白血病疾病基因和其用途的制作方法

专利名称：：白血病疾病基因和其用途的制作方法
技术领域：
：本发明涉及白血病疾病基因和使用所述白血病疾病基因诊断和治疗白血病的方法。
背景技术：
：骨髓增生异常综合症(MDS)是以可变的临床过程和结果为特征的一组不同种类的骨髓细胞前体克隆病症。约30呢患有MDS的患者最终发展成急性髓性白血病(AML)，并且特别适用于这一小组患者的早期鉴别的临床诊断分析将集中帮助对这些个体的治疗选择。近期的表达图谱研究已揭示出MDS患者与AML患者的AC133+造血干细胞片断的差异(Miyazato等人(2001)Blood98:422-427)。在从iMDS患者的骨髓中纯化的CD34+细胞的转录谱中也已观察到类似结果，所述来自MDS患者的转录谱已与来自健康个体的CD34+细胞的转录谱完全不同(Hofmann等人(2002)Blood100:3553-3560)。然而，这些研究涉及特定细胞亚型的阳性选择，而这种选择既费力又费时。
发明内容本发明提供含有外周血单核细胞(PBMC)的外周血样用于诊断或评估AML和MDS的进展或治疗的用途。本发明无需从血样中阳性选择特定细胞亚型，从而能够允许对白血病的快速诊断和评定。因此，适用于本发明的外周血样包括(但不限于)全血样本或包含未分离PBMC的样本。在许多情况下，所使用的外周血样包含富集的未分离PBMC。"富集"意谓样本中PBMC所占百分比高于其在全血中所占百分比。在许多情况下，富集样本中至少75%、80%、85%、90%、95%、99%或100%的细胞为PBMC。富集的未分离PBMC可以通过Ficoll梯度离心或使用细胞纯化管(CPT)从全血制备。还可以使用其它常规方法制备富集的未分离PBMC。本发明提供其表达谱表明白血病的存在、状态、进展或治疗情况的基因。适用于本发明的白血病包括(但不限于)AML和MDS。举例来说，表4列出相对于无疾病个体的PBMC，在MDS患者的PBMC中差别表达的基因。表6列出相对于MDS患者的PBMC，在AML患者的PBMC中差别表达的基因。表8列出其表达水平可用于区别患AML的人类与患MDS的人类、患AML的人类与无疾病人类和患MDS的人类与无疾病人类的基因。还可能根据本发明分析急性淋巴母细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、慢性髓性白血病或毛细胞白血病。因此，一方面，本发明提供使用表4或表6的基因诊断或监测个体的白血病(诸如AML或MDS)的发生、发展、进展或治疗情况的方法。所述方法包括从所述个体的外周血样中产生基因表达谱，和将所述基因表达谱与一个或一个以上参考表达谱(例如，代表无疾病人类的表达谱、代表患白血病人类的表达谱或代表具交界性诊断的人类的表达谱)相比较。基因表达谱和参考表达谱包括PBMC中一个或一个以上选自表4或表6的基因的表达模式。在一些实施例中，与表2中所述的基因不同的基因选自表4或表6，但可以另外包括表2中所述的基因。在一些实施例中，选自表4或表6的基因也为表8中所述的基因。所述基因表达谱与所述一个或一个以上参考表达谱之间的差异或相似性表明个体的白血病的存在、不存在、发生、发展、进展或治疗有效性。基因表达谱和参考表达谱可以包括仅一个基因或两个或两个以上(例如，三个或三个以上、四个或四个以上、五个或五个以上、六个或六个以上、八个或八个以上、十个或十个以上、十五个或十五个以上、二十个或二十个以上、四十个或四十个以上、六十个或六十个以上、一百个或一百个以上、两百个或两百个以上、三百个或三百个以上或四百个或四百个以上)基因的表达模式。在一些实施例中，使用较少数量(例如，2个、至多3个、至多4个、至多5个、至多6个、至多8个、至多10个、至多15个、至多20个、至多40个、至多60个、至多100个或至多200个)的基因。可以通过测量个体的外周血样中各基因的RNA转录物的含量来测定所关注的个体的白血病疾病基因的表达谱。适用于这一目的的方法包括(但不限于)定量RT-PCR、核酸阵列、Northern印迹法、原位杂交、狭缝印迹法和核酸酶保护分析。还可以通过测量个体的外周血样中各基因的蛋白质产物的含量来测定白血病疾病基因的表达谱。适用于这一目的的方法包括(但不限于)免疫分析(例如，ELISA、RIA、FACS或Western印迹法)、蛋白质阵列、二维凝胶电泳和质谱法。本发明中所使用的典型参考表达谱包括表明无疾病人类或患有已知白血病的患者的外周血样中白血病疾病基因的表达模式的值或范围。在一实例中，参考表达谱包含无疾病人类的外周血样中各白血病疾病基因的平均表达水平。在另一实例中，参考表达谱包含患有已知白血病的患者的外周血样中各白血病疾病基因的平均表达水平。在另一实施例中，参考表达谱包含两个或两个以上个别表达谱，各所述表达谱都为不同白血病患者或无疾病人类的外周血样中白血病疾病基因的表达谱。在另一实施例中，参考表达谱包含反映无疾病人类或患有已知白血病的患者的外周血样中各白血病疾病基因表达水平的变化的范围。本发明中所使用的参考表达谱可以使用与所关注的个体的外周血样相同类型的外周血样并且遵循相同的制备程序和方法来制备。而参考表达谱可以预先测定或预先记录。其还可以与测量所关注的个体的表达谱同时测定或在其之后测定。可以人工或电子方式进行对所关注的个体的表达谱与参考表达谱的比较。所关注的个体的表达谱与参考表达谱之间的差异或相似性表明个体的白血病的存在与否或进展与否。在一些实施例中，在最近邻分析或微阵列显著性分析中，所述比较中所使用的各白血病疾病基因的表达水平与类别差异相关。类别差异表示无疾病人类和特定白血病患者的未分离PBMC中基因的理想表达模式(例如，在无疾病人类的PBMC中都极高而在白血病患者的PBMC中都极低，或反之亦然)。可以通过使用fc最近邻算法或加权投票算法(weightedvotingalgorithm)将所关注的个体的白血病疾病基因的表达谱与相同基因的参考表达谱相比较来预测所关注的个体(无疾病个体相对于白血病个体)的疾病状态。根据比较，可以诊断取样的个体患有白血病或诊断为无疾病；或能够评定现存白血病的变化，诸如与进展或治疗相关的变化。本发明还提供一种诊断或监测MDS的发生、发展、进展或治疗的通用方法。所述方法包括从个体的外周血样中产生基因表达谱，和将基因表达谱与一个或一个以上参考表达谱(例如，代表无疾病人类的表达谱、代表患MDS人类的表达谱、代表患非MDS白血病(诸如AML)人类的表达谱或代表具交界性诊断的人类的表达谱)相比较。所述基因表达谱和所述一个或一个以上参考表达谱包含PBMC中一个或一个以上MDS疾病基因的表达模式。所述基因表达谱与所述一个或一个以上参考表达谱之间的差异或相似性表明个体的MDS的存在、不存在、发生、发展、进展或治疗有效性。MDS疾病基因可以视情况包括一个或一个以上选自表4、表6或表8的基因。基因表达谱和参考表达谱可以包括仅一个基因或两个或两个以上(例如，三个或三个以上、四个或四个以上、五个或五个以上、六个或六个以上、八个或八个以上、十个或十个以上、十五个或十五个以上、二十个或二十个以上、四十个或四十个以上、六十个或六十个以上、一百个或一百个以上、两百个或两百个以上、三百个或三百个以上或四百个或四百个以上)基因的表达模式。在一些实施例中，使用较少数量(例如，2个、至多3个、至多4个、至多5个、至多6个、至多8个、至多10个、至多15个、至多20个、至多40个、至多60个、至多100个或至多200个)的基因。可以例如通过/t最近邻分析法或加权投票算法进行基因表达谱与参考表达谱的比较。根据比较，可以诊断取样的个体患有MDS或诊断为无MDS或无疾病；或能够评定现存MDS的变化，诸如与进展或治疗相关的变化。本发明还提供一种使用一个或一个以上获自表6的基因鉴别可能发展成急性髓性白血病(AML)的MDS患者的方法。所述方法包括从获自MDS患者的外周血样中产生基因表达谱，和将基因表达谱与一个或一个以上参考表达谱(例如，代表患AML人类的表达谱、代表己知发展成AML的患MDS人类的表达谱或代表已知不会发展成AML的患MDS人类的表达谱)相比较。所述基因表达谱和所述一个或一个以上参考表达谱包括PBMC中一个或一个以上选自表6的白血病疾病基因的表达模式。所述基因表达谱与所述一个或一个以上参考表达谱之间的差异或相似性表明MDS患者发展成AML的可能性。选自表6的白血病疾病基因视情况不同于表2中所述的基因，但也可以包括表2中的基因。选自表6的白血病疾病基因视情况也为表8中所述的基因。另一方面，本发明提供用于评估所关注的患者的白血病的治疗有效性的方法。这些方法包含将所关注的患者的外周血样中至少一个白血病疾病基因的表达谱与相同基因的参考表达谱相比较，其中所述外周血样是在起始治疗后从患者体内分离，并且当与无疾病人类体内的未分离PBMC相比较时，所使用的各白血病疾病基因在患有经评估的白血病的患者的未分离PBMC中差别表达。在一实例中，所评定的白血病为MDS，并且所使用的白血病疾病基因包括一个或一个以上选自表4的基因。治疗期间，所关注的患者的白血病疾病基因的表达谱与无疾病人类的相应表达谱之间差异的消除或减少表明对所关注的患者的治疗有效性。与常规方法相比，基于基因表达谱的方法可能对检测疾病进展或缓解具有提高的敏感性。另一方面，本发明提供用于评估对于防止所关注的患者由MDS发展成AML的治疗的有效性的方法。这些方法包含将所关注的患者的外周血样中的至少一个白血病疾病基因的表达谱与相同基因的参考表达谱相比较，其中所述外周血样是在起始治疗后从患者体内分离，并且当与AML患者相比较时，所使用的各白血病疾病基因在MDS患者的未分离PBMC中差别表达。适用于这一目的的白血病疾病基因的实例包括(但不限于)表6中所述的基因。治疗期间，所关注的患者的白血病疾病基因的表达谱表明对于防止患者由MDS发展成AML的治疗的有效性。本发明还提供例如可用于诊断MDS或其它白血病的阵列。所述阵列包括具有若干地址(address)的底物；各地址上安置有不同探针，诸如不同的核酸序列或不同的抗体可变区。在一些实施例中，至少15%(或至少30%或至少50%)的地址具有能够特异性检测PBMC中的MDS疾病基因的探针；所述MDS疾病基因视情况选自表4。在其它实施例中，至少15%(或至少30%或至少50%)的地址具有能够特异性检测选自表4或表6的基因的探针；所选择的基因与表2中所述的基因不同，但也可以包括表2中的基因。本发明还提供可能编码于计算机可读媒体中的以数字编码的表达谱，其例如可用作评估外周血样的基因表达谱的参考表达谱。各表达谱包括一个或一个以上以数字编码的表达信号，所述信号包括表示选自表4或表6的基因的表达情况的值；所选择的基因不同于表2中所述的基因，但包括表示得自表2的基因表达情况的值的以数字编码的表达信号可另外包括于表达谱中。以数字编码的表达信号的值可以例如表示患MDS人类或患AML人类的PBMC中基因的表达情况。