蛋白靶向切割，经过修复后会在切割位点附近引入突变 (野生型变为突变型）。由于野生型和突变型序列在该位置不匹配，以此为模板扩增出的野 生型DNA与突变型DNA经过变复性形成的杂交分子会就产生局部的环形（loop)结构。而 后者可以被Cruiser酶识别并切断，导致杂交DNA分子被切割成小片段。突变样品中由于 含有部分野生型DNA成分，因而变复性后可以形成含有局部环形结构的杂交分子。
[0199] 结果如图5所示，未经过病毒感染的野生型细胞未产生切割，因此未检测到小片 段；而序列3和序列?ο能够有效靶向roxi基因产生切割，因此检测到小片段的存在，表明 序列3和序列10能够作为CRISPR-Cas9特异性敲除猪roxi基因的靶序列。
[0200] 实施例五、PDX1基因敲除单克隆的挑选和鉴定
[0201] 1.单克隆的挑选（基于序列3和序列10的靶序列）
[0202] (1)将部分感染的目的细胞群进行传代，取100个单细胞转移至10cm dish培养。
[0203] (2)培养约10天后，有相当数量的单克隆生长到肉眼可见的水平。
[0204] (3)用移液器头刮取独立的克隆，将细胞转移至24孔板中培养，每个孔对应一个 克隆。
[0205] (4)再经过约一周的培养后，有部分克隆长至足够的数量，准备做进一步的鉴定。
[0206] 2.鉴定单克隆的roxi敲除情况
[0207] (1)收集待检的单克隆及野生型细胞，分别抽提基因组DNA。
[0208] (2)按照前述方法，分别扩增单克隆及野生型细胞的roxi基因片段，所扩增的基 因片段包含sgRNA靶序列。
[0209] (3)将等量的单克隆PCR片段与野生型PCR片段混合，加热变性、复性，形成杂交 DNA分子。
[0210] (4)用Cruiser酶切割退火后的杂交DNA，45°C孵育20min。
[0211] (5)电泳检测酶切产物，根据是否有切割片段确定单克隆是否发生有效突变。
[0212] 结果显示，基于序列3所示的靶序列的lentiCRISPR V2-PDX1假型慢病毒感染目 的细胞，从100个单细胞中随机挑选的8个单克隆经Cruiser酶酶切电泳检测，其中有7个 单克隆能检测到切割小片段，表明基因敲除发生，基因敲除效率能够达到87%以上，说明序 列3所示的靶序列具有很高的靶向敲除roxi基因的作用。基于序列10所示的靶序列的 lentiCRISPR V2-PDX1假型慢病毒感染目的细胞，从100个单细胞中随机挑选的6个单克隆 经Cruiser酶酶切电泳检测，其中有6个单克隆能检测到切割小片段，表明基因敲除发生， 基因敲除效率能够达到1〇〇%，说明序列?ο所示的靶序列具有很高的靶向敲除roxi基因的 作用。
[0213] 以上内容是结合具体的实施方式对本发明所作的进一步详细说明，不能认定本发 明的具体实施只局限于这些说明。对于本发明所属技术领域的普通技术人员来说，在不脱 离本发明构思的前提下，还可以做出若干简单推演或替换。
【主权项】
1. 在运用CRISPR-Cas9特异性敲除猪roxi基因中用于特异性靶向roxi基因的sgRNA， 其特征在于： (1) 所述sgRNA在Η)Χ1基因上的靶序列符合5' -N(20)NGG-3'的序列排列规则，其中 N(20)表示20个连续的碱基，其中每个N表示A或T或C或G，符合所述规则的靶序列位于 正义链或反义链； (2) 所述sgRNA在roxi基因上的靶序列位于roxi基因的N端的第1个外显子编码区， 或靶序列的一部分位于roxi基因的n端的第1个外显子，其余部分跨越与相邻内含子的交 界，位于相邻内含子； (3) 所述sgRNA在roxi基因上的靶序列是唯一的。2. 根据权利要求1所述的用于特异性靶向roxi基因的SgRNA，其特征在于，所述靶序 列为序列表中SEQIDNO:1~20中任一条序列所示的序列。3. 根据权利要求1所述的用于特异性靶向Η)Χ1基因的sgRNA，其特征在于，所述靶序 列为序列表中SEQIDNO:3或10所示的序列。4. 运用CRISPR-Cas9特异性敲除猪Η)Χ1基因的方法，其特征在于，所述方法包括如下 步骤： (1) 在权利要求1-3任一项所述的sgRNA的靶序列的5' -端加上用于形成粘性末端的 序列，合成得到正向寡核苷酸序列；在权利要求1-3任一项所述的sgRNA的靶序列对应的互 补序列的两端加上合适的用于形成粘性末端的序列，合成得到反向寡核苷酸序列；将合成 的所述正向寡核苷酸序列与反向寡核苷酸序列退火、复性，形成具有粘性末端的双链寡聚 核苷酸； (2) 将所述双链寡聚核苷酸连入线性化的携带Cas9基因的表达载体，得到携带含相应 靶序列的sgRNA寡聚核苷酸和Cas9基因的表达载体，转化感受态细菌，筛选鉴定出正确的 阳性克隆，并对所述阳性克隆摇菌、提取质粒； (3) 用所述携带有sgRNA寡聚核苷酸和Cas9基因的表达载体、包装质粒和包装细胞系 包装出同时携带靶向Η)Χ1基因的sgRNA和Cas9的假型慢病毒； (4) 使用所述假型慢病毒感染目的细胞，并进一步培养；然后收集被感染的目的细胞， 以其基因组dna为模板扩增包含所述靶序列的基因片段，经过变性、复性及酶切，确定roxi 基因的敲除情况。