治疗肽的制作方法

治疗肽的制作方法
【专利摘要】公开了组合物，其包含与限定的结合配偶(defined?binding?partner)免疫特异性结合的肽，其中所述肽至少包含与结合人MICA或血管发生素-2的互补决定区相关的互补决定区。
【专利说明】治疗狀
[0001]优先权声明
[0002]本申请要求获得于2011年9月30日递交的美国临时专利申请序列号61/541，921的利益，在此援引并入其全部内容。
[0003]政府支持
[0004]本发明在政府支持下进行，基金号为N0.P01A1045757，由美国国立卫生研究院资助。政府对本发明享有某些权利。
[0005]序列表
[0006]本申请包括一个序列表，其通过EFS-Web以ASCII格式提交，在此援引并入其全部内容。所述ASCII拷贝于2012年9月27日生成，名称为53293W01.txt，大小为90，411字节。
【技术领域】
[0007]本发明涉及与人类受试者相关的治疗组合物(例如肽)。
[0008]背景
[0009]暴露于病症或疾病的人类受试者为具有治疗潜力的抗体提供了来源，而且用于获得这些抗体的一般方法是本领域已知的。然而，特异性获得具有治疗潜力的抗体的方法一般受到表达这些抗体的B细胞的出现频率低、增殖速度慢、和抗体分泌水平低的限制。例如，具有限定特异性的记忆B细胞通常在每百万外周血细胞或大约每毫升血液中仅有 I 个细胞(Lanzavecchia et al., Curr.0pin.1mmunol., 21:298-304 (2009): Yoshida etal.，Immunol.Rev.，237:117-139 (2010))。具有治疗潜力的抗体的频率很可能在癌症患者中更低，因此有必要开发新方法以便能够以高灵敏度和高效率分离这些细胞。
[0010]传统的方法一般依赖通过体外培养将记忆B细胞转变为抗体分泌细胞和/或使用被免疫动物模型(例如小鼠)(Crotty et al., J.1mmunol., 171:4969-4973(2003):Fecteau et al., Immunology, 128:e353-e365(2009):Buisman et al., Vaccine, 28:179-186(2009): Corti et al.，PLoS One, 5: e8805 (2010)) ?例如，在体外培养达I周之后，可以使用酶联免疫吸附斑点(ELISP0T)测定在培养物上清中测量到抗体，并评估抗体分泌细胞的频率。这类方法的不足之处已有报道(Henn et al., J.1mmunol., 183:31777-3187 (2009): Caο et al.，J.1mmunol.，Methods, 358:56-65 (2010))。例如，体外培养的记忆 B 细胞会改变记忆B细胞的表型，使之类似于具有截然不同的功能性质的浆细胞(Jiang et al.，Eur.J.1mmunol., 37:2205-2213(2007):Huggins et al., Blood, 109:1611-1619(2007):Jourdan etal., Blood, 114:5173-5181 (2009)) o基于荧光抗原的方法的不足之处也有报道(Hofer etal., Immunol.Rev.,211:295-302(2006):Odendahl et al., Blood, 105:1614-1621(2005)；Kunkel et al., Nat.Rev.1mmunol., 3:822-829 (2003):Scheid etal., Nature, 458:636-640(2009):Wu et al., Science, 329:856-861 (2010))。
[0011]需要有改进的方法，用于特异性地获得或靶定具有治疗潜力的抗体。
[0012] MICA是NKG2D的一种配体，NKG2D是在大多数人NK细胞、Y δ T细胞和⑶8+Τ细胞上表达的C型凝集素样II型跨膜受体(C-type lectin-like, type II transmembranereceptor)。配体一旦偶联，NKG2D通过衔接蛋白(adaptor protein) DAPlO传递信号，弓丨发穿孔素依赖的细胞裂解，并提供共刺激(co-stimulation)。在人体内，NKG2D配体包括MHC I类链相关蛋白A(MICA)、紧密近缘的MICB、UL_16结合蛋白(ULBP) 1-4和RAE-1G。尽管NKG2D配体在健康组织中不经常发现，但是各种形式的细胞应激，包括DNA损伤，可上调配体表达，导致它们在多种恶性实体瘤和血液恶性病(包括黑素瘤)中经常被检测到。用抗-NKG2D封闭抗体处理的NKG2D缺陷型和野生型小鼠会显示更高的肿瘤易感性，可见NKG2D通过配体阳性转化细胞的激活促进外部的肿瘤抑制。然而在患者体内，由于NKG2D配体从肿瘤细胞脱落(shed)，触发表面NKG2D的内化和细胞毒性淋巴细胞的功能障碍，可能实现免疫逃逸。可溶性NKG2D配体还可以刺激调节性NKG2D+⑶4+Foxp3-T细胞的扩增，这些细胞可以通过Fas配体、IL-10和TGF-β拮抗抗肿瘤细胞毒作用。MICA是一种从肿瘤细胞脱落的配体，从肿瘤细胞脱落即从细胞表面释放到周围介质中；来自癌症患者的血清中通常含有升高水平的可溶形式(sMICA)。MICA脱落可以部分地通过与蛋白二硫键异构酶ERp5相互作用实现，其与关键的半胱氨酸形成一个二硫键，导致α 3结构域去折叠，使之容易被ADAM-10/17和ΜΜΡ14蛋白水解。
[0013]血管发生是从预先存在的血管形成新毛细管的过程，已被提示是肿瘤生长和播散的关键部分。肿瘤刺激血管新生，以满足依靠单纯扩散所难以满足的不断增加的氧气和营养需要。结果，肿瘤招募、重构和扩展现有的血管，以满足其代谢需求。生长中的肿瘤对新血管形成的依赖性，使得血管发生成为抗癌疗法的一个引人注意的靶标。许多细胞因子，包括血管内皮生长因子(VEGF)家族成员和促血管发生素，被认为在调节血管发生中发挥作用。促血管发生素是作为Ties的配体发现的，Ties是一个在血管内皮中选择性表达的酪氨酸激酶家族。已知有四种促血管发生素:促血管发生素_1( “Ang-Ι”)至促血管发生素-4( “Ang-4”)。研究提示，促血管发生素(例如Ang-1和Ang-2)可能参与肿瘤血管发生。根据这个信息，促血管发生素已经被鉴定作为基于免疫的癌症疗法的潜在靶标。
[0014]有需要鉴定，其能够特异性识别并结合基于免疫的癌症疗法的靶标，例如MICA和促血管发生素的新的作用剂。这些作用剂可用于诊断筛选和治疗干预与肿瘤发生相关的疾病状态。
[0015]概要
[0016]本公开提供了与具有治疗潜力的抗体相关的组合物和方法。
[0017]在一些实施方案中，本公开提供组合物，其包含与MHC I类多肽相关序列A(MICA)或其上的表位免疫特异性结合的肽。在一些方面中，该组合物的肽包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID1、6、7、8或9的Vh的互补决定区(⑶R)，和具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID1、6、7、8或9的\的⑶R3。在一些方面中，这些肽包含表1所示的抗体ID1、6、7、8或9的Vh的互补决定区(⑶R)3，和表1所示的抗体ID1、6、7、8或9的 '的⑶R3。在一些方面中，这些肽进一步包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID1、6、7、8或9的Vh的CDR2，或具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID1、6、7、8或9的Vl的⑶R2，或者包含上述两者。在一些方面中，这些肽包含表1所示的抗体ID1、6、7、8或9的Vh的⑶R2，或表1所示的抗体ID1、6、7、8或9的\的⑶R2，或者包含上述两者。在一些方面中，这些肽进一步包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID1、6、7、8或9的Vh的CDRl，或具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID1、6、7、8或9的\的⑶Rl，或者包含上述两者。在一些方面中，这些肽包含表1所示的抗体ID1、6、7、8或9的Vh的⑶Rl，或表1所示的抗体IDl、6、7、8或9的Vl的⑶Rl，或者包含上述两者。
[0018]在一些方面中，肽是抗体或抗体片段，包含:与SEQ ID N0:2具有同一性的％链，其中对应于CDR1、CDR2、和CDR3的区域包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体 IDl 的 Vh 的 CDR1、CDR2、和 CDR3，并且 SEQ ID NO: 2 中对应于 FR1、FR2、FR3、FR4 的区域包含与表1所示的抗体IDl的乂11的FR1、FR2、FR3、FR4具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98、99%、或100%的同一性的氨基酸序列；和与SEQ ID NO: 11具有同一性的V1^链，其中对应于CDR1、CDR2、和CDR3的区域包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体 IDl 的 Vl 的 CDR1、CDR2、和 CDR3，并且 SEQ ID NO: 11 中对应于 FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体IDl的\的FRl、FR2、FR3、FR4具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98、99%、或100%的同一性的氨基酸序列。在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含一个含有SEQID NO: 2的Vh链和包含SEQ ID NO: 11的'链。在一些方面中，除了肽之外，组合物还包含一种或多种(例如12、3、4、5、6、7、8、9、10或少于20种)抗癌治疗剂。在一些方面中，组合物被配制成药物组合物(例如用于施用给受试者)。
