1.组合物，所述组合物包含：
纳米孔，所述纳米孔包含第一侧，第二侧和延伸穿过所述第一侧和第二侧的孔径；和
永久性系链，所述永久性系链包含头部区，尾部区和布置在它们之间的伸长体，
所述头部区锚定到所述纳米孔的第一侧或第二侧或所述纳米孔的第一侧或第二侧附近，
所述伸长体包含响应在邻近所述纳米孔的第一侧发生的第一事件而能在所述孔径内移动的报告物区。
2.权利要求1的组合物，其中所述报告物区响应所述第一事件而在所述孔径内能平移移动。
3.权利要求1或权利要求2的组合物，其中所述报告物区响应所述第一事件而能在所述孔径内旋转移动。
4.权利要求1-3中任一项的组合物，其中所述报告物区响应所述第一事件而能在所述孔径内构象性移动。
5.权利要求1-4中任一项的组合物，其中所述头部区通过共价键锚定到所述纳米孔的第一侧或第二侧或所述纳米孔的第一侧或第二侧附近。
6.权利要求1-5中任一项的组合物，其中所述头部区锚定到所述纳米孔的第一侧。
7.权利要求1-6中任一项的组合物，其中所述尾部区向所述纳米孔的第二侧自由延伸。
8.权利要求1-7中任一项的组合物，其中所述报告物区响应所述第一事件而能向所述纳米孔的第一侧平移移动。
9.权利要求1-8中任一项的组合物，其中所述报告物区在所述第一事件后能向所述第二侧平移移动。
10.权利要求8的组合物，其中所述报告物区还响应邻近所述纳米孔的第一侧发生的第二事件而向能所述第一侧平移移动，所述第二事件在所述第一事件后。
11.权利要求10的组合物，其中所述报告物区在所述第二事件后还能向所述第二侧平移移动。
12.权利要求10或11的组合物，其中所述第一事件包含向多核苷酸添加第一核苷酸。
13.权利要求10-12中任一项的组合物，其中所述第二事件包含向所述多核苷酸添加第二核苷酸。
14.权利要求1-13中任一项的组合物，其中所述报告物区的电或通量阻断特征不同于所述伸长体的另一区域的电或通量阻断特征。
15.系统，所述系统包含权利要求1-14中任一项的组合物和测量电路，所述测量电路配置为在所述报告物区响应所述第一事件而移动时测量通过所述孔径的第一电流或通量或第一光学信号。
16.权利要求1-14中任一项的组合物，其还包含邻近所述纳米孔的第一侧布置的蛋白质，其中所述第一事件包含所述蛋白质的第一构象变化。
17.权利要求16的组合物，其中所述头部区锚定到所述蛋白质。
18.权利要求16或权利要求17的组合物，其中所述第一构象变化移动所述头部区，并且所述头部区的移动平移移动所述报告物区。
19.权利要求16-18中任一项的组合物，其中所述蛋白质与所述纳米孔的第一侧接触。
20.权利要求16-19中任一项的组合物，其中所述蛋白质锚定到所述纳米孔的第一侧或所述纳米孔的第一侧附近。
21.权利要求16-20中任一项的组合物，其中所述蛋白质包括酶。
22.权利要求21的组合物，其中所述酶包括聚合酶。
23.权利要求21的组合物，其中所述第一构象变化响应作用于第一核苷酸的聚合酶而发生。
24.权利要求22或权利要求23的组合物，其中所述第一构象变化移动所述头部区，并且所述头部区的移动平移移动所述报告物区。
25.权利要求24的组合物，其中所述第一核苷酸基于响应所述报告物区的平移移动的通过所述孔径的电流或通量的变化或光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定。
26.权利要求23-25中任一项的组合物，其中所述报告物区还响应所述聚合酶的第二构象变化而平移移动，所述聚合酶的第二构象变化响应作用于第二核苷酸的所述聚合酶而发生。
27.权利要求26的组合物，其中所述第一核苷酸基于响应所述报告物区的平移移动的通过所述孔径的电流或通量的第一变化或第一光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定，所述报告物区的平移移动响应所述第一构象变化。
28.权利要求27的组合物，其中所述第二核苷酸基于响应所述报告物区的平移移动的通过所述孔径的电流或通量的第二变化或第二光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定，所述报告物区的平移移动响应所述第二构象变化。
29.权利要求28的组合物，其中所述第一和第二核苷酸基于所述电流或通量的所述第一和第二变化或基于所述第一和第二光学信号彼此单独区分。
30.权利要求1-14中任一项的组合物，其还包含邻近所述纳米孔的第一侧布置的聚合酶，其中所述第一事件包含作用于第一核苷酸的所述聚合酶。
31.权利要求30的组合物，其中所述第一核苷酸包含伸长标签，所述伸长标签包含与所述系链相互作用的部分。
32.权利要求30或权利要求31的组合物，其中所述部分与所述系链的相互作用平移移动所述报告物区。
33.权利要求30-32中任一项的组合物，其中所述系链的所述伸长体包含合成聚合物。
34.权利要求30-32中任一项的组合物，其中所述系链包含第一寡核苷酸。
35.权利要求34的组合物，其中所述第一寡核苷酸的无碱基核苷酸限定所述报告物区。
36.权利要求35的组合物，其中所述部分包含与所述第一寡核苷酸杂交的第二寡核苷酸。
37.权利要求36的组合物，其中所述第二寡核苷酸与所述第一寡核苷酸的杂交使所述系链缩短第一量。
38.权利要求37的组合物，其中所述第一核苷酸基于响应所述系链缩短所述第一量的通过所述孔径的电流或通量的变化或光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定。
39.权利要求38的组合物，其中所述报告物区还响应作用于第二核苷酸的所述聚合酶而向所述第一侧平移移动。
40.权利要求39的组合物，其中所述第二核苷酸包含与所述第一寡核苷酸杂交的第三寡核苷酸。
41.权利要求40的组合物，其中所述第三寡核苷酸与所述第一寡核苷酸的杂交使所述系链缩短第二量。
42.权利要求41的组合物，其中所述第一核苷酸基于响应所述系链缩短所述第一量的通过所述孔径的电流或通量的第一变化或第一光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定。
43.权利要求42的组合物，其中所述第二核苷酸基于响应所述系链缩短所述第二量的通过所述孔径的电流或通量的第二变化或第二光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定。
44.权利要求43的组合物，其中所述第一和第二核苷酸基于所述电流或通量的所述第一和第二变化或基于所述第一和第二光学信号彼此单独区分。
45.权利要求30-44中任一项的组合物，其中所述头部区锚定到所述纳米孔的第一侧。
46.权利要求30-45中任一项的组合物，其中所述聚合酶与所述纳米孔的第一侧接触。
47.权利要求30-46中任一项的组合物，其中所述聚合酶锚定到所述纳米孔的第一侧或所述纳米孔的第一侧附近。
