伸反应,当有烟曲霉存在时有163个碱基对(依据序列号68)及146个碱基对(依据序列号69)长度的核酸被扩增,当有黄曲霉菌存在时有287个碱基对长度的核酸,当有黑曲霉存在时有337个碱基对(依据序列号70)及245个碱基对(参照序列号71)长度的核酸,当有构巢曲霉存在时有236个碱基对(参照序列号72)及180个碱基对(依据序列号73)长度的核酸,当有土曲霉存在时,有86个碱基对长度(依据序列号74)及83个碱基对长度(依据序列号75)的核酸各自进行扩增。另外,序列号66~75中各包含两个使各种曲霉属真菌扩增用的引物,从中各选一个引物,共应用5个正向的引物的混合物能够将上述的5种曲霉属真菌同时检出及鉴定。
本发明用于曲霉属真菌检出用的样品盒的特征是含有对此真菌检出用核酸或者将此核酸经适当标记物标记过的核酸。本发明的试剂盒可以含有上述的核酸,也可以含有作为其他成分的标记检出用试剂及缓冲液。试剂盒中的核酸,既可以当作引物用,也可以当作探针用。不管是将核酸当作引物用还是当作探针用,虽然两者的手段不同,但对于曲霉属真菌的检出来说其本质是相同的。当该试剂盒中的核酸作为探针用时可依据上述方法(1)作为曲霉属真菌的检出用试剂盒,当该试剂盒中的核酸作为引物应用时,可依据上述方法(2)进行。
如果将试剂盒中的核酸当作探针应用时本发明的试剂盒中,除含有曲霉属真菌检出用核酸或标记过的核酸外,还含有标记检出用的试剂及缓冲液等。当将试剂盒中的核酸当作引物应用的时候,样品盒中除含有曲霉属真菌检出用核酸或标记过的核酸之外,还含有核酸合成酶(如DNA聚合物、RNA聚合酶、逆转录酶等),脱氧核糖核酸(dATP、dTTP、dGTP、dCTP)、核糖核苷酸(ATP、UTP、GTP、CTP)、限制性内切酶、缓冲液等。而且,本发明的核酸同固相载体结合,可以作为捕捉探针应用。此时,可以将捕捉探针与标记探针合在一起进行。而且也有将核酸进行标记的捕捉方法。此外还有将核酸用生物素标记后进行杂交,用抗生物素蛋白结合载体进行捕捉的方法。对于原位杂交来说,如果将一方用作本发明的核酸,可以对本发明的核酸进行特异的测定,而其他核酸的特异性将会非常低下。
以下将基于本发明的实施例进行更具体的说明,但是本发明并不仅限于下述的实施例。
实施例1(各种DNA的合成)有序列表中序列号为1~4、10~15及57~75中所显示的序列DNA,是利用商业用委托DNA合成服务而合成的。下面,将序列号1~4、10~15及57~75中所示的各种DNA,分别称作DNA 1~4、10~15及57~75。
实施例2(烟曲霉的细胞色素b基因扩增反应)将应用ポテトデキストロ-ス液体培养基培养而得的烟曲霉各株(Aspergillus fumigatus IFM 40804、40806、40807、40819、41206、41392、45916、45917、46980、5355)的菌体经75%酒精处理后灭菌,经150g、10分钟离心获得菌体,各加入40ml分离用缓冲液(0.9M山梨糖醇、10mM EDTA、10mM Tris盐酸缓冲液pH7.1),充分振荡混匀后经1500g、10分钟离心后弃上清液,再加入30ml的相同缓冲液,同样离心后弃上清,再加入9ml的相同缓冲液。另外加入1ml溶在相同缓冲液中的酶解酶(Zymolyase)生化工业(株)制(10 mg/ml)37℃温育1小时。再加入0.9~1.33mm玻璃珠,涡流混合器处理1~2分钟以破坏细胞壁。然后经500g,10分钟离心后取上清,再经20000g 15分钟离心后得沉淀。将沉淀用分离用缓冲液洗干净、再次20000g离心15分钟,就会得到烟曲霉各株的线粒体级分。将得到的线粒体级分中分别加入1mg/ml蛋白酶K 0.5ml,37℃温育1小时,加入苯酚、氯仿、异戊醇的混合液(25∶24∶1)1ml,振荡混匀后,经1500g、10分钟离心后取上层,加入1ml饱和苯酚,振荡混匀后经1500g、10分钟离心取上层。再加入0.1ml 3M的醋酸钠、0.1M氯化镁,3ml酒精,-20℃放置一夜。然后经20000g、10分钟离心取沉淀,将沉淀物用-20℃的75%的酒精洗净,1500g、10分钟离心后弃上清、得到DNA、干燥后-20℃保存。
以获得的DNA为模板、将实施例1得到的DNA 1(序列号1)同DNA 3(序列号3)(IFM40804、40819用)或4(IFM 40806、40807、41206、41392、45916、45917、46980、5355)作为引物,使用宝酒造公司的TaKaRa PCR Amplification Kit(Roll)、三洋公司的DNA扩增装置(MIR-D30)按以下方法进行PCR反应,将细胞色素b基因的一部分进行扩增。
反应液的组成如下×10PCR缓冲液 (试剂盒中所带) 5μlPCR dNTP混合液 (试剂盒中所带) 4μlTaq DNA合成酶 (试剂盒中所带) 1μl(2.5u)DNA11μlDNA 3或41μl线粒体DNA 1μl加水总量至50μl反应条件如下加热变性94℃1分钟退火50℃1分钟延伸反应72℃2分钟将扩增后的DNA用琼脂糖凝胶电泳法分离纯化,按以下的方法分析其碱基对序列。
应用PE公司的DNA测序仪(ABI Prism377)根据其操作指南,用ダィタ一シネ一タ一法进行分析。分析碱基序列用的引物选用正向侧的DNA2(序列号2)、反向侧为DNA3(IFM 40804、40819用)或4(IFM40806、40807、41206、41392、45916、45917、46980、5355)。确定后的碱基序列如序列号16~25所示。
实施例3(黄曲霉细胞色素b基因的扩增反应)采用同实施例2同样的方法将黄曲霉菌各株(Aspergillus flavusIFM 40603、40800、41087、41933、45909、45910、45911、46870、5364、5366)中细胞色素b基因的一部分进行PCR反应扩增,测定碱基序列。引物包括DNA2和DNA3(IFM41933、45910、5366用)或者4(IFM40603、40800、41087、45909、45911、46870、5364用)。碱基序列分析用正向引物用DNA2、反向引物为DNA 3(IFM41933,45910、5366用)或者4(IFM 40603、40800、41087、45909、45911、46870、5364用)。确定后的碱基序列为序列号26~35所示。
实施例4(黑曲霉的细胞色素b的基因扩增反应)同例2一样的方法将黑曲霉各株(Aspergillus niger IFM 40606、41398、41399、46897、5367、5368)中的细胞色素b基因的一部分进行扩增。测定其碱基序列。引物用DNA2和DNA3(IFM 41399用)或者4(IFM 40606、41398、46897、5367、5368)。碱基序列分析用引物为正向引物是DNA2,反向引物用DNA3或DNA4。确定后的碱基序列为序列号36~41中所示。
实施例5(构巢曲霉的细胞色素b基因扩增反应)用与实施例2同样的方法对构巢曲霉各株(Aspergillus niduransIFM 41094、46999、47004、47006、41395)的细胞色素b基因的一部分进行PCR扩增测定其碱基序列。引物应用DNA2和DNA3(IFM47004、47006用)或4(IFM41094、46999、41395用)碱基序列分析用正向引物用DNA2,反向引物用DNA3或DNA4,确定后的碱基序列为序列号42~46所示)。
实施例6(土曲霉的细胞色素b基因扩增反应)同实施例2一样的方法将土曲霉各株(Aspergillus terreus IFM40851、40852、41092、5372、40850)细胞色素b基因的一部分用RCR反应进行扩增,测定其碱基序列。引物用DNA2和DNA3。碱基序列分析时正向引物用DNA2、反向引物用DNA3。确定后的碱基序列为序列号47~51所示。
实施例7(乳酒假丝酵母的细胞色素b基因扩增反应)同实施例2一样的方法,用实施例1所得的DNA1和DNA3,通过PCR反应扩增假丝酵母属(乳酒假丝酵母IFM5773、5800)的细胞色素b的基因的一部分,并测定其碱基序列。作为碱基序列分析正向引物用DNA2,反向引物用DNA3,其碱基序列如序列号52~53所示。
实施例8(热带假丝酵母细胞色素b基因扩增反应)
同实施例2一样的方法,用实施例1所得的DNA1和DNA3,将热带假丝酵母(Candida tropicalis IFM 40018,46816)细胞色素b基因的一段通过PCR反应进行扩增,测定其碱基序列。碱基序列分析正向引物用DNA2,反向引物用DNA3,其碱基序列为序列号54~55所示。
实施例9(深红色发癣菌的细胞色素b基因扩增反应)同实施例2一样的方法,用实施例1所得的DNA1和DNA3,将深红色发癣菌(Trichophyton rubrum IFM 45593)细胞色素b基因的一段通过PCR反应进行扩增测定其碱基序列。序列分析的引物正向为DNA2,反向用DNA3。其碱基配对序列如序列号56所示。
