sCD14或它的片段或衍生物用于风险分级、诊断和预后的用图_4

文档序号:9382928阅读:来源:国知局
, 以便分别建立参考值和阈值。
[0146] 然后将在受试者的样品中确定的选自s⑶14、s⑶14-ST或除了 s⑶14-ST以外的 sCD14的片段或衍生物的化合物的量与健康参比群体中的所述化合物的量对比。基于已经 为给定的生理学状态设定的阈值做出诊断/评价。
[0147] 优选地进行根据本发明的组合确定,以便在一个或多个得自要研究的患者的样品 中进行标志物的平行确定。优选地,同时地或立即依次在一个或多个试验中研究从患者收 集的一个或多个样品,例如,全血样品或血浆样品或血清样品。特别优选地在单个患者样品 中进行所述确定。
[0148] 大体而言,基于任何已知方法使用普通的商业测定可以进行标志物的组合确定。 例如,自动化的分析仪可以用于确定。作为一个替代方案,还可以使用快速测定,或用在急 诊室中、医院病房或重症监护站中、救护车或医生的诊室中的重点照护(POC)分析系统的 测定,或作为患者自试验。
[0149] 确定选自s⑶14、s⑶14-ST或除了 s⑶14-ST以外的s⑶14的片段或衍生物的化合 物或在本说明书中提及的任意其它肽或多肽(本文中使用的标志物)的量是指测量所述量 或浓度,优选半定量地或定量地。测量可以直接地或间接地进行。直接测量是指,基于从肽 或多肽本身得到的信号测量肽或多肽的量或浓度,且所述信号的强度与存在于样品中的肽 分子的数目直接相关。例如,通过测量肽或多肽的特定物理或化学性质的强度值,可以得到 这样的信号(在本文中有时被称作强度信号)。间接测量包括,测量从第二组分(即不是肽 或多肽本身的组分)或生物读出系统得到的信号,例如,可测量的细胞应答、配体、标记或 酶反应产物。
[0150] 优选地,使用对所述化合物特异性的抗体(诸如多克隆抗体和优选的单克隆抗 体),测量选自s⑶14、s⑶14-ST或除了 s⑶14-ST以外的s⑶14的片段或衍生物的化合物的 量。在一个优选的实施方案中,所述抗体特异性地结合SCD14-ST,而不结合sCD14或CD14。 例如,如果针对⑶14二级结构中的b3和b4之间的区域(即人⑶14中的氨基酸36-79)产 生抗体,得到这样的特异性。
[0151] 根据本发明,通过用于确定样品中的肽的量的所有已知方式,可以确定肽或多肽 (本文中使用的标志物)的量。所述方式包括可以以不同的夹心、竞争或其它测定形式利 用经标记的分子的免疫测定装置和方法。所述测定将产生指示肽或多肽的存在或不存在 的信号。此外,信号强度可以优选地与样品中存在的多肽的量直接地或间接地相关(例 如成反比)。其它合适的方法包括,测量肽或多肽特有的物理或化学性质,诸如它的精确 分子质量或NMR谱。所述方法优选地包括生物传感器、与免疫测定偶联的光学装置、生物 芯片、分析装置诸如质谱仪、NMR-分析仪或色谱法装置。此外,方法包括基于微板ELISA 的方法、完全自动化的或机器人的免疫测定(AccuTnI, Beckmann-Coulter Diagnostics; Architect cTnl and AxSYM cTnl, Abbott Diagnostics;ADVIA Centaur XP cTNI, Bayer Healthcare; Immulite 2500 cTnl, Diagnostics Product Corporation; Elecsys cTnT, Roche Diagnostics), CBA (酉每促钴结合测定,可在例如Roche-Hitachi分析仪上得到), LIAISONeBRAHMS PCT?, KRYPT0R Random Access Analyser, BRAHMS PCT LIA, BRAHMS PCT-Q和胶乳凝集测定(可在例如R〇Che-Hitachi M分析仪上得到,PATHFAST化学发光酶免 疫测定系统(CLEIA),Mitsubishi Chemical Medience Corporation, Tokyo, Japan)。