48.方法，所述方法包括：
提供纳米孔，所述纳米孔包含第一侧，第二侧和延伸穿过所述第一侧和第二侧的孔径；
提供永久性系链，所述永久性系链包含头部区，尾部区和布置在它们之间的伸长体，
所述头部区锚定到所述纳米孔的第一或第二侧或所述纳米孔的第一或第二侧附近，
所述伸长体包含报告物区；并且
响应与所述纳米孔的第一侧相邻发生的第一事件而在所述孔径内移动所述报告物。
49.权利要求48的方法，其中响应所述第一事件而在所述孔径内平移移动所述报告物区。
50.权利要求48或权利要求49的方法，其中响应所述第一事件在所述孔径内旋转移动所述报告物区。
51.权利要求48-50中任一项的方法，其中响应所述第一事件在所述孔径内构象性移动所述报告物区。
52.权利要求48-51中任一项的方法，其中所述头部区通过共价键锚定到所述纳米孔的第一侧或第二侧或所述纳米孔的第一侧或第二侧附近。
53.权利要求48-52中任一项的方法，其中所述头部区锚定到所述纳米孔的第一侧。
54.权利要求48-53中任一项的方法，其中所述尾部区向所述纳米孔的第二侧自由延伸。
55.权利要求48-54中任一项的方法，其中响应所述第一事件向所述纳米孔的第一侧平移移动所述报告物区。
56.权利要求48-55中任一项的方法，还包含在所述第一事件后向第二侧平移移动所述报告物区。
57.权利要求55的方法，所述方法还包括响应邻近所述纳米孔的第一侧发生的第二事件将所述报告物区向所述第一侧平移移动，所述第二事件在所述第一事件后。
58.权利要求57的方法，所述方法还包含在所述第二事件后向所述第二侧平移移动所述报告物区。
59.权利要求57或权利要求58的方法，其中所述第一事件包含向多核苷酸添加第一核苷酸。
60.权利要求57-59中任一项的方法，其中所述第二事件包含向所述多核苷酸添加第二核苷酸。
61.权利要求48-60中任一项的方法，其中所述报告物区的电或通量阻断特征不同于所述伸长体的另一区域的电或通量阻断特征。
62.权利要求48-61中任一项的方法，其还包含在响应所述第一事件移动所述报告体区时测量通过所述孔径的第一电流或通量或第一光学信号。
63.权利要求48-62中任一项的方法，其中蛋白质邻近所述纳米孔的第一侧布置，并且其中所述第一事件包含所述蛋白质的第一构象变化。
64.权利要求63的方法，其中所述头部区锚定到所述蛋白质。
65.权利要求63或权利要求64的方法，其中所述第一构象变化移动所述头部区，并且所述头部区的移动平移移动所述报告物区。
66.权利要求63-65中任一项的方法，其中所述蛋白质与所述纳米孔的第一侧接触。
67.权利要求63-66中任一项的方法，其中所述蛋白质锚定到所述纳米孔的第一侧或所述纳米孔的第一侧附近。
68.权利要求63-67中任一项的方法，其中所述蛋白质包括酶。
69.权利要求68的方法，其中所述酶包括聚合酶。
70.权利要求69的方法，其中所述第一构象变化响应作用于第一核苷酸的所述聚合酶而发生。
71.权利要求69或权利要求70的方法，其中所述第一构象变化移动所述头部区，并且所述头部区的移动平移移动所述报告物区。
72.权利要求71的方法，其还包含基于响应所述报告物区的平移移动的通过所述孔径的电流或通量的变化或光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定所述第一核苷酸。
73.权利要求70-73中任一项的方法，其还包含响应所述聚合酶的第二构象变化平移移动所述报告物区，所述聚合酶的第二构象变化响应作用于第二核苷酸的所述聚合酶而发生。
74.权利要求73的方法，其还包含基于响应所述报告物区的平移移动的通过所述孔径的电流或通量的第一变化或第一光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定所述第一核苷酸，所述报告物区的平移移动响应所述第一构象变化。
75.权利要求74的方法，其还包含基于响应所述报告物区的平移移动的通过所述孔径的电流或通量的第二变化或第二光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定第二核苷酸，所述报告物区的平移移动响应所述第二构象变化。
76.权利要求75的方法，其中所述第一和第二核苷酸基于所述电流或通量的所述第一和第二变化或基于所述第一和第二光学信号彼此单独区分。
77.权利要求48-62中任一项的方法，还包含邻近所述纳米孔的第一侧布置聚合酶，其中所述第一事件包含作用于第一核苷酸的所述聚合酶。
78.权利要求77的方法，其中所述第一核苷酸包含伸长标签，所述伸长标签包含与所述系链相互作用的部分。
79.权利要求78的方法，其中所述部分与所述系链的相互作用平移移动所述报告物区。
80.权利要求77-79中任一项的方法，其中所述系链的所述伸长体包含合成聚合物。
81.权利要求77-79中任一项的方法，其中所述系链包含第一寡核苷酸。
82.权利要求81的方法，其中所述第一寡核苷酸的无碱基核苷酸限定所述报告物区。
83.权利要求81或权利要求82的方法，其中所述部分包含与所述第一寡核苷酸杂交的第二寡核苷酸。
84.权利要求83的方法，其中所述第二寡核苷酸与所述第一寡核苷酸的杂交使所述系链缩短第一量。
85.权利要求84的方法，其还包含基于响应所述系链缩短所述第一量的通过所述孔径的电流或通量的变化或光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定所述第一核苷酸。
86.权利要求85的方法，其还包含响应作用于第二核苷酸的所述聚合酶向所述第一侧平移移动所述报告物区。
87.权利要求86的方法，其中所述第二核苷酸包含与所述第一寡核苷酸杂交的第三寡核苷酸。
88.权利要求87的方法，其中所述第三寡核苷酸与所述第一寡核苷酸的杂交使所述系链缩短第二量。
89.权利要求88的方法，其还包含基于响应所述系链缩短所述第一量的通过所述孔径的电流或通量的第一变化或第一光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定所述第一核苷酸。
90.权利要求89的方法，其还包含基于响应所述系链缩短所述第二量的通过所述孔径的电流或通量的第二变化或第二光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定所述第二寡核苷酸。
91.权利要求90的方法，其中所述第一和第二核苷酸基于所述电流或通量的所述第一和第二变化或基于所述第一和第二光学信号彼此单独区分。
92.权利要求77-91中任一项的方法，其中所述头部区锚定到所述纳米孔的第一侧。
93.权利要求77-92中任一项的方法，其中所述聚合酶与所述纳米孔的第一侧接触。
94.权利要求77-93中任一项的方法，其中所述聚合酶锚定到所述纳米孔的第一侧或所述纳米孔的第一侧附近。
