专利名称：一种snp位点对性状遗传效应的评价方法及应用的制作方法
技术领域：
本发明涉及分子生物学领域，特别涉及一种SNP位点对性状遗传效应的评价方法及应用。
背景技术：
20世纪90年代以来，随着分子生物学技术的发展，从动植物基因中获取大量的单核苷酸多态性(SNPs)，人们试图利用这些SNPs开展动植物遗传标记研究，并付诸标记辅助选择，为动植物的品种改良和基因操控服务，提高育种的效率。从目前所取得的研究成果来看，这种转变具有巨大的实践价值，围绕着SNPs检测的方法也一直在不断更新。然而当数以千万计的SNP位点呈现在人们面前的时候，其位点的遗传效应如何评价，在动植物育种实践中是否具有足够大的遗传效应等将直接影响这些SNP位点的生物学意义及适用价值。目前的SNP位点遗传效应的分析方法主要基于方差分析，以基因型之间的显著性作为鉴别依据。SNP位点的变异为性状的表型变异提供遗传背景，如果性状的表型变异可由一些SNP位点的变异来解释的话，则这些位点无疑是影响该性状的主效基因位点。性状表型变异的遗传基础则是众多影响该性状SNP位点变异的共同作用之结果，如何筛查和评价众多SNP位点对性状的遗传效应，还没有获得实质性进展。
发明内容
本发明要解决的技术问题是提供一种SNP位点对性状遗传效应的评价方法及应用，该方法利用PCR扩增技术和测序技术所获得的目的片段SNPs，建立SNPs对性状表型变异的解析方法、SNP位点遗传效应及其位点遗传力的估计方法，以及SNP位点在标记辅助选择中的应用效率评价和筛选方法。本发明提供了一种SNP位点对性状遗传效应的评价方法，包括如下步骤:(I)获得与需要分析的性状相关的基因片段，确定与所述性状相关的SNP位点及其基因型；(2)分析所述SNP位点与所述性状的关联性，具体计算方法如下:当所述SNP位点的数量为I时,所述SNP位点与所述性状之间的关联性为所述SNP位点的直接影响力；当所述SNP位点的数量为2个以上时，所述第i个SNP位点与性状之间的关联性为所述第i个SNP位点的直接影响力和其所有间接影响力之和；其中，所述某个SNP位点对所述性状的直接影响力为所述性状基于SNP位点的点遗传力的平方根(hsnp);所述第i个SNP位点通过第j个SNP位点对性状的间接影响力的计算方法为(^=1^11」， r^.为所述第i个SNP位点和所述第j个SNP位点的关联度，hj为所述第j个SNP位点的直接影响力。本发明所述的SNP位点对性状遗传效应的评价方法，其中所述性状基于某个SNP位点的点遗传力(SNP位点变异对性状表型变异的贡献)的估计方法是
权利要求
1.一种SNP位点对性状遗传效应的评价方法，其特征在于:包括如下步骤: (1)获得与需要分析的性状相关的基因片段，确定与所述性状相关的SNP位点及其基因型； (2)分析所述SNP位点与所述性状直接的关联性，具体计算方法如下: 当所述SNP位点的数量为I时,所述SNP位点与所述性状之间的关联性为所述SNP位点的直接影响力； 当所述SNP位点的数量为2个以上时，所述第i个SNP位点与性状之间的关联性为所述第i个SNP位点的直接影响力和其所有间接影响力之和； 其中，所述某个SNP位点对所述性状的直接影响力为所述性状基于SNP位点的点遗传力的平方根(hsnp);所述第i个SNP位点通过第j个SNP位点对性状的间接影响力的计算方法为为所述第i个SNP位点和所述第j个SNP位点的关联度,Iij为所述第j个SNP位点的直接影响力。
2.根据权利要求1所述的SNP位点对性状遗传效应的评价方法，其特征在于:所述性状基于某个SNP位点的点遗传力(SNP位点变异对性状表型变异的贡献)的估计方法是: Kp =￥，其中Vp是性状的表型方差，Vsnp为所述某一 SNP位点的方差。
3.根据权利要求2所述的SNP位点对性状遗传效应的评价方法，其特征在于:所述某一 SNP位点的方差(Vsnp)估计方法为
4.根据权利要求3所述的SNP位点对性状遗传效应的评价方法，其特征在于:所述某一 SNP位点的第i种基因型效应(gi)的估计方法为:构建线性模型，将通过分子生物学方法获得的某一 SNP位点的第i种基因型效应作为固定效应(gi)纳入模型中，并为模型设立约束条件，构建线性模型是:
5.根据权利要求1或2或3或4所述的SNP位点对性状遗传效应的评价方法，其特征在于:所述第i个SNP位点和所述第j个SNP位点的关联度计算方法为:若第i个位点和第j位点分别存在一对等位基因，则组成的联合配子型频率Pij=Diij^0.5 (HiijJHikjj)+0.25HikJi，其中DiU是2个位点均为纯合子的基因型频率，Hiijl和表示第i个位点或第j位点为杂合子的基因型频率，Hiwi是2个位点均为杂合子的基因型频率；两个所述SNP位点的关联度(ru)则是最大配子型频率与其等位基因组合的配子型频率之和。
6.权利要求1所述的SNP位点对性状遗传效应的评价方法在选择育种或性状主基因筛查中的应用。
7.根据权利要求6所述SNP位点对性状遗传效应的评价方法在选择育种中的的应用，其特征在于:所述的SNP位点用于性状选择的效率评价方法为:在相同的选择强度下，依据SNP位点的直接选择反应(Rsnp)相对表型选择反应(R)的效率(E)是￡" = R— /i = A,2 /A2，其中h2是性状的遗传力。
8.根据权利要求6所述SNP位点对性状遗传效应的评价方法在性状主基因筛查中的应用，其特征在于 :比较性状多个点遗传力，根据研究需要设定点遗传力的筛查阈值，当点遗传力高于设定的阈值，则认定所述位点是数量性状主效基因候选位点或主效基因座(QTL)的候选座位。
全文摘要
本发明涉及一种SNP位点对性状遗传效应的评价方法，包括步骤(1)获得与需要分析的性状相关的基因片段，确定与所述性状相关的SNP位点及其基因型；(2)分析所述SNP位点与所述性状的关联性，具体计算方法如下当所述SNP位点的数量为1时，所述SNP位点与所述性状之间的关联性为所述SNP位点的直接影响力；当所述SNP位点的数量为2个以上时，所述第i个SNP位点与性状之间的关联性为所述第i个SNP位点的直接影响力和其所有间接影响力之和。本发明解决了现有技术在筛查和评价众多SNP位点对性状的遗传效应分析方面的空白，简便易行，准确率高，分析速度快，省去了很多复杂的试验，省时省力。
文档编号C12Q1/68GK103146821SQ20131005889
公开日2013年6月12日 申请日期2013年2月25日 优先权日2013年2月25日
发明者陈宏权, 陈华 申请人:安徽农业大学