率。 [00別]图2.根据goeBURST算法找到的MLVA类型（圆圈）和关系。实线表示单位点变异体水 平，短划线表示双位点变异体水平，点虚线表示=位点变异体水平。单位点变异水平分组由 罗马数字I至VI表示。
[0022] 图3.实施例中的通用疫苗的菌株选择r类型3"(例如，菌株保藏号CNCM 1-4720)， "类型14"(例如保藏号为CNCM 1-4721菌株)和"类型20"(例如保藏号为CNCM 1-4722菌株）。 选取称为克隆复合体的原始菌株（n，v和I)。所述选取菌株在西班牙检测为占总检测菌株 的比例为至少1 %。
[0023] 图4. W自体疫苗（深灰色）、通用疫苗（黑色）接种的组别与非接种组（对照，浅灰 色）的生存曲线比较，所用Log Rank检验a = 0.05。
[0024] 图S.B.hyodysenteriae在被攻击后随时间的消除(每周阳性直肠拭子百分比）（黑 色，自体疫苗;深灰色，通用疫苗;浅灰色，未接种疫苗动物(对照））。
[0025] 图6.不同组的潜伏期（接种病菌与出现腹泻或细菌粪便排出之间的天数）（黑色， 自体疫苗;深灰色，通用疫苗;浅灰色，未接种疫苗的动物(对照））。
[0026] 图7.接种病菌后患上腹泻（a)和出血性腹泻（b)的猪百分比（黑，自体疫苗；深灰 色，通用疫苗;浅灰色，未接种疫苗的动物(对照））。
[0027] 图8.接种病菌后的各天的平均日增重(ADG)(黑色，自体疫苗;深灰色，通用疫苗； 浅灰色，未接种疫苗的动物(对照））。
[00%]图9.病菌接种后头9天(第0天至第9天）日增重(DWG)(黑色，自体疫苗;深灰色，通 用疫苗;浅灰色，未接种疫苗的动物(对照））。
[0029] 图10.在试验中测量W抗-菌株A(C醒1-4720化PS的A，B和C菌株超免疫的兔的抗 体应答值(450nm吸光度，与产生的抗体量直接相关）（效价测定）。
[0030] 图11.在试验中测量W抗-菌株B(C醒1-4720化PS的A，B和C菌株超免疫的兔的抗 体应答值(450nm吸光度，与产生的抗体量直接相关）（效价测定）。
[0031] 图12.在试验中测量W抗-菌株C(C醒1-4720化PS的A，B和C菌株超免疫的兔的抗 体应答值(450nm吸光度，与产生的抗体量直接相关）（效价测定）。
【具体实施方式】
[00创本发明的组合物
[0033] 本发明设及包含来自化achyspira hyodysenteriae的至少两种基因多样菌株的 细菌的组合物。本发明中使用的术语"基因多样性"是指一个物种的基因构成中的一组限定 的遗传可测量多样特性。为了确定限定环境(生态系统）中的微生物多样性，或鉴定特定菌 株在宿主之间的传播，配置了具有区分相同物种下的多样化生物的能力的基因分型技术。 重要的是，在比较单一物种在不同的生态系统之间的多样性时，需要能够进行客观评估的 可靠统计方法。为此，基于特定类型生物体在种群中出现或可W特定分型工具区分的频率， 从数学上定义了多样性指数(G;rundmann,H.et al.,Journal of Clinical Microbiology (2001),39:4190-4192)〇
[0034] B.hyodysenteriae分离株之间相对较高的多样性已经得到了经典性描述。理解SD 流行病学并推进对其的控制能力，依赖于可用来表征菌株的可靠菌株分型方法。根据对半 纯化的脂多糖化PS)的分析，Baum&Joens鉴别了4种不同的血清型（Baum，D.H.etal.， Infection and immunity(1979) ,25:792-796)，而进一步的研究最终区分出包括若干血清 型的共 11 个血清群化ampson,D.J.et al.,!Epidemiology and Infection(1989), 102:75-84；Hampson,D.J.et al.,Epidemiology and Infection(1990),105:79-85；Hampson, D.J.et al.,Swine dysentery. In: Intestinal Spirochaetes in Domestic Animals and Humans,pp.175-209,edited by D.J.Hampson&T.B.Stanton.Wallingford:CAB Intern曰tion曰1,1997)。