[0019]在一些方面中，肽是抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:与SEQ IDNO: 149具有同一性的Vh链，其中对应于⑶R1XDR2、和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID6的Vh的⑶R1、⑶R2和⑶R 3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO: 149中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID6的Vh 的 FRU FR2、FR3、FR4 具有至少 80%,85%,90%,95%,96%,97%,98,99%^ 100%的同一性的氨基酸序列；和与SEQ ID NO: 151具有同一性的 '链，其中对应于⑶R1、⑶R2、和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID6的Vl的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID N0:151中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID6的\的FRl、FR2、FR3、FR4具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98、99%、或100%的同一性的氨基酸序列。在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:包含SEQ ID NO: 149的Vh链和包含SEQ ID NO: 151的'链。在一些方面中，除了肽之外，组合物进一步包含一种或多种(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或少于20种)抗癌治疗剂。在一些方面中，组合物被配制成药物组合物(例如用于施用给受试者)。
[0020]在一些方面中，肽是抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:与SEQ IDNO: 168具有同一性的Vh链，其中对应于⑶R1XDR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID7的Vh的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO: 168中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID7的Vh 的 FRU FR2、FR3、FR4 具有至少 80%,85%,90%,95%,96%,97%,98,99%^ 100%的同一性的氨基酸序列；和与SEQ ID NO: 170具有同一性的\链，其中对应于⑶R1、⑶R2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID7的Vl的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID勵:170中对应于？1?1、？1?2、？1?3、卩1?4的区域包含与表1所示的抗体ID7的Vl的FRl、FR2、FR3、FR4具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98、99%、或100%的同一性的氨基酸序列。在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:包含SEQ ID NO: 168的Vh链和包含SEQ ID NO: 170的'链。在一些方面中，除了肽之外，组合物进一步包含一种或多种(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或少于20种)抗癌治疗剂。在一些方面中，组合物被配制成药物组合物(例如用于施用给受试者)。
[0021]在一些方面中，肽是抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:与SEQ IDNO: 186具有同一性的Vh链，其中对应于⑶R1XDR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID8的Vh的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO: 186中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID8的Vh 的 FRU FR2、FR3、FR4 具有至少 80%,85%,90%,95%,96%,97%,98,99%^ 100%的同一性的氨基酸序列；和与SEQ ID NO: 188具有同一性的\链，其中对应于⑶R1、⑶R2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID7的Vl的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且S EQ ID N0:188中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID8的\的FRl、FR2、FR3、FR4具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98、99%、或100%的同一性的氨基酸序列。在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:包含SEQ ID NO: 186的Vh链和包含SEQ ID NO: 188的'链。在一些方面中，除了肽之外，组合物进一步包含一种或多种(例如1、2、3、4、5、6、
7、8、9、10或少于20种)抗癌治疗剂。在一些方面中，组合物被配制成药物组合物(例如用于施用给受试者)。
[0022]在一些方面中，肽是抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:与SEQ IDNO: 204具有同一性的Vh链，其中对应于⑶R1XDR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID9的Vh的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO: 204中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID9的Vh 的 FRU FR2、FR3、FR4 具有至少 80%,85%,90%,95%,96%,97%,98,99%^ 100%的同一性的氨基酸序列；和与SEQ ID NO: 206具有同一性的\链，其中对应于⑶R1、⑶R2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID9的Vl的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID勵:206中对应于？1?1、？1?2、？1?3、卩1?4的区域包含与表1所示的抗体ID9的\的FRl、FR2、FR3、FR4具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98、99%、或100%的同一性的氨基酸序列。在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:包含SEQ ID NO:204的Vh链和包含SEQ ID NO: 206的'链。在一些方面中，除了肽之外，组合物进一步包含一种或多种(例如1、2、3、4、5、6、
7、8、9、10或少于20种)抗癌治疗剂。在一些方面中，组合物被配制成药物组合物(例如用于施用给受试者)。
[0023]在一些实施方案中，本公开提供组合物，其包含一种或多种与促血管发生素或其上的表位结合的肽。在一些方面中，所述组合物的肽包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的Vh的互补决定区(⑶R)3，和表1所示的抗体ID2、
3、4、5或10的\的⑶R3，并在⑶R1XDR2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换。在一些方面中，肽可以包含表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的Vh的互补决定区(⑶R)3，和表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的 '的⑶R3。在一些方面中，肽可以进一步包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的Vh的⑶R2，或具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的\的⑶R2，或者包含上述两者。在一些方面中，这些肽可以包含表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的Vh的⑶R2，或表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的\的⑶R2，或者包含上述两者。在一些方面中，肽可以进一步包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的Vh的⑶R1，或具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的\的CDR1，或者包含上述两者。在一些方面中，这些肽可以包含表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的Vh的⑶Rl，或表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的 '的⑶Rl，或者包含上述两者。