各表达谱可以包括单一以数字编码的表达信号，或可以包括两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或九个以上以数字编码的表达信号，诸如至少十个、至少二十个、至少三十个、至少四十个、至少五十个、至少一百个或至少两百个表达信号。另一方面，本发明提供可用于诊断白血病的试剂盒。在一实施例中，所述试剂盒包括一个或一个以上能够特异性检测PBMC中的MDS疾病基因(视情况选自表4)的探针。所述探针视情况为在严格杂交条件或核酸阵列杂交条件下与MDS疾病基因的RNA转录物或其互补序列杂交的聚核苷酸，或视情况为结合MDS疾病基因产物的抗体可变结构域。在另一实施例中，所述试剂盒包括一个或一个以上能够特异性检测选自表4和表6的基因的探针；所选择的基因与表2中所述的基因不同，但也可以另外包括针对表2中的基因的探针。选自表4和表6的基因还可以视情况为表8中所述的基因。试剂盒还包括一个或一个以上对照，其各自表示可通过探针检测的基因的参考表达水平。另一方面，本发明提供一种对白血病(诸如AML或MDS)的治疗过程作决定(例如选择支付类别)的方法。所述方法包括根据作为个体外周血样中一个或一个以上基因表达的函数的值，将所述个体分配到某一类别中，从而作出关于所述个体的决定。所述基因包括一个或一个以上得自表4和表6而非表2中所述基因中的基因，但也可以考虑表2中所述基因的表达。在一些实施例中，所述一个或一个以上基因也选自表8所述的基因。所述决定可例如包括基于将所述个体分配到所述类别中来选择治疗，诸如AML治疗、MDS治疗、其它白血病治疗或不进行治疗。所述决定还可包括根据所述分配投与治疗或拒绝投与治疗；提出、递交或接收处方；或批准、支付或转移资金以支付治疗。如本文所使用的"治疗"是指处理疾病或病况；或确定所述疾病或病况的成因或症状；或例如通过改良另一治疗的效力或确定副作用来改良所述治疗的任何行动(与所述行动打算作为例如预防、治疗或减轻无关)。所述决定可诸如记录于计算机可读媒体中。本发明还提供一种提供关于作出有关个体的决定的信息的方法。所述方法包括提供(例如，通过接收)对个体的评估，其中所述评估是通过本文所述的方法作出，诸如通过测定所述个体的外周血样中一个或一个以上基因的表达水平从而提供一个值来作出评估。所述基因包括一个或一个以上得自表4和表6而非表2中所述基因中的基因，但也可以考虑表2中所述基因的表达。所述方法还包括提供所述值与参考值的比较，从而提供关于作出有关所述个体的决定的信息。所述方法还可包括作出所述决定或诸如通过计算机、光盘、电话、传真或信件与另一方交流所述信息。所述决定可包括选择支付的个体；或当所述个体呈现在白血病(例如，AML或MDS)中所观察到的基因表达水平、模式或谱图时，提出或批准对第一期行动进行支付，并且当所述个体呈现在不同白血病(例如，MDS或AML)或无白血病人类中所观察到的基因表达水平、模式或谱图时，提出或批准对第二期行动进行支付。支付可从第一方到第二方。第一方可为除患者外的其它方，诸如第三方支付人、保险公司、用人单位、用人单位赞助的健康计划、HMO或政府实体。在一些实施例中，第二方选自个体、护理人员、治疗医师、HMO、医院、政府实体或销售或供应药物的实体。一方面，本发明提供一种进行数据记录的方法。所述方法包括将本文所述方法的结果输入记录(例如，计算机可读记录)中。在一些实施例中，所述记录经评估和/或递交到第三方支付人、保险公司、用人单位、用人单位赞助的健康计划、HMO或政府实体或护理人员、治疗医师、HMO、医院、政府实体或销售或供应药物的实体。一方面，本发明提供一种提供数据的方法。所述方法包括提供例如通过本文所述的方法产生的本文所述的数据，以提供记录(例如本文所述的记录)以确定是否提供支付。在一些实施例中，所述数据是由计算机、光盘、电话、传真、电子邮件或信件提供。在一些实施例中，所述数据是由第一方提供到第二方。在一些实施例中，第一方选自个体、护理人员、治疗医师、HMO、医院、政府实体或销售或供应药物的实体。在一些实施例中，第二方为第三方支付人、保险公司、用人单位、用人单位赞助的健康计划、HMO或政府实体。在一些实施例中，第一方选自个体、护理人员、治疗医师、HMO、医院、保险公司或销售或供应药物的实体，且第二方为政府实体。在一些实施例中，第一方选自个体、护理人员、治疗医师、HMO、医院、保险公司或销售或供应药物的实体，且第二方为保险公司。一方面，本发明提供一种发送本文所述的记录的方法。所述方法包括第一方诸如通过计算机、光盘、电话、传真、电子邮件或信件将所述记录递交给第二方。在一些实施例中，第二方选自个体、护理人员、治疗医师、HMO、医院、政府实体或销售或供应药物的实体。在一些实施例中，第一方为保险公司或政府实体，且第二方选自个体、护理人员、治疗医师、HMO、医院、政府实体或销售或供应药物的实体。在一些实施例中，第一方为政府实体或保险公司，且第二方选自个体、护理人员、治疗医师、HMO、医院、保险公司或销售或供应药物的实体。本发明的其它特征、目的和优势将在下文的具体实施方式中显而易见。然而，应理解，尽管具体实施方式指出本发明的优选实施例，但其仅以说明的方式而非限定性方式给出。所属领域技术人员根据具体实施方式将了解在本发明范围内所作的各种改变和变更。无具体实施例方式本发明提供全血样本或包含未分离PBMC的样本用于诊断或监测AML和MDS的进展或治疗的用途。当与无疾病人类相比时，在AML(或MDS)患者的未分离PBMC中差别表达的基因可得以鉴别。这些基因可用作诊断或评估对所关注患者的AML(或MDS)的治疗的替代标记。当与MDS患者相比时，在AML患者的未分离PBMC中差别表达的基因也可得以鉴别。这些基因可用于监测所关注的患者的MDS的进展。本发明无需进行特定细胞亚型(例如，CD34+或AC133+)的阳性选择，从而能够允许对AML和MDS进行快速诊断和评估。类似地，可根据本发明评定其它白血病，诸如急性淋巴母细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、慢性髓性白血病或毛细胞白血病。本发明的各个方面将于以下分节中进一步进行详述。分节的使用不打算限制本发明。各分节可适用于本发明的任何方面。在本申请案中，除非另作说明，否则"或"的使用意谓"和/或"。A.腳，疯疾谅基顺層方兹本发明提供核酸阵列的用途，其是用于鉴别与无疾病人类或患有不同类型白血病的患者相比，在白血病患者的未分离PBMC中差别表达的基因。核酸阵列允许一次性定量检测大量基因的表达谱。适用于这一目的的核酸阵列的非限制性实例包括0^"^@微阵列(Affymetrix，SantaClara,CA)、cDNA微阵列(AgilentTechnologies,PaloAlto,CA)和微珠阵列(美国专利第6,288,220号和第6,391,562号)。可用一个或一个以上标记部分对欲与核酸阵列杂交的聚核苷酸进行标记，以允许检测杂交聚核苷酸复合物。标记部分可包括可通过光谱、光化学、生物化学、生物电子学、免疫化学、电学、光学或化学方式检测的组成。示范性标记部分包括(但不限于)放射性同位素、化学发光化合物、经标记结合蛋白、重金属原子、光谱标记(诸如荧光标记或染料)、磁性标记、连接酶、质谱标签、自旋标记、电子转移供体和受体等。欲与核酸阵列杂交的聚核苷酸可为cDNA、cRNA或其它类型的核酸分子。可以纯杂交或差别杂交格式进行杂交反应。在纯杂交格式中，将得自一个样本(诸如AML或MDS患者或无疾病人类的未分离PBMC)的聚核苷酸与核酸阵列上的探针杂交。形成杂交复合物后所检测的信号与所述样本中的聚核苷酸水平相关。在差别杂交格式中，用不同标记部分(例如，分别为Cy3和Cy5)对得自两个生物样本(诸如一个来自AML或MDS患者且另一个来自无疾病人类)的聚核苷酸进行标记。使这些经不同标记的聚核苷酸的混合物与核酸阵列杂交。随后，在可独立检测来自两种不同标记的发射的条件下检验核酸阵列。可使用市售软件(诸如Affymetrix或AgilentTechnologies所提供的软件)分析从核酸阵列聚集的信号。杂交实验中还包括诸如针对扫描灵敏度、探针标记或cDNA定量的对照。在许多实施例中，在进行进一步分析之前，依比例确定核酸阵列的信号或将其标准化。可将基因的表达信号标准化，从而当在类似测试条件下使用一种以上阵列时可考虑杂交强度的变化。也可使用从各阵列上所含的内部标准化对照得到的强度使个别聚核苷酸复合物的杂交信号标准化。此外，可使用所述样本中具有相对一致表达水平的基因使其它基因的表达水平标准化。在一实施例中，使所述样本的表达水平标准化，从而使平均值为零，且标准差为1。在另一实施例中，对来自核酸阵列的表达信号进行排除基因的差异过滤，从而展示不同种类样本中的最小或不显著的差异。将白血病患者的未分离PBMC的表达谱与无疾病人类的相应表达谱相比较。当与无疾病人类的未分离PBMC相比时，在白血病患者的未分离PBMC中差别表达的基因可得以鉴别。这些基因在下文中称为白血病疾病基因。"差别表达"意谓，白血病患者的未分离PBMC中白血病疾病基因的平均表达水平在统计学上与无疾病人类的未分离PBMC中的表达水平显著不同。在许多情况中，有关所观察的差异的Studentt检验(例如，两侧分布(two-taileddistribution)、两组样本的不等方差(twosampleunequalvariance))的p值不超过0.05、0.01、0.005、0.001、0.0005、0.0001或更低。白血病患者的未分离PBMC中白血病疾病基因的平均表达水平可实质上高于或低于无疾病PBMC中的表达水平。举例来说，白血病患者的PBMC中白血病疾病基因的平均表达水平可比无疾病人类的PBMC中的表达水平高或低至少1、2、3、4、5、10、20倍或更高倍数。类似地，可对在患有不同白血病(例如，AML对比MDS)的患者中差别表达的白血病疾病基因进行鉴别。也可使用监督或无监督聚类算法(supervisedorunsupervisedclusteringalgorithm)鉴别白血病疾病基因。监督聚类算法的非限制性实例包括最近邻分析法、支持向量机(supportvectormachines)、SAM(微阵列显著性分析)方法、人工神经网络(artificialneuralnetwork)和SPLASH。无监督聚类算法的非限制性实例包括自组织图(self-organizedmap，SOM)、k平均、主成分分析(principalcomponentanalysis)禾口分级聚类(hierarchicalclustering)。