[0152] 优选地,确定肽或多肽(本文中使用的标志物)的量包括以下步骤:(a)使能够引 起细胞应答的细胞与所述肽或多肽接触适当的时间段,所述细胞应答的强度指示肽或多肽 的量,(b)测量所述细胞应答。为了测量细胞应答,优选地将样品或经加工的样品加入细胞 培养物中,并测量内部或外部细胞应答。所述细胞应答可以包括报道基因的可测量表达或 物质(例如肽、多肽或小分子)的分泌。所述表达或物质会产生与肽或多肽的量相关的强度 信号。
[0153] 也优选地,确定肽或多肽(本文中使用的标志物)的量包括测量可从样品中的肽 或多肽得到的特定强度信号的步骤。如上所述,这样的信号可以是在质谱图中观察到的肽 或多肽特有的m/z变量处或肽或多肽特有的NMR谱中观察到的信号强度。
[0154] 确定肽或多肽(本文中使用的标志物)的量可以优选地包括以下步骤:(a)使所 述肽与特异性配体接触,(b)(任选地)除去未结合的配体,(c)测量结合的配体的量。结 合的配体将产生强度信号。根据本发明的结合包括共价和非共价结合。根据本发明的配体 可以是与本文描述的肽或多肽结合的任意化合物,例如,肽、多肽、核酸或小分子。优选的配 体包括抗体、核酸、肽或多肽,诸如肽或多肽及其片段的包含肽的结合结构域的受体或结合 配偶体,和适体,例如核酸或肽适体。制备这样的配体的方法是本领域众所周知的。例如, 商业供应商也会提供合适的抗体或适体的鉴别和生产。本领域技术人员熟知开发这样的具 有较高亲和力或特异性的配体的衍生物的方法。例如,可以将随机突变引入核酸、肽或多肽 中。然后可以根据本领域已知的筛选操作,例如噬菌体展示,试验这些衍生物的结合。本文 提及的抗体包括多克隆和单克隆抗体以及它们的片段,诸如能够结合抗原或半抗原的Fv、 Fab和F(ab)2片段。本发明还包括单链抗体和人源化的杂交抗体,其中将表现出期望的抗原 特异性的非人供体抗体的氨基酸序列与人受体抗体的序列组合。所述供体序列经常至少包 括供体的抗原结合氨基酸残基,但是还可以包括供体抗体的其它在结构上和/或在功能上 有关的氨基酸残基。这样的杂合体可以通过本领域众所周知的几种方法来制备。优选地,配 体或试剂特异性地结合肽或多肽。根据本发明的特异性结合是指,配体或试剂不会实质上 结合("交叉反应")存在于要分析的样品中的另一种肽、多肽或物质。优选地,特异性地结 合的肽或多肽应当以比任意其它有关的肽或多肽高至少3倍的亲和力结合,更优选地高至 少10倍,且甚至更优选地高至少50倍。非特异性结合可以是可容许的,只要它仍然可以明 确地区分和测量,例如根据它在蛋白质印迹上的大小,或通过它在样品中相对较高的丰度。 通过本领域已知的任意方法,可以测量配体的结合。优选地,所述方法是半定量或定量。在 下面描述合适的方法。
[0155] 首先,可以直接地测量配体的结合,例如通过NMR或表面等离子体共振。
[0156] 其次,如果配体也充当目标肽或多肽的酶活性的底物,那么可以测量酶反应产物 (例如通过测量切割的底物的量,例如在蛋白质印迹上,可以测量蛋白酶的量)。可替换地, 所述配体本身可以表现出酶促性能,且"配体/肽或多肽"复合物或被肽或多肽结合的配体 分别可以与合适的底物接触,从而允许通过强度信号的产生而进行检测。为了测量酶反应 产物,优选地底物的量是饱和的。在反应之前,也可以用可检测的标记物标记所述底物。优 选地,所述样品与底物接触适当的时间段。适当的时间段表示产生可检测的、优选地可测量 的量的产物所必需的时间。作为测量产物的量的替代,可以测量给定的(例如可检测的) 量的产物出现所必需的时间。