实施例10(对烟曲霉依据PCR方法进行鉴定)使用实施例1的DNA2溶液和DNA10溶液。用宝酒造公司TaKaRaPCR Amplifcation Kit(R011),三洋的DNA扩增装置(MIR-D30),用同实施例2一样的方法进行PCR反应,扩增烟曲霉的细胞色素b基因的一部分。烟曲霉的DNA通过苯酚提取法获得。将含有10μl扩增产物的反应液进行1%琼脂糖凝胶电泳,溴化乙锭染色后经紫外线照射发生荧光(图1、带1和2)。电泳条件为电压75V,时间为45分钟。反应液中其他分子量标记物也同时泳动,通过比较相对泳动度,算出被检出的DNA的长度,约323个碱基对。
实施例11(对黄曲霉依据PCR法进行鉴定)使用实施例1和DNA2、DNA11和12(序列号分别为11和12)溶液,采用同实施例10的方法将黄曲霉的细胞色素b基因的一部分用PCR法进行扩增,用电泳法检出扩增产物(图1、带3、4及5)。算出检出的DNA片段的长度,约193至194个碱基对。
实施例12(黑曲霉的PCR法鉴定)使用实施例1的DNA2溶液及DNA13(序列号13)溶液,用实施例10的方法将黑曲霉的细胞色素b基因的一部分用PCR法进行扩增,将扩增产物用电泳检出(图1带6、7及8)。计算检出的DNA片段的长度,约148个碱基对。
实施例13(构巢曲霉的PCR法鉴定)使用实施例1的DNA2及DNA14(序列号14)溶液,用实施例10的方法将构巢曲霉的细胞色素b基因的一部分用PCR法扩增,将扩增产物用电泳检出(图1、带9和10)。计算检出的DNA的长度,约244个碱基对。
实施例14(土曲霉的PCR法鉴定)使用实施例1的DNA2和DNA15(序列号15)溶液,同实施例10一样的方法将土曲霉的细胞色素b基因的一部分用PCR法进行扩增,计算扩增后的DNA片段的长度,将扩增产物用电泳法检出,(图1,带11和12),其DNA片段长度约397个碱基对。
上述图1各带的菌株具体描述如下带1 烟曲霉 IFM40819带2 黄曲霉 IFM40806带3 黄曲霉 IFM41933带4 黄曲霉 IFM5366带5 黄曲霉 IFM45910带6 黑曲霉 IFM41398带7 黑曲霉 IFM41399带8 黑曲霉 IFM46897带9 构巢曲霉 IFM47004带10构巢曲霉 IFM41094带11土曲霉 IFM40850带12土曲霉 IFM41092带13大小标记(100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1500bp)实施例15(巴西果小克银汉霉(Cunninghamella bertholetiae)色素b基因扩增反应)采用与实施例2 同样的方法将巴西果小克银汉霉菌(Cunninghamella bertholletiae IFM 46114)的细胞色素b基因的一部分通过PCR方法进行扩增。测其碱基序列,引物用DNA57和DNA58。碱基序列分析时正向引物用DNA57,反应引物DNA58,确定后的碱基序列为序列号76所示。
实施例16(卷枝毛霉的细胞色素b基因扩增反应)采用与例2同样的方法将卷枝毛霉(Mueor circinelloides IFM40507)的细胞色素b基因的一部分用PCR反应进行扩增,测定其碱基配对序列。引物用DNA57和DNA60及DNA61。碱基序列分析时正向引物用DNA57,反向引物用DNA60及DNA61,测定后的碱基序列为序列号77所示。
实施例17用同实施例10~14一样的方法将曲霉属各菌种用PCR方法进鉴定。所用引物为烟曲霉用DNA57和DNA65,黄曲霉用DNA11及DNA12,黑曲霉用DNA64,构巢曲霉用DNA63,土曲霉用DNA62。电泳结果见图2,图2各泳带所示菌株与图1一样。
实施例18采用同实施例10~14一样的方法将曲霉属各株用PCR方法进行鉴定。所用引物如下烟曲霉用DNA3和DNA68,黄曲霉菌用DNA66和DNA67,黑曲霉用DNA70,构巢曲霉用DNA72,土曲霉用DNA74。电泳结果见图3。图3所示各带的菌株顺序同图1。
实施例19采用同实施例10~14一样的方法将曲霉属各菌株用PCR方法进行鉴定。所用引物如下烟曲霉用DNA58和DNA69,黄曲霉用DNA66和DNA67,黑曲霉用DNA71,构巢曲霉用DNA73,土曲霉用DNA75。电泳结果见图4,图4所示各菌株带如图1。
产业上利用的可能性本发明能使病原真菌特别是曲霉属真菌能迅速、简便地特异而且高度敏感地被检查出,分类及鉴定。因此对于感染了真菌的患者,能早期明确致病菌并给予恰当的治疗。序列表序列号1序列的长度20序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC 20序列号2序列的长度21序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列GAGGTGCTAC AGTTATTACT A 21序列号3序列的长度20序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列GGTATAGMTC TTAAWATAGC 20序列号4序列的长度20序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列AAAATAGCAT AGAAAGGTAA 20序列号5序列的长度425序列的类型核酸链数双链拓扑学直链假定序列无来源烟曲霉(Aspergillus fumigatus)序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAATCTTATG AGTGCTATAC CTTGAATAGG TCAAGATATA 60GTTGAATTTA TATGAGGTGG TTTCTCTGTA AATAATGCTA CATTAAATAG ATTCTTTGCA 120TTACATTTCT TATTACCTTT TGTTTTAGCT GCATTAGTAA TAATGCATTT AATAGCAATG 180CACGATACTG TAGGATCTGG TAATCCTTTA GGTATTTCTG GTAATTATGA TAGATTACCT 240TTCGCTCCTT ACTTTGTATT TAAAGATTTA GTTACTGTAT TTATTTTCTT TATAGTATTA 300TCTGTATTTG TATTCTTCAT GCCTAACGCA TTAGGTGATA GTGAAAATTA TGTTATGGCT 360AATCCAATGC AAACTCCACC TGCTATTGTT CCGGAATGAT ACTTATTACC TTTCTATGCT 420ATTTT 425序列号6序列的长度425序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源黄曲霉(Aspergillus flavus)序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAACCTTATG AGTGCTATAC CTTGAATAGG TCAAGAYATA 60GTTGAATTTA TTTGAGGAGG TTTCTCTGTA AATAATGCAA CATTAAATAG ATTCTTTGCA 120TTACATTTCT TATTACCTTT TGTATTAGCT GCATTAGCTT TAATGCATTT AATYGCTATG 180CACGATACTG TAGGATCTGG TAATCCTTTA GGTATATCTG GTAATTATGA TAGATTACCT 240TTTGCTCCAT ATTTCATATT TAAAGATTTA GTWACTATCT TTATTTTCTT TATAGTATTA 300TCTATATTTG TTTTCTTYAT GCCTAATGCT TTAGGAGATA GTGAAAATTA TGTTATGGCT 360AATCCAATGC AAACTCCACC TGCTATYGTT CCAGAATGAT ACTTATTACC TTTCTATGCT 420ATTTT 425序列号7序列的长度425序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源黑曲霉(Aspergillus niger)序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAACCTTATG AGTGCTATAC CATGAATAGG TCAAGATATA 60GTTGAGTTCA TATGAGGWGG TTTCTCTGTA AATAATGCAA CATTAAACAG ATTCTTTGCA 120TTACACTTCT TATTACCTTT TGTATTAGCT GCATTAGCTT TAATGCACTT AATAGCTATG 180CACGATACAG TAGGATCAGG TAATCCATTA GGAATATCAG GTAATTACGA TAGATTACCT 240TTTGCACCAT ATTTTATATT TAAAGATTTA GTAACTATCT TTATTTTCTT TATTGTATTA 300TCAATATTTG TTTTCTTTAT GCCTAATGCA TTAGGAGATA GTGAAAATTA TGTTATGGCT 