[0024]在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:与SEQ IDNO: 20具有同一性的Vh链，其中对应于⑶R1XDR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID2的Vh的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID N0:20中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID2的Vh的 FRU FR2、FR3、FR4 具有至少 80%,85%,90%,95%,96%,97%,98,99%^ 100%的同一性的氨基酸序列；和与SEQ ID NO: 29具有同一性的'链，其中对应于⑶Rl、OTR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID2的\的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO: 29中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID2的Vl的FR1、FR2、FR3、FR4具有至少80%、85%、90%、95%、96 %、97 %、98、99 %、或100 %的同一性的氨基酸序列。在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:包含SEQ ID NO: 20的Vh链和包含SEQ ID NO: 29的 '链。
[0025]在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:与SEQ IDNO: 38具有同一性的Vh链 ，其中对应于⑶R1XDR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID3的Vh的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID N0:38中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID3的Vh的 FR1、FR2、FR3、FR4 具有至少 80%、85%、90%、95%、96%、97%、98、99%、或 100%的同一性的氨基酸序列；和与SEQ ID NO:47具有同一性的'链，其中对应于⑶Rl、OTR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID3的\的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO:47中对应于FRl、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID3的Vl的FR1、FR2、FR3、FR4具有至少80%、85%、90%、95%、96 %、97 %、98、99 %、或100 %的同一性的氨基酸序列。在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:包含SEQ ID NO:38的Vh链和包含SEQ ID NO:47的 '链。
[0026]在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:与SEQ IDNO: 56具有同一性的Vh链，其中对应于⑶R1XDR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID4的Vh的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID N0:56中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID4的Vh的 FRU FR2、FR3、FR4 具有至少 80%,85%,90%,95%,96%,97%,98,99%^ 100%的同一性的氨基酸序列；和与SEQ ID NO:65具有同一性的'链，其中对应于⑶Rl、OTR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID4的\的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO:65中对应于FRl、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID4的Vl的FR1、FR2、FR3、FR4具有至少80%、85%、90%、95%、96 %、97 %、98、99 %、或100 %的同一性的氨基酸序列。在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:包含SEQ ID NO:56的Vh链和包含SEQ ID NO:65的 '链。
[0027]在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:与SEQ IDNO: 74具有同一性的Vh链，其中对应于⑶R1XDR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID5的Vh的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID N0:74中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID5的Vh的 FRU FR2、FR3、FR4 具有至少 80%,85%,90%,95%,96%,97%,98,99%^ 100%的同一性的氨基酸序列；和与SEQ ID NO:83具有同一性的'链，其中对应于⑶Rl、OTR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID5的\的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO:83中对应于FRl、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID5的Vl的FR1、FR2、FR3、FR4具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98、99%、或100%的同一性的氨基酸序列。在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:包含SEQ ID NO: 74的Vh链和包含SEQ ID N0:83的'链。在一些方面中，所述肽至少免疫特异性结合促血管发生素-2。在一些方面中，所述组合物进一步包括一种或多种抗癌治疗剂。在一些方面中，所述组合物被配制成药物组合物。
[0028]在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:与SEQ IDNO: 222具有同一性的Vh链，其中对应于⑶R1XDR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体IDlO的Vh的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ IDNO: 222中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体IDlO的Vh 的 FRU FR2、FR3、FR4 具有至少 80%,85%,90%,95%,96%,97%,98,99%^ 100%的同一性的氨基酸序列；和与SEQ ID NO: 224具有同一性的\链，其中对应于⑶R1、⑶R2和CDR3的区域包含表1所示的抗体IDlO的Vl的CDR1、CDR2和CDR3，并在CDR1、CDR2和CDR3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID勵:224中对应于？1?1、？1?2、？1?3、？1?4的区域包含与表1所示的抗体IDlO的Vl的FR1、FR2、FR3、FR4具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98、99%、或100%的同一性的氨基酸序列。在一些方面中，肽包括抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:包含SEQ ID NO:222的Vh链和包含SEQ ID NO: 224的'链。在一些方面中，所述肽至少免疫特异性结合促血管发生素_2。在一些方面中，所述组合物进一步包括一种或多种抗癌治疗剂。在一些方面中，所述组合物被配制成药物组合物。
[0029]在一些实施方案中，本公开包括用于治疗受试者中的癌症的方法。在一些方面中，该方法包括向受试者施用根据权利要求1-27中任一项的组合物。
[0030]本公开还提供了在免疫治疗后从癌症患者分离人抗体的方法。
[0031]在一些实施方案中，本公开包括从受试者获得针对自身抗原的免疫细胞的方法，该方法包括鉴定对自身抗原呈阳性免疫应答的受试者，提供多聚体形式的自身抗原，使多聚体形式的自身抗原与来自对自身抗原显示阳性免疫应答的受试者的样品相接触，和获得与多聚体形式的自身抗原结合的免疫细胞。
[0032] 在一些实施方案中，本公开包括从癌症患者获得针对自身抗原的免疫细胞的方法，该方法包括鉴定对自身抗原呈阳性免疫应答的受试者，提供多聚体形式的自身抗原，使多聚体形式的自身抗原与来自对自身抗原呈阳性免疫应答的受试者的样品相接触，和获得与多聚体形式的自身抗原结合的免疫细胞。
[0033]除非另外指出，否则这里所用的全部技术和科学术语具有与本发明所属领域普通技术人员所公知的相同的意义。这里描述了用于在本发明中使用的方法和材料；但是也可以使用本领域已知的其它合适方法和材料。这些材料、方法和实例仅作为举例，并不意图具有限制意义。本文引用这里提到的所有公开、专利申请、专利、序列、数据库内容和其它参考文献的全部内容作为参考。当存在矛盾时，以本说明书，包括定义，为准。
[0034]通过下面的详细说明书和附图以及权利要求，可以显见本发明的其它特征和优点。
[0035]附图简述
[0036]图1.抗体皿(抗-MHC I类多肽相关序列A(MICA)抗体)可变重链(Vh)的核酸序列(SEQ ID NO:1) ο
[0037]图2.抗体IDl (抗-MICA抗体)Vh链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 2) ?