95.组合物，所述组合物包含：
纳米孔，所述纳米孔包含第一侧，第二侧和延伸穿过所述第一侧和第二侧的孔径；
永久性系链，所述永久性系链包含头部区，尾部区和布置在它们之间的伸长体，所述头部区锚定到所述纳米孔的第一侧或第二侧或所述纳米孔的第一侧或第二侧附近，所述伸长体包含部分；
聚合酶，所述聚合酶邻近所述纳米孔的第一侧布置；和
第一核苷酸，所述第一核苷酸包含第一伸长标签，所述第一伸长标签包含响应作用于所述第一核苷酸的聚合酶而与所述系链的所述部分相互作用的第一部分。
96.权利要求95的组合物，其中所述头部区通过共价键锚定到所述纳米孔的所述第一侧或第二侧或所述纳米孔的所述第一侧或第二侧附近。
97.权利要求95或权利要求96的组合物，其中所述头部区锚定到所述纳米孔的第一侧。
98.权利要求95-97中任一项的组合物，其中所述尾部区向所述纳米孔的第二侧自由延伸。
99.权利要求95-98中任一项的组合物，其中所述尾部区响应施加的电压在所述纳米孔的第一和第二侧之间移动。
100.权利要求95或权利要求96的组合物，其中所述头部区锚定到所述纳米孔的第二侧。
101.权利要求100的组合物，其中所述尾部区向所述纳米孔的第一侧自由延伸。
102.权利要求100或权利要求101的组合物，其中所述尾部区响应施加的电压在所述纳米孔的第一和第二侧之间移动。
103.权利要求95-102中任一项的组合物，其中所述聚合酶与所述纳米孔的第一侧接触。
104.权利要求95-103中任一项的组合物，其中所述聚合酶锚定到所述纳米孔的第一侧或所述纳米孔的第一侧附近。
105.权利要求95-104中任一项的组合物，其中所述第一部分和所述系链的部分之间的相互作用限定双链体(duplex)。
106.权利要求105的组合物，其中所述纳米孔还包含布置在所述第一和第二侧之间的收缩部。
107.权利要求106的组合物，其中对所述纳米孔的所述第一或第二侧或在所述纳米孔的所述第一或第二侧附近锚定所述头部区抑制所述双链体通过所述收缩部的移动。
108.权利要求106的组合物，其中所述双链体足够大，从而抑制所述双链体通过所述收缩部的移动。
109.权利要求95-108中任一项的组合物，其中所述第一核苷酸的第一伸长标签还包含第一报告物区。
110.权利要求109的组合物，其中所述第一报告物区配置为响应所述第一部分与所述系链的所述部分的相互作用而布置在所述孔径内。
111.系统，所述系统包含权利要求109或权利要求110的组合物和测量电路，所述测量电路配置为在所述第一报告物区布置在所述孔径内时测量通过所述孔径的电流或通量或光学信号。
112.权利要求111的系统，其中所述电流或通量或光学信号基于所述第一报告物区的电或通量阻断特征，并且其中所述第一核苷酸基于所述电流或通量或光学信号鉴定。
113.权利要求110的组合物，其还包括包含第二伸长标签的第二核苷酸，所述第二伸长标签包含响应作用于所述第二核苷酸的聚合酶而与所述系链的所述部分相互作用的第二部分。
114.权利要求113的组合物，其中所述第二伸长标签还包含第二报告物区。
115.权利要求114的组合物，其中所述第二报告物区配置为响应所述第二部分与所述系链的所述部分相互作用而布置在所述孔径内。
116.系统，所述系统包含权利要求114或权利要求115的组合物和测量电路，所述测量电路配置为在所述第一报告物区布置在所述孔径内时测量通过所述孔径的第一电流或通量或第一光学信号，并且在所述第二报告物区布置在所述孔径内时测量通过所述孔径的第二电流或通量或第二光学信号。
117.权利要求116的系统，其中：
所述第一电流或通量或所述第一光学信号基于所述第一报告物区的第一电或通量阻断特征，
所述第一核苷酸基于所述第一电流或通量或所述第一光学信号鉴定，
所述第二电流或通量或所述第二光学信号基于所述第二报告物区的第二电或通量阻断特征，并且
所述第二核苷酸基于所述第二电流或通量或所述第二光学信号鉴定。
118.权利要求116或权利要求117的系统，其中所述第一和第二核苷酸基于所述第一电流或通量和第二电流或通量或基于所述第一和第二光学信号彼此单独区分。
119.权利要求113-115中任一项的组合物，其中所述第一伸长标签响应作用于所述第一核苷酸的聚合酶而从所述第一核苷酸切割，并且其中所述第二伸长标签响应作用于所述第二核苷酸的聚合酶而从所述第二核苷酸切割。
120.权利要求113-115中任一项的组合物，其中所述系链的所述伸长体包含合成聚合物。
121.权利要求113的组合物，其中所述系链的部分包含第一寡核苷酸。
122.权利要求121的组合物，其中所述第一部分包含与所述第一寡核苷酸杂交的第二寡核苷酸。
123.权利要求122的组合物，其中所述第二寡核苷酸的无碱基核苷酸限定所述报告物区。
124.权利要求122或权利要求123的组合物，其中所述第二部分包含与所述第一寡核苷酸杂交的第三寡核苷酸。
125.权利要求124的组合物，其中所述第一部分和所述第二部分彼此相同。
126.权利要求95-108中任一项的组合物，其中所述系链的所述伸长体还包含报告物区。
127.权利要求126的组合物，其中所述报告物区响应所述第一部分与所述系链的部分的相互作用而布置在相对于所述第一部分的预定位置处。
128.权利要求126或权利要求127的组合物，其中所述报告物区响应第一施加电压而在所述孔径内平移移动。
129.权利要求126-128中任一项的组合物，所述纳米孔还包含布置在所述第一和第二侧之间的收缩部。
130.权利要求129的组合物，其中所述报告物区响应所述第一施加电压平移移动到相对于所述收缩部的第一预定位置。
131.权利要求129或权利要求130的组合物，其中所述报告物区的电或通量阻断特征不同于所述伸长体的另一区域的电或通量阻断特征。
132.系统，其包含权利要求131的组合物和测量电路，所述测量电路配置为在所述报告物区布置在所述第一预定位置时测量通过所述孔径的电流或通量或光学信号。
133.权利要求132的系统，其中所述电流或通量或光学信号基于所述报告物区的电或通量阻断特征和所述报告物区的第一预定位置，并且其中所述第一核苷酸基于所述电流或通量或光学信号鉴定。
134.权利要求130的组合物，其中所述第一部分和所述系链的部分响应所述第一施加电压解离。
135.权利要求134的组合物，其中所述系链的所述部分响应所述第一部分和所述系链的部分的解离而通过所述收缩部平移移动。
136.权利要求134或权利要求135的组合物，其中所述第一部分响应在所述第一施加电压后的第二施加电压而与所述系链的所述部分相互作用。
137.权利要求130-136中任一项的组合物，其还包括包含第二伸长标签的第二核苷酸，所述第二伸长标签包含响应作用于所述第二核苷酸的所述聚合酶而与所述系链的所述部分相互作用的第二部分。
138.权利要求137的组合物，其中所述报告物区响应所述第二部分与所述系链的所述部分的相互作用而布置在相对于所述第二部分的预定位置。