[0035] B.hyodysenteriae的地域分布差异不久后便得到了展示。另外，来自美国的参考 菌株被分类为血清型1和2,而据报告，来自欧洲和澳大利亚的分离株则具有更高的血清型 分类变异性化arris et al.,Swine DysenteiT.In:Straw,B.E.,D'Allaire,S.D., Mengeling,W.D.&Taylor,D.J.(Eds.)Disease of Swine. Iowa State University Press (1999) ,Ames Iowa USA,PP. 579-600)。然而，几乎没有关于B.hyodysenteriae分离株血清 型分布的最新信息。就交叉反应的结果而言，确定血清型所需要的技术执行起来缓慢而繁 琐，且在极多分离株中得到的结果是不确定的。出于运个原因，运些技术已被若干分子学方 法所替代。
[0036] 已开发出不同分型工具来区分B.hyodysenteriae实地分离株，并提供了对病原体 的分子流行病学的更好理解。其中，在过去的几年中引入的一种病原微生物菌株分型得力 工具，是多位点可变数目串联重复序列分析，即MLVA。其发展为病原微生物菌株分型的一种 重要的流行病学工具。MLVA是基于对许多精屯、选定并表征的包含短重复序列的位点（多位 点小随体，称为串联重复序列可变数量(VNTRs))的PCR扩增。运种小随体由独特的直接头-尾DNA重复序列组成，运种重复序列可W在所有的细菌基因组中找到，并且可W被用来定义 细菌物种的特定分离株。此外，VNTRs已被用来推断多样细菌物种的细菌种群结构和种系发 生。每个重复序列位点内的重复拷贝数可W在不同菌株之间变化。通过测量每个PCR扩增位 点的大小，可W推断重复单元的数目。Hidalgo和他的同事开发和测试了多基因可变数目串 联重复序列分析(MLVA)方法，其可W用在配备PCR技术的基本兽医诊断微生物实验室中，或 者用在配备毛细管电泳的更先进实验室中。所开发的MLVA技术基于八个位点，其用于来自 不同国家的不同农场、类型和参考菌株的分离株时，具有高区分度化unter和Gastone区分 指数，0.938[95 %置信区间，0.9175至0.9584])，同时保持高系统学价值。使用该技术，证实 了物种的多样性(来自172个分离株和菌株的44种MLVA分型），虽然菌株在畜群中随时间是 稳定的。种群结构似乎是克隆。在S个欧洲国家的养猪场中发现的B.hyodysenteriae MLVA 3型，W及在不同的国家中发现的其他相关菌株，表明病原体通过带菌猪的传播是可能的。 MLVA克服了 W前的B.hyodysenteriae分型技术的相关缺点，是该重要致病螺旋体的流行病 学和种群结构研究的重要工具巧idalgo,A.et al.,Journal of Clinical Microbiology (2010),48(8):2859-2865)0
[0037] 发明者及其同事将该方法应用于多国B.hyodysenteriae分离株集合，其中包括 115个西班牙实地分离株W及来自澳大利亚、加拿大、E.E.U.U.、英国和荷兰的参考菌株和 分离株。
[0038] MLVA分析表明，B.hyodysenteriae的西班牙实地分离株具有异质性，且种群有克 隆结构。西班牙分离株中鉴定出了总共15种MLVA分型。此外，在西班牙、英国和荷兰鉴定出 了相同MLVA类型的分离株。另一方面，得出的结论是澳大利亚或EEUU的分离株与西班牙分 离株之间不具备共同的MLVA。
[0039] 通过在单位点变异体水平上进行MLVA类型分组，总共建立了六个克隆复合体(I至 VI)(图 2)。