[0038]图3.抗体IDl (抗-MICA抗体)可变轻链(Vl)的核酸序列(SEQ ID NO: 10)。
[0039]图4.抗体IDl (抗-MICA抗体)Vl链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 11)。
[0040]图5.抗体ID2 (抗-促血管发生素-2抗体)Vh链的核酸序列(SEQ ID NO: 19)。
[0041]图6.抗体ID2(抗促血管发生素-2抗体)Vh链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 20)。
[0042]图7.抗体ID2 (抗促血管发生素-2抗体)Vl链的核酸序列(SEQ ID NO: 28)。
[0043]图8.抗体ID2 (抗促血管发生素-2抗体)Vl链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 29)。
[0044]图9.抗体ID3 (抗-促血管发生素-2抗体)Vh链的核酸序列(SEQ ID NO: 37)。
[0045]图10.抗体ID3(抗促血管发生素-2抗体)Vh链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 38)。
[0046]图11.抗体ID3 (抗促血管发生素-2抗体)Vl链的核酸序列(SEQ ID NO: 46)。
[0047]图12.抗体ID3 (抗促血管发生素_2抗体)Vl链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 47)。
[0048]图13.抗体ID4 (抗-促血管发生素_2抗体)Vh链的核酸序列(SEQ ID NO: 55)。
[0049]图14.抗体ID4 (抗促血管发生素_2抗体)Vh链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 56)。
[0050]图15.抗体ID4 (抗促血管发生素-2抗体)\链的核酸序列(SEQ ID NO:64)。
[0051]图16.抗体ID4(抗促血管发生素-2抗体)Vl链的氨基酸序列(SEQ ID NO:65)。
[0052]图17.抗体ID5(抗-促血管发生素-2抗体)Vh链的核酸序列(SEQ ID NO:73)。
[0053]图18.抗体ID5(抗促血管发生素_2抗体)Vh链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 74)。
[0054]图19.抗体ID5 (抗促血管发生素_2抗体)\链的核酸序列(SEQ ID NO: 82)。
[0055]图20.抗体ID5 (抗促血管发生素_2抗体)Vl链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 83)。
[0056]图21A-21F .用于从B细胞制作抗体的示例方法。(A)表达具有用于位点特异性生物素化的BirA标签的抗原，并与荧光标记的链亲和素组成四聚体。(B)B细胞用四聚体和一组单克隆抗体染色。将四聚体+，类别转换的记忆B细胞单细胞分选到PCR连排反应管(PCRstrip)中。(C)用T7RNA聚合酶进行mRNA扩增。(D)用300_400bp PCR产物进行PCR产物测序。(E)使用重叠PCR构建全长IgGl重链和K / λ轻链序列，并将它们克隆到分离的载体中。将载体瞬时转染进入CHO-S细胞，用于表达全人重组抗体。(F)测试抗体的抗原结合，并评估其潜在治疗性能。
[0057]图22Α-22Β.显示使用单体和四聚体抗原鉴定记忆B细胞的结果比较的图。(A)单生物素化的TTCF或⑶80抗原直接用Alexa-488荧光团标记；四聚体用非标记的链亲和素产生。将从每个供体富集的B细胞分成三个部分，并用对照CD80四聚体、TTCF单体或TTCF四聚体以相同的总抗原浓度0.125μ g/mL进行标记。FACS点图描绘了 CD19+CD27+IgM_类别转换的记忆B细胞；门(gate)附近的数字代表父门(parental gate)的百分比。(B)在三个不同供体中检测到的四聚体+记忆B细胞的频率。数字计算为:四聚体+细胞个数/IxlO6个⑶19+记忆B细胞。
[0058]图23A-23B.显示从浆母细胞和记忆B细胞产生的抗体与TTCF的高亲和性结合的曲线图。实施饱和结合试验以确定重组抗体的亲和性。将TTCF抗体用铕标记，铕在用螯合剂温育时会在615nm发射强荧光信号。将抗体固定在96孔板中，并与TTCF-铕(100nM_4pM)一起37°C温育2小时。记录5 nm的荧光计数，并用非线性回归分析计算KD。在所有实验中均包含同样在CHO-S细胞中产生的对照抗体(克隆8.18.C5)。(A)重组TTCF抗体I和2从TTCF四聚体+浆母细胞(供体I)产生。(B)TTCF抗体3，4和5从来自三个不同供体的TTCF四聚体+记忆B细胞产生。
[0059]图24.显示抗-MICA抗体与MICA包被的Iuminex珠子的结合的柱状图。
[0060]图25A-250.显示抗-MICA抗体与MICA包被的珠子的结合的曲线图。
[0061]图26A-26D.显示四种人促血管发生素2特异性抗体以及对照抗体与三种人促血管发生素(促血管发生素_1、2和4)和类促血管发生素-3 (Ang-样3)的结合的柱状图。将重组促血管发生素固定在ELISA板中，并用铕标记的链亲和素检测人重组抗体的结合。
[0062]图27A-27C.显示了从肺癌患者分离促血管发生素特异性抗体的相关图片和凝胶。(A)通过ELISA确定的肺癌患者(L19)血清(1:1000稀释)的促血管发生素_2反应性。(B)FACS点图，以CD19+，CD27+IgM_B细胞设门的PBMC样品(时间点-10/98)，X轴为CD19，Y轴为荧光标记的促血管发生素_2。(C)从患者L19分离的10个促血管发生素-2反应活性记忆B细胞的重链、轻链和铰链区的PCR产物。图片左侧指示了 500碱基对的标记物。
[0063]图28.抗体ID6 (抗-MHC I类多肽相关序列A (MICA)抗体)的可变重(Vh)链的核酸序列(SEQ ID NO: 148)。
[0064]图29.抗体ID6 (抗-MICA抗体)Vh链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 149)。
[0065]图30.抗体ID6 (抗-MICA抗体)可变轻(Vl)链的核酸序列(SEQ ID NO: 150)。
[0066]图31.抗体ID6 (抗-MICA抗体)Vl链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 151)。
[0067]图32.抗体ID7 (抗-MHC I类多肽相关序列A (MICA)抗体)的可变重(Vh)链的核酸序列(SEQ ID NO: 167)。
[0068]图33.抗体ID7 (抗-MICA抗体)Vh链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 168)。
[0069]图34.抗体ID7 (抗-MICA抗体)可变轻(Vl)链的核酸序列(SEQ ID NO: 169)。
[0070]图35.抗体ID7 (抗-MICA抗体)Vl链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 170)。
[0071]图36.抗体ID8 (抗-MHC I类多肽相关序列A (MICA)抗体)的可变重(Vh)链的核酸序列(SEQ ID NO: 185)。
[0072]图37.抗体ID8 (抗-MICA抗体)Vh链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 186)。
[0073]图38.抗体ID8 (抗-MICA抗体)可变轻(Vl)链的核酸序列(SEQ ID NO: 187)。
[0074]图39.抗体ID8 (抗-MICA抗体)Vl链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 188)。
[0075]图40.抗体ID9 (抗-MHC I类多肽相关序列A (MICA)抗体)的可变重链(Vh)的核酸序列(SEQ ID NO:203)。
[0076]图41.抗体ID9(抗-MICA抗体)Vh链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 204)。
[0077]图42.抗体ID9 (抗-MICA抗体)可变轻(Vl)链的核酸序列(SEQ ID NO: 205)。
[0078]图43.抗体ID9 (抗-MICA抗体)Vl链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 206)。
[0079]图44.抗体IDlO (抗-促血管发生素_2抗体)的可变重链(Vh)的核酸序列(SEQID N0:221)。
[0080]图45.抗体IDlO(抗-促血管发生素-2抗体)乂“连的氨基酸序列(SEQ IDNO:222)。
[0081]图46.抗体IDlO (抗-促血管发生素-2抗体)可变轻(Vj链的核酸序列(SEQ IDNO:223)。
[0082]图47.抗体IDlO (抗-MICA抗体)Vl链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 224)。
[0083]图48A-G.显示对重组抗-MICA抗体与MICA等位体的特异性结合的评估的曲线图。
[0084]图49.显示用抗-MICA抗体CM24002Ab2标记自体肿瘤细胞的曲线图。
[0085]图50.显示血清MICA对NKG2D的调节的一系列FACS点图。人NK细胞与来自患者CM24002的对照血 清的1:10稀释物一起温育48小时。在温育开始时，以10 μ g/ml的浓度添加所示抗体。通过流式细胞仪评估NKG2D在⑶56+NK细胞上的表达。
[0086]图51.显示重组MICA对NKG2D的调节的一系列FACS点图。将人NK细胞与2ng/ml的浓度的重组MICA —起温育48小时。在温育开始时，以10 μ g/ml的浓度添加所示抗体。48小时后，通过流式细胞仪评估NKG2D在⑶56+NK细胞上的表达。
[0087]图52.证明抗-MICA抗体CM24002Ab2可提高细胞介导的细胞毒性的曲线图。在10 μ g/ml的指示抗体的存在下，将人NK细胞与重组MICA (2ng/ml) —起温育48小时。通过测量以指定比例温育4小时后LDH的释放，评估NK细胞(效应物)杀死K562靶细胞的能力。