139.权利要求138的组合物，其中所述报告物区响应第二施加电压而在所述孔径内平移移动。
140.权利要求139的组合物，所述纳米孔进一步包含布置在所述第一和第二侧之间的收缩部。
141.权利要求140的组合物，其中所述报告物区响应所述第二施加电压而平移移动到相对于所述收缩部的第二位置。
142.权利要求141的组合物，其中所述报告物区的电或通量阻断特征不同于所述伸长体的另一区域的电或通量阻断特征。
143.系统，所述系统包含权利要求142的组合物和测量电路，所述测量电路配置为在所述报告物区响应所述第一施加电压而布置在所述第一位置时测量通过所述孔径的第一电流或通量或第一光学信号，并且在所述报告物区响应所述第二施加电压而布置在所述第二位置时测量通过所述孔的第二电流或通量或第二光学信号。
144.权利要求143的系统，其中：
所述第一电流或通量或第一光学信号基于报告物区的电或通量阻断特征和所述报告物区的第一预定位置，
所述第一核苷酸基于所述第一电流或通量或第一光学信号鉴定，
所述第二电流或通量或第二光学信号基于所述报告物区的电或通量阻断特征和所述报告物区的第二预定位置，以及
所述第二核苷酸基于所述第二电流或通量或第二光学信号鉴定。
145.权利要求143或权利要求144的系统，其中所述第一和第二核苷酸基于所述第一电流或通量和第二电流或通量或基于所述第一和第二光学信号彼此单独区分。
146.权利要求143-145中任一项的系统，其中所述第一和第二电压具有彼此相同的幅度，并且所述第二电压在所述第一电压后。
147.权利要求137的组合物，其中所述第一伸长标签响应作用于所述第一核苷酸的所述聚合酶而从所述第一核苷酸切割，并且其中所述第二伸长标签响应作用于所述第二核苷酸的所述聚合酶而从所述第二核苷酸切割。
148.权利要求126-142中任一项的组合物，其中所述系链的所述伸长体包含合成聚合物。
149.权利要求137-142中任一项的组合物，其中所述系链的部分包含第一寡核苷酸。
150.权利要求149的组合物，其中所述第一寡核苷酸的无碱基核苷酸限定所述报告物区。
151.权利要求149或权利要求150的组合物，其中所述第一部分包含与所述第一寡核苷酸杂交的第二寡核苷酸。
152.权利要求151的组合物，其中所述第二部分包含与所述第一寡核苷酸杂交的第三寡核苷酸。
153.权利要求152的组合物，其中所述第一部分和所述第二部分彼此不同。
154.权利要求126的组合物，其中所述报告物区响应作用于所述第一核苷酸的聚合酶而在所述孔径内平移移动。
155.权利要求126或权利要求154的组合物，其中所述报告物区响应作用于所述第一核苷酸的聚合酶而在所述孔径内旋转移动。
156.权利要求126，权利要求154或权利要求155的组合物，其中所述报告物区响应作用于所述第一核苷酸的聚合酶而在所述孔径内构象性移动。
157.权利要求126或154-156中任一项的组合物，其中所述系链的所述伸长体包含合成聚合物。
158.权利要求154的组合物，其中所述系链的部分包含第一寡核苷酸。
159.权利要求158或权利要求159的组合物，其中所述第一寡核苷酸的无碱基核苷酸限定所述报告物区。
160.权利要求158或权利要求159的组合物，其中所述第一部分包含与所述第一寡核苷酸杂交的第二寡核苷酸。
161.权利要求160的组合物，其中所述第二寡核苷酸与第一个寡核苷酸的杂交将所述系链缩短第一量。
162.权利要求161的组合物，其中所述第一核苷酸基于响应将所述系链缩短所述第一量的通过所述孔径的电流或通量的变化或光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定。
163.方法，所述方法包含：
提供纳米孔，所述纳米孔包含第一侧，第二侧和延伸穿过所述第一侧和第二侧的孔径；
提供永久性系链，所述永久性系链包含头部区，尾部区和布置在它们之间的伸长体，所述头部区锚定到所述纳米孔的第一侧或第二侧或所述纳米孔的第一侧或第二侧附近，所述伸长体包含部分；
提供邻近所述纳米孔的第一侧布置的聚合酶；
提供包含第一伸长标签的第一核苷酸，所述第一伸长标签包含部分；
用聚合酶作用于所述第一核苷酸；并且
响应作用于所述第一核苷酸的所述聚合酶使所述第一部分与所述系链的部分相互作用。
164.权利要求163的方法，其中所述头部区通过共价键锚定到所述纳米孔的第一侧或第二侧或所述纳米孔的第一侧或第二侧附近。
165.权利要求163或权利要求164的方法，其中所述头部区锚定到所述纳米孔的所述第一侧。
166.权利要求163-165中任一项的方法，其中所述尾部区向所述纳米孔的第二侧自由延伸。
167.权利要求163-166中任一项的方法，其包括响应施加的电压在所述纳米孔的第一和第二侧之间移动所述尾部区。
168.权利要求163或权利要求164的方法，其中所述头部区锚定到所述纳米孔的第二侧。
169.权利要求168的方法，其中所述尾部区向所述纳米孔的第一侧自由延伸。
170.权利要求168或权利要求169的方法，其包括响应施加的电压在所述纳米孔的第一和第二侧之间移动所述尾部区。
171.权利要求163-170中任一项的方法，其中所述聚合酶与所述纳米孔的第一侧接触。
172.权利要求163-171中任一项的方法，其中所述聚合酶锚定到所述纳米孔的第一侧或所述纳米孔的第一侧附近。
173.权利要求163-172中任一项的方法，其中所述第一部分和所述系链的部分之间的相互作用限定双链体。
174.权利要求173的方法，其中所述纳米孔还包含布置在所述第一侧和所述第二侧之间的收缩部。
175.权利要求174的方法，其还包括通过对所述纳米孔的第一或第二侧或在所述纳米孔的第一或第二侧附近锚定所述头部区抑制所述双链体通过所述收缩部的移动。
176.权利要求174的方法，其中所述双链体足够大，从而抑制所述双链体通过所述收缩部的移动。
177.权利要求163-176中任一项的方法，其中所述第一核苷酸的第一伸长标签还包含第一报告物区。
178.权利要求177的方法，其包括响应所述第一部分与所述系链的所述部分相互作用而将所述第一报告物区布置在所述孔径内。
179.权利要求177或权利要求178的方法，其还包括在所述第一报告物区布置在所述孔径内时，测量通过所述孔径的电流或通量或光学信号。
180.权利要求179的方法，其中所述电流或通量或所述光学信号基于所述第一报告物区的电或通量阻断特征，并且其中所述第一核苷酸基于所述电流或通量或基于所述光学信号鉴定。
181.权利要求178的方法，所述方法还包括：
提供包含第二伸长标签的第二核苷酸，所述第二伸长标签包含第二部分；
用聚合酶作用于第二核苷酸；并且
响应作用于所述第二核苷酸的聚合酶使所述第二部分与所述系链的部分相互作用。
182.权利要求181的方法，其中所述第二伸长标签还包含第二报告物区。
