包含具有非经典生物活性的组氨酰-tRNA合成酶剪接变异体的组合物及方法_3

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图13显示HRS-SV11C-末端的半胱氨酸(Cys)残基的突变消除了所述保护功能。 图 13A显示,HRS-SV11(SEQIDN0:29)包含三个Cys残基(C117、C169 和C171)。其中,如多 种HRS序列(SEQIDN0:16 至SEQIDN0:24 和SEQIDN0:29)的第 112 位氨基酸至约 171 位氨基酸的比对所示,C117和C171 (图13A,箭头所示)是在不同物种中高度保守的。如图 13B所示,C2S(C169和C171突变成丝氨酸残基)和delC(缺失末尾的3位氨基酸,包括C169 和C171)突变体多为单体,而C117S突变体多为二聚体。野生型HRS-SV11在单体和二聚体 之间有一个峰,表明这两种形式之间有非常动态的转换。如图13C所示,C169和C171突变 成丝氨酸残基(HRS-SV11_C2S)或缺失末尾的三位氨基酸(包括C169和C171(HRS-SV11_ delC)),消除了HRS-SV11的神经保护功能,这提示这些半胱氨酸的关键作用。**p〈0.01。
[0076] 图14显示,抑制JAK2、JNK和p38抑制了HRS-SV11的神经保护作用。如图14A-B 所示,HRS-SV11在PC12细胞中的神经保护作用可通过10iiMSB202190对JNK和10iiM SP600125对p38的共同抑制作用而被抑制(图14A),或通过40iiMAG490抑制JAK2而被 抑制(图14B)。图14B还显示,HRS-SV11的神经保护作用并没有经由U73122抑制磷脂酶 C(PLC)或牛蒡甙元抑制MKK而被抑制。图14C和图14D显示,皮层神经元有类似的观察结 果。数据为三个独立实验的平均值土S.D.。*p〈0. 05, #p〈0. 01。
[0077] 图15显示,HRS-SV11结合到表达CCR5的HEK293T细胞上,但没有结合到表达CCR1 的细胞或未转染的细胞上。如图15A和图15B所示,HRS-SV11不结合HEK293T细胞(图 15A),但结合表达CCR5的HEK293T细胞(图15B)。如图15C所示,用Met-RANTES预处理细 胞不影响HRS-SV11与表达CCR-5的细胞的结合。图1?显示,由于在表达CCR1的细胞上 没有观察到结合,因而这种结合是CCR5特异性的。对照细胞仅用FITC-His抗体进行孵育。
[0078] 图16显示HRS-SV14剪接变异体的识别和HRS-SV14的神经保护作用。图16A显示 在人胎儿脑cDNA中的人HRS新的剪接变异体(箭头所示)的识别。如图16A和图16B所 示,克隆和测序揭示,该HRS剪接变异体由野生型HRS转录本的外显子4至外显子10的跳跃 而产生(SEQIDNO:24至SEQIDNO:28按从图16B的上部到下部排列)。在蛋白质水平, 预测HRS-SV14蛋白包含WHEP结构域、反密码子结合结构域和氨酰化结构域的第一个基序 (见图16C)。图16D显示,预处理24小时后,HRS-SV14保护PC12细胞免于6-0HDA诱导的 神经元死亡;所述效果与HRS-SV11相当。数据为三个独立实验的平均值土S.D.。*p〈0. 05。
[0079] 图17显示在不同组织和细胞系中检测HRS-SV11和SV14转录本。此图显示位于 HARS外显子2和外显子12侧翼的PCR产物的电泳结果,所述HARS来自成人大脑、胎儿大 脑、肺、骨骼肌组织和頂R32、Jurkat和THP-1细胞的cDNA。如水平箭头所示,HRS-SV11存 在于除胎儿大脑以外的所有样品中。如斜箭头所示,在人类胎儿大脑、肺、骨骼肌、Jurkat细 胞和THP-1细胞中检测到HRS-SV14。