最近邻分析法(也称为近邻分析法)描述于Golub等人，(1999)Science286:531-537:Slonim等人,(2000)Procs.oftheFourthAnnualInternationalConferenceonComputationalMolecularBiology,Tokyo,Japan.4月8日到11日，第263-272页；和美国专利第6,647,341号中，所有所述专利文献都是以引用的方式并入本文中。在所述分析中，各基因的表达谱可以表达向量g^(e,，e2，e3,...，en)表示，其中e,与第i个样本中基因"g"的表达水平相对应。类别差异可以理想化表达模式C二(d,C2，C3.,.，Cn)表示，其中&=1或-1，这视第i个样本是从类别0还是类别1中分离而定。类别0包括具有第一疾病状态(例如无疾病)的个体，且类别1包括具有第二疾病状态(例如AML或MDS)的个体。也可使用其它形式的类别差异。通常，类别差异表示一种理想化表达模式，其中基因表达水平在一个类别的样本中都极高，而在另一类别的样本中都极低。基因"g"与类别差异之间的相关性可通过信杂比分数来测量P(g,c)=[w(g)-H2(g)]/[a《g)+a2(g)]，其中m(g)和w(g)分别表示类别O和类别1中基因"g"的经对数变换的表达水平的平均值，且a!(g)和a2(g)分别表示类别0和类别1中基因"g"的经对数变换的表达水平的标准差。较高的信杂比分数绝对值表明，基因在一个类别中比在另一类别中的表达水平高。在一实例中，用于得出信杂比分数的样本包含富集的未分离PBMC或经纯化的未分离PBMC，且因此信杂比分数P(g,c)表示类别差异与未分离PBMC中基因"g"的表达水平之间的相关性。如所属领域技术人员所了解，也可通过其它方法，诸如通过Pearson相关系数或欧氏距离(Euclideandistance)测量基因"g"与类别差异之间的相关性。可使用随机假设检验(randompermutationtest)来评价未分离PBMC的基因表达谱与类别差异之间的相关性的显著性。当与随机模式相比较时，类别差异的近邻内基因的异常高的密度表明，许多所述基因都具有与类别差异显著相关的表达模式。可通过近邻分析图以图解方式观察基因与类别差异之间的相关性，其中y轴表示在类别差异周围各个近邻内基因的数量，且x轴表示近邻的尺寸(即P(g，c))。图中还可包括展示关于随机假设的类别差异的相应近邻内基因数量的不同显著性水平的曲线。在许多实施例中，由本发明所鉴别的白血病疾病基因在近邻分析图中都高于平均显著性水平。这意谓着，这些白血病疾病基因中每一基因的相关性量度P(g，c)都使得具有P(g，C)尺寸的类别差异近邻内基因的数量大于随机假设的类别差异的相应近邻内处于平均显著性水平的基因数量。本发明所鉴别的白血病疾病基因也可超过40%、30%、20%、10%、5%、2%或1%显著性水平。如本文所使用的x呢显著性水平意谓，x呢的随机近邻含有与类别差异周围的实际近邻同样多的基因。可使用通过最近邻分析法所鉴别的白血病疾病基因构建类别预测因子。每一类别预测因子都包括两个或两个以上白血病疾病基因，并且可用于将所关注的个体分配到疾病状态(例如，AML、MDS或无疾病)中。在一实施例中，类别预测因子包括经假设检验证实与类别差异显著相关的白血病疾病基因(诸如高于1%、2%、5%、10%、20%、30%、40%或50%显著性水平的基因)或由所述基因组成。在另一个实施例中，类别预测因子包括具有P(g,c)的最大绝对值的白血病疾病基因或由所述基因组成。也可使用SAM法将疾病状态与未分离PBMC中的基因表达谱联系起来。可使用微阵列预测分析(PAM)法鉴别能最好表征预定疾病或无疾病类别并且预测新样本的类别成员的类别预测因子。例如参看Tibshirani等人，(2002)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.99:6567-6572。本发明的类别预测因子的预测准确性可以通过k倍交叉验证(诸如IO倍交叉验证、4倍交叉验证或留一交叉验证)评估。在典型的k倍交叉验证中，将数据分成约相同大小的k个子集。将模型训练k次，每一次都从训练集中留出一个子集，并且将遗漏的子集用作测试样本以计算预测误差。如果k等于样本尺寸，那么其为留一交叉验证。还可使用其它方法来鉴别白血病疾病基因。这些方法包括(但不限于)定量RT-PCR、Northern印迹法、原位杂交、蛋白质阵列、免疫分析(例如ELISA、RIA或Western印迹法)、差异显示技术、基因表达的连续分析(SAGE)、代表性差异分析法(RDA)、消减杂交、GeneCalling(CuraGen,NewHaven,CT)和总基因表达分析(TOGA)。由此鉴别的基因相对于一类个体在另一类个体的未分离PBMC中差别表达，各类个体具有不同的疾病状态(例如，AML、MDS或无疾病)。也可使用上述方法鉴别其在未分离PBMC中的表达谱预示白血病患者的白血病进展的不同阶段或对治疗性治疗的不同临床反应的基因。举例来说，可将最终发展成AML的MDS患者的PBMC中的基因表达谱与不发展成AML的MDS患者的相应基因表达谱相比较。可对在这两类患者中差别表达的基因进行鉴别并且将其用于预测MDS到AML的进展。另举例来说，可根据白血病患者对治疗性治疗的反应将其分组。随后使用全局性基因表达分析来鉴别相对于一组患者在另一组患者的PBMC中差别表达的基因。由此鉴别的基因将预示白血病患者对治疗性治疗反应的临床结果。5.AML浙MZW疾谅基^必鉴激使用HG-U133AGenechips(Affymetrix，Inc.)鉴别AML或MDS疾病基因。对当与无疾病人类相比时在AML(或MDS)患者的未分离PBMC中差别表达的基因进行鉴别。还对当与MDS患者相比时在AML患者的未分离PBMC中差别表达的基因进行鉴别。表1中列出当与AML样本杂交时，HG-U133AGenechips⑧上与无疾病样本相比展示升高或降低的信号的限定符。表1中的每一限定符都与AML疾病基因对应，当与无疾病人类相比时，所述AML疾病基因在AML患者的未分离PBMC中差别表达。各限定符的杂交信号表示未分离PBMC中相应基因的表达水平。表1还说明有关AML("AML平均值")或无疾病样本("无疾病平均值")的各限定符的平均杂交信号。还提供这些信号的标准差(分别为"AMLStDev"和"无疾病StDev")。此外，还提供AML与无疾病杂交信号之间的比率("AML/无疾病")和针对所观察的差异的Studentt检验(例如，两侧分布、两组样本的不等方差)的p值。表1.相对无疾病PBMC在AMLPBMC中差别表达的基因<table>tableseeoriginaldocumentpage16</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage17</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage18</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage19</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage20</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage21</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage22</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage23</column></row><table><table>complextableseeoriginaldocumentpage24</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage25</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage26</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage27</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage28</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage29</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage30</column></row><table>表2.对于相对于无疾病PBMC在AMLPBMC中差别表达的基因的注释<table>tableseeoriginaldocumentpage30</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage31</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage32</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage33</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage34</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage35</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage36</column></row><table><table>complextableseeoriginaldocumentpage37</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage38</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage39</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage40</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage41</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage42</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage43</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage44</