[0157] 第三,可以使配体与标记物共价地或非共价地偶联,从而允许检测和测量配体。可 以通过直接或间接方法进行标记。直接标记包括,将标记物与配体直接地(共价地或非共 价地)偶联。间接标记包括第二配体与第一配体的结合(共价地或非共价地)。第二配体应 当特异性地结合第一配体。所述第二配体可以与合适的标记物偶联,和/或是结合第二配 体的第三配体的靶标(受体)。第二、第三或甚至更高级配体的应用,经常用于增加信号。合 适的第二和更高级配体可以包括抗体、第二抗体和众所周知的抗生蛋白链菌素-生物素系 统(Vector Laboratories, Inc.)。配体或底物也可以用本领域已知的一种或多种标签"标 记"。这样的标签则可以是更高级配体的靶标。合适的标签包括生物素、地高辛配基、Hi S-标 签、谷胱苷肽-S-转移酶、FLAG、GFP、myc-标签、甲型流感病毒血细胞凝集素(HA)、麦芽糖 结合蛋白等。在肽或多肽的情况下,所述标签优选地是在N-端和/或C-端。合适的标记 是通过适当的检测方法可检测的任何标记。典型的标记包括金颗粒、胶乳珠子、9, 10-二氢 化吖啶(acridan)酯、鲁米诺、钌、酶活性的标记、放射性的标记、磁性标记(例如"磁珠",包 括顺磁和超顺磁标记)和荧光标记。酶活性的标记包括例如辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶、 β-半乳糖苷酶、萤光素酶、及其衍生物。对于检测而言合适的底物包括二-氨基-联苯胺 (DAB)、3, 3' -5, 5' -四甲基联苯胺、NBT-BCIP (4-硝基四氮唑蓝氯化物和5-溴-4-氯-3-吲 噪基-磷酸,可作为现成的储备溶液从Roche Diagnostics得到)、(DP-Star ? (Amersham Biosciences)、ECF? (Amersham Biosciences)。合适的酶-底物组合可以产生有色的反应 产物、荧光或化学发光,其可以根据本领域已知的方法(例如使用光敏胶片或合适的照相 机系统)来测量。关于测量酶反应,上面给出的标准类似地适用。典型的荧光标记包括荧 光蛋白(诸如GFP及其衍生物)、Cy3、Cy5、德克萨斯红、荧光素和Alexa染料(例如Alexa 568)。其它焚光标记可得自例如Molecular Probes (Oregon)。也预见到量子点作为焚光 标记的用途。典型的放射性标记包括35S、125I、 32P、33P等。通过已知的和适当的任意方法,例 如光敏胶片或磷光体成像仪,可以检测放射性标记。根据本发明的合适的测量方法也包括 沉淀(特别是免疫沉淀)、电化学发光(电产生的化学发光)、RIA (放射免疫测定)、ELISA (酶联免疫吸附测定)、夹心酶免疫试验、电化学发光夹心免疫测定(ECLIA)、解离增强的镧 系元素荧光免疫测定(DELFIA)、闪烁迫近测定(SPA)、比浊法、浊度法、胶乳增强的比浊法 或浊度法或固相免疫试验。本领域已知的其它方法(诸如凝胶电泳、2D凝胶电泳、SDS聚丙 烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)、蛋白质印迹法和质谱法)可以单独使用,或者与如上所述的 标记或其它检测方法联合使用。
[0158] 也可以如下优选地确定肽或多肽(本文中使用的标志物)的量:(a)使固体支持 物与包含肽或多肽的样品接触,所述固体支持物包含如上文所述的肽或多肽的配体,和(b) 测量与所述支持物结合的肽或多肽的量。所述配体优选地选自核酸、肽、多肽、抗体和适体, 优选地存在于呈固定化形式的固体支持物上。用于制造固体支持物的材料是本领域众所 周知的,尤其包括市售的柱材料、聚苯乙烯珠、乳胶珠、磁性珠、胶体金属微粒、玻璃和/或 硅芯片和表面、硝酸纤维素条、膜、薄片、duracyte、反应盘的孔和壁、塑胶管,等。配体或试 剂可以结合多种不同的载体。众所周知的载体的例子包括玻璃、聚苯乙烯、聚氯乙烯、聚丙 烯、聚乙烯、聚碳酸酯、葡聚糖、尼龙、直链淀粉、天然和改性纤维素、聚丙烯酰胺、琼脂糖和 磁体。为了本发明的目的,载体的性质可以是可溶性的或不溶性的。固定/固定化所述配 体合适的方法是众所周知的,包括、但不限于离子相互作用、疏水相互作用、共价相互作用 等。也预见到使用"悬浮阵列(suspension array)"作为根据本发明的阵列(Nolan 2002, Trends Biotechnol. 20(1): 9-12)。在这样的悬浮阵列中,载体(例如微珠或微球)存在 于悬浮液中。阵列由可能是被标记的、携带不同配体的不同微珠或微球组成。产生这样的 阵列的方法通常是已知的(US 5, 744, 305),例如基于固相化学法和光不稳定的保护基的方 法。
