试剂盒及其在检测遗传性骨病基因中的用图
【技术领域】
[0001] 本发明涉及基因检测领域，具体地，本发明涉及试剂盒及其在检测遗传性骨病基 因中的用途，更具体地，本发明涉及试剂盒、试剂盒在检测遗传性骨病基因中的用途、检测 遗传性骨病基因的方法和检测遗传性骨病基因的装置。
【背景技术】
[0002] 遗传性骨病是一大组高度临床异质性和遗传异质性的先天性疾病（总体发病 率>1/400)，通常是单基因病。遗传性骨病常见的临床表征有身材矮小、骨骼崎形、不成比 例生长及单个或一组骨骼发育不良。遗传性骨病病因复杂，源于骨骼发育、生长和动态平 衡过程涉及的代谢途径、信号通路众多W及代谢途径或信号通路之间互相调控[Matthew L. Warman, Valerie Cormier-Daire. Nosology and Classi円cation of Genetic Skeletal Disorders :2010Revision. Am J Med Genet A. 201IMay ； 155A (5):943-68. ；Dustin Baldridge, OlegShchelochkov ；Signaling Pathways in Human Skeletal Dysplasias. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2010. 11:189 - 217.]。由于遗传性骨病具有高度的临床和 遗传异质性，多种综合征的临床表征重叠，传统的遗传性骨病基因检测方法需要消耗大量 的时间与成本[M曰ri曰 L Br曰η. Lessons from next-gener曰tion sequencing in genetic skeletal disorders. Bonekey Rep. 2014May 14:3:528.]。因此，开发高效、快捷、经济、可 同时对多个已知遗传性骨病致病基因进行突变检测的方法对其临床诊断非常重要。
【发明内容】
[0003] 依据本发明的一方面，本发明提供一种试剂盒，其包括探针，所述探针固定在固相 基质上或者游离于溶液中，所述探针能够特异性识别W下9个基因的外显子区域；P肥t EN PP1, FGF23, CLCN5, aX34A3, DMP1, VDR, CYP2R1 和 CYP27B1。送 9 个基因的异常与俩倭病相 关，其中，P肥X，ENPP1，FGF23,化CN5,化C34A3和/或DMP1的异常和低血磯型性俩倭病相关， VDR，CYP2R1和/或CYP27B1的异常与维生素 D代谢相关俩倭病相关。
[0004] 任选地，上述探针还能够特异性识别W下20个基因的外显子区域；C0MP，FGFR3, C 服T3, EBP, ARSE,阳X7, IMPAD1, ABCC9, PTH1R, GD巧，AGPS, BMPR1B, EVC, EVC2, TRIP11,化C26A 2, 0)L2A1，GNPAT，LBR和NS畑L。送20个基因与软骨发育相关，其中，COMP的异常可致假性 软骨发育不全，FGFR3, C服T3, EBP和/或ARSE的异常与软骨发育不全相关；FGFR3, PEX7,邸 P, ARSE, GNPAT, IMPAD1, ABCC9, PTH1R, GD巧，AGPS, BMPR1B, EVC 和 / 或 EVC2 的异常可致软骨 发育不良；TRIP11，aX26A2和/或C0L2A1的异常可致软骨生成不全，EBP, ARSE，GNPAT，LBR 和/或NS畑L与点状软骨发育不良相关。
[000引任选地，所述探针能够特异性识别W下65个基因的外显子区域：沈RPINH1，CRTAP ，BMP1, F邸P10, C0L1A2, LEPRE1, IFITM5,沈RPINF1, PPIB, C0L1A1, SP7, TMEM38B, WNT1,沈RPI 畑1，TCIRG1,化CN7, 0STM1, TNFSF11, TNFRSF11A, SNX10, PLEKHM1, CA2, LRP5, I邸KG, CTSK, LE MD3, FAM123B, ANKH, TGFB1, TBXAS1, HPGD, SLC02A1, GJA1, TNFRSF11B, S0ST, LRP4, DLX3, C0L3 Al, C0L5A2, C0L5A1, CHST14, ADAMTS2, TNXB, B4GALT7, LMNA, ZMPSTE24, MMP2, NOTC肥，MAFB, Τ REM2, TYROBP, 口GB3,阳RMT3,化C34A1,化C9A3R1, MCM6, PLOD2, ATP6V0A2, PYCRl, AL畑 18A1, GORAB，AP2S1，CASR，VCP和SQSTMl。