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage45</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage46</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage47</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage48</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage49</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage50</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage51</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage52</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage53</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage54</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage55</column></row><table><table>complextableseeoriginaldocumentpage56</column></row><table>HG-U133AGenechip⑧上的每一限定符都表示一组与Genechip⑧上的个别区域稳定连接的寡核苷酸探针(PM或良好匹配探针)。由限定符鉴别的基因的RNA转录物(或其互补序列)可在核酸阵列杂交条件下与至少一个具有所述限定符的寡核苷酸探针杂交。基因的RNA转录物(或其互补序列)在核酸阵列杂交条件下优选不与具有所述限定符的错配(MM)探针杂交。错配探针与对应的PM探针的不同之处在于，错配探针的中心处或邻近错配探针中心处存在单一同数取代(homomericsubstitution)。举例来说，对于25-mer的PM探针来说，MM探针在第13位处具有同数碱基改变。在一实施例中，由限定符鉴别的基因的RNA转录物(或其互补序列)可在核酸阵列杂交条件下与至少50%、60%、70%、80%、90%或100%的具有所述限定符的PM探针杂交，但不与相应的错配探针杂交。如通过相应探针对的杂交强度差异(即，PM-MM)比总体杂交强度(即，PM+MM)的比率所测量，这些PM探针中每一个的辨识分数(R)可不低于0,015、0.02、0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5或更高。在另一实施例中，当根据制造商的说明与HG-U133AGenechip⑧杂交时，基因的RNA转录物(或其互补序列)在默认设置(即，临界值T为0.015且显著性水平a,为0.4)下在相应限定符处产生"存在"指令。参看GeneChipExpressionAnalysis-DataAnalysisFundamentals(第701190部分，第2修订本，Affymetrix,Inc.2002)，其整体内容是以引用的方式并入本文中。HG-U133AGenechips⑧上各PM探针的序列和得到PM探针的耙序列可易于从Affymetrix网站的Affymetrix序列数据库获得。例如参看HG-U133A—probe—tab.zip，其整体内容是以引用的方式并入本文中。表2列出以表1中的限定符表示的基因。这些基因以及其相应的unigeneiD和Entrez登记号都是根据AffymetrixGenechip⑧注释逬行鉴别。Unigene是由非重复的基因导向聚类(gene-orientedcluster)构成。据信，各Unigene聚类包括表示独特基因的序列。Entrez数据库收集各种来源的序列，诸如GenBanJc、RefS叫和PUB。各限定符的寡核苷酸探针可从其相应的Entrez序列获得。表3中描述当与MDS样本杂交时，与无疾病样本相比展示升高或降低的信号的限定符。己提供MDS("MDS平均值")或无疾病("无疾病平均值")样本在各限定符处的平均杂交信号，以及其相应的标准差(分别为"MDSStDev"和"无疾病StDev")。此外，还提供平均杂交信号之间的比率("MDS/无疾病")和针对所观察的差异的Studentt检验(例如，两侧分布、两组样本的不等方差)的p值。表4进一步描述以表3中的限定符表示的基因。表5中描述当与AML样本杂交时，与MDS样本相比展示升高或降低的信号的限定符。与表1和表3类似，表5中提供AML或MDS样本在各限定符处的平均杂交信号(分别为"AML平均值"和"MDS平均值")、相应的标准差(分别为"AMLStDcv"和"MDSSteDev")、杂交信号之间的比率("AML/MDS")和针对所观察的差异的p值。在表6中进一歩描述以表5中的限定符表示的基因。表3.相对于无疾病PBMC在MDSPBMC中差别表达的基因<table>tableseeoriginaldocumentpage57</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage58</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage62</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage64</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage65</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage66</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage67</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage69</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage70</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage71</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage72</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage73</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage74</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage75</column></row><table>96%、97%、98%、99%或更高序列一致性)的基因进行鉴别。由此鉴别的基因的RNA转录物(或其互补序列)可在严格杂交条件下或核酸阵列杂交条件下与具有所述限定符的PM探针杂交。因此，表1、3和5中的限定符不仅表示所述表中明确描述的基因，而且还表示未列出但仍然能够在严格杂交条件或核酸阵列杂交条件下与具有所述限定符的PM探针杂交的基因。如本文所使用，"严格条件"至少与表7中的条件G-L—样严格。"高度严格条件"至少与表7中的条件A-F—样严格。对于每一条件来说，杂交都是在相应杂交条件(杂交温度和缓冲液)下进行约4小时，接着在相应洗涤条件(洗涤温度和缓冲液)下进行两次各20分钟的洗涤。表7.严格条件<table>tableseeoriginaldocumentpage76</column></row><table>、杂交体长度为杂交聚核苷酸的杂交区所预期的长度。当将聚核苷酸与未知序列的靶聚核苷酸杂交时，假定杂交体长度为杂交聚核苷酸的长度。当杂交已知序列的聚核苷酸时，杂交体长度可通过比对聚核苷酸序列且鉴别具有最佳序列互补性的区域加以测定。h:杂交和洗涤缓冲液中，可用SSPE(lxSSPE为0.15MNaCl、10mMNaH2P04和1.25mMEDTA，pH7.4)替代SSC(lxSSC为0.15MNaCl和15mM拧檬酸钠)。TB*-TR*:预期长度小于50个碱基对的杂交体的杂交温度应比杂交体的熔解温度(Tm)低5-l(TC，其中T^是根据以下等式确定。对长度小于18个碱基对的杂交体来说，Tmrc)=2(八+丁碱基的数目)+4(0+(:碱基的数目)。对长度在18个与49个碱基对之间的杂交体来说，Tm(°C)=81.5+16.6(log10Na+)+0.41(G+C%)-(600/N),其中N为杂交体中碱基的数目，且Na+为杂交缓冲液中钠离子的摩尔浓度(对于lxSSC来说，Na+=0.165M)。C.MDS、AMI或,S7^&錄游茨后、珍箭浙治#遂齊本发明的白血病疾病基因可用于MDS、AML或其它白血病的诊断和预后。举例来说，所述疾病基因可用于鉴别可能发展成急性髓性白血病(AML)的MDS患者。还可以使用白血病疾病基因评估所关注的患者的白血病的进展或治疗有效性。可以根据本发明评定任何类型的白血病。这些白血病的实例包括(但不限于)AML、MDS、急性淋巴母细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、慢性髓性白血病和毛细胞白血病。所述诊断和预后通常涉及所关注的白血病患者的一个或一个以上疾病基因的外周血表达谱与至少一个参考表达谱的比较。在一实施例中，对用于诊断和预后的疾病基因加以选择，从而在基于类别的相关性分析(诸如，最近邻分析法)中使各疾病基因的外周血表达谱与类别差异联系起来，其中所述类别差异表示具有不同临床结果的白血病患者的外周血样中所选基因的理想化表达模式。在许多情况下，在随机假定检验中，所选疾病基因以高于50%、25%、10%、5%或1%的显著性水平与类别差异相关。还可对疾病基因加以选择，从而使一类白血病患者的外周血样中各疾病基因的平均表达谱在统计学上与另一类白血病患者或无疾病人类中的表达谱不同。举例来说，针对所观察的差异的Studentt检验的p值可不超过0.05、0.01、0.005、0,001或更低。此夕卜，可对疾病基因加以选择，从而使一类患者中各疾病基因的平均外周血表达水平与另一类患者或无疾病人类中的表达水平具有至少2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或20倍的差异。