[0088]图53.证明抗-MICA抗体CM24002Ab2和CM33322Ab29可提高细胞介导的毒性的柱状图。在10 μ g/ml的指示抗体的存在下，将人NK细胞与重组MICA (2ng/ml)温育48小时。通过测量在温育4小时后LDH的释放，评估NK细胞(效应物)杀死K562靶细胞的能力。在效应物与靶细胞温育4小时期间，添加NKG2D封闭抗体或Fe封闭抗体，以评估Fe受体和NKG2D对细胞介导的毒性的贡献。
[0089]图54.显示重组抗-MICA抗体与MICA alpha3结构域的结合的一系列曲线图。重组MICA alpha3结构域被生物素化，并被捕捉在链亲和素包被的珠子表面上。将10 μ g/ml的所示抗体与各个重组蛋白包被的珠子一起温育I小时。随后清洗珠子，并与FITC-偶联的抗人IgG第二抗体一起温育。通过流式细胞仪定量FITC荧光。
[0090]图55.证明肿瘤细胞被抗-MICA抗体CM24002Ab2和CM33322Ab29标记的曲线图。荧光通过流式细胞术测定。
[0091]图56.证明通过Luminex测定法确定的抗-MICA抗体CM33322Ab29的MICA等位体特异性的柱状图。
[0092]图57.柱状图显示了抗-促血管发生素-2特异性抗体抗_Ang6Ab2以及对照抗体对三种人促血管发生素(促血管发生素-1，2和4)和类促血管发生素-3的结合。重组促血管发生素被固定在ELISA板上，用铕-标记的链亲和素检测人重组抗体的结合。
[0093]详细说明
[0094]本公开部分地基于如下的观察，即通过用四聚体形式的感兴趣的抗原标记B细胞，能够从暴露于疾病的人类受试者获得针对疾病中重要治疗靶标的抗体。如上文背景部分描述的，先前方法至少在下列方面有限制:在人类受试者中鉴定合适B细胞的效率低和/或方法会诱导被捕获任何的B细胞经历表型改变，从而降低其价值。相反，本文中描述的方法允许捕获稀少的针对特定疾病相关抗原的记忆B细胞。如下文所述，该方法需要疾病相关抗原的四聚体化，正如下面的实施例中证实的那样，该过程可以提高合适记忆B细胞的鉴定。具体地，本文中的方法允许在受试者初始暴露于抗原后的更长的时间内更高效地捕获合适的记忆B细胞。本文中的方法还包括利用通过使用这里所公开的方法获得的记忆B细胞的遗传材料所产生的抗体(和从这些抗体序列产生的肽)。
[0095]本文描述了针对MHC I类多肽相关序列A (MICA)的人抗体和靶定促血管发生素_2的人抗体。这两种类型的人抗体均是通过涉及使用四聚体抗原的方法从接受了基于细胞的癌症疫苗(GM-CSF转导的自体肿瘤细胞)的患者中鉴定的。
[0096]在一些情况下，本公开提供了用于从选定的人类受试者特异性获得或靶定具有治疗潜力的抗体的方法，以及由其产生的治疗组合物。这些方法可以包括:在人类受试者中获得或靶定免疫细胞，其中免疫细胞包括但不仅限于，例如B细胞和/或记忆B细胞，从所得的或所靶定的免疫细胞分离或纯化遗传材料(例如DNA和/或mRNA)，和使用分离或纯化的遗传材料产生治疗组合物，例如本文中公开的治疗组合物。该方法的进一步描述在下文的“方法”部分中提供。
[0097]在一些情况下，本公开提供了治疗组合物(例如包括治疗肽，包括抗体、抗体片段、抗体衍生物和/或抗体偶联物)，该组合物涉及患有或者曾经患有状况或疾病、并对该状况或疾病显示阳性免疫应答的受试者中存在的抗体。治疗组合物
[0098]在一些情况下，本文中的治疗组合物能够与状况或疾病相关的结合配偶相互作用(例如结合、特异性结合和/或免疫特异性结合)，其中治疗组合物与结合配偶之间的相互作用导致针对该状况或疾病的阳性免疫应答(例如受试者中的疾病或其症状的水平降低)。
[0099]在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包括(例如包含，基本上由其构成，或由其构成)表1所示的抗体ID1，2，3，4或5，6，7，8，9或10的可变重链(Vh)和/或可变轻链(')的至少一个(例如1、2、3、4、5和/或6个)互补决定区(OTR)。
[0100]在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包括(例如包含，基本上由其构成，或由其构成)表1所示的抗体ID1，2，3，4，5，6，7，8，9或10的可变重链(Vh)和/或可变轻链(I)的至少一个(例如1、2、3、4、5和/或6个)互补决定区(OTR)，并且其与MHCI类多肽相关序列A (MICA (例如UniGene Hs.130838))(例如可溶MICA (sMICA))和/或促血管发生素-2 (例如UniGene Hs.583870)，包括其表位，相互作用(例如结合、特异性结合和/或免疫特异性结合)。
[0101]在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包括表1所示的抗体ID1，6，7，8和/或9的Vh和/或' 的至少一个⑶R，其中肽与MICA (例如人MICA (例如人MICA (例如可溶MICA (sMICA)))结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，所述肽可以包括至少2个⑶R，其中该至少2个⑶R是表1所示的不同抗体的⑶R。换言之，表I所示的抗体ID1，6，7，8和9的⑶R (和FR和/或AA序列)可以互换使用，并能够被组合产生肽，只要该肽能够与MICA (例如人MICA (例如可溶MICA(sMICA)))结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)即可。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID1，6，7，8和/或9的Vh和/或' 的⑶R3。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID1，6，7，8和/或9的Vh和Vl的CDR3和表1所示的抗体IDl, 6，7，8和/或9的Vh和/或Vl的CDRl和/或⑶R2。在一些情况下，这些肽包括抗体IDI，6，7，8和/或9的Vh和/或Vl的⑶R1、CDR2和CDR3。在一些情况下，这些肽包括抗体IDI，6，7，8和/或9的Vh和/或Vl的CDRl、CDR2和CDR3，和表1所示的抗体IDl, 6，7，8和/或9的Vh和/或Vl的至少一个FR1FR2FR3和/或FR4。在一些情况下，这些肽包括SEQ ID NO: 2, 149，168，186或204的其中之一和/或SEQ ID NO: 11, 151, 170, 188或206的其中之一。在每种情况下，肽能够与MICA(例如人MICA (例如可溶MICA(sMICA)))结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，肽和MICA之间的结合亲和力为大约0.1nM-1 μ Μ，例如大约ΙΟηΜ。
[0102]在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包含表1所示的抗体ID6的Vh和/或Vl的至少一个⑶R，其中肽与MICA (例如人MICA (例如可溶MICA (sMICA)))结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID6的Vh和/或\的⑶R3。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID6的Vh和\的⑶R3和表1所示的抗体ID6的Vh和/或\的⑶Rl和/或⑶R2。在一些情况下，这些肽包括抗体ID6的Vh和/或Vl的⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些情况下，这些肽包括抗体ID6的Vh和\的CDRl、CDR2和CDR3和表1所示的抗体ID6的Vh和/或Vl的FRl、FR2、FR3和/或FR4中的至少一个。在一些情况下，这些肽包括SEQ ID NO: 149和/或SEQ ID NO: 151。在每种情况下，肽能够与MICA (例如人MICA (例如可溶MICA (sMICA)))结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，肽和MICA之间的结合亲和力为大约0.1nM-1 μ Μ，例如大约ΙΟηΜ。
[0103]在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包含表1所示的抗体ID7的Vh和/或Vl的至少一个⑶R，其中肽与MICA (例如人MICA (例如可溶MICA (sMICA)))结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID7的Vh和/或' 的⑶R3。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID7的Vh和\的⑶R3和表I所示的抗体ID7的Vh和/或Vl的⑶Rl和/或⑶R2。在一些情况下，这些肽包括抗体ID7的Vh和/或\的⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些情况下，这些肽包括抗体ID7的Vh和/或\的CDRl、CDR2和CDR3和表1所示的抗体ID7的Vh和/或Vl的FRl、FR2、FR3和/或FR4中的至少一个。在一些情况下，这些肽包括SEQ ID NO: 168和/或SEQ ID NO: 170。在每种情况下，肽能够与MICA (例如人MICA (例如可溶MICA (sMICA)))结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，肽和MICA之间的结合亲和力为大约0.1nM-1 μ Μ，例如大约ΙΟηΜ。