[0040] 本发明的组合物可包含两个或=个，或四个，或五个，或更多个基因多样性菌株。 优选地，本发明的组合物的菌株的所述基因多样性是通过从不同克隆复合体中筛选所述来 自化achyspira hyodysenteriae的至少两种基因多样菌株而获得的。本发明中使用的"克 隆复合体"是指通过在单位点变异体水平上进行MLVA类型分组而建立的若干个组，如上所 述。更优选地，至少一种菌株属于克隆复合体II和/或至少一种菌株属于克隆复合体V和/或 至少一种菌株属于克隆复合体I。
[0041] 在本发明的组合物中，基因多样性菌株优选为属于各克隆复合体的原始类型。
[0042] 每个克隆复合体的共同祖先是使用goeBUST算法(一种全球执行的eBURST算法，可 见ht1:p://goeburst.曲yloviz. net/#Sof tware)预测得出的。欲了解更多详情，请参阅出版 物Feil et al.,2004和Francisco et al.,2009,可从ht1:p://goeburst.地yloviz.net/# 化blications上免费获得。
[0043] 本发明的组合物还可W包括属于第=克隆复合体的菌株。优选地，第=克隆复合 体选自克隆复合体I、克隆复合体II和克隆复合体V。
[0044] 相应地，本发明的组合物包括来自化achyspira hyodysenteriae的至少两种且优 选为=种基因多样菌株，其中所述菌株中的至少一种属于克隆复合体I和/或所述菌株中的 至少一种属于克隆复合体II和/或所述菌株中的至少一种属于克隆复合体V。
[0045] 优选地，本发明的组合物包含来自化achyspira hyodysenteriae的S种基因多样 菌株，其中所述菌株之一属于克隆复合体I，菌株之一属于克隆复合体II，且菌株之一属于 克隆复合体V。
[0046] 优选地，本发明的组合物中，所述菌株中的至少一种是2013年3月14日保藏在己斯 德研究所微生物保藏中屯、（Collection Nationale de Cultures de Microorganismes (CNCM) ,Institut化steur)的登记号为CNCM 1-4720的菌株，和/或所述菌株中的至少一种 是同一日期保藏在CNCM的登记号为CNCM 1-4721的菌株，和/或所述菌株中的至少一种是同 一日期保藏在CNCM的登记号为CNCM 1-4722的菌株。
[0047] 相应地，本发明还提供了2013年3月14日保藏在己斯德研究所微生物保藏中屯、 (Collection Nationale de Cultures de Microorganismes(CNCM),Institut Pasteur) 的登记号为CNCM I-4720、CNCM 1-4721和CNCM的菌株。
[004引登记号CNCM 1-4720的菌株属于克隆复合体II。登记号CNCM 1-4721的菌株属于克 隆复合体V，登记号为CNCM 1-4722的菌株属于克隆复合体I。
[0049]在本发明的组合物中，基因多样性菌株优选为流行病学相关。在本发明的上下文 中，"流行病学相关"指的是相对于目标区域中总检测菌株，所述菌株至少检测为1-100%比 例，优选为至少I %，至少2 %，至少3 %，至少4%，至少5 %，至少10 %，至少15 %，至少20 %， 至少25%，至少30%，至少50%，至少75%，至少90%或100%。优选地，所述基因多样性菌株 在目标区域中检测为占总检测菌株的比例为至少1%。在本发明的上下文中，"检测"是指， 在目标区域中鉴定出所述菌株。细菌化achyspira hyodysenteriae的检测可W例如W直肠 拭子、结肠黏膜和/或猪的粪便样品中检测。例如，可按照先前记载的方法进行样品培养并 提取DNA(参见例如Hidalgo,A.et al.,Journal of Clinical Microbiology(SOlO),48 (8): 2859-2865) sB.hyodysenteriae的存在可 W通过PCR方法检测。B.hyodysenteriae的存 在也可W通过将来自猪粪便或肠壁的细菌学拭子在选择性琼脂板上划线培养来证实。在厌 氧环境中进行平板培养后，可W记录螺旋体在平板上的低平蔓延生长及生长周围的溶血 (Xa,T.