可将所关注的个体的外周血样中白血病疾病基因的表达谱与相同基因的参考表达谱相比较，以用于诊断或评估所关注的个体的白血病的进展或治疗情况。参考表达谱可使用与所关注的个体的外周血样相同类型的外周血样(例如，全血样本或包含富集的未分离PBMC的血样)制备。两种表达谱可以使用相同的制备程序或方法来制备。因此，对于所关注的个体的表达谱中的每一组分来说，参考表达谱中存在至少一种相应的组分。参考表达谱可以经预先测定或预先记录。其还可以与测定所关注的个体的表达谱同时制备或在其之后制备。本发明所使用的每一表达谱都可具有任何格式，诸如表格格式、图形格式或电子或数字格式。本发明中所使用的参考表达谱通常包括表明无疾病人类或患有已知白血病的患者的外周血样中白血病疾病基因的表达模式的值或范围，或由所述值或范围组成。在一实施例中，参考表达谱包含无疾病人类的外周血样中各白血病疾病基因的平均表达水平。在另一实例中，参考表达谱包含患有所研究的白血病的患者的外周血样中各白血病疾病基因的平均表达水平。可使用任何求平均方法，包括(但不限于)算数平均、调和平均、绝对值平均、对数变换值的平均和加权平均。参考表达谱可包括多种表达谱，各表达谱都表示临床结果已知或可测定的特定白血病患者中疾病基因的外周血表达模式。举例来说，参考表达谱可包括两个或两个以上个别表达谱，其各自表示不同白血病患者或无疾病志愿者的外周血样中白血病疾病基因的表达谱。可以使用模式识别算法(诸如，加权投票算法、&最近邻算法或支持向量机)来比较所关注的个体的表达谱与这些个别参考表达谱。适用于本发明的参考表达谱可含有所使用的各白血病疾病基因的表达水平范围。可对各范围加以选择以反映无疾病人类或患有已知白血病的患者的外周血样中相应基因的表达水平的变化。举例来说，可选择所述范围为距无疾病人类(或患有已知白血病的患者)的外周血样中相应基因的平均表达水平的一个标准差(或其倍数或分数)的范围。当所关注的个体的基因表达水平在所述范围内时，可对于所述基因作出"类似"指令。其它类型的参考表达谱也可用于本发明中。举例来说，可以将数值界限值用作参考。可以任何形式构建所关注的患者的表达谱和参考表达谱。在一实施例中，表达谱包含结果预测中所使用的各疾病基因的表达水平。表达水平可为绝对水平、标准化水平或相对水平。适当的标准化程序包括(但不限于)核酸阵列基因表达分析中所使用的程序或ffill等人，(2001)GenomeBiol.,2:research0055.1-0055.13中所述的程序。在一实例中，使表达水平标准化，从而使平均值为零且标准差为1。在另一实例中，如所属领域技术人员所了解，根据内部或外部对照将表达水平标准化。在又一实例中，将表达水平对比血样中一种或一种以上具有已知丰度的对照转录物进行标准化。在许多情况下，使用相同或相当的方法构建所关注的患者的表达谱和参考表达谱。在另一实施例中，所比较的各表达谱包含不同疾病基因表达水平之间的一个或一个以上比率。表达谱还可包括能够表示基因表达模式的其它量度。适用于本发明的外周血样包括(但不限于)全血样本或包含未分离PBMC的样本。在许多实施例中，使用包含富集的未分离PBMC的外周血样。"富集"意谓样本中PBMC的百分比高于其在全血中的百分比。在许多情况中，富集样本中至少75%、80%、85%、90%、95%、99%或100%的细胞为PBMC。适用于制备富集的未分离PBMC的方法包括(但不限于)Ficoll梯度离心或细胞纯化管(CPT)。还可以使用其它常规方法制备富集的未分离PBMC。表达谱的构建通常涉及检测用于诊断或预后中的各疾病基因的表达水平。有多种方法可用于这一目的。举例来说，可通过测量基因的RNA转录物的水平来测定基因表达水平。适当方法包括(但不限于)定量RT-PCR、Northern印迹法、原位杂交、狭缝印迹法、核酸酶保护分析和核酸阵列(包括微珠阵列)。还可通过测量由基因编码的多肽的水平来测定基因表达水平。适当方法包括(但不限于)免疫分析(诸如，ELISA、RIA、FACS或Western印迹法)、二维凝胶电泳、质谱法或蛋白质分析。所关注个体的白血病疾病基因的表达谱可以通过测量所述个体外周血样中各所述基因的RNA转录物水平来进行测定。适用于这一目的的方法包括(但不限于)定量RT-PCR、竞争性RT-PCR、实时RT-PCR、差别显示RT-PCR、Northern印迹法、原位杂交、狭缝印迹法、核酸酶保护分析和核酸阵列(包括微珠阵列)。还可以通过测量所关注个体的外周血样中各所述基因的蛋白质产物水平来测定白血病疾病基因的表达谱。适用于这一目的的方法包括(但不限于)免疫分析(例如，ELISA(酶联免疫吸附分析)、RIA(放射免疫分析)、FACS(荧光活化细胞分拣器)、Western印迹法、斑点印迹法、免疫组织化学或基于抗体的放射成像、蛋白质分析、高通量蛋白质测序、二维SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳和质谱法。此外，还可以使用由白血病疾病基因编码的蛋白质产物的生物活性(例如，酶活性或蛋白质/DNA结合活性)来测量所关注外周血样中基因的表达水平。白血病疾病基因的表达谱可具有任何形式。在一实施例中，表达谱包括所使用的各白血病疾病基因的表达水平。各表达水平可为绝对表达水平，或经标准化的表达水平或相对表达水平。适用于使不同基因的表达水平标准化的方法包括(但不限于)Hill等人，(2001)GenomeBiol，2:research0055.1-0055.13禾口GenechipExpressionAnalysis-DataAnalysisFundamentals(第701190部分，第2修订本，Affymetrix,Inc.,2002)中所述的方法，所述文献都是以全文引用的方式并入本文中。在一实例中，各白血病疾病基因的表达水平是根据内部或外部对照标准化。还可以将各白血病疾病基因的表达水平对比所使用的样本中一种或一种以上具有已知丰度的对照转录物进行标准化。白血病疾病基因的表达谱还可包括不同白血病疾病基因表达水平之间的一个或一个以上比率(例如，在白血病患者的PBMC中上调的基因的表达水平与下调的基因的表达水平之间的比率)。白血病疾病基因与非白血病疾病基因的表达水平之间的比率也可用于构建白血病疾病基因的表达谱。还可以使用表明基因表达模式的其它量度来制备基因表达谱。所关注的个体的表达谱与参考表达谱之间的差异或相似性可以通过评定两种表达谱中相应组分之间的差异或相似性来测定。适用于这一目的的方法包括(但不限于)倍数变化或绝对差异。在一实例中，如果所关注的个体的白血病疾病基因的表达水平与参考表达谱中相应的参考水平之间的差异小于参考水平的50%、40%、30%、20%或10%，那么认为这两种水平类似。在另一实例中，如果所关注的个体的白血病疾病基因的表达水平在参考表达谱中的相应参考水平的标准差(或其倍数或分数)的范围内，那么认为所述所关注的个体的白血病疾病基因的表达水平与所述参考水平类似。可对有关所关注的个体的表达谱与参考表达谱之间的整体相似性的标准加以选择，从而使白血病诊断或评定的准确性(正确指令与不正确指令的总和中正确指令所占比率)相对较高。举例来说，可对相似性标准加以选择从而使白血病诊断或评定的准确性为至少50%、60%、70%、80%、90%或更高。在一实例中，如果认为所关注的个体的表达谱中至少50%、60%、70%、80%、90%或更高百分比的组分与参考表达谱中的相应组分类似，那么作出整体类似的指令。表达谱中的不同组分在比较中可具有相同或不同的权重。也可以将基于基因表达的方法与其它临床测试组合以提高白血病诊断或评定的准确性。加权投票算法能够将类别成员分配到所关注的个体。参看Golub等人，屌^i:乂；和Slonim等人，厨J:文。适用于这一目的的软件程序包括(但不限于)GeneCluster2软件(BroadInstitute,Cambridge,MA)。在一种形式的加权投票分析中，将所关注的个体分配到两类(即，类别0和类别1)中的一类中，每一类别表示不同的疾病状态(例如，AML、MDS或无疾病)。举例来说，类别0可包括无疾病人类且类别1包括MDS(或AML)患者。另举例来说，类别0可包括AML患者且类别1包括MDS患者。一组AML或MDS疾病基因可选自表2、4或6以形成分类因子(即，类别预测因子)。所述分类因子中的每一基因将加权投票投到两类(类别0和类别1)中的一类中。基因"g"的得票数可定义为vg=ag(xg-bg)，其中ag等于P(g，c)并且反映基因"g"的表达水平与类别0和类别1之间的类别差异之间的相关性。bg等于[x0(g)+xl(g)]/2，其为类别0和类别1中基因"g"的表达水平的平均对数的平均值。Xg表示所关注的样本中基因"g"的表达水平的标准化对数。正Vg表示类别0的得票数，且负vg表示类别1的得票数。VO表示所有正得票数的总和，且VI表示所有负得票数的总和的绝对值。预测强度PS定义为PS=(V0-V1)/(V0+Vl)。可使用交叉验证来评估根据加权投票算法产生的类别预测因子的准确性。在一实施例中，交叉验证包括预扣己用于近邻分析中用于鉴别疾病基因的样本。类别预测因子是基于保留样本产生且随后用于预测所预扣的样本的类别。对已用于近邻分析中的每一样本重复这一过程。通过交叉验证评估具有不同白血病疾病基因的类别预测因子，并且可对具有最准确预测的最佳类别预测因子进行鉴别。可将任何数量的白血病疾病基因用于本发明中。在一实施例中，将至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或更多个选自表2的基因用于所关注的个体的AML的诊断或对所述AML的治疗有效性的评估。在另一实施例中，将至少l、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或更多个选自表4的基因用于所关注的个体的MDS的诊断或对所述MDS的治疗有效性的评估。在另一实施例中，将至少l、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或更多个选自表6的基因用于诊断或评估所关注的个体的MDS的进展或治疗。在其它实施例中，将选自表2、4或6的基因的组合用于诊断或评估所关注的个体的AML或MDS的进展或治疗。可对本发明中所使用的白血病疾病基因进行选择以使其具有不大于0.05、0.01、0.005、0.001、0.0005、0.0001或更低的p值。还可对白血病疾病基因进行选择以使其包括与无疾病人类相比在白血病患者体内上调的基因，以及与无疾病人类相比在白血病患者体内下调的基因。为改良白血病诊断或评定的准确性，也可以通过使用优化算法(诸如美国专利申请案20040214179中所述的均值方差算法)来选择白血病疾病基因。