360AAYCCAATGC AAACTCCACC TGCWATTGTA CCAGAGTGAT ATCTTTTACC TTTCTATGCT 420ATTTT 425序列号8序列的长度425序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源构巢曲霉(Aspergillus nidulans)序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAACCTAATG AGTGCTATAC CTTGAATAGG TCAAGATATT 60GTTGAGTTTA TTTGAGGAGG TTTYTCTGTA AATAATGCAA CTTTAAACAG ATTCTTTGCA 120TTACATTTCT TATTACCTTT TGTATTAGCT GCTTTAGCAT TAATGCATTT AATAGCTATG 180CACGATACAG TAGGATCAGG KAATCCTTTA GGTATTTCAG CTAATTACGA TAGATTACCT 240TTTGCTCCTT ATTTTATATT TAAAGATTTA ATAACTATAT TTATATTCTT TATTGTATTA 300TCAATATTTG TTTTCTTTAT GCCTAATGCT TTAGGTGATA GTGAAAATTA TGTTATGGCT 360AATCCTATGC AAACTCCACC TGCTATAGTT CCAGAATGAT ATCTTTTACC TTTCTATGCT 420ATTTTA425序列号9序列的长度425序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源土曲霉(Aspergillus terreus)序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAACTTAATG AGTGCTATAC CTTGAATTGG TCAAGATATA 60GTTGAATTTA TTTGAGGAGG TTTCTCTGTA AATAATGCAA CTTTAAATAG ATTCTTTGCA 120TTACATTTCT TATTACCTTT TGTATTAGCT GCWTTAGTTA TTATGCACTT AATAGCAATG 180CACGATACTG TAGGATCAGG TAATCCTTTA GGTATATCAG GTAACTACGA TAGATTACCT 240TTCGCTCCAT ATTTCGTATT CAAAGATTTA GTAACTATCT TTATTTTCTT TATAGTATTA 300TCTATATTTG TTTTCTTCAT GCCTAACGCA TTAGGAGACA GTGAAAATTA TGTTATGGCA 360AACCCAATGC AAACACCACC TGCTATTGTA CCAGAATGAT ACTTATTACC ATTCTATGCT 420ATTTTA425序列号10序列的长度21序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列AGGCATGAAG AATACAAATA C 21序列号11序列的长度22序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列TCCTACAGTA TCGTGCATAG CG 22序列号12序列的长度21序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列CCTACAGTAT CGTGCATAGC A 21序列号13序列的长度24序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列GCTAATACAA AAGGTAATAA GAAG 24序列号14序列的长度25序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列GCAAAAGGTA ATCTATCGTA ATTAG 25序列号15序列的长度24序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列CATTCTGGTA CAATAGCAGG TGGT 24序列号16序列的长度437序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源烟曲霉IFM40804序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAATCTTATG AGTGCTATAC CTTGAATAGG TCAAGATATA 60GTTGAATTTA TATGAGGTGG TTTCTCTGTA AATAATGCTA CATTAAATAG ATTCTTTGCA 120TTACATTTCT TATTACCTTT TGTTTTAGCT GCATTAGTAA TAATGCATTT AATAGCAATG 180CACGATACTG TAGGATCTGG TAATCCTTTA GGTATTTCTG GTAATTATGA TAGATTACCT 240TTCGCTCCTT ACTTTGTATT TAAAGATTTA GTTACTGTAT TTATTTTCTT TATAGTATTA 300TCTGTATTTG TATTCTTCAT GCCTAACGCA TTAGGTGATA GTGAAAATTA TGTTATGGCT 360AATCCAATGC AAACTCCACC TGCTATTGTT CCGGAATGAT 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TATTCTTCAT GCCTAACGCA TTAGGTGATA GTGAAAATTA TGTTATGGCT 360AATCCAATGC AAACTCCACC TGCTATTGTT CCGGAATGAT ACTTATTACC TTTCTATGCT 420ATTTT 425序列号19序列的长度437序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源烟曲霉IFM40819序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAATCTTATG AGTGCTATAC CTTGAATAGG TCAAGATATA 60GTTGAATTTA TATGAGGTGG TTTCTCTGTA AATAATGCTA CATTAAATAG ATTCTTTGCA 120TTACATTTCT TATTACCTTT TGTTTTAGCT GCATTAGTAA TAATGCATTT AATAGCAATG 180CACGATACTG TAGGATCTGG TAATCCTTTA GGTATTTCTG GTAATTATGA TAGATTACCT 240TTCGCTCCTT ACTTTGTATT TAAAGATTTA GTTACTGTAT TTATTTTCTT TATAGTATTA 300TCTGTATTTG TATTCTTCAT GCCTAACGCA TTAGGTGATA GTGAAAATTA TGTTATGGCT 360AATCCAATGC AAACTCCACC TGCTATTGTT CCGGAATGAT ACTTATTACC TTTCTATGCT 420ATTTTAAGAT CTATACC437序列号20序列的长度425序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源烟曲霉IFM41206序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAATCTTATG AGTGCTATAC CTTGAATAGG TCAAGATATA 60GTTGAATTTA TATGAGGTGG TTTCTCTGTA AATAATGCTA CATTAAATAG ATTCTTTGCA 120TTACATTTCT TATTACCTTT TGTTTTAGCT GCATTAGTAA TAATGCATTT AATAGCAATG 180CACGATACTG TAGGATCTGG TAATCCTTTA GGTATTTCTG 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60GTTGAATTTA TATGAGGTGG TTTCTCTGTA AATAATGCTA CATTAAATAG ATTCTTTGCA 120TTACATTTCT TATTACCTTT TGTTTTAGCT GCATTAGTAA TAATGCATTT AATAGCAATG 180CACGATACTG TAGGATCTGG TAATCCTTTA GGTATTTCTG GTAATTATGA TAGATTACCT 240TTCGCTCCTT ACTTTGTATT TAAAGATTTA GTTACTGTAT TTATTTTCTT TATAGTATTA 