5. 根据权利要求4所述的CRISPR-Cas9特异性敲除猪Η)Χ1基因的方法，其特征在于， 所述表达载体为序列表中SEQIDNO:21所示序列的载体。6. 根据权利要求4或5所述的CRISPR-Cas9特异性敲除猪Η)Χ1基因的方法，其特征在 于，所述方法包括如下步骤： (1) 在权利要求1-3任一项所述的sgRNA的靶序列的5' -端加上CACCG序列，合成得 到正向寡核苷酸序列；在权利要求1-3任一项所述的sgRNA的靶序列对应的互补序列的 5' -端加上AAAC序列、3' -端加上C，合成得到反向寡核苷酸序列；将合成的所述正向寡核 苷酸序列与反向寡核苷酸序列退火、复性，形成具有粘性末端的双链寡聚核苷酸； (2) 将所述双链寡聚核苷酸连入如序列表中SEQIDNO:21所示序列的表达载体 lentiCRISPRv2经BsmBI限制性内切酶酶切得到的线性化载体，得到携带sgRNA寡聚核苷 酸的重组表达载体lentiCRISPRV2-PDX1，转化感受态细菌，筛选鉴定出正确的阳性克隆， 并对所述阳性克隆摇菌、提取质粒； (3) 用所述表达载体lentiCRISPRV2-PDX1、包装质粒和包装细胞系包装出同时携带靶 向Η)Χ1基因的sgRNA和Cas9的假型慢病毒； (4) 使用所述假型慢病毒感染目的细胞，并进一步培养；然后收集被感染的目的细胞， 以其基因组DNA为模板扩增包含所述靶序列的基因片段，经过变性、复性及酶切，确定roxi 基因的敲除情况。7. 根据权利要求6所述的CRISPR-Cas9特异性敲除猪Η)Χ1基因的方法，其特征在于， 所述包装质粒为质粒PLP1、质粒pLP2和质粒pLP/VSVG;所述包装细胞系为HEK293T细胞。8. 根据权利要求6所述的CRISPR-Cas9特异性敲除猪Η)Χ1基因的方法，其特征在于， 所述目的细胞为猪PIEC细胞； 所述以其基因组DNA为模板扩增包含所述靶序列的基因片段，经过变性、复性及酶切， 确定roxi基因的敲除情况，具体为： (a) 以感染病毒的目的细胞的基因组DNA为模板，用Η)Χ1基因的上下游引物扩增包含 所述sgRNA的靶序列的Η)Χ1基因片段，同时用相同引物扩增未感染病毒的野生型细胞的基 因组DNA; (b) 纯化上述扩增到的roxi基因片段，然后将来自感染病毒的目的细胞的roxi基因片 段和来自野生型细胞的roxi基因片段分别加热变性、复性，形成杂交DNA分子； (C)用Cruiser酶切割复性后的杂交DNA分子； (d)电泳检测酶切产物，检测靶序列介导的roxi基因敲除效果。9. 在CRISPR-Cas9特异性敲除猪Η)Χ1基因的方法中用到的重组表达载体 lentiCRISPRV2-PDX1，其特征在于，所述重组表达载体的骨架载体的序列如序列表中SEQ IDNO:21所示；所携带的靶序列如权利要求1-3任一项所述的sgRNA的靶序列，优选序列 表中SEQIDNO:3或10所示的靶序列。10. 如权利要求1-3任一项所述的sgRNA或权利要求9所述的重组表达载体 lentiCRISPRV2-PDX1在CRISPR-Cas9特异性敲除猪PDX1基因的方法中的用途。
【专利摘要】本发明公开了一种运用CRISPR-Cas9特异性敲除猪PDX1基因的方法及用于特异性靶向PDX1基因的sgRNA。本发明的特异性靶向PDX1基因的sgRNA在PDX1基因上的靶序列符合5’-N(20)NGG-3’的序列排列规则，其中N(20)表示20个连续的碱基，其中每个N表示A或T或C或G；在PDX1基因上的靶序列位于PDX1基因的N端的第1个外显子编码区或与相邻内含子的交界处；在PDX1基因上的靶序列是唯一的。本发明的sgRNA用于CRISPR-Cas9特异性敲除猪PDX1基因的方法中，能够快速、精确、高效、特异性地敲除猪PDX1基因，有效地解决构建PDX1基因敲除猪周期长和成本高的问题。
【IPC分类】C12N15/867, C12N15/113
【公开号】CN105492608
【申请号】CN201580000468
【发明人】蔡志明, 牟丽莎, 谢崇伟, 陈鹏飞, 张军方, 陆赢, 高汉超, 刘璐
【申请人】深圳市第二人民医院
【公开日】2016年4月13日
【申请日】2015年6月11日