当使用加权投票算法或fc最近邻算法时，可对类别预测因子中的白血病疾病基因进行选择，从而使其与近邻分析中的类别差异显著相关。举例来说，可选择在近邻分析中大于1%、5%或10%显著性水平的白血病疾病基因。参看Golub等人，厨JrjJV和Slonim等人，/^丄文。类别预测因子中的白血病疾病基因还可包括上调最高的白血病疾病基因，以及下调最高的白血病疾病基因。在一实例中，本发明中所使用的类别预测因子包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、16、18、20、40或更多个选自表2或表4的基因或由所述基因组成。类别预测因子可包括至少两组基因。第一组包括一个或一个以上具有至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更高AML/无疾病比率(或MDS/无疾病比率)的基因，且第二组包括一个或一个以上具有不大于0.5、0.333、0.25、0.2、0.1或更低AML/无疾病比率(或MDS/无疾病比率)的基因。在另一实例中，本发明中所使用的类别预测因子包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、16、18、20、40或更多个选自表6的基因或由所述基因组成。类别预测因子还可包括至少两组基因。第一组包括一个或一个以上具有至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更高AML/MDS比率的基因，且第二组包括一个或一个以上具有不大于0.5、0.333、0.25、0.2、0.1或更低AML/MDS比率的基因。除表2、4和6中所述的基因外，本发明还涵盖其它白血病疾病基因用于诊断或评定所关注的个体的白血病的进展或治疗的用途。这些基因能够在严格杂交条件或核酸阵列杂交条件下与选自表2、4和6的限定符杂交。如本文所使用，如果基因的RNA转录物(或其互补序列，这视限定符的寡核苷酸探针的链型而定)可以与限定符的至少一个寡核苷酸探针杂交，那么所述基因可以与所述限定符杂交。在许多情况中，基因的RNA转录物(或其互补序列)可在严格杂交条件或核酸阵列杂交条件下与限定符的至少50%、60%、70%、80%、90%或100%的寡核苷酸探针杂交，并且在AffymetrixGenechip⑧上在默认设置(即，临界值T为0.015且显著性水平ot为0.4)下于所述限定符处产生"存在"指令。参看GeneChipExpressionAnalysis-DataAnalysisFundamentals(第701190部分，第2修订本，Affymetrix,Inc.2002)。有关AML、MDS和其它血液或骨髓疾病的临床问题在于患者对治疗高度可变的反应。药物动力学的基本概念是理解与可用治疗选择相关的患者的基因型，且随后个别地考虑针对所述患者的最适当选择。根据本发明，可根据对指定疗法的不同反应建立患者的不同类别。当与一种反应类别相比较时在另一种反应类别的未分离PBMC中差别表达的基因可使用全局基因表达分析来鉴别。这些基因为预测所关注的患者是否或多或少对治疗具反应性的分子标记。就经预测具有有利结果的患者来说，可考虑使治疗毒性最小化的尝试，而就经预测对所述治疗无反应的患者来说，可研究用其它治疗或实验方案进行的治疗。在一实施例中，将患者分成至少两类(类别O和类别1)。类别O包括起始治疗后在指定时间段(诸如一年)内死亡的患者。类别1包括起始治疗后在超过所述指定时间段仍存活的患者。可对当与类别1患者的未分离PBMC相比时，在类别0患者的未分离PBMC中差别表达的基因进行鉴别。这些基因为患者临床结果的预后标记。还可使用其它临床结果标准(诸如，症状缓解/未缓解、进展时间、完全反应、部分反应、稳定疾病或进展性疾病)对白血病患者进行分类以鉴别相应的预后基因。本发明的白血病疾病基因还可用于鉴别或测试用于AML或MDS治疗的药物。药物候选物降低或消除未分离PBMC中AML或MDS疾病基因的异常表达的能力表明所述药物候选物对于治疗AML或MDS的有效性。所属领域中众所周知用于筛选或评估药物候选物的方法。这些方法可以在动物模型中或在人类临床试验过程中进行。本发明还涵盖编码AML或MDS疾病基因的表达载体。这些AML或MDS疾病基因可以在AML或MDS肿瘤细胞中低表达。通过将表达载体引入有需要的患者，可以校正这些基因的异常表达。适用于这一目的的表达载体和基因传递技术已为所属领域众所周知。此外，本发明涵盖AML或MDS疾病基因的反义序列或编码其的表达载体。所述AML或MDS疾病基因可以在AML或MDS肿瘤细胞中过度表达。通过引入反义序列或编码其的表达载体，可以校正这些疾病基因的异常表达。还可通过RNA干扰("RNAi")来抑制AML或MDS疾病基因的表达。RNAi是一种用于转录后基因沉默("PTGS")的技术，其中特别消除靶基因的活性。RNAi在许多方面类似于植物中的PTGS并且已在包括锥体虫、水螅、涡虫、线虫和果蝇(黑腹果蝇(Drosophilamelanogaster))的许多非脊椎动物中检测到。其可涉及于转座元件活动的调节和抗病毒状态的形成中。哺乳动物系统中的RNAi已揭示于PCT申请案WO00/63364中。在一实施例中，将具有至少约21个核苷酸的dsRNA引入细胞中以使靶基因的表达沉默。此外，本发明提供特异性识别由AML或MDS疾病基因编码的多肽的抗体。可将这些抗体投与有需要的患者。在一实施例中，本发明的抗体可实质上降低或抑制疾病基因的活性。举例来说，所述抗体可将疾病基因的活性降低至少约20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更多。本发明的适当抗体包括(但不限于)多克隆抗体、单克隆抗体、嵌合抗体、人源化抗体、单链抗体、Fab片段或由Fab表达文库产生的片段。在许多实施例中，本发明的抗体可以至少106M—1、107M"、108M"、1(^M"或更高的结合亲和力常数Ka与个别AML或MDS疾病基因产物或其它所需抗原结合。可制备包含本发明的抗体或聚核苷酸的医药组合物。可对医药组合物进行调配以使其与其预定投药途径相适应。投药途径的实例包括(但不限于)不经肠、静脉内、真皮内、皮下、经口、经吸入、透皮、经局部、透粘膜和经直肠投药。用于制备所需医药组合物的方法已为所属领域众所周知。本发明另外提供用于诊断或监测AML或MDS的进展或治疗的试剂盒或装置。在一实施例中，本发明的试剂盒或装置包括一个或一个以上聚核苷酸或基本上由一个或一个以上聚核苷酸组成，各所述聚核苷酸能够在严格条件下与选自表2、4或6的基因杂交。所述聚核苷酸可经荧光、放射性或其它可检测的部分标记。所述聚核苷酸还可不经标记。试剂盒或装置中可以包括任何数量的聚核苷酸。举例来说，试剂盒或装置中可包括至少1、2、3、4、5、10、15、20或更多个聚核苷酸，各聚核苷酸都能够在严格条件下与选自表2、4或6的不同的个别基因杂交。在一实例中，试剂盒或装置中所包括的聚核苷酸是密封于小瓶、管、瓶或另一包含构件中。在另一实例中，聚核苷酸与一种或一种以上底物稳定连接。可在所述底物上直接进行核酸杂交。本发明的试剂盒或装置中还可包括杂交试剂。在另一实施例中，本发明的试剂盒或装置包括一种或一种以上对由选自表2、4或6的基因编码的多肽具特异性的抗体或基本上由所述抗体组成。所述抗体可经一个或一个以上可检测部分标记以允许检测抗体-抗原复合物。所述抗体还可不经标记。试剂盒或装置中可以包括任何数量的抗体。举例来说，试剂盒或装置中可包括至少1、2、3、4、5、10、15、20或更多种抗体，并且这些抗体中的每一个都可特异性识别不同的个别AML或MDS疾病基因产物。本发明的试剂盒或装置中还可包括免疫检测试剂(诸如二级抗体、对照或酶底物)。在一实例中，本发明的试剂盒包括一个或一个以上密封一种或一种以上抗体的容器。在另一实例中，使本发明装置中的所述抗体与一种或一种以上底物稳定连接。适用于这一目的的底物包括(但不限于)薄膜、膜、柱基质或微量滴定板孔。可直接对所述底物进行免疫分析。此外，本发明的特征在于系统能够比较所关注的表达谱与至少一种参考表达谱。在许多实施例中，参考表达谱存储于数据库中。可以电子方式，诸如通过使用计算机系统来进行所关注的表达谱与参考表达谱之间的比较。计算机系统通常包含与存储表示欲比较表达谱的数据的存储器耦合的处理器。在一实施例中，所述存储器可读取并且可再写。可对表达谱进行更正或修改。计算机系统包括一个或一个以上能够使处理器比较表达谱的程序。在一实施例中，计算机系统包括能够执行加权投票算法或&最近邻算法的程序。在另一实施例中，计算机系统与核酸阵列耦合，由此杂交信号可直接馈入所述系统中。^fMDS、AML,真g/^fe谅游厥f、珍銜或澄#遂^游试^/*此外，本发明提供可用于MDS、AML或其它白血病的预后、诊断或治疗选择的试剂盒。各试剂盒包括至少一个针对白血病疾病基因(例如选自表2、4或6的基因)的探针或基本上由至少一个针对白血病疾病基因(例如选自表2、4或6的基因)的探针组成。还可包括有利于试剂盒使用的试剂或缓冲液。可将任何类型的探针用于本发明中，诸如杂交探针、扩增引物或抗体。在一实施例中，本发明的试剂盒包括至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、IO个或更多个聚核苷酸探针或引物，或基本上由至少1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、IO个或更多个聚核苷酸探针或引物组成。各探针/引物可在严格杂交条件或核酸阵列杂交条件下与不同的个别白血病疾病基因杂交。如本文所使用，如果聚核苷酸可与基因的RNA转录物或其互补序列杂交，那么所述聚核苷酸可与所述基因杂交。在另一实施例中，本发明的试剂盒包括一种或一种以上抗体，所述抗体中每一个都能够与由不同的个别白血病疾病基因编码的多肽结合。在一实例中，本发明的试剂盒包括针对至少1个、2个、3个、4个、5个、10个、15个、20个、25个、30个、35个、40个、45个、50个、55个、60个、65个、70个、75个或更多个选自表2、4或6的基因的探针(例如，杂交或PCR扩增探针或抗体)，或基本上由所述探针组成。本发明中所使用的探针可经标记或未经标记。可通过光谱、光化学、生物化学、生物电子学、免疫化学、电学、光学、化学方式或任何其它方式检测经标记探针。探针的示范性标记部分包括放射性同位素、化学发光化合物、经标记结合蛋白、重金属原子、光谱标记(诸如荧光标记和染料)、磁性标记、连接酶、质谱标签、自旋标记、电子转移供体和受体等。本发明的试剂盒还可具有含有缓冲液或报告因子构件的容器。此外，所述试剂盒可包括用于进行阳性对照或阴性对照的试剂。在一实施例中，本发明中所使用的探针与一个或一个以上底物载体稳定地连接。