300TCTGTATTTG TATTCTTCAT GCCTAACGCA TTAGGTGATA GTGAAAATTA TGTTATGGCT 360AATCCAATGC AAACTCCACC TGCTATTGTT CCGGAATGAT ACTTATTACC TTTCTATGCT 420ATTTT 425序列号25序列的长度425序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源烟曲霉IFM5355序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAATCTTATG AGTGCTATAC CTTGAATAGG TCAAGATATA 60GTTGAATTTA TATGAGGTGG TTTCTCTGTA AATAATGCTA CATTAAATAG ATTCTTTGCA 120TTACATTTCT TATTACCTTT TGTTTTAGCT GCATTAGTAA TAATGCATTT AATAGCAATG 180CACGATACTG TAGGATCTGG TAATCCTTTA GGTATTTCTG GTAATTATGA TAGATTACCT 240TTCGCTCCTT ACTTTGTATT TAAAGATTTA GTTACTGTAT TTATTTTCTT TATAGTATTA 300TCTGTATTTG TATTCTTCAT GCCTAACGCA TTAGGTGATA GTGAAAATTA TGTTATGGCT 360AATCCAATGC AAACTCCACC TGCTATTGTT CCGGAATGAT ACTTATTACC TTTCTATGCT 420ATTTT 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240TTCGCTCCAT ATTTCGTATT CAAAGATTTA GTAACTATCT TTATTTTCTT TATAGTATTA 300TCTATATTTG TTTTCTTCAT GCCTAACGCA TTAGGAGACA GTGAAAATTA TGTTATGGCA 360AACCCAATGC AAACACCACC TGCTATTGTA CCAGAATGAT ACTTATTACC ATTCTATGCT 420ATTKTAAGAT CTMTACC437序列号50序列的长度437序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源土曲霉IFM5372序列TGAGGTGCTA GAGTTATTAC TAACTTAATG AGTGCTATAC CTTGAATTGG TCAAGATATA 60GTTGAATTTA TTTGAGGAGG TTTCTCTGTA AATAATGCAA CTTTAAATAG ATTCTTTGCA 120TTACATTTCT TATTACCTTT TGTATTAGCT GCATTAGTTA TTATGCACTT AATAGCAATG 180CACGATACTG TAGGATCAGG TAATCCTTTA GGTATATCAG GTAACTACGA TAGATTACCT 240TTCGCTCCAT ATTTCGTATT CAAAGATTTA GTAACTATCT TTATTTTCTT TATAGTATTA 300TCTATATTTG TTTTCTTCAT GCCTAACGCA TTAGGAGACA GTGAAAATTA TGTTATGGCA 360AACCCAATGC AAACACCACC TGCTATTGTA CCAGAATGAT ACTTATTACC ATTCTATGCT 420ATTKTAAGAT CTMTACC437序列号51序列的长度437序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源土曲霉IFM40850序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAACTTAATG AGTGCTATAC CTTGAATTGG TCAAGATATA 60GTTGAATTTA TTTGAGGAGG TTTCTCTGTA AATAATGCAA CTTTAAATAG ATTCTTTGCA 120TTACATTTCT TATTACCTTT TGTATTAGCT GCATTAGTTA TTATGCACTT AATAGCAATG 180CACGATACTG TAGGATCAGG TAATCCTTTA GGTATATCAG GTAACTACGA TAGATTACCT 240TTCGCTCCAT ATTTCGTATT CAAAGATTTA GTAACTATCT TTATTTTCTT TATAGTATTA 300TCTATATTTG TTTTCTTCAT GCCTAACGCA TTAGGAGACA GTGAAAATTA TGTTATGGCA 360AACCCAATGC AAACACCACC TGCTATTGTA CCAGAATGAT ACTTATTACC ATTCTATGCT 420ATTKTAAGAT CTMTACC437序列号52序列的长度434序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源乳酒假丝酵母IFM5773序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAATTTATTC TCAGCTATTC CATTAATTGG ACAAGATATT 60GTATTATGAT TATGAGGAGG TTTCTCAGTA TCTAACCCTA CAATTCAAAG ATTCTTTGCA 120TTCCATTACT TAGTACCATT TATTATTGCT GCTTGTGTAA TTATGCATTT AATGGCTTTA 180CATACACATG GTTCATCAAA TCCTTTAGGT GTAACAGGTA ATTTAGATAG ATTACCAATG 240CATGGATACT TTATTTTTAA AGATTTAATT ACAGTATTTG TATTCTTAAT TTTCTTCTCA 300TTATTTGTAT TCTTCTCACC TAATACATTA GGACATCCTG ATAACTATAT TCCAGGTAAT 360CCATTAGTAA CACCAGCATC AATTGTACCT GAATGATACT TATTACCATT TTATGCTATW 420TTAAGATCTA TACC 434序列号53序列的长度434序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源乳酒假丝酵母IFM5800序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAATTTATTC TCAGCTATTC CATTAATTGG ACAAGATATT 60GTATTATGAT TATGAGGAGG TTTCTCAGTA TCTAACCCTA CAATTCAAAG ATTCTTTGCA 120TTCCATTACT TAGTACCATT TATTATTGCT GCTTGTGTAA TTATGCATTT AATGGCTTTA 180CATACACATG GTTCATCAAA TCCTTTAGGT GTAACAGGTA ATTTAGATAG ATTACCAATG 240CATGGATACT TTATTTTTAA AGATTTAATT ACAGTATTTG TATTCTTAAT TTTCTTCTCA 300TTATTTGTAT TCTTCTCACC TAATACATTA GGACATCCTG ATAACTATAT TCCAGGTAAT 360CCATTAGTAA CACCAGCATC AATTGTACCT GAATGATACT TATTACCATT TTATGCTATT 420TTAAGATCTA TACC 434序列号54序列的长度434序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源热带假丝酵母IFM40018序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAACTTATTA TCAGCTATAC CATTTATAGG TAATGATATA 60GTACCATTTA TATGAGGAGG TTTCTCTGTA TCAAATCCTA CAATACAAAG ATTTTTTGCA 120TTACATTATT TATTACCATT TATTTTAGCA GCATTAGTAG TAATGCATTT TATAGCATTA 180CATACTCATG GATCATCTAA TCCTGTAGGA ATATCAAGTA ATTTAGATAG AATACCAATG 240CATAGTTACT TTATATTTAA AGATTTAATT ACTGTATTTG TATTTATATT AGTATTTAGT 300TTATTTGTAT TCTTCTCACC