不同致泻大肠埃希氏菌多通道荧光定量PCR检测技术的制作方法

文档序号:17423408发布日期:2019-04-17 02:32阅读:499来源:国知局
本发明属于食品及其相关物品的微生物检测领域,涉及pcr技术,尤其是涉及不同致泻大肠埃希氏菌多通道荧光定量pcr检测技术。
背景技术
:致泻大肠埃希氏菌(diarrheagenicescherichiacoli)是一类能引起腹泻为主的大肠埃希氏菌,可以经过污染的食物导致人体发病。常见的致泻大肠埃希氏菌主要包括肠道致病性大肠埃希氏菌(enteropathogenicescherichiacoli,epec)、肠道侵袭性大肠埃希氏菌(enteroinvasiveescherichiacoli,eiec)、产肠毒素大肠埃希氏菌(enterotoxigenicescherichiacoli,etec)、产志贺毒素大肠埃希氏菌(shigatoxin-producingescherichiacoli,stec)、及肠道集聚性大肠埃希氏菌(enteroaggregativeescherichiacoli,eaec)等,其中stec包括肠道出血性大肠埃希氏菌(enterohemorrhagicescherichiacoli,ehec)。不同种的致泻大肠埃希氏菌具有不同的特征基因,如表1所示:表1五种致泻大肠埃希氏菌特征基因目前大肠埃希氏菌的pcr确定试验,主要是取生化反应符合大肠埃希氏菌特征的菌落进行多次的pcr确认试验,每个样品的初筛需要配置十余个pcr扩增反应体系,对应检测不同目标基因,同时该方法需凝胶电泳后通过查找不同目标条带种类及组合,确定大肠埃希氏菌种类,耗费人力并容易导致污染,因而有必要发展新的检测方法,实现对大肠埃希氏菌的快速诊断鉴定。技术实现要素:为了解决现有技术中存在的问题,本发明的目的是提供一种不同致泻大肠埃希氏菌多通道荧光定量pcr检测技术,同时在相同的热循环条件下快速的检测多个基因。为了实现本发明目的,本发明的技术方案如下:1)制备致泻大肠埃希氏菌,作为待检测样品模板;具体方式为使用1μl接种环刮取营养琼脂平板或斜面上培养18h~24h的菌落,悬浮在200μl0.85%灭菌生理盐水中,充分打散制成菌悬液,于13000r/min离心3min,弃掉上清液;加入1ml灭菌去离子水充分混匀菌体,于100℃水浴或者金属浴维持10min,冰浴冷却后,13000r/min离心3min,收集上清液;按1∶10的比例用灭菌去离子水稀释上清液,取2μl作为荧光定量pcr检测的模板;所有处理后的dna模板直接用于荧光定量pcr反应或暂存于4℃并当天进行荧光定量pcr反应;否则,应在-20℃以下保存备用(1周内);2)在包含上下游扩增引物、探针等的反应体系中进行多重荧光定量pcr扩增;每个样品2个荧光定量pcr反应体系,对应检测8个目标基因,2个反应体系的引物如下表:3)扩增过程中,配置好的反应体系置于荧光定量pcr仪器中,按照反应程序,荧光定量pcr仪自动采集扩增产物的荧光信号;反应体系25μl,配置方式如下:taqmanpcrmastermix12.5μl上下游扩增引物各10pmol探针2pmol模板2.5μlddh2o补足至25μl将配置好的反应体系置于荧光定量pcr仪器中,扩增条件:第一阶段:95℃下预变性30s;第二阶段:40次循环:95℃变性5s,55℃退火20s,72℃收集荧光15s。在第二阶段的退火步骤结束时,收集记录发光信号。5)结果分析,测定样品基因检测有对应荧光增幅现象,且ct值小于或等于36,则判定样品含有此荧光信号,根据体系1和体系2中的荧光信号判定致泻大肠埃希氏菌种类。产肠毒素大肠埃希氏菌:体系1中存在fam、cy5荧光信号一种或两种;肠道集聚性大肠埃希氏菌:体系1中存在rox荧光信号;肠道侵袭性大肠埃希氏菌:体系2中存在fam荧光信号;肠道致病性大肠埃希氏菌:体系2中存在rox荧光信号;产志贺毒素大肠埃希氏菌/肠道出血性大肠埃希氏菌:体系2中存在cy5荧光信号。具体实施方式:本发明提供的不同致泻大肠埃希氏菌多通道荧光定量pcr检测技术,其确定过程如下:1.细菌株:肠道致病性大肠埃希氏菌(enteropathogenicescherichiacoli,epec)、肠道侵袭性大肠埃希氏菌(enteroinvasiveescherichiacoli,eiec)、产肠毒素大肠埃希氏菌(enterotoxigenicescherichiacoli,etec)、产志贺毒素大肠埃希氏菌(shigatoxin-producingescherichiacoli,stec)、及肠道集聚性大肠埃希氏菌(enteroaggregativeescherichiacoli,eaec),其中stec包括肠道出血性大肠埃希氏菌(enterohemorrhagicescherichiacoli,ehec)。2.主要试剂与设备:2×hotstarttaqpcrmastermix;lightcycle480荧光定量pcr仪等3.菌群的扩增方法如下:使用1μl接种环刮取营养琼脂平板或斜面上培养18h~24h的菌落,悬浮在200μl0.85%灭菌生理盐水中,充分打散制成菌悬液,于13000r/min离心3min,弃掉上清液。加入1ml灭菌去离子水充分混匀菌体,于100℃水浴或者金属浴维持10min,冰浴冷却后,13000r/min离心3min,收集上清液;按1∶10的比例用灭菌去离子水稀释上清液,取2μl作为荧光定量pcr检测的模板;所有处理后的dna模板直接用于荧光定量pcr反应或暂存于4℃并当天进行荧光定量pcr反应。4.阴性对照、空白对照的设计:以非致泻性大肠埃希氏菌为阴性对照,以ddh2o为空白对照。5.实时荧光定量pcr反应体系如下,每个样品做2个平行对照,加样时应使dna溶液完全加入体系中,不要黏附于管壁:taqmanpcrmastermix12.5μl上下游扩增引物各10pmol探针2pmol模板2.5μl水补足至25μl6.仪器设置:设定样品名称、对应的荧光基团和淬灭基团的种类、荧光信号收集等,设置pcr反应参数。7.pcr反应运行:按照预先设置的样品摆放顺序,将pcr反应管依次摆放,并运行反应程序。当前第1页12
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