可在所述底物载体上直接进行核酸杂交或免疫分析。用于这一目的的适当底物载体包括(但不限于)玻璃、二氧化硅、陶瓷、尼龙、石英晶片、凝胶、金属、纸、微珠、管、纤维、薄膜、膜、柱基质或微量滴定板孔。本发明的试剂盒还可含有一个或一个以上对照，其各自表示可由所述试剂盒中所含的一个或一个以上探针检测的疾病基因的参考表达水平。应了解，上述实施例和以下实例仅出于说明的目的而非限制的目的给出。所属领域技术人员根据本发明将易于了解本发明范围内的各种改变和变更。￡.实辨PfiA/C^7/WA从无疾病志愿者、MDS患者和AML患者收集全血。接收有关这些临床研究的药物动力学部分的知会同意书并且使所述方案经参与临床现场处的当地人体试验委员会(InstitutionalReviewBoard)批准。MDS患者主要为白种人并且平均年龄为66岁(在52-84岁的范围内)。AML患者仅为白种人并且平均年龄为45岁(在19-65岁的范围内)。无疾病志愿者仅为白种人并且平均年龄为23岁(在18-32岁的范围内)。AML患者的纳入标准包括骨髓中母细胞过量20%;根据FAB分类系统进行的AML的形态学诊断；和指示CD33+状态的流式细胞分析。MDS患者的纳入标准包括MDS的形态学诊断，和难治性贫血、伴有环状铁粒幼红细胞的难治性贫血、母细胞增多性难治性贫血或转化型母细胞增多性难治性贫血(其中疾病稳定性已经证实历时最短2个月时间)的FAB分类。将血样抽入CPTCellPreparationVacutainerTube(BectonDickinson)中。根据制造商的方案(BectonDickinson),通过Ficoll梯度来分离PBMC。使用QiagenRNeasy⑧微型试剂盒(Qiagen,Valencia,CA)将总RNA从未分离的PBMC小球中分离。,辨么^潜浙Ge""/^⑧染f叛伊游产主。使用修改的Lockhart等人，(1996)NatureBiotechnology14:1675-1680中所述的程序来制备针对寡核苷酸阵列的经标记靶。使用在5'端含有T7DNA聚合酶启动子的寡聚-(dT)24引物将2微克总RNA转化成cDNA。将所述cDNA用作使用T7DNA聚合酶试剂盒(Ambion，Woodlands,TX,USA)和生物素化CTP和UTP(Enzo,Farmingdale，NY,USA)进行的活体外转录的模板。在94。C下，在40pL最终体积的40mMTris-乙酸盐(pH8.0)、100mMKOAc、30mMMgOAc中使经标记cRNA破碎35分钟。实辨丄与A^y附em';c微,搏染爻浙资为^,将个别患病和无疾病样本与HG-U133AGenechips(Affymetrix)杂交。未汇集任何样本。在具有100pg/mL鲱鱼精DNA和50ng/mL乙酰化BSA的lxMES缓冲液中对10昭经标记靶进行稀释。如ffill等人(2000)Science2卯:809-812中所述，为使阵列彼此标准化并且为评价寡核苷酸阵列的灵敏性，使各杂交反应中包括11个细菌基因的活体外合成的转录物。就关于总体转录物的对照转录物的数量来说，这些转录物的丰度在1:300,000(3ppm)到1:1000(1000ppm)的范围内。如通过这些对照转录物的信号反应所测定，所述阵列的检测灵敏性可在介于约1:300,000与1:100,000个拷贝/百万之间的范围内。使经标记探针在99。C下变性5分钟，且随后在45'C下变性5分钟，并且将其与由超过12,500个人类基因组成的寡核苷酸阵列(HG-U133A，Affymetrix)杂交。使阵列在45。C下杂交16小时。杂交缓冲液包括100mMMES、1M[Na+]、20mMEDTA和0.01%Tween20。杂交后，用洗涤缓冲液6xSSPET充分洗涤料筒(例如在室温下洗涤三次每次历时至少10分钟)。这些杂交和洗涤条件统称为"核酸阵列杂交条件"。随后用偶合抗生蛋白链菌素的藻红蛋白对经洗涤的料筒进行染色。12xMES储备液含有1.22MMES和0.89M[Na+]。为获得1000ml储备液，可通过混合70.4gMES游离酸单水合物、193.3gMES钠盐和800ml分子生物学级水并且将其调到1000ml的体积来制备所述储备液。pH值应介于6.5与6,7之间。可以通过将8.3ml12xMES储备液、17.7ml5MNaCl、4.0ml0.5MEDTA、0.1ml10%Tween20和19.9ml水混合来制备2x杂交缓冲液。6xSSPET含有0.9MNaCl、60mMNaH2P04、6mMEDTA(pH7.4)和0.005%TritonX-100。在一些情况中，所述洗涤缓冲液经较为严格的洗漆缓冲液替换。可以通过将83.3ml12xMES储备液、5.2ml5MNaCl、1.0ml10%Tween20和910.5ml水混合来制备1000ml的所述严格洗涤缓冲液。实辨《基房表达教薪游分叛数据分析和有关不存在/存在指令的确定是使用Genechip3.2软件(Affymetrix)对原始荧光强度值进行。使用縮放频率标准化方法将各转录物的"平均差异"值标准化为"频率"值，其中将刺入各杂交溶液中的具有已知丰度的11种对照cRNA的平均差异用于产生整体校准曲线。参看Hill等人(2001)Ge醒eBiol.，2(12):research0055.1-0055.13，所述文献的整体内容是以引用的方式并入本文中。随后使用这一校准将所有转录物的平均差异值转化成在1:300,000(3百万分率(ppm))到1:1000(lOOOppm)范围内以百万分率为单位表示的频率估计值。Genechip3.2软件使用计算关于基因"不存在"或"存在"的可能性以及关于阵列上所表示的各转录物的特定杂交强度值或"平均差异"的算法。这些计算中所使用的算法在AffymetrixGenechip分析套件用户指南中得以描述。如果特定转录物满足以下标准，那么可对其进行进一步计算。首先，在所述分析中排除在所有样本中经Genechip3.2软件标为"不存在"的基因。其次'在进行阵列间转录物水平的比较时，需要基因存在于至少一个阵列上。再次，为比较各组间的转录物水平，应用Studentt检验来鉴别频率值具有显著差异(p<0.05)的转录物子集。在许多情况中，还使用第四个标准，其需要基因的统计学显著性子集中频率值的平均改变倍数为2倍或更高倍数。可以使用Eisen等人(1998)Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A.,95:14863-1486S中所述的程序进行基于表达谱的相似性进行的基因和/或阵列的无监督分级聚类。可以使用Golub等人(同上文)中所述的量度进行最近邻预测分析和监督聚类分析。对于分级聚类和最近邻预测分析来说，可以首先对数据进行对数转化，并且随后使其标准化以具有为O的平均值和为1的方差。可以使用Studentt检验比较无疾病、AML和MDSPBMC的表达谱。不大于0.05(例如，不大于O.Ol、0.001或更低值)的p值可用于表明统计学显著性。fc最近邻方法可用于进行使用相关性度量[P(g,c)=Oil-p2)/(ol+cj2)]对真实数据和随机假设的数据进行的近邻分析，在所述相关性度量中，g为基因g的表达载体，c为类别载体，pl和cj1分别定义类别1中基因g的平均表达水平和标准差，并且和ct2分别定义类别2中基因的平均表达水平和标准差。可以将有关在真实类别差异(AML对无疾病、MDS对无疾病或AML对MDS)中所观察的统计学最显著的基因的相关性的测量值与在随机假设的类别差异中所观察的相关性的统计学最显著的测量值相比较。可以100种随机假设类别的最高1%、5%和平均距离测量值相对于AML对无疾病、MDS对无疾病或AML对MDS的经观察的距离测量值作图，以展示由本发明所鉴别的白血病疾病基因的统计验证。劣辨5.^f,M^疾疯/;/MZW对AML游基厉分类厉7对24种限定符标记(8种cDNA表示定义AML的7个基因；8种cDNA表示定义MDS的7个基因；并且8种cDNA表示定义无疾病的8个基因)进行鉴别。这一标记可准确预测无疾病个体、MDS患者或AML患者的PBMC样本并对所述样本加以分类。这一标记还可将快速MDS进展因子(progressor)鉴别为"AML"，其中暗含对MDS患者的AML进展的早期检测。24种限定符标记中的限定符都列于下文的表8中。对于每一限定符来说，与所述限定符相关的信杂比值提供于标为"得分"的一列中。每一信杂比值都大于相邻列"Perm1%"中的值，这表示当将基因谱的标记打乱且随后使用相同的类别尺寸进行比较时所观察的最高1%的随机假设的信杂比值。因此，限定符的实际信杂比值优于最高1%的随机假设的信杂比值。相应的人类基因是通过名称、符号、染色体位置("胞质基因染色体带(CytoBand)")、Unigene编号和GenBank登记号来标识。用于鉴别AML的人类基因包括myb、人神经元蛋白3.1、人髓过氧化物酶、人过氧化氢酶、人CGI-49、人干细胞生长因子和人丝氨酸肽酶抑制剂Kazal型2(顶体素-胰蛋白酶抑制剂)。用于鉴别MDS的人类基因包括人NEDD4L、人谷胱甘肽过氧化物酶3、人X连接Kx血型(X-linkedKxbloodgroup)、人突触核蛋白cu人染色体8开放阅读框51/假想蛋白MGC3113、人干扰素a可诱导蛋白27和人转谷氨酰胺酶3。用于鉴别无疾病个体的PBMC的人类基因包括人染色体21开放阅读框7、人p淀粉样A4前体蛋白结合家族A成员2、人KIAA0449、人仅F盒蛋白21、人死亡效应器纤维形成Ced-4样细胞凋亡蛋白、人锌指蛋白14、人血管活性肠肽受体1和人KIAA0443。外周血单核细胞的基因表达模式是通过45名无疾病个体、36名经诊断患有AML的患者和20名具有MDS的初始诊断的患者的寡核苷酸阵列测量。对这些群组的比较将鉴别出易于使AML和MDS与健康志愿者分开的转录差异，并且注释揭示出，许多差异似乎是由这些患者的循环中CD34+母细胞增殖引起的。接下来，根据外周血中的转录谱来研究区别MDS患者与AML患者的可能性。在具有MDS的初始诊断的20名患者中，有6名患者的样本经测定为1)部位病理学家与中心病理学家之间具有矛盾诊断的MDS患者(n=3)，或2)采血后迅速进展的MDS患者(<3个月，n=3)。将对健康、AML和无进展因子的MDS样本的训练集进行的监督方法用于鉴别与健康个体、稳定MDS患者和AML患者的谱图相关的基因分类因子。8基因分类因子最具预测性，其显示所述训练集中94%的总体准确性(66名个体中有62名经留一交叉验证正确分配)。训练集中的四个错误分类样本中的一个是来自具有矛盾诊断的MDS患者，其在交叉验证后被"错误分类"为AML。当将8基因分类因子应用于测试集中的剩余样本时，这一分类因子以类似准确率(87%的类别分配总体准确率)鉴别出测试集中的剩余确切样本。