TAATACTTTA GGACATCCTG ATAACTATAT ACCAGGTAAT 360CCTATGGTTA CACCTGCATC TATAGTACCT GAATGATATT TATTACCATT CTATGCTATA 420TTAAGATCTA TACC 434序列号55序列的长度434序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源热带假丝酵母IFM46816序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC WAACTTATTA TCAGCTATAC CATTTATAGG TAATGATATA 60GTACCATTTA TATGAGGAGG TTTCTCTGTA TCAAATCCTA CAATACAAAG ATTTTTTGCA 120TTACATTATT TATTACCATT TATTTTAGCA GCATTAGTAG TAATGCATTT TATAGCATTA 180CATACTCATG GATCATCTAA TCCTGTAGGA ATATCAAGTA ATTTAGATAG AATACCAATG 240CATAGTTACT TTATATTTAA AGATTTAATT ACTGTATTTG TATTTATATT AGTATTTAGT 300TTATTTGTAT TCTTCTCACC TAATACTTTA GGACATCCTG ATAACTATAT ACCAGGTAAT 360CCTATGGTTA CACCTGCATC TATAGTACCT GAATGATATT TATTACCATT CTATGCTATW 420TTAAGATCTA TACC 434序列号56序列的长度437序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源深红色发癣菌IFM45593序列TGAGGTGCTA CAGTTATTAC TAATTTATTA AGTGCTATAC CTTGAATTGG TCAAGATTTA 60GTAGAATTTA TTTGAGGAGG TTTTTCTGTA AATAATGCTA CATTAAATAG ATTTTTTTCT 120TTACATTATT TATTACCTTT TATATTAGCT GCTTTAGTTT TAATGCATTT AATAGCATTA 180CATGATACTG TTGGTTCTAG TAATCCTTTA GGTATTTCAG GTAATTATGA TAGATTACCT 240TTTGCTCCTT ACTTTTTATT TAAAGATTTA GTTACTATTT TCTTATTTAT GCTTGGTTTA 300TCTATATTTG TTTTCTTTAT GCCTAATGCT TTAGGTGACT GTGAAAATTA TGTAATGGCT 360AATCCTATGC AAACACCAGC TGCTATTGTT CCTGAATGAT ATTTATTACC TTTTTATGCT 420ATATTAAGAT CTATACC437序列号57序列的长度22序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列TGRGGWGCWA CWGTTATTAC TA22序列号58序列的长度22序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列GGWATAGMWS KTAAWAYAGC ATA 22序列号59序列的长度20序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列GGTATAGMWS KTAAWAYAGC 20序列号60序列的长度20序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列GGTATAGMWG TTAAWATAGC 20序列号61序列的长度20序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列GGTATAGATC TTAAWATAGC 20序列号62序列的长度21序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列GGTGGTGTTT GCATTGGGTT T 21序列号63序列的长度25序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列CAATAAAGAA TATAAATATA GTTAT 25序列号64序列的长度26序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列TATCGTAATT ACCTGATATT CCTAAT 26序列号65序列的长度27序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列TGCGTTAGGC ATGAAGAATA CAAATAC 27序列号66序列的长度24序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列GCATTAGCTT TAATGCATTT AATC24序列号67序列的长度24序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列GCATTAGCTT TAATGCATTT AATT24序列号68序列的长度30序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列CTGTATTTAT TTTCTTTATA GTATTATCTG 30序列号69序列的长度21序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列ATAGTATTAT CTGTATTTGT A 21序列号70序列的长度26序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列CATTAAACAG ATTCTTTGCA TTACAC 26序列号71序列的长度21序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列GGATCAGGTA ATCCATTAGG A21序列号72序列的长度20序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列AATCCTTTAG GTATTTCAGC 20序列号73序列的长度28序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列ATTTAAAGAT TTAATAACTATATTTATA 28序列号74序列的长度24序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列GTTATGGCAA ACCCAATGCA AACA 24序列号75序列的长度21序列的类型核酸链数单链拓扑学直链假定序列无序列ATGGCAAACC CAATGCAAAC A 21序列号76序列的长度434序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源巴西果小克银汉霉(Cunninghamella bertholletiae)序列TGGGGAGCAA CAGTTATTAC TAATTTATTA TCTGCTATTC CTTGGATTGG TAAAGATCTT 60GTAGAATTTA TTTGGGGTGG TTTCAGTGTT GATAATGCTA CTTTAAATCG ATTCTTTAGT 120CTACATTATT TATTACCATT CATTCTTGCT GCTTTAGCAG TTATGCATTT AATTGCAAAA 180GAAGAAAATG GATCAAGTAA TCCATTAGGA ATTACAGCTA ATGCTGATAT GATTTATATG 240CATCCATATT ATATCTTTAA AGATTTAGTA ACTATTTTCT TATTCTTCTT AGTATTAGGA 300TTATTCTTAT TTTATGCTCC TAATAAATTA GGACATCCTG ATAATTATAT TCCAGCTAAT 360CCAATGCAAA CTCCAGCTTC TATTGTTCCT GAGTGGTATC TATTACCATT TTATGCTATT 420TTAASWKCTA TWCC434序列号77序列的长度434序列的类型核酸链数两种类型拓扑学直链假定序列无来源卷枝毛霉(Mucor circinelloides)序列TGGGGAGCAA CAGTTATTAC TAACCTATTA TCGGCTATCC CTTGGATTGG TAAAGATTTA 60GTAGAATTCA TCTGGGGAGG TTTCTCTGTA GATAATGCGA CATTAAACCG ATTCTTCAGT 120CTTCACTACT TATTACCATT CATCTTAGCA GCTTTATCTT TAATGCATTT AATTGCTAAA 180GAAGAAAATG GATCTAATAA TCCACTAGGA ATTACAGCAA ACACTGATAT GGTTTATCTT 240CATCCTTATT ACGTATTTAA AGATTTAGTA ACAATTTTCT TATTCTTCTT AGTATTAGCT 300TTATTCTTAT TCTATGCACC TAATAAATTA GGTCATCCTG ATAATTATAT TCCAGCTAAC 360CCAATGCAAA CTCCTGCATC TATTGTACCA GAATGGTATC TATTACCTTT CTATGCTATT 420TTAASWKCTA TWCC 43权利要求