183.权利要求182的方法，其还包括响应所述第二部分与所述系链的所述部分相互作用而将所述第二报告物区布置在所述孔径内。
184.权利要求183的方法，其还包括在所述第一报告物区布置在所述孔径内时测量通过所述孔径的第一电流或通量或第一光学信号，并且在所述第二报告物区布置在所述孔径内时测量通过所述孔径的第二电流或通量或第二光学信号。
185.权利要求184的方法，其中：
所述第一电流或通量或第一光学信号基于所述第一报告物区的第一电或通量阻断特征，
所述第一核苷酸基于所述第一电流或通量或第一光学信号鉴定，
所述第二电流或通量或第二光学信号基于所述第二报告物区的第二电或通量阻断特征，
所述第二核苷酸基于所述第二电流或通量或第二光学信号鉴定。
186.权利要求185的方法，其中所述第一和第二核苷酸基于所述第一电流或通量和第二电流或通量或基于所述第一和第二光学信号彼此单独区分。
187.权利要求181-186中任一项的方法，所述方法还包括响应作用于所述第一核苷酸的所述聚合酶从所述第一核苷酸切割所述第一伸长标签，并且响应作用于所述第二核苷酸的所述聚合酶从所述第二核苷酸切割所述第二伸长标签。
188.权利要求177或181-187中任一项的方法，其中所述系链的所述伸长体包含合成聚合物。
189.权利要求177或181-188中任一项的方法，其中所述系链的部分包含第一寡核苷酸。
190.权利要求189的方法，其中所述第一部分包含与所述第一寡核苷酸杂交的第二寡核苷酸。
191.权利要求190的方法，其中所述第二寡核苷酸的无碱基核苷酸限定所述报告物区。
192.权利要求190或权利要求191的方法，其中所述第二部分包含与所述第一寡核苷酸杂交的第三寡核苷酸。
193.权利要求192的方法，其中所述第一部分和所述第二部分彼此相同。
194.权利要求193或权利要求194的方法，其中所述系链的伸长体还包含报告物区。
195.权利要求194的方法，还包含响应所述第一部分与所述系链的部分的相互作用，将所述报告物相对于所述第一部分布置在预定位置。
196.权利要求194或195的方法，其还包括响应第一施加电压在所述孔径内平移移动所述报告物区。
197.权利要求196的方法，其中所述纳米孔还包含布置在所述第一侧和所述第二侧之间的收缩部。
198.权利要求197的方法，其中响应所述第一施加电压将所述报告物区平移移动到相对于所述收缩部的第一预定位置。
199.权利要求198的方法，其中所述报告物区的电或通量阻断特征不同于所述伸长体的另一区域的电或通量阻断特征。
200.权利要求198或权利要求199的方法，其还包括在所述报告物区布置在所述第一预定位置时测量通过所述孔径的电流或通量或光学信号。
201.权利要求200的方法，其中所述电流或通量或光学信号基于所述报告物区的电或通量阻断特征和所述报告物区的第一预定位置，并且其中所述第一核苷酸基于所述电流或通量或光学信号鉴定。
202.权利要求198或权利要求199的方法，其还包括响应所述第一施加电压而解离所述第一部分和所述系链的所述部分。
203.权利要求202的方法，其还包括响应所述第一部分和所述系链的部分的解离通过所述收缩部平移移动所述系链的部分。
204.权利要求203的方法，其还包括响应在所述第一施加电压后的第二施加电压使所述第一部分与所述系链的所述部分相互作用。
205.权利要求198-204中任一项的方法，其还包括提供包含第二伸长标签的第二核苷酸，所述第二伸长标签包含响应作用于所述第二核苷酸的所述聚合酶而与所述系链的所述部分相互作用的第二部分。
206.权利要求205的方法，其还包括响应所述第二部分与所述系链的部分的相互作用将所述报告物区布置在相对于所述第二部分的预定位置。
207.权利要求205或权利要求206的方法，其还包括响应第二施加电压在所述孔径内平移移动所述报告物区。
208.权利要求207的方法，其中所述纳米孔还包含布置在所述第一侧和所述第二侧之间的收缩部。
209.权利要求208的方法，其中响应所述第二施加电压将所述报告物区平移移动到相对于所述收缩部的第二位置。
210.权利要求209的方法，其中所述报告物区的电或通量阻断特征不同于所述伸长体的另一区域的电或通量阻断特征。
211.权利要求209或权利要求210的方法，所述方法还包括在所述报告物区响应所述第一施加电压而布置在所述第一位置时测量通过所述孔径的第一电流或通量或第一光学信号，以及在所述报告物区响应所述第二施加电压而布置在所述第二位置时测量通过所述孔径的第二电流或通量或第二光学信号。
212.权利要求211的方法，其中：
所述第一电流或通量或第一光学信号基于所述报告物区的电或通量阻断特征和所述报告物区的第一预定位置，
所述第一核苷酸基于所述第一电流或通量或第一光学信号鉴定，
所述第二电流或通量或第二光学信号基于所述报告物区的电或通量阻断特征和所述报告物区的第二预定位置，以及
所述第二核苷酸基于所述第二电流或通量或第二光学信号鉴定。
213.权利要求212的方法，其中所述第一和第二核苷酸基于所述第一电流或通量和第二电流或通量或基于所述第一和第二光学信号彼此单独区分。
214.权利要求211-213中任一项的方法，其中所述第一电压和第二电压具有彼此相同的幅度，并且所述第二电压在所述第一电压后。
215.权利要求205-214中任一项的方法，其中所述第一伸长标签响应作用于所述第一核苷酸的所述聚合酶而从所述第一核苷酸切割，并且其中所述第二伸长标签响应作用于所述第二核苷酸的所述聚合酶而从所述第二核苷酸切割。
216.权利要求205-215中任一项的方法，其中所述系链的所述伸长体包含合成聚合物。
217.权利要求205-215中任一项的方法，其中所述系链的部分包含第一寡核苷酸。
218.权利要求217的方法，其中所述第一寡核苷酸的无碱基核苷酸限定所述报告物区。
219.权利要求217-218中任一项的方法，其中所述第一部分包含与所述第一寡核苷酸杂交的第二寡核苷酸。
220.权利要求219的方法，其中所述第二部分包含与所述第一寡核苷酸杂交的第三寡核苷酸。
221.权利要求220的方法，其中所述第一部分和所述第二部分彼此不同。
222.权利要求194的方法，其中所述报告物区响应作用于所述第一核苷酸的聚合酶而在所述孔径内平移移动。
223.权利要求194或权利要求222的方法，其中所述报告物区响应作用于所述第一核苷酸的所述聚合酶而在所述孔径内旋转移动。
224.权利要求194，权利要求222或权利要求223的方法，其中所述报告物区响应作用于所述第一核苷酸的所述聚合酶而在所述孔径内构象性移动。
225.权利要求194或222-224中任一项的方法，其中所述系链的所述伸长体包含合成聚合物。
226.权利要求194或222-224中任一项的方法，其中所述系链的所述部分包含第一寡核苷酸。
227.权利要求226的方法，其中所述第一寡核苷酸的无碱基核苷酸限定所述报告物区。