这种8基因预测因子还将具矛盾诊断的患者的两个样本和具有短时疾病进展的MDS患者的所有三个样本指定为源于AML患者。这些初步结果表明，诊断为MDS的患者的类AML转录谱可早于AML进展的标准临床证据(例如，母细胞增殖)出现。从这些研究得到的结果表明，外周血中所选转录物的表达模式能够提供对于具有通常与MDS的诊断相关的母细胞百分含量的白血病患者中AML进展的早期指标。表8.AML、MDS和正常PBMC的24个限定符的分类因子<table>complextableseeoriginaldocumentpage89</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage90</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage91</column></row><table>本发明的上述描述提供说明和描述，但不打算为详尽的或将本发明限定于所揭示的准确描述中。修改和变更可能与上述教示相符或可以从本发明的实践中获取。因此，应注意，本发明的范围是由权利要求书和其等效内容限定。权利要求1.一种诊断或监测骨髓增生异常综合症(MDS)的发生、发展、进展或治疗的方法，所述方法包含以下步骤(1)从个体的外周血样中产生基因表达谱；和(2)将所述基因表达谱与一个或一个以上参考表达谱相比较，其中所述基因表达谱和所述一个或一个以上参考表达谱包含外周血单核细胞(PBMC)中一个或一个以上MDS疾病基因的表达模式，且其中所述基因表达谱与所述一个或一个以上参考表达谱之间的差异或相似性表明所述个体中MDS的存在、不存在、发生、发展、进展或治疗有效性。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述外周血样包含全血或富集的未分离PBMC。3.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其中所述一个或一个以上MDS疾病基因包含一个或一个以上选自表4或表6的基因。4.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其中所述一个或一个以上MDS疾病基因包含十个或十个以上选自表4或表6的基因。5.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其中所述一个或一个以上MDS疾病基因包含一个或一个以上选自表8的MDS疾病基因。6.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其中所述一个或一个参考表达谱包含代表无疾病人类的参考表达谱。7.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其中步骤(2)包含通过A最近邻分析法或加权投票算法比较所述基因表达谱与所述一个或一个以上参考表达谱。8.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其另外包含根据步骤(2)的比较来诊断或评定所述个体的MDS的步骤。9.一种诊断或监测个体中白血病的发生、发展、进展或治疗的方法，所述方法包含以下步骤(1)从所述个体的外周血样中产生基因表达谱；和(2)将所述基因表达谱与一个或一个以上参考表达谱相比较，其中所述基因表达谱和所述一个或一个以上参考表达谱包含外周血单核细胞(PBMC)中一个或一个以上选自表4或表6的白血病疾病基因的表达模式，其中所述基因表达谱与所述一个或一个以上参考表达谱之间的差异或相似性表明所述个体中白血病的存在、不存在、发生、发展、进展或治疗有效性，其中所述一个或一个以上白血病疾病基因未列于表2中。10.根据权利要求9所述的方法，其中所述外周血样包含全血或富集的未分离PBMC。11.根据权利要求9或IO所述的方法，其中所述一个或一个以上白血病疾病基因包含十个或十个以上选自表4或表6的基因。12.根据权利要求9至11中任一权利要求所述的方法，其中所述一个或一个以上选自表4或表6的白血病疾病基因包含一个或一个以上也列于表8中的基因。13.根据权利要求9至12中任一权利要求所述的方法，其中所述一个或一个以上参考表达谱包含代表无疾病人类的参考表达谱。14.根据权利要求9至13中任一权利要求所述的方法，其中步骤(2)包含通过&最近邻分析法或加权投票算法比较所述基因表达谱与所述一个或一个以上参考表达谱。15.根据权利要求9至14中任一权利要求所述的方法，其中所述白血病为急性髓性白血病。16.根据权利要求9至14中任一权利要求所述的方法，其中所述白血病为骨髓增生异常综合症。17.根据权利要求9至16中任一权利要求所述的方法，其另外包含根据步骤(2)的比较来诊断或评定所述个体中白血病的步骤。18.—种鉴别可能发展成急性髓性白血病(AML)的MDS患者的方法，所述方法包含以下步骤(1)从MDS患者的外周血样中产生基因表达谱；(2)将所述基因表达谱与一个或一个以上参考表达谱相比较，其中所述基因表达谱和所述一个或一个以上参考表达谱包含外周血单核细胞(PBMC)中一个或一个以上选自表6的白血病疾病基因的表达模式，其中所述基因表达谱与所述一个或一个以上参考表达谱之间的差异或相似性表明所述MDS患者发展成AML的可能性。19.根据权利要求18所述的方法，其中所述一个或一个参考表达谱包含代表AML患者的参考表达谱。20.根据权利要求18或19所述的方法，其中所述外周血样包含全血或富集的未分离PBMC。21.根据权利要求18至20中任一权利要求所述的方法，其中所述一个或一个以上选自表6的白血病疾病基因也列于表8中。22.—种用于诊断骨髓增生异常综合症(MDS)的方法中的阵列，其包含具有多个地址的底物，各地址包含安置于其上的不同探针，其中至少15%的所述多个地址具有安置于其上的探针，所述探针可特异性地检测外周血单核细胞中的MDS疾病基因。23.根据权利要求22所述的阵列，其中至少30%的所述多个地址具有安置于其上的探针，所述探针可特异性地检测外周血单核细胞中的MDS疾病基因。24.根据权利要求22所述的阵列，其中至少50%的所述多个地址具有安置于其上的探针，所述探针可特异性地检测外周血单核细胞中的MDS疾病基因。25.根据权利要求22至24中任一权利要求所述的阵列，其中所述MDS疾病基因选自表4。26.根据权利要求22至25中任一权利要求所述的阵列，其中所述探针为核酸探针。27.根据权利要求22至25中任一权利要求所述的阵列，其中所述探针为抗体探针。28.—种用于诊断白血病的方法中的阵列，其包含具有多个地址的底物，各地址包含安置于其上的不同探针，其中至少15%的所述多个地址具有安置于其上的探针，所述探针可特异性检测选自表4或表6的基因，其中所述基因未列于表2中。29.根据权利要求28所述的阵列，其中至少30%的所述多个地址具有安置于其上的探针，所述探针可特异性检测选自表4或表6的基因，其中所述基因未列于表2中。30.根据权利要求28所述的阵列，其中至少50%的所述多个地址具有安置于其上的探针，其可特异性检测选自表4或表6的基因，其中所述基因未列于表2中。31.根据权利要求2S至30中任一权利要求所述的阵列，其中所述探针为核酸探针。32.根据权利要求28至30中任一权利要求所述的阵列，其中所述探针为抗体探针。33.—种计算机可读媒体，其包含以数字编码的表达谱，所述表达谱包含多个以数字编码的表达信号，其中所述多个以数字编码的表达信号中的每一个都包含代表选自表4或表6的基因的表达的值，其中所述基因未列于表2中。34.根据权利要求33所述的计算机可读媒体，其中所述值表示患有骨髓增生异常综合症(MDS)患者的外周血单核细胞中所述基因的表达。35.根据权利要求33所述的计算机可读媒体，其中所述值表示患有急性髓性白血病(AML)患者的外周血单核细胞中所述基因的表达。36.根据权利要求33所述的计算机可读媒体，其中所述以数字编码的表达谱包含至少十个以数字编码的表达信号。37.—种用于诊断骨髓增生异常综合症(MDS)的试剂盒，所述试剂盒包含a)—个或一个以上探针，其可特异性检测外周血单核细胞中的MDS疾病基因；和b)—个或一个以上对照，其各自表示可通过所述一个或一个以上探针检测的MDS疾病基因的参考表达水平。38.根据权利要求37所述的试剂盒，其中所述MDS疾病基因选自表4。39.根据权利要求38所述的试剂盒，其中所述选自表4的MDS疾病基因也列于表8中。40.—种用于诊断白血病的试剂盒，所述试剂盒包含a)—个或一个以上探针，其可特异性检测选自表4或表6的基因，其中所述基因未列于表2中；和b)—个或一个以上对照，其各自表示可通过所述一个或一个以上探针检测的疾病基因的参考表达水平。41.根据权利要求40所述的试剂盒，其中所述选自表4或表6的基因也列于表8中。42.—种作出关于个体的决定的方法，所述方法包含以下步骤根据作为所述个体的外周血样中一个或一个以上选自表4或表6的基因的表达的函数的值，将所述个体分配到某一类别中，其中所述基因未列于表2中，从而作出关于所述个体的决定。43.根据权利要求42所述的方法，其中所述一个或一个以上选自表4或表6的基因也列于表8中。44.根据权利要求42或43所述的方法，其中记录所述决定。45.根据权利要求44所述的方法，其中所述决定记录于计算机可读媒体中。46.根据权利要求42至45中任一权利要求所述的方法，其中所述方法另外包括根据所述分配选择白血病治疗法。47.根据权利要求42至46中任一权利要求所述的方法，其中所述方法另外包括根据所述分配投与白血病治疗。48.根据权利要求42至47中任一权利要求所述的方法，其中所述方法另外包括根据所述分配提出、递交或接收关于白血病治疗的处方。49.根据权利要求42至48中任一权利要求所述的方法，其中所述方法另外包括根据所述分配批准白血病治疗、支付白血病治疗的费用或转移资金以支付白血病治疗的费用。全文摘要本发明提供全血样本或包含外周血单核细胞(PBMC)的样本用于诊断或评估白血病的进展或治疗的用途。根据本发明，当与无疾病人类或患有分化型白血病的患者相比较时可以鉴别在白血病患者的未分离PBMC中差别表达的基因。这些基因为白血病疾病基因并且能够用于检测所关注的个体中白血病的存在或进展。可用于本发明的白血病包括(但不限于)急性髓性白血病(AML)和骨髓增生异常综合症(MDS)。AML或MDS疾病基因的非限制性实例提供于表2、4和6中。文档编号C12Q1/68GK101180407SQ200680017012公开日2008年5月14日申请日期2006年5月18日优先权日2005年5月18日发明者安德鲁·J·多尔纳,珍妮弗·安·斯托弗,纳塔莉·C·特温,迈克尔·E·布尔奇斯基申请人:惠氏公司