1.真菌线粒体细胞色素b基因片段扩增用引物,它是由含有序列表中序列号57所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列中连续的至少10个碱基的碱基序列构成的核酸片段构成的。
2.权利要求1的引物,它是由含有序列表中序列号57所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
3.真菌线粒体细胞色素b基因片段扩增用引物,它是由含有序列表中序列号3所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列中连续的至少10个碱基的碱基序列构成的核酸片段构成的。
4.权利要求3的引物,它是由含有序列表中序列号3所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
5.真菌线粒体细胞色素b基因片段扩增用引物,它是由含有序列表中序列号58所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列中连续的至少10个碱基的碱基序列的核酸片段构成的。
6.权利要求5的引物,它是由含有序列表中序列号58所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
7.真菌线粒体细胞色素b基因片段扩增用引物,它是由含有序列表中序列号59所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列中连续的至少10个碱基的碱基序列构成的核酸片段构成的。
8.权利要求7的引物,它是由含有序列表中序列号59所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
9.真菌线粒体细胞色素b基因片段扩增用引物,它是由含有序列表中序列号60所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列中连续的至少10个碱基的碱基序列构成的核酸片段构成的。
10.权利要求9的引物,它是由含有序列表中序列号60所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
11.真菌线粒体细胞色素b基因片段扩增用引物,它是由含有序列表中序列号61所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列中连续的至少10个碱基的碱基序列的核酸片段构成的。
12.权利要求11的引物,它是由含有序列表中序列号61所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
13.权利要求1-12任一项的引物,它是由含有各序列号中的通式所表示的碱基序列的核酸片段的混合物构成的。
14.权利要求1-13任一项的引物,其中上述真菌是曲霉属的真菌。
15.权利要求1-13任一项的引物,其中上述真菌是假丝酵母属的真菌。
16.权利要求1-13任一项的引物,其中上述真菌是小克银汉霉菌属的真菌。
17.权利要求1-13任一项的引物,其中上述真菌是毛霉属的真菌。
18.权利要求14的引物,其中曲霉属的真菌选自烟曲霉,黄曲霉,黑曲霉,构巢曲霉和土曲霉。
19.烟曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号5所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的连续的10-100个碱基的碱基序列的核酸片段构成的。
20.黄曲霉检测用核酸,它是有由含有序列表中序列号6所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的连续的10-100个碱基的碱基序列的核酸片段构成的。
21.黑曲霉检测用核酸,它是有由含有序列表中序列号7所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的连续的10-100个碱基的碱基序列的核酸片段构成的。
22.构巢曲霉检测用核酸,它是有由含有序列表中序列号8所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的连续的10-100个碱基的碱基序列的核酸片段构成的。
23.土曲霉检测用核酸,它是有由含有序列表中序列号9所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的连续的10-100个碱基的碱基序列的核酸片段构成的。
24.权利要求19-23任一项的检测用核酸,它是连续的10-100的碱基,15-30的碱基。
25.烟曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号5所示的序列的24位的T作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号5中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
26.烟曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号5所示的序列的99位的T作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号5中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
27.烟曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号5所示的序列的144位的T作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号5中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
28.烟曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号5所示的序列的252位的C作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号5中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
29.烟曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号5所示的序列的277位的G作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号5中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
30.烟曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号5所示的序列的304位的G作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号5中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
31.烟曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号5所示的序列的312位的A作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号5中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
32.烟曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号5所示的序列的393位的G作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号5中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