[0080] 图18显示HRS-SV11重组蛋白的保护作用并非来自于非蛋白污染物。图18A显示 重组HRS-SV11蛋白制剂在进行或不进行蛋白酶K消化的情况下的考马斯亮蓝染色结果; 与未经处理的HRS-SV11制剂(箭头指示HRS-SV11重组蛋白)相比,在蛋白酶K处理的 HRS-SV11制剂中,没有检测到可见的蛋白质条带。如图18B和图18C所示,用蛋白酶K消化 的HRS-SV11预处理皮层神经元(图18B)和PC12细胞(图18C),消除了其抗6-0HDA的保 护作用。tBHQ作为阳性对照。NS表示无显著性。数据为三个独立实验的平均值土S.D.。 *p〈0. 05, **p〈0. 01。
[0081] 图19显示,SV9抑制单核细胞(THP-1细胞)向CCL5的迁移。
[0082] 图20显示,SV9抑制THP-1细胞向CCL-23的CCR1介导的迁移。
[0083] 图21显示,SV9激活巨噬细胞TLRs。LPS为阳性对照。
[0084]图 22A和图 22B显示,SV9 激活TLR2 (22A)和TLR4 (22B),但优先激活TLR4。
[0085] 图23显示,SV9刺激单核细胞(THP-1)中MIP-1 a的分泌。
[0086] 发明的详细描述
[0087] 除非另有专门说明,本发明的实施将采用本领域内分子生物学和重组DNA技 术的常规方法,下面介绍其中的很多方法以供说明。这些技术在文献中都进行了充分 说明。参见,例如,Sambrooketal.,MolecularCloning:ALaboratoryManual(分 子克隆实验指南)2ndEdition, 1989(第二版,1989 年);Maniatisetal.,Molecular Cloning:ALaboratoryManual(分子克隆实验指南)(1982 年);DNACloning:A PracticalApproach(DNA克隆实践指南),Vol.I&II(D.Glovered.) ;01igonucleotide Synthesis(寡核苷酸合成)(N.Gaited.,1984);NucleicAcidHybridization(核酸杂 交)(B.Hames&S.Higginsed, 1985);TranscriptionandTranslation(转录和番羽译) (B.Hames&SHigginsed.,1984);AnimalCellCulture(动物细胞培养)(R.Freshney ed.,1986);APracticalGuidetoMolecularCloning(分子克隆实用指南)(B.Perbal ed.,1984)。
[0088] 本文所引用的所有出版物、专利和专利申请的全部内容通过引用并入本文。
[0089]定义
[0090] 除非另有定义,否则,本文所用的所有的技术术语和科学术语与本发明所属技术 领域的普通技术人员通常理解的含义相同。虽然类似于或等同于本文所述方法和材料的任 何方法和材料都可用于本发明的实践或测试中,但还是描述了优选的方法和材料。根据本 发明的目的,下面定义下列术语。
[0091] 如本说明书和所附权利要求所用的,除非上下文另有明确规定,单数形式"a( - 个)"、"an(-个)"包括复数引用。举例来说,"元件(anelement)"是指一个元件或一个 以上的元件。
[0092] "约"是指变化量高达参考数量、水平、值、数字、频率、百分比、尺寸、大小、量、重量 或长度的30%、25%、20%、25%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%或1%的数量、 水平、值、数字、频率、百分比、尺寸、大小、量、重量或长度。
[0093] "激动剂"是指强化或模拟HRS的非经典生物活性的分子。激动剂可以包括蛋白 质、核酸、碳水化合物、小分子或通过与HRS或其结合伴侣直接相互作用或通过作用于HRS 参与的生物途径的组分而调节HRS活性的任何其他化合物或组合物。包括部分激动剂和完 全激动剂。
[0094] 术语"拮抗剂"是指抑制或削弱HRS的非经典生物活性的分子。拮抗剂可以包括 诸如抗体的蛋白质、核酸、碳水化合物、小分子或通过与HRS或其结合伴侣直接相互作用或 通过作用于HRS参与的生物途径的组分而调节HRS或其结合伴侣活性的任何其他化合物或 组合物。包括部分和完全拮抗剂。