[0159] 本文中使用的术语"量"包括多肽或肽(本文中使用的标志物)的绝对量、所述多 肽或肽的相对量或浓度、以及与其相关或可以由其得到的任何数值或参数。这样的数值或 参数包括得自通过直接测定法由所述肽得到的所有具体的物理性质或化学性质的强度信 号值,例如质谱图或NMR谱中的强度值。此外,包括通过在本说明书的别处具体描述的间接 测定法得到的所有数值或参数,例如响应于肽或从特异性结合的配体得到的强度信号而从 生物读出系统确定的应答水平。应当理解,还可以通过所有标准数学运算得到与上述量或 参数相关的值。
[0160] 本文中使用的术语"对比"包括,将待分析样品所包含的肽或多肽(本文中使用的 标志物)的量与在本说明书的别处具体描述的合适的参比源的量相对比。应当理解,本文 中使用的"对比"表示相应参数或数值的对比,例如,将绝对量与绝对参比量相对比,而将浓 度与参比浓度相对比,或者将从试验样品得到的强度信号与参比样品的同一类型的强度信 号相对比。在本发明的方法的步骤(b)中提及的对比可以手工进行或者用计算机辅助进 行。对于计算机辅助的对比,可以将确定的量的值与通过计算机程序存储在数据库中的合 适参比的相应值进行对比。计算机程序可以进一步评价对比的结果,即以合适的输出形式 自动提供期望的评估。基于在步骤a)中确定的量与参比量的对比,可能评估受试者是否对 心脏介入敏感,即是否属于可以通过心脏介入得到成功治疗的受试者集合。因此,要选择这 样的参比量,使得在对比的量中的差异或相似性允许鉴别试验受试者属于对心脏介入敏感 的受试者组,或者鉴别对心脏介入不敏感的那些试验受试者。
[0161] 因此,本文中使用的术语"参比量"表示本文中使用的各种标志物的量,其允许评 估是否将受试者收入医院或重症监护病房,或可以出院回家。因此,所述参比物可以例如 衍生自(i)已知已经成功地收入医院的受试者,即其已经进行进一步检查和随后基于进 一步研究的结果而治疗或重症监护治疗,没有发生不良作用诸如由不适应的治疗方案造成 的死亡或副作用,或(ii)已知尚未收入医院的受试者,且其死亡或发展由不适应的治疗 方案造成的副作用。此外,参比量可以限定阈值量,由此大于阈值的量会指示应当收入医 院以便将来检查和/或加强治疗的受试者,而低于阈值量的量会指示不可出院回家的受 试者。对于各个受试者可适用的参比量可以随多种生理学参数诸如年龄、性别或亚种群 (subpopulation)以及用于确定本文所述的多肽或肽(本文中使用的标志物)的装置而改 变。通过本发明的方法从待分析的参比样品连同试验样品一起(即同时或序贯),可以确定 合适的参比量。从正常参考上限(URL),即在显然健康的受试者群体中发现的生理量值的 上限,可以推导出优选的用作阈值的参比量。给定的受试者群体的URL可以通过各种众所 周知的技术确定。一种合适的技术可以是,确定在本发明方法中要测定的肽或多肽量的群 体的中位值。选自s⑶14、s⑶14-ST或除了 s⑶14-ST以外的s⑶14的片段或衍生物的化合 物的优选阈值(即参比量)至少是检测下限的1-2倍。例如,在该背景下提及的PATHFAST s⑶14-ST测定的检测下限优选地是20 pg/ml。
[0162] 因而,在本发明的一个优选实施方案中,限定选自s⑶14、s⑶14-ST或除了 s⑶14-ST以外的s⑶14的片段或衍生物的化合物(优选s⑶14-ST)的阈值量的参比量是20 pg/ml,且低于明显健康的群体的99%、低于97. 5%或低于95%或低于90%。