33.黄曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号6所示的序列的174位的Y作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号6中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
34.黑曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号7所示的序列的42位的A作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号7中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上的碱基核酸构成的。
35.黑曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号7所示的序列的69位的C作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号7中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
36.黑曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号7所示的序列的126位的C作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号7中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
37.黑曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号7所示的序列的207位的A作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号7中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
38.黑曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号7所示的序列的213位的A作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号7中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
39.黑曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号7所示的序列的246位的A作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号7中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
40.黑曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号7所示的序列的396位的G作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号7中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
41.构巢曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号8所示的序列的60位的T作为3’末端,至少10个碱基以上的核酸构成的;或由序列表中序列号8中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
42.构巢曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号8所示的序列的221位的C作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号8中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
43.构巢曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号8所示的序列的271位的A作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号8中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
44.构巢曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号8所示的序列的285位的A作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号8中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
45.构巢曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号8所示的序列的366位的T作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号8中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
46.构巢曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号8所示的序列的387位的A作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号8中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
47.土曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号9所示的序列的25位的T作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号9中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
48.土曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号9所示的序列的48位的T作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号9中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
49.土曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号9所示的序列的162位的T作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号9中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
50.土曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号9所示的序列的225位的C作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号9中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
51.土曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号9所示的序列的261位的C作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号9中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
52.土曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号9所示的序列的339位的C作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号9中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
53.土曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号9所示的序列的360位的A作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号9中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
54.土曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号9所示的序列的375位的A作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号9中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