送65个基因与骨矿化异常相关疾病相关，其中，沈RPI NH1, CRTAP, BMP1, FKBP10, C0L1A2, LEPRE1, IFITM5,沈RPINF1, PPIB, C0L1A1, SP7, TMEM38B, W NT1 和 / 或沈RPINH1 的异常可致成骨不全症；TCIRG1,化CN7, 0STM1, TNFSF11, TNFRSF11A, S 版10, PLEKHM1, CA2, LRP5, I邸KG, CTSK, LEMD3, FAM123B, ANKH, TGFB1, TBXAS1, HPGD, SLC02A1 ，GJA1, TNFRSF11B, S0ST, LRP4 和 / 或 DLX3 的异常可致骨硬化；C0L3A1, C0L5A2, C0L1A1, C0L 5A1, C服T14, C0L1A2, ADAMTS2, TNXB 和 / 或 B4GALT7 的异常可致 Hilers-Danlos 综合症；T NFRSF11A, LMNA, ZMPSTE24, MMP2, N0TC肥，MAFB, TREM2 和 / 或 TYR0BP 的异常可致骨质溶解； 口GB3,阳RMT3,化C34A1,化C9A3R1, LRP5和/或MCM6的异常可致骨质疏松；F邸P10和/或 化0D2的异常可致化uck综合症；ATP6V0A2, PYCR1和/或AL畑18A1的异常会致皮肤松弛症； G0RAB的异常可致老年状皮肤骨发育不良；AP2S1和/或CASR的异常与家族性低巧尿高巧 血症相关；VCP，SQSTM1，TNFRSF11A和/或TNFRSF11B的异常与化get病相关。
[0006] 任选地，所述探针能够特异性识别W下22个基因的外显子区域JDUA，IDS, SGSH， NAGLU,服SNAT, GNS, GALNS, HYAL1, GLB1, ARSB, GUSB,即CA1, MAN2B1, MANBA, AGA, GLB1,肥U1, 化C17A5, CTSA，SUFM1，GNPTAB和GNPTG。各种的溶酶体病与送22个基因相关，其中的黏多 糖病与 IDUA, IDS, SGSH, NA化U,服SNAT, GNS, GALNS, HYAL1, GLB1, ARSB 和 / 或 GUSB 相关；岩 藻糖巧胆积症的发生与即CA1异常相关；甘露糖巧胆积症的发生与MAN2B1和/或MANBA的 异常相关；天冬氨醜葡萄糖胺尿症的发生与AGA相关；神经节巧脂胆积病与GLB1相关；唾 液酸胆积症与肥U1和/或化C17A5相关；半乳糖唾液酸胆积症的发生与CTSA相关；硫酸醋 酶缺陷的发生与SUFM1相关；粘脂胆积症的发生与GNPTAB和/或GNPTG的异常相关。
[0007] 任选地，所述探针能够特异性识别W下54个基因的外显子区域；DYNC2H1，IFT8 0,肥K1, WDR35, TCTN3, DDX59, DYNC2H1, WDR19, TTC21B, C0L9A1, C0L2A1, C0L11A1, C0L11A2 ，C0L9A2, COMP, C0L9A3,化C26A2, MATN3, C0L9A1, RMRP, MMP13, MMP9, C0L10A1,抓NX2, PTH1 R, KIF22, ACP5, ACAN, PAPSS2, DDR2, TRAPPC2, CHST3, FLNA, NKX3-2, SLC35D1, INP化 1，SBDS ,CDKN1C, ANKH, TRPV4, EIF2AK3, TRAPPC, SMARCAL1, SLC39A13, WISP3, DYM, IFT122, IFT43, 1皿，TRPS1，PRKAR1A，R0R2, GPC6和SH0X。脊柱、骨干、骨爾、干爾端发育异常相关疾病与 送54个基因相关，比如短肋-多指/趾综合征与DYNC2H1，IFT80,肥K1和/或WDR35的 异常相关；耳-面-指综合征的发生与TCTN3和/或DDX59的异常相关；窒息性胸廓发 育不良与IFT80，DYNC2H1，WDR19, IFT80和/或TTC21B的异常相关；Stickler综合征与 C0L9A1，C0L2A1，C0L11A1，C0L11A2和/或C0L9A2相关；多发性骨爾发育不良的发生与C0L 2A1, COMP, C0L9A2, C0L9A3, aX26A2, MATN3和/或C0L9A1的异常相关；干爾端发育不良的 发生与 RMRP, MMP13, MMP9, C0L10A1, RUNX2, PTH1R, KIF22, C0L2A1, MATN3, ACP5, ACAN, PAPSS 2,孤R2, TRAPPC2, C服T3, FLNA, NKX3-2, SLC35D1, INP化 1，SBDS, CDKN1C, ANKH 和 / 或 TRPV4 的异常相关；脊椎骨爾发育不全的发生与C0L2A1，ACAN，EIF2AK3, MTN3,孤R2, TRAPPC，SM ARCA化化C39A13, NKX3-2, KIF22, WISP3和/或DYM的异常相关；烦骨外胚层发育不良与 IFT122，WDR35, IFT43和/或WDR19的异常相关；肩峰-头-股骨发育不全与I皿相关；鼻咽 毛囊发育不良与TRPS1相关；肢端发育不全与PRKAR1A的异常相关；Rainbow综合征与R0R2 的异常相关；肩发育不全与GPC6的异常有关；软骨骨生成障碍的发生与SH0X的异常有关。