228.权利要求226或权利要求227的方法，其中所述第一部分包含与所述第一寡核苷酸杂交的第二寡核苷酸。
229.权利要求228的方法，其中所述第二寡核苷酸与所述第一寡核苷酸的杂交使所述系链缩短第一量。
230.权利要求229的方法，其中所述第一核苷酸基于响应将所述系链缩短所述第一量的通过所述孔径的电流或通量的变化或光学信号的测量幅度或时间持续或两者鉴定。
231.权利要求163的方法，其中所述第一核苷酸的第一伸长标签进一步包含第一荧光共振能量转移(FRET)对配偶体，并且其中所述系链还包含第二FRET对配偶体。
232.权利要求231的方法，其中所述第一FRET对配偶体和所述第二FRET对配体响应作用于所述第一核苷酸的所述聚合酶而彼此相互作用，所述方法还包含检测响应所述第一FRET对配偶体和所述第二FRET对配体之间的相互作用发射的第一波长。
233.权利要求232的方法，其还包括提供包含第二伸长标签的第二核苷酸，所述第二伸长标签包含第三荧光共振能量转移(FRET)对配偶体。
234.权利要求233的方法，其中所述第三FRET对配偶体和所述第二FRET对配体响应作用于所述第二核苷酸的所述聚合酶而彼此相互作用，所述方法还包括检测响应所述第三FRET对配偶体和所述第二FRET对配体之间的相互作用发射的第二波长。
235.权利要求234的方法，其中所述第一和第二核苷酸基于所述第一和第二波长彼此单独区分。
236.权利要求95的组合物，其中所述第一核苷酸的第一伸长标签还包含第一荧光共振能量转移(FRET)对配偶体，并且其中所述系链还包含第二FRET对配偶体。
237.权利要求236的组合物，其中所述第一FRET对配偶体和所述第二FRET对配体响应作用于所述第一核苷酸的所述聚合酶而彼此相互作用，响应所述第一FRET对配偶体与所述第二FRET对配偶体之间的相互作用发射的第一波长可以是检测的。
238.权利要求237的组合物，其还包括包含第二伸长标签的第二核苷酸，所述第二伸长标签包含第三荧光共振能量转移(FRET)对配偶体。
239.包含权利要求238的组合物的系统，其中所述第三FRET对配偶体和所述第二FRET对配偶体响应作用于所述第二核苷酸的所述聚合酶而彼此相互作用，所述系统包含光学检测系统，其配置为检测响应所述第三FRET对配偶体和所述第二FRET对配偶体之间的相互作用发射的第二波长。
240.权利要求239的系统，其中所述第一和第二核苷酸基于所述第一和第二波长彼此单独区分。
241.组合物，所述组合物包含：
纳米孔，所述纳米孔包含第一侧，第二侧和延伸穿过所述第一侧和第二侧的孔径；
永久性系链，所述永久性系链包含头部区，尾部区和布置在它们之间的伸长体，所述头部区锚定到聚合酶，所述伸长体包含部分；
所述聚合酶邻近所述纳米孔的第一侧布置；和
包含第一伸长标签的第一核苷酸，所述第一伸长标签包含响应作用于所述第一核苷酸的聚合酶而与所述系链的所述部分相互作用的第一部分。
242.权利要求241的组合物，其中所述尾部区包含第一核酸。
243.权利要求242的组合物，其还包含与所述第一核酸杂交的第二核酸。
244.权利要求243的组合物，所述头部区布置在所述纳米孔的第一侧上，所述尾部区布置在所述第二侧上。
245.权利要求244的组合物，其中所述头部区锚定到所述聚合酶。
246.权利要求245的组合物，其中所述第一核酸和所述第二核酸之间的相互作用限定双链体。
247.权利要求246的组合物，其中所述纳米孔还包含布置在所述第一和第二侧之间的收缩部。
248.权利要求247的组合物，其中所述双链体足够大，从而抑制所述双链体通过所述收缩部的移动。
249.权利要求248的组合物，其中包含所述双链体的所述系链抑制所述聚合酶与所述纳米孔分开。
250.系统，所述系统包含权利要求249的组合物和测量电路，所述测量电路配置为测量通过所述收缩部的电流或通量或光学信号。
251.权利要求250的系统，其中所述电流或通量基于所述第一部分，并且其中所述第一核苷酸基于所述电流或通量或基于所述光学信号鉴定。
252.权利要求250的系统，其中所述第一伸长标签或所述伸长体还包含报告物区，其中所述电流或通量或光学信号基于布置在所述孔径内的所述报告物区，并且其中所述第一核苷酸基于所述电流或通量或基于所述光学信号鉴定。
253.方法，所述方法包含：
提供纳米孔，所述纳米孔包含第一侧，第二侧和延伸穿过所述第一侧和第二侧的孔径；
提供永久性系链，所述永久性系链包含头部区，尾部区和布置在它们之间的伸长体，所述头部区锚定到聚合酶，所述伸长体包含部分；
提供邻近所述纳米孔的第一侧布置的所述聚合酶；
提供包含第一伸长标签的第一核苷酸，所述第一伸长标签包含部分；
用聚合酶作用于所述第一核苷酸；并且
响应作用于所述第一核苷酸的聚合酶，使所述第一部分与所述系链的部分相互作用。
254.权利要求253的方法，其中所述尾部区包含第一核酸。
255.权利要求254的方法，其还包括将第二核酸与所述第一核酸杂交。
256.权利要求255的方法，其包括将所述头部区布置在所述纳米孔的第一侧上，并且将所述尾部区布置在所述第二侧上。
257.权利要求256的方法，其还包括将头部区锚定到所述聚合酶。
258.权利要求257的方法，其中所述第一核酸和所述第二核酸之间的相互作用限定双链体。
259.权利要求258的方法，其中所述纳米孔还包含布置在所述第一侧和所述第二侧之间的收缩部。
260.权利要求259的方法，其还包括通过所述双链体的尺寸抑制所述双链体通过所述收缩部的移动。
261.权利要求260的方法，其还包括通过包含所述双链体的系链抑制所述聚合酶与所述纳米孔分开。
262.权利要求261的方法，其还包括测量通过所述收缩部的电流或通量或光学信号。
263.权利要求262的方法，其中所述电流或通量或光学信号基于所述第一部分，所述方法还包括基于所述电流或通量或基于所述光学信号鉴定所述第一核苷酸。
264.权利要求262的方法，其中所述第一伸长标签或所述伸长体还包含报告物区，其中所述电流或通量或光学信号基于布置在所述孔径内的所述报告物区，所述方法还包括基于所述电流或通量或基于所述光学信号鉴定所述第一核苷酸。
265.制备纳米孔测序装置的方法，其包含：
提供腔室，所述腔室包含通过纳米孔与第二液体介质分开的第一液体介质，所述纳米孔包含与所述第一液体介质接触的第一侧，与所述第二液体介质接触的第二侧，以及延伸穿过所述第一和第二侧的孔径；
向所述第一液体培养基提供聚合酶，其中所述聚合酶包含系链，所述系链包含头部区，尾部区和布置在它们之间的伸长体，所述头部区锚定于所述聚合酶；
向所述第二液体介质提供捕获部分；
施加通过所述纳米孔的电流或通量以使所述系链的尾部区移位通过所述纳米孔；并且
将所述捕获部分结合到所述系链的尾部区，从而将所述系链保持在所述纳米孔中。
266.权利要求265的方法，其中所述系链包含核酸。
267.权利要求265的方法，其中所述尾部区包含核酸。