[0163] 大于参比量的选自s⑶14、s⑶14-ST或除了 s⑶14-ST以外的s⑶14的片段或衍生 物的化合物的量更优选地指示具有心血管疾病或病症或动脉粥样硬化的受试者或处于发 展心血管疾病或病症或动脉粥样硬化的高风险中的受试者。在另一个优选的实施方案中, 高于参比量的化合物的量是这样的受试者的特征:其生理学状态需要开始合适的治疗性措 施和/或收入医院。高于参比量的化合物的量优选地指示这样的受试者:其将受益于使用 选自抗生素、益生菌和乳果糖的物质的治疗。在另一个优选的实施方案中,高于参比量的化 合物的量指示处于增加的死亡风险的受试者。
[0164] 有利地,在本发明的基础研究中已经发现,对于有此需要的受试者,即遭受心血管 疾病或病症或动脉粥样硬化的受试者,特别是受急性心血管事件或心力衰竭(例如急性心 力衰竭)影响的受试者,选自s⑶14、s⑶14-ST或除了 s⑶14-ST以外的s⑶14的片段或衍生 物的化合物是用于评估心脏介入成功的可靠的预后生物标志物。由于本发明,在对患者实 施心脏介入之前,可以容易地进行风险/成功分层。在确认患者对心脏介入不敏感的情况 下,可以避免所述风险性大、耗时长和/或成本高的疗法。因此,除了防止受试者受伴随心 脏介入的不利和严重副作用以外,本发明的方法由于将节约资源而有益于健康系统。应当 理解,根据上下文所述的本发明方法,选自S⑶14、s⑶14-ST或除了 S⑶14-ST以外的S⑶14 的片段或衍生物的化合物的量或其测定工具可以用于制备诊断组合物,所述诊断组合物用 于鉴别对心脏介入敏感的受试者。
[0165] 在一个优选的实施方案中,根据本发明的方法用于具有多器官功能障碍综合征 (MODS)的受试者中的风险评估。
[0166] 额外地或可替换地,以上本发明的方法可以用于鉴别对重症监护病房中的重症监 护治疗敏感的受试者。所述重症监护治疗可以包括额外的诊断操作,例如经胸超声心动描 记术(TTE)、经食管超声心动描记术(TEE)、腹部超声检查、胸部CT-扫描、胸部放射摄影术、 高分辨率CT-扫描、心脏导管插入术(左6右心脏)、灌注/吸入闪烁描记术、压缩超声检 查、跑台运动ECG、支气管镜检查、静脉造影术、血管造影术和脑的CT动脉搏描记图(CTA) 或磁共振动脉搏描记图(MRA)。在心脏疾病、血栓栓塞性并发症、中风或肺栓塞、癌症和其 它额外心脏疾病的情况下,治疗包括PCI、不同的外科手术(例如栓子清除术)和特定的药物 治疗例如氧、口服抗凝剂和维生素 K拮抗剂、抗凝剂和未分级分离的肝素、LMff肝素、其它抗 血栓剂、溶血栓药物、乙酰基水杨酸、clopidigrel、髓袢利尿剂和其它利尿剂、β-阻滞剂、 ACE抑制剂、毛地黄属、钙拮抗剂、硝酸盐、类固醇、茶碱、β-2模拟物、其它支气管扩张剂、 NSAID、阿片剂、抗生素等。治疗干预包括所有种类的外科手术和药物治疗。
[0167] 优选地,通过本发明的方法为受试者选出所述疗法,所述疗法是基于药物的疗法。 更优选地,所述药物是:ACE抑制剂,优选卡托普利、依那普利、福辛普利、赖诺普利、培哚普 利、喹那普利、雷米普利或群多普利,AT-I受体阻滞剂,优选坎地沙坦、氯沙坦或缬沙坦, β-受体阻滞剂,优选比索洛尔、卡维地洛、美托洛尔或琥珀酸盐,或醛固酮拮抗剂,优选螺内 酯(spironolacton)或依普利酮,优选使用乳果糖、益生菌和抗生素的治疗。
[0168] 在本发明的一个优选实施方案中,将抗生素用于治疗,其不会被肠再吸收。在另一 个优选的实施方案中,采用氨基糖苷抗生素。优选地,使用新霉素和巴龙霉素。
[0169] 根据本发明为受试者选出的另一种优选疗法是介入疗法。本文提及的介入疗法是 基于对受试者的物理介入的疗法,例如通过PCI、外科手术和/或电生理学介入。更优选地, 所述介入疗法是心脏再同步疗法(CRT)或以心律转变器除颤器(ICD)的植入为基础。
[0170] 本发明进一步包括适合用于实现本发明的方法的、用于鉴别要收入医院的受试者 的装置,包括用于确定受试者的样品中选自sCD14、SCD14-ST或除了 SCD14-ST以外的sCD14 的片段或衍生物的化合物的量的工具,和用于将所述量与参比量对比、由此鉴
当前第4页1 2 3 4 5 6 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1