[0008] 任选地，所述探针能够特异性识别W下12个基因的外显子区域；S0X9, LIFR，C UL7, OB化 1，CCDC8, TBCE, FAMl 1 ΙΑ, PCNT, RNU4ATAC, CDKNIC, GJAl 和 CANTl。送 12 个基因 的异常与骨弯曲、关节脱位有关疾病的发生相关，其中，短指发育不良与S0X9的异常有 关；SUive-Wie血arm综合症与LIFR的异常有关；3M综合症与CUL7, 0BSL1和/或CCDC8 的异常有关；Kenny-化ffey发育不良与TBCE和/或FAM111A的异常有关；原发化儒小 脑发育不全与PCNT和/或RNU4ATAC的异常相关；IMAGE综合症与CDKN1C的异常有关； 化llermann-Streiff综合症与GJA1的异常有关；Desb叫uois发育不良与CANT1的异常有 关。
[0009] 任选地，所述探针能够特异性识别W下9个基因的外显子区域；EXT1，EXT2, S册BP 2, PTPN11，NF1，AN05, GNAS，FGFR1和ACVR1。送9个基因的异常和骨骼元件发育疾病相关， 其中，多软骨外生骨巧与EXT1和/或EXT2的异常相关；颁骨增大症与甜3BP2相关；混合性 软骨瘤与PTPN11的异常相关；神经纤维瘤和NF1有关；颁骨发育不良与AN05的异常有关； 进行性骨发育异常与GNAS的异常有关；Osteoglophonic发育不良与FGFR1的异常有关，而 进行性肌肉骨化症的发生与ACVR1的异常有关。
[0010] 任选地，所述探针能够特异性识别W下8个基因的外显子区域；EZ肥，NSD1，NFIX ，AKT1，FBN1，FBN2, TGFBR1和TGFBR2。骨骼系统相关过生长综合征主要与送8个基因的异 常有关，其中，韦弗（Weaver)综合征与EZH2的异常有关；索巧斯（Sotos)巨脑崎形综合征 与NSD1相关；马-史二氏（MarshaU-Smith)综合征与NFIX相关；Proteus综合征与AKT1 有关;Marfan综合征与FBN1的异常有关；先天性李缩蜘蛛指综合征与FBN2的异常有关； Loeys-Dietz综合征与TGFBR1和/或TGFBR2的异常有关。
[0011] 任选地，所述探针能够特异性识别W下6个基因的外显子区域： WISP3, CIAS1, IL1RN, LPIN2, GALNT3和ANTXR2。炎症性/风湿性骨关节病的发生主要与送 6个基因相关，比如，进行性假风湿性发育不良与WISP3的异常有关；慢性婴儿神经皮肤关 节综合症与CIAS1的异常有关；无菌多灶性骨髓炎、骨膜炎及賊疮病与IL1RN的异常有关； Majeed综合征与LPIN2的异常有关；骨质增生/高磯血症综合征与GALNT3的异常有关；小 儿系统性透明变性/幼年透明性纤维瘤与ANTXR2的异常有关。
[0012] 任选地，所述探针能够特异性识别W下87个基因的外显子区域；RUNX2, FIG4, MS X2, ALX4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, P0R, TWIST1, RECQL4, RAB23, TC0F1, P0LR1D, P0LR1C, 0FD1, EV C, ICK, EFNB1, ALX1, ALX3,畑孤Η, SF3B4, HLXB9, D化3, MESP2, LFNG,皿S7, GDF6, GDF3, C0G1, B ΜΡ邸，ΤΒΧ4, ΡΙΤΧ1, LMX1B, ΚΑΤ6Β, 0RC1, 1皿，BMPR1B, ΒΜΡ2, GD巧，R0R2, NOG, H0XD13, HDAC4, Ρ IGV, MYCN, H0XA13, P口XI，MGP, GNAS1, CREBBP, EP300, CHSY1, TBX3, NIPBL FANCA, RBM8A, THP 0, TBX5, SALT4, TBX15, ESC02, LMBR1, WNT3, TP63, FBXW4, WNT10B, DLX5, CD册，WNT7A, ARHGAP 31，GLI3, MKS1, TMEM216, TMEM67, CEP290, RPGRIP1L, CC2D2A, GJA1, S皿，FAM58A, KIF7, FGF1 0, SA化1，FBLN1，FGF9和H0XA11。送87个基因的异常与烦、面、中轴骨骼、肢末端、指/趾 及关节发育不全相关疾病的发生有关，比如，烦骨锁骨发育不全与RUNX2