[0104] 在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包含表1所示的抗体ID8的Vh和/或Vl的至少一个⑶R，其中肽与MICA (例如人MICA (例如可溶MICA (sMICA)))结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID8的Vh和/或' 的⑶R3。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID8的Vh和\的⑶R3和表I所示的抗体ID8的Vh和/或Vl的⑶Rl和/或⑶R2。在一些情况下，这些肽包括抗体ID8的Vh和/或\的⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些情况下，这些肽包括抗体ID8的Vh和/或\的CDRl、CDR2和CDR3和表1所示的抗体ID8的Vh和/或Vl的FRl、FR2、FR3和/或FR4中的至少一个。在一些情况下，这些肽包括SEQ ID NO: 186和/或SEQ ID NO: 188。在每种情况下，肽能够与MICA (例如人MICA (例如可溶MICA (sMICA)))结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，肽和MICA之间的结合亲和力为大约0.1nM-1 μ Μ，例如大约ΙΟηΜ。
[0105]在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包含表1所示的抗体ID9的Vh和/或Vl的至少一个⑶R，其中肽与MICA (例如人MICA (例如可溶MICA (sMICA)))结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID9的Vh和/或' 的⑶R3。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID9的Vh和\的⑶R3和表I所示的抗体ID9的Vh和/或Vl的⑶Rl和/或⑶R2。在一些情况下，这些肽包括抗体ID9的Vh和/或\的⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些情况下，这些肽包括抗体ID9的Vh和/或\的CDRl、CDR2和CDR3和表1所示的抗体ID9的Vh和/或Vl的FRl、FR2、FR3和/或FR4中的至少一个。在一些情况下，这些肽包括SEQ ID NO:204和/或SEQ ID NO: 206。在每种情况下，肽能够与MICA (例如人MICA (例如可溶MICA (sMICA)))结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，肽和MICA之间的结合亲和力为大约0.1nM-1 μ Μ，例如大约ΙΟηΜ。
[0106]在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包含表1所示的抗体ID2，3，4，5和/或10的Vh或\的至少一个⑶R，其中所述肽与促血管发生素-2 (例如人促血管发生素-2)结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，肽可以包括至少2个CDR，其中该至少两个CDR是来自表1所示的不同抗体的CDR。换言之，表1所示的抗体ID2，3，4，5和10的⑶R (和FR和/或AA序列)可以互换使用，并能够组合以产生肽，只要该肽能够与促血管发生素 -2 (例如人促血管发生素-2)结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)即可。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID2，3，4，5和/或10的Vh和/或\的⑶R3。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID2，3，4，5和/或10的Vh和\的CDR3和表1所示的抗体ID2，3，4，5和/或10的Vh和/或\的CDRl和/或⑶R2。在一些情况下，这些肽包括抗体ID2，3，4，5和/或10的Vh和/或\的⑶R1XDR2和⑶R3。在一些情况下，这些肽包括抗体ID2，3，4，5和/或10的Vh和/或\的⑶R1、⑶R2和CDR3，和表1所示的抗体ID2, 3，4，5和/或10的Vh和/或Vl的至少一个FR1FR2FR3和/或FR4。在一些情况下，这些肽包括SEQ ID NO: 20，38，56，74或222的其中之一和/或SEQID NO: 29，47，65，83或224的其中之一。在每种情况下，肽能够与促血管发生素_2 (例如人促血管发生素-2 (例如UniGene Hs.583870))结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。
[0107]在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包含表1所示的抗体ID2的Vh和/或\的至少一个⑶R，其中所述肽与促血管发生素-2 (例如人促血管发生素-2)结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID2的Vh和/或\的⑶R3。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID2的Vh和\的⑶R3和表1所示的抗体ID2的Vh和/或\的⑶Rl和/或⑶R2。在一些情况下，这些肽包括抗体ID2的Vh和/或Vl的⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些情况下，这些肽包括抗体ID2的Vh和/或Vl的CDR1、CDR2和CDR3和表1所示的抗体ID2的Vh和/或Vl的FR1、FR2、FR3和/或FR4中的至少一个。在一些情况下，这些肽包括SEQ ID N0:20和/或SEQ ID N0:29。在每种情况下，肽能够与促血管发生素-2 (例如人促血管发生素-2)结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，肽和促血管发生素-2之间的结合亲和力为大约0.1nM-1 μ Μ，例如大约 ΙΟηΜ。
[0108]在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包含表1所示的抗体ID3的Vh和/或\的至少一个⑶R，其中肽与促血管发生素-2 (例如人促血管发生素-2)结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID3的Vh和/或' 的⑶R3。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID3的Vh和\的⑶R3和表1所示的抗体ID3的Vh和/或\的⑶Rl和/或⑶R2。在一些情况下，这些肽包括抗体ID3的Vh和/或Vl的⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些情况下，这些肽包括抗体ID3的Vh和/或Vl的CDR1、CDR2和CDR3和表1所示的抗体ID3的Vh和/或Vl的FR1、FR2、FR3和/或FR4中的至少一个。在一些情况下，这些肽包括SEQ ID Ν0:38和/或SEQ ID Ν0:47。在每种情况下，肽能够与促血管发生素-2 (例如人促血管发生素-2)结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，肽和促血管发生素-2之间的结合亲和力为大约0.1nM-1 μ Μ，例如大约 ΙΟηΜ。 [0109]在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包含表1所示的抗体ID4的Vh和/或\的至少一个⑶R，其中肽与促血管发生素-2 (例如人促血管发生素-2)结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID4的Vh和/或' 的⑶R3。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID4的Vh和\的⑶R3和表1所示的抗体ID4的Vh和/或Vl的⑶Rl和/或⑶R2。在一些情况下，这些肽包括抗体ID4的Vh和/或Vl的⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些情况下，这些肽包括抗体ID4的Vh和/或Vl的CDR1、CDR2和CDR3和表1所示的抗体ID4的Vh和/或Vl的FR1、FR2、FR3和/或FR4中的至少一个。在一些情况下，这些肽包括SEQ ID Ν0:56和/或SEQ ID Ν0:65。在每种情况下，肽能够与促血管发生素-2 (例如人促血管发生素-2)结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，肽与促血管发生素-2之间的结合亲和力可为Χ-Υ，例如Χ-Υ，Χ-Υ。在一些情况下，肽和促血管发生素-2之间的结合亲和力为大约0.1nM-1 μ Μ，例如大约ΙΟηΜ。
[0110]在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包含表1所示的抗体ID5的Vh和/或\的至少一个⑶R，其中肽与促血管发生素-2 (例如人促血管发生素-2)结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID5的Vh和/或' 的⑶R3。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体ID5的Vh和\的⑶R3和表1所示的抗体ID5的Vh和/或\的⑶Rl和/或⑶R2。在一些情况下，这些肽包括抗体ID5的Vh和/或Vl的⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些情况下，这些肽包括抗体ID5的Vh和/或Vl的CDR1、CDR2和CDR3和表1所示的抗体ID5的Vh和/或Vl的FR1、FR2、FR3和/或FR4中的至少一个。在一些情况下，这些肽包括SEQ ID Ν0:74和/或SEQ ID Ν0:83。在每种情况下，肽能够与促血管发生素-2 (例如人促血管发生素-2)结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，肽和促血管发生素-2之间的结合亲和力为大约0.1nM-1 μ Μ，例如大约 ΙΟηΜ。
[0111]在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包含表1所示的抗体IDlO的