[0095] "编码序列"是指对基因的多肽产物的编码有贡献的任何核酸序列。相反,术语"非 编码序列"是指对基因的多肽产物的编码没有贡献的任何核酸序列。
[0096] 除非上下文另有要求,贯穿本说明书始终,短语"包含(comprise) "、"包含 (comprises) "、"包含(comprising) "应当理解为,意味着包括所述步骤或元件或步骤或元 件组,但不排除任何其他步骤或元件或步骤或元件组。
[0097] "由……组成"是指,包括并限于短语"由……组成"后面的任何内容。因此,短语 "由……组成"表示所列出的元件是必需的或强制性的,不可有其他成分。"基本上由……组 成"是指,包括所述短语后所列出的任何元件,并限于不干扰或有助于公开内容中指定的所 列元件的活性或作用的其他成分。因此,短语"基本上由……组成"是指,所列元件是必需 的或强制性的,但其他成分都是可选的,可以有或没有,取决于它们是否对所列元件的活性 或作用有实质影响。
[0098] 本文所用的术语"功能"、"功能性的"等术语是指生物功能、酶促功能或治疗功能。 [0099] "基因"是占据染色体上的特定位点、由转录和/或翻译调节序列和/或编码区和 /或非翻译序列(即,内含子、5'和3'非编码序列)组成的遗传单位。
[0100] "同源性"是指相同或构成保守取代的氨基酸的百分比数字。可使用序列比较程序 如GAP(Deverauxetal.,1984,NucleicAcidsResearch12, 387-395)确定同源性,该程 序通过引用并入本文。这样,与本文所引用的序列的长度类似或基本上不同的序列,可通过 将缺口插入到队列(alignment)中来比较,这些缺口可通过例如GAP使用的比较算法而确 定。
[0101] 术语"宿主细胞"包括单个细胞或细胞培养物,所述单个细胞或细胞培养物可以是 或已经是本发明任何重组载体或分离的多核苷酸的受体。宿主细胞包括单个宿主细胞的子 代,因自然、意外或故意突变和/或改变,所述子代可以不必与原亲本细胞完全一致(在形 态上或在总DNA补体(complement)上)。宿主细胞包括用本发明重组载体或多核苷酸体内 或体外转染或感染的细胞。包含本发明重组载体的宿主细胞是重组宿主细胞。
[0102] "分离的"是指材料基本上或实质上不含在其原生状态下通常伴随所述材料的组 分。例如,本文所用的"分离的多核苷酸",包括从序列中纯化的多核苷酸,所述序列在多核 苷酸的天然存成的状态下位于所述多核苷酸的侧翼,例如,从序列中去除的DNA片段,所述 序列通常与所述DNA片段相邻。或者,本文所用的"分离的肽"或"分离的多肽"等,包括从 其天然细胞环境或与细胞其他组分关联中体外分离和/或纯化的肽或多肽分子;即,所述 材料与体内物质不显著关联。
[0103] 本文所用的术语"mRNA"或有时称为的"mRNA转录本",包括但不限于前体mRNA转 录本、转录本加工中间体、用于翻译的成熟的mRNA及一个或多个基因的转录本,或源于所 述mRNA转录本的核酸。转录本加工可以包括剪接、编辑和降解。如本申请所用,源于mRNA 转录本的核酸指最终以mRNA转录本或其子序列作为其合成模板的核酸。从mRNA反转录的 cDNA、从所述cDNA转录的RNA、从所述cDNA扩增的DNA、从所述扩增的DNA转录的RNA等, 均源自于mRNA转录本,检测这些衍生产物,可表明样品中原转录本的存在和/或丰度。因 此,源自于mRNA的样品包括,但不仅限于,一个或多个基因的mRNA转录本、从mRNA反转录 的cDNA、从所述cDNA转录的cRNA、从基因扩增的DNA、从DNA转录的RNA等等。
[0104] 本文所用的"非经典"活性,一般是指本发明HRS多肽所拥有的除氨酰化以外的活 性,更具体地说,除将关联氨基酸添加到其关联tRNA分子以外的活性
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