55.土曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号9所示的序列的411位的A作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的;或由序列表中序列号9中所示的互补序列上对应的碱基作为3’末端,至少10个以上碱基的核酸构成的。
56.权利要求25-55任一项的核酸,其中核酸的碱基数是10-100。
57.权利要求56的核酸,其中核酸的碱基数是15-30。
58.权利要求25-57任一项的检测用核酸,其中检测用核酸是核酸扩增用的引物。
59.权利要求25-57任一项的检测用核酸,其中检测用核酸是标记的引物。
60.权利要求30的烟曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号10所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
61.权利要求33的黄曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号11所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
62.权利要求33的黄曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号12所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
63.权利要求36的黑曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号13所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
64.权利要求42的构巢曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号14所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
65.权利要求54的土曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号15所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
66.权利要求53的土曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号62所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
67.权利要求43的构巢曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号64所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
68.权利要求37的黑曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号64所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
69.权利要求30的烟曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号65所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
70.权利要求37的黄曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号66所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
71.权利要求37的黄曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号67所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
72.权利要求30的烟曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号68所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
73.权利要求31的烟曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号69所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
74.权利要求36的黑曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号70所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
75.权利要求38的黑曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号71所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
76.权利要求42的构巢曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号72所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
77.权利要求44的构巢曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号73所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
78.权利要求54的土曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号74所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
79.权利要求54的土曲霉检测用核酸,它是由含有序列表中序列号75所示的碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以被尿嘧啶替换)或其互补的碱基序列的核酸片段构成的。
80.权利要求1或2的引物,其是正向引物。
81.权利要求70或79的核酸,其是正向引物。
82.权利要求3至11任一项的引物,其为反向引物。
83.权利要求60至69任一项的引物,其为反向引物。
84.通过用基因扩增方法对曲霉属真菌的细胞色素b基因片段进行扩增从而对曲霉属真菌进行检测和/或鉴定的方法,其中在基因扩增方法中使用了由含有序列表中序列号1和2所示碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以用尿嘧啶替换)中连续的至少10个碱基的碱基序列的核酸构成的正向引物以及权利要求80的正向引物中的至少一个,和权利要求83的反向引物中的至少一个。
85.通过用基因扩增方法对曲霉属真菌的细胞色素b基因片段进行扩增从而对曲霉属真菌进行检测和/或鉴定的方法,其中在基因扩增方法中使用了权利要求81的正向引物中的至少一个,和权利要求82的反向引物以及由含有序列表中序列号4所示碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以用尿嘧啶替换)的互补序列中连续的至少10个碱基的碱基序列的核酸构成的反向引物中的至少一个。
86.通过用基因扩增方法对曲霉属真菌的细胞色素b基因片段进行扩增从而对曲霉属真菌进行检测和/或鉴定的方法,其中在基因扩增方法中使用了由含有序列表中序列号1和2所示碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以用尿嘧啶替换)中连续的至少10个碱基的碱基序列的核酸构成的正向引物以及权利要求80的正向引物中的至少一个,和权利要求82的反向引物以及由含有序列表中序列号4所示碱基序列(但是,任意位点的胸腺嘧啶可以用尿嘧啶替换)的互补序列中连续的至少10个碱基的碱基序列的核酸构成的反向引物中的至少一个。
87.含有序列表中序列号5到9任一项的碱基序列的DNA片段。
全文摘要
一种用于检测真菌的核酸,它含有序列表中序列号3、57~75所示的序列。该核酸可用作基因扩增用的探针或引物。当用作引物的时候,通过选择适当的引物,该核酸可对曲霉属真菌进行检测及鉴定,这是因为根据真菌菌种的不同,被扩增的核酸片段的大小不同。
文档编号C12N15/31GK1207129SQ97191609
公开日1999年2月3日 申请日期1997年9月9日 优先权日1997年9月9日 公开号97191609.8
发明者横山耕治, 王丽 申请人:爱诗爱诗制药株式会社
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