/或'的至少一个CDR，其中肽与促血管发生素-2 (例如人促血管发生素-2)结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体IDlO的Vh和/或 ' 的⑶R3。在一些情况下，这些肽包括表1所示的抗体IDlO的Vh和\的⑶R3和表1所示的抗体IDlO的Vh和/或\的⑶Rl和/或⑶R2。在一些情况下，这些肽包括抗体IDlO的Vh和/或Vl的⑶R1、⑶R2和⑶R3。在一些情况下，这些肽包括抗体IDlO的Vh和/或Vl的CDR1、CDR2和CDR3和表1所示的抗体IDlO的Vh和/或Vl的FR1、FR2、FR3和/或FR4中的至少一个。在一些情况下，这些肽包括SEQ ID Ν0:222和/或SEQ ID Ν0:224。在每种情况下，肽能够与促血管发生素-2(例如人促血管发生素-2)结合(例如特异性结合和/或免疫特异性结合)。在一些情况下，肽和促血管发生素-2之间的结合亲和力为大约0.1nM-1 μ Μ，例如大约IOnM0
[0112]在一些情况下，与促血管发生素-2结合的肽还能够与促血管发生素-1 (例如Unigene Hs.369675)和/或促血管发生素_4(例如Unigene Hs.278973)结合。例如，在一些情况下，与促血管发生素-2结合的肽还能够与除促血管发生素-1之外的其它相关抗原(除促血管发生素-1之外)特异性和/或免疫特异性结合。在一些情况下，与促血管发生素-2结合的肽还能够与除促血管发生素-4之外的其它相关抗原(除促血管发生素-4之外)特异性和/或免疫特异性结合。
[0113]在一些情况下，治疗组合物可以包括肽，所述肽包含:SEQ ID NO: 2和/或SEQ IDNO: 11 ；SEQ ID NO: 149 和 / 或 SEQ ID NO: 151 ；SEQ ID N0:168 和 / 或 SEQ ID NO: 170 ；SEQID NO: 186 和 / 或 SEQ ID NO: 188 ；SEQ ID NO:204 和 / 或 SEQ ID NO:206 ；SEQ ID NO:20和 / 或 SEQ ID NO:29 ；SEQ ID NO:38 和 / 或 SEQ ID NO:47 ;SEQ ID NO:56 和 / 或 SEQ IDNO:65 ；SEQ ID NO:74 和 / 或 SEQ ID NO:83 JPSEQ ID NO:222 和 / 或 SEQ ID NO:224
【权利要求】
1.一种包含与MHC I类多肽相关序列A(MICA)免疫特异性结合的肽的组合物，其中所述肽包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID1，6，7，8或9的Vh的互补决定区(⑶R) 3，和具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID1，6，7，8或9的Vl 的 CDR3。
2.权利要求1的组合物，其中所述肽包含表1所示的抗体ID1，6，7，8或9的Vh的互补决定区(CDR) 3，和表1所示的抗体IDl, 6，7，8或9的Vl的CDR3。
3.权利要求1-2中任一项的组合物，其中所述肽包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体IDI，6，7，8或9的Vh的CDR2，或具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体IDI，6，7，8或9的Vl的⑶R2，或者包含上述两者。
4.权利要求3的组合物，其中所述肽包含表1所示的抗体ID1，6，7，8或9的Vh的互补决定区⑶R2，或表1所示的抗体IDI，6，7，8或9的Vl的⑶R2，或者包含上述两者。
5.权利要求1-4中任一项的组合物，其中所述肽包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体IDI，6，7，8或9的Vh的CDRl，或具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体IDI，6，7，8或9的Vl的⑶Rl，或者包含上述两者。
6.权利要求5的组合物，其中所述肽包含表1所示的抗体ID1，6，7，8或9的Vh的互补决定区⑶Rl，或表1所示的抗体IDI，6，7，8或9的Vl的⑶Rl，或者包含上述两者。
7.权利要求1-6 中任一项的组合物，其中所述肽是抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含: 与SEQ ID NO: 2, 149, 168, 186,或204具有同一性的Vh链，其中对应于CDR1、CDR2和CDR3的区域包含表1所示的抗体ID-1, 6，7，8或9的Vh的CDRl、CDR2和CDR3,并在CDRl、CDR2和CDR3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO:2, 149，168，186，或204中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体ID-1，6，7，8或9的Vh的FR1、FR2、FR3、FR4 具有至少 80%,85%,90%,95%,96%,97%,98,99%^ 100%的同一性的氨基酸序列；和 与SEQ ID NO: 11, 151, 170, 189，或206具有同一性的Vl链，其中对应于CDR1、CDR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体I的\的⑶R1XDR2和⑶R3，并在⑶R1XDR2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO: 11, 151, 170, 189,或206中对应于FRl、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体I的\的FRl、FR2、FR3、FR4具有至少80%,85%,90%,95%,96%,97%,98,99% ^ 100% 的同一性的氨基酸序列。
8.权利要求7的组合物，其中所述肽是抗体或抗体片段，其包含:包含SEQIDNO: 2，149，168，186，或 204 的 Vh 链、和包含 SEQ ID NO: 11，151，170，189，或 206 的'链。
9.权利要求1-8中任一项的组合物，其还包含抗癌治疗剂。
10.权利要求1-9中任一项的组合物，其配制为药物组合物。
11.一种包含与促血管发生素免疫特异性结合的肽的组合物，其中所述肽包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的Vh的互补决定区(CDR) 3，和具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID2，3，4或5的' 的CDR3。
12.权利要求11的组合物，其中所述肽包含表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的Vh的互补决定区(CDR) 3，和表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的Vl的CDR3。
13.权利要求11-12中任一项的组合物，其中所述肽包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID2，3，4，或10的Vh的CDR2，或具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的\的⑶R2，或者包含上述两者。
14.权利要求13的组合物，其中所述肽包含表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的Vh的互补决定区⑶R2，或表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的\的⑶R2，或者包含上述两者。
15.权利要求11-14中任一项的组合物，其中肽包含具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的Vh的⑶R1，或具有5个或更少的保守氨基酸替换的表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的\的⑶R1，或者包含上述两者。
16.权利要求15的组合物，其中肽包含表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的Vh的互补决定区⑶R1，或表1所示的抗体ID2、3、4、5或10的\的⑶R1，或者包含上述两者。
17.权利要求11-16中任一项的组合物，其中肽是抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含: 与SEQ ID NO: 20具有同一性的Vh链，其中对应于⑶R1、⑶R2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID2的Vh的⑶R1XDR2和⑶R3，并在⑶R1XDR2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQID NO: 20中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体 ID2 的 Vh 的 FR1、FR2、FR3、FR4 具有至少 80% ,85% ,90% ,95% ,96% ,97% ,98,99%,或100%的同一性的氨基酸序列；和 与SEQ ID NO:29具有同一性的 '链，其中对应于⑶R1、⑶R2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID2的\的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换， 并且SEQ ID NO: 29中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体 ID2 的 Vl 的 FRl、FR2、FR3、FR4 具有至少 80% ,85% ,90% ,95% ,96% ,97% ,98,99%、或100%的同一性的氨基酸序列。