268.权利要求267的方法，其中所述捕获部分包含与所述尾部区的核酸互补的核酸。
269.权利要求265的方法，其中所述捕获部分共价结合到所述尾部区。
270.权利要求269的方法，其中所述捕获部分非共价结合到所述尾部区。
271.权利要求1的组合物，其还包含布置在所述第一侧上的聚合酶，所述头部区锚定到所述聚合酶。
272.权利要求271的组合物，其还包含各自与所述聚合酶接触的第一核苷酸和第一和第二多核苷酸，所述聚合酶配置为基于所述第二多核苷酸的序列将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸。
273.权利要求272的组合物，所述聚合酶经修饰而响应将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸来延迟焦磷酸盐的释放。
274.权利要求273的组合物，其中所述聚合酶包含经修饰的重组Ф29，B103，GA-1，PZA，Φ15，BS32，M2Y，Nf，G1，Cp-1，PRD1，PZE，SF5，Cp-5，Cp-7，PR4，PR5，PR722或L17聚合酶。
275.权利要求274的组合物，其中所述聚合酶包含具有选自下组的至少一个氨基酸取代或取代组合的经修饰的重组Ф29DNA聚合酶：在位置484的氨基酸取代，在位置198的氨基酸取代和在位置381的氨基酸取代。
276.权利要求274的组合物，其中所述聚合酶包含具有选自下组的至少一个氨基酸取代或取代组合的经修饰的重组Ф29DNA聚合酶：E375Y，K512Y，T368F，A484E，A484Y，N387L，T372Q，T372L，K478Y，1370W，F198W和L381A。
277.权利要求48的方法，其还包括在所述第一侧上布置聚合酶，所述头部区锚定到所述聚合酶。
278.权利要求277的方法，其进一步使所述聚合酶与第一核苷酸以及与第一和第二多核苷酸接触，所述聚合酶基于所述第二多核苷酸的序列将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸。
279.权利要求278的方法，所述聚合酶经修饰而响应将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸来延迟焦磷酸盐的释放。
280.权利要求279的方法，其中所述聚合酶包含经修饰的重组Ф29，B103，GA-1，PZA，Φ15，BS32，M2Y，Nf，G1，Cp-1，PRD1，PZE，SF5，Cp-5，Cp-7，PR4，PR5，PR722或L17聚合酶。
281.权利要求279的方法，其中所述聚合酶包含具有选自下组的至少一个氨基酸取代或取代组合的经修饰的重组Ф29DNA聚合酶：在位置484的氨基酸取代，在位置198的氨基酸取代，和在位置381的氨基酸取代。
282.权利要求279的方法，其中所述聚合酶包含具有选自下组的至少一个氨基酸取代或取代组合的经修饰的重组Ф29DNA聚合酶：E375Y，K512Y，T368F，A484E，A484Y，N387L，T372Q，T372L，K478Y，1370W，F198W和L381A。
283.权利要求95的组合物，其还包含与聚合酶接触的第一和第二多核苷酸，所述聚合酶配置为基于所述第二多核苷酸的序列将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸。
284.权利要求283的组合物，所述聚合酶经修饰而响应将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸来延迟焦磷酸盐的释放。
285.权利要求284的组合物，其中所述聚合酶包含经修饰的重组Ф29，B103，GA-1，PZA，Φ15，BS32，M2Y，Nf，G1，Cp-1，PRD1，PZE，SF5，Cp-5，Cp-7，PR4，PR5，PR722或L17聚合酶。
286.权利要求284的组合物，其中所述聚合酶包含具有选自下组的至少一个氨基酸取代或取代组合的经修饰的重组Ф29DNA聚合酶：在位置484的氨基酸取代，在位置198的氨基酸取代和在位置381的氨基酸取代。
287.权利要求284的组合物，其中所述聚合酶包含具有选自下组的至少一个氨基酸取代或取代组合的经修饰的重组Ф29DNA聚合酶：E375Y，K512Y，T368F，A484E，A484Y，N387L，T372Q，T372L，K478Y，1370W，F198W和L381A。
288.权利要求283的组合物，其中所述第一部分和所述系链的部分配置为彼此杂交，以形成发夹结构。
289.系统，所述系统包含权利要求288的组合物和电压源，所述电压源配置为在所述第一侧和第二侧间施加电压。
290.权利要求289的系统，其中所述第一部分和所述系链的所述部分配置为在两步过程中响应所述电压而彼此去杂交。
291.权利要求283的组合物，所述第一伸长标签还包含第二部分，所述组合物还包含锚定到所述纳米孔的第一侧或第二侧或所述纳米孔的第一侧或第二侧附近的第三部分，所述第二部分和所述第三部分响应将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸而相互作用。
292.系统，所述系统包含权利要求291的组合物和电压源，所述电压源配置为在所述第一侧和第二侧间施加电压。
293.权利要求292的系统，其中所述第一部分和所述系链的所述部分配置为响应第一过程中的电压而彼此分开，并且其中所述第二部分和所述第三部分配置为响应第二过程中的电压而彼此分开。
294.权利要求135的方法，其还包括在所述第一侧上布置聚合酶，所述头部区锚定到所述聚合酶。
295.权利要求294的方法，其进一步使所述聚合酶与第一核苷酸以及与第一和第二多核苷酸接触，所述聚合酶基于所述第二多核苷酸的序列将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸。
296.权利要求295的方法，所述聚合酶经修饰而响应将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸来延迟焦磷酸盐的释放。
297.权利要求296的方法，其中所述聚合酶包含经修饰的重组Ф29，B103，GA-1，PZA，Φ15，BS32，M2Y，Nf，G1，Cp-1，PRD1，PZE，SF5，Cp-5，Cp-7，PR4，PR5，PR722或L17聚合酶。
298.权利要求296的方法，其中所述聚合酶包含具有选自下组的至少一个氨基酸取代或取代组合的经修饰的重组Ф29DNA聚合酶：在位置484的氨基酸取代，在位置198的氨基酸取代，和在381位的氨基酸取代。
299.权利要求296的方法，其中所述聚合酶包含具有选自下组的至少一个氨基酸取代或取代组合的经修饰的重组Φ29DNA聚合酶：E375Y，K512Y，T368F，A484E，A484Y，N387L，T372Q，T372L，K478Y，1370W，F198W和L381A。