18.权利要求17的组合物，其中所述肽是抗体或抗体片段，其包含:包含SEQID NO:20的Vh链、和包含SEQ ID NO: 29的Vl链。
19.权利要求11-16中任一项的组合物，其中所述肽是抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含: 与SEQ ID NO: 38具有同一性的Vh链，其中对应于⑶R1、⑶R2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID3的Vh的⑶R1XDR2和⑶R3，并在⑶R1XDR2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQID NO: 38中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体 ID3 的 Vh 的 FR1、FR2、FR3、FR4 具有至少 80% ,85% ,90% ,95% ,96% ,97% ,98,99%,或100%的同一性的氨基酸序列；和 与SEQ ID NO:47具有同一性的\链，其中对应于⑶R1、⑶R2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID3的\的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO:47中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体 ID3 的 Vl 的 FRl、FR2、FR3、FR4 具有至少 80% ,85% ,90% ,95% ,96% ,97% ,98,99%、或100%的同一性的氨基酸序列。
20.权利要求19的组合物，其中所述肽是抗体或抗体片段，其包含:包含SEQID NO:38的Vh链、和包含SEQ ID NO:47的Vl链。
21.权利要求11-16中任一项的组合物，其中所述肽是抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含:与SEQ ID NO:56具有同一性的Vh链，其中对应于⑶R1、⑶R2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID4的Vh的⑶R1XDR2和⑶R3，并在⑶R1XDR2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQID NO: 56中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体 ID4 的 Vh 的 FR1、FR2、FR3、FR4 具有至少 80% ,85% ,90% ,95% ,96% ,97% ,98,99%,或100%的同一性的氨基酸序列；和 与SEQ ID NO:65具有同一性的Vl链，其中对应于⑶R1、⑶R2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID4的\的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO:65中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体 ID4 的 Vl 的 FRl、FR2、FR3、FR4 具有至少 80% ,85% ,90% ,95% ,96% ,97% ,98,99%、或100%的同一性的氨基酸序列。
22.权利要求21的组合物，其中所述肽是抗体或抗体片段，其包含:包含SEQID NO:56的Vh链、和包含SEQ ID NO:65的Vl链。
23.权利要求11-16中任一项的组合物，其中所述肽是抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含: 与SEQ ID NO: 74具有同一性的Vh链，其中对应于⑶R1、⑶R2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID-5的Vh的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQID NO: 74中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体 ID-5 的 Vh 的 FR1、FR2、FR3、FR4 具有至少 80% ,85% ,90% ,95% ,96% ,97% ,98,99%、或100%的同一性的氨基酸序列；和 与SEQ ID NO:83具有同一性的Vl链，其中对应于⑶R1、⑶R2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID-5的\的⑶R1XDR2和⑶R3，并在⑶R1XDR2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO:83中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体 ID-5 的 Vl 的 FR1、FR2、FR3、FR4 具有至少 80% ,85% ,90% ,95% ,96% ,97% ,98,99%、或100%的同一性的氨基酸序列。
24.权利要求23的组合物，其中所述肽是抗体或抗体片段，其包含:包含SEQID NO:74的Vh链、和包含SEQ ID NO:83的Vl链。
25.权利要求11-24中任一项的组合物，其中所述肽与促血管发生素-2免疫特异性结合。
26.权利要求11-25中任一项的组合物，其还包含抗癌治疗剂。
27.权利要求11-26中任一项的组合物，其配制为药物组合物。
28.一种用于治疗受试者中的癌症的方法，该方法包括向受试者施用根据权利要求1-27中任一项的组合物。
29.权利要求11-16中任一项的组合物，其中所述肽是抗体或抗体片段，所述抗体或抗体片段包含: 与SEQ ID NO: 222具有同一性的Vh链，其中对应于⑶R1、⑶R2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID-10的Vh的CDRl、CDR2和CDR3,并在CDRl、CDR2和CDR3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO:74中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体 ID-10 的 Vh 的 FR1、FR2、FR3、FR4 具有至少 80% ,85% ,90% ,95% ,96% ,97%,98、99%、或100%的同一性的氨基酸序列；和与SEQ ID NO: 224具有同一性的Vl链，其中对应于⑶R1XDR2和⑶R3的区域包含表1所示的抗体ID-1O的\的⑶R1、⑶R2和⑶R3，并在⑶R1、⑶R2和⑶R3区内具有5个或更少的保守氨基酸替换，并且SEQ ID NO:224中对应于FR1、FR2、FR3、FR4的区域包含与表1所示的抗体 ID-10 的 Vl 的 FR1、FR2、FR3、FR4 具有至少 80% ,85% ,90% ,95% ,96% ,97%,.98、99%、或100%的同一性的氨基酸序列。
30.权利要求23的组合物，其中所述肽是抗体或抗体片段，其包含:包含SEQIDNO: 222 的 Vh 链、包含 SEQ ID NO: 224 的'链。
31.权利要求1-8和11-16中任一项的组合物，其还包含选自下组的组氨酸去乙酰化酶抑制剂(HDAC):异羟肟酸、伏立诺他、辛二酰苯胺异羟肟酸(SAHA)、曲古抑菌素A(TSA)、LAQ824、帕比司他(LBH589)、belinostat (PXDlOl)、ITF2357italfarmaco SpA,环四肽、cbpsip印tide (罗米地辛，FK228)、苯酰胺；恩替诺特(SNDX-275/MS-275)、MGCD0103、短链脂肪酸、丙戊酸、丁酸苯酯、AN-9、Pivanex、CHR-3996 和 CHR-2845。
32.权利要求1-8和11-16中任一项的组合物，其还包含选自下组的蛋白酶体抑制剂:bortezomib、NP1-0052、carfilzomib(PR-171)、CEP18770 和 MLN9708。
33.一种从受 试者获得针对自身抗原的免疫细胞的方法，该方法包括 鉴定对自身抗原呈现阳性免疫应答的受试者； 提供多聚体形式的该自身抗原； 使所述多聚体形式的自身抗原与来自对该自身抗原呈现阳性免疫应答的受试者的样品相接触，和 获得与所述多聚体形式的自身抗原结合的免疫细胞。
34.一种从癌症患者获得针对自身抗原的免疫细胞的方法，该方法包括 鉴定对自身抗原呈现阳性免疫应答的受试者； 提供多聚体形式的该自身抗原； 使所述多聚体形式的自身抗原与来自对该自身抗原呈现阳性免疫应答的受试者的样品相接触，和 获得与所述多聚体形式的自身抗原结合的免疫细胞。
35.权利要求33-34中任一项的方法，其中所述多聚体形式的自身抗原是四聚体形式的自身抗原。
36.权利要求35的方法，其中所述多聚体形式的自身抗原包含可检测的部分。
37.权利要求33的方法，其中该受试者是哺乳动物。
38.权利要求37的方法，其中该受试者是人。
39.权利要求33的方法，其中该样品来自人受试者。
40.权利要求33的方法，其中该自身抗原与状况或疾病相关。
41.权利要求33的方法，其中该自身抗原与癌症相关。
42.权利要求40的方法，其中该状况或疾病是选自下组的癌症:黑素瘤、肺癌、乳腺癌、肾癌、卵巢癌、前列腺癌、胰腺癌、胃癌和结肠癌、淋巴瘤或白血病。
43.权利要求33-34中任一项的方法，其中所述自身抗原是MCHI类链相关蛋白A(MICA)。
44.权利要求33-34中任一项的方法，其中所述自身抗原是促血管发生素。
45.权利要求33-34中任一项的方法，其中所述免疫细胞是记忆B细胞。
46.权利要求33-34中任一项的方法，其中所述自身抗原是癌症特异性自身抗原。
47.权利要求33的方法，其中所述受试者是癌症患者。
【文档编号】C07K16/00GK103958543SQ201280059185
【公开日】2014年7月30日 申请日期:2012年9月28日 优先权日:2011年9月30日
【发明者】K.W.乌彻普芬尼格, B.弗朗兹, 小肯尼斯.梅, G.德拉诺夫, F.S.霍迪, C.哈维 申请人:达纳-法伯癌症研究所股份有限公司