300.权利要求135的方法，其中所述第一部分和所述系链的所述部分彼此杂交，以形成发夹结构。
301.权利要求300的方法，其还包括在所述第一侧和所述第二侧间施加电压。
302.权利要求301的方法，其中所述第一部分和所述系链的部分响应两步过程中的电压而彼此去杂交。
303.权利要求135的方法，所述第一伸长标签进一步包含第二部分，第三部分，所述第三部分锚定到所述纳米孔的第一侧或第二侧或所述纳米孔的第一侧或第二侧附近，所述第二部分和所述第三部分响应将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸而相互作用。
304.权利要求303的方法，其还包括在所述第一侧和所述第二侧间施加电压。
305.权利要求304的方法，其中所述第一部分和所述系链的部分响应第一过程中的电压而彼此分开，并且其中所述第二部分和所述第三部分响应第二过程中的电压而彼此分开。
306.权利要求1的组合物，其还包含布置在所述第一侧上的聚合酶，所述头部区锚定到所述聚合酶。
307.权利要求306的组合物，其还包含各自与所述聚合酶接触的第一核苷酸和第一和第二多核苷酸，所述聚合酶配置为基于所述第二多核苷酸的序列将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸。
308.权利要求307的组合物，所述第一核苷酸与可逆终止剂偶联，所述可逆终止剂抑制所述聚合酶向所述第一多核苷酸添加第二核苷酸。
309.权利要求308的组合物，其中所述可逆终止剂通过暴露于光或热能切割。
310.权利要求309的组合物，其中所述可逆终止剂通过吸收来自所述光的热能切割。
311.权利要求309的组合物，其中所述可逆终止剂通过由所述光诱导的光化学反应切割。
312.权利要求308的组合物，其中所述可逆终止剂通过与化学剂的反应切割。
313.权利要求312的组合物，其还包含所述化学剂的来源。
314.权利要求313的组合物，其中所述可逆终止剂布置在所述第一侧上，其中所述化学剂的来源布置在所述第二侧上，使得所述化学剂通过所述孔径从所述第二侧移动到所述第一侧。
315.权利要求312的组合物，其中所述可逆终止剂包含叠氮基甲基(CH2N3)，并且其中所述化学剂包含THP。
316.包含权利要求306的组合物的装置，其中所述组合物存在于流动池中，并且所述流动池配置为补充与所述聚合酶接触的试剂。
317.权利要求48的方法，其中聚合酶布置在所述第一侧上，所述头部区锚定到所述聚合酶。
318.权利要求317的方法，其进一步使所述聚合酶与第一核苷酸以及与第一和第二多核苷酸接触，所述聚合酶基于所述第二多核苷酸的序列将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸。
319.权利要求318的方法，所述第一核苷酸与可逆终止剂偶联，所述方法还包含通过所述可逆终止剂抑制所述聚合酶向所述第一多核苷酸添加第二核苷酸。
320.权利要求319的方法，所述方法还包括通过暴露于光或热来切割所述可逆终止剂。
321.权利要求320的方法，其包括通过吸收来自所述光的热切割所述可逆终止剂。
322.权利要求320的方法，其包括通过由所述光诱导的光化学反应切割所述可逆终止剂。
323.权利要求318的方法，所述方法还包含通过与化学剂反应切割所述可逆终止剂。
324.权利要求323的方法，其还包含提供所述化学剂来源。
325.权利要求324的方法，其还包含使流体流过所述聚合酶以除去所述化学剂。
326.权利要求325的方法，其还包含通过流体流向所述聚合酶提供新试剂。
327.权利要求326的方法，其中所述可逆终止剂布置在所述第一侧上，并且其中所述化学剂来源布置在所述第二侧上，所述方法包括通过孔径将所述化学剂从所述第二侧移动到所述第一侧。
328.权利要求323的方法，其中所述可逆终止剂包含叠氮基甲基(CH2N3)，并且其中所述化学剂包含THP。
329.权利要求95的组合物，其还包含与所述聚合酶接触的第一和第二多核苷酸，所述聚合酶配置为基于所述第二多核苷酸的序列将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸。
330.权利要求329的组合物，所述第一伸长标签还包含可逆终止剂，所述可逆终止剂抑制所述聚合酶向所述第一多核苷酸添加第二核苷酸。
331.权利要求330的组合物，其中所述可逆终止剂通过暴露于光或热能切割。
332.权利要求331的组合物，其中所述可逆终止剂通过吸收来自所述光的热能切割。
333.权利要求331的组合物，其中所述可逆终止剂通过由所述光诱导的光化学反应能切割。
334.权利要求330的组合物，其中所述可逆终止剂通过与化学剂的反应能切割。
335.权利要求334的组合物，其还包含所述化学剂的来源。
336.权利要求335的组合物，其中所述可逆终止剂布置在所述第一侧上，其中所述化学剂的来源布置在所述第二侧上，使得所述化学剂通过所述孔径从所述第二侧移动到所述第一侧。
337.权利要求334的组合物，其中所述可逆终止剂包含叠氮基甲基(CH2N3)，并且其中所述化学剂包含THP。
338.包含权利要求329的组合物的装置，其中所述组合物存在于流动池中，并且所述流动池配置为补充与所述聚合酶接触的试剂。
339.权利要求135的方法，其还包括在所述第一侧上布置聚合酶，所述头部区锚定到所述聚合酶。
340.权利要求339的方法，其进一步使所述聚合酶与第一核苷酸以及与第一和第二多核苷酸接触，所述聚合酶基于所述第二多核苷酸的序列将所述第一核苷酸添加到所述第一多核苷酸。
341.权利要求340的方法，所述第一伸长标签包含可逆终止剂，所述方法还包含通过所述可逆终止剂抑制所述聚合酶向所述第一多核苷酸添加第二核苷酸。
342.权利要求341的方法，所述方法还包括通过暴露于光或热来切割所述可逆终止剂。
343.权利要求342的方法，其包括通过吸收来自所述光的热来切割可逆终止剂。
344.权利要求342的方法，其包括通过由所述光诱导的光化学反应切割所述可逆终止剂。
345.权利要求341的方法，所述方法还包括通过与化学剂反应切割所述可逆终止剂。
346.权利要求345的方法，其还包含提供所述化学剂的来源。
347.权利要求346的方法，其中所述可逆终止剂布置在所述第一侧上，并且其中所述化学剂的来源布置在所述第二侧上，所述方法包括通过所述孔将所述化学剂从所述第二侧移动到所述第一侧。
348.权利要求345的方法，其中所述可逆终止剂包含叠氮基甲基(CH2N3)，并且其中所述化学剂包含THP。
349.权利要求339的方法，其还包括使流体流过所述聚合酶以除去所述化学剂。
350.权利要求349的方法，其还包含通过